生物信息学原理与方法-第九讲 蛋白质序列分析与预测
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1-7 Байду номын сангаасlycoMod -以实验测定的质谱预测蛋白质可能出现的寡多醣结构。
1-8 GlycanMass - 以寡多醣结构预测其质谱。
1-9FindPept -由实验质谱识别蛋白质中的肽，并考虑到人工化学修饰、 翻译后修饰以及蛋白酶自体溶解等因素。
1-10PeptideMass-以Swiss-Prot 、TrEMBL 条目或用户提供的序列來预测其 肽质谱及翻译后修饰。
6.Topology prediction 空间结构预测 7.Primary structure analysis 一级结构分析 8. Secondary structure prediction 二级结构预测 9.Tertiary structure 三级结构预测 10. Sequence alignment 序列比对（已讲） 11. Biological text analysis 生物学文本分析（不讲）
1.Protein identification and characterization 蛋白质识别与特证描述
1-1 AACompIdent - 以氨基酸组织识别蛋白质
1-2 AACompSim -比较Swiss-Port条目与其他条目的差异
1-3 MultiIdent -以等电点、分子量、氨基酸组成、序列特征及肽指纹数 据识别蛋白质。
1-15PepSea -由Protana, Denmark提供的从肽质谱和肽序列识别 蛋白质。
1-16PeptideSearch -由EMBL Heidelberg提供的肽质谱识别工具。
1-17ProteinProspector -由UCSF提供的多种质谱分析工具。
1-18PROWL -由Rockefeller和NY Universities提供蛋白质化学性 质及质谱仪资源。
1-11PeptideCutter –由所提供的蛋白质序列来预测可能的蛋 白酶剪切位点或化学剪切位点。
1-12IsotopIdent –预测肽、蛋白质、多核苷酸或化学组成的理 论同位分布
1-13PepMAPPER-由英中的UMIST提供的肽质谱分析工具。
1-14Mascot –由Matrix Science Ltd.,提供的序列搜索、MS/MS离 子及肽质谱识别。
2-7FSED – 读框错误检测
2-8LabOnWeb -使用Compugen LEADS clusters延伸 EST、表达模式及ESTs序列分析。
2-9List of gene identification software sites 列出基
3.Similarity searches 相似搜索
DNA序列搜索。 4-5 Pfam HMM search-在Washington University及Sanger Centre对Pfam数据库
3-1 BLAST 3-2 Bic ultra -Smith/Waterman序列搜索 3-3MPsrch - EBI的Smith/Waterman序列比对。 3-4DeCypher – Smith/Waterman序列搜索 3-5Fasta3 – EBI的FASTA version 3 3-6FDF - Smith/Waterman序列搜索 3-7PropSearch –使用氨基酸组成来进行结构同源搜索。
2-3Graphical Codon Usage Analyser –以图形方式显 示密码子偏向性
2-4BCM search launcher – 以六种框架翻译DNA序 列
2-5Backtranslation – 将蛋白质序列翻译成DNA序列
2-6Genewise – 比较蛋白质序列与基因组的DNA序 列，允许内含子和读框错误
生物信息学
原理与方法
第二讲 蛋白质序列分析与预测
目录
一、基本方法 二、在线工具--ExPASy 系统简介
一、基本方法
二、ExPASy 系统简介
1.Protein identification and characterization 蛋白 质识别与特证描述 2.DNA -> Protein 将DNA序列翻译成蛋白质序列 3.Similarity searches 序列类似性检索（已讲） 4.Pattern and profile searches 模式的搜索 5.Post-translational modification prediction 翻译 后修饰预测
1-19PFMUTS -由MALDI提供，显示肽片段中可能出现的单氨 基酸或两氨基酸突变。
1-20CombSearch -一种试验性的的蛋白质识别工具集成系统。
2.DNA -> Protein 将DNA序列 翻译成蛋白质序列
2-1Translate - 将DNA序列翻译成蛋白质序列。 2-2Transeq – 使用EMBOSS 软件包将DNA序列翻译 成蛋白质序列。
4.Pattern and profile searches 模式的搜索
4-1 InterPro Scan - 在PROSITE, Pfam, PRINTS及其他家族和功能域数据库中集 成检索。
4-2 ScanProsite - 对PROSITE或Swiss-Prot 和TrEMBL的模式序列进行搜索。 4-3 MotifScan - 对蛋白质模式数据库中的序列(包括PROSITE)进行搜索。 4-4 Frame-ProfileScan -对蛋白质模式数据库中的序列(包括PROSITE)进行短的
1-4 PeptIdent –以肽指纹数据识别蛋白质、等电点、实验测定的分子量、 以Swiss-Prot中所有蛋白质的理论肽来比较使用者指定的肽质谱，提 供数据库的注释。
1-5 TagIdent以等电点、分子量和序列特征识别蛋白质，并检出与所给等 电点和分子量最接近的蛋白质序列列表。
1-6 FindMod –预测可能的蛋白质翻译后修饰及肽中单个氨基酸可能被取 代。将实验测定的肽质谱与指定的Swiss-Prot序列中的理论肽或用户 输入的序列作比较，质谱的差异以作出更佳的蛋白质特征描述。
1-8 GlycanMass - 以寡多醣结构预测其质谱。
1-9FindPept -由实验质谱识别蛋白质中的肽，并考虑到人工化学修饰、 翻译后修饰以及蛋白酶自体溶解等因素。
1-10PeptideMass-以Swiss-Prot 、TrEMBL 条目或用户提供的序列來预测其 肽质谱及翻译后修饰。
6.Topology prediction 空间结构预测 7.Primary structure analysis 一级结构分析 8. Secondary structure prediction 二级结构预测 9.Tertiary structure 三级结构预测 10. Sequence alignment 序列比对（已讲） 11. Biological text analysis 生物学文本分析（不讲）
1.Protein identification and characterization 蛋白质识别与特证描述
1-1 AACompIdent - 以氨基酸组织识别蛋白质
1-2 AACompSim -比较Swiss-Port条目与其他条目的差异
1-3 MultiIdent -以等电点、分子量、氨基酸组成、序列特征及肽指纹数 据识别蛋白质。
1-15PepSea -由Protana, Denmark提供的从肽质谱和肽序列识别 蛋白质。
1-16PeptideSearch -由EMBL Heidelberg提供的肽质谱识别工具。
1-17ProteinProspector -由UCSF提供的多种质谱分析工具。
1-18PROWL -由Rockefeller和NY Universities提供蛋白质化学性 质及质谱仪资源。
1-11PeptideCutter –由所提供的蛋白质序列来预测可能的蛋 白酶剪切位点或化学剪切位点。
1-12IsotopIdent –预测肽、蛋白质、多核苷酸或化学组成的理 论同位分布
1-13PepMAPPER-由英中的UMIST提供的肽质谱分析工具。
1-14Mascot –由Matrix Science Ltd.,提供的序列搜索、MS/MS离 子及肽质谱识别。
2-7FSED – 读框错误检测
2-8LabOnWeb -使用Compugen LEADS clusters延伸 EST、表达模式及ESTs序列分析。
2-9List of gene identification software sites 列出基
3.Similarity searches 相似搜索
DNA序列搜索。 4-5 Pfam HMM search-在Washington University及Sanger Centre对Pfam数据库
3-1 BLAST 3-2 Bic ultra -Smith/Waterman序列搜索 3-3MPsrch - EBI的Smith/Waterman序列比对。 3-4DeCypher – Smith/Waterman序列搜索 3-5Fasta3 – EBI的FASTA version 3 3-6FDF - Smith/Waterman序列搜索 3-7PropSearch –使用氨基酸组成来进行结构同源搜索。
2-3Graphical Codon Usage Analyser –以图形方式显 示密码子偏向性
2-4BCM search launcher – 以六种框架翻译DNA序 列
2-5Backtranslation – 将蛋白质序列翻译成DNA序列
2-6Genewise – 比较蛋白质序列与基因组的DNA序 列，允许内含子和读框错误
生物信息学
原理与方法
第二讲 蛋白质序列分析与预测
目录
一、基本方法 二、在线工具--ExPASy 系统简介
一、基本方法
二、ExPASy 系统简介
1.Protein identification and characterization 蛋白 质识别与特证描述 2.DNA -> Protein 将DNA序列翻译成蛋白质序列 3.Similarity searches 序列类似性检索（已讲） 4.Pattern and profile searches 模式的搜索 5.Post-translational modification prediction 翻译 后修饰预测
1-19PFMUTS -由MALDI提供，显示肽片段中可能出现的单氨 基酸或两氨基酸突变。
1-20CombSearch -一种试验性的的蛋白质识别工具集成系统。
2.DNA -> Protein 将DNA序列 翻译成蛋白质序列
2-1Translate - 将DNA序列翻译成蛋白质序列。 2-2Transeq – 使用EMBOSS 软件包将DNA序列翻译 成蛋白质序列。
4.Pattern and profile searches 模式的搜索
4-1 InterPro Scan - 在PROSITE, Pfam, PRINTS及其他家族和功能域数据库中集 成检索。
4-2 ScanProsite - 对PROSITE或Swiss-Prot 和TrEMBL的模式序列进行搜索。 4-3 MotifScan - 对蛋白质模式数据库中的序列(包括PROSITE)进行搜索。 4-4 Frame-ProfileScan -对蛋白质模式数据库中的序列(包括PROSITE)进行短的
1-4 PeptIdent –以肽指纹数据识别蛋白质、等电点、实验测定的分子量、 以Swiss-Prot中所有蛋白质的理论肽来比较使用者指定的肽质谱，提 供数据库的注释。
1-5 TagIdent以等电点、分子量和序列特征识别蛋白质，并检出与所给等 电点和分子量最接近的蛋白质序列列表。
1-6 FindMod –预测可能的蛋白质翻译后修饰及肽中单个氨基酸可能被取 代。将实验测定的肽质谱与指定的Swiss-Prot序列中的理论肽或用户 输入的序列作比较，质谱的差异以作出更佳的蛋白质特征描述。