化学常用软件综述

第一章 绘图软件

一、 ChemWindows 6.0 使用 1、ChemWindows概述 2、软件的安装 3、界面结构、菜单基本操作 4、图片的导出和导入 5、应用实例
§1.1 ChemWindows的概述
ChemWindow原是SoftShell公司的著名产品。1996年被 Bio-Rad Laboratories 的子公司Sadtler收购。 它基于Windows平台的化学专业软件。 主要功能是绘制 各种结构和形状的化学分子结构式及化学图形，具有一般其 它绘图软件所不具备的化学分子图形编辑功能。 ChemWindow具有的友好用户界面和便利的切换功能， 使得其资料可共享于各软件之间。 该软件在绘制化学专业 图形方面使用方便且功能强大，可免去许多人工手绘化学分 子图形之苦，为日常的教学和科研带来许多方便，该软件与 Microsoft Word、PowerPoint 等软件联用，可出色地完成一 般化学科技论文的编印及制作出漂亮的专业幻灯片，为化学 工作者带来极大便利。 互联网地址：http://www.bio-rad.com/ChemWindow （原来的地址：http://www. chemwindow.com/）

1、化学键的绘制

单键操作： a. 单击 b. shift＋左键 拉伸成任意





与划箭头有关的工具 反应式箭头 机理电子转移箭头 圆或圆弧及相应箭头 化学符号标记和文字说明 编辑工具 选择对象工具 索套工具
§1.1 ChemWindows的概述
版本：3.0、5.0、6.0、最新版为：KnowItAll 7.0
§1.2 Chemwindows 6.0 的安装与注册
§1.3 界面结构、菜单基本操作
§1.3 界面结构、菜单基本操作
打开文件
不同文件格式
常用的文件格式介绍
1、 Styles and Template(*.cwt)——用于保存样式和模板文档 2、Document (*.cwg)——ChemWindows原本格式 3、ChemWindows library(*.cwl)——用于存储模版库文件 4、MDL MolFile (*.mol)——MDL(分子设计有限公司) MolFile文 件格式用于其它一些在Windows、Macintosh和Unix环境下的化 学数据库和绘画应用软件。
http://media.cambridgesoft.com/cou110/cou110.exe http://media.cambridgesoft.com/cbou120/cbou120.exe

ChemDraw 是世界上最受欢迎的化学结构绘图软件，是 各论文期刊指定的格式。 · AutoNom：是Beilsteiny最强的软件，现已内含在 ChemDraw Ultra内，它可自动依照IUPAC的标准命名化 学结构。 · ChemNMR：在ChemDraw 内预测13C和1H的 NMR光谱，节省实验的花费。 · ChemProp：预测BP、MP、临界温度、临界气压、 吉布斯自由能、logP、折射率、热结构等性质。
移动鼠标，将被选的对象移动到指定位置后抬起鼠标；
“键＋单击”：按下特殊的键和单击鼠标键同时进行。
如，“Shift＋单击”意思是按下”Shift”键和单击鼠标键；
“键＋拖动”：按下特殊的键和鼠标键，移动鼠标。
如，“Shift＋拖动”意思是按下”Shift”键和拖动鼠标光标。
§1.3 界面结构、菜单基本操作
· ChemSpec：可让输入JCAMP及SPC频谱资料， 用以比较ChemNMR预测的结果。 · ClipArt：高品质的实验室玻璃仪器图库，可搭 配ChemDraw使用。 · Name=Struct：输入IUPAC化学名称后就可自动 产生ChemDraw结构。 · Excel Add-on：与微软的Excel完全整合，并可连 结ChemFinder。

Chem3D 提供工作站级的3D分子轮廓图及分子轨道特性分 析，并和数种量子化学软件结合在一起。由于 Chem3D提供完整的界面及功能，已成为分子仿真分 析最佳的前端开发环境。
· Gaussian Client：量子化学计算软件Gaussian 98W的 客户端界面，直接在Chem3D运行Gaussian，并提供数种坐 标格式。ChemOffice 2005还支持Gaussian 03W（需要安装 Gaussian 98W/03W） · GAMESS：量子化学计算软件GAMESS的客户端 CS 界面，直接在Chem3D运行GAMESS的计算。（需要另外 获得GAMESS） · MOPAC Pro：Fujitsu的量子化学计算软件MOPAC已 内含在Chem3D Ultra内，搭配Chem3D的图形界面。 分子 计算的方法有AM1、PM3、MNDO、MINDO/3和新的 MINDO/d。 可以计算瞬时的几何形状及物理特性等。 · 工作站质量的分子动力学和分子模拟。 · MM2力场计算。

ChemOffice WebServer 化学网站服务器数据库管理系统 您可将您的ChemDraw、Chem3D发表在网站上，使用 者就可用ChemDraw Pro Plugin网页浏览工具，用www方 式观看ChemDraw的图形，或用Chem3D Std插件中的网 页浏览工具观看Chem3D的图形。WebServer还提供 250,000种的化学品数据库，包含Sigma、Aldrich、Fisher Acros等国外大公司。 ChemOffice 2006 (10.0)新增功能： 1. Chem3D加入量子化学计算程序Jaguar的图形接口。 2. 包含GAMESS计算模块，无需另外申请。
化学化工常用软件应用
本课程所要涉及的主要内容
一、数据处理软件
1. Origin 7.5 2. Microsoft Excel 的数据处理 3. 常用实验设计软件
二、绘图软件
1. 化学办公软件ChemOffice 2010 (1) ChemDraw绘图 (2) Chen3D绘图实例 (3) ChemFinder 2. ChemWindow 、ISIS/Draw 、ChemSketch
其它的统计软件
§1.1 ChemOffice 2010 的概述

美国剑桥公司最新版本ChemOffice 2012 是世界上最优秀 的桌面化学软件，集强大的应用功能于一身, 为您提供了 优秀的化学辅助系统,使您的研究工作达到一个新的高度。 ChemOffice 2012 包括:ChemDraw Ultra 化学结构绘图、 Chem3D Ultra 分子模型及仿真、 ChemFinder Ultra 化学 信息搜寻整合系统等一系列完整的软件。可以将化合物名 称直接转为结构图，省去绘图的麻烦；也可以对已知结构 的化合物命名，给出正确的化合物名称。
一、Origin 简介


Origin是国际标准的科学图形作图软件，广泛应用 于学术论文中，其目前的最高版本是V9.0 (Pro)。 按照OriginLab公司自己的定位，Origin： Scientific Graphing(科学作图), Data Analysis(数据分析), Curve Fitting Software(曲线拟合)， 已经完全的表达出Origin软件的主要功能和目的。 定位于：基础级和专业级之间，是国际科技出版 界公认的标准作图软件。 主页：http://www.originlab.com/
本课程所要涉及的主要内容
三、流程图的绘制
1. 流程图的绘制软件 Visio 2007 和 SmartDraw 7 2. Microsoft Word 和 Microsoft Excel 绘图 3. 国产化学软件介绍
四、论文的编辑排版软件的应用
1. 排版中常见问题 2. Word公式编辑器与Mathtype6.2 3. 文献管理软件的使用

ChemDraw Ultra 12.0：化学结构绘图 Chem3D Ultra 12.0：分子模型及仿真 ChemFinder Pro 12.0：化学信息搜寻整合系统 此外还加入了E-Notebook Ultra 12.0，BioAssay Pro 11.0， 量化软件MOPAC、Gaussian和GAMESS的界面， ChemSAR Server Excel, CLogP, CombiChem/Excel等等， ChemOffice Pro还包含了全套ChemInfo数据库，有 ChemACX和ChemACX-SC，Merck索引和ChemMSDX。 当前是版本是2010 (12.0)。
常用术语
点位：移动鼠标直到鼠标的光标放到所要进行操作的位置， 如果选择的位置在图形结构中的键、原子、线等的上面， 一般出现黑方块，称之为光标块，选择块或操作块。
光标块
选择：用鼠标的光标选中某种选择，使对象产生光标。选择对
象并不意味着动作，只是标记要操作的对象和点位； 单击：快速按下鼠标键(左或右键)，然后快速抬起； 双击：快速操作两次单击； 拖动：由三部分动作组成——按下鼠标左键选择对象，
标准工具栏 标题栏
菜单栏
格式条
Hale Waihona Puke Baidu
工作区
状态栏
§1.3 界面结构、菜单基本操作
工作区单击鼠标右键，可以直接打开选择工具栏
§1.3 界面结构、菜单基本操作
页面设置
默认设置
§1.3 界面结构、菜单基本操作
标准工具 自定义工具 键工具栏
命令栏
图形工具 其它工具 符号工具 格式栏 缩放条
轨道工具栏
反应工具栏 模版工具栏 图形格式条 标尺栏

ChemFinder 化学信息搜寻整合系统，可以建立化学数据库、储存 及搜索，或搭配ChemDraw、Chem3D使用，也可以使用 现成的化学数据库。ChemFinder是一个智能型的快速化 学搜寻引擎，所提供的ChemInfo是目前世界上最丰富的 数据库之一，包含ChemACX、ChemINDEX、 ChemRXN、ChemMSDX，并不断有新的数据库加入。 ChemFinder可以从本机或网上搜寻Word，Excel， Powerpoint，ChemDraw，ISIS格式的分子结构文件。还 可以与微软的Excel结合，可连结的关连式数据库包括 Oracle及Access，输入的格式包括ChemDraw、MDL ISIS SD及RD文件。
状态栏
§1.3 界面结构、菜单基本操作

标准工具(Standard Tools)
反应 体系模版
索套工具
标签工具 与环有关的工具
键工具栏
§1.3 界面结构、菜单基本操作

自定义工具(Custom Palette)
§1.3 界面结构、菜单基本操作
化学键的绘制 单键 双键、多重键及长链 与环有关的工具 饱和环 不饱和环