Blast软件及常用数据库介绍
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。
BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。
BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。
BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。
Blast中常用的程序介绍：1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。
库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。
2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。
先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。
3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。
库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。
4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。
与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。
5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。
此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。
下面是具体操作方法1，进入在线BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。
不同的blast程序上面已经有了介绍。
这里以常用的核酸库作为例子。
2，粘贴fasta格式的序列。
选择一个要比对的数据库。
关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。
一般的话参数默认。
3，blast参数的设置。
注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。
筛选的标准。
最后会说明一下。
4，注意一下你输入的序列长度。
注意一下比对的数据库的说明。
5，blast结果的图形显示。
没啥好说的。
6，blast结果的描述区域。
BLAST使用方法
BLAST使用方法BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种用于比较生物学序列的工具，可以在数据库中查找类似序列，并计算它们之间的相似度。
BLAST可用于寻找相似的基因、蛋白质序列、DNA序列等，以及用于确定序列的功能和进化关系。
本文将介绍BLAST的使用方法。
2. 准备序列：在使用BLAST之前，你需要准备你想要比较的序列。
可以是DNA序列、蛋白质序列或其他生物学序列。
可以从公共数据库如NCBI的GenBank中获取序列，也可以使用你自己的实验数据。
3.选择数据库：BLAST使用数据库来存储和检索序列。
常见的数据库包括NCBI的NT数据库（核苷酸数据库），NR数据库（非冗余蛋白质数据库）等。
根据你的研究需要，选择适合你的数据库。
你也可以建立自己的数据库，将实验室内部的数据添加到其中。
4.运行BLAST：使用BLAST的命令行接口或网页界面，输入你的序列和数据库信息，运行BLAST。
下面是使用命令行接口运行BLAST的示例：`$ blastn -query sequence.fasta -db nt -out result.txt`在这个命令中，`blastn`是BLAST程序的名称，`sequence.fasta`是包含你的序列的FASTA文件，`nt`是数据库的名称，`result.txt`是结果输出的文件。
如果使用网页版BLAST，你只需将序列和数据库信息输入网页表单，点击运行即可。
5.解析结果：BLAST运行完成后，会生成一个结果文件，其中包含比对结果和相似度分数。
你可以使用BLAST提供的工具来解析和可视化这些结果，以便进一步分析。
结果中通常包括比对的相似度分数、比对的位点、比对的长度、匹配的碱基或氨基酸序列等。
通过分析结果，你可以确定序列的功能和进化关系，或者寻找可能的同源序列。
6.参数调整：BLAST提供了许多参数用于调整比对过程和结果的特性。
NCBI中Blast种类及使用简介
NCBI中Blast种类及使用简介NCBI中Blast种类简介1． Blast Assembled Genomes在一个选择的物种基因组序列中去搜索。
2．Basic Blast2.1 nucleotide blast--- 用核酸序列到核酸数据库中进行搜索，包括3个程序2.1.1 Blastn----核酸序列（n）到核酸序列数据库中搜索，是一种标准的搜索。
2.1.2 megablast----该程序使用“模糊算法”加快了比较速度,可以用于快速比较两大系列序列。
可以用来搜索一匹ESTs序列和大的cDNA或基因组序列, 适用于由于测序或者其他原因形成的轻微的差别的序列之间的比较2.1.3 discontiguous megablast----与megablast不同的是主要用来比较来自不同物种之间的相似性较低的分歧序列。
2.2 Protein Blast2.2.1 Blastp ---蛋白质序列到蛋白质序列数据库中搜索，是一种标准的搜索。
2.2.2 psi-blast---位点特异迭代BLAST —用蛋白查询来搜索蛋白资料库的一个程式。
所有被BLAST发现的统计有效的对齐被总和起来形成一个多次对齐，从这个对齐，一个位置特异的分值矩阵建立起来。
这个矩阵被用来搜索资料库，以找到额外的显著对齐，这个过程可能被反复迭代一直到没有新的对齐可以被发现。
2.2.3 PHI-BLAST---以常规的表达模型为特别位置进行PSI - BLAST检索,找出和待查询序列具有一样的表达模型且具有同源性的蛋白质序列。
2.3 Translating BLAST2.3.1 blastx----先将待查询的核酸序列按6 种读框翻译成蛋白质序列,然后将翻译出的蛋白质序列与NCBI 蛋白质序列数据库比较。
2.3.2 tblastn-----先将核酸序列数据库中的核酸序列按6 种读框翻译成蛋白质序列,然后将待查询的蛋白质序列与翻译结果进行比较。
本地版BLAST程序及常用参数
值1 y -M: 所使用的打分矩阵，缺省值BLOSUM62
本地版Blast 参数(4)
y -W: 字长(Word size)， 默认为0(0表示核酸为 11, 蛋白质为3)
y -S:在数据库中搜索时所使用的核酸链（strand） ，只对blastn、blastx和tblastx有效；
y 1表示top， y 2表示bottom， y 3表示both；缺省值3
本地版Blast 参数(3)
y -q: 一个核酸碱基的错配(mismatch)的罚分（只对 blastn有效），缺省值-3
y -r: 一个核酸碱基的正确匹配(match)的奖分（只对 blastn有效），缺省值1
y -b:显示的比对结果的最大数目，缺省值250 y -a: 运行BLAST程序所使用的处理器的数目，缺省
准备Database
(([swissprot-ID:HB?_*] | [swissprot-ID:HBA?_*]) | [swissprot-ID:HBB?_*])
准备查询序列
利用本地BLAST搜索黑猩猩血红蛋白
y Formatdb -i 773HB.FAS y Blastall -p blastx –d 773HB.FAS –i CHIMP.FAS –o
1. BLAST种类
本地版BLAST程序及常用参数
Formatdb
y 建库命令：formatdb y 功能：创建三个主要的文件——库索引(indices)，
序列(sequences)和头(headers)文件 y 生成的文件的扩展名分别是：
y .pin、.psq、.phr（对蛋白质序列） y .nin、.nsq、.nhr（对核酸序列）
Formatdb 常用参数
NCBI_BLAST使用
NCBI的BLast最好生物核酸的数据库NCBI是在NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。
NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的，而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。
NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。
BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。
BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。
NCBI提供的附加的软件工具有：开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子PCR，和序列提交工具，Sequin和BankIt。
所有的NCBI数据库和软件工具可以从WWW或FTP来获得。
NCBI还有E-mail服务器，提供用文本搜索或序列相似搜索访问数据库一种可选方法。
NCBI的BLast种类介绍? Gapped BLAST （2.0）—一种BLAST版本，允许在它产生的对齐（alignments）中存在缺口。
统计有效性的评估是基於使用随机序列的优先模拟。
在不久的将来，所有对Gapped BLAST的访问都要通过QBLAST。
? QBLAST —一种新的系统，允许用户以他们方便的方式检索Gapped BLAST结果，并且可以用各种格式选项多次格式化他们的结果。
这个系统也使NCBI更有效的使用计算资源，更好的为大家服务。
到1999年秋季，QBLAST系统用於所有的BLAST搜索。
? PSI-BLAST —位点特异迭代BLAST —用蛋白查询来搜索蛋白资料库的一个程式。
所有被BLAST发现的统计有效的对齐被总和起来形成一个多次对齐，从这个对齐，一个位置特异的分值矩阵建立起来。
这个矩阵被用来搜索资料库，以找到额外的显著对齐，这个过程可能被反复迭代一直到没有新的对齐可以被发现。
? PHI-BLAST —模式发现迭代BLAST —用蛋白查询来搜索蛋白资料库的一个程式。
生命科学中常用的软件及其应用
生命科学中常用的软件及其应用生命科学是一个涉及多个学科交叉的领域，其中运用到的软件非常丰富。
这些软件可以帮助生命科学研究人员完成从基因组测序到蛋白质结构分析的各种复杂任务。
在这篇文章中，我们将介绍一些生命科学中常用的软件及其应用，帮助读者更好地了解这个领域。
1. BLASTBLAST（基本局部序列比对工具）是基因组测序领域中最常用的软件之一。
它可以在数据库中进行序列比对，并根据相似性评分进行排序和过滤。
BLAST的应用非常广泛，包括在基因组测序和蛋白质结构分析中用于序列比对，DNA和蛋白质序列注释，以及进化分析等。
2. CLC Genomics WorkbenchCLC Genomics Workbench是一个功能强大的基因组分析软件，可以用于基因组测序和生物信息学分析。
它可以处理各种不同类型的数据，包括RNA测序数据、DNA测序数据和蛋白质序列数据。
使用该软件，科学家可以进行基因组组装、基因表达分析、SNP检测、CNV分析等多种复杂的分析任务。
3. PyMOLPyMOL是一个用于分子可视化和分析的软件。
它可以用于可视化蛋白质、DNA和RNA结构，以及与其他分子的相互作用。
在生物学研究中，PyMOL被广泛用于研究蛋白质结构和功能。
化学公式、分子等多种形式，都能够被轻松制作出来。
4. RR是一个免费的数据分析软件，主要用于统计分析、数据可视化和预测模型的建立。
在生命科学中，R被广泛用于基因表达分析、蛋白质结构预测、生存分析等多个领域。
它是生命科学研究者进行大规模数据分析的首选工具之一。
5. CytoscapeCytoscape是一款网络分析软件，用于研究生物分子间的相互作用，例如蛋白质-蛋白质相互作用，基因调控网络等。
Cytoscape具有丰富的图形界面，可以使用各种插件来进行网络建模、可视化和分析。
6. HMMERHMMER是用于进行隐马尔可夫模型（HMM）建模和分析的工具软件。
在生命科学领域，HMMER被用于进行蛋白质序列比对和蛋白质家族分类。
轻松学用生物软件学用BLAST程序进行数据分析主要内容1基本
轻松学用生物软件(1)学用BLAST程序进行数据分析主要内容1.基本概念2.常用BLAST程序介绍3. BLAST算法简介4. BLAST常用参数设置5.本地BLAST的安装步骤6.本地BLAST的使用1、基本概念相似性(Similarity)是指序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相同或相似碱基或氨基酸残基占全部比对碱基或氨基酸残基的比例的高低，属于量的判断。
同源性(Homology)是指从某一共同祖先经趋异进化而形成的不同序列。
只有当两个蛋白质在进化关系上具有共同的祖先时，才可称它们为同源的，属于质的判断。
相似性和同源性的关系当相似程度高于50%时，比较容易推测检测序列和目标序列可能是同源序列；而当相似性程度低于20%时，就难以确定或者根本无法确定其是否具有同源性。
总之不能把相似性和同源性混为一谈。
所谓“具有50%同源性”，或“这些序列高度同源”等说法，都是不确切的，应避免使用。
序列相似性比较和同源性分析序列相似性分析：就是用来计算待研究序列与某序列之间的相似性程度，常用的软件包有BLAST、FASTA等；序列同源性分析：是将待研究与来自不同物种的序列中进行进化分析，以确定该序列与其它序列间的亲源关系。
常用的程序包有Phylip 及Mega等进化分析软件；全局比对与局部比对全局比对寻找序列在全长范围内最佳比对。
常用算法如：Needleman-Wunsch algorithm(Needle)在线程序如： Needle局部比对寻找序列在局部区域的最高比对打分。
常用算法如：Smith-Waterman algorithm， blast,fasta等在线程序如： WaterNeedle及Water的在线程序http://bioweb2.pasteur.fr/alignment/intro-en.html也可以本地安装Emboss执行以上程序局部相似性比对的生物学基础蛋白质功能位点往往是由较短的序列片段组成的，尽管在序列的其它部位可能有插入、删除等突变，但这些关键的功能部位的序列往往具有相当大的保守性。
Blast软件及常用数据库介绍
blastall:通用检索命令 -p（program name）：为需要使用的程序名 blastn：为核酸序列对比搜索程序 -d（database name）：指定所使用的数据库 的名称 -i （input file）：待搜索的序列文件 -o（output file）：指定保存结果的文件
2011-12-22
对比对结果分析比对结果登入ncbi主页点击进入对核酸进行blast点击进入直接输入fasta格式的未知核酸序或者本地上传一个fasta格式的核酸序列文件选择一个合适的数据库进行比对点击运行图形结果匹配序列列表输入的序列在库里比对到的序列genebank库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列以及与它们相关的文献著作和生物学注释它是由美国国立生物技术信息中心ncbi建立和维护的
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2011-12-22
blast软件及常用数据库介绍
如何在windows操作系统下安装使用本 操作系统下安装使用本 如何在 软件？ 地BLAST软件？ 软件
STEP3
执行Blast比对
2011-12-22
blast软件及常用数据库介绍
13
具体步骤 1.将所需比对的序列转化为fasta格式
2.执行比对命令
BLAST软件及常用数据库介绍 软件及常用数据库介绍
制作人：faneds
BLAST的概述：
Blast，全称Basic Local Alignment Search Tool， 即“基于局部比对算法的搜索工具” ，能够实现 比较两段核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能， 具有较快的比对速度和较高的比对精度，适用于 多种序列比对的情况，在常规双序列比对分析中 应用最为广泛。
3.对比对结果分析
2011-12-22
blast软件及常用数据库介绍
BLAST分析
BLAST分析BLAST是一种常用的生物信息学工具，用于比对和比较生物序列。
它可以在数据库中查找相似的序列，并根据序列的相似性和匹配程度得出比对结果。
BLAST分析广泛应用于基因组学、蛋白质组学和普通生物学研究中。
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）基本本地序列比对工具，是目前最流行的序列比对算法之一、BLAST有几个不同的变体，包括BLASTp（对蛋白质序列进行比对）、BLASTn（对核酸序列进行比对）、BLASTx（对核酸序列进行翻译比对）和tBLASTn（对蛋白质序列进行翻译比对）。
BLAST由两个主要步骤构成：查询和数据库比对。
首先，用户输入一个查询序列，这个序列可以是DNA序列、蛋白质序列或其他生物序列。
然后，该查询序列与数据库中的序列进行比对。
数据库可以是全局数据库（如GenBank）或局部数据库（用户自定义的数据库或者特定物种的数据库）。
BLAST算法的核心是利用k-mer（k个连续核苷酸或氨基酸）来识别相似性区域，然后计算两个序列的匹配分数。
BLAST将查询序列分成更小的片段，称为word，然后在数据库中具有相同或相似word的序列。
通过计算匹配的word间的得分，并找到分数最高的匹配，BLAST可以确定最可能的候选序列。
最后，BLAST评估比对的置信度，并提供相关的统计数据。
BLAST分析是生物信息学和基因组学研究中常用的工具之一、它可以帮助研究人员找到与他们感兴趣的序列相似的其他序列，并用于寻找同源基因、确定蛋白质功能和预测基因家族等应用。
BLAST还可以用于比较两个物种之间的基因组，并帮助研究人员了解物种之间的进化关系和功能差异。
BLAST的应用领域非常广泛。
在基因组学研究中，BLAST可以用于基因预测、基因组注释和跨物种比较。
在蛋白质组学研究中，BLAST可以用于确定蛋白质序列的同源性、预测蛋白质的结构和功能。
此外，BLAST还可以用于病原菌鉴定、药物设计、分子进化研究和分子标记分析等方面。
生物信息学软件的基本使用方法介绍
生物信息学软件的基本使用方法介绍生物信息学是研究生物学中大规模数据的获取、存储、管理、分析和解释的学科。
为了能够有效地处理这些复杂的生物数据，生物信息学研究者使用了许多专门设计的软件工具。
本文将介绍几种常见的生物信息学软件，并提供基本的使用方法。
1. BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）：BLAST是一种用于基因序列比对和相似性搜索的软件工具。
它能够找到在数据库中与输入序列相似的序列，并计算它们之间的相似度分数。
使用BLAST时，首先需要选择要比对的数据库，如NCBI的nr数据库。
然后，将待比对的序列输入到BLAST中，并选择合适的算法和参数，最后点击运行按钮即可得到比对结果。
2. ClustalW：ClustalW是一种常用的多序列比对软件。
它能够将多个序列对齐，并生成比对结果。
使用ClustalW 时，首先需要输入要比对的序列。
可以通过手动输入、从文件中导入或从数据库中获取序列。
然后，选择合适的比对算法和参数，并点击运行按钮。
在比对结果中，会显示相似性分数矩阵和序列的对齐信息。
3. FASTA：FASTA是一种用于快速比对和搜索序列相似性的工具。
它使用一种快速的搜索算法，能够在大型数据库中快速找到与输入序列相似的序列。
使用FASTA时，需要将待比对的序列输入到软件中，并选择匹配的算法和搜索参数。
运行后，软件会生成相似序列的列表和相似性评分。
4. R：R是一种统计分析软件，也被广泛用于生物信息学领域。
它提供了丰富的函数和库供生物信息学研究者使用，用于数据处理、统计分析和可视化。
使用R时，可以通过命令行或脚本编写代码来执行各种操作。
例如，可以使用R中的Bioconductor库进行基因表达数据的分析和可视化。
5. IGV（Integrative Genomics Viewer）：IGV是一种用于基因组数据可视化的软件工具。
它能够显示基因组位置上的测序深度、SNP、CNV等信息，并支持交互式操作和注释查看。
ncbi blast的功能和种类
ncbi blast的功能和种类
x
NCBI BLAST 功能和种类
NCBI BLAST（全称：Basic Local Alignment Search Tool）是一款基于局部比对的序列搜索工具，是世界上使用最广泛的DNA/RNA 序列相似性搜索软件。
它的有效计算能力非常强大，搜索数据量大，可以快速准确的实现序列匹配和比对。
NCBI BLAST 的功能：
1、提供快速灵活的局部序列比对
2、提供可靠的序列相似性分析结果
3、不仅可以搜索和比对较长序列，也可以搜索和比对较短序列
4、搜索非常大的数据库，比如NCBI的nr数据库
5、支持多种输入格式，比如FASTA、Genbank、EMBL、UniProt 等
6、支持多种输出格式，比如HTML、ASN.1、GFF3、FASTA等
NCBI BLAST 已知有四种类型：
1、核苷酸序列比对：BLASTN和TBLASTN；
2、氨基酸序列比对：BLASTP、BLASTX、TBLASTX和 TBLASTN；
3、BLAT：只能在特定的物种组织中比对序列；
4、序列排序：megaBLAST可以对大量序列进行排序，提高搜索效率；
NCBI BLAST是一种强大而灵活的工具，可以帮助生物学家们快
速、准确地搜索和比对序列，并获得可信的结果。
blast分类及特点
blast分类及特点Blast分类及特点Blast（Basic Local Alignment Search Tool）是一种常用的生物信息学工具，用于在数据库中搜索相似序列。
它通过比较待查询的序列与数据库中已知的序列进行比对，从而找到最相似的序列。
Blast分类及特点主要分为以下几个方面：1. BlastP：BlastP用于比对蛋白质序列。
它通过比较待查询的蛋白质序列与数据库中已知的蛋白质序列进行比对，从而找到最相似的序列。
BlastP常用于寻找蛋白质的同源序列，以及预测蛋白质的功能。
2. BlastN：BlastN用于比对核酸序列。
它通过比较待查询的核酸序列与数据库中已知的核酸序列进行比对，从而找到最相似的序列。
BlastN常用于寻找DNA序列的同源序列，以及寻找同源基因。
3. BlastX：BlastX用于比对核酸序列与蛋白质序列的比对。
它通过将待查询的核酸序列翻译成蛋白质序列，然后与数据库中已知的蛋白质序列进行比对，从而找到最相似的序列。
BlastX常用于寻找未知的核酸序列的蛋白质编码区域。
4. TblastN：TblastN用于比对蛋白质序列与核酸序列的比对。
它通过将待查询的核酸序列翻译成蛋白质序列，然后与数据库中已知的蛋白质序列进行比对，从而找到最相似的序列。
TblastN常用于寻找未知的核酸序列中的蛋白质编码区域。
Blast具有以下特点：1. 快速：Blast是一种高效的序列比对工具，它利用了一系列的优化算法，如索引技术和快速查找算法，以提高比对速度。
2. 灵敏：Blast能够在大规模数据库中快速搜索相似序列，它采用了一种基于局部比对的策略，即先找到局部相似的片段，然后通过扩展这些片段来找到最终的比对结果。
3. 准确：Blast通过计算比对序列的得分来评估序列的相似性，得分越高代表相似性越高。
Blast使用了一种统计方法来计算得分，并通过设定一个阈值来判断比对结果的可靠性。
4. 可定制性：Blast提供了丰富的参数选项，用户可以根据自己的需求进行定制。
BLAST种类及使用方法
BLAST种类及使用方法BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种广泛使用的序列比对算法，可用于比较DNA，RNA或蛋白质序列的相似性。
它是生物信息学领域中最常用的工具之一，可以帮助研究人员识别新的序列，注释基因功能，鉴定物种间的进化关系等。
1.BLASTN：BLASTN用于比对DNA序列。
它可以将一个查询DNA序列与已知的DNA序列数据库进行比较，找到相似的序列。
BLASTN通常用于物种鉴定、基因组注释和寻找同源基因等方面的研究。
2.BLASTP：BLASTP用于比对蛋白质序列。
它可以将一个查询蛋白质序列与已知的蛋白质数据库进行比较，找到相似的蛋白质序列。
BLASTP 通常用于寻找同源蛋白质，预测蛋白质功能和结构，以及识别蛋白质家族等方面的研究。
3.BLASTX：BLASTX用于比对DNA序列与蛋白质数据库的比对。
它通过将DNA序列翻译成蛋白质序列，然后与已知的蛋白质数据库进行比对，找到相似的蛋白质序列。
BLASTX通常用于从未知的DNA序列中预测蛋白质编码区域，注释基因功能等方面的研究。
4. TBlastN：TBlastN用于比对蛋白质序列与DNA数据库的比对。
与BLASTX相反，TBlastN将已知的蛋白质序列与DNA数据库进行比对，找到相似的DNA序列。
TBlastN通常用于寻找蛋白质在基因组中的编码区域，确定启动子和转录因子结合位点等方面的研究。
5. TBlastX：TBlastX用于比对转录本与转录本数据库的比对。
它可以将一个查询转录本序列与已知的转录本数据库进行比对，找到相似的转录本。
TBlastX通常用于寻找新的转录本和预测基因表达模式等方面的研究。
使用BLAST有以下几个步骤：1.准备查询序列：将待比对的DNA、RNA或蛋白质序列准备成文本文件，确保序列格式正确，并确保序列长度适合比对任务。
2. 选择数据库：根据研究需求，选择适当的数据库。
常用生物信息学软件BLAST
Blast的主程序是blastall。程序的输入文件是query序列（-i 参数）和库文件（-d 参数），比对类型的 选择（-p 参数）和输出文件（-o 参数）由用户指定。其中“-p”参数有 5 种取值： -p blastp：蛋白序列与蛋白库做比对。 -p blastx：核酸序列对蛋白库的比对。 -p blastn：核酸序列对核酸库的比对。 -p tblastn：蛋白序列对核酸库的比对。 -p tblastx：核酸序列对核酸库在蛋白级别的比对。 这些元素就构成了blast的基本运行命令（以blastn为例）： blastall -i query.fasta -d database_prefix -o blast.out -p blastn 其中如果"-o"参数缺省，则结果输出方式为屏幕输出。下面以一个blastn比对为例，来说明比对全过程： Query序列（query.fasta）： >gi|45593933|gb|AY551259.1| Oryza sativa precursor microRNA 319c gene AGGAAGAGGAGCTCCTTTCGATCCAATTCAGGAGAGGAAGTGGTAGGATGCAGCTGCCGATTCATGGATA CCTCTGGAGTGCATGGCAGCAATGCTGTAGGCCTGCACTTGCATGGGTTTGCATGACCCGGGAGATGAAC CCACCATTGTCTTCCTCTATTGATTGGATTGAAGGGAGCTCCACATCTCT >gi|45593932|gb|AY551258.1| Oryza sativa precursor microRNA 319b gene CATATTCTTTTAATTTGATGGAAGAAGCGATCGATGGATGGAAGAGAGCGTCCTTCAGTCCACTCATGGG CGGTGCTAGGGTCGAATTAGCTGCCGACTCATTCACCCACATGCCAAGCAAGAAACGCTTGAGATAGCGA AGCTTAGCAGATGAGTGAATGAAGCGGGAGGTAACGTTCCGATCTCGCGCCGTCTTTGCTTGGACTGAAG GGTGCTCCCTCCTCCTCGATCTCTTCGATCTAATTAAGCTACCTTGACAT 库文件Database（db.seq，已经运行formatdb -i db.seq -p F -o T建库）： >fake_seq AGGAAGAGGAGCTCCTTTCGTTCCAATTCAGGAGAGGAAGTGGTAGGATGCAGCTGCCGATTCATGGATA CCTCTGGAGTGCATGCAGCAATGCTGTAGGCCTGCACTTGCATGGGTTTGCATGACCCGGCGAGATGAAC CCACCATTGTCTTCCTCTATTGATTGGATTGAAGGGAGCTCCACATCTCT 运行命令： blastall -i query.fasta -d db.seq -o blast.out -p blastn 运行结果： BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004] Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Query= gi|45593933|gb|AY551259.1| Oryza sativa precursor microRNA 319c gene, complete sequence
blast 参数
blast 参数一、什么是 blastblast（Basic Local Alignment Search Tool）是一种用于序列比对的常用工具，它可以帮助研究人员在已知序列数据库中寻找相似序列。
blast是一种快速、准确、高效的序列比对算法，被广泛应用于生物信息学领域。
二、blast 参数概述blast 提供了多种参数选项，可以根据具体的研究需求进行调整，以达到最佳的比对结果。
2.1、算法参数•word_size：该参数用于指定比对过程中使用的单词的长度。
较大的值可以增加比对的灵敏度，但需要更多的计算资源和时间。
默认值为 11。
•evalue：该参数用于设置期望值（E值），表示比对结果的期望误差数。
较小的 E 值表示较低的误差率，但也可能导致更多的假阳性结果。
•gapopen和gapextend：这两个参数分别用于设置开放缺口（gapopen）和扩展缺口（gapextend）的分值。
开放缺口分值表示序列中插入缺失的惩罚，扩展缺口分值表示连续缺失的惩罚。
适当设置这两个参数可以调整比对的严格性。
2.2、数据库参数•db：该参数用于指定比对过程中使用的数据库。
blast 提供了多个预构建的数据库，例如 NCBI 的 nr 和 SwissProt 数据库等。
•num_alignments：该参数用于设置要返回的比对结果的数量。
较大的值可以获取更全面的结果，但也会增加计算时间和资源消耗。
2.3、输出参数•outfmt：该参数用于设置输出结果的格式。
blast 提供了多种格式选项，例如纯文本格式、HTML 格式和 XML 格式等。
•out：该参数用于指定结果输出文件的名称和路径。
三、blast 参数的选择原则在设置 blast 参数时，需要根据研究的具体目标和数据来进行选择。
下面是一些选择参数的原则：3.1、比对敏感性•当需要对比对结果的准确性要求较高时，可以增大word_size参数。
较高的word_size可以提高比对的灵敏性。
【2019年整理】blast简介及其应用131215
BLAST简介
BLAST既是一种算法也是一种基于该算法设 计出的搜索工具，是由美国国家生物信息中心 （NCBI）研发的一个生物信息数据库搜索工具 系统，该系统对于生物基因序列数据在计算机中 的表达和处理作了许多的研究，提供了一个快速 的基于碱基数据的搜索引擎。 BLAST是基于匹配短序列片段，用一种强有 力的统计模型来确定未知序列与数据库序列的最 佳局部联配，可在序列数据库中对查询序列进行 相似性比对工作。
7
BLAST简介
BLAST搜索的六大优点： 使用方便，功能齐全 速度快，结果可信 NCBI精心维护，持续开发 配套数据库不断更新 免费服务（NCBI、EBI、TIGR） 免费下载，本地安装
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主要的BLAST程序（功能）
程序名 Blastn Blastp Blastx 查询序列 核酸 蛋白质 核酸 数据库 核酸 蛋白质 蛋白质 搜索方法 在核酸数据库中比对核酸序列 在蛋白质数据库中比对蛋白质序列 在蛋白质数据库中比对待检的核酸序列 （用所有6种可读框翻译）
Blast的使用
首先在NCBI的基因数据库中找到一段基因核苷 酸序列（或者是通过测序得到的核苷酸序列）。 将该序列用FASTA格式存入记事本。 进入Blast界面选择一种自己所需的功能进行搜 索比对。 将需要查询序列键入框中选择数据库和确定比 对参数。 Blast（比对）
网页版 具体步骤
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两种版本的BLAST比较（二）
单机版 单机版的BLAST可以通过NCBI的ftp站点获得， 有适合不同平台的版本（包括linux，dos等）。 获得程序的同时必须获取相应的数据库才能在 本地进行BLAST分析。单机版的优点是可以处 理大批的数据，可以自己定义数据库，但是需 要耗费本地机的大量资源，此外操作也没有网 络版直观、方便，需要一定的计算机操作水平。
blast
关于BLAST1、什么是BLAS NCBI （National Centre for Biotechnology Information ），成立于1988年，其主要目标是“生成生物学，生物化学，生物基因学的信息自动化系统，生成分析、解释和处理分子生物学数据的先进工具”。
Blast 是NCBI 研制的一个生物基因数据库系统，该系统对于生物基因序列数据在计算机中的表达和处理作了许多的研究，提供了一个快速的基于碱基数据的搜索引擎。
由于Blast 功能强大，检索速度快，所以Blast 工具流行于世界上几乎所有的生物信息中心。
T?？BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA 数据库中进行相似性比较的分析工具。
BLAST 程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。
BLAST 结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。
BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。
如果您想进一步了解BLAST 算法，您可以参考NCBI 的BLAST Course ，该页有BLAST 算法的介绍。
BLAST 即B asic L ocal A lignment S earch T ool• 直译：基本局部排比搜索工具• 意译：基于局部序列排比的常用数据库搜索工具• 含义：蛋白质和核酸序列数据库搜索软件系统及相关数据库• 用法：以一个或几个蛋白质或核酸序列为检测序列，搜索蛋白质或核酸序列数据库，寻找与检测序列中一个或多个片段具有较高相似性的一组序列2、 何处BLAST ？(1)NCBI - National Center for Biotechnology Information (US) (2)EBI - European Bioinfromatics Institute (EU) (3)TIGR - The Genome Institute (US) (4)Sanger - Sanger Institute (UK)(5)UK-CropNet - The UK Crop Plant Bioinformatics Network (UK) (6)WU-BLAST - Washington University (US)3、 BLAST 有哪些功能 BLAST 是基于Altschul 等人在J.Mol.Biol 上发表的方法(J.Mol.Biol.215:403-410(1990)),在序列数据库中对查询序列进行同源性比对工作。
生物序列的同源性搜索-blast简介及其应用
Blast简介（一）
BLAST 是由美国国立生物技术信息 中心（NCBI） 开发的一个基于序列相似性的数据库搜 索程序。
BLAST是“局部相似性基本查询工 具”(Basic Local Alignment Search Tool)的 缩写。
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Blast简介（二）
Blast 是一个序列相似性搜索的程序包， 其中包含了很多个独立的程序，这些程序 是根据查询的对象和数据库的不同来定义 的。比如说查询的序列为核酸，查询数据 库亦为核酸序列数据库，那么就应该选择 blastn程序。 下表列出了主要的blast程序。
2.解压程序包(blast-2.28-ia32-linux.tar.gz) 命令是: $ tar zxvf blast-2.28-ia32-linux.tar.gz
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下载正确的Blast程序包
blast:在本地运行的blast程序包
wwwblast:在本地服务器建立blast服务
的网站
netblast:blast的客户端程序，直接链接
匹配情况，分值，e值
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结果页面（三）
详细的比对上的序列的排列情况
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一个具体的例子（blastp）
假设以下为一未知蛋白序列
>query_seq
MSDNGPQSNQRSAPRITFGGPTDSTDNNQNGGRNGARPKQRRPQGLPNNTAS WFTALTQHGKEELRFPRGQGVPINTNSGPDDQIGYYRRATRRVRGGDGKMKEL SPRWYFYYLGTGPEASLPYGANKEGIVWVATEGALNTPKDHIGTRNPNNNAATVL QLPQGTTLPKGFYAEGSRGGSQASSRSSSRSRGNSRNSTPGSSRGNSPARMA SGGGETALALLLLDRLNQLESKVSGKGQQQQGQTVTKKSAAEASKKPRQKRTAT KQYNVTQAFGRRGPEQTQGNFGDQDLIRQGTDYKHWPQIAQFAPSASAFFGMS RIGMEVTPSGTWLTYHGAIKLDDKDPQFKDNVILLNKHIDAYKTFPPTEPKKDKKK KTDEAQPLPQRQKKQPTVTLLPAADMDDFSRQLQNSMSGASADST QA
生物序列的相似性搜索-blast简介及其应用
Blast相关的问题
怎么获得blast服务,怎么使用的问题？
为什么使用blast，可以获得什么样的信息？ 其他问题：实际使用时选择哪种方式（网 络，本地化），参数的选择，结果的解 释…
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Blast资源
1.NCBI主站点：
/BLAST/(网络版) ftp:///blast/ (单机版)
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NCBI提供的Blast服务
登陆ncbi的 blast主页
核酸序列
蛋白序列
翻译序列
底下有其他一些针对 特殊数据库的和查看 以往的比对结果等
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Blast任务提交表单（一）
1.序列信息部分
序列范围 （默认全部）
填入查询（query）的序列
选择搜索数据库 如果接受其他参数默认 设置，点击开始搜索
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序列相似性比较和序列同源性分析
序列相似性比较： 就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较， 用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似 的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列 比较算法。常用的程序包有BLAST、FASTA等；
序列同源性分析： 是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种 的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序 列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。 完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包 有CLUSTAL等；
也可以选择tblastn
作为演示， 我们这里选blastp
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分析过程（二）
3.填入序列（copy＋paste） Fasta格式，或者纯序列 4.选择搜索区域，这里我们要 搜索整个序列，不填 5.选择搜索数据库，这里我们 选nr(非冗余的蛋白序列库)。 是否搜索保守区域数据库 （cdd），蛋白序列搜索才有。 我们选上
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具体步骤 1.将所需比对的序列转化为fasta格式
2.执行比对命令
3.对比对结果分析
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blast软件及常用数据库介绍
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比对结果
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STEP2
用Blast程序包提供的 formatdb工具格式化序列 数据成数据库
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为什么要进行格式化？
因为构建的fasta格式的数据库文件必须被formatdb格式 formatdb.exe是所用的程序名 化后，才能被BLAST中的blastall、blastpgp、 -i （input file）参数用于指定需要格式化的数据库 MegaBLAST等程序使用。 month.nt是一个blast格式的数据库名
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图形结果
匹配序列列表
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输入的序列
Blast 结 果 的 详 细 比 对 结 果
在库里比对到的序列
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3.对比对结果分析
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序列的fasta格式是最经常看到的格式之一。 Fasta格式开始于一个标识符：“>”，然后是一行描述，下面是 一行行的序列。每行最好不要超过80个字母。 新建一个名为 “text”的文本文档 打开，输入序列，如
>Text AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTG TGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC TTCTGAACTGGTTACCTGCCGTGAGTAAATTAAAATTTTAT TGACTTAGGTCACTAAATACTTTAACCAA TATAGGCATAGCGCACAGACAGATAAAAATTACAGAGTAC ACAACATCCATGAAACGCATTAGCACCACC ATTACCACCACCATCACCATTACCACAGGTAACGGTGCG GGCTGACGCGTACAGGAAACACAGAAAAAAG CCCGCACCTGACAGTGCGGGCTTTTTTTTTCGACCAAAG GTAACGAGGTAACAACCATGCGAGTGTTGAA GTTCGGCGGTACATCAGTGGCAAATGCAGAACGTTTTCT GCGTGTTGCCGATATTCTGGAAAGCAATGCC AGGCAGGGGCAGGTGGCCACCGTCCTCTCTGCCCCCG CCAAAATCACCAACCACCTGGTGGCGATGATTG AAAAAACCATTAGCGGCCAGGATGCTTTACCCAATATCAG CGATGCCGAACGTATTTTTGCCGAACTTTT
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BLAST资源
NCBI主站点： /BLAST/ ftp:///blast/ 其他站点： /blast/ /ncbi_blast.html /blast/ …… （网络版） （单机版）
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如何在windows操作系统下安装使用单 操作系统下安装使用单 如何在 机版BLAST软件？ 软件？ 机版 软件
下载ＢＬ-22
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Blast程序的下载地址: ftp:///blast/executables/release/2.2. 9/blast-2.2.9-ia32-win32.exe
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BLAST的种类
Blast是一个集成的程序 是一个集成的程序 包，通过调用不同的比 对程序，blast实现了五 对程序， 实现了五 种可能的序列比对方式
白库做比对。 白库做比对。 Blastn：核酸序列对核酸库的比对，直接比较核酸序列的同源性。 核酸序列对核酸库的比对 直接比较核酸序列的同源性。 的比对， Tblastn：蛋白序列对核酸库的比对，将库中的核酸序列翻译成蛋白序列， 蛋白序列对核酸库的比对 将库中的核酸序列翻译成蛋白序列， 的比对， 比对蛋白序列的同源性。 比对蛋白序列的同源性。 Tblastx：核酸序列对核酸库在蛋白级别的比对，将库和待查序列都翻译成 核酸序列对核酸库在蛋白级别的比对 在蛋白级别的比对， 蛋白序列，然后对蛋白序。 蛋白序列，然后对蛋白序。
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blast常用的一些参数
-p: 执行的程序名称 -d: 检索的数据库名称 -i : 要查询的序列文件名 -o :查询结果输出文件名 -m: 比对结果显示格式选项，缺省值为0 ，即pairwise格式。另 外还可以根据不同的需要选择1~6等不同的格式。 -I :在描述行中显示gi号[T/F]，缺省值F -v :单行描述（one-line description）的最大数目，缺省值500 -b :显示的比对结果的最大数目，缺省值250 -a:运行BLAST程序所使用的处理器的数目，缺省值1 -T: 产生HTML格式的输出[T/F]，缺省值F -n: 使用MegaBlast搜索[T/F]，缺省值F -G: 打开一个gap的罚分（0表示使用缺省设置值），默认0 -E: 扩展一个gap的罚分（0表示使用缺省设置值），默认0 -q: 一个核酸碱基的错配(mismatch)的罚分（只对blastn有效）， 缺省值-3 -r : 一个核酸碱基的正确匹配(match)的奖分（只对blastn有效）， 缺省值1 -M: 所使用的打分矩阵，缺省值BLOSUM62
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原数据库文件
formatdb格式化数据库后，创建三个主要的文 库索引(indices)，序列 序列(sequences)和 件——库索引 库索引 序列 头(headers)文件。生成的文件的扩展名分别 是：.pin、.psq、.phr（对蛋白质序列） 或.nin、.nsq、.nhr（对核酸序列）。
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Formatdb 命 令 的 参 数 说 明 表
一个单独的blast数据库最大只能为4G，如果格式的数据库大 于4G，在“-v ”参数未设置的情况下，farmatdb程序会自动对 数 据库分卷 ，每卷最大为4G。也可以使用“-v ”参数设置卷 的大小，比如下面命令将卷的大小设置为2G : formatdb –i month.nt –p F –v 2000000000
保存在程序 目录下
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具体步骤 1.将所需比对的序列转化为fasta格式
2.执行比对命令
3.对比对结果分析
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在DOS窗口中，执行 blastall –p blastn –d month.nt –i text.txt –o out.txt
blastall:通用检索命令 -p（program name）：为需要使用的程序名 blastn：为核酸序列对比搜索程序 -d（database name）：指定所使用的数据库 的名称 -i （input file）：待搜索的序列文件 -o（output file）：指定保存结果的文件
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-p (type of file)参数用于指定文件类型，T为蛋白 质，F为核酸，默认为T 格式化的步骤： -o (parse options)参数用于指定是否解析序列ID并 1.打开MS-DOS （开始→附件→命令提示符） 创建索引，T为创建，F为不创建，默认为F 2.进入数据库所在的硬盘 3.输入formatdb.exe -i month.nt -p F -o T 再回车
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GeneBank库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列，以 库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列，
及与它们相关的文献著作和生物学注释 ,它是由美国国立生物技 它是由美国国立生物技 术信息中心(NCBI)建立和维护的。它的数据直接来源于测序工 建立和维护的。 术信息中心 建立和维护的 作者提交的序列 。Genbank每天都会与欧洲分子生物学实验室 每天都会与欧洲分子生物学实验室 (EMBL)的数据库，和日本的 的数据库， 数据库(DDBJ)交换数据，使这 交换数据， 的数据库 和日本的DNA数据库 数据库 交换数据 三个数据库的数据同步。 的数据可以从NCBI的FTP服 三个数据库的数据同步。Genbank的数据可以从 的数据可以从 的 服 务器上免费下载完整的库，或下载积累的新数据。 务器上免费下载完整的库，或下载积累的新数据。NCBI还提供 还提供 广泛的数据查询、序列相似性搜索以及其它分析服务， 广泛的数据查询、序列相似性搜索以及其它分析服务，用户可以 从NCBI的主页上找到这些服务 。 的主页上找到这些服务
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获 取 数
点击
据 库
nr.gz为非冗余数据库 nt.gz为核酸数据库
BLAST数据库
Month.nt.gz为最近一个月 的核酸数据库
右击需要下载的数据库，点击另
存为
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如何在windows操作系统下安装使用本 操作系统下安装使用本 如何在 软件？ 地BLAST软件？ 软件