第七章 遗传图的制作与基因定位
遗传图的制作和基因定位(B)
5 细菌的遗传分析和基因定位
• 细菌属于原核生物(prokaryotes),没有 明显的细胞核,不进行减数分裂,其基因 的传递方式是非减数分裂的。细菌的染色 体是裸露的,它比较容易接受带有相同或 不相同物种的基因或DNA片断的插入。 • 细菌之间遗传物质的传递主要有以下三种 x determination in Drosophila” Fly 2010,4:1, 60-70. • 论文提供者即最初提问题的同学。
Outline
• 1、真核生物基因定位的基本方法和遗传图的制作。 • 2、脉孢霉四分子及其遗传学分析。
• • 2.1 四分子分析与着丝粒作用。 2.2 二对基因的四分子分析。
• 转化(transformation)是指通过外源DNA进行的 遗传物质的转移。转化可分为自然转化(natural transformation)(即细菌能自然地吸收DNA及遗 传转化)和工程转化(engineered transformation)(即通过遗传改变使细菌能吸收 DNA及进行遗传转化)。 • 结合(conjugation)是指由供体菌(donor)和 受体菌(recipient)之间的直接接触而导致的遗 传物质的单向转移。 • 转导(transduction)是指由噬菌体所介导的DNA 从供体菌到受体菌的转移。
U型管实验的结论
• U型管实验结果说明:遗传交换不可能是由 于细胞破碎产生的转化因子DNA或从细胞 中分泌的某些物质产生的,而需要两个菌 株间的直接接触。换句话说,大肠杆菌之 间也有某种类型的交配系统,这种交配系 统能够实行菌与菌之间遗传物质的交换, 我们称这一系统为结合(conjugation)。
简述基因定位的基本步骤
简述基因定位的基本步骤基因定位是基因组学的一个重要分支,它的主要任务是确定基因在染色体上的位置。
基因定位可以为遗传疾病的诊断和治疗提供重要的信息,也可以帮助人们更好地理解基因组结构和功能。
本文将详细介绍基因定位的基本步骤。
一、建立遗传标记建立遗传标记是进行基因定位的第一步。
遗传标记是指在染色体上有明确位置并且能够被检测到的DNA序列。
常见的遗传标记包括单核苷酸多态性(SNP)、简单序列重复(SSR)和限制性片段长度多态性(RFLP)等。
二、构建遗传图谱构建遗传图谱是进行基因定位的关键步骤之一。
遗传图谱是指反映不同DNA序列之间相对距离和顺序关系的图表。
目前常用的构建遗传图谱方法有两种:连锁分析和物理定位。
1. 连锁分析连锁分析是通过观察不同DNA序列之间是否存在连锁现象来确定它们在染色体上的相对位置。
常用的连锁分析方法包括家系分析和群体分析。
2. 物理定位物理定位是通过测量DNA序列在染色体上的实际距离来确定它们的位置。
常用的物理定位方法包括辐射杂交、荧光原位杂交和比较基因组学等。
三、进行基因关联分析基因关联分析是指通过研究不同基因型与表型之间的关系来确定特定基因与特定表型之间的联系。
常用的基因关联分析方法包括连锁不平衡分析和关联分析。
四、进行功能研究进行功能研究是为了更好地理解基因组结构和功能。
常用的功能研究方法包括转录组学、蛋白质组学和代谢组学等。
五、总结综上所述,基因定位是一个复杂而又重要的过程,它需要多种技术手段和方法的综合应用。
只有通过不断地探索和创新,才能更好地推进基因定位领域的发展,为人类健康事业做出更大贡献。
遗传学7 第7章 连锁遗传分析
完全连锁和不完全连锁
连锁(linkage):生物性状很多,控制这些性状的基因自然
也多,而生物的染色体数目有限,若干非等位基因位于同一 染色体而发生连系遗传的现象。
完全连锁:位于同源染色体上非等位基因之间不发生非
姐妹染色单体之间的交换, F1只产生两种亲型配子、其自交
花的颜色和 花粉形状的 分离比各自 符合3:1
❖
F2四种表现型个体数的比例与9:3:3:1相差很大,并且两亲 本性状组合类型(紫圆和红长)的实际数高于理论数,而两种 新性状组合类型(紫长和红圆)的实际数少于理论数。
连锁(linkage)遗传现象
杂交试验中,原来为同一亲本所具有的 两个性状在F2中不符合自由组合规律,而常 有在一起遗传的倾向,这种现象叫做连锁遗 传现象。
完全连锁:少数的生物中,如:雄果 蝇和雌家蚕中为完全连锁。
连锁遗传常用的符号:
• AB/ab: 表示A和B连锁,a与b连锁。
测交实验2-不完全连锁
灰身长翅 黑身残翅
♀
灰身长翅
灰身残翅
黑身长翅
黑身残翅
415
92
88
405
当两对非等位基因为不完全连锁时,F1不仅产生亲本型 配子(BV和bv)也产生重组型配子(Bv和bV)。
(二) 基因定位的方法
1、两点测交(two-point testcross):
每次只测定两个基因间的遗传距离,是基因 定位最基本的方法。 • 需要通过三次试验,获得三对基因两两间交 换值、估计其遗传距离; • 根据三个遗传距离推断三对基因间的排列次 序和距离。
交换的特点
♥交换发生的时间:减数分裂的粗线期,成熟 于双线期 ♥交换必定发生在非姐妹染色单体的相同位置 上,重组是一个准确的相互交换的过程 ♥每次交换只涉及到四条染色单体中的2条,即 减数分裂后的四个产物中,2个是重组型,2 个是亲本型
细菌和病毒的遗传学分析
用不同的Hfr菌株进行中断杂交实验所作出的大肠杆菌基因连锁图,其基因向F-细胞转移的顺序大不相同。
重组作图
01
当转移时间间隔在两分钟之内, 如已知lac与ade紧密连锁,距离约为1分钟,中断杂交作图就不可靠,须用传统的重组作图(recombination mapping)
01
不用亲本类型 两对基因间的交换频率,必须在形成部分二倍体的条件下,计算重组率。 部分二倍体如果不发生重组,无法鉴别。 接合重组不产生相反的重组类型
低频重组与高频重组
高频重组(High frequence recombination, Hfr)
F因子整合到了细菌染色体上,与F-细胞接合后将供体染色体的一部分或全部传递给F-受体,当供体和受体的等位基因带有不同的遗传标记时,可观察到它们之间发生重组,频率可达到10-2以上,称为高频重组品系(菌株)
杂合DNA复制后,形成一个亲代类型的DNA和一个重组类型的DNA并导致转化细胞的形成与表达。
转化的进程
4 共转化与遗传图谱绘制
共转化:供体的一条DNA片段上的两个基因同时转换的现象。 利用共同转化绘制细菌连锁遗传图谱的基本原理: 相邻基因发生共同转化的概率与两者的距离间成正向关系,基因间距离越近,发生共同转化的频率越高,反之越低。 因此可能通过测定两基因共同转化的频率来指示基因间的相对距离。
数理与生物工程学院
单击添加副标题
遗 传 学
单击添加副标题
第七章细菌和病毒的遗传学分析
目录
1
2
二 细菌的接合与染色体作图
1.接合现象的发现
细菌的接合首先是莱德伯格( Lederberg )和塔特姆( Tatum )在1946大肠杆菌杂交试验中发现的。
遗传作图及基因定位
连锁分析的原理
遗传标记与疾病基因连锁
通过分析遗传标记在疾病家系中的传递 情况,判断遗传标记与疾病基因是否连 锁。
VS
遗传距离与重组率
利用遗传标记与疾病基因的相对位置关系 ,计算遗传距离和重组率,进一步定位疾 病基因。
连锁分析的应用
定位到特定的染色体 区域。
生物信息学方法
利用计算机技术对大量基因组数据进 行整合分析,确定基因位置。
03
遗传标记与连锁分析
遗传标记的种类
形态学标记
利用个体的形态差异进行标记,如身高、肤色等。
细胞学标记
利用细胞分裂和染色体变异进行标记,如染色体数目和结构异常。
分子遗传标记
利用DNA序列变异进行标记,如单核苷酸多态性(SNP)。
遗传信息传递
生物体的遗传信息通过DNA分 子传递给后代,基因型的不同
会导致表型的不同。
连锁分析
利用基因型和表型之间的连锁 关系,通过统计分析确定基因 在染色体上的位置。
分子标记技术
利用DNA分子的多态性,通过比较 不同个体间的基因型差异,构建基 因型和表型之间的对应关系。
全基因组测序
通过对全基因组进行测序和分析,确 定基因在染色体上的位置和功能,进
疾病风险预测
基因定位可以帮助预测个体患某种疾病的风险,为预防措施提供指 导。
生物进化研究
01
物种起源与演化
基因定位有助于揭示物种的起源 和演化过程,了解生物多样性的 形成机制。
02
适应性进化研究
03
系统发生学研究
通过基因定位技术,可以研究生 物对环境变化的适应性进化过程。
基因定位有助于构建物种之间的 系统发生关系,为生物分类提供 依据。
遗传制作和基因定位上
第4页/共97页
例如:已知玉米子粒有色(C)对无色(c)为显性,饱满(Sh)对 凹陷(sh)为显性,非糯性(Wx)对糯性(wx)为显性。
为了明确这三对基因是否连锁遗传,分别进行了以下三个试验:
第一组试验:
F1
F1 饱满、非糯、有色× 凹陷、粒性、无色 +sh +wx +c ↓ shsh wxwx cc Ft
F1配子及Ft表型见下表:
第13页/共97页
第14页/共97页
先不考虑wx,只考虑C-Sh间的情况,这样就可以计算 出C-Sh间的重组值
F1
CCShSh × ccshsh ↓
CcShsh × ccshsh
三点测交的一般方法
表型
实得数 比例(%) 重组发生位点
a-b a-c c-b
a + + 580 80.9
+ b c 592
a b c 45 5.9
√√
+ + + 40
a b + 89 12.6
√√
+ + c 94
a+ c
3 0.6
√√
+b+
5
合计 1448 100
18.5 6.5 13.2
第20页/共97页
基因在染色体上各有其一定的位置 确定基因的位置 主要是确定基因之间的距离和顺序 基因之间的距离是用 交换值来表示的,叫图距,图距单位是厘摩(centimorgan, cM)。
准确地估算出交换值 确定基因在染色体上的相对 位置 把基因标志在染色体上。
遗传学课件第7章基因定位
For example:
Cystic fibrosis (CF,囊肿性纤维化,属遗传性胰腺病) is the most common lethal inherited disease in the U. S. As many as 1 in 2500 Americans of Northern European descent carry a gene with CF.
第七章 遗传图的制作 和基因定位
GENE MAPPING
内容
• 基本概念和基本方法 • 人类基因定位的基本方法 • 真菌类生物(脉孢霉)的遗传分析 • 体细胞交换与基因定位 • 细菌的基因定位 • 噬菌体的重组作图
The ultimate goal of gene mapping is to clone genes, especially disease genes. Once a gene is cloned, we can determine its DNA sequence and study its protein product.
理论双交换频率 4.36%23.07%=1.0%
并发系数与干涉
• 干涉通常用并发系数(C)(coefficidence of coincidence or coincidence)来表示。
并发系数(C)= 实际双交换值÷理论双交换值
按上列数值 C = 0.96% ÷1.0% = 0.96
干涉(I)= 1 - C, 即1 - 0.96 = 0.04 (可正可负)
Examples: cystic fibrosis (囊肿性纤维化,属遗传性 胰腺病), diabetes(糖尿病), multiple sclerosis(多发性
硬化), and blood pressure
真核生物基因定位基本方法和遗传图制作
真核生物基因定位的基本方法和遗传图的制作图距(map distance)即指两个基因在染色体图上距离的数量单位,它是以重组值1%去掉%号表示基因在染色体上的一个距离单位,即某基因间的距离为一个图距单位(map unit, mu)。
后人为了纪念现代遗传学的奠基人摩尔根,将图距单位称为"厘摩"(centimorgan, cM)。
假设两基因a-b间的重组率为17%,即这两个基因相距17个图距单位(17cM) 。
基因定位(gene mapping)是指将基因定位于某一特定的染色体上,以及测定基因在染色体上线性排列的顺序与距离。
基因定位的目的是通过将基因定位到染色体的基因座上后,以帮助我们理解和开发生物性状的遗传性质,特别是通过遗传连锁将一种性状的遗传与另一种性状或标记相联系,或者通过将表型差异与染色体结构的改变联系起来。
这在商业上可用于改良动植物的性状、定位和克隆人类的疾病基因等。
1.两点测交(two-point testcross):两点测交是指每次只测定两个基因间的遗传距离,这是基因定位的最基本方法。
(我仅重点介绍三点测交)2.三点测交(three-point testcross):三点测交就是通过一次杂交和一次测交,同时确定三对等位基因(即三个基因位点)的排列顺序和它们之间的遗传距离,是基因定位的常用方法。
用三点测交能测出双交换,因此更能准确地反映出连锁基因间的相对距离。
同样,在做三点测交时需要用这三个基因的杂合子(abc/+++,或ab+/++c,或a++/+bc等)同这三个基因的隐性纯合子(abc/abc)测交。
下面还是以玉米的上述三个基因为例来说明,假如用于三点测交的两个亲本为:+ + + / + + +和c sh wx / c sh wx,则F1代的基因型为:+ + + / c sh wx,然后F1与三隐性纯合体c sh wx / c sh wx测交,获得如下的结果。
从上表可以看出,8种表型的实得籽粒数各不相等,且相差悬殊,说明它们是连锁的。
基因组作图与基因定位
接合:DNA从一个细菌到另一个细菌。 转导:通过噬菌体转移小片段DNA。 转化:受体菌从环境中摄取供体细胞释放的DNA片段
③对人的连锁分析,只能通过家系分析完成:分析家 庭连续几代成员遗传标记与某基因(或某疾病)共同 出现的频率。
将一组不同颜色的荧光标记探针与单个变性的 染色体杂交,分辨出每种杂交信号,从而测定 出各探针序列的相对位置。
探针间位置关系提供了DNA序列与基因组图谱 间的联系。
物理图作图方法Ⅱ:荧光原位杂交 (FISH)作图
难点6
物理图作图方法Ⅲ:序列标记位 点(STS)作图
STS 来源于基因的编码序列, 是染色体上位置 已定的、核苷酸序列已知的、且在基因组中只 有一份拷贝的DNA短片断位点,片段长200- 500bp。 基本特征:唯一性。
基因组学
基因组作图
genome mapping
这条轨道上的信息中蕴藏多少金钱呢?
我国能在竞争中 占据多少地盘呢?
基本要求
1、掌握基因组遗传图和基因组物理图的 概念和原理; 2、了解基因组作图技术进展和在医学研 究中的应用。
与基因组作图有关的诺贝尔奖
The Nobel Prize in Physiology or Medicine 1933
Cosmid粘粒
①cosmid 是英文 cos site-carrying plasmid 的缩写, 也称 粘粒、柯斯载体。是人工建造的含有λ噬菌体DNA的 cos序列和质粒复制子的特殊类型的质粒载体。 ② 带有质粒的复制起点、克隆位点、选择性标记以及λ 噬菌体用于包装的cos末端等。 ③可利用噬菌体体外包装的特性,利用噬菌体感染的 方式将重组DNA导入受体细胞。但它不会产生子代噬 菌体,而是以质粒DNA的形式存在于细胞内。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。
影响交换值的因素
1. 年龄对交换值的影响:老龄雌果蝇的重组率明显下降。
2. 性别对交换值的影响:雄果蝇和雌家蚕的进行减数分 裂时很少发生交换。
3. 环境条件对交换值的影响:高等植物的干旱条件下重 组率会下降,温度过高或过低的情况下,其重组率会增加。
4. 交换值的遗传控制:交换的发生也受遗传控制。 如在大肠杆菌中:
1.用三对性状差异的两个纯系作亲本进行杂交、测交:
P: 凹陷、非糯性、有色
×
饱满、糯性、无色
shsh
++
++
++
↓
wxwx
cc
糯性、 无色 wxwx cc
F1及测交: 饱满、非糯性、有色 × 凹陷、 +sh +wx +c shsh
三点测验
2.考察测交后代的表现型、进行分类统计 3.确定两种亲本类型和两种双交换类型—双交
在水稻中,A对a、B对b为完全显性,Ab/aB 基因型的植株自交,在其后代中数目最少的 类型占子代总数的0.16%,则A-a和B-b两个 基因座之间的距离为多少个图距单位。 A.0.16 B.0.32 C.8 D.4
0.16%开根号,得0.04,是ab的频率,×2得 ab和AB的频率,即0.08,图距单位为8。选C
两个区域交换频率(交换值)的乘积。
例:wxshc三点测验中,wx和c基因间理论双交换值应为: 0.184×0.035=0.644%。
(三) 干扰和符合
2. 干扰(interference):
测交试验的结果表明: wx和c基因间的实际双交换值为0.09%,低于理论双交换 值0.644%,这是由于wx-sh间或sh-c间一旦发生一次交换 后就会影响另一个区域交换的发生,使双交换的频率下 降。这种现象称为干扰(interference),或干涉: 一个交换发生后,它往往会影响其邻近交换的发生。其 结果是使实际双交换值不等于理论双交换值。
第七章 遗传图的制作与基因定位(略讲)
第一节 交换值及其测定
一、 交换值的概念
交换值:也称重组率/重组值,是指重组型
配子占总配子的百分率。即:
重组型配子数 交换值(%) 100 % 总配子数
用哪些方法可以测定各种配子 的数目?
亲本型配子+重组型配子
二、 交换值的测定
1.测交法: 测交后代(Ft)的表现型的种类和比 例直接反映被测个体(如F1)产生配子的种类和 比例。 2.自交法:根据双隐性个体的比例是隐性配 子比例的平方.
两点测验的局限性
1. 工作量大,需要作三次杂交,三次测交;
2. 不能排除双交换的影响,准确性不够高。
(二)三点测验
一次测验就考虑三对基因的差异,从而通过
一次测验获得三对基因间的距离并确定其排 列次序。
三点测验
仍以玉米C/c、Sh/sh、Wx/wx三对基因连锁分析为例, 在描述时用“+”代表各基因对应的显性基因。
两基因间的距离越远,基因间的连锁强度越小,交换值就越 大;反之,基因间的距离越近,基因间的连锁强度越大,交 换值就越小。
3. 通常用交换值或重组率来度量基因间的相对距离, 也称为遗传距离(genetic distance)。
通常以1%的重组率作为一个遗传距离单位或遗传单位
基因间的距离与 交换值、遗传距离、连锁强度
交换值=6%×2=12%,交换值是两种重组型配子比例之和
总结: 重组值、重组值的测定
①测交法——测交后代(Ft) 表现型的种类和比例 直接反映被测个体(如F1)产生配子的种类和比例。
重组型配子数 Rf 100% 配子总数
②自交法
相 引 相
(
Rf 1 2 x
Rf 2 x
相斥 相
x —指双隐性纯合子的频率)
4. 根据双交换的基因型确定三对基因在染色 体上的排列顺序。 根据F1的基因型,基因排列有三种可能性:
sh +
===========
wx +
+
+
wx在中间 sh在中间
+
===========
wx + c
sh
+
+
===========
wx c +
+
sh
c在中间
哪一种排列方式可以产生+++与wxshc类型的双交换配 子的基因型 ???
如果上述3次测验确认3对基因间都是连锁 根据交 换值的大小 确定这三对基因在染色体上的位置。
1.获得两点测验的3个测交结果
2. 计算三对基因两两间的交换值 估计基因间的遗传距离。
3. 根据基因间的遗传距离确定基因间的排列
次序并作连锁遗传图谱。
C-Sh: 3.6 Wx-Sh: 20 Wx-C: 22
第二节 基因定位与连锁遗传图
一、基因定位
基因在染色体上的距离与重组率呈正相关.
1个图距单位(1cM)为1%重组值
根据两个基因位点间的交换值能够确定两个基因间
的相对距离,但并不能确定基因间的排列次序。
一、基因定位
确定基因在染色体上的相对位置和排列次 序叫基因定位。 两点测验和三点测验是基因定位的主要 方法。
染色体作图(chromosome mapping):指确定相互连锁的 基因在染色体上的位置及其相互间的遗传距离的过 程。 连锁遗传图(linkage map):描述基因在染色体上的排列 顺序和相对距离的数轴图叫连锁遗传图,又称遗传 图谱(genetic map)。
特点:
一种生物连锁群的数目与染色体的对数是一致 的。即有n对染色体就有n个连锁群.
遗传作图的过程与说明
要以最先端的基因点当作0点,依次向 下排列。以后发现新的连锁基因,再补充定 出位置。如果新发现的基因位置应在最先端 基因的外端,那就应该把0点让给新的基因 ,其余基因的位置要作相应的变动。
第三节 第四节 第五节 第六节
人类基因定位的基本方法(自学) 真菌类生物的遗传分析(自学) 有丝分裂交换与基因定位(自学) 细菌与噬菌体的基因定位(自学)
1.测交法
以玉米籽粒颜色和形状这两对连锁基因为例,来说明估算交 换值的方法。 玉米籽粒的有色(C)对无色(c)为显性,饱满(Sh)对凹陷(sh) 为显性。
相引组求得: 重组型配子数 = 149 + 152 = 301 总配子数 = 4032 + 149 + 152 + 4035 = 8368 交换值 = (301/8368)×100%= 3.6%,两种重组配子各1.8 %;
2.自交法
例如第一节中的香豌豆资料:
F2有四种表现型 F1有四种配子
紫长 PL
紫园 Pl
红长 pL红园 plFra bibliotek设各配子的比例为 a b c d F2组合为 (aPL bPl cpL dpl)2 因为组成F2表现型ppll的F1配子必然是pl,其频率d
则:F2中纯合双隐性ppll个体数即为d2
已知香豌豆ppll(双隐)个体数为1338株(相引数); ∴双隐个体表现型比率= d2 =1338/6952×100%=19.2%。
由于双交换实际上是在两个区域同时发生了单交换,
所以在估算每个区域交换值时,都应加上双交换值,
才能够正确地反映实际发生的交换频率。
三点测验
6. 绘制连锁遗传图。
Sh位于wx与c之间; wx-sh:
18.4 sh-c: 3.5 wx-c:21.9。
两个思考问题
1.理论双交换值应为多少? 2.三点测验考虑到了wx与c之间的双交换值, 应该比两点测验得到的遗传距离更大。但事 实上变小了,为什么?
(一)两点测验:
先用三次杂交、再用三次测交(隐性纯合亲本)来分别测定 两对基因间是否连锁,然后再根据其交换值确定它们在同一染 色体上的位置。
A B C
分别测出Aa-Bb间重组率 确定是否连锁; 分别测出Bb-Cc间重组率 确定是否连锁; 分别测出Aa-Cc间重组率 确定是否连锁。
a b c
recA+ → recA是大肠杆菌中recA基因座的产物,具有双重功能,能激活蛋 白酶并能改变单链DNA分子。蛋白酶-激活活性控制SOS 反应; 核酸酶活性涉及重组修复途径。 RecA recA基因产物具有三 种生物化学活性:重组活性,单链DNA结合活性和蛋白酶活性。
三、 连锁遗传图
连锁群:存在于同一条染色体上的基因;
第② 种排列顺序才有可能出现+++与wxshc类型的双交换配子。 + wx sh + +
============
c
sh 在中间
所以这三个连锁基因在染色体的位置应为 wx sh c
关键是确定中间一个基因.一般以最少的 双交换型与最多的亲本型相比,不同的基因一 定在中间。
三点测验
5 . 计算基因间的交换值。
3.各种方法在各次试验中测定的交换值-遗 传距离都不相同,倒底哪一个最能反映基因 间的遗传距离?如何选择?
(三) 干扰和符合
1. 理论双交换值
连锁与互换的机理表明:染色体上除着丝粒外,任何一点
均有可能发生非姊妹染色单体间的交换。但是相邻两个交 换是否会发生相互影响呢? 如果相邻两交换间互不影响,即交换独立发生,那么根据 乘法定理,双交换发生的理论频率(理论双交换值)应该是
F1 pl 配子频率 d 0.44 即44%
2
在相引相中,pl是亲本型配子,另一亲本型配子PL的频率应 与pl的相等, 均为44%;则:两种重组型配子(Pl+pL)的频率 为100-44%-44%=12%,各为6%。