基于Windows系统的亲子鉴定数据统计分析软件
Genemarker中文说明书
Gene Marker®The Biologist Friendly SoftwareGeneMarker®是唯一为基因研究者设计的“生物学家友好”基因分型软件。
软件界面具有引导功能并且布局直观，使用非常简便，同时兼顾精准、快速等优点，并集合大量应用，是一个功能强大的科研工具。
软件特点总结如下：特点：操作简单精准读取片段及等位基因快速界面引导自定义设置低成本临床研究：脆性X综合征三染色体/非整倍性研究MLPAMS-MLPA囊胞性纤维症微卫星不稳定基础研究：AFLPT-RFLP微卫星标记（STR/SSR）SNP标记（SnapShot/SNPlex）聚类分析亲缘关系鉴定GeneMarker可同时分析多达1000个四色或五色荧光平板胶或毛细管电泳泳道的数据，并兼容全部主流毛细管和平板胶电泳系统产生的文件，如ABI的文件（*.FSA、*.AB1、*.ABI、*.HID）、SCF的文件、MegaBACE™ 的文件（*.RSD、*.ESD）、Beckman-Coulter 的文件，以及与我们JelMarker®软件结合使用分析LI-COR、DNA Analyzers和柯达成像系统产生的平板胶图像（TIFF、BIP、JPEG 、TXT格式）。
GeneMarker是卓越的遗传分析和片段分析软件，可完美替代其他同类软件，如LI-CO （RSAGA软件）、ABI（GeneMapper®、Genotyper®、和GeneScan®）和MegaBACE® 的分析软件。
用户操作GeneMarker 的“Run Wizard ”简化用3个简单的步骤指引用户，使分析变准确，用户可选择嵌入式的模板或自定板。
GeneMarker 的模式识别技术可以自器或试剂造成的错误，如饱和峰、噪声重叠、钉子峰及影子峰。
目前，GeneMarker 的各项功能均于选择模板或自定义创建模板后自动分显示及报告。
winRHIZO说明书
WinRHIZO 软件已经运行
“WinRHIZO”主要窗口将被展示，这个窗口不同的区域和它的功能将被描述，在这个
时候，你可能就会认为它们很简单，就像我们提到的按照这个操作一样。
获取图像前的 WinRHIZO 界面
区域形状选择。选择分析和不被包含 的区域
长方形 圆 自由形式（套索）
图像选择器是去选择展示的图像 初始图像 像素分类图像 框架图像 色阶图像
一些内容仅仅在分析之后显现。
信息给操作者和部分分析数据。更多 的数据在 WinRHIZO 的数据文件。 品质的大小在图像上面显示/信息选 择。在小屏幕（640*480）可能有更 大的空间来展示所有的信息。
洗根测量分析软件 中文说明书
适用于基本版，标准版，专业版
2010 年 8 月
1 安装
1.1 包装清单和注意事项
WinRHIZO 软件包括以下几项：1)一个或更多的彩色说明书 2)一个 CD-ROM 光盘，包含这 个程序和演示图像(在这个手册最后的袋子里),3)注册信息和隔离板上的最后信息 4）最重要 的是密钥（运行 WinRHIZO 必须）。
10-16 位必须转换成每个像素每个颜色通道 8 位才能被分析。对于 jpeg 图像文件格式：
WinRHIZO 可以分析保存为 tiff 和 jpeg 格式的图像。Jpeg 对于科学图像分析不是一个好格式。
它取决于图像如何被压缩。图像用有损耗的运算法则压缩随后打开分析，图像与压缩前是不
一样的。它的内容通过压缩过程改变。用修改的图像进行测量，精度下降。强烈的推荐没有
1.2 密钥
密钥根据您收到的密钥型号，必须连接 在一个平行的打印机端口或者是 USB 端 口上。当在图像获取时，当你按了 Acquistion Icon 或 者 Image/Acquire Image),你就会看到下面这个错误信息提 示“Protection key not found.Please verify its installation”。这说明密钥必须连接在 电脑上，这样才能保证程序继续运行。 如果在连上加密狗后还出现这个错误信 息，那么转到附录 B 或者我们的网址， 寻找解决这个问题的方法。
实用的DNA分析类软件
实用的DNA分析类软件热度 3已有101 次阅读2014-9-13 17:39|download, Windows, programs, 浏览器, 格式转换http://www.stud.uni-karlsruhe.de/~uzbar/programs/mb661.exe1.5M，免费的DNA分析软件，可寻找酶切位点，绘制质粒图谱、设计pcr引物、分子量计算、序列比对等等/lucatoldo/myhomepage/JaMBW.zip1.9兆。
Java语言是一个跨操作平台的语言，用该语言编写的软件，可以跨操作平台使用，只要这个系统有支持Java语言的环境即可。
在Windows环境下，IE与Netscape 浏览器均支持Java 语言，所以用Java语言编写的分子生物学软件JaMBW便是在浏览器下工作的。
JaMBW是一个分子生物学软件包，功能包括：序列格式转换、求序列的补体序列与逆序列、将DNA序列翻译成蛋白序列、序列分析、多序列比较、特征位点查找、3维分子结构查看、pcr引物设计、缓冲液设计等功能，包含了分子生物学研究常用的一些操作。
JaMBW是一个非常出色的工具软件。
版本号1.1http://hjem.get2net.dk/acaclone/download/pDRAW32setup.zip3M，是又一个非常方便的质粒绘制工具与DNA分析工具。
它包括DNA序列输入与分析、限制酶消化分析以及环形与线性DNA图形输出等许多功能。
作者将许多选择设计成选项，只须你选择即可，使用非常方便。
软件需要的限制酶数据库/annhyb/softwares/annhyb-4.922.zip1.1M。
DNA工具软件，对短DNA序列，它可进行补体序列生成、融合温度预测、GC百分含量计算、分子量计算、摩尔消光系数计算等功能。
增加了许多功能，包括序列检索、注释、编辑，格式转换，限制酶分析、翻译、序列查找、反序与补序、序列统计、ORF查找、寡序列分析、探针分析等等，是一个有用而方便的小工具/dnassist.zip10.7M。
常用生物软件
常用生物软件常用生物软件（Windows 版）一、基因芯片1、基因芯片综合分析软件。
ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。
Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。
phoretix™ Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。
J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。
2、基因芯片阅读图像分析软件ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。
输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。
3、基因芯片数据分析软件Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster）分析与其它各种处理的软件。
SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。
4．基因芯片聚类图形显示TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。
现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。
FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。
5．基因芯片引物设计Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具二、RNA二级结构RNA Structure 3.5 RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。
NTsys-pc2.02图解使用说明
NTsys-pc2.02图解使用说明Edit by mycobio2004.111 数据的录入方法：1.1 利用Ntedit直接录入数据0、1二元数据中的数据缺失记为2。
其中列标可以写为样品编号，在No.rows 栏中写入0、1数据总数，No.cols 栏中写入样品总数。
文件另存为*.nts格式。
1.2 从excel表中直接读入数据Excel表中输入数据格式如下图。
A1必须为1，B1为0、1数据总数，C1为样品总数。
打开Ntedit程序，选择从Excel表输入，结果见上图。
文件另存为*.Nts格式1.3 Ntsys-pc可以直接运行*.phy格式的文件（由phylip和phytool产生）1.4 DNA序列数据Ntsys-PC也可以分析，但好像用的人较少。
建议大家使用phylip或者其他的软件。
DNA序列数据在Excel中输入格式如下：1.5 其他数据的Excel输入如下2 聚类分析Ntsys-pc2.02界面如下以下以图中数据为例介绍聚类过程：2.1 首先用similarity程序组中的SimQual计算形似系数矩阵。
Coefficient通常选用SM 或DICE，结果输出到另一文件。
2.2 以上步的结果作为input file利用Clustering程序组中的SHAN或者Njoin进行计算，聚类分法选用UPGMA，ties选用FIND，Maximum no. tied trees至少大于样品数。
Njoin程序组界面如下，rooting method可以选用Outgroup，但需输入外元。
2.3 将SHAN或NJoin方法得到的tree file文件输入到Graphics程序组中的tree plot程序中计算得到树图如下利用options可以对树图进行描述与处理.在此略去.2.4 一致性分析：可以用Clustering中的consens程序进行，两个不同文件分别输入；同一文件中不同的进化树之间的分析，则只输入到input tree1 file即可。
生物统计软件
常用生物软件（windows)全面介绍一、基因芯片1、基因芯片综合分析软件。
?ArrayVision 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。
?Arraypro Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。
?phoretix™ Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。
?J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境后后，才能运行。
?2、基因芯片阅读图像分析软件?ScanAlyze ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。
输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。
?3、基因芯片数据分析软件?Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster）分析与其它各种处理的软件。
?SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显着性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。
?4．基因芯片聚类图形显示?TreeView 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。
现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。
?FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。
?5．基因芯片引物设计?Array Designer DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具?二、RNA二级结构RNA Structure RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级结构的算法在软件上实现。
基因数据分析的主流软件
基因数据分析的主流软件在过去的几年中，许多生物的基因组完成了测序工作，如何对如此庞大的原始序列信息进行分析和应用，正是现在最为棘手的问题。
大量的基因预测软件和在线工具应运而生。
如何广泛而深入地了解并能有的放矢地利用这些工具，已经成为21世纪分子生物学家的必修课。
随着大规模EST和cDNA序列信息的获取，那些基于表达序列同源范围的程序，在基因组注释中的作用日益显著。
即使在稀少基因或组织特异性表达的基因中，基因组序列的相关性信息也颇具参考价值。
所以利用基因组序列的比对来扩充基因的信息是不可获缺的。
特别是在对人类基因组做注释时，与那些相对完整的脊椎动物基因组，如小鼠和鱼类的基因组比较是必不可少的步骤。
许多基因组测序计划正在进行之中，尽管仍存在急需解决的问题，比较基因组学方法（comparative genome approach）被认为是最有应用前景的方法。
该方法不仅在基因预测中举足轻重，而且在鉴定调控基因、探索垃圾基因（junk gene）等方面的作用也不容忽视。
基因预测软件的用户应该认识到，软件预测结果的可靠性和置信水平都有较大程度的提升。
但这些毕竟是预测的结果，分子生物学家，总是试图证明真实存在的蛋白质，及其功能和在组织中的表达状态。
当前，已有超过60种真核基因组测序计划在进程之中。
然而生物学方面的相关注释还远不能匹配如此汹涌而至的原始序列数据。
当务之急是，研发出更多的准确而快速的分析工具，特别在寻找基因、确定其准确功能等应用方面。
许多基因预测程序都可以免费共享。
当前，几乎没有一个完美的程序可以解决用户们的所有问题。
这就需要用户最大程度地利用主流程序的整合优势。
基因数目预测的主流软件10年前，研究人员开始预测人类基因的数目，这个数目在很长时间没有明显改变。
几年前，最多的预测是100,000；当人类基因组完成测序时，这个数目降至30,000。
现在有降至20,000左右。
研究人员相信：充分考虑人类的基因组序列和其它生物的基因组序列，可以做出近似的估计。
法医鉴定软件GeneMapperID v3.1中文操作手册
美国应用生物系统公司法医及亲子鉴定数据分析软件GeneMapper ID v3.1 中文操作手册（Rev B。
仅供参考。
请阅读英文原版手册。
）ABI中国公司技术服务部x 2004年目录概述 (2)快速入门指南 (3)中文手册 (5)一. 安装及登录 (5)二. 设置参数 (5)三. 分析数据 (6)四. 输出结果 (7)概述GeneMapper是高通量、高自动的DNA片段分析和基因分型软件，功能上相当于GeneScan、Genotyper和Template的整合，应用上分4类：基于STR连锁分析的基因组扫描，基于STR遗传分析的亲子鉴定，基于单碱基延伸的SNP分析，和基于寡核苷酸连接(OLA)的大规模SNP分析。
其中GeneMapper ID v3.1是亲子鉴定的专业软件。
GeneMapper以Project为单位管理数据，之下划分4个层次，依次为Kit (应用)、Panel (位点组，相当于Bin Set)、Locus(位点，相当于Marker)和Allele (等位基因，相当于Bin)。
kit 是各种AmpFlSTR试剂盒的总称；Panel是一组Marker，即日常所指的试剂盒，如Identifiler、Profiler Plus、COfiler等。
Panel所包含的全部位点及其起止范围的定义称为Bin Set。
Locus 就是STR位点，如D16S539、TH01等。
Allele是等位基因。
对人群而言，STR位点可以有几种到几十种等位基因；对个体而言，只有1种(纯合子)或者2种(杂合子)。
每个Allele的起止点、颜色、属于哪个Marker等定义称为Bin。
软件操作分3步：设置参数，分析数据，编辑结果。
参数设置主要是输入Panel和Bin。
亲子鉴定的Panel和Bin由ABI公司提供。
分析参数只需设置1次，以后直接调用。
分析完成后，软件会对每个计算步骤都进行质量控制并评分，赋以颜色标志：红色表示失败，需要重新实验；黄色表示有疑问，需要查验原始图谱；绿色表示成功，无需干预。
DNAMAN的使用方法
文件菜单中选择“打开”或通过快捷键Ctrl+O，打开存储在计算机中的DNA序列文件。
保存文件
文件菜单中选择“保存”或通过快捷键Ctrl+S，将更改后的DNA序列存储到硬盘或其他存储设 备中。
文件格式要求
只支持常见的序列文件格式如FASTA、GenBank等，可以选择单个文件或批量导入。
D N A 序列的导入和编辑
分析序列统计学
序列长度分布
序列特征统计图
DNAMAN可以为所有序列生成序 列长度分布图，从而确定序列长 度最常见的地方，并且甚至可以 根据自己的喜好来更改分布参数。
这是用于比较DNA序列中各类特 征的常用工具。统计图通常是以 直方图的形式出现，幸运的是 DNAMAN可以自动生成这种统计 图并轻松进行定位和分析。
D N A 序列编辑
D N A 序列导入
D N A 序列统计信息
DNAMAN提供多种序列编辑工具， 例如添加碱基、删除碱基、反转 序列和互补序列等。
DNAMAN支持多种序列格式导入， 例如FASTA、GenBank等。
在编辑界面右侧的信息面板中， DNAMAN会自动生成序列的碱基 组成、止旋镇性能力等信息。
多样性分析
发现多样性和图形化分组模型对 于了解疾病的分布和传播至关重 要，DNAMAN通过比对分析大量 的DNA序列，可以进行多样性分 析并演示图形化分组模型。
D N A M A N 在植物和动物遗传学中的应用
BA C分析
通过资料库查询和选择BAC、 BIBAC、Cosmid等载体中的 DNA，进行序列分析和匹配 以获得目标DNA序列。
常见问题解答
1 D N A M A N 支持哪些文件格式？
便携式数据格式（PDF）、HTML网页、Microsoft Word和图像文件（PNG、JPEG、GIF）等。
ntsys-pc遗传多样性分析软件使用说明
ntsys-pc遗传多样性分析软件使用说明ntsys-pc遗传多样性分析软件使用说明一、软件简介ntsys-pc遗传多样性分析软件是一款专门用于遗传多样性研究的软件。
它提供了丰富的功能和工具，可以对遗传数据进行分析、计算和可视化展示。
本文档将详细介绍ntsys-pc软件的安装、配置和使用方法，帮助用户快速上手并充分发挥软件的优势。
二、安装和配置2.1 安装步骤a) ntsys-pc安装程序。
b) 运行安装程序，按照向导提示完成安装。
2.2 软件配置a) 运行ntsys-pc软件。
b) 确认软件配置，如存储路径、默认数据格式等。
c) 根据需要，进行个性化配置，如语言选择、主题设置等。
三、数据导入和格式转换3.1 数据导入a) 支持导入多种格式的遗传数据，如GENEPOP、FASTA、PHYLIP等。
b) 在软件界面中选择导入数据，选择相应的文件格式并加载数据。
3.2 数据格式转换a) 支持将导入的数据格式转换成其他格式，以满足不同分析需求。
b) 在软件界面中选择数据格式转换工具，设置输入和输出的数据格式以及其他参数。
四、遗传多样性分析4.1 群体遗传结构分析a) 使用多样性指数计算工具，计算群体遗传多样性指数，如He、Ho、FST等。
b) 使用主坐标分析（PCoA）工具，将群体间的遗传关系可视化。
4.2 种群遗传结构分析a) 使用聚类分析工具，根据遗传相关性将样本进行分类。
b) 使用结构分析工具，根据模型和参数对种群进行分群和成分分析。
五、结果展示和导出5.1 结果展示a) 结果以图表和表格形式展示，便于直观理解和分析。
b) 可对结果进行自定义排版和格式设置，以满足个性化需求。
5.2 结果导出a) 支持将结果导出为多种格式，如图像（PNG、JPEG）、表格（Excel、CSV）等。
b) 在软件界面中选择导出功能，设置输出格式和目标路径。
六、附件附件1：ntsys-pc安装程序附件2：样例数据文件注：本文所涉及的法律名词及注释1、版权（Copyright）：指作品的创作权，即著作权。
DNAstar的介绍及使用
DNAstar软件组成 DNAstar软件组成
1. EditSeq ：用来将DNA或蛋白质序列的数据输入计算机的 ：用来将DNA或蛋白质序列的数据输入计算机的 工具，同时还具有编辑已有序列的功能。 2. MapDraw：酶切图谱分析，克隆实验设计，分析及处理 MapDraw：酶切图谱分析，克隆实验设计，分析及处理 实验结果等。同时还具有绘制质粒图谱的功能。 3. GeneQuest：帮助查找和注释DNA序列中的基因和其他特 GeneQuest：帮助查找和注释DNA序列中的基因和其他特 征序列，包括ORFs，剪接位点，转录因子结合位点，重复序 征序列，包括ORFs，剪接位点，转录因子结合位点，重复序 列和酶切位点等。 4. MegAlign：对DNA或蛋白质序列进行同源比较，有六种 MegAlign：对DNA或蛋白质序列进行同源比较，有六种 不同的对准算法供用户选择。在同源比较的同时，能很快输 出进化树和进化距离等数据。 5. Protean：分析和预测蛋白质结构，提供各种分析方法并以 Protean：分析和预测蛋白质结构，提供各种分析方法并以 图形的格式输出结果，显示蛋白质分子的各种理化特性以及 例如抗原决定族等功能区的预测功能。 6. PrimerSelect：设计PCR引物、测序引物和探针。 PrimerSelect：设计PCR引物、测序引物和探针。 7. SeqMan II ：多序列拼接。最多支持64000条序列的同时拼 ：多序列拼接。最多支持64000条序列的同时拼 接。在拼接前可以对序列进行修正，对自动测序的序列结果 可除去污染序列或载体序列。整个拼装过程即时显示。
DNAstar 软件介绍
课程：生物信息学 指导老师：董彦君 姓名：江少华 日期：2011年 日期：2011年4月15
软件概述
WIS6.0安装操作步骤
WIS6.0安装操作步骤及单独夫妇录入说明一、WIS6.0安装操作步骤：（一）备份数据：1、用信息上报、代码上报将数据备份到安全文件夹下。
2、用安装盘下面的【导出用户】程序将用户信息备份。
（记录原WIS程序所依托的服务器名，数据库名，用户账号和密码）3、将正常使用的程序（人口与育龄妇女信息系统）文件夹一起打包另存一份（里面的tpsys.ini及有些已经设置好的查询模板、功能等，新程序安装好以后可以复制过来使用）（二）卸载旧程序：在“开始——设置——控制面板——添加删除程序”下面卸载“人口与育龄妇女信息系统”。
卸载完成之后，将原目录删除。
（三）安装WIS6.01）解压WIS6.0，按提示一步一步安装，最好是安装到卸载了的旧程序目录下面，不要安装到C盘。
（WIN7和W8系统必须安装在X:\Program FilesX86\文件夹下）2）初始化数据库：先在安装目录的把“PWIS个案库”重命名为“GSWIS”，然后“数据库初始化”：服务器：计算机名复制过来数据库名：PWIS个案库用户名：sa口令：安装数据库设置的sa的密码（原来的旧程序进入信息维护时的密码）。
初始化成功后，把“GSWIS”改成“PWIS个案库”。
PWIS个案库、报表库-月报、报表库-年报的数据库模板名称均为GSWIS，按同样的方法依次把“报表库-月报”、“报表库-年报”也初始化，初始化后把GSWIS原回原库名）。
3）数据库连接设置：服务器名：与初始化数据库的服务器一样，即计算机名用户用：sa密码：与初始化数据库的密码一样，选“允许保存密码”数据库：选“PWIS个案库”点击“测试连接”“测试连接成功”后点确定。
然后别忘记也点下面一层的“确定”按钮。
（四）设置照片和地图路径：如果安装的新程序、地图、照片的路径都和原来的路径一样没有变化，就可以把前面备份的旧程序下面的tpsys.ini 复制过来就可以。
如是要重新设置，就打开安装目录下的tpsys.ini，找到地图存放路径设置[MEDIA]--MapPath 和照片存放路径设置[MEDIA]—PICPath进行设置，最后面要有反斜杠“\”。
片段分析软件GeneMapper+v3.0中文操作手册
美国应用生物系统公司片段分析和基因分型软件GeneMapper v3.0 中文操作手册（仅供参考。
请阅读英文原版手册。
）技术服务部x 2004年目录概述 (3)ABI PRISM GENEMAPPER V3.0中文手册 . LMS (4)一. 开机 (4)二. 输入P ANEL (4)三. 生成B IN (4)四. 定义A NALYSIS M ETHOD (5)五. 设置默认值 (5)六. 分析数据 (6)七. 编辑结果 (6)八. 创建自己的K IT、P ANE和M ARKER (6)ABI PRISM GENEMAPPER ID V3.1中文手册 . HID (7)一. 安装及登录 (7)二. 设置参数 (7)三. 分析数据 (8)四. 输出结果 (9)ABI PRISM GENEMAPPER V3.0中文手册 . SNP (10)一. 开机 (10)二. 分析片段大小 (10)三. 定义K IT、B IN S ET和P ANEL (10)四. 定义B IN和M ARKER (10)五. 定义S IZE S TANDARD和P REFERENCE (11)六. 分析数据 (11)七. 编辑结果 (17)八. 自动生成P ANEL (17)概述GeneMapper是高通量、全自动的DNA片段分析和基因分型软件，功能上相当于GeneScan、Genotyper和Template软件的整合，在应用上分为3类：以微卫星(STR) 连锁分析为基础的人和小鼠全基因组扫描，以单碱基延伸（微测序）为基础的SNP分析，和以STR遗传分析为基础的人、马、牛、羊亲子鉴定及身份认定。
其中GeneMapper ID v3.1是亲子鉴定的专用软件。
GeneMapper以Project为数据管理单位，Project之下又划分4个层次，从上到下依次为Kit、Panel (=Bin Set)、Marker 和Allele (=Bin)。
NTSYS-PC使用说明
NTSYS-PC使用说明使用说明NTSYS-PC是一个聚类分析的软件，可以用来分析，等电泳带型，也可用于微生物群NTSYSRFLPRAPD落多样性的相似性分析。
下面简单介绍一下其用法: 先建立一个，构成的矩阵:在中，按如下规则输入数据，表示有带记为，1.01excelA1=11表示有个带型，表示样本数，表示无带记为。
第二行表示的B1=9RFLP9 C1=35D1=00是样本名称。
从第三行开始的列表示带型名称。
见下图:A打开程序，点击出现如下界面:2. NTSYS-PCsimilarity再点击，出现如下界面:Qualitative data点击，打开刚才生成的矩阵文件，点击起一个文件名(假设叫)，input fileexcelout file111然后点击按钮。
文件是一个相似度表。
compute111继续点击，出现如下界面:3. clustering再点，出现如下界面:SHAN点击，打开文件刚才保存的文件，点击起一个文件名(假设叫)，inputfile111out file222把改为，然后点击按钮。
计算完成～In case of tiesFindcompute 然后点再点，出现下面的界面:4. Graphics, tree plot点击，打开文件，然后点击按钮，就会出现聚类图。
input file222compute在这里补充一下如何解决这个问题:软件默认的是30个样本，如果你的样本数超过30，你可以照下面的方法做就可以全部显示:在tree plot中(你构出树状图的那个窗口)左上脚第三个选项为options，找到其下的plot options选项，点开后有一个OTUs/Page，意思是每页显示多少个样本，你点向上的箭头可以增加每页显示的样本数，最大值为你的所有样本数。
如何用计算遗传距离 Ntsyspc2.1 (Genetic Distance)?可以用来鉴定亲缘关系的远近 NTsys-pc2.1假设你的数据文件名为文件，存放于桌面 1.A(Excel )C:/打开，打开文件 2.Ntsyspc2.1click "File", click "Edit file",A完毕之后，将文件存放于桌面，命名为文件 3.Edit click "Save file as",A-1(NTS )面板上的 4.click Ntsyspc2.1 "Similarity",click "Genetic distance"双击右边的空白，打开文件 5.Input data file A-1双击右边的空白将文件存放于桌面命名为文件 6.Output file ,,A-2 (NTS )面板上的按钮 7.click Ntsyspc2.1 "Compute"，你的遗传距离就存放在文件里了 8.OKA-2使用说明 NTSYS-PCNTSYS是一个聚类分析的软件，可以用来分析RFLP，RAPD等电泳带型，也可用于微生物群落多样性的相似性分析。
巢式试验设计遗传模型分析软件 WinNC1 使用说明
童春发 2012/10/6
WinNC1 是用于计算平衡或不平衡的巢式试验设计遗传参数的 Windowns 应 用软件，主要针对三种巢式设计遗传统计分析模型。 模型 I: b 个随机区组 r 次重复 m 个父本分别与若干个不同的母本交配的巢 式试验设计统计模型， yijklt = m + Bi + Ril + M ij + Fijk + (FR)ijkl + eijklt 其中 yijklt 为第 i 个区组第 l 个重复中第 j 个父本与第 k 个母本交配子代的第 t 个个 体观察值； m 为总平均值； Bi 为第 i 个区组效应（ i = 1, , b ）； Ril 为第 i 个区 组 第 l 个 重 复 的 效 应 （ l = 1, , r ） ； M ij 为 第 i 区 组 第 j 个 父 本 的 效 应 （ j = 1, , m ）；Fijk 为第 i 个区组里第 j 个父本与第 k 个母本交配下的母本效应 （ k = 1, , fij ）； (FR)ijkl 为 Fijk 与第 l 个重复的互作效应； eijklt 为随机误差效应 （ t = 1, , nijkl ），假定其均值为 0 方差为 s 2 。 模型 II: b 个随机区组 m 个父本分别与若干个不同的母本交配的巢式试验设 计统计模型，
0 方差为 s 2 。
对于每种巢式设计统计分析模型，WinNC1 又分别针对固定效应模型和随机 效应模型计算相关的遗传参数。对于固定效应模型，基于约束线性模型方法 WinNC1 计算亲本配合力以及相关假设检验的统计量；对于随机效应模型，基于 混合线性模型方法软件给出了遗传方差分量及其假设检验统计量的计算结果， 同 时还计算出单株遗传力和父本遗传力以及不同性状间的遗传相关系数。 WinNC1 的输入数据文件以 Excel 文件格式为准，三种模型的输入数据文件 格式可分别参见软件自带的模拟数据文件“simudata1.xls”、“simudata2.xls”和 “simudata3.xls”。当数据文件成功打开以后，点击“Analysis”菜单并选择相应 的模型就可以计算，计算结果最后显示在窗口里并可以存放在文本格式文件里。
SynGene GeneGenius系统操作方式及方法
SynGene GeneGenius系统操作方法一、系统安装规程：一)系统硬件安装：1．打开计算机机箱盖，把系统图像捕捉卡插入计算机内部的PCI插槽内．２．盖上计算机盖后，把计算机与暗箱连线连好．３．连接好计算机各处连线.４．准备好两个多孔接线板，检查完墙上电源（220V）后,即可通电.二)系统软件安装: 1.安装Windows95/98/2000系统平台软件.2.安装GeneSnap软件,GeneTools软件(此时GeneTools软件为Demo版本),在安装GeneTools软件时,系统会要求输入SoftwareTitle(GeneTools)/UserName/OrganizationName/MediaKey(此号位于GeneTools软件光盘盒内),依次输入后系统会产生RequestKey，并要求输入SecurityKey(如图1-图3)图1（完成后点击NEXT“下一步”）图2（完成后点击NEXT“下一步”）图3（在从厂家获取密码前可先点击CANCEN“取消”，以完成别的任务）3.安装打印机驱动软件.4.重新启动计算机,进入BIOS/CMOS系统设置(对于DELL计算机应按F2进入)5.把Periphal mode(外部插件模式)下的Parallel Mode 设置为ECP或Bi-direct方式;I/OAdress设置为378H;DMA Mode设置为36.如打印机为三菱P91DW,则还应把后台打印方式改为EMF;及打印机面板上的Gamma值设为3以上7.通过E-mail(内容为SoftwareTitle/UserName/OrganizationName/MediaKey等各项数据)向厂家(SynGene)申请Security Code,8.获取Security Code后,打开计算机”开始/程序/SynGene/Install Wizard”并输入Security Code.此时GeneTools软件可正式使用,系统安装也正式完成.如图4、图3图4（点击打开Install Wizard）9.(设置GeneSnap软件)打开GeneSnap软件进入菜单Extras/Initial后选择Don’t open adocument on startup后点击OK然后退出GeneSnap软件并保存Configuration设置.10.再一次进入GeneSnap软件选择上一次保存的Configuration文件名后,退出二、系统开机及关机方法：一）开机方法：依次打开暗箱电源开关，打印机电源开关，显示器电源开关及计算机电源开关，数秒后即可二）关机方法：1.选择Windows的”开始/关闭系统/选择关机后点击OK”即可关闭计算机2. 依次关闭暗箱电源开关，打印机电源开关，显示器电源开关即可三、系统操作方法:一)图像捕获:1.开机进入Windows后,选择打开GeneSnap软件,软件界面如下图(图一)图5，GeneSnap软件界面（如软件安装中第9步未作设定，则图一中图像窗口将不可见。
WinNC2：因子交配设计遗传分析软件
Ｗｉ ｎ Ｎ Ｃ ２ ： 因子 交 配设 计 遗 传 分 析 软件 术
童 春 发 蒋 安 纳 杨 立 委 施 季森
（ １ ．南 京 林 业 大 学 林 木 遗 传 与 生 物 技 术 省 部 共 建 教 育 部 重 点 实 验 室 南 京 ２ １ ０ ０ ３ ７ ： 南京 ２ １ ０ ０ ３ ７ ） ２ ．南 京 林 业 大 学信 息 科 学 技 术学 院
用 的计 算 工具 。
关键词 ： 因子 交 配 设 计 ；配合 力 ； 方差 分量 ； 遗 传 力
中 图分 类 号 ： ￥ ７ ２ ２ ． ３ ；Ｑ ３ ４ ８ 文献标识 码 ： Ａ 文章编号 ： １ ０ ０ １ — ７ ４ ８ ８ （ ２ ０ １ ４） ０ １— ０ ０ ５ ５—０ ８
（ １ ．Ｋ ｅ ｙ Ｌ ａ ｂ ｏ ｒ ａ ｔ ｏ ｒ ｙ ｏ ｆＦ ｏ ｒ ｅ ｓ ｔ Ｇ ｅ ｎ ｅ ｔ ｉ ｃ ｓ ＆Ｂ ｉ ｏ ｔ ｅ ｃ ｈ ｎ ｏ ｌ ｏ ｇ ｙ ｆ Ｍｉ ｏ ｎ ｉ ｓ ｔ ｒ ｙ ｏ ｆＥ ｄ ｕ ｃ ａ ｔ ｉ ｏ ｎ Ｎ ａ ｎ ｊ ｉ ｎ ｇ Ｆ ｏ ｒ ｅ ｓ ｔ ｙ ｒ Ｕ ｎ ｉ ｖ ｅ ｒ ｓ ｉ ｔ ｙ Ｎ ａ ｎ ｊ ｉ ｎ ｇ ２ １ ０ ０ ３ ７ ：
ｐ ｒ ｏ ｂ ｌ ｅ ｍｓ ｗｉ ｔ ｈ ｔ ｈ ｅ ｄ ｅ ｓ ｉ ｇ ｎ ｉ ｎ ｃ ａ ｌ ｃ ｕ ｌ ａ ｔ ｉ ｎ ｇ ｔ ｈ ｅ ｅ ｓ ｔ ｉ ｍａ ｔ ｅ ｓ ｏ ｆ ｇ ｅ ｎ ｅ ｔ ｉ ｃ ｐ ａ ｒ ａ ｍｅ ｔ ｅ ｒ ｓ ａ ｎ ｄ ｓ ｏ ｍｅ ｓ ｔ ａ ｔ ｉ ｓ ｔ ｉ ｃ ｓ， ｅ ｓ ｐ ｅ ｃ ｉ ａ ｌ ｌ ｙ ｗｈ ｅ ｎ ｔ ｈ ｅ
ｐ ａ ｒ ａ ｍｅ ｔ ｅ ｒ ｓ ｏ ｆ ｔ ｈ ｅ ｇ ｅ ｎ ｅ ｔ ｉ ｃ ｆ ａ ｃ ｔ ｏ ｒ ｉ ａ ｌ ｍａ ｔ ｉ ｎ ｇ ｄ ｅ ｓ ｉ ｇ ｎ，ｃ ａ ｎ ｎ ｏ ｔ ｏ ｎ ｌ ｙ ｄ ｅ ａ ｌ ｗｉ ｔ ｈ ｂ ａ ｌ ａ ｎ ｃ ｅ ｄ ｄ ａ ｔ ａ ｂ ｕ ｔ ａ ｌ ｓ ｏ ｗｉ ｔ ｈ ｕ ｎ ｂ ａ ｌ ａ ｎ ｃ ｅ ｄ ｄ ａ ｔ ａ ．Ｆｏ ｒ
RDP4软件分析指南
RDP4软件分析指南第一步，准备数据：首先，需要从DNA测序的原始数据中提取DNA序列，可以使用一些基本的生物信息学软件来完成这个步骤。
注意，RDP4软件支持FASTA、NEXUS和PHYLIP等常见的序列格式。
第二步，加载数据：打开RDP4软件，并点击菜单栏上的“文件”->“打开”选项，选择之前准备好的数据文件，将其加载到软件中。
第三步，选择重组检测方法：RDP4软件提供多种重组检测方法，例如RDP、GENECONV、Bootscan、MaxChi、Chimaera和SisScan等。
根据需要选择适当的方法来分析重组事件。
通常，研究人员可以选择同时运行多个方法以增加分析结果的可靠性。
第四步，设置参数：每种重组检测方法都有其特定的参数设置，用户需要根据所选方法来设置适当的参数。
通常，用户可以使用默认的参数设置进行分析，但根据实际情况进行调整可能会得到更好的结果。
第五步，运行分析：设置好参数后，点击软件界面上的“运行”或类似的按钮，开始运行重组事件分析。
RDP4软件根据所选的方法和参数，将自动计算适用于所加载的DNA序列的重组事件。
第六步分析完成后，RDP4软件将生成一个分析报告，其中包含了分析结果的统计数据、图形和图表。
用户可以根据自己的研究需要，对这些结果进行解读和分析。
第七步，结果验证：为了确保结果的可靠性，建议使用不同的重组检测方法来进行结果验证。
如果不同方法都得出相似的分析结果，则可以更加自信地认为这些结果是可靠的。
第八步，结果呈现：根据自己的研究需求和目的，可以使用软件内置的功能将结果以图表、图片或图形的形式呈现出来。
这可以帮助更好地展示和解释研究结果。
总结：RDP4软件是一种功能强大的工具，可以帮助研究人员分析基因重组事件。
通过遵循上述指南和使用建议，研究人员可以更好地利用RDP4软件来揭示物种的进化和遗传变异。
此外，作为一个复杂的软件，RDP4软件可能需要花费一些时间来学习和理解其功能和操作方法。
基因序列分析软件DNAStar简介
生物信息基因序列分析软件DNAStar简介郑伟文，林营志，刘波，曹宜，苏明星，朱育菁，蓝江林，车建美，郑斯平，陈坚（福建省农科院生物技术中心）1．设计公司Sequence Analysis Software for Macintosh and Windows，GETTING STARTED，Introductory Tour of the LASERGENE System，MAY 2001，L A S E R G E N E f o r W i n d o w s & M a c i n t o s h，DNASTAR, Inc.，1228 South Park Street，Madison, Wisconsin 53715，(608) 258-7420，Copyright . 2001 by DNASTAR, Inc.，All rights reserved. Reproduction, adaptation, or translation without prior written permission is，prohibited,except as allowed under the copyright laws or with the permission of DNASTAR, Inc.，Sixth Edition, May 2001，Printed in Madison, Wisconsin, USA，Trademark Information。
2．应用程序在安装Lasergene网络系统之前要熟悉以下术语：应用程序：指EditSeq, GeneMan, GeneQuest, MapDraw，MegAlign, PrimerSelect, Protean, and SeqMan II。
应用程序服务器：是指存储应用程序的电脑，通常与dongle 服务，器是同一个服务器，但也可以不同，当在局部硬盘上安装网络程序，时，也可以在同一个网络系统中同时存在多个不同的应用程序服务，器，而且应用程序服务器不一定是苹果机，储存应用程序的机器也不一定必须能够运行该程序，仅仅是储存而已。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
基于Windows系统的亲子鉴定数据统计分析软件梁伟波吕梅励张蓓蕾张霁*四川大学华西基础医学与法医学院[摘要] 目的研究开发与现行STR分析系统兼容的亲子鉴定统计分析及报告系统。
方法以Windows XP为开发平台，Delphi为开发工具，Microsoft Office Access 为数据库后台，开发能够运行于Windows 95/98/2000/NT/XP等多种计算机操作平台的软件。
结果研制出了能够进行单亲、双亲以及双亲皆疑三种类型亲子鉴定概率的统计分析软件，能够直接读取现行自动化STR片段分析系统结果，在分析时可选择不同STR位点，并将结果保存以及输出鉴定报告。
软件建立了各种常用STR位点频率和所有1检案结果储存的数据库，使用者可以根据检案实际的需要进行位点频率的修改或增删，并且可以对现有的结果在已有结果数据库中进行查询、比对。
结论本软件具有操作界面友好，使用简单方便等特点，大大减少了数据计算分析的工作量。
[关键词] 亲子鉴定；统计分析A Windows-Based Software for Common Analysis of PaternityTestingLiang Weibo Lv Meili Zhang Beilei Zhang Ji*West China School of preclinical and forensic medicine, Sichuan UniversityAbstract Objective To empolder a statistic analysis software for calculating the parameters of paternity testing. Methods We empoldered a software which can be run in Windows98/2000/NT/XP by using Visual C++6.0 as the tool, WindowsXP as the platform, and Microsoft Office Access as the database background. Results A statistic analysis software was presented, which was capable of calculating the likelihood ratios and probabilities of paternity in trio and motherless cases by choosing different STR sites. The calculating results could be printed or saved. The database contained* 通讯作者：张霁，四川大学华西基础医学与法医学院common STR sites’ frequencies that could be modified according to user’s interests. Conclusion We provided a new free software for paternity testing, which has friendly operating interface and easy to learn to use.Key words: paternity testing; statistic analysis; free software引言随着亲子鉴定与个人识别案件数量逐年增多，我国已建立数百家法医DNA 实验室，亲子鉴定是法医DNA实验室主要工作之一。
随着STR位点的多重PCR扩增与荧光检测技术成为法医物证学亲子鉴定与个人识别案件的主要手段，整个亲子鉴定工作的实验部分已经自动化，检测通量高且结果准确，因此亲子鉴定主要参数的计算工作成为了完成亲子鉴定的主要瓶颈。
由于计算父权指数( PI) 、联合父权指数(CPI) 以及相对父权机会(RCP) 等主要参数需要根据不同情况采用不同的公式[1]，而且需要反复查阅等位基因的概率，利用计算机软件进行自动化计算可以达到准确且快速的目的。
已有学者开发出了可以进行上述计算的软件[2,3]，但这些软件均以Foxpro为开发系统，因此如果需要使用该软件则需先行安装Foxpro。
因此我们应用软件工程领域较先进的Delphi系统，准备开发以Windows 为平台的新的亲子鉴定软件分析系统。
1 材料与方法：1.1 开发平台：硬件平台：赛扬2.0G，256M DDR内存等配置电脑一台。
软件平台：Windows XP操作系统，Delphi语言平台，Microsoft Office Access。
1.2 方法：编程语言：Delphi 语言计算方法：父权指数的计算主要采用简化计算法[1]，简化计算法中将三联体与二联体亲子鉴定分为13种与5种不同的类型见表1、表2，需要采用不同的公式进行计算。
软件设计中据此建立逻辑判断模块对输入的数据进行分析并采用不同的方法进行计算。
软件设计建立了储存遗传标记频率资料与检案资料的数据库。
基因组合Essen-moller 算法简算法 AF C M X Y PI X Y PI 1 a, b b, c a, c 1/4 1/2*q 1/2q 1/2 q 2 a, b b, c c, c 1/2 q 1/2q 1/2 q 3b, cb, ca, c 1/4 1/2*q 1/2q 1/2 q 4 b, c b, c c, c 1/2 q 1/2q 1/2 q 5 a, b b, b b, c 1/4 1/2*q 1/2q 1/2 q 6 b, c c, c c, c 1/2 q 1/2q 1/2 q 7b, bb, cc, c1/21/2*q 1/q 1 q 8 a, a a, b b, c 1q 1/q 1 q 9 a, a a, a a, b 1/21/2*q 1/q 1 q 10 c, cc, c c, c 1 q 1/q 1 q 11 a, bb, c b, c 1/4 1/2*(p+q) 1/(2p+2q) 1/2 p+q 12 b, c b, c b, c 1/4 1/2*(p+q) 1/(2p+2q) 1/2 p+q 13c, cb, cb, c11/2*(p+q)1/(p+q)1p+q1/2q 1/2q 1/2q 1/2q 1/2q 1/2q 1/q 1/q 1/q 1/q 1/(2p+2q)1/(2p+2q)1/(p+q)基因组合AF C X Y PI1 a, b b, c 1/2*p 2pq 1/4q 2b, cb, c1/2*(p+q)2pq1/4p+1/4q3 b, c c, c 1/2q q 2 1/2q4 c, c a, c p 2pq 1/2q 5b, bb, bqq 2 1/q结果：开发成功了亲子鉴定概率统计分析软件。
运行该软件所需要的推荐硬件配置表.1 AF-C-M 三联体PI 值计算 (注：p 、q 为生父基因频率)表.2 AF-C 二联体PI 值计算 (注：p 、q 为生父基因频率)为：配有奔腾/赛扬0.6G以上处理器的计算机(PC)，32M以上内存，1Gb以上硬盘以及VGA以上显示器。
所需软件平台为：Windows 95/98/2000/NT/XP操作系统。
1. 软件设置：运行软件时设置了欢迎界面，在弹出窗口中需要选择检案的类型，如单亲，或双亲并输入受检人姓名与案件编号。
在下拉菜单栏中设有三个下拉菜单，分别为文件、系统设置与帮助栏。
在文件菜单中有以下几种功能键：打开，可以用来打开原来应用本程序计算并保存了的检案文档，该类文档扩展名为*.lwb；保存：可以将已经计算完毕的检案数据进行保存，以便以后查阅。
打印：将计算出来的数据按照预先设定的格式打印。
打印预览及打印设置：在打印结果之前可以进行设置、预览进行打印管理。
(图1)在系统设置菜单中有两个功能键，位点维护表与位点选择表。
位点维护表具有对储存于该软件中的每一个位点进行维护的功能，维护选项分为添加，删除与修改位点，可以对位点库里的位点进行添加和删除并且对每一个位点的等位基因及其频率根据需要进行修改。
位点选择功能支持使用者从已有位点库中选择出自己需要计算的位点。
软件在完成位点的选择与维护之后，进入数据输入界面，输入完毕后点击计算按钮即可获得结果，结果可以在打印预览一栏中看到，可以直接打印也可以保存为lwb文件。
整个软件的工作流程如图所示。
(图2)2. 实例分析及检验：我们对本教研室已证实的31例不同类型亲子鉴定案例应用本软件进行分析计算，并与手工计算结果比较。
31个案例本软件计算结果同原有结果一致，未发现软件漏洞。
若本软件应用于实践，还需要进一步增加案例检验的样本量。
图.1 软件使用主界面图.2 软件工作流程图 讨论：本软件应用Delphi 语言进行编写，可以直接运行于Windows95/98/2000/ XP/NT系统而无须安装其他平台支持软件的运行。
在整个运行过程中仅在初始阶段需要人工输入检测对象的基本情况，而在计算过程中不涉及任何人工干预，因此避免了手工计算费时，易错等不足。
软件建立了STR位点数据库和计算结果数据库，能够随时根据检测对象的情况调用不同群体的频率资料，根据最新研究校正群体的频率资料，并且随时调用过去检案结果进行验证并打印，最终自动输出检案的鉴定报告。
在手工输入检案基本初始资料后，本软件计算时不需任何人工干预。
现在大部分亲子鉴定机构均使用全自动毛细管电泳进行STR基因座分型，软件具有自动导入检测结果的功能，以完全避免手工操作，降低了出错几率，并且提高了亲子鉴定案件检验的自动化水平。
参考文献：[1] 杨庆恩. 亲子鉴定DNA分型亲权指数的简化计算法[J]. 中国法医学杂志,1998, 16(02):90-92.[2] 沈渭忠, 何根兰. 亲子鉴定概率统计计算机辅助系统[J]. 法医学杂志, 1999,15(01):46-49.[3] 高玉振, 应斌武.亲子鉴定数据管理系统软件的开发与应用[J]. 中国输血杂志, 2002: 7(04):61-62.。