diamond_3_教程系列
最新Diamond基础操作指南(大全)
Diamond基础操作手册Crystal Impact Diamond是一款分子和晶体结构可视化软件。
Diamond整合了丰富的功能，可以简化处理晶体结构数据冗长的工作，不仅适用于研究和教学，同时也可以应用与出版和作报告。
1.配合物分子结构的绘制(1) 双击diamond快捷方式，进入主程序。
打开数据.cif文件，程序将出现一系列对话框，可一直点击“下一步”，知道有“完成”出现，点击“完成”，如再有对话框出现仍点击“完成”，程序进入结构图编辑页面。
(2) 在做图之前，首先点击修改键长按钮，出现键长对话框，将不可能成键的原子组去掉（如Cd-C Cd-H），并根据已知键长范围设定原子组，如下图Cd-O键最大值约在2.7，所以将计算机默认值由2.880改为2.700。
(3) 选择添加不对称单元原子按钮，将在屏幕上出现该配合物一个不对称单元中的原子（未键连）。
(4) 在Build菜单中找到Filter，单击出现对话框，在该对话框中，原子前若挑钩则表示其在屏幕中会正常显示出来。
如果不挑钩则表示该原子被过滤掉，将不显示出来。
在配合物的结构图中一般H原子不需要显示出来，所以我们将H原子的钩去掉。
(5)配位环境图的绘制。
选择屏幕左下方的连接原子按钮，将(3)中孤立的原子连接起来。
由于配位环境图的绘制需要补全与金属离子键合的所有分子，因此使用补全配位模式按钮，将另外两个三唑长出来。
对于配位环境图中的非碳原子需标出原子序号，方法为鼠标左键单击要编号原子，然后选择屏幕下方的原子标号按钮。
如果对于程序直接给出的原子标号字体大小不满意，可以鼠标左键双击原子标号进入原子标号设定对话框进行设定。
注意对后长出来的与金属离子直接相连的原子需要根据该原子的对称操作符号（与.txt文件中的对称操作对应）给出相应的对称操作记号。
如N2的对称操作为x,-y+1/2,z+1/2 在.txt文件中对应的操作码符号为#1，则该原子在标注时为N2A。
Diamond 3 界面选项的功能介绍
在本章中我们首先介绍一下一个典型的 diamond 3 界面上所有选项的基本功能。
一个典型的 diamond 3 的界面 打开 C:\Program Files\Diamond 3\Tutorial\文件夹中的 pyrene.cif 文件（上图所示）。
第一节 File 菜单系列 1.1 File 菜单简介
图 3.2 Navigation 效果图
图 3.3 Navigation 选项 Navigation 后在左侧显示出了各个菜单的名称主要包括五项。 ☻点击 Structure x 可以显示当前操作的结构图：
图 3.4 点击 Structure x 效果 ☻点击 Data sheet 可以显示该结构的晶体学信息：
表 3-2 Distance/angles 操作界面说明
可以选择参与列表的原子种类 Unit
表示选择范围的单位，?表示埃，下面依次是皮米和纳
米
Dmin Dmax
表示选定的原子该范围球壳范围内的所有原子，默认值
angle
d 1,2 and 1,3
Count
Symmetry op. Atom code Coordinate Standard Uncertainties (s.u.值)
File 菜单系列，包括 Windows 系统常规的几种选项（如图 2 所 示 。）
图 1.2 File 菜单系列 1.2 常用选项 1.2.1Open 选项
点击该选项，可以看到 diamond 3 可以打开的所有文件类型（如图 3 所 示 ）。
图 1.3 Diamond 3 支持的阅读格式
前三项是该公司开发的 Diamond 及 Endeavour 软件的默认格式。其中 Cif 文件格式最 为通用。ICSD/Crystin 及 CSD-FDat 是两个晶体学数据库输出的文件格式。Protein Data Bank 格式表示支持蛋白质晶体数据库文件。常用的格式还包括笛卡儿 xyz 座标格式，这在构建特 殊结构模型时极为便利，比如我们会在后面章节中提到的螺旋体的构建。 1.2.2 Save 选项
POV-Ray与Diamond3联用作图简介
POV-Ray与Diamond 3 联用作图简介第一节POV-Ray基本知识POV-Ray，全名是Persistence of Vision Raytracer，是一个使用光线跟踪绘制三维图像的开放源代码免费软件。
很多漂亮的图片就是由POV-ray来制作的。
本文的主要目的在于介绍如何利用Diamond软件联合POV-Ray 画图，我们不可能将所有的功能加以介绍。
本节简要介绍一下。
1．坐标系统POV-Ray是基于Ray-tracing的渲染软件，学习它的第一个事情便是认识其坐标系统。
2. POV-Ray文件的基本构成和很多计算机语言一样，文件格式中有很多属于专用语言，这些文字在程序中往往表现为彩色。
一个基本的POV-Ray文件有如下几个部分：一些头文件、摄像机定义、场景物体定义、灯光定义。
a. 头文件，常用的包括：#include "colors.inc" // 定义基本颜色#include "shapes.inc" // 定义基本形状物体#include "textures.inc" // 定义一些物体属性注：//后面的文字是注释，不参与程序运行。
b. 摄像机位置和观察方向当用POV-Ray的标记语言来表示一个摄像机的时候，我们可以这样来写：camera {location <0, 2, -3> //（大家可以想象摄像机在坐标中的位置）look_at <0, -1, 2> //（摄像机的位置确定后，还要让镜头对着某个方向）up x*1 //（up和right定义了纵横视口比例）right y*1}正规写法如下：camera {location <0.0, 2.0, -3.0>look_at <0.0, -1.0, 2.0>right x*image_width/image_height}c. 主要物体比如我们要在<0, 0, 0>位置（原点）放置一个半径为2黄色的球体可以表示为（注意{}总是成对出现，color是系统默认关键字，黄色若想成为关键字，被默认为黄色，应首字母大写）：sphere {<0, 0, 0>, 2texture {pigment {color Yellow} }}到此，我们完成了所有工作，就可以渲染（run）了，但您看到的将是一个黑色背景上的一个很淡的黄色的实心圆。
晶体结构立体模型建构软件-Diamond的使用指南
晶体结构立体模型建构软件-Diamond的使用吴平伟中国海洋大学材料科学与工程研究院E-mail: wupingwei@晶体结构立体模型建构软件-Diamond的使用在使用Diamond软件构造晶体模型时，需要知道晶体的结构数据，即晶体的空间群、晶胞参数和原子坐标。
晶体结构数据可以手动输入，也可以直接从晶体信息文件中获得。
我们将通过几个例子来说明软件的使用方法。
一、NaCl晶体结构模型的构造下面我们以NaCl为例手动输入晶体结构数据。
NaCl晶体的结构数据为：空间群Fm-3m(225)；晶胞参数a=5.64Å；原子坐标Na:4a, Cl:4b。
我们将通过这个例子学会如下操作：1、学会手动输入晶体结构数据；2、学会晶体模型的构造；3、学会旋转晶体模型，从不同的角度观察；4、学会改变背景和原子及晶胞的颜色等参数；5、学会以一种原子为中心，另一种原子为配位原子构造配位多面体；6、学会多面体外观的设计。
打开软件，界面如下图所示：点击“File| New”，出现一对话窗口，如下图，选择第二个选项，按“OK”。
结果生成一个名字为Diamond1的空白的页面，同时弹出一个名字为New Structure的对话窗口，点“下一步”，在新弹出的窗口中确认Crystal Structure with cell and Spacegroup被选中，在Cell length中输入5.64，如下图：注意Space group（空间群）后是否我们需要的NaCl晶体的空间群Fm-3m(225)，如果不是，点击Browse钮，在弹出的对话窗口中选中Fm-3m(225)，即在Fm-3m(225)上点击使其变蓝色，如下图。
点“OK”回到前面的对话窗口。
点“下一步”（在出现的如下图的对话框中可以输入原子坐标，即在“Atomic parameters“中输入相应的元素符号和原子坐标值，但我们将在其他的地方做这个工作）点“下一步”，在出现的Completing the new structure Assistant窗口中有三个选项：Start structure picture; Launch the structure picture creation assistant;Create structure picture automaticly。
diamond-3-教程系列1.01
GB50057—1994 建筑物防雷设计规范（2000年版）
GB50343—2004 建筑物电子信息系统防雷设计规范
GB 50303—2002 建筑电气工程施工质量验收规范
GB 50074—2002 石油库设计规范
GB 50156—2002(2006 年版)汽车加油加气站设计与施工规范
GB50169-2006电气装置安装工程接地装置安装及验收规范
13.8
将不同的电气装置、导电物体等，用接地导体或浪涌保护器以某种方式连接起来，以减小雷电流在它们之间产生的电位差。
13.9
建筑物需要规定和控制雷击电磁脉冲环境的区域，可划分为LPZ0A、LPZ0B、LPZ1……LPZn+1区。
13.10
也称电涌保护器，用于限制暂态过电压和分流浪涌电流的装置，它至少应包含一个非线性电压限制元件。
一、检查并记录电涌保护器数量、型号、安装位置及工艺，各级电涌保护器的主要技术参数应符合设计规范要求，电涌保护器装置应有具备检测资格的部门出具的检测报告或主管机构颁发的《防雷产品使用许可证》。
二、电涌保护器的标志应完整和清晰，表面应平整、光洁、无划伤、无裂痕和烧灼痕或变形。有劣化显示及工作状态指示的电涌保护器其状态指示应与生产厂家产品说明相一致。没有劣化显示及工作状态指示的电涌保护器，应检查电涌保护器表面手感温度，当接近或大于人体温度时，应更换电涌保护器。
Diamond装机小技巧：Diamond与POV-RAY关联的问题
Diamond 装机小技巧：Diamond 与POV-RAY 关联的问题作者：Monster编辑：CCL 适读人群：正在学习晶体可视化软件的小菜鸟，被Diamond 装机以及与POV-RAY 关联问题困扰的朋友。
最近小编在学习晶体可视化相关知识。
工欲善其事必先利其器，小编选择了较为流行的Diamond 软件。
但在装软件的过程中却遇到了一些问题，最棘手的是如何实现Diamond 与POV-RAY 的关联。
现将这些经验分享出来，希望能够帮到遇到同样问题的朋友们。
1. Diamond 软件安装：本文所用的是Diamond 3 版本，电脑系统为win 10，32 位。
目前，Diamond 已经更新到4.41，官方正式版软件是收费的（可以去度娘找找破J版）。
对于Diamond 3，无需安装得到系统C 盘，直接安装在非系统盘，比如D 盘；新建文件夹，然后按照引导按照即可。
安装完成后在Diamond3/Tutorial 文件夹下打开任意一个实例文件（本教程打开的是C60.cif ，如下图所示）。
届时，Diamond 3 安装完成。
2. 安装POV-RAY:Diamond 安装完成后，软件中已经嵌入好POV-RAY 选项。
依次点击：'Tools' - 'POV-RAY' - 'Render into Bitmap...' ，会弹出如下图所示对话框。
因为你还没有装POV-RAY, 所以Diamond 无法调用POV-RAY 。
POV-RAY 是免费的，直接前往POV-RAY 官网下载即可。
POV-RAY 最新版式POV-RAY 3.7 。
但是POV-RAY3.7之后，Diamond 无法直接调用。
小编我尝试了多种方法都无法实现连用（如果你知道如何解决，或者知道什么原因，欢迎在评论区留言，以方便大家。
）。
无论是安装在Diamond 同一个文件夹下，还是按照在系统C 盘，都无法解决这个问题。
POV-Ray与Diamond_3_联用作图简介第二节
POV-Ray与Diamond 3 联用作图简介（第二节）15151晶体论坛荣誉出品窦伟兰州大学化学化工学院第二节Diamond中的POV-Ray设置其实很多晶体类软件比如ORTEP-3，Mercury 2.2 等均可输出pov 文件。
但是ORTEP-3功能过于简单，Mercury的POV设置没有完善。
目前，相容性较好的应该属Diamond 3了。
按照我们前面的介绍，若想实现软件间的兼容必须先解决晶体结构中的原子和键的表达问题。
Diamond 3软件使用的是Sphere（代表atom）和Cyclinder（代表bond）的组合方式，具体说来有以下几点：（1）将所有的原子（包括衍生出的）和化学键分别成组，联动操作要分别设置原子组和键组；（2）默认c轴方向为初始方向，在您进行任意旋转时，程序只需对比并记住您的旋转方向即可，采取rotate 命令很容易实现；原子坐标的变化引起的大量数据的变动得以巧妙解决；（3）文件编写简洁清晰，易于后期修改（这是我们本文一切的起点）。
1．基本设置进入POV-Ray设置界面非常容易，下辖的五个选项中常用的是Global Settings、Render Into Bitmap和Create Scene File，其他两个选项实际上用处不大。
2．Global Setting里Settings这里的选项和设置是整个作图程序的关键步骤，主要从四个方面设置图片效果。
2.1 Materials：提供原子或键的材质选择，可供选择的材质非常多，但常用的是前五项。
为了便于对效果进行对比，我们选择800*600分辨率，全充满模型进行作图，其他条件不变（限于篇幅，只演示了Default 模式的设置过程；不对图片进行后期处理，因而采用Render Into Bitmap 方式，得到.bmp格式的图片）：后面的各项材质选择均采用如上步骤，得到的效果如下图：材质类型 材质效果（未设置光源）特点及说明Default朴实无华Dull虚幻缥缈常用于配合光源构建美图Plastic华丽夺目不用光源，同样构建超强效果Rubber温文儒雅Shiny细致精巧最具匠心的设计，在全充满模型里最常用。
Diamond作图
删减法：将对 描述结构无关 的原子或基团 隐藏，只显示 一部分
9
二 含有巨型离散水簇的笼状配合物
举例
主体
[Co(H2O)6⊂Co8L12]6+
[HL = 4,6-di(2-pyridyl)-1,3,5-triazine-2-ol]
客体
多核水簇(H2O)21
其他
咪唑，KBr/KCl，EtOH
Man-Li Cao, J-J Wu, H-J Mo,etc,. J. AM. CHEM. SOC. 2009, 131, 3458–3459
Diamond作图
目录
一 Diamond简述 二 描述复杂结构中原子的配位环境 三 描述三维孔状配位聚合物 四 描述具有螺旋结构的配位聚合物
2
引
Diamond的出现
MOFs 的广泛应用
吸附分离
气体存储
光学材料
MOFs
磁性材料
催化
其他
3
引
Diamond的出现
MOFs 的研究过程
MOFs
晶体透明 晶型较好
Man-Li Cao, J-J Wu, H-J Mo,etc,. J. AM. CHEM1.2SOC. 2009, 131, 3458–3459
二
结构分析
[Co(H2O)6⊂Co8L12]6+ (H2O)21
配合物的3D氢键框 架
不规 则阴 离子
{Br6(H2O)14}6{Cl6(H2O)16}6-
10
二
结构分析
[Co(H2O)6⊂Co8L12]6+的结构
Co的配位
Co的多面体
Man-Li Cao, J-J Wu, H-J Mo,etc,. J. AM. CHEM. SOC. 2009, 131, 3458–3459
Diamond基础操作指南(大全)
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Diamond整合了丰富的功能，可以简化处理晶体结构数据冗长的工作，不仅适用于研究和教学，同时也可以应用与出版和作报告。
1.配合物分子结构的绘制(1)双击diamond快捷方式，进入主程序。
打开数据.cif文件，程序将出现一系列对话框，可一直点击“下一步”，知道有“完成”出现，点击“完成”，如再有对话框出现仍点击“完成”，程序进入结构图编辑页面。
» J'B. AJdTvT.i k frynf fnx* F• ■!■■■*- r>i»1trj ml I B°A1・I:IJ mMWr I 1^***丄WIN.# TKT-J 」出「5—1A”l *trti••百(2)在做图之前，首先点击修改键长按钮，出现键长对话框，将不可能成键的原子组去掉(如Cd-C Cd-H)，并根据已知键长范围设定原子组，如下图Cd-0键最大值约在2.7,所以将计算机默认值由2.880改为2.700。
(3)选择添加不对称单元原子按钮，将在屏幕上出现该配合物一个不对称单元中的原子(未键连)。
(4)在Build菜单中找到Filter，单击出现对话框，在该对话框中，原子前若挑钩则表示其在屏幕中会正常显示出来。
如果不挑钩则表示该原子被过滤掉，将不显示出来。
在配合物的结构图中一般H原子不需要显示出来，所以我们将H原子的钩去掉。
（5）配位环境图的绘制。
选择屏幕左下方的连接原子按钮，将（3 ）中孤立的原子连接起来。
由于配位环境图的绘制需要补全与金属离子键合的所有分子，因此使用补全配位模式按钮，将另外两个三唑长出来。
Diamond用户手册
循序渐进 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
连接性与过滤功能 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
4. 或许您还想接着浏览一下“DIAMOND 教程 B：高级示例”这一章，以便对接下来 的内容有个印象。
5. 随后，请您坐到计算机前并练习 DIAMOND 教程 B，在这一阶段，您将深入了解 DIAMOND 最精彩的特色功能。
6. 最后，您可以随意地尝试一下本软件的各项功能，就从您自己研究中的实例开始下 手。
使用 POV-RayTM 绘制高质量图片 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
使用 DIAMOND 录制视频 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
进阶指南：DIAMOND 的理念
17
任务 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
Diamond基础操作指南(大全)
Diamond基础操作手册Crystal Impact Diamond是一款分子和晶体结构可视化软件。
Diamond整合了丰富的功能，可以简化处理晶体结构数据冗长的工作，不仅适用于研究和教学，同时也可以应用与出版和作报告。
1.配合物分子结构的绘制(1) 双击diamond快捷方式，进入主程序。
打开数据.cif文件，程序将出现一系列对话框，可一直点击“下一步”，知道有“完成”出现，点击“完成”，如再有对话框出现仍点击“完成”，程序进入结构图编辑页面。
(2) 在做图之前，首先点击修改键长按钮，出现键长对话框，将不可能成键的原子组去掉（如Cd-C Cd-H），并根据已知键长范围设定原子组，如下图Cd-O键最大值约在2.7，所以将计算机默认值由2.880改为2.700。
(3) 选择添加不对称单元原子按钮，将在屏幕上出现该配合物一个不对称单元中的原子（未键连）。
(4) 在Build菜单中找到Filter，单击出现对话框，在该对话框中，原子前若挑钩则表示其在屏幕中会正常显示出来。
如果不挑钩则表示该原子被过滤掉，将不显示出来。
在配合物的结构图中一般H原子不需要显示出来，所以我们将H原子的钩去掉。
(5)配位环境图的绘制。
选择屏幕左下方的连接原子按钮，将(3)中孤立的原子连接起来。
由于配位环境图的绘制需要补全与金属离子键合的所有分子，因此使用补全配位模式按钮，将另外两个三唑长出来。
对于配位环境图中的非碳原子需标出原子序号，方法为鼠标左键单击要编号原子，然后选择屏幕下方的原子标号按钮。
如果对于程序直接给出的原子标号字体大小不满意，可以鼠标左键双击原子标号进入原子标号设定对话框进行设定。
注意对后长出来的与金属离子直接相连的原子需要根据该原子的对称操作符号（与.txt文件中的对称操作对应）给出相应的对称操作记号。
如N2的对称操作为x,-y+1/2,z+1/2 在.txt文件中对应的操作码符号为#1，则该原子在标注时为N2A。
Diamond中文指南
晶体结构立体模型建构软件-Diamond的使用吴平伟中国海洋大学材料科学与工程研究院E-mail: wupingwei@晶体结构立体模型建构软件-Diamond的使用在使用Diamond软件构造晶体模型时，需要知道晶体的结构数据，即晶体的空间群、晶胞参数和原子坐标。
晶体结构数据可以手动输入，也可以直接从晶体信息文件中获得。
我们将通过几个例子来说明软件的使用方法。
一、NaCl晶体结构模型的构造下面我们以NaCl为例手动输入晶体结构数据。
NaCl晶体的结构数据为：空间群Fm-3m(225)；晶胞参数a=5.64Å；原子坐标Na:4a, Cl:4b。
我们将通过这个例子学会如下操作：1、学会手动输入晶体结构数据；2、学会晶体模型的构造；3、学会旋转晶体模型，从不同的角度观察；4、学会改变背景和原子及晶胞的颜色等参数；5、学会以一种原子为中心，另一种原子为配位原子构造配位多面体；6、学会多面体外观的设计。
打开软件，界面如下图所示：点击“File| New”，出现一对话窗口，如下图，选择第二个选项，按“OK”。
结果生成一个名字为Diamond1的空白的页面，同时弹出一个名字为New Structure的对话窗口，点“下一步”，在新弹出的窗口中确认Crystal Structure with cell and Spacegroup被选中，在Cell length中输入5.64，如下图：注意Space group（空间群）后是否我们需要的NaCl晶体的空间群Fm-3m(225)，如果不是，点击Browse钮，在弹出的对话窗口中选中Fm-3m(225)，即在Fm-3m(225)上点击使其变蓝色，如下图。
点“OK”回到前面的对话窗口。
点“下一步”（在出现的如下图的对话框中可以输入原子坐标，即在“Atomic parameters“中输入相应的元素符号和原子坐标值，但我们将在其他的地方做这个工作）点“下一步”，在出现的Completing the new structure Assistant窗口中有三个选项：Start structure picture; Launch the structure picture creation assistant;Create structure picture automaticly。
diamond_3_教程系列
第一章Diamond 3 界面选项的功能介绍在本章中我们首先介绍一下一个典型的diamond 3界面上所有选项的基本功能。
一个典型的diamond 3 的界面打开C:\Program Files\Diamond 3\Tutorial\文件夹中的pyrene.cif文件（上图所示）。
第一节File菜单系列1.1 File菜单简介File菜单系列，包括Windows系统常规的几种选项（如图2 所示。
）图1.2 File菜单系列1.2 常用选项1.2.1Open 选项点击该选项，可以看到diamond 3 可以打开的所有文件类型（如图3所示）。
图1.3 Diamond 3 支持的阅读格式前三项是该公司开发的Diamond 及Endeavour软件的默认格式。
其中Cif文件格式最为通用。
ICSD/Crystin及CSD-FDat是两个晶体学数据库输出的文件格式。
Protein Data Bank 格式表示支持蛋白质晶体数据库文件。
常用的格式还包括笛卡儿xyz座标格式，这在构建特殊结构模型时极为便利，比如我们会在后面章节中提到的螺旋体的构建。
1.2.2 Save 选项这里默认的保存格式是Diamond 3 Document （*.diamdoc）格式。
1.2.3 Save as选项共包括三个次级选项：图1.4 Diamond 3 Save as的三个次级选项在实际应用中，前两项功能相似，我们以Save Document As为例进行介绍：Save Document As提供14种文件格式：图1.5 Diamond 3 支持的14结构储存格式前三项为该公司开发的结构文件格式，常用的为第一项*.diamdoc。
通常在我们处理一个较为复杂的结构时，一次无法完成或者以后仍需要修改时，必须保存成该格式。
该格式详细保留了您的一切设置（分子模型的模式、原子的半径颜色、键长等），demo版不提供该格式的保存。
其它格式则通常并不实用。
Diamond 3.1手册
User ManualDIAMONDUser ManualVersion3.2User ManualIntel,Pentium and Pentium II are(registered)trademarks of Intel Corp.,Santa Clara,CA,USA.AMD and Athlon are registered trademarks of AMD Corp.,Sunnyvale,CA,USA.Windows,Windows NT and PowerPoint are registered trademarks of the Microsoft Corp.,Redmond,WA, USA.”POV-Ray T M”,”Persistence of Vision”,”POV-Team T M”and”POV-Help”are trademarks of the POV-Team T M, Williamstown,Australia.The POV-Ray T M package which is present on the Diamond CD-ROM as a free bonus;customers of Diamond do not pay for POV-Ray in any way.You can download the official POV-Ray package without charge from .The distribution present on the Diamond CD-ROM is the official version of POV-Ray; it is permitted under the terms of the General License in thefile POVLEGAL.DOC.The POV-Team does not endorse the distributor or its products.The POV-Team receives no compensation for this distribution.For detailed information about the POV-Ray license,please read the”GENERAL LICENSE AGREEMENT”(also called”POVLEGAL.DOC”).Copyright c 1997-2009by CRYSTAL IMPACTDr.K.Brandenburg&Dr.H.Putz GbRRathausgasse30D-53111BonnGermanyE-mail:info@World Wide Web:ContentsIntroduction1Tutorial A:Introductory Examples2 First Steps (2)Creating a Picture (7)Adapting the Design of the Picture (12)Reflection:The D IAMOND Concept17 Task (17)Step-by-Step (17)Connectivity and Filter (18)Exploring Unknown Crystal Structures (18)Using Crystal Structure Pictures (19)Tutorial B:Advanced Examples20 Molecular Structures (20)Exploring an Unknown Structure (25)Zeolite Framework (34)Creating High Quality Pictures Using POV-Ray T M (43)Creating Video Sequences (49)Where to get Help55 Support56Appendix57 Installation (57)Online Update (57)Install POV-Ray T M (57)Restore Factory Settings (58)What’s New for Diamond2Users (59)Basic Windows Software Handling (63)References66 Index67Introduction1 IntroductionYou have crystal structure data(either space group/unit cell/atomic parameters or afile(e.g.CIF)) and would like to...•create high-quality pictures for a presentation or publication?•understand the construction principles of the structure?•visualize the construction principles in various ways for your students?Excellent.That’s exactly what you can do with D IAMOND,a modern software package for visual-izing crystal structures at the atomic level.The new version3has been designed to make the initial steps as simple as possible1.As a result,you can create beautiful pictures of your crystal structure without ever reading this manual.Nevertheless,Diamond is a really powerful package offering a large variety of options far beyond these initial steps.In order to be able to use the full power of Diamond,we strongly recommend to read this manual,following our recommendations:1.First of all,you are certainly eager to get your new D IAMOND software package running onyour computer straight away and create some pictures for testing.Hence,please install the software as described on p.57(if you have not already done so),and work through the tutorial session A(p.2),following the instructions given in the text.2.Once you have created yourfirst pictures,we recommend to reserve a little bit of time forreflection,preferrably not during a busy day between several phone calls,meetings and fre-quently interrupting colleagues.3.Have a seat in an armchair with the manual and a nice cup of coffee or tea,and read the chapter”Reflection”on p.17.Think about yourfirst steps in tutorial A,and consider what you would like to do with the software concerning your own research.4.You might even want to have afirst look at the chapter”Tutorial B:Advanced Examples”(p.20)while sitting in your chair,in order to get an impression of what will happen next.5.Afterwards,return to your computer and perform Tutorial B.In doing so,you will learn a lotabout D IAMOND’s most prominent features.6.Finally,you should try to”play around”with the software as you like,probably trying someexamples from your own research activities.7.If you need help,please refer to the corresponding chapter on p.55in this manual in order toget an overview over the various ways D IAMOND can support you.1If you have already used the previous D IAMOND version2,you should read the chapter”What’s New for Diamond2 Users”(p.59)in the appendix.This chapter may also be interesting for new users who would like to get an overview over the highlighting new features in D IAMOND version3.2Tutorial A:Introductory ExamplesTutorial A:Introductory ExamplesFirst StepsWe will start the tutorial with a rather typical situation:The crystal structure data of a certain com-pound are present in a CIF-file2,based on which a picture of the crystal structure shall be created.In our case,the CIF-file of Fullerene(C60)has been exported from the Pauling File Binaries Edition3. If you have not already done so,please start the D IAMOND software now4.It will display the so-called”Start Screen”,using which you can perform the most common operations(like importing a crystal structurefile or opening a recently used document)by just a single mouse click(fig.1).Fig.1:The so-called”start screen”offering a variety of typicalfile operations,e.g.import or opening of recently used documents.Please click on”Open afile”in order to import the structure data;the”Open”dialog will be dis-played.Make sure that thefile type at the bottom of the dialog is set to”CIF(*.cif)”,then select the file”c60.cif”in the”Tutorial”subdirectory of the D IAMOND program directory(e.g.”C:\Program Files\Diamond3\Tutorial”).Finally,please press”Open”.2CIF(=Crystallographic Information File)is one of the most commonfile formats for storing and exchanging crystal structure data.For example,IUCr-journals like”Acta Crystallographica”offer downloads of CIF-files for published crystal structures.More information about CIF can be found at /iucr-top/cif/index.html 3Pauling File Binaries Edition,published by ASM International,Materials Park,Ohio,U.S.A.4If your colleagues have used D IAMOND on your PC before,we strongly recommend to restore the default(factory) settings as described in the appendix(p.58)before you follow the tutorial sessions in this manual.A lot of frequently used commands can also be executed by pressing the corresponding buttonin the toolbar or by pressing a certain combination of keyboard buttons.Once you know thesebuttons and key combinations by heart,your work will become more quick andfluently.If amenu command can also be executed using a toolbar button or key combination,this is indicatedby a small pictogram to its left and/or the key combination to its right.In our case,you could e.g.have selected the”Open”command from the”File”menu,pressedthe toolbar button or pressed the key combination”Ctrl+O”.(”Ctrl+O”means that you keepthe Ctrl-button on your keyboard pressed and press the”O”).If you have just installed D IAMOND(i.e.if the option settings are still equivalent to the factory settings),the”File Import Assistant”will be displayed(fig.2),using which you can control the individual steps of the import procedure(e.g.recognition offile type etc.).Fig.2:The”File Import Assistant”guides you through the options which apply to the import of crystal structure datafiles.Please click on the”Next”button at the bottom of the assistant,and check if thefile format which has been determined automatically from the contents of the selectedfile is correct.Below,the number of data sets which can be imported from thefile(1in our case)is displayed(fig.3).Fig.3:On the second page of the”File Import Assistant”you should check if thefile format which has been determined automatically is correct.If not,please select the correct format using the ”drop-down”box in the center of the dialog.Please press”Next”to advance to page3of the assistant.Here,you can select if you would like to let D IAMOND create a structure picture automatically,use the”Structure Picture Creation Assistant”or start with a blank picture.In our case,we would like to keep thisfirst tutorial as simple as possible,so please select”Create picture automatically”from the”If the dataset is a crystal structure”combobox (fig.4).Please click on the”Next”button to advance to the fourth(andfinal)page of thefile import assistantFig.4:On the third page of the”File Import Assistant”you can select if(and how)you would like to create afirst picture for the imported crystal structure data.(fig.5).If you mark the”Do not show this assistant again”checkbox(don’t do this now),the complete”file import”operation will be performed automatically next time you import a structure file.Press the”Finish”at the bottom of the assistant.D IAMOND will import the crystal structure data and display a picture which has been created automatically(fig.6).Fig.5:On thefinal page of the”File Import Assistant”you can select if the assistant shall be displayed again on your nextfile import,or if the import procedure shall be performed”in silence”(i.e.automatically).Now that both crystal structure data have been imported as well as a structure picture has been created,we will explore the D IAMOND user interface in order to learn about the various displaying options.Please have a look at the screen(orfig.6):The dominating view in the working area5is the structure picture,currently displaying the cubic arrangement of C60”balls”.To the right of the structure picture,two so-called”panes”are dis-played:On the upper right-hand side,the Tables pane by default displays a short overview of the most important crystal structure data(Data brief).In this pane,you can also display various other tables(e.g.atomic parameters,created atoms or planes,distances and angles measured by the user etc.).These tables are accessible by clicking on the phrase with the small”arrow down”to its right (currently”Data brief”)at the top of the tables pane.Please go ahead and try to display the”Table of created atoms”:Click on”Data brief”,then select ”Table of Created Atoms”from the drop-down list.Afterwards,please display the”Data brief”again by selecting it from the drop-down list,and click on the black background in the structure picture 5The working area in a D IAMOND is the space between the toolbar at the top and the status bar at the bottom.Fig.6:The crystal structure data have been imported from thefile”c60.cif”.DIAMOND has created a picture automatically;besides this,a short overview of the most important crystal structure data (”data brief”)as well as a summary of the contents of the picture are displayed.(left mouse button)to make it the active pane again.On the lower right-hand side,the so-called Properties pane displays various kinds of information about the structure picture and the currently selected objects,e.g.•Structure picture contents•Created atoms in structure picture•Selected objects•Distances between/around selected atoms•Linearity/planarity of selected atoms•etc.The Properties pane can be set to”Automatic”mode(by selecting the correspondingfirst line in the dropdown box at its top)so that it always displays information depending on the currently selected objects.This”Automatic mode”is also the default setting,so there is no need to change it now.At the top of the structure picture and the Tables pane,the so-called Navigation bar(fig.7)provides quick access to other viewing options(data sheet,distances and angles analysis,powder diffraction pattern,all structure pictures)for the current structure as well as to the”structure level”or the ”document level”,providing an overview over all pictures of the current structure or all crystal structures contained in the current D IAMOND document,respectively.D IAMOND documentfiles (*.diamdoc)can contain more than a single crystal structure as well as more than one picturefor each crystal structure!well as to the”structure level”and the”document level”.On the left-hand side of the Navigation bar,the currently active view(e.g.”Picture1”)is given in the context of the current document,separated by’>’signs which indicate the hierarchy.For example,”c60.cif>S1252286>Picture1”means that currently picture”Picture1”of the crystal structure titled”S1252286”is displayed which is contained in the D IAMOND document”c60.cif”.In addition to the structure picture(s),there are three different views available for the current struc-ture:Data sheet The Data sheet contains all information that is currently known about the structure,i.e.it is an extended version of the data brief.Distances and angles Here a table as well as a histogram representation of the distances and angles between the various atoms in the structure is displayed.Powder pattern The powder diffraction pattern is calculated from the crystal structure data.Both a list of individual reflections as well as a diffraction diagram are presented.Various parameters of the diffraction pattern calculation(radiation,wavelength,LP-correction,profile function etc.)as well as the diagram(scaling,colors etc.)can be adjusted.Please walk through these views by clicking on the corresponding symbols in the Navigation bar, and try to change the settings e.g.for the diffraction pattern or the distances and angles calculation. If you click on the structure name in the navigation bar(in our case”S1252286”),you will obtain a thumbnail overview of all pictures which have been created for the current crystal structure(”struc-ture level”),as well as the”Data brief”providing a quick overview over the most important crystal structure data.If you click on the document name in the Navigation bar(”c60.cif”in our case;the”top level”in the document hierarchy),an overview over all structures in the current document is provided(”document level”).If you click on(select)a certain structure in the table at the top,you will obtain a thumbnail overview of all pictures which have been created for this crystal structure as well as the”Data brief”providing a quick overview over the most important crystal structure data.Thefirst tutorial session isfinished at this point;you have got an overview over the user interface and some important dialog elements.We will now start working with D IAMOND in the next chapter, by manually entering the crystal structure data and creating a picture”on your own”.Creating a PictureYou will now learn how to enter crystal structure data manually which may be necessary if no structure datafile is available(e.g.if the crystal structure data are given in some printed publication): Please execute D IAMOND if it is not already running.Afterwards,you will have to create a new D IAMOND document(in the previous session,this has been done automatically during thefile import procedure):Please select the”New”command from the”File”menu(or press the correspondingtoolbar button).A completely empty document will be displayed.Now you have to enter the crystal structure data;we will use the data of quartz(SiO2)taken from the entry”S541934”of the Pauling File Binaries Edition:Please select the”New Structure...”command from the”Structure”menu;this will open the New structure assistant guiding you through the input of the required data(like space group,unit cell or atomic parameters).The assistant will display an opening screen with some hints about its purpose;please press”Next”to advance to the second page (fig.8)on which you will start entering your data.Fig.8:On this page of the New structure assistant,you can select if you would like to enter crystal structure or molecule structure data.For crystal structure data,you have to provide space group and unit cell parameters.Please make sure that”Crystal structure with cell and space group”is selected,the click on the ”Browse”button to the right of the”space group”input line.In the dialog which opens,please select the space group”P3121(152)”(fig.9)and click”OK”.The space group will be copied to the New structure assistant page.Fig.9:Using this dialog you can select the appropriate space group,supported by additional infor-mation about the currently selected space group on the right hand side.Afterwards,please enter the unit cell parameters a=4.535˚A and c=5.17˚A(all inputfields which arefixed by the space group are automatically disabled).Finally,change the”Title of the new structure”at the bottom of the page to”Quartz low”,since the data correspond to the low temperature modification of quartz.Your window should now look similar tofig.10.Fig.10:Space group,unit cell parameters and title of the structure have been entered.Please press”Next”to advance to the next page of the assistant where you have to enter the atomic parameters(elements,oxidation states and coordinates).The element of thefirst atom you would like to enter is Si;its oxidation state in this compound is+4.The oxidation state of an element mustbe given right after the element symbol,so please enter”si+4”as element symbol in the”Atom”inputfield.Afterwards,press the<Tab>button on your keyboard to advance to the inputfield”x/a”.Please enter0.4487in thisfield and press<Tab>to advance to”y/b”.Enter0,advance to”z/c”(<Tab>)and enter0.3333.Now that you have entered all data for the atom,press the”Add”button to the right(or simply<Return>)to add the data to the table below(fig.11).Fig.11:The atomic parameters for thefirst atom(Si+4(0.4487,0.0,0.3333))have been entered. Now,you have to enter the parameters for the second atom(O-2)which are”O-2(0.367,0.2952,0.2427)”. Simply follow the procedure described above for Si+4.Once you have pressed the”Add”button, please compare your window tofig.12.Afterwards,press”Next”to advance to thefinal page of the assistant.Here you can select if(and how)you would like to create a structure picture for the data you have just entered.While in the previous session the picture has been created automatically,you will now learn how this can be achieved”semi-manually”using the so-called Structure picture creation assistant(which provides the most common options for creating crystal structure pictures).We recommend to use it until you have gained some experience and can perform the individual steps using the menu or toolbar buttons. Please make sure that the boxes to the left of”Start structure picture”and”Launch the StructureFig.12:The atomic parameters for both atoms in the asymmetric unit of the quartz structure have been entered.Picture Creation Assistant”are checked,then click”Finish”.Note that the structure picture in the background is still empty;you now have to build a structuralmodel based on the crystal structure data you have just entered.This is central aspect of theD IAMOND concept which is described in more detail in the next chapter on p.17.Right after the New Structure Assistant has closed,a new(empty)picture will be created,and the Structure Picture Creation Assistant will open.Thefirst page of the assistant offers the option to destroy all objects currently present in the structure picture,which is of course only applicable if a structure picture is already existing before the Structure picture creation assistant is called.In our case,the picture is still empty,so simply press”Next”to advance to the second page of the assistant (fig.13).Fig.13:Thefirst step when building up a structural model is to select the atoms which shall be displayed.The second page of the Structure picture creation assistant offers a variety of options for this task.The Structure picture creation assistant cannot only be used to build new structure pictures butalso to modify existing ones.You can generally call this assistant by selecting the”Picture Cre-ation Assistant...”command from the”Guidance”submenu of the”Picture”menu.Thefirst thing you generally have to do when creating a structure picture is to define the atoms which shall be displayed.The second page of the Structure Picture Creation Assistant offers the most common methods to do this.You should select the method depending on your compound.In our case,we would like tofill two unit cells in each direction,so please mark”Fill cell range with atoms”,and select”2x2x2cells”from the”Range”combobox(fig.14).Afterwards,press”Next”to advance to the third page of the assistant.This page is dedicated to the completion of structural fragments to which the atoms created on theFig.14:DIAMOND willfill eight unit cells(two in each direction)with atoms.The atoms will be connected by bonds(based on the current connectivity settings),and the unit cell edges will be displayed as well.previous page belong.In our case,we would like to draw polyhedra around the Si-atoms:Please deselect”Fill coordination spheres”,and mark the checkbox”Create polyhedra around”instead. Afterwards,enter”Si”in the input line to the right of”Central atom elements”.Besides this,make sure that the”Create cell edges”as well as the”Connect atoms”checkbox at the top of the page are checked.All other options should be unchecked(fig.15).Finally,press”Next”.Fig.15:We would like DIAMOND to create polyhedra around the Si-atoms which are created by the options selected on the previous page.The method described here to create polyhedra is only one of several ways to perform this task inD IAMOND.Other possibilities are e.g.to select a center atom as well as the ligand atoms in thestructure picture and execute the”Construct polyhedron”command from the”Build/Polyhedra...”submenu afterwards,or to use the”Build/Polyhedra.../Add polyhedra”dialog in which you candefine the atom groups for center as well as ligand atoms separately.While the previous two pages of the assistant were basically dedicated to building up the structural model(sometimes also called the”creation of the primary atoms”),the fourth page provides some options to define the design of the picture.You can e.g.change the model from the default”Balls and Sticks”to”Wires”or”Spacefilling”,select the layout of the screen(e.g.screen or A4-page), and define the quality of the display(rendered etc.).An important option on this page is”Avoid duplicate atom main colors”which should generally be checked if a new picture is created.We will use the default settings on this page,so simply press”Next”to advance to the following page. Here,you can select the way you would like to look at the structural model.For example,you could choose viewing along a certain unit cell axis:Please select”[001]projection(view along c axis)”which is generally quite appropriate for monoclinic axis b settings.Please select”(No change)”fromthe”Viewing direction”combobox.Thefinal option on this page is also important;you should normally check the”Adjust enlargement factor and position tofit picture in drawing area”so that the complete structural model is displayed as large as possible automatically.Afterwards,please click on”Finish”.The structure picture will be created according to the options you selected(fig.16).Fig.16:Using the Structure picture creation assistant,you have created yourfirst structural model. Congratulations!You have justfinished creating yourfirst picture of a crystal structure on your own! However,please do not close this picture yet:The next important thing to do is to adapt the design of the picture to your requirements.This will be described in the next chapter.Adapting the Design of the PictureIn the previous chapter,you have created a structural model of quartz.Now,we will see how the design of the model can be changed to emphasize certain aspects you would like to present to your audience.We will continue working on the structure picture right at the point where we stopped in the previous chapter.Please note that from now on we will no longer include the complete contents of the DIAMOND window in structure pictures.Besides this,we will display the contents of the actual structurepicture with a white background in the manual which is more appropriate for printing and reading.Of course,the background of your structure picture on the screen will be black like in the previoustutorial sessions.Your aim concerning this structure picture is to present different aspects of the crystal structure of quartz to your audience.In this context,it would be nice to have parts of the structure being displayed in different models,each focusing on different aspects(like packing of atoms,3d-network, local atomic environments).We will start by displaying some atoms in the corner on the lower right hand side of the picture in the space-filling model(and not in the”Balls and Sticks”model which is the default representation).The first thing you have to do is to select the atoms for which the”displaying model”shall be changed. Please press the left mouse button somewhere in the lower right hand corner inside the structure picture,and move the mouse up and to the left,thus spanning a selection rectangle on the screen. When the mouse cursor is close to the center of the structure picture,release the mouse button;all atoms within this rectangle will be selected(which can be seen by a yellow/blue frame around them) (fig.17).Fig.17:The atoms in the corner on the lower right hand side have been selected,as indicated by the yellow or blue frames around them.Note the remark above concerning the background color of the structure picture!!Now that the atoms for which the displaying model shall be changed have been selected,please choose the”Model and Radii...”command from the”Picture”menu.You willfind commands to build a structural model(e.g.add atoms or bonds)in the”Build”menu,while commands which change the design of individual atoms or even the whole structurepicture are present in the”Picture”menu.If you would like to add abstract objects(like planes,atom vectors or labels),you willfind appropriate commands in the”Objects”menu.From the”Model”combobox at the top,please select”Space-filling”,then press”OK”.The atomsTutorial A:Introductory Examples13 you have selected in the structure picture will be displayed with their”space-filling”radii.The selection frames are still present around them,so please press the<Esc>button on your keyboard to release the selection and remove the frames(fig.18).Fig.18:The atoms which have been selected in the previous step are now drawn with their”space-filling”radii.Let’s summarize what we have up to now:One part of the structure picture presents the crystal struc-ture of quartz as corner-connected SiO4-tetrahedra,another part shows the spacefilling character of the atomic arrangement.A third way to look at the crystal structure of quartz is to describe it as a three-dimensional network of covalent bonded atoms.Hence,we will change the model for a part of the structure picture to”wires/sticks”to emphasize this important point of view.Please draw a selection rectangle somewhere in the center of the picture similar to the one used for the space-filling model(press the left mouse button,move the mouse until the selection rectan-gle which is displayed contains the objects you would like to select,andfinally release the mouse button).Before we can actually change the model to”wires/sticks”,we have to remove all polyhedra within the selection rectangle in order to make the actual bonds visible:Please select the”Polyhedra”com-mand from the”Destroy”submenu of the”Build”menu(in short:select”Build/Destroy/Polyhedra”in the menu).The atoms and bonds previously hidden by the polyhedra surfaces will become visible. Note that the atoms are still selected(fig.19)!Fig.19:In the center of the structure,some polyhedra have been removed in order to make the bonds visible.Now,you can change the model for the selected atoms:Please open the”Model and Radii...”dialog from the”Picture”menu,then select the model”Wires/Sticks”in the combobox at the top of the dialog.Afterwards,click”OK”(the dialog will close)and press the<Esc>button to release the。
晶体模型绘制Diamond3.2
晶体结构立体模型建构软件（Diamond）教程中国海洋大学材料科学与工程研究院晶体结构立体模型建构软件-Diamond的使用在使用Diamond软件构造晶体模型时，需要知道晶体的结构数据，即晶体的空间群、晶胞参数和原子坐标。
晶体结构数据可以手动输入，也可以直接从晶体信息文件中获得。
我们将通过几个例子来说明软件的使用方法。
一、NaCl晶体结构模型的构造下面我们以NaCl为例手动输入晶体结构数据。
NaCl晶体的结构数据为：空间群Fm-3m(225)；晶胞参数a=5.64Å；原子坐标Na:4a, Cl:4b。
我们将通过这个例子学会如下操作：1、学会手动输入晶体结构数据；2、学会晶体模型的构造；3、学会旋转晶体模型，从不同的角度观察；4、学会改变背景和原子及晶胞的颜色等参数；5、学会以一种原子为中心，另一种原子为配位原子构造配位多面体；6、学会多面体外观的设计。
打开软件，界面如下图所示：图1点击“File| New”，出现一对话窗口，如下图，选择第二个选项，按“OK”。
图 2结果生成一个名字为Diamond1的空白的页面，同时弹出一个名字为New Structure的对话窗口，点“下一步”，在新弹出的窗口中确认Crystal Structure with cell and Spacegroup被选中，在Cell length中输入5.64，如下图：图 3注意Space group（空间群）后是否我们需要的NaCl晶体的空间群Fm-3m(225)，如果不是，点击Browse 按钮，在弹出的对话窗口中选中Fm-3m(225)，即在Fm-3m(225)上点击使其变蓝色，如下图。
点“OK”回到前面的对话窗口。
中心对称图4点“下一步”（在出现的如下图的对话框中可以输入原子坐标，即在“Atomic parameters“中输入相应的元素符号和原子坐标值，但我们将在其他的地方做这个工作）图5点“下一步”，在出现的Completing the new structure Assistant窗口中有三个选项：Start structure picture; Launch the structure picture creation assistant; Create structure picture automaticly。
Diamond基础操作指南(大全)
Diamond根底操作手册Crystal Impact Diamond是一款分子和晶体结构可视化软件。
Diamond 整合了丰富的功能，可以简化处理晶体结构数据冗长的工作，不仅适用于研究和教学，同时也可以应用与出版和作报告。
1.配合物分子结构的绘制(1) 双击diamond快捷方式，进入主程序。
翻开数据.cif文件，程序将出现一系列对话框，可一直点击“下一步〞，知道有“完成〞出现，点击“完成〞，如再有对话框出现仍点击“完成〞，程序进入结构图编辑页面。
(2) 在做图之前，首先点击修改键长按钮，出现键长对话框，将不可能成键的原子组去掉〔如Cd-C Cd-H〕，并根据键长范围设定原子组，如下列图Cd-O键最大值约在2.7，所以将计算机默认值由2.880改为2.700。
(3) 选择添加不对称单元原子按钮，将在屏幕上出现该配合物一个不对称单元中的原子〔未键连〕。
(4) 在Build菜单中找到Filter，单击出现对话框，在该对话框中，原子前假设挑钩那么表示其在屏幕中会正常显示出来。
如果不挑钩那么表示该原子被过滤掉，将不显示出来。
在配合物的结构图中一般H原子不需要显示出来，所以我们将H原子的钩去掉。
(5)配位环境图的绘制。
选择屏幕左下方的连接原子按钮，将(3)中孤立的原子连接起来。
由于配位环境图的绘制需要补全与金属离子键合的所有分子，因此使用补全配位模式按钮，将另外两个三唑长出来。
对于配位环境图中的非碳原子需标出原子序号，方法为鼠标左键单击要编号原子，然后选择屏幕下方的原子标号按钮。
如果对于程序直接给出的原子标号字体大小不满意，可以鼠标左键双击原子标号进入原子标号设定对话框进行设定。
注意对后长出来的与金属离子直接相连的原子需要根据该原子的对称操作符号〔与.txt文件中的对称操作对应〕给出相应的对称操作记号。
如N2的对称操作为x,-y+1/2,z+1/2 在.txt文件中对应的操作码符号为#1，那么该原子在标注时为N2A。
Diamond基础操作指南（大全）
Diamond基础操作指南（大全）Diamond基础操作手册Crystal Impact Diamond 是一款分子和晶体结构可视化软件。
Diamond 整合了丰富的功能，可以简化处理晶体结构数据冗长的工作，不仅适用于研究和教学，同时也可以应用与出版和作报告。
1. 配合物分子结构的绘制(1)双击diamond 快捷方式，进入主程序。
打开数据.cif 文件，程序将出现一系列对话框，可一直点击“下一步”，知道有“完成”出现，点击“完成”，如再有对话框出现仍点击“完成”，程序进入结构图编辑页面。
(2)在做图之前，首先点击修改键长按钮，出现键长对话框，将不可能成键的原子组去掉（如Cd-C Cd-H ），并根据已知键长范围设定原子组，如下图Cd-O 键最大值约在2.7，所以将计算机默认值由2.880 改为2.700。
(3)选择添加不对称单元原子按钮，将在屏幕上出现该配合物一个不对称单元中的原子（未键连）。
(4)在Build 菜单中找到Filter，单击出现对话框，在该对话框中，原子前若挑钩则表示其在屏幕中会正常显示出来。
如果不挑钩则表示该原子被过滤掉，将不显示出来。
在配合物的结构图中一般H 原子不需要显示出来，所以我们将H 原子的钩去掉。
(5)配位环境图的绘制。
选择屏幕左下方的连接原子按钮，将(3)中孤立的原子连接起来。
由于配位环境图的绘制需要补全与金属离子键合的所有分子，因此使用补全配位模式按钮，将另外两个三唑长出来。
对于配位环境图中的非碳原子需标出原子序号，方法为鼠标左键单击要编号原子，然后选择屏幕下方的原子标号按钮。
如果对于程序直接给出的原子标号字体大小不满意，可以鼠标左键双击原子标号进入原子标号设定对话框进行设定。
注意对后长出来的与金属离子直接相连的原子需要根据该原子的对称操作符号（与.txt 文件中的对称操作对应）给出相应的对称操作记号。
如N2 的对称操作为x,-y+1/2,z+1/2 在.txt 文件中对应的操作码符号为#1，则该原子在标注时为N2A 。
第3章 Diamond
3.5.3 在Diamond软件中观看分子结构
——Picture工具栏的使用
【实例3-7】在Diamond3.0软件中展示并观察Diamond3.0软 件内置的pyrene.cif文件所代表的分子晶体。 (Open/Tutorial/pyrene.cif芘,嵌二萘) •直接得到分子结构 •按钮可以显示出一个完整晶胞范围内所有原子。 •连接原子按钮（该晶胞中所有本应存在的化学键 都显现出来，并将所有的相应原子连接起来。）
注意：晶体中原子的坐标参数是 以晶胞的三个轴作坐标轴，以三 个轴的轴长作为坐标轴的单位。 当原点位置改变或选取的晶轴改 变，原子坐标参数也会改变。
•空间群(Space Group)：
——晶体内部结构中全部对称要素的集合。 晶体结构具有空间点阵式的周期结构，点阵结构的空间对 称操作群称为空间群。 一切晶体结构中总共只能有230种不同的对称要素组合方式， 即230个空间群。它是由俄国结晶学家费多洛夫和德国结晶 学家薛弗利斯（Artur Moritz Schoenflies）于1890至1891 年间各自独立地先后推导得出来的。
•Picture/Viewing Direction…选择投射方向 •Objects/Planes/Create Plane Through Atoms… 为选中分子(Select Molecule)创建平面 •Tool/Calculate/Angle Between Planes… 同时测量二者间的夹角和距离
•晶体的分类：
(1)按来源分为：天然晶体（宝石、冰、 砂子等）人工晶
体（各种人工晶体材料等）
(2)按化学键分：金属晶体(Cu)、离子晶体(NaCl)、分子晶 体(冰)、原子晶体(金刚石)、混合型晶体(石墨)等。 (3)按晶胞形状分：7个晶系(Crystal System)
Diamond基础操作指南(大全)
(4)在Build菜单中找到Filter，单击出现对话框，在该对话框中，原子前若挑钩则表示其在屏幕中会正常显示出来。如果不挑钩则表示该原子被过滤掉，将不显示出来。在配合物的结构图中一般H原子不需要显示出来，所以我们将H原子的钩去掉。
(5)配位环境图的绘制。选择屏幕左下方的连接原子按钮，将(3)中孤立的原子连接起来。由于配位环境图的绘制需要补全与金属离子键合的所有分子，因此使用补全配位模式按钮，将另外两个三唑长出来。对于配位环境图中的非碳原子需标出原子序号，方法为鼠标左键单击要编号原子，然后选择屏幕下方的原子标号按钮。如果对于程序直接给出的原子标号字体大小不满意，可以鼠标左键双击原子标号进入原子标号设定对话框进行设定。注意对后长出来的与金属离子直接相连的原子需要根据该原子的对称操作符号（与.txt文件中的对称操作对应）给出相应的对称操作记号。如N2的对称操作为x,-y+1/2,z+1/2在.txt文件中对应的操作码符号为#1，则该原子在标注时为N2A。
1.配合物分子结构的绘制
(1)双击diamond快捷方式，进入主程序。打开数据.cif文件，程序将出现一系列对话框，可一直点击“下一步”，知道有“完成”出现，点击“完”，如再有对话框出现仍点击“完成”，程序进入结构图编辑页面。
(2)在做图之前，首先点击修改键长按钮，出现键长对话框，将不可能成键的原子组去掉（如Cd-C Cd-H），并根据已知键长范围设定原子组，如下图Cd-O键最大值约在2.7，所以将计算机默认值由2.880改为2.700。
(6)原子颜色与键长的修改，在picture菜单下的Atom Design和Bond Design选项。
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第一章Diamond 3 界面选项的功能介绍在本章中我们首先介绍一下一个典型的diamond 3界面上所有选项的基本功能。
一个典型的diamond 3 的界面打开C:\Program Files\Diamond 3\Tutorial\文件夹中的pyrene.cif文件（上图所示）。
第一节File菜单系列1.1 File菜单简介File菜单系列，包括Windows系统常规的几种选项（如图2 所示。
）图1.2 File菜单系列1.2 常用选项1.2.1Open 选项点击该选项，可以看到diamond 3 可以打开的所有文件类型（如图3所示）。
图1.3 Diamond 3 支持的阅读格式前三项是该公司开发的Diamond 及Endeavour软件的默认格式。
其中Cif文件格式最为通用。
ICSD/Crystin及CSD-FDat是两个晶体学数据库输出的文件格式。
Protein Data Bank 格式表示支持蛋白质晶体数据库文件。
常用的格式还包括笛卡儿xyz座标格式，这在构建特殊结构模型时极为便利，比如我们会在后面章节中提到的螺旋体的构建。
1.2.2 Save 选项这里默认的保存格式是Diamond 3 Document （*.diamdoc）格式。
1.2.3 Save as选项共包括三个次级选项：图1.4 Diamond 3 Save as的三个次级选项在实际应用中，前两项功能相似，我们以Save Document As为例进行介绍：Save Document As提供14种文件格式：图1.5 Diamond 3 支持的14结构储存格式前三项为该公司开发的结构文件格式，常用的为第一项*.diamdoc。
通常在我们处理一个较为复杂的结构时，一次无法完成或者以后仍需要修改时，必须保存成该格式。
该格式详细保留了您的一切设置（分子模型的模式、原子的半径颜色、键长等），demo版不提供该格式的保存。
其它格式则通常并不实用。
需要指出的是，有时为了统计自建模型（比如在抽象拓扑结构时，统计两种或多种拓扑类型的比例）中原子的个数及比例，可以保存为cif格式。
图1.6 Diamond 3 支持的6种图片储存格式Save Graphic As:本功能提供了图片保存功能，共包含了6种图片格式。
我们通常需要使用的是bmp格式（位图格式，文件通常较大，在word中缩放会导致分辨率降低）、jpg格式（文件较小，在win office软件中可以任意缩放而不改变分辨率）、tif格式（是很多杂志要求的图片格式，易于编辑和处理）。
为实现diamond与3D Max软件的交叉使用，还需要掌握另外一种文件保存格式，即wrl格式，该格式也保留了创作者构建的所有信息，而不只是结构单元。
第二节Edit菜单系列2.1 Edit菜单简介Edit菜单主要包括结构及其模式类型的选择、复制和粘贴图2.1 Edit菜单主要选项2.2 常用功能2.2.1 Undo与Redo典型的windows界面选项，不需要过多说明，只是要注意，在计算机内存较小而图片由异常复杂时，可能造成死机。
2.2.2 Copy及Paste 选项本功能提供了两种功能（1）复制屏幕所显示的图片，可以粘贴在其它文档中，比如常用的office文档中。
图2.2 Copy 选项的结构复制功能（2）复制屏幕显示的结构包括各种详细信息，粘贴到另一个打开的diamond 3 文档中，该功能可以实现结构的对接，但是必须要注意的是不同结构可能由于空间群的不同无法实现对接，这是可以采用如下的方法：新建一个空文档>>打开C60结构文件：调解两个窗口的大小以适合显示：直接复制C60结构，粘贴到pyrene文档中，无法实现，相反的复制-粘贴过程也被警告无法进行。
提示如下（图2.3）：图2.3 结构复制时对称操作信息必须考虑图2.4结构复制时消除对称操作通过对pyrene文档Structure>>Remove Translational Symmetry（图2.4）消除了对称操作后，选择，复制并粘贴C60结构，得到如下结果：图2.5 结构的对接很明显，这时新的结构并没有任何对称操作，需要增加对称操作。
那么，反过来，将消除了对称操作的pyrene粘贴到C60文档中，仍然不被允许。
对接的技巧，读者可以自己试验，这样不必在设计结构时一个一个原子的输入，大大节省了我们的时间。
Paste 选项仅仅能实现结构的粘贴，并不能实现外部数据（如图片或结构）的导入。
2.2.3 Copy Style及Paste Style选项：该选项可以实现将某些设定好的类型选项直接通过类似Word 中格式刷的功能进行类型更换。
操作起来可以首先选择某个原子或键，然后点击Copy Style，然后再选择一些原子或键，点击Paste Style：图2.6 右键点选下的Copy Style操作图2.7 Paste Style操作图2.8 Copy>>Paste Style操作后的效果由于我们在Paste Style操作中选择了部分H原子，使得这部分的原子的颜色和半径都和碳原子一样，但仍需注意，Style的复制粘贴只限于原子或键的格式，并不能复制粘贴原子的种类，换句话说，那些氢原子格式发生了改变，但仍是氢原子。
这两种功能在细化处理时很有效，不必一个一个原子的去设置，同时又避免了大面积选择时的失误操作。
2.2.4 Select系列操作：Select all 就不必介绍了；Invert Selection 是常用的功能，比如我们在处理一个很复杂的结构时，需要改变其中一个较大部分的类型，很明显，Select all无法实现，而一一选择费时且在diamond中目前仍必须按住Ctrl，才可以复选或多选原子，数目太多，容易前功尽弃，这时，我们可以通过先选择较少部分，然后Invert Selection来实现。
Select Molecule(s) 该功能中所说的分子并不等同于在其它软件中的分子。
本软件中，只要成键，就被认为是分子中的一部分，同时，一个分子中的部分如果键被打断则被认为是不同分子。
这种功能非常实用，尤其是在配位聚合物的结构分析中。
图2.8例图如图2.8中所示的红色键，是人为加入的一条键，当左键点击选择相互连接的两个分子时，程序认为这其实是一个分子。
图2.9 右键点选下的Select Molecule(s)操作图2.10 Select Molecule(s)操作效果图该功能的快捷操作还可以用鼠标右键中的Select Molecule(s)选项：图2.11 左键点选下的Select Molecule(s)快捷操作Lasso Selection 该功能与Photoshop、Chemdraw的功能非常相似，可以实现精挑细选，而不像按住左键进行方框选择功能那样笨拙，操作时，和其它软件一样，选择完毕后必须回到出发点才结束一次选择。
图2.12 右键点选下的Lasso Selection操作图2.13 Lasso Selection操作轨迹图第三节View 系列菜单3.1 View 系列菜单简介该系列菜单包含了所有“查看”信息，包括操作文档的大纲及缩略图、晶体学参数及列表、原子及键的信息列表（其中还可以进行选择）、粉末图显示、数据/图片切换等功能。
3.1 典型的View 操作界面3.2 常用选项介绍3.2.1 Navigation 和Thumbnails这两项功能分别提供了目录（大纲）和缩略图功能。
图3.2 Navigation效果图图3.3 Navigation选项Navigation后在左侧显示出了各个菜单的名称主要包括五项。
☻点击Structure x 可以显示当前操作的结构图：图3.4点击Structure x效果☻点击Data sheet可以显示该结构的晶体学信息：图3.5 Data sheet 列表信息这些信息可以打印或直接拷贝到其它文档处理软件，并直接列表，这些信息可以直接用于文章的发表。
比如，选择-复制-拷贝到本教程后的信息如下：表3-1 Data sheet 列表信息GeneralOriginCode Structure 1Database datesCommon nameSystematic nameStructural formulaAnalytical formulaBibliographic dataAuthor(s)Publication titleCitationMineral nameCompound sourceStructure typeCreation method Created with Diamond v2.0CommentsPhase dataFormula sum H40 C64Formula weight 809.02 g/molCrystal system monoclinicSpace-group P 1 21/a 1 (14)Cell parameters a=12.3027 Å b=9.9879 Å c=8.2206 Å β=96.40°Cell ratio a/b=1.2318 b/c=1.2150 c/a=0.6682Cell volume 1003.83 Å3ZCalc. density 1.33821 g/cm3Meas. densityMelting pointRAllRObsPearson code mP104Formula type N5O8Wyckoff sequence e26Atomic parameters ，Anisotropic displacement parameters, in Å2列表限于篇幅，不再列出。
☻点击Distance/angles，则给出一格相当详细的信息表。
表3-2 Distance/angles操作界面说明Select atom (type)s可以选择参与列表的原子种类Unit表示选择范围的单位，?表示埃，下面依次是皮米和纳米DminDmax表示选定的原子该范围球壳范围内的所有原子，默认值是0-2.5Å。
angle 该选项提供了在设定球壳内与之相关的原子所组成的夹角，具体操作见后面说明。
d 1,2 and 1,3 该选项只能与angle选项共同使用，不能单独选择，列出了在angle选项中构成角度的三个原子间的距离Count 对选型范围内重复出现的原子累计计数，在选择的半径较小时，一般为1×，如果调大Dmax，有的原子可能在该范围内出现多次，表示为2×，3×等。
Symmetry op. 列出对称操作Atom code H10 C14 135550111.0664 红字部分就是原子代码Coordinate 原子坐标Standard Uncertainties (s.u.值)选择该项会使得2.0295数值显示成2.0295(25) ，25就是s.u.值，但前提是胆经数据本身必须提供该值，否则程序不会计算该值。