超算平台软件下载安装及使用方法
并行超算云服务 简明使用手册说明书
并行®超算云服务简明使用手册（2019夏季版）北京并行科技股份有限公司目录1并行®超算云服务简介 (1)2并行®超算云服务登陆超算 (3)2.1内部集成的webssh (3)2.2第三方登录软件 (3)3并行®超算云服务文件传输 (6)3.1WinSCP (6)3.2并行快传 (8)4并行®超算云服务作业提交 (11)4.1命令行提交作业 (11)4.2集成界面提交作业 (11)4.3一些商业软件作业提交 (12)4.4可视化功能 (13)5并行®超算云服务计费中心 (15)6并行®超算云服务其他功能 (16)6.1配置 (16)6.2关于 (16)6.3注销 (16)6.4显示桌面 (16)6.5联系客服 (16)6.6关注超算动态 (17)7.并行®超算云服务常见问题 (19)1并行®超算云服务简介并行®超算云服务是使用最新HTML5技术开发的新一代超算用户使用界面，可以直通国内各大超算以及自己的私有云系统，具有高速稳定的链路，开通快、登陆快、操作快、传输快、计算快、分析快等特点，无需使用VPN，一键点击登陆超算，给用户使用超算资源提供良好的体验。
温馨提示：点击链接https:///下载安装客户端通过联系销售获得并行账号（登录并行®超算云服务的账号）和超算账号，之后我们会将您的并行账号和密码、超算账号以及可以使用的队列分区以邮件方式发送给您。
按照后面小节提供的方法即可方便快捷使用超算资源。
一般用户登陆并行®超算云服务后，默认已经绑定可以使用的超算账号；如果您的账号没有绑定对应的超算账号，您及时在专属微信群联系我们进行绑定处理。
如果有不需要的超算账号需要解绑，可以按照以下方法进行操作：点击账号管理图标，点击相应账号右边的×号（下图红框所示）即可解绑。
图1-1解绑超算账号流程图2并行®超算云服务登陆超算并行®超算云服务提供多种登陆超算的方法,包括内部集成的webssh和第三方登录软件：Putty、Xshell、secureCRT。
中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心 ScGrid 应用使用指南
<版本 1.1 >中科院计算机网络信息中心超级计算中心ScGrid应用使用指南2010/08/06版权所有2010年:中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心友情提示：为保证网格用户使用不受深腾7000计算的影响，经设备升级，目前用户的家目录位于独立于深腾7000的存储设备，深腾7000的计算将无法直接访问网格家目录的文件，在网格环境下使用深腾7000编译或者计算将与使用分中心的操作无差别。
登录方式经过用户账号申请流程获取登录的用户名和密码，并确定一个IP地址用于访问网格服务器（网格服务器限定IP访问）。
网格命令行登录方式为从用户登记的IP机器上通过SSH客户端访问网格服务器地址（主中心的登录地址为159.226.49.52，分中心的地址根据各分中心不同）。
登录之后，用户即进入网格命令行使用环境。
ps：如果是windows环境，建议从/new/download/putty.zip下载命令行客户端软件，无需安装，运行并登录即可。
登录网格命令行的用户名密码和登录网格Web门户的用户名密码一致。
访问已安装的商业/开源应用用户在主目录下创建程序的工作目录，并通过scp或者sftp协议将计算所需的数据文件传输到网格服务器的该工作目录下；用户可以通过ls，cd，vi，head，tail等linux常用的文件和目录操作命令管理这些数据文件。
用户可根据命令listnodes选定所操作的计算资源，通过命令set HOST=hpcname设定在HOST环境中，设置成功之后该名字将出现在命令提示符中。
在任何HPC文件操作之前需将文件上传至所操作的HPC，使用命令sceput，参数是需要上传的文件名字，也支持*，表示上传当前目录的所有文件。
上传之后使用命令scels可以查看到HPC上的文件列表，使用命令scecat filename可以查看文件内容。
有些应用提供了一些交互式命令帮助用户完成计算的前后处理，产生计算所需的文件，或者处理计算结果文件提取关注的信息。
超算平台 使用流程
超算平台使用流程下载温馨提示:该文档是我店铺精心编制而成，希望大家下载以后，能够帮助大家解决实际的问题。
文档下载后可定制随意修改，请根据实际需要进行相应的调整和使用，谢谢!并且，本店铺为大家提供各种各样类型的实用资料，如教育随笔、日记赏析、句子摘抄、古诗大全、经典美文、话题作文、工作总结、词语解析、文案摘录、其他资料等等，如想了解不同资料格式和写法，敬请关注!Download tips: This document is carefully compiled by theeditor. I hope that after you download them,they can help yousolve practical problems. The document can be customized andmodified after downloading,please adjust and use it according toactual needs, thank you!In addition, our shop provides you with various types ofpractical materials,such as educational essays, diaryappreciation,sentence excerpts,ancient poems,classic articles,topic composition,work summary,word parsing,copy excerpts,other materials and so on,want to know different data formats andwriting methods,please pay attention!1. 注册与登录访问超算平台的官方网站。
点击注册按钮，填写必要的个人信息，如用户名、密码、电子邮件等。
山西省超算中心用户使用手册
图 1.1.1 运行 SSH Secure Shell Client 的界面
2、按 Enter 键或者点击菜单栏中的 如下窗口：
按钮，如图 1.1.1 所示。弹出
1
图 1.1.2 连接集群系统窗口
3、依次输入 Host Name（本中心集群系统的 IP 地址，即 183.175.153.10） 、合法的 User Name（需要用户在线注册或直接到本中心申请）以及 Port（22） ，如下图 1.1.3 所示。
1.3 Gridview Web 登录
用户也可以通过 WEB 方式登入 GridView 集群管理系统，对集群进行管理、监控、配 置和使用等操作。 1、在 WEB 浏览器的地址栏中输入 URL，即可出现登录界面，如图 1.3.1 所示： http://183.175.153.10:6080/gridview_portal
2
1 集群系统登录
登录集群系统的 IP 地址为：183.175.153.10，用户可以通过以下几种方式登录集群 系统(示例均为使用本 IP 的实例)。
1.1 命令行终端登录
Windows 用户可以用 SSH Secure Shell Client，PuTTY，SecureCRT 等 SSH 客户端软件 登录。推荐使用 SSH Secure Shell Client，它集成了 SFTP 文件上传下载的功能。下面就以 SSH Secure Shell Client 为例详细介绍登录过程。 1、 运行 SSH Secure Shell Client 程序，打开出现如下界面：
图 1.1.3 登录窗口
2
4、如图 1.1.3 所示，点击 Connect 按钮后，进入界面 1.1.4。
图 1.1.4 输入密码提示框
宁波大学超级计算中心ANSYS软件管理和使用
宁波大学超级计算中心ANSYS软件管理和使用（2011年3月7日）目录1．Ansys功能模块简介 (1)2．如何使用Ansys软件 (1)3．Ansys软件使用说明 (1)4．用户端软件安装与设置 (1)5．软件安装与获取licence的方法和过程。
(1)5.1.1 使用光碟或者通过拷贝安装文件进行安装的方法。
(1)5.1.2 获取licence过程 (2)5.2.1 Centos5.5下ANSYS13.0安装步骤 (5)5.2.2 安装LICENSE MANAGER (11)6. 如何将前处理后的文件传到主机上进行计算？ (17)6.1 Mechanical命令行提交 (18)6.2 Fluent并行计算命令提交 (19)6.3 Ls-dyna命令行提交 (20)1．Ansys功能模块简介●宁波大学超级计算中心所配置的Ansys主要模块包括Ansys机械、Ansys CFD(Fluent)和LS-Dyna。
所有这些模块都可以利用超算中心的Linux集群的16个CPU。
●我们的Ansys软件也具有50个学生学习上机教学模块.2．如何使用Ansys软件1）申请超级计算中心的用户。
具体要求在超算中心网站，需要下载表格并登记。
联系人：王立洪老师（wanglihong@; 电话：）2）安装Ansys用户端软件。
现有的用户端光碟分成两类：一类用于安装在系统位数为64位的计算机中；另一类用于安装在系统位数为32位的计算机中。
光碟共四张：DVD1(64)、DVD2(64);DVD1(32)、DVD2(32)。
可以在超算中心网站下载或者联系压电实验室获取（liuna@; 电话：8760 0681）。
3．Ansys软件使用说明Ansys软件由工程力学学科购置，宁波大学其他学科也可以免费使用。
在计算过程中，用户需要负担机器资源费用。
具体收费标准请咨询超算中心王立洪老师，短号：696751。
4．用户端软件安装与设置安装与使用前提：1）知道所用的操作系统，2）与校园网接通，3）满足运行Ansys软件的基本要求。
联想智能超算平台LiCO安装手册
联想智能超算平台LiCO快速安装手册目录1. 下载安装包 (3)2. 如果集群已经存在，请参考附录2 (3)3. 配置集群中节点的IMM IP并创建IPMI账号 (3)4. 安装头结点操作系统 (4)5. 安装lico-deploy (5)6. 部署集群 (5)7. 部署LiCO web (16)8. 安装LiCO 报警通知组件 (18)附录1. 集群节点配置文件nodes.csv的编辑 (20)附录2. 集群已经存在的情况下部署LiCO web portal (22)附录3. ThinkServer Support（只针对ThinkServer） (26)附录4. 通过BMC设置bootorder (可选) (28)附录5：微信公众号的申请认证流程 (29)附录6：在非头节点上部署报警通知组件 (30)1.下载安装包1.下载操作系统安装文件LiCO支持的操作系统版本是CentOS 6.5/6.8/7.3和Redhat 6.5/6.8/7.3。
如果要安装的操作系统是CentOS 6.5/6.8, 从开发team的ftp上需要下载两个CentOS的iso文件，其中CentOS-*-DVD1.iso用来安装头节点的操作系统，CentOS-*-DVD.iso用来在LiCO中作为yum 源。
ftp://10.240.208.41/packages/CentOS-6.5-x86_64-bin-DVD1.isoftp://10.240.208.41/packages/CentOS-6.5-x86_64-DVD.isoftp://10.240.208.41/packages/CentOS-6.8-x86_64-bin-DVD1.isoftp://10.240.208.41/packages/CentOS-6.8-x86_64-DVD.iso如果要安装的操作系统是redhat或CentOS 7.3需要用户提供redhat或CentOS 7.3的iso文件，安装头结点的iso文件和作为LiCO的yum源的文件是同一个iso，因此只需要一个iso文件。
超算平台软件下载安装及使用方法
超算平台软件下载安装及使用方法：
登录192.168.1.222
首页栏
点击软件下载，可以下载软件。
其中，ansys140.win32.dvd.1.iso、ansys140.win32.dvd.2.iso 和comsol42a.iso为最新版本。
点击软件安装或安装指南，按照网页中详细安装步骤进行安装即可。
重要注意事项
【1】软件安装完成后即可在本地计算机进行软件基本操作和算例的计算。
由于集群计算节点数和软件的用户数目有限，希望各位同事、同学小规模算例在本地计算，大规
模的算例再提交到集群计算。
【2】提交到集群进行并行计算时才需要用户名和密码。
由于不同软件节点资源的分配、用户权限的设定等尚在配置中，调度软件的部分功能正在定制过程中，集群并行计
算稍后开放，开放时另行通知，到时申请开户者的用户名和密码信息会以邮件形式
回复。
【3】敬请大家登陆网内论坛http://192.168.1.222/bbs ,但请务必只讨论技术问题。
前沿部
2012-3-23。
超算中心使用方法简介
超算中⼼使⽤⽅法简介
湖南⼯业⼤学机械⼯程学院
中⼤型计算中⼼简介
湖南⼯业⼤学机械⼯程学院⼤型计算中⼼于2014年9⽉1⽇正式建成，计算中⼼主机房位于机械⼯程学院院楼202。
计算中⼼⼤型计算机的系统构架如下：
1. 1台管理节点，1台IO 节点；
2. 8台计算节点，总计136 Core CPU ；
3. 存储为FC 存储；
4. 集群⽹络包含⼀套千兆⽹络
5. ⽂件系统采⽤xfs ⽂件系统。
⼤型计算机上所能进⾏的执⾏软件包括：
校园内⽹可通过：http://172.24.159.210:8010 登录系统提交相关计算作业。
以下为登⼊界⾯：
登⼊后进⼊主界⾯
默认进⼊集群监控选项卡，显⽰当前计算机的⼯作状态。
以ansys 作业为例介绍计算中⼼作业提交流程。
进⼊⾼性能计算选项卡：
填写作业名称和设置其他参数后，下翻⾄以下界⾯：
远程导⼊作业⽂件（不同软件的作业⽂件格式不同，注意必须是将所有其他变量及条件都设定好的作业⽂件，否则会导致计算出错）。
设置完成后点击提交。
填⼊作业的名称选择计算核⼼数
导⼊作业⽂件
可以向超算中⼼提交多个作业，并在作业列表中观察各个作业的执⾏情况。
并在仿真数据中查询已完成作业的数据。
最后可以通过统计分析选项卡查询性能报表及作业报表。
P020200805524929895461说明书
“凤凰超算平台”使用手册PHOENIX SUPERCOMPUTING PLATFORMUser Manual版本1.0大样本恒星演化研究团组和恒星物理研究团组共同管理1、帐号申请和使用账号的申请见账号申请表。
2、登录、退出系统连接2.1 登录方式：Linux用户，使用命令登录：ssh <username>@192.168.79.3 例如：用户A申请到超算平台账号用户名为phoenix，密码为123456。
在终端中输入ssh ***************.79.3，回车后输入密码123456即可登陆平台。
2.2退出系统连接：ssh访问必需使用exit命令一到多次确保最终结束连接。
2.3文件上传与下载（目前适用Linux用户）：①从本地机子上上传数据到超算平台(Linux系统终端输入)：scp -r <本地文件或文件夹> <username>@192.168.79.3:<用户目录>例如，用户A在超算平台上的账号用户名为phoenix，密码为123456。
用户A将存储在本地计算机/home/data/目录下的code文件夹上传到超算平台上，并储存到超算平台自己目录下（/home/phoenix/），只需在终端输入以下命令，并输入用户密码确认即可：scp-r/home/data/code/***************.79.3:/home/phoenix/②从超算平台下载数据到本地：scp -r <username>@192.168.79.3:<用户文件或文件夹下需下载的文件或文件夹> <本机保存位置>例如，用户A超算平台账号用户名为phoenix，密码为123456。
用户A想将存储在超算平台/data/phoenix/目录下的code文件夹下载到本地计算机/home/目录下:scp -r ***************.79.3:/data/phoenix/code/home/data/3、存储空间使用①用户自申请开通“凤凰超算平台”个人账号开始，即默认同意签署该超算平台提供的“系统每个月1号定时自动删除临时存储空间内个人数据”服务的免责协议。
高性能计算平台的安装与配置方法详解
高性能计算平台的安装与配置方法详解高性能计算平台是现代科学和工程领域中不可或缺的工具，它具有强大的计算能力和处理能力，可以在短时间内处理大规模的数据和复杂的计算任务。
在本文中，将详细介绍高性能计算平台的安装与配置方法，以帮助用户正确地搭建和配置自己的计算环境。
第一步：选择合适的计算平台软件在开始安装和配置高性能计算平台之前，首先需要选择适合自己需求的计算平台软件。
目前市场上有多种高性能计算平台软件可供选择，如Open MPI、MPICH 等。
用户可以根据自己的需求和偏好选择合适的软件。
第二步：准备计算平台所需的硬件和操作系统环境在安装和配置高性能计算平台之前，需要确保计算环境具备适当的硬件和操作系统环境。
一般来说，高性能计算平台需要使用多核处理器、大内存和高速网络，以确保计算的速度和有效性。
同时，需要确保计算机安装了适配的操作系统，如Linux等。
第三步：下载和安装计算平台软件在准备好硬件和操作系统环境之后，用户可以开始下载和安装所选择的计算平台软件。
用户可以从官方网站上下载软件的安装包，并按照官方提供的安装指南进行安装。
安装过程中，根据软件的要求和指示，选择合适的安装选项和路径。
第四步：配置计算平台环境安装完成后，需要进行计算平台的配置工作。
首先，用户需要设置计算节点的主机名和IP地址，以建立节点之间的通信连接。
其次，用户需要设置计算节点之间的互信，以便节点之间能够相互访问和执行任务。
最后，用户需要配置计算平台的环境变量，以使计算节点能够正确地加载和使用所需的库和模块。
第五步：测试计算平台的功能和性能在安装和配置完成之后，用户可以通过运行简单的测试程序来测试计算平台的功能和性能。
这可以帮助用户确保计算平台安装和配置正确，并且可以正常运行。
用户可以编写一些简单的测试程序，并在计算平台上运行，检查输出结果和运行时间，以评估计算平台的功能和性能。
总结：本文详细介绍了高性能计算平台的安装与配置方法。
用户在安装和配置计算平台时，应该先选择合适的计算平台软件，然后准备好适当的硬件和操作系统环境。
广州超算云服务平台用户使用手册v3_0
广州超算云服务平台用户使用手册国家超级计算广州中心变更记录版本修订时间修订人修订类型修订章节修订内容V1.02015.10.19王永祥A全部创建文档V2.02015.10.23王永祥M1对细节内容进行扩充调整。
V3.02015.11.02刘杨A1,2创建“平台简介”以及“云平台申请流程”章节2015.11.03刘杨M全部修改部分内容，并进行内容扩充以及调整2015.11.05刘杨M2修改流程图，补充文字说明注1：修订类型分为A-ADDED，M-MODIFIED，D–DELETED注2：对该文件内容增加、删除或修改均需填写此记录，详细记载变更信息，以保证其可追溯性目录一、平台简介 (1)二、云平台试用申请流程 (2)三、用户需求说明 (3)四、云平台登录方式 (4)五、虚拟机控制台访问 (5)六、创建虚拟机 (7)七、云硬盘基本操作 (10)7.1创建云硬盘 (10)7.2挂载云硬盘 (11)7.3使用云硬盘 (12)八、虚拟机数据传输 (19)一、平台简介广州超级计算中心云平台也叫麒麟云平台，是基于开源软件栈OpenStack 进行二次开发，并依托于天河二号强大的硬件基础设施对外提供服务的。
目前，已在天河二号约6400个节点上部署了麒麟云平台，其中256个节点作为云平台的控制节点，其余节点作为运行虚拟机的计算节点。
目前云平台主要提供IaaS层(基础设施即服务)的服务，即通过虚拟化技术将各类物理资源构建成虚拟资源池，以虚拟机的方式，为用户提供一定限额的CPU、内存、存储、网络等资源。
用户能够在虚拟机上部署和运行任意软件，也能获得有限制的网络组件(如路由器、防火墙等)。
从用户角度来看，虚拟机相当于云服务器。
并且与传统物理服务器相比。
虚拟机的管理方式更加简单高效。
您无需提前采购，就可以根据业务规模随时创建、删除任意多台云服务器。
为您节省了硬件设备维护与采购的费用。
广州超算中心云平台底层物理主机以及可提供的虚拟机的配置如下：1.物理机配置天河二号定制刀片，每个节点配有双路12核CPU，64GB内存，两块千兆网卡、一块THNI高速网卡以及一块1TB的SATA本地硬盘。
超算使用说明
超算使用说明超算使用说明超级计算机是一种高性能计算机，它可以进行大规模的科学计算和数据处理。
在科学研究、工程设计、天气预报、金融分析等领域，超级计算机都有着广泛的应用。
本文将介绍如何使用超级计算机进行科学计算。
一、申请账号首先，需要在超级计算机的官方网站上申请账号。
申请时需要提供个人信息和研究领域等相关信息。
申请通过后，会收到一封邮件，其中包含账号和密码等信息。
二、登录系统使用超级计算机需要通过SSH协议登录系统。
在Windows系统中，可以使用PuTTY等SSH客户端软件进行登录。
在Linux和Mac系统中，可以使用终端进行登录。
登录时需要输入账号和密码。
三、提交作业登录成功后，就可以提交作业了。
作业是指需要在超级计算机上运行的程序。
作业可以通过命令行或者脚本文件进行提交。
在提交作业时，需要指定作业的名称、运行时间、节点数、核数等参数。
作业提交后，会进入等待队列，等待系统分配资源运行。
四、监控作业在作业运行过程中，可以通过命令行或者图形界面监控作业的运行状态。
可以查看作业的运行时间、节点数、核数、内存使用情况等信息。
如果作业运行出现问题，可以通过查看日志文件等方式进行排查。
五、下载结果作业运行完成后，可以将结果下载到本地进行分析。
可以使用SCP等工具进行文件传输。
在下载结果时，需要注意文件大小和传输速度等因素。
六、注意事项使用超级计算机需要注意以下事项：1.遵守计算机使用规定，不得进行非法操作。
2.合理使用计算资源，不得浪费资源。
3.保护个人信息和研究成果，不得泄露信息。
4.及时备份数据，防止数据丢失。
5.遵守计算资源调度规则，不得干扰其他用户的作业。
七、总结超级计算机是一种强大的工具，可以帮助科学家和工程师解决复杂的问题。
使用超级计算机需要掌握一定的技能和知识，需要遵守相关规定和注意事项。
希望本文能够帮助读者更好地使用超级计算机进行科学计算。
上海超算操作及脚本
上海超算中心castep任务正好赶上周末，技术人员不上班，只能自己摸索学习，记录一下整个操作过程，留待以后使用参考。
使用了四天了，其中遇到了很多困难，得到了工程师很大的帮助！在此谢谢上海超算提供的计算资源！操作步骤：1.网页登陆（教育网，网通，电信等网络的地址不同），输入VPN用户名和密码2.主机应用，开始VPN客户端3.运行FTP软件（工程师提供的免安装版8uftp.exe），地址为：192.168.235.XX，用户名和密码为主机账号和密码4.运行putty软件（免安装），IP：192.168.235.XX，Connection type为Telnet，Saved Sessions下输入inode01，点击Save，会在Default Settings下新建inode01，最后Open5.在linux登陆界面输入主机账号和密码，即可进行字符操作6.新建一个工作目录（例如job1，job2等），命令为mkdir job17.将计算需要的文件*.cell，*.param和所需的赝势文件（*.cell中最后有列表）上传到对应的工作文件目录，并把主目录下的RunMS60.sh和subMS60复制到各个工作目录下，命令为cp RunMS60.sh job18.重点修改各个工作目录下的subMS60，修改时必须使用vi命令编译，如果是在windows系统下用文档编辑的subMS60，那么上传之后必须设置可执行权限：chmod +x subMS60，有时还需要转换成unix格式：dos2unix subMS60。
具体修改内容见下文9.修改后，在工作目录下运行命令 bsub -J GeometryOptimination(不是必须的，只是为了区分工作） ./subMS6010.bjobs命令查看任务状态（RUN为运行，queue为排队等待）计算及相关的准备工作1)．打开MS软件，并在Castep Calculation对话框中设置好所有的计算参数，然后从下方的“Files | SaveFiles”中将参数保存下来图12)．使用Windows资源管理器，打开MS计算目录。
超算中心的使用流程
超算中心的使用流程1. 注册与登录•访问超算中心官方网站，点击注册按钮进入注册页面。
•填写注册所需的个人信息，包括姓名、邮箱账号、联系方式等。
•提交注册信息，并等待系统发送激活邮件到注册邮箱。
•登录注册邮箱，点击激活邮件中的链接完成账号激活。
•返回超算中心官方网站，使用注册的邮箱账号和密码登录。
2. 申请权限•登录超算中心后，点击申请权限按钮进入权限申请页面。
•在权限申请页面，填写所需的权限信息，包括使用时间、使用需求等。
•提交权限申请，并等待超算中心管理员审批。
•若权限申请被批准，系统会发送通知邮件到注册邮箱。
3. 资源查询•在登录状态下，点击资源查询按钮进入资源查询页面。
•根据自己的需求和实验要求，填写资源查询条件。
•系统会根据条件查询空闲的超算资源，并返回查询结果。
•根据查询结果，选择合适的超算资源进行预订。
4. 预订超算资源•在资源查询页面，选中想要预订的超算资源。
•点击预订按钮，进入预订页面。
•在预订页面，选择预订的时间段和使用周期。
•提交预订申请，并等待系统审批。
•若预订申请被批准，系统会发送通知邮件到注册邮箱，并将预订信息添加到个人用户中心。
5. 准备实验环境•在预订到的时间段内，登录超算中心，进入个人用户中心。
•查看预订信息，获取预订到的超算资源的相关信息。
•根据超算资源的相关信息，准备实验所需的环境和数据。
•将实验所需的文件上传到超算资源的工作目录下。
6. 运行实验程序•在登录超算中心，进入个人用户中心。
•找到预订到的超算资源，在工作目录下运行实验程序。
•监控实验程序的运行状况，确保实验顺利进行。
•若实验程序运行完成，获取实验结果并保存。
7. 结果分析与下载•在个人用户中心，找到实验结果所在的目录。
•分析实验结果，根据实验要求进行数据处理和结果分析。
•将分析后的结果保存，下载到本地进行后续处理和报告编写。
8. 资源释放•在完成实验后，及时释放所使用的超算资源。
•登录超算中心，进入个人用户中心，找到所使用的资源。
云计算平台Eucalyptus的安装与配置
云计算平台Eucalyptus的安装与配置云计算是近年来崭露头角的一项技术，它将计算能力、存储空间和应用服务等资源通过互联网提供给用户。
作为云计算框架的一种，Eucalyptus是一个开放源码的平台，它允许用户在自己的私有云环境中搭建一个具备弹性和可扩展性的云计算基础设施。
要安装和配置Eucalyptus平台，首先需要确保计算机硬件和网络环境满足要求。
硬件要求包括充足的内存、高速的网络连接和大容量的存储空间。
网络要求则包括静态IP地址的分配、域名解析和路由设置等。
满足这些要求后，就可以开始安装和配置Eucalyptus了。
首先，我们需要下载Eucalyptus的安装包。
Eucalyptus官方网站提供了最新的版本下载链接，可以选择适合自己系统的版本进行下载。
下载完成后，我们可以将安装包解压到任意目录。
接下来，我们需要执行一些预配置步骤。
这些步骤包括设置Eucalyptus节点的名称、选择要使用的虚拟化技术和配置系统的网络。
首先，在Eucalyptus的配置文件中设置节点名称。
节点名称是在Eucalyptus集群中唯一的标识符，它将帮助我们在后续的配置过程中正确地识别节点。
在配置文件中，我们需要指定节点的名称和对应的IP地址。
接下来，我们需要选择要使用的虚拟化技术。
Eucalyptus支持多种虚拟化技术，包括KVM、Xen和VMware等。
我们需要在配置文件中指定要使用的虚拟化技术，并配置相应的参数。
最后，我们需要配置系统的网络设置。
Eucalyptus的网络设置包括公有IP地址和私有IP地址的分配，以及网络子网的划分和路由的设置。
这些设置需要根据实际需求进行调整，以确保系统的网络环境和安全性。
完成预配置后，我们可以开始安装Eucalyptus平台。
安装过程中，我们需要按照安装向导的提示进行操作。
安装向导将引导我们完成Eucalyptus的安装和配置。
在安装过程中，我们需要选择要安装的组件和服务。
超算使用说明
超算使用说明超级计算机是一种高性能、高速度的计算设备，它可以用于解决各种复杂的科学、工程和商业问题。
超级计算机的使用说明对于用户来说非常重要，因为它可以帮助用户更好地理解和利用这种先进的计算技术。
用户在使用超级计算机之前需要了解它的基本特点和工作原理。
超级计算机拥有大量的处理器和内存，能够同时处理大量的数据和任务。
它的运算速度非常快，可以在短时间内完成复杂的计算任务。
用户需要明确自己的计算需求，并选择合适的超级计算机来满足这些需求。
在使用超级计算机之前，用户需要准备好自己的计算任务。
这包括准备好输入数据、编写好计算程序等。
用户需要清楚地知道自己需要完成的计算任务是什么，并将其转化为可以被超级计算机理解和执行的计算程序。
在编写计算程序时，用户需要遵循一些基本的规则和原则。
首先，用户需要使用适当的编程语言来编写计算程序。
常见的编程语言包括C、Fortran、Python等。
用户需要熟悉所选择的编程语言，并使用其提供的功能和特性来实现自己的计算任务。
用户需要注意编写高效的计算程序。
超级计算机的运算速度非常快，但如果计算程序本身效率低下，就无法充分发挥超级计算机的性能优势。
用户需要避免不必要的计算和数据传输，优化计算程序的算法和数据结构，以提高计算效率。
在编写计算程序时，用户还需要考虑并行计算的问题。
超级计算机通常拥有多个处理器，可以同时执行多个计算任务。
用户可以通过并行计算来提高计算速度和效率。
用户需要了解并行计算的基本原理和技术，并将其应用到自己的计算程序中。
在使用超级计算机进行计算之前，用户还需要进行一些准备工作。
首先，用户需要将自己的计算程序和输入数据上传到超级计算机上。
用户可以使用超级计算机提供的文件传输工具或命令来完成这一步骤。
用户需要设置计算任务的参数和选项。
超级计算机通常提供了丰富的选项和参数供用户选择。
用户可以根据自己的需求来设置这些选项和参数，以获得最佳的计算结果。
在计算任务开始之后，用户需要关注计算的进展和结果。
中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心 GROMACS 软件使用指南
Gromacs 软件使用指南（upgrade to gromacs-4.0.7）2010年5月中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心目录软件使用指南 (1)目录 (2)1. 软件介绍 (3)2. 软件的安装与测试 (3)2.1 安装目录及安装信息 (3)2.2 测试结果 (3)3. 软件的运行使用方法 (3)1. 软件介绍GROMACS是分子动力学通用软件包，用于模拟含几百到几百万粒子体系的牛顿运动方程。
它特别适用于生物分子，如蛋白质，油脂等有大量复杂键作用的体系，但是由于GROMACS在计算非键作用（这占了模拟的主要部分）时相当快，因此也可广泛应用于非生物体系，如聚合物。
GROMACS使用标准MPI通信进行并行计算。
3.3.3版2. 软件的安装与测试2.1 安装目录及安装信息安装目录：/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/Chem/gromacs/gromacs-3.3.32.2 测试结果m(n,n)：表示在两个结点上各用n个cpu，共m个进程测试1：share/gromacs/tutor/mixedCPU数wallclock CPU加速比1 1394s2 899s4 513s8 343s8(4,4) 367s8(2,2,2,2) 371s16(8,8) 914s24(4,4,4,4,4,4) 1312s3. 软件的运行使用方法以测试所用数据为例：1。
进入share/gromacs/tutor/water2。
../../../../bin/grompp_d -np NPROCS（制作用NPROCS个进程来计算的数据）2。
mpirun –machinefile HOSTFILE –np NPROCS /home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/Chem/gromacs/gromacs-3.3.3/bin/mdrun_d -s topol -v -N304. 作业提交登录到LB结点之后，在$HOME/.bashrc文件里面加入下面内容：export PATH=$PATH: /home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/Chem/gromacs/gromacs-3.3.3/bin/exportGMXLIB=/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/Chem/gromacs/gromacs-3.3.3/share/gromacs/top/进入到数据所在目录，用bsub提交作业：bsub -W MIN -n NPROCS -a intelmpi -q QUEUE -e %J.err -o %J.out mpirun.lsf "mdrun_d -s INPUT -v -N 30"MIN：为作业估计的运行时间（分钟）NPROCS：作业进程数QUEUE：目标队列“-s INPUT -v -N 30”：和具体要进行的计算有关，需要用户自己指定4.0.4版软件的安装与测试2.1 安装目录及安装信息安装目录：/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/Chem/gromacs/gromacs-4.0.42.2 测试结果m(n,n)：表示在两个结点上各用n个cpu，共m个进程测试1：share/gromacs/tutor/mixedCPU数wallclock CPU加速比检验测试1 1382s1 1369s2.062 663s3.94 351s6.74 202s8 203s8(4,4) 204s6.71 205s6.588(2,2,2,2) 208s9.5716(8,8) 143s24(4,4,4,4,4,4) 259s 5.2912.5632(8,8,8,8) 109s40(8,8,8,8,8) 116s 11.848(8,8,8,8,8,8) 111s 12.33测试2：share/gromacs/tutor/speptide/参照Gromacs手册，测试了从pdb文件到分子动力学模拟的整个操作过程。
超算使用说明
超算使用说明一、超算简介•超级计算机（超算）是一种极为强大的计算机设备，拥有强大的计算能力和存储容量。
•超算通常由大量的处理器和存储设备组成，可以用于解决复杂的科学、工程和商业计算问题。
•超算常用于气象预测、基因组学、核物理学等领域的大规模计算和模拟。
二、超算的分类1.单节点超算：指只有一个节点（Node）的超算系统，该节点拥有多个处理器。
2.多节点超算：由多个节点组成，每个节点都有独立的处理器和内存。
三、超算使用前的准备工作1.申请账号：用户需要向超算中心申请账号，获得使用超算的权限。
2.学习使用文档：用户需要仔细阅读超算中心提供的使用文档，了解超算的基本操作和注意事项。
3.编写提交脚本：用户需要编写脚本来提交超算任务，以指定所需的计算资源和运行参数。
四、超算使用的基本流程1.登录超算系统：使用申请到的账号和密码登录超算系统。
2.准备工作环境：加载所需的软件环境和模块。
3.编写并提交脚本：编写脚本指定计算资源、运行参数等，并提交到超算系统。
4.监控任务状态：使用命令查询任务状态，以了解任务的执行情况。
5.结果处理和存储：从超算系统中下载计算结果，并将结果存储到本地或其他存储设备中。
五、超算使用的注意事项1.资源使用优化：合理使用计算资源和内存，尽量避免资源浪费。
2.任务并行性：结合任务类型和问题规模，合理选择任务的并行方式。
3.内存限制：超算系统可能对每个节点的内存有限制，需要注意内存的使用情况。
4.任务调度和排队：超算系统中可能存在任务调度和排队的情况，需要耐心等待任务执行。
六、常用的超算命令和工具1.qsub：用于提交任务脚本到超算系统。
2.qstat：用于查询任务状态。
3.qdel：用于取消正在执行的任务。
4.scp：用于在本地计算机和超算系统之间进行文件传输。
5.module：用于加载指定的软件环境和模块。
七、超算使用的案例•案例一：使用超算进行大规模的气象模拟，以预测台风的路径和强度。
长沙超算manual
拟输出到屏幕的内容保存到这个文件中，其中23371是作业ID号。
用户作业管理
注意: ➢ 任务数n=节点数N*单个节点的CPU核数.
yhrun -N 1 -n 8 -w node4 job_name
➢ 用户在提交作业时，一定要指明所需的节点数，即在命令行设置 参数-N,以防作业提交出错.
如何使用中心资源
使用形式 ➢ 内网登录：在中心终端机房，采用X windows、
SshClient、putty等远程登录工具直接登录使用中 心资源； ➢ 外网登录：在可以连接Internet的终端机上，在IE 浏览器中输入https://222.240.161.181，通过SSLVPN 用户登录系统使用中心资源
机群基本操作
➢：set nu 设定资料的行号。 ➢：set nonu 取消行号设定。 ➢：10,20w test 将第10行至第20行的资料写入test文件。 ➢：10,20w>>test 将第10行至第20行的资料加在test文件之后。 删除、复制及搬移 ➢：10,20d 删除第10行至第20行的资料。 ➢：10d 删除第10行的资料。 ➢：%d 删除整个编辑缓冲区。 ➢：10,20co30 将第10行至第20行的资料复制至第30行之后。 ➢：10,20mo30 将第10行至第20行的资料搬移至第30行之后。
咨询方式
用户在使用机器过程当中遇到问题可采用以下几种 方式与我们联系: ➢ 可以在中心网站中的留言板块留言, 我们会在一个工作日内作出回答 ➢ 可以直接电话联系中心工作人员
（2）将作业脚本的属性改为可执行 #chmod +x task
（3）用yhbatch方式发作业： #yhbatch –n 16 –N 2 –w node[1-2] ./task
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超算平台软件下载安装及使用方法：
登录192.168.1.222
首页栏
点击软件下载，可以下载软件。
其中，ansys140.win32.dvd.1.iso、ansys140.win32.dvd.2.iso 和comsol42a.iso为最新版本。
点击软件安装或安装指南，按照网页中详细安装步骤进行安装即可。
重要注意事项
【1】软件安装完成后即可在本地计算机进行软件基本操作和算例的计算。
由于集群计算节点数和软件的用户数目有限，希望各位同事、同学小规模算例在本地计算，大规
模的算例再提交到集群计算。
【2】提交到集群进行并行计算时才需要用户名和密码。
由于不同软件节点资源的分配、用户权限的设定等尚在配置中，调度软件的部分功能正在定制过程中，集群并行计
算稍后开放，开放时另行通知，到时申请开户者的用户名和密码信息会以邮件形式
回复。
【3】敬请大家登陆网内论坛http://192.168.1.222/bbs ,但请务必只讨论技术问题。
前沿部
2012-3-23。