双底物酶促反应动力学机理
生物化学(第三版)第九章 酶促反应动力学课后习题详细解答_ 复习重点
第九章酶促反应动力学提要酶促反应动力学是研究酶促反应的速率以及影响此速率各种因素的科学。
它是以化学动力学为基础讨论底物浓度、抑制剂、pH、温度及激活剂等因素对酶反应速率的影响。
化学动力学中在研究化学反应速率与反应无浓度的关系时,常分为一级反应、二级反应及零级反应。
研究证明,酶催化过正的第一步是生成酶-底物中间产物,Michaelis-Menten该呢举中间产物学说的理论推导出酶反应动力学方程式,即Km、Vmax、kcat、kcat/Km。
Km是酶的一个特征常数,以浓度为单位,Km有多种用途,通过直线作图法可以得到Km及Vmax。
Kcat称为催化常数,又叫做转换数(TN值),它的单位为s-1,kcat值越大,表示酶的催化速率越高。
kcat/Km常用来比较酶催化效率的参数。
酶促反应除了单底物反应外,最常见的为双底物反应,按其动力学机制分为序列反应和乒乓反应,用动力学直线作图法可以区分。
酶促反应速率常受抑制剂影响,根据抑制剂与酶的作用方式及抑制作用是否可逆,将抑制作用分为可逆抑制作用及不可逆抑制作用。
根据可逆抑制剂与底物的关系分为竞争性抑制、非竞争性抑制及反竞争性抑制3类,可以分别推导出抑制作用的动力学方程。
竞争性抑制可以通过增加底物浓度而解除,其动力学常数Kˊm变大,Vmax不变;非竞争性抑制Km不变,Vˊmax变小;反竞争性抑制Kˊm及Vˊmax均变小。
通过动力学作图可以区分这3种类型的可逆抑制作用。
可逆抑制剂中最重要的是竞争性抑制,过度态底物类似物为强有力的竞争性抑制剂。
不可逆抑制剂中,最有意义的为专一性Ks型及kcat型不可逆抑制剂。
研究酶的抑制作用是研究酶的结构与功能、酶的催化机制、阐明代谢途径以及设计新药物的重要手段。
温度、pH及激活剂都会对酶促反应速率产生重要影响,酶反应有最适温度及最适pH,要选择合适的激活剂。
在研究酶促反应速率及测定酶的活力时,都应选择酶的最适反应条件。
习题1.当一酶促反应进行的速率为Vmax的80%时,在Km和[S]之间有何关系?[Km=0.25[S]]解:根据米氏方程:V=Vmax[S]/(Km+[S])得:0.8Vmax=Vmax[S]/(Km+[S])Km=0.25[S]2.过氧化氢酶的Km值为2.5×10-2 mol/L,当底物过氧化氢浓度为100mol/L时,求在此浓度下,过氧化氢酶被底物所饱和的百分数。
4 酶促反应动力学
中间产物假说证据:
(1)竞争性抑制实验(2)底物保护酶不变性 (3)结晶ES复合物的获得。(4)底物和酶共沉降 (5) ES复合物被电子显微镜或X-射线衍射法观 察到。
(二). 酶促反应动力方程式
1、米式方程
[S]:底物浓度;
V:不同[S]时的反应速度; Vmax:最大反应速度(maximum velocity); Km:米氏常数(Michaelis constant)。 (不是反应平衡常数)
Vmax/2时, Km =[S], Km必须对细胞内的正常[S]有某种关
系。一种能与以很低的浓度存在于细胞中的底物作用的酶, 倾向于有较低的Km(与该酶处在正常丰度的底物下相比)。对
于讨论催化效率来说, 最有用的参数应该包含kcat和Km两者。
3、Km和Vmax值的测定
(1) 以v-[S]作图,可以得到Vmax,再从1/2 Vmax,
(2). Vmax与K3(Kcat)的意义
Vmax(不是酶的特征常数) maximum velocity
① 定义:是酶完全被底物饱和时的反应速度,与酶浓度成正比. ② 意义:Vmax=K3 [E] (k3是一级反应速率常数)
如果酶的总浓度已知,可从Vmax计算 酶的转换数即动力
学常数K3
Catalytic constant
理论基础:中间产物学说
假设:反义速率(v)和[ES]成正比 发展: (1) 最初.Michaelis和Menten 是根据“快速平衡 假说” 推出米式方程。 (2) 以后.Briggs和Haldane的“稳态平衡假说”及其对
米式
方程的发展:
(一) 中间复合物假说
中间产物学说认为:当酶催化某个反应时, 酶和底 物先结合形成一个中间复合物, 然后中间复合物再分解, 生成产物并释放出酶。一般以产物的生成速度代表整个 酶催化反应速度,而产物的生成取决于中间物的浓度. 因此, 整个酶促反应的速度取决于中间物的浓度.
酶促反应动力学
第一节 酶促反应的动力学方程
一、化学动力学基础
1、反应分子数和反应级数 1)反应分子数
指在反应中真正相互作用的分子数。
A
P
A+B
P+Q
2)反应级数
指实验测得的反应速率与反应物浓度之间的关系,符合 哪种速率方程,则这个反应就是几级反应。
蔗糖 + H2O 蔗糖酶 葡萄糖 + 果糖
1
3)零级反应的特征
反应速率与反应物浓度无关。初始浓度增加,反应速度不变, 要使反应物减少一半所需完成的反应量增加,因此最后表现为半 衰期与初始浓度成正比。
二、底物浓度对酶促反应的影响
1、酶促反应初速度与底物浓度之间的关系 1903年Henri以蔗糖酶水解蔗糖为例,研究底物浓度与酶促反
应速度之间关系时,发现两者的关系符合双曲线关系。
k2
Km= (k2+k3)/k1
Km是[ES]的分解常数与生成常数的比值。 Km的真正含义是, Km越大意为着[ES]越不稳定,越容易分解。但不能说明[ES]是容 易分解成底物还是产物。
kcat/Km可表示为 [k3/(k2 + k3)]k1, k3/(k2 + k3)代表[ES] 分解成产 物的分解常数占[ES] 总分解常数的比值。 k3/(k2 + k3)越大,说明 [ES]越容易分解成产物。 k1是[ES] 生成常数。因此, kcat/Km数 值大不仅表示[ES]容易生成,还表示[ES]易分解成产物。真正代 表酶对某一特定底物的催化效率。所以,也称为专一性常数。 极限值是k1 ,意为[ES]不会再分解为底物。
酶的化学本质是蛋白质,因此,酶 对温度具有高度的敏感性,随着温度 的升高,分子的构象会逐渐地被破 坏,失去催化活性。
生物体内酶促反应的动力学研究
生物体内酶促反应的动力学研究生物体内酶促反应是生命活动中至关重要的一环。
酶作为催化剂,能够加速化学反应的速度,从而使生物体内的代谢过程得以迅速而高效地进行。
酶促反应的动力学研究是对生物体内代谢过程的理解和探索,也是对生物科学的重要贡献。
本文将探讨酶促反应的动力学研究相关的知识和方法。
一、酶促反应的动力学基础酶促反应的速率受到多方面因素的影响,其中包括底物浓度、酶浓度、反应温度、pH值等因素。
酶速率和底物浓度之间呈线性关系,在底物浓度较低时,速率只受酶浓度的影响。
酶浓度和速率呈正比关系,但随着酶浓度的增加,速率会逐渐趋于饱和,即速率不再随酶浓度的增加而增加。
反应温度对酶的活性具有双重性,即温度升高对酶的催化活性起促进作用,但过高的温度会破坏酶的三级结构,导致失活。
酶对pH值的敏感度也较高,大多数酶的最适pH值不同,而且对于同一酶而言,不同亚型在最适pH值上也可能存在差异。
二、酶促反应动力学研究的方法目前,酶促反应动力学研究的方法主要包括比色法、荧光法、放射性同位素标记法等。
其中,比色法是一种常用的测定酶活性的方法。
比色法根据酶促反应所产生的产物的特定吸收波长的变化来反映酶活性的变化。
荧光法是一种基于酶促反应产生的荧光信号变化来测定酶活性的方法。
该方法具有高灵敏度和高分辨率的特点,但需要使用荧光探针,具有一定的成本和复杂性。
放射性同位素标记法是一种使用放射性同位素标记底物或产物来测定酶活性的方法。
该方法具有高灵敏度和准确性,但难以普及应用,并且存在较高的辐射风险。
三、酶促反应动力学研究在生物科学中的应用酶促反应动力学研究在生物科学研究中起到了重要的作用。
通过对酶促反应的动力学特性的分析,可以帮助我们深入了解生物体内的代谢过程和生物体内化学反应的本质。
此外,酶动力学研究也有助于开发新的药物和治疗方法,如开发针对特定酶的抑制剂和激动剂,以及针对酶催化剂的重组蛋白和抗体等。
结语生物体内酶促反应的动力学研究是生物科学的重要分支领域,其研究成果对于理解生物体内代谢过程和开发新药物具有重要的作用。
04酶促反应动力学
(二) 前稳态动力学与稳态动力学的比 较
时间 反应速度 反应步骤 前稳态动力学 稳态动力学 0~t1 t1~ t2 d P d S d ES 常数 dt dt dt k1 k2 ES E S ES E P k -1
二、单底物酶促反应稳态动力学
k2 E S ES E P k1 k -1
ES(酶-底物复合物)生成速度 d S k1 E S dt ES分解速度= k 1 ES k 2 ES ES净生成速度
d ES dt
=ES生成速度-ES分解速度
t=0, [ES]=0, [P]=0, [S]最 大,ES生成速度最大, 0~t1内, [S] ↘, [P] ↗, [ES] ↗, 到t1时,达到恒定. ES生成速度↘, ES分解速 度↗, ES净生成速度↘ t1~ t2内, [S] ↘, [P] ↗, [ES] → (稳态或恒态) ES生成速度= ES分解速度, ES净生成速度→ T2后, [ES] ↘
零级反应
混合级反应 一级反应
S K m , S
K m ,
(1)酶反应的反应速度和底物浓度直接相 关; (2)底物浓度决定着酶系统的反应级别; (3)衡量这种关系的尺度是Km;
米氏方程概括的这些规律和绝大多数实验结 果一致,但少数情况下产生异常。例如,1/v 对1/[S]作图时,一般应该得到线性图形,但 有时也会产生偏差,原因可能为:
K m S
V S
或
(二)米氏方程的物理意义 1.提供了两个极为重要的酶反应动力学常数Km和可擦他kcat 并通过他们表达了酶反应性质、反应条件和酶反应速度之间 的关系。 Km的物理意义: ⑴特定的反应,特定的反应条件下,Km是个特征常数,可部 分描述酶反应性质、反应条件对酶反应速度的影响。故可用 来鉴别不同的酶。 ⑵1/Km表示酶与底物的亲和力,Km越大,亲和力越小,反之 越大。 ⑶当v=V/2时,Ks=[S]。表明Km相当于反应达到最大速度一 半时的底物浓度,或者说,相当于要使反应系统有一半的酶 分子参加反应所必须具有的底物浓度。 ⑷通过Km可判断酶的最适底物,因为最适底物具有最大的 V/Km。 ⑸通过Km可了解酶的底物在体内可能具有的浓度水平。一般 酶<<Km,那么v<<V,大部分酶处于浪费状态; 反之,如果[S] >>Km,那么v≈V,[S]将失去其生理意义。 ⑹通过体外测定某些物质对Km的影响,可以推断出该物质可 能有的生理效应,如作为抑制剂或活化剂等。
酶促动力学
H C
S CHCl E S As
H C
CHCl + 2HCl
巯基酶
S E S
路易士气
H2C SH
失活的酶
酸
H As C CHCl + HC SH H2C OH
H SH H2C S As C CHCl + HC S E SH H2C OH
失活的酶
BAL
巯基酶 BAL与砷剂结合物
三、酶的抑制作用
(五)一些重要的抑制剂
*竟争性抑制举例
1.丙二酸对琥珀酸脱氢酶的抑制
琥珀酸
琥珀酸脱氢酶 FAD FADH2
延胡索酸
COOH CH2 C H2 COOH 琥珀酸
COOH CH2 COOH 丙二酸
•
磺胺类药物的抑菌机制
与对氨基苯甲酸竞争二氢叶酸合成酶
二氢蝶呤啶 + 对氨基苯甲酸 + 谷氨酸
二氢叶酸 合成酶 二氢叶酸
H2N
加入非竞争性抑制 剂后,Km 不变,而 Vmax减小。
非竞争性抑制作用的Lineweaver–Burk图 :
加入非竞争性抑制剂 后,Km 不变,而 Vmax减小。
非竞争性抑制剂与酶活 性中心以外的基团结合。 这类抑制作用不会因提高 底物浓度而减弱
三、酶的抑制作用
(二) 抑制作用的类型
(3)反竞争性抑制
影响因素包括有
底物浓度、pH、温度、 抑制剂、激活剂、酶浓度等。
※ 研究一种因素的影响时,其余各因素均恒定。
影响酶促反应速率的因素:
底物浓度[S] 酶浓度[E] 反应温度 pH 值 抑制剂I 激活剂A
二、底物浓度对酶反应速度的影响
355
当底物浓度达到一定值 反应速度达到最大值 (Vmax),此时再增加底物浓度,反应速度不再增加
10章酶反应动力学教学用
ES的生成速度:K1([Et] - [ES])[S] ES的分解速度:K-1[ES] K1([Et] - [ES])[S] = K-1[ES]
v 0 K cat [ ES ] K cat [ E t ][ S ]
[ES]K2[EK t]1S[][S]K [Etm ][S[S]] K1
Km K2K1 K1
Vmax=kcat [Et]
v 0 K 2 [ ES ] k cat [ ES ] K cat [ E t ][ S ]
Km [ S ] V max [ S ]
K m [S ]
Km 比Ks 更具普遍性。稳态下,当 K2<<K-1时,则Km= K-1/K1 =Ks , 因 此平衡态可以看成是稳态的一个特例
⑤ 判断某一代谢反应的方向和途径
2. Kcat 的意义:催化常数或转换数
ES K K -11ES K K -22EP
K2 限速步骤速率常数
ES KK-11ES K2EP K3EP
K3 限速步骤限速常数
需要提出一个更通用 的速率常数,催化常
数,Kcat,用来描述任
一酶促反应在饱和时 的限制速率
因此:
kcat KM
k2 k2 /k1
k1
k1存在一个上限,取决于酶与底物在水溶液中的碰撞频率。如果每 次碰撞都能形成ES复合体,则根据扩散理论预言,k1将约为108 - 109mol-1·s-1·L,这是扩散控制的极限范围。酶的催化效率不能超过
此极限范围。
(四) 米一曼氏方程的线性化作图求KM和Vmax值
V max 2
米-曼氐方程线性化: 最常见的变换形式是Lineweaver-Butk方程
双底物酶促反应动力学机理
Km
K2 K3 K1
K2 K1
K3 K1
Ks
K3 K1
Km是ES分解速度(K2+K3)与形成速度(K1)的比值,它包含ES解 离趋势(K2/K1)和产物形成趋势(K3/K1)。
Ks是底物常数,只反映ES解离趋势(底物亲和力),1/Ks可以准确 表示酶与底物的亲和力大小。
只有当K1 、 K2>>K3时,Km≈Ks,因此,1/Km只能近似地表示底物亲 和力的大小。
E+P E + SP
- dES dt
=
k2 ES
+ k3 ES
当进入稳态时:
d ES dt
=
-
d ES dt
即: k1 E S = k2 ES + k3 ES = ES k2 + k3
稳态理论下米氏方程的推导
又由酶的恒等式: E0 = E + ES
E = E0 - ES
- 则: k1 E0 ES S = ES k2 + k3
E+S
k1 ES k3 E + P
k2
k4
布氏提出以下假设: 1.反应开始时, P = 0 ,不足已产生逆反应.测定酶的反应速度
一般是测定反应的初速度,即产物浓度变化在5%以内的速度.
2. E
S0 即反应中 S =. S0
3.反应开始后,反应立刻进入恒态状态, ES 浓度处于稳定状态 ES 的形成速度等于其分解速度.
三、米氏方程的讨论
Km与天然底物 Km最小的底物称该酶的最适底物或天然底物。因为: Km愈小(达到Vmax一半所需的底物浓度愈小)表示V对△[S] 越灵
敏。
V
1/2Vmax
高校生物化学专业酶促反应动力学数据处理
高校生物化学专业酶促反应动力学数据处理在高校生物化学专业中,酶促反应动力学数据处理是一个重要的实验技能。
通过分析反应速率、酶底物浓度等参数,可以深入了解酶在生物体内的功能和调控机制。
本文将介绍酶促反应动力学数据处理的基本原理和常见方法,以及在数据处理过程中需要注意的事项。
一、基本原理酶促反应动力学描述了酶与底物之间的相互作用过程。
在反应过程中,酶与底物形成酶底物复合物,经过一系列的过渡态,最终生成产物。
酶促反应动力学数据处理的主要目标是确定反应速率与底物浓度、温度、pH值等因素的关系,以及计算酶的催化效率和酶底物的亲和力。
二、数据处理方法1. 构建酶促反应动力学曲线酶促反应动力学实验通常会测定不同底物浓度下的反应速率。
在实验中,将不同浓度的底物与一定量的酶反应,在一定时间内记录产物的生成量。
根据产物浓度与时间的关系,可以得到反应速率。
绘制酶促反应动力学曲线可以直观地观察到底物浓度与反应速率的关系。
2. 计算酶催化速率常数和亲和力根据酶促反应动力学曲线的数据,可以使用Michaelis-Menten方程和Lineweaver-Burk方程等计算方法,计算出酶催化速率常数(Vmax)和亲和力常数(Km)。
其中,Vmax表示在酶饱和时每单位时间内酶催化的底物的最大转化速率,Km表示在酶催化速度达到一半时底物的浓度。
3. 统计分析数据酶促反应动力学数据处理还需要进行统计分析,以验证实验结果的可靠性。
常用的统计方法包括方差分析、回归分析等。
通过这些方法可以评估数据之间的差异,确定实验结果的置信水平。
三、注意事项1. 实验设计的合理性在进行酶促反应动力学实验时,需要合理设计实验方案,包括选择合适的底物浓度范围、控制反应时间等因素。
合理的实验设计可以提高实验数据的准确性和可靠性。
2. 数据处理的准确性在处理实验数据时,需要注意数据的有效性和准确性。
应排除实验误差对结果的影响,避免人为因素导致数据的偏差。
3. 结果的解释和讨论在完成数据处理后,需要对结果进行解释和讨论。
酶促反应动力学(doc)
2 酶促反应动力学教学基本内容:酶促反应的特点;单底物酶促反应动力学方程(米氏方程)的推导;抑制剂对酶促反应的影响,竞争性抑制和非竞争性抑制酶促反应动力学方程的推导;产物抑制、底物抑制的概念,产物抑制和底物抑制酶促反应动力学方程的推导;多底物酶促反应的机制,双底物酶促反应动力学的推导;固定化酶的概念,常见的酶的固定化方法,固定化对酶性质的影响及固定化对酶促反应的影响,外扩散过程和内扩散过程分析;酶的失活动力学。
2.1 酶促反应动力学的特点2.2 均相酶促反应动力学2.2.1 酶促反应动力学基础2.2.2 单底物酶促反应动力学2.2.3抑制剂对酶促反应速率的影响2.2.4多底物酶促反应动力学2.3 固定化酶促反应动力学2.4 酶的失活动力学授课重点:1. 酶的应用研究与经典酶学研究的联系与区别2. 米氏方程。
3 竞争性抑制酶促反应动力学方程。
4. 非竞争性抑制酶促反应动力学方程。
5. 产物抑制酶促反应动力学方程。
6. 底物抑制酶促反应动力学方程。
7. 双底物酶促反应动力学方程。
8. 外扩散对固定化酶促反应动力学的影响,Da准数的概念。
9. 内扩散对固定化酶促反应动力学的影响,φ准数的概念。
10. 酶的失活动力学。
难点:1. 采用稳态法和快速平衡法建立酶促反应动力学方程。
2. 固定化对酶促反应的影响,五大效应(分子构象的改变、位阻效应、微扰效应、分配效应及扩散效应)的区分。
3. 内扩散过程分析,涉及到对微元单位进行物料衡算和二阶微分方程的求解、无因次变换、解析解与数值解等问题。
4.温度对酶促反应速率和酶的失活速率的双重影响,最适温度的概念。
温度和时间对酶失活的影响。
本章主要教学要求:1. 掌握稳态法和快速平衡法推导酶促反应动力学方程。
2. 了解酶的固定化方法。
理解固定化对酶促反应速率的影响。
掌握Da准数的概念及φ准数的概念,理解外扩散和内扩散对酶促反应速率的影响。
3. 了解酶的一步失活模型与多步失活模型,反应过程中底物对酶稳定性的影响。
中国海洋大学资料 酶促反应动力学
一、抑制程度的表示方法
1、相对活力 Vi a= 相对活力分数 Vo 相对活力百分数 2、抑制率 Vi i = 1− a = 1− 抑制分数 Vo 抑制百分数
中国海洋大学海洋生命学院
董 文
二、抑制作用的类型
不可逆的抑制作用:这一类抑制剂通常以比较牢固的 共价键与酶蛋白中的基团结合,而使酶分子失活.不 能用透析、 超滤等物理方法除去抑制剂而恢复酶活 性. 可逆抑制剂作用:这类抑制剂与酶蛋白的结合是可逆 的,可用透析,超滤等物理方法除去抑制剂而恢复酶 活性. – 竞争性抑制(competitive inhibition) – 非竞争性抑制(noncompetitive inhibition) – 反竞争性抑制( uncompetitive inhibition)
董 文
1.米氏方程的推导
基本前提:
中间复合物学说: E+S 反应方程式:
k1
ES→E+P
k3
V∝[ES]
E+S
k2
ES
k4
E+P
在米氏方程推导中引入3个假设: (1)P→0 忽略 E + P
k4
ES 这步反应
E+S
(2)∵ [S]>>[E] (3)E+S
ES
E+P
∴[S] - [ES]≈[S]
ES平衡,要求k3<<k2 。
中国海洋大学海洋生命学院 董 文
4)Vmax与K3( Kcat)的意义
Vmax不是一个常数,它取决于酶的浓度,它是一个酶 反应体系的速度的极限值。 Vmax=K3 [E0] K3代表酶被底物饱和时每秒钟每个酶分子转换底物的 分子数,称为转换数(或催化常数,Kcat), 表明 酶的最大催化效率。
第四章-酶促反应动力学
四、酶动力学图解法
要建立一个完整的动力学方程,必须通过动力学 实验确定其动力学参数。对Michaelis-Menten方程, 就是要确定rmax(或k+2)和km值。但直接应用 Michaelis-Menten方程求取动力学参数所遇到的主 要困难在于该方程为非线性方程。为此常将该方程
加以线性化,通过作图法直接求取动力学参数。
mol/l
将已知数据代入上式中,求得
k 0.0202
当 t=3min时,可以求得
min-1 、
S 0.94105
xS=6 %
mol/l
P 6% S0 6 107
mol/l
(2)当[S0]为1×10-6mol/l时,仍可视为一 级反应, ∴t=3 min时,同样可求得 xS=6 %
Km=1.7x10-5mol/L
乳酸脱氢酶
乳酸 乙酰CoA Km=1.3x10-3 mol/L Km=1.0x10-3mol/L
丙酮酸
丙酮酸脱氢酶
丙酮酸脱羧酶
乙醛 Km可以帮助推断某一反应的方向和途径
(2)Vmax和K3(Kcat)的意义
在一定的酶浓度下,酶对特定底物的Vmax也是一个常数。 当[s]很大时, Vmax=K3『E]。Vmax与K3成线性关系,而直线 的斜率为K3。 K3 表示当酶被底物饱和时每秒钟每个酶分子转换底物的分子数,这 个常数又叫转换数(简称TN),通称催化常数(catalytic constant, kcat). Kcat值越大,表示酶的催化效率越高。
dc k (a x) 2 dt 1 x k t a (a x)
x b( a x ) ln a x a(b x)
k
情况1:A和B的初始浓度不同,则 移项积分
酶工程 第二章酶动力学 第一节酶促反应动力学
1913年前后,米彻利斯(Michaelis)和曼吞(Menten) 在前人工作的基础上,通过大量的定量研究,提出了酶促动力 学基本原理,并推导出了著名的米-曼氏方程,推导过程如下:
根据上述反应式,中间产物ES的生成速度(底物S的消失速度)
v1=k1[S][E]-k2[ES]
(2-1)
而ES的消失速度(产物P的生成速度) v2=k3 [ES],当反应达到 平衡时,即v1=v2时
第一节 酶促反应动力学
对许多酶的性质的观察和研究得知,在低的底物浓度[S]下, 反应速度(v)直接与底物浓度[S]成正比;在高底物浓度[S]下, 速度趋向于最大值(Vmax),此时反应速度与底物浓度[S]无关 (如图2-1)。
图2-1 单底物酶促反应的反应速度与底物浓度的关系
第一节 酶促反应动力学
图2-5 乒乓反应机理 实际上,多底物酶促反应动力学是非常复杂的,以上只是作以简要介绍, 有关详细内容,可查阅相关专著。
将米氏方程改写成以下形式
以 对作图,绘出曲线,横轴截距即为-值,纵轴截距则是 (图2-2)。
第一节 酶促反应动力学
图2-2 双倒数作图
第一节 酶促反应动力学
二、多底物动力学 通常情况下,酶催化反应涉及两个(少数情况下三个)底物。 现在我们考虑一个涉及两种底物和两种产物的酶促反应物反应。现在已知的生化反应 中有六成以上属于这一种反应。双底物反应的机理有下面三种 可能:
第一节 酶促反应动力学
1.有序反应机理(ordered reaction) 这种情况下,A和B分别可被说成是先导底物和后随底物,Q 是A的产物,最后被释放。A和Q竞争同游离酶E结合,但A和B则 不会(或者Q和B也不会)发生竞争(如图2-3)。依赖烟酰胺腺 嘌呤二核苷酸(NAD+或NADP+)的脱氢酶的反应就属于这种类型。
生物酶促反应的底物结构与催化机理研究
生物酶促反应的底物结构与催化机理研究酶是一种生物催化剂,具有高效、高专一性的特点。
许多生物酶的活性依赖于底物分子的结构,因此研究底物结构与酶促反应的关系是非常重要的。
本文章将从底物结构对酶催化作用的影响,以及酶催化机理两个方面探讨生物酶促反应的底物结构与催化机理研究。
一、底物结构对酶催化作用的影响1.底物结构的大小和形状底物分子的大小和形状直接影响到酶催化反应的速率和效率。
当底物分子过大时,它们会很难进入酶活性位点中,反应速率较慢;而过小的底物分子可能无法和酶的活性位点正确地结合,同样也会影响酶的反应速率。
此外,底物分子的形状也会影响到反应速率。
在许多酶催化的反应中,底物分子需要形成特定的构象才能与酶的活性位点匹配。
因此,底物分子的结构与酶的活性位点之间的形状互补性是反应发生的重要前提。
2.底物结构中的功能基团底物分子中的功能基团可以影响整个反应的速率和化学反应的具体机理。
例如,羟基、胺基、酰氨基等基团可以与酶的羧基、亚胺基等反应官能团之间形成氢键、离子键等相互作用,这些作用是形成酶底物复合物必不可少的。
另外,还有一些特殊的基团如芳香环、取代基、氧化还原基团等也会直接影响到底物分子与酶的作用。
二、酶催化机理酶催化作用的过程通常可以分为两种不同的机制:酸催化和亲核交换催化。
1.酸催化酸催化机理指的是酸性催化剂将底物分子中的羟基等官能团质子化,使其变为更加容易受到亲核攻击的正离子,促进了反应的进行。
许多酶催化反应中都会使用到酸催化机理,如不饱和脂肪酸合成酶(Fatty Acid Synthase)中催化酰基中间体的羟基化等。
2.亲核交换催化亲核交换催化机理是指酶将底物分子中含有亲核性的官能团,如烯丙基、烯基等,与另一种带有亲核性的剂基团发生交换反应,然后使底物分子重新排列形成产物。
亲核交换催化机理常见于各种酶的催化反应,如蛋白酶、ATP酶等。
三、酶底物复合物结构的研究酶催化过程中,酶与底物之间形成的酶底物复合物是反应过程发生的关键。
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ES 的生成量与消失量相等, 故平衡时 [ES] 浓度成一稳定状态。
Steady State 时 ES 的浓度恒定
S
P
浓 度
ES E
反应时间
Juang RH (2004) BCbasics
稳态理论(Steady State theory)的假设
Briggs的酶促反应模型:
E+S
k1 ES k3 E + P
k2
k4
布氏提出以下假设: 1.反应开始时, P = 0 ,不足已产生逆反应.测定酶的反应速度
一般是测定反应的初速度,即产物浓度变化在5%以内的速度.
2. E
S0 即反应中 S =. S0
3.反应开始后,反应立刻进入恒态状态, ES 浓度处于稳定状态 ES 的形成速度等于其分解速度.
E S K K12 ES K3 P E
V V max*[S ] Ks [S]
Ks为底物解离常数(底物常数)
Ks k2 ([E] [ES ]) [S]
k1
[ES ]
米式方程的导出: 早年的米式方程基于快速平衡假说
E S K K 21 ES K K 34 P E ① 在反应的初始阶段,[S]远远大于[E],因此,[S]可以认为不变。 ② 因为研究的是初速度,P的量很小,由P+E ES可以忽略不记。
2
4
6
8
响
)
底物浓度 mmole
(单底物酶促反应)
Juang RH (2004) BCbasics
酶的底物饱合现象——中间络合物学说
酶与底物先络合成一个中间产物,然后中间 产物进一步分解成产物和游离的酶。
酶催化剂 E S K K 12 ES K3 P E
非酶催化剂
当[S]=Km时
V V max[S] V max Km [S] 2
米氏方程定量的表达了反应初速度与底物浓度之间的关系 与实验结果相符合。
三、米氏方程的讨论
2、米式方程中各参数的意义 1) Km的意义
①物理意义: 当反应速度达到最大反应速度(Vmax)的一半 时的底物浓度.
②Km的引伸意义:Km是酶学研究中的重要研究数据,表示了 酶的一个基本性质.
稳态理论下米氏方程的推导
酶必须先与底物结合
E+S
k1 k2
ES
k3
(vo)
E+P
Steady State [ES] 浓度恒定
ES 的生成量 等于其消失量
k1[E][S] = k2 [ES] + k3 [ES]
由上式出发可推得 Michaelis-Menten 公式
vo=
Vmax Km +
[S] [S]
[E0] = [E] + [ES] vo = k3 [ES] Vmax = k3 [E0]
[E0] 酶的总量
Juang RH (2004) BCbasics
稳态理论下米氏方程的推导
E+
S
k1 k2
ES
k3
(vo)
E+P
推导:
ES 的生成速度: dES = k1 E S dt
ES 的分解速度: 包括正向: ES k3 负向: ES k2
整理:
- E0 S
ES
S
=
k2 + k3 k1
ES
- 令:
k2 + k3 k1
=
km
则: E0 S
ES S = km ES
E0 S = ES km + S
ES = E0 S km + S
[E0] = [E] + [ES] vo = k3 [ES] Vmax = k3 [E0]
[E0] 酶的总量
v = k3
KS现在称为底物常数
1925年Briggs和Haldane提出稳态理论
米氏推导酶促反应速度公式时,认为[ES]的积累是快速 平衡的结果,而没有考虑ESE+P这一步。而Briggs认为应 当考虑这一步,因为并不总是K3<<K2, ESE+P这一步也可 能速度很快,这时,E,S和ES将不能处于一个平衡状态。布 氏提出稳态理论。
第四节 酶促反应动力学(一)
一、底物浓度对酶反应速度的影响 二、米氏公式的导出 三、米氏方程的讨论 四、米氏常数的求法 五、多底物的酶促反应动力学
一
、S
012345678
底
+
物
E
浓 度
(
固 定
↓
80
对 酶 促
酶 的 浓 度
P
生
60
反在
成 40
应 速
固 定 时
度间
物 浓 20 度
的 影
内 反 应
0
0
ES的生成速度:K1([E] - [ES])[S] ES的分解速度:K2[ES]
K1([E] - [ES])[S] = K2[ES]
[ES ] K 1[E][ S ] K 2 K 1[S ]
反应速度: V K3 [ES]
K3 [E][S] K2 [S] K1
Vmax [S] KS [S]
ES
=
k3
E0 km +
S S
因: Vmax=k3 E0
故:
v=
Vmax S km + S
三、米氏方程的讨论
1. 米氏方程的意义
当[S]<<Km时
V V max[S] V max[S] K’[S] Km [S] Km
当[S]>>Km时
V V max[S] V max[S] V max Km [S] [S]
E+P E + SP
- dES dt
=
k2 ES
+ k3 ES
当进入稳态时:
d ES dt
=
-
d ES dt
即: k1 E S = k2 ES + k3 ES = ES k2 + k3
稳态理论下米氏方程的推导
又由酶的恒等式: E0 = E + ES
E = E0 - ES
- 则: k1 E0 ES S = ES k2 + k3
E S K K 12 ES K3 P E
③ 游离的酶与底物形成ES的速度极快(快速平衡),而ES形 成产物的速度极慢,故, [ES] 的动态平衡与ES P+E没有关系
(既 K1、K2 >>K3 ) NhomakorabeaE S K K 12 ES K3 P E
E
SP
中间产物假说证据
Michaelis 与 Menten 提出酶催化动力学
Michaelis
1913年
Menten
Nelson & Cox (2000) Lehninger Principles of Biochemistry (3e) p.258
二、米氏方程的导出
1、根据酶反应的中间复合物学说: 假定E+SES迅速建立平衡,底物浓度远远大于酶浓度下, K3<<K2即K3反应特别慢,可以忽略不计。