R软件数据分析(初级部分)

合集下载

【原创】R语言主成分分析因子分析案例报告(完整附数据)

【原创】R语言主成分分析因子分析案例报告(完整附数据)

R语言主成分分析因子分析案例报告R语言多元分析系列之一:主成分分析主成分分析(principal components analysis,PCA)是一种分析、简化数据集的技术。

它把原始数据变换到一个新的坐标系统中,使得任何数据投影的第一大方差在第一个坐标(称为第一主成分)上,第二大方差在第二个坐标(第二主成分)上,依次类推。

主成分分析经常用减少数据集的维数,同时保持数据集的对方差贡献最大的特征。

这是通过保留低阶主成分,忽略高阶主成分做到的。

这样低阶成分往往能够保留住数据的最重要方面。

但是在处理观测数目小于变量数目时无法发挥作用,例如基因数据。

R语言中进行主成分分析可以采用基本的princomp函数,将结果输入到summary和plot函数中可分别得到分析结果和碎石图。

但psych扩展包更具灵活性。

1 选择主成分个数选择主成分个数通常有如下几种评判标准:∙根据经验与理论进行选择∙根据累积方差贡献率,例如选择使累积方差贡献率达到80%的主成分个数。

∙根据相关系数矩阵的特征值,选择特征值大于1的主成分。

另一种较为先进的方法是平行分析(parallel analysis)。

该方法首先生成若干组与原始数据结构相同的随机矩阵,求出其特征值并进行平均,然后和真实数据的特征值进行比对,根据交叉点的位置来选择主成分个数。

我们选择USJudgeRatings数据集举例,首先加载psych包,然后使用fa.parallel函数绘制下图,从图中可见第一主成分位于红线上方,第二主成分位于红线下方,因此主成分数目选择1。

fa.parallel(USJudgeRatings[,-1], fa="pc",n.iter=100, show.legend=FALSE)2 提取主成分pc=principal(USJudgeRatings[,-1],nfactors=1)PC1 h2 u21 0.92 0.84 0.15652 0.91 0.83 0.16633 0.97 0.94 0.06134 0.96 0.93 0.07205 0.96 0.92 0.07636 0.98 0.97 0.02997 0.98 0.95 0.04698 1.00 0.99 0.00919 0.99 0.98 0.019610 0.89 0.80 0.201311 0.99 0.97 0.0275PC1SS loadings 10.13Proportion Var 0.92从上面的结果观察到,PC1即观测变量与主成分之间的相关系数,h2是变量能被主成分解释的比例,u2则是不能解释的比例。

R语言数据分析全面解析

R语言数据分析全面解析

R语言数据分析全面解析数据分析是当今数字时代中的一项重要技能,它在各个行业中都扮演着至关重要的角色。

而R语言作为一种强大的数据分析工具,被越来越多的人所关注和使用。

本文将对R语言数据分析进行全面解析,从安装到基本语法,再到常用库和实际案例,以帮助读者更全面地了解和运用R语言进行数据分析。

第一部分:R语言概述首先,我们来了解一下R语言的基本概念和特点。

R语言是一种自由、功能强大且可扩展的统计计算和绘图软件,它是由新西兰奥克兰大学的罗斯·伊哈卡和罗伯特·杰特曼在1995年所创建的。

R语言的特点包括:开源免费、跨平台、易于学习、丰富的数据分析功能等。

它通过命令行进行操作,也可以通过图形界面进行交互操作。

第二部分:安装R语言在正式开始学习R语言之前,我们首先要完成R语言的安装。

R语言的官方网站提供了Windows、macOS和Linux等多个平台的安装包,可以根据自己的操作系统下载并安装对应的版本。

安装完成后,打开R语言的命令行界面,就可以开始使用了。

第三部分:R语言基础语法R语言的基础语法相对简单,但是熟练掌握它对于进行数据分析至关重要。

首先,我们来了解一下R语言的数据类型,如数值型、字符型、逻辑型等。

然后,学习基本的运算符和控制语句,如算术运算符、关系运算符、函数的定义与调用等。

此外,还需要了解R语言的数据结构,如向量、矩阵、数组、数据框等。

第四部分:常用R包介绍R语言的强大之处在于它丰富的扩展包,通过安装和加载相应的包,可以实现更多高级的数据分析功能。

在这一部分,我们将介绍一些常用的R包。

例如,ggplot2包可以帮助用户实现精美的数据可视化,dplyr包提供了强大的数据处理函数,caret包则是用于机器学习和模型训练的利器。

第五部分:实际案例分析最后,我们通过一个实际案例来展示R语言在数据分析中的应用。

例如,我们可以选择一个销售数据集,通过加载所需的R包和编写相应的代码,对数据进行清洗、探索性分析和建模。

r语言中数据分析的步骤

r语言中数据分析的步骤

r语言中数据分析的步骤1、首先确定解释变量和因变量;2、R语言操作数据格式,这里以index3为因变量,index1与index2为解释变量:##加载相关包install.packages("mice")##缺失值处理install.packages("plm")install.packages("MSBVAR")library(plm)library(MSBVAR)library(tseries)library(xts)library(mice)data<-read.csv("F://分类别//rankdata.csv",header=T,as.is=T)##读取数据3、单位根检验:数据平稳性为避免伪回归,确保结果的有效性,需对数据进行平稳性判断。

何为平稳,一般认为时间序列提出时间趋势和不变均值(截距)后,剩余序列为白噪声序列即零均值、同方差。

常用的单位根检验的办法有LLC检验和不同单位根的Fisher-ADF检验,若两种检验均拒绝存在单位根的原假设则认为序列为平稳的,反之不平稳(对于水平序列,若非平稳,则对序列进行一阶差分,再进行后续检验,若仍存在单位根,则继续进行高阶差分,直至平稳。

4、协整检验/模型修正单位根检验之后,变量间是同阶单整,可进行协整检验,协整检验是用来考察变量间的长期均衡关系的方法。

若通过协整检验,则说明变量间存在长期稳定的均衡关系,方程回归残差是平稳的,可进行回归。

对于平衡的面板数据,即在每一个截面单元上具有相同个数的观测值,模型样本观测数据的总数等于NT。

当N=1且T很大时,就是所熟悉的时间序列数据;当T=1而N很大时,就只有截面数据。

《R语言数据分析》课程教案(全)

《R语言数据分析》课程教案(全)

《R语言数据分析》课程教案(全)第一章:R语言概述1.1 R语言简介介绍R语言的发展历程、特点和应用领域讲解R语言的安装和配置1.2 R语言基本操作熟悉R语言的工作环境学习如何创建、保存和关闭R剧本掌握R语言的基本数据类型(数值型、字符串、逻辑型、复数、数据框等)1.3 R语言的帮助系统学习如何使用帮助文档(help()、?、man()函数)掌握如何搜索和安装R包第二章:R语言数据管理2.1 数据导入与导出学习如何导入CSV、Excel、txt等格式的数据掌握如何将R数据导出为CSV、Excel等格式2.2 数据筛选与排序掌握如何根据条件筛选数据学习如何对数据进行排序2.3 数据合并与分割讲解数据合并(merge、join等函数)的方法和应用场景讲解数据分割(split、apply等函数)的方法和应用场景第三章:R语言统计分析3.1 描述性统计分析掌握R语言中的统计量计算(均值、中位数、标准差等)学习如何绘制统计图表(如直方图、箱线图、饼图等)3.2 假设检验讲解常用的假设检验方法(t检验、卡方检验、ANOVA等)掌握如何使用R语言进行假设检验3.3 回归分析介绍线性回归、逻辑回归等回归分析方法讲解如何使用R语言进行回归分析第四章:R语言绘图4.1 ggplot2绘图系统介绍ggplot2的基本概念和语法学习如何使用ggplot2绘制柱状图、线图、散点图等4.2 基础绘图函数讲解R语言内置的绘图函数(plot、barplot、boxplot等)掌握如何自定义图形和调整图形参数4.3 地图绘制学习如何使用R语言绘制地图讲解如何使用ggplot2绘制地理数据可视化图第五章:R语言编程5.1 R语言编程基础讲解R语言的变量、循环、条件语句等基本语法掌握如何编写R函数和模块化代码5.2 数据框操作学习如何使用数据框进行编程讲解如何使用dplyr等工具包进行数据框操作5.3 面向对象编程介绍R语言的面向对象编程方法掌握如何使用R6和S3编程范式第六章:R语言时间序列分析6.1 时间序列基础介绍时间序列数据的类型和结构学习时间序列数据的导入和预处理6.2 时间序列分解讲解时间序列的分解方法,包括趋势、季节性和随机成分使用R语言进行时间序列分解6.3 时间序列模型介绍自回归模型(AR)、移动平均模型(MA)、自回归移动平均模型(ARMA)和自回归积分滑动平均模型(ARIMA)学习如何使用R语言建立和预测时间序列模型第七章:R语言机器学习7.1 机器学习概述介绍机器学习的基本概念、类型和应用学习机器学习算法选择的标准和评估方法7.2 监督学习算法讲解回归、分类等监督学习算法使用R语言实现监督学习算法7.3 无监督学习算法介绍聚类、降维等无监督学习算法使用R语言实现无监督学习算法第八章:R语言网络分析8.1 网络分析基础介绍网络分析的概念和应用领域学习网络数据的导入和预处理8.2 网络图绘制讲解如何使用R语言绘制网络图学习使用igraph包进行网络分析8.3 网络分析应用介绍网络中心性、网络结构等分析方法使用R语言进行网络分析案例实践第九章:R语言生物信息学应用9.1 生物信息学概述介绍生物信息学的概念和发展趋势学习生物信息学数据类型和常用格式9.2 生物序列分析讲解生物序列数据的导入和处理使用R语言进行生物序列分析9.3 基因表达数据分析介绍基因表达数据的特点和分析方法使用R语言进行基因表达数据分析第十章:R语言项目实战10.1 数据分析项目流程介绍数据分析项目的流程和注意事项10.2 R语言项目实战案例一分析一个真实的统计数据集,实践R语言数据分析方法10.3 R语言项目实战案例二使用R语言解决实际问题,如商业分析、社会研究等10.4 R语言项目实战案例三结合数据库和API接口,进行大规模数据分析和处理重点和难点解析重点环节1:R语言的安装和配置解析:R语言的安装和配置是学习R语言的第一步,对于初学者来说,可能会遇到操作系统兼容性、安装包选择等问题。

R语言数据分析与可视化教程

R语言数据分析与可视化教程

R语言数据分析与可视化教程第一章:R语言基础介绍R语言是一种开源的数据分析和统计编程语言,旨在为用户提供强大的数据处理和可视化功能。

本章将介绍R语言的基本概念和语法。

R语言的安装和配置通常很简单,只需下载并安装R软件,然后在命令行界面中键入R即可进入R的交互环境。

R语言提供了丰富的功能包(packages),这些包可以扩展R的功能并提供各种数据分析和可视化的方法。

第二章:数据导入与处理在数据分析过程中,数据的导入和处理是非常重要的一步。

R 语言提供了多种方法来导入和处理不同格式的数据,比如CSV、Excel、数据库等。

本章将介绍如何使用R语言导入和处理数据。

首先,我们将介绍如何使用R中的read.csv函数来导入CSV文件。

然后,我们将学习如何使用R中的read_excel函数来导入Excel文件。

最后,我们将介绍如何使用R中的DBI包来连接数据库,并提取数据进行分析。

第三章:数据可视化数据可视化是数据分析中至关重要的一环,它可以直观地展示数据的分布、关系和趋势。

R语言提供了丰富的数据可视化工具和库,比如ggplot2、plotly等。

本章将介绍如何使用R语言进行数据可视化。

首先,我们将学习如何使用ggplot2包来创建常见的图表,比如散点图、折线图和柱状图等。

然后,我们将介绍如何使用plotly包来创建交互式图表,这些图表可以通过鼠标交互来进行缩放、旋转和筛选等操作。

第四章:数据分析方法R语言提供了丰富的数据分析方法和工具,包括描述统计、假设检验、线性回归等。

本章将介绍如何使用R语言进行常见的数据分析。

首先,我们将介绍如何计算数据的基本统计量,比如均值、标准差和相关系数等。

然后,我们将介绍如何进行假设检验,包括t检验和卡方检验等。

最后,我们将介绍如何使用线性回归模型来拟合和预测数据。

第五章:高级数据分析和建模除了基本的数据分析方法外,R语言还提供了许多高级的数据分析和建模方法,比如聚类分析、决策树和随机森林等。

快速学会使用R软件进行数据分析

快速学会使用R软件进行数据分析

快速学会使用R软件进行数据分析R是一种流行的统计分析和数据可视化软件,在数据科学和统计建模领域被广泛使用。

通过全球开源社区的贡献,R拥有众多强大且广泛应用的软件包,可以执行各种数据分析任务。

以下是一个快速学习使用R进行数据分析的指南。

2.了解R基本语法:R语言的基本语法与其他编程语言类似。

学习基本的R语法,如变量创建、数据类型和基本运算符等。

3. 数据导入:使用R导入数据是数据分析的第一步。

R可以导入各种格式的数据,包括CSV、Excel、文本文件和数据库等。

使用相关的函数和软件包将数据加载到R工作区中。

4.数据概览和预处理:在进行分析之前,对数据进行初步概览和清理是很重要的。

使用R中的函数和技术来检查数据的结构、缺失值和异常值等问题,并进行数据清洗和预处理。

5.描述性统计分析:使用R计算数据的统计指标,如均值、中位数、标准差和频率分布等。

通过使用R软件包中的函数,可以轻松进行描述性统计分析。

6. 数据可视化:R是一个功能强大的数据可视化工具。

学习使用R 中的函数和软件包,如ggplot2,可以创建各种类型的图表,如直方图、散点图和箱线图等。

数据可视化有助于理解数据的分布和关系。

7.统计分析:R是一个强大的统计分析工具。

学习使用R中的函数和包进行常见的统计分析,如假设检验、线性回归和方差分析等。

掌握基本的统计方法,可以解释数据之间的关系。

8. 机器学习和数据挖掘:使用R进行机器学习和数据挖掘是R的一个重要应用领域。

学习使用R中的软件包,如caret和randomForest,可以进行分类、回归和聚类等机器学习任务。

9.高级分析和建模:当您对基本的统计分析和机器学习技术感到舒适时,您可以学习更高级的数据分析和建模技术。

使用R软件包进行时间序列分析、因子分析和结构方程建模等。

10.解决问题和求助:在学习和使用R过程中,您可能会遇到问题。

R 拥有庞大的用户社区和丰富的文档资源。

您可以通过在R网络论坛和社交媒体上寻求帮助,来解决您遇到的问题。

R语言基本统计分析方法(包及函数)

R语言基本统计分析方法(包及函数)

R语言基本统计分析方法(包及函数)R语言是一种非常强大的统计分析工具,它提供了丰富的包和函数来进行各种统计分析。

下面是一些常用的R语言基本统计分析方法、包和函数:1.描述性统计分析:描述性统计分析是对数据集中的变量进行总结和概括的过程。

R语言中一些常用的描述性统计方法包括:求和(sum),均值(mean),中位数(median),最小值(min),最大值(max),方差(var),标准差(sd),频数(table)等。

这些函数都是基本的内置函数,无需额外加载包。

2.t检验:t检验是用于比较两个样本均值是否有显著差异的统计方法。

R语言中可以使用t.test(函数进行t检验。

该函数接受两个向量作为输入,分别表示两个样本的数据,然后返回t值、自由度、p值和置信区间等结果。

3.方差分析:方差分析(ANOVA)是用于比较多个样本均值是否有显著差异的方法。

在R语言中,可以使用aov(函数进行方差分析。

该函数接受一个公式作为输入,公式表示因变量与自变量的关系,然后返回方差分析的统计结果。

4.相关分析:相关分析用于研究两个变量之间的相关性。

在R语言中,可以使用cor.test(函数进行相关分析。

该函数接受两个向量作为输入,然后返回相关系数、p值和置信区间等结果。

5.线性回归分析:线性回归分析用于建立一个线性模型来描述因变量和自变量之间的关系。

R语言中可以使用lm(函数进行线性回归分析。

该函数接受一个公式作为输入,公式表示因变量与自变量的关系,然后返回回归模型的统计结果。

6.非线性回归分析:非线性回归分析用于建立一个非线性模型来描述因变量和自变量之间的关系。

R语言中可以使用nls(函数进行非线性回归分析。

该函数接受一个公式和初始参数作为输入,然后返回拟合的非线性模型。

7.生存分析:生存分析用于研究时间数据和生存率之间的关系。

在R语言中,可以使用survival包进行生存分析。

survival包提供了一系列生存分析的函数,如生存曲线绘制、Kaplan-Meier法、Cox回归模型等。

统计软件R基本操作及简单画图

统计软件R基本操作及简单画图

灵活的编程语言
R语言是一种解释型语言,语法 简洁,易于学习和掌握。
R软件的应用领域
数据挖掘与机器学习
R软件广泛应用于数据挖掘、机器学习和人 工智能领域。
生物信息学
在生物信息学领域,R软件被广泛用于基因 组学、蛋白质组学等数据分析。
金融
R软件在金融领域中用于风险评估、投资组 合优化等方面。
社会科学
在社会科学研究中,R软件常用于调查数据 分析、经济建模等。
统计软件R基本操作及简单画 图
• R软件简介 • R语言基础 • R语言基本操作 • R语言简单画图
01
R软件简介
R软件的发展历程
起源
R软件起源于1993年,由新西兰奥克兰大学的Ross Ihaka和 Robert Gentleman共同开发。
成长
随着R软件的开源性质,越来越多的开发者为其贡献代码和功能, 使其成为统计分析领域的强大工具。
除法
使用“/”进行除法运算。例 如,`x / y`将x除以y。
逻辑运算符和比较运算符
逻辑运算符
使用“&”表示逻辑与,使用“|”表示逻辑或。例如,`x > y & x < z`表示x 大于y并且x小于z。
比较运算符
使用“>”、“<”、“>=”、“<=”等比较运算符进行比较。例如,`x > y` 表示x大于y。
总结词:用于展示数据的分布、 中位数、四分位数等统计指标。
boxplot(data$income) ```
饼图
总结词
用于展示各部分在总体中所占的比例。
详细描述
在R中,可以使用`pie()`函数来创建饼图。例如,要绘制一个饼图展示各年龄段人口比 例,可以使用以下代码

如何使用R语言进行数据分析?

 如何使用R语言进行数据分析?

使用R语言进行数据分析是一个广泛而深入的主题。

下面将详细介绍如何使用R语言进行数据分析,涵盖数据的导入、清洗、探索性数据分析、模型建立与评估等各个方面。

一、R语言简介R语言是一种用于统计计算和图形的编程语言,广泛用于数据分析、机器学习和统计建模。

R语言拥有丰富的包(package)和函数库,几乎覆盖了所有统计分析方法。

二、数据的导入在R中进行数据分析的第一步是导入数据。

R支持多种数据格式的导入,如CSV、Excel、JSON、SQL等。

以下是几种常见的数据导入方法:1. 读取CSV文件可以使用`read.csv()`函数读取CSV文件,例如:```Rdata <- read.csv("data.csv")```2. 读取Excel文件读取Excel文件需要先安装并加载`readxl`包,示例如下:```Rinstall.packages("readxl")library(readxl)data <- read_excel("data.xlsx")```3. 从数据库导入可以使用R的数据库接口(如`RMySQL`、`RSQLite`等)从数据库中导入数据。

例如,使用`RMySQL`包从MySQL数据库导入数据:```Rinstall.packages("RMySQL")library(RMySQL)con <- dbConnect(MySQL(), user='username', password='password', dbname='database', host='host')data <- dbReadTable(con, "tablename")dbDisconnect(con)```三、数据清洗数据清洗是数据分析的重要步骤,包括处理缺失值、异常值、重复值等。

如何利用R语言进行数据分析

如何利用R语言进行数据分析

如何利用R语言进行数据分析在时代变迁的今天,数据已逐渐成为了一种重要的资源,越来越多的企业和机构都在积极地开发和利用数据资源。

数据分析作为数据领域的核心技术之一,早已成为了许多数据工作者们最为重要的技能之一。

然而,数据分析除了需要一定的统计学和概率学知识外,还需要一种可靠的数据分析工具,而R语言正是其中之一。

R语言是一种流行的面向数据分析和图形化表达的开源编程语言。

它可以快速地处理和可视化数据,构建模型和算法,以及进行数据科学和机器学习等领域的应用研究,应用范围非常广泛。

下面,本文将从四个方面阐述如何利用R语言进行数据分析。

一、数据处理与清洗数据处理和清洗是数据分析的重要环节。

R语言提供了一系列方便的数据处理和清洗工具,例如dplyr和tidyr等包,能够快速地对数据进行处理和清洗。

dplyr包可以对数据进行过滤、排序、汇总、分组等操作,tidyr包则可以对数据进行转换、拆分、填充等操作。

同时,R语言还提供了强大的正则表达式和字符串处理工具,可以帮助我们更加容易地对数据进行清洗和加工。

二、统计分析R语言是进行统计分析的最佳工具之一,它提供了大量的统计分析函数和工具包,可以轻松地进行统计分析,并且产生直观的统计图表。

例如可以利用ggplot2包绘制直方图、散点图等。

R语言还提供了很多其他的统计分析工具,如回归分析、因子分析、聚类分析等等,在研究中起到了至关重要的作用。

三、可视化表达可视化表达是数据分析的重要环节,有效的可视化可以助力我们更好地发掘数据的潜在关系和趋势。

R语言通过多种数据可视化函数和图表,可以很方便地将数据可视化,例如绘制饼图、折线图、柱状图等等。

R语言可以创建漂亮的交互式数据可视化图表,例如通过shiny包,可以轻松创建交互式分析应用程序。

四、机器学习机器学习是数据科学领域的重要分支,利用机器学习可以挖掘复杂的关系和模式。

R语言提供了许多机器学习包,例如caret包、e1071包、randomForest包、xgboost包等等。

R语言基础-数据分析及常见数据分析方法

R语言基础-数据分析及常见数据分析方法

R语⾔基础-数据分析及常见数据分析⽅法R表达式中常⽤的符号残差(Residuals)残差是真实值与预测值之间的差,五个分位的值越⼩模型越精确系数项与截距项(Coefficients & Intercept)和P值指标残差标准误(Residual standard error)残差的标准误差,越⼩越好R⽅判定系数模型拟合的质量判定指标,取值在0-1之间,值越⼤越好Multiple R-squared: 0.991 表⽰该模型能解释99.1%的数据。

F统计量(F-statistic)说明模型是否显著,值越⼩越好,说明模型越显著判断模型是否适合的⼀般规则先看F统计量是否⼩于0.05,如果⼩于0.05,再看R⽅判定系数。

*线性回归(解决⼀元多次)回归(regression),通常指那些⽤⼀个或多个预测变量,也称⾃变量或解释变量来预测响应变量,也称为因变量、校标变量或结果变量的⽅法。

1.回归分析类型2.普通最⼩⼆乘法使⽤women内置数据集得出体重与⾝⾼之间的关系使⽤plot(fit)绘制出四幅图(残差拟合图、正态QQ图、⽅差假设指标图、残差影响图)使⽤ par(mfrow = c(2,2)) 可以将四幅图显⽰在⼀个窗⼝中线性拟合常⽤函数*多元线性回归⼀、变量是相互独⽴的情况将state.x77数据集转化为数据框得出结果意为在控制⼈⼝数量,收⼊,霜冻天数不变的情况下,⽂盲率上升1%,谋杀率就会上升4.14%⼆、变量不相互独⽴的情况使⽤mtcar内置数据框,选取每加仑汽油⾏驶的⾥程数与马⼒、车重的关系说明每加仑汽油⾏驶的⾥程数与汽车马⼒的关系依赖车重的不同⽽不同三、为解决因⼦数量较多⽆法确定最佳模型是可使⽤逐步回归法或者全⼦集回归法逐步回归法全⼦集回归法*回归诊断⼀、满⾜OLS模型(最⼩⼆乘法)统计假设1.正态性对于固定的⾃变量值,因变量值成正态分布。

2.独⽴性因变量之间相互独⽴3.线性因变量与⾃变量之间为线性相关4.同⽅差性因变量的⽅差不随⾃变量的⽔平不同⽽变化。

R语言的一些常见初级基本操作

R语言的一些常见初级基本操作

R语言的一些常见初级基本操作R语言是一种广泛应用于数据分析和统计建模的编程语言。

下面列举了一些常见的初级基本操作,帮助初学者快速上手。

1. 数据类型转换:R语言中有多种数据类型,常见的有数值型(numeric)、字符型(character)、逻辑型(logical)等。

可以使用`as.`开头的函数将数据对象转换为指定类型,如`as.numeric(`、`as.character(`、`as.logical(`等。

2. 数据结构:R语言中有多种数据结构,常见的有向量(vector)、矩阵(matrix)、数据框(data.frame)和列表(list)等。

可以用函数`c(`创建向量,`matrix(`创建矩阵,`data.frame(`创建数据框,而列表则可以直接使用`list(`。

3. 数据导入与导出:使用`read.table(`函数可以导入以制表符分隔的文本文件,`read.csv(`函数可以导入以逗号分隔的csv文件,`read.xlsx(`函数可以导入Excel文件。

使用`write.table(`函数可以将数据导出为文本文件。

4.数据索引与切片:可以使用方括号`[]`对数据进行索引和切片操作。

例如,`x[1]`表示索引向量x的第一个元素,`x[1:5]`表示索引x中的前五个元素。

5.数据筛选与过滤:可以使用逻辑判断对数据进行筛选和过滤。

例如,`x[x>0]`表示筛选出向量x中所有大于0的元素。

6. 数据排序与重排序:可以使用`sort(`函数对数据进行排序,可以指定`decreasing = TRUE`参数实现降序排列。

使用`order(`函数可以返回排序后的索引序列,可以通过这些索引对原来的数据进行重排序。

7. 数据聚合与汇总:R语言提供了多种用于数据聚合和汇总的函数,如`sum(`、`mean(`、`median(`、`min(`、`max(`和`sd(`等。

可以在这些函数中使用`na.rm = TRUE`参数来忽略缺失值。

用R做数据分析

用R做数据分析

R简介R语言是由Ross Ihaka、Robert Gentleman二位创建的,这也许可以解释为什么叫R语言。

现在由“R开发核心团队”负责开发。

R是基于S语言的一个GNU项目。

一、R语言介绍R是为统计计算和作图的一门语言和环境。

是一个GNU项目,和S语言和环境很相似,S语言是由BELL实验室的John Chambers和他的同事开发的。

R 语言可以认为是从S语言衍生而来的,他们之前有很重要的不同,但是大多数用S语言写的代码也可以在R中运行。

目前R在高校非常流行,特别是随着这几年互联网的发展,(R在一些大公司的运用得到的实践,例如:国外的google、linkdin、facebook等,国内一些大型互联网公司也在开始使用R),及随着互联网版权的意识增强,也促使了R在互联网的发展。

当然R在很多领域都有很广泛的运用。

R语言是开源的,同时可以运行在各种平台上(Linux、Windows、MacOS 等)。

R的许多软件包是由R语言、LaTeX、Java及最常用C语言和Fortran撰写。

可以说现在R包含各种各样的功能,可以说目前你能想到的功能,都可以找到一个或者多个R包来实现。

几千个R包,哪个才最适合你呢?“最适合你自己的R 包,也许就是你自己写的那个包”。

二、R软件安装下载CRAN地址:/,什么是CRAN:CRAN为Comprehensive R Archive Network(R综合典藏网)的简称。

它除了收藏了R的执行档下载版、源代码和说明文件,也收录了各种用户撰写的软件包。

现时,全球有超过一百个CRAN镜像站。

根据你的操作系统,下载相应的R语言安装文件。

下载地址:/mirrors/CRAN/三、R语言的特点1、变量不需要申明即可引用。

2、R语言的核心是:向量。

3、R语言是一个函数语言。

4、向量中的下标是从1开始引用的。

5、R是脚本语言、面像对象;四、如何学学习R语言1、不要期望你能学会R中所有的包。

R语言 数据分析

R语言  数据分析


┃照向量(cmat中单行)或者一个对照矩阵(cmat中的数行)描述。列的顺序依赖于对应的
┃cmatB.AB ┃设计矩阵X,因此,每行的头两个元素都保存为两种染色Cy3和Cy5.矩阵cmatB.AB的第一行

┃描述了主效应B
┣━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
使用形式为analysemadatadesignidcmatcinfopadjcnonebonferronifdrtol1e06其中data为维数为gn的矩阵包含用来分析的归一化或者标准化的数据g为探针数目n为微阵列实验数目该矩阵的每一行数据对应一个基因矩阵的列数应对应于微阵列实验这样每一列包含的数据对应于单个微阵列矩阵中不能含有任何id变量这需要单独输入缺失的数据被当作na值来处理
22.1 daMA包
22.1.1 简介
daMA包主要应用于设计双色因子微阵列实验,并对相关的实验结果数据进行 统计分析。
双色微阵列实验应用于检测基因在实验样本与对照样本中的差异表达。一个因 子的情况比较简单,只要用Cy3和Cy5两种染料分别标记实验样本和对照样本,然后 与同一块芯片杂交,检测信号,分析数据就能实现目的。而对于某些需要考察2个或 2个以上的因子的实验,每个因子有2个或2个以上的水平,这时实验设计显得尤为 重要,因为好的实验设计对于获取可靠的数据是至关重要的,对这些数据的后续分 析和生物学解释也更有意义。 daMA包就是用于2因子多水平这类微阵列实验的设 计和数据分析的。
在考虑分布分类时,我们通常使用的方法是从高斯分布或者更普遍的描述分布的特 征出发,用简单的图形得到很好的效果。下面通过示例来说明edd包的用法。
1.加载edd包和基因表达谱数据 基因表达谱数据保存在eset中,这是exprSet类的对象,包含500个基因26个样本的

r语言数据分析案例

r语言数据分析案例

r语言数据分析案例R语言是一种强大的统计分析工具,广泛应用于数据科学领域。

它提供了丰富的包和函数,使得数据分析变得简单高效。

以下是一个使用R语言进行数据分析的案例,展示了从数据导入、处理、分析到可视化的完整流程。

首先,我们需要安装并加载必要的R包。

在这个案例中,我们将使用`dplyr`进行数据处理,`ggplot2`用于数据可视化,以及`readr`来读取数据文件。

```rinstall.packages("dplyr")install.packages("ggplot2")install.packages("readr")library(dplyr)library(ggplot2)library(readr)```接下来,我们导入数据。

假设我们有一个名为`data.csv`的CSV文件,其中包含了我们分析所需的数据。

```rdata <- read_csv("data.csv")```数据导入后,我们通常需要进行数据清洗和预处理。

这可能包括处理缺失值、异常值、数据类型转换等。

```rdata <- data %>%filter(!is.na(value)) %>% # 移除含有缺失值的行mutate(value = as.numeric(value)) # 确保value列为数值类型```在数据清洗后,我们可能需要进行一些探索性数据分析(EDA),以了解数据的分布和特征。

```rsummary(data)```接下来,我们可以进行更深入的数据分析。

例如,如果我们想要分析某个变量与另一个变量之间的关系,我们可以使用相关性分析。

```rcor(data$variable1, data$variable2)```为了可视化数据,我们可以使用`ggplot2`包来创建图表。

例如,如果我们想要绘制一个散点图来展示两个变量之间的关系,我们可以这样做:```rggplot(data, aes(x = variable1, y = variable2)) +geom_point() +theme_minimal()```此外,我们还可以创建更复杂的图表,如箱线图、直方图等,以进一步探索数据。

数据分析技巧使用R语言和RStudio进行数据分析的基本操作

数据分析技巧使用R语言和RStudio进行数据分析的基本操作

数据分析技巧使用R语言和RStudio进行数据分析的基本操作在当今信息爆炸的时代,大量的数据产生和存储成为了常态。

对这些数据进行有效的分析和解读成为了各行业追求的目标。

在数据分析方面,R语言和RStudio成为了广泛使用的工具。

本文将介绍使用R语言和RStudio进行数据分析的基本操作,帮助读者快速上手。

一、R语言和RStudio简介R语言是一种自由、开放源代码的编程语言,主要用于统计计算和绘图。

它拥有丰富的数据处理和分析函数库,可以满足各种复杂的数据分析需求。

RStudio是一个集成开发环境(IDE),为R语言提供了图形化界面和一系列便捷的工具,使得数据分析更加高效。

二、数据导入与清洗在进行数据分析之前,首先需要将数据导入RStudio,并进行必要的数据清洗。

导入数据可以通过读取本地文件、从数据库中获取数据以及通过API接口获取数据等方式实现。

数据清洗包括处理缺失值、处理异常值、去除重复数据、转换数据类型等操作。

R语言提供了丰富的函数和包来支持数据导入和清洗,例如read.csv、na.omit、duplicated等函数。

三、数据探索与可视化数据分析的第一步是对数据进行探索性分析,了解数据的基本情况、变量之间的关系等。

R语言提供了丰富的统计计算和可视化函数库,如summary、cor、hist等,可以帮助我们进行数据探索。

通过绘制直方图、散点图、箱线图等图形,可以更直观地观察数据的分布和变化趋势。

四、数据预处理在进行进一步的分析之前,通常需要对数据进行预处理,包括特征选择、特征缩放、数据标准化等操作。

R语言提供了多种数据处理的函数和包,如caret、dplyr、tidyr等,可以轻松实现数据预处理的各种需求。

例如,可以使用scale函数对数据进行标准化,使用select函数选择需要的特征变量。

五、数据建模与评估在数据分析的最核心部分是建立统计模型,并对模型进行评估。

R语言提供了丰富的建模工具和函数库,如lm、glm、randomForest等,可以满足各种常见的统计建模需求。

R语言编程基础 第5章 初级绘图

R语言编程基础 第5章 初级绘图
集的速度与刹车距离的散点图
> plot(cars[, 1], cars[, 2]) # > plot(cars) # 效果同上
22
分析数据间的关系
散点矩阵图
如果数据框是多维数据,那么plot函数将绘制出两两之间散点图组合成为散点矩阵图(matrix of scatterplots)。散点矩阵图将多个散点图组合起来,以便可以同时浏览多个二元变量关系,一定程度上 克服了在平面上展示高维数据分布情况的困难。
R语言里,提供的绘制饼图函数为pie函数,其具体用法如下所示。
pie(x, labels = names(x), radius = 0.8,...)
12
饼图
pie函数参数
参数
参数解释
x
非负的数值向量,x中的值表示饼图切片的区域 标签,一个或多个给切片命名的表达式或者字符串
labels
radius
freq
是否以频数作图,默认 TRUE,画出频数直方图,取值 FALSE
时画频率直方图
7
直方图
示例:cars数据集中speed的直方图
> hist(cars$speed)
8
分析数据分布情况
条形图
条形图(Bar Chart)是用一个单位长度表示一定的数量,根据数量的多少画成长短不同的直条,然后把 这些直条按一定的顺序排列起来。从条形统计图中很容易看出各种数量的多少。 在R中,可以使用barplot函数绘制条形图,展示各类数据的数量分布情形。条形图的x轴是数据类别,y轴 是相应类别的频数。barplot函数的具体用法如下所示。 barplot(height, beside =, horiz =, , ...)

数据分析与R软件-R软件介绍与应用

数据分析与R软件-R软件介绍与应用
具有很强的程序编辑、调试等功能 具有语法高显功能
获取R函数的帮助文档
• 用函数help()查看函数的帮助文档,?函数名也可以。
以mean()函数为例:求数据的均值
• 用函数args()快速获取函数的参数
• 用函数example()查看函数的使用示例
善用帮助文档,有助于学习和理解R语言
R语言操作简介
对象的类型—— mode(对象名)
数值型(numeric):又可以分为整型、单精度、 双精度等
字符型(character):输入时需加上双引号或 单引号
复数型(complex) 逻辑性(logical):取值FALSE或TRUE
<- : R中的赋值 符,虽然等号 “=”也可以进 行赋值,但是不 推荐用等号进行 赋值
心开发团队(RCDT)维护;它是一个由志愿者 组成的工作努力的国际团队
R的无私奉献者
Ross Ihaka

Robert Gentleman Bill Venables
R里面有什么?
Packages (每个都有大量数据和可以读 写修改的函数/程序)
base boot class cluster ctest eda foreign grid KernSmooth lattice lqs MASS methods mgcv
order(x)返回使得x从小到大排列的元素下标向量, 即x从小到大排列后各元素在原来序列中的位置
rank(x) 返回各分量的秩(升序序列中处的位置) (x[order(x)]等效于sort(x))。
>x <- c(4,8,6,10,2) >order(x) [1] 5 1 3 2 4 > x[order(x)] [1] 2 4 6 8 10 >rank(x) [1] 2 4 3 5 1

R数据分析:随机截距交叉滞后RI-CLPM与传统交叉滞后CLPM

R数据分析:随机截距交叉滞后RI-CLPM与传统交叉滞后CLPM

R数据分析:随机截距交叉滞后RI-CLPM与传统交叉滞后CLPM有同学问随机截距交叉滞后和传统交叉滞后的区别,随便记录一下,希望给到大家启发。

拟合随机截距交叉滞后模型RI-CLPM的时候我们需要将变量的观察分数分为3个部分:第一部分为总体均数grand means,就是每个变量在同一时间所有观测的均数;第二部分是因素间的稳定性stable between components,体现为变量的随机截距,就是说不同的个体在显变量的得分上有一个随机扰动,第三部分是因素内的波动性fluctuating within components,就是针对每个个体的每次测量和期望的得分的差异。

设定随机截距的操作就是在模型设定的时候额外设定一个重复测量的潜变量,然后将所有测量的载荷设定为1。

具体地看下面的例子,下图是一个研究睡眠问题和焦虑的随机截距交叉滞后模型,数据测了5波,其中Sit代表个体i在t时间的睡眠问题,Ait代表个体i在t时间的焦虑:以上图为依据给大家讲讲随机截距交叉滞后的3个部分,首先总体均数就是说我观测的所有样本在某个时间点测得的这个变量的总体水平,比如睡眠的总体均数我就可以用μt表示,焦虑的总体均数就可以用πt表示,t就取1到5,当然了这个总体均数可以随着时间变化,作为一个验证性的方法我也可以选择验证不变性,都行,看你的理论考虑。

第二个部分就是因素间的稳定性,在上面的图中用B打头,这个主要是体现时间不变性条件下的得分与总体均数之间的差异性(同一时间点每个人之间的不同),用随机截距体现,就是个体差异。

第三部分是因素内的波动性,是用W表示的,表示一个个体观测的分数和基于随机截距和总体均数所期望出来的分数之间的差异(纵向波动)。

上面一段中的'因素’这个词是我本人的翻译,不一定精准,英文是-unit或者component,就是如果你是随访的人,那么就是between person,或within-person,大家理解就好。

  1. 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
  2. 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
  3. 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。

. :
100
sort(union(xz,z))# xz z setequal(union(xz,z),x)# intersect(1:10,7:50) # # 1:100 , # 1:100 sample(1:100,20,prob=1:100) # pi *10ˆ2 # ? * , pi "*"(pi, "ˆ"(10,2)) # ! pi * (1:10)ˆ-2.3# x = pi * 10ˆ2 x print(x) # (x=pi *10ˆ2) # piˆ(1:5) #
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65 Box-Cox Cox . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65 Poison . . . . . . . . . . 69 . . . . . . . . . . . . . . . . . 73
, “ ” , ! , , ).
( ,
: “˜”).
,
2
• . • “->” • “+” , ) •
1
R
(/)1 , R “=” . “>” ( . , “;” . . + “<-”;
“R”
.
• .
( .
ASCII ). R
• R ( Ctrl+R
7
x=rnorm(200)#200 x hist(x, col = "light blue")# (histogram) rug(x) # stem(x)# x <- rnorm(500) y <- x + rnorm(500) # plot(y˜ x) # a=lm(y˜x) # abline(a,col="red") # abline(lm(y˜x),col="red") print("Hello World!") paste("x = ", min(x)) # demo(graphics)# ( Enter )
5
ncol(cars);nrow(cars) #cars dim(cars) #cars # dist ,speed OLS lm(dist ˜ speed, data = cars) # qspeed, cars$qspeed =cut(cars$speed, breaks=quantile(cars$sp include.lowest = TRUE) names(cars) # cars cars[3]# cars[,3] table(cars[3])# is.factor(cars$qspeed) plot(dist ˜ qspeed, data = cars)#
(z=x%*%y) # z1=solve(z) # ,solve(a,b) z1%*%z # , round(z1%*%z,14) # b=solve(z,1:4); b # nrow(x);ncol(x);dim(x)# x=matrix(rnorm(24),4,6) x[c(2,1),]# 2 1 x[,c(1,3)] # 1 0 sum(x[,1]>0) # 1 0 sum(x[,1]<=0) # 1 0 x[,-c(1,3)]# 1 3 x. diag(x) #x
uniroot(f,c(0,2))# # f=function(x) xˆ2+2*x+1 # optimize(f,c(-2,2))# (-2,2)
9
LETTERS[1:26]# a=factor(letters[1:10])#letters: a[3]="w" # ! a=as.character(a) # a[3]="w" # a;factor(a) # b=sample(LETTERS[1:26],100,rep=T) table(b) barplot(table(b))# b=factor(b) levels(b) ,
sort(x,decreasing=T)#sort(x,dec=T) x sum(x);length(x)# round(x) # , round(x,0) # round(x,5) 5 fivenum(x) # , quantiles quantile(x) # quantiles, quantile(x, c(0,.33,.66,1)) mad(x) # "median average distance": cummax(x)# cummin(x)# cumprod(x)# cor(x,sin(x/20)) # (correlation)
# ( ) (a=lm(dist ˜ qspeed, data = cars)) summary(a)# ( )
6
x <- round(runif(20,0,20), digits=2)# summary(x) # min(x);max(x) # , range(x) median(x) # (median) mean(x) # (mean) var(x) # (variance) sd(x) # (standard deviation), sqrt(var(x)) # rank(x) # (rank) order(x)# x order(x,decreasing = T)# x x[order(x)] # sort(x) sort(x) # : x
1
R C (R Development Core Team, 2011) , basic, matlab, maple, gauss , , , R , . R R . , . , (package) “ R ” , , . , . S .R . .R , ,
, . , . R R ( , R ,
)
y=iris;y[1:5,];str(y) #iris R write.table(y,"test.txt",s=F)# # . header=F, w=read.table("test.txt",header=T) str(w) # write.csv(y,"test.csv")# csv v=read.csv("test.csv")# csv str(v) #
3
“lm”
.
”, . ).
,
, “Packages” “Html ”
R ,
,
.

, (“+, -, *, /, ˆ”) , ( “?+”). : . “#”
“?"+"”
• • . , R , • . RStudio R (
, ) . . ,
3
x=1:100# 1,2,...,100 x (x=1:100) # , sample(x,20)# x 20 set.seed(0);sample(1:10,3)# # 1 200 1000 z=sample(1:200,1000) z[1:10]# z y=c(1,3,7,3,4,2) z[y]# y z (z=sample(x,100,rep=T))# x (z1=unique(z)) length(z1)#z xz=setdiff(x,z) #x z --


R (
R
)
1 2 3 4 5 6 7 R
6 8 13 16 19 21 23
8 9 10 11 12 13 14 15 , (list) (table)
24 26 27 29 33 35 37 39
16 17 18 CLT: t OLS
41 42 44 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44 ? . . . . . . . . . . . . . . . . . 46 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46 ? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49 . . . . . . . . . . . . . . . 50 riskfac1.txt . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56 cross.txt . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60 Poision . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
print(x, digits = 12)#
x 12
4
R
x=pi*10ˆ2 class(x) #x class typeof(x) #x type class(cars)#cars R typeof(cars) #cars type names(cars)#cars summary(cars) #cars head(cars)#cars , tail(cars) #cars str(cars)# s(cars) # attributes(cars)#cars class(dist˜speed)#"˜"
, (
2
, ) ) . ( . , ,
• ), •
2
Ctrl+W Ctrl+C Esc
(R , ), “
.
” ,
• , , , , .RData • R , ppt word , ,
“ . .
?”, , , .
R • R R • R , , “ (PDF .
. . )”, )
( “?lm”
, “rlm”, ( library(MASS) , detach(package:MASS) ), “?rlm” 3 , rlm . MASS , “??rlm” . , , “lm”, “apropos("lm")” “lm” . MASS • “Html R (
相关文档
最新文档