蛋白芯片分析流程
染色质免疫沉淀(ChIP)实验分析
染色质免疫沉淀（ChIP）实验分析ChIP实验被用来鉴定染色质相关蛋白的定位和/或它们的翻译后修饰状态。
这种方法依赖于特异识别目的蛋白或修饰蛋白（例如组蛋白H3 Lys9甲基化）的抗体进行免疫沉淀和分析免疫共沉淀DNA。
早期实验方法依赖于使用温和的裂解条件，以保护蛋白质--DNA相互作用，但这种方法只适用于和DNA直接结合的蛋白。
甲醛交联方法的使用使得这样的分析可以扩展到与染色质关联的几乎任何蛋白。
非变性、非交联免疫沉淀实验使用直接和特定DNA结合蛋白结合的抗体从细胞中分离蛋白质--DNA复合物依赖于抽提和免疫沉淀的条件，尤其是在该条件下怎样使蛋白可溶并保持蛋白质-DNA的结合。
有几种方法已被成功使用，但是要注意到这一点，要根据蛋白质-DNA复合物所需的条件来调整实验条件。
该方法本质来说是利用低渗透压裂解细胞，分离细胞核，在低盐条件下使用核酸酶（DNaseI或微球菌核酸酶—Mnase）溶解染色质，接着使用抗体进行免疫沉淀识别目标蛋白。
使用多肽可以从免疫复合物中最先洗下蛋白质-DNA复合物，这可以减少在更严格的洗脱下来的，与DNA非特异性结合的蛋白污染。
提取的DNA可以克隆用于进一步分析、测序或用于探针阵列分析。
甲醛交联免疫沉淀实验这已成为研究染色质中动态蛋白质--DNA的强有力方法。
甲醛交联的染色质免疫沉淀的实验步骤见图二。
甲醛交联使我们能够检测到可能不直接结合DNA的蛋白质--染色质的结合。
这种交联方法产生蛋白质-蛋白质、蛋白质-DNA和蛋白质-RNA交联，因此适合于染色质不同成分以及瞬时关联的分析。
这也有效地被用于分析染色质翻译后修饰的存在与否。
这种方法最初在果蝇体系中是由Varshavski及其同事开发的，由Paro 修正的由两个酵母小组广泛使用和修正的。
图二该技术实验步骤适用于所有的ChIP实验，由于研究系统的不同或研究小组的偏好，在实验细节上略有不同。
此外，在新研究系统的第一次实验需要优化实验步骤。
蛋白组学研究新思路——蛋白芯片技术
蛋白组学研究新思路——蛋白芯片技术蛋白芯片是一种用来检测蛋白分子之间相互作用的高通量检测系统。
与传统的基因芯片相比，蛋白芯片是以蛋白质代替核酸作为检测对象，它直接在蛋白质水平上检测表达模式，在基因表达研究中有着更加直接的应用前景。
它的基本原理是将各种蛋白质有序地固定于载玻片等各种介质载体上成为检测芯片，然后，用标记了有特定发光物质的抗体与芯片作用，与芯片上的蛋白质相匹配的抗体将与其对应的蛋白质结合，抗体上的发光物质将指示对应的蛋白质及其表达数量。
在将未与芯片上的蛋白质互补结合的抗体洗去之后利用检测仪测定芯片上各点的光强度，通过光强度分析蛋白质与蛋白之间相互作用的关系，由此达到测定各种基因表达功能的目的。
由于生物细胞中蛋白质的多样性和功能的复杂性，开发和建立具有多功能样品处理能力、能够进行快速分析的高通量蛋白芯片技术将有利于简化和加快蛋白质功能研究的进展。
广义的蛋白芯片产品分为固相和液相两类，目前市场上液相蛋白芯片的产品主要有：BD公司的CBA平台，MEK、R&D和Affymetrix等公司的Luminex xMAP平台，这两个平台的相关信息在本期其他几篇文章中有详细介绍。
固相蛋白芯片产品主要有：R&D的Proteome Profiler 抗体阵列和Mosaic™ ELISA试剂盒，CST的PathScan®抗体芯片。
一．R&D Proteome Profiler TM蛋白芯片Proteome Profiler蛋白芯片作为一种快速、灵敏而又经济的工具，在不需要任何特殊仪器的情况下，能同时检测单个样品中多种蛋白的相对水平。
试剂盒中点在硝酸纤维素膜上或96孔板上的所有捕获抗体均经过精心选择，具有高度特异性。
R&D公司的蛋白芯片能广泛地应用于信号转导、血管再生、细胞凋亡、肿瘤、肥胖、以及干细胞、药物筛选等的研究。
Proteome Profiler TM 蛋白芯片的特点：适用范围广——可用于细胞上清、细胞溶解产物、血清、血浆等样本省时省力——避免重复进行多次免疫沉淀或Western Blot实验，6小时内完成多指标检测高通量——在单一样本中可同时检测最多达119种待测物高灵敏度——比Western Blot灵敏度高20倍简便——不需要任何特殊的仪器,使用化学发光检测其检测原理是：将高度特异的捕获抗体点样在NC膜或96孔板上，形成抗体芯片阵列。
蛋白芯片法igg
蛋白芯片法（IgG）1. 引言蛋白芯片法（IgG）是一种用于检测和研究蛋白质相互作用的技术。
在生物医学研究和临床诊断中，蛋白质相互作用扮演着重要的角色。
蛋白芯片法（IgG）通过将多种蛋白质固定在芯片上，并利用抗体与特定蛋白质相互作用的原理，实现对蛋白质相互作用的高通量分析。
本文将详细介绍蛋白芯片法（IgG）的原理、应用、优势和局限性，并展望其未来的发展方向。
2. 原理蛋白芯片法（IgG）的原理基于蛋白质的特异性相互作用。
首先，在芯片上固定多种蛋白质，可以使用不同的方法，如化学交联、光化学固定等。
然后，将待测的样品（如血清或细胞提取物）与芯片上的蛋白质相互作用。
最后，使用特异性的抗体来检测与待测样品中的蛋白质结合的蛋白质。
具体而言，蛋白芯片法（IgG）通常分为两个步骤：蛋白芯片制备和蛋白质检测。
•蛋白芯片制备：选择需要固定在芯片上的蛋白质，将其固定在芯片上的特定位置。
可以使用化学交联、光化学固定等方法实现蛋白质的固定。
•蛋白质检测：将待测样品与固定在芯片上的蛋白质相互作用，使待测样品中的蛋白质与芯片上的蛋白质结合。
然后，使用特异性的抗体来检测与待测样品中的蛋白质结合的蛋白质。
最常用的检测方法是荧光标记的二抗法，其中荧光标记的二抗与特异性抗体结合，形成荧光信号。
通过检测荧光信号的强度，可以确定蛋白质的相互作用。
3. 应用蛋白芯片法（IgG）在生物医学研究和临床诊断中具有广泛的应用。
以下是蛋白芯片法（IgG）的一些主要应用领域：3.1 蛋白质相互作用研究蛋白质相互作用是生物体内许多重要生物过程的基础。
蛋白芯片法（IgG）可以高通量地检测和分析蛋白质相互作用，帮助研究人员深入了解蛋白质的功能和调控机制。
通过蛋白芯片法（IgG），可以筛选出与特定蛋白质相互作用的潜在配体或抑制剂，为新药开发提供重要线索。
3.2 疾病标志物筛选蛋白芯片法（IgG）可以用于筛选疾病标志物，即与特定疾病相关的蛋白质。
通过比较正常样品和疾病样品中蛋白质的相互作用模式和强度，可以鉴定出与疾病相关的蛋白质。
蛋白芯片技术研究进展及其应用
蛋白芯片技术研究进展及其应用摘要蛋白芯片技术作为进行生命科学研究的一种新的技术平台,日益受到人们的关注。
目前这一技术已经应用于基因表达分析、单核苷酸多态性分析、基因突变检测、抗体筛选及临床诊断等许多领域。
生物芯片(biochip) 是近几年生命科学研究领域中崭露头角的一项新技术,它是指在固相基质上集成各种可以作为受体的生物信息,包括寡核苷酸、蛋白质/ 酶、抗原/ 抗体、细胞等,利用受体与连接物间的反应(包括核酸杂交反应、抗原/ 抗体亲和识别反应等)来进行生物学的检测。
它将生命科学研究中所涉及的许多分析步骤,综合运用微电子技术、微机械技术、计算机技术、分子生物学技术、半导体技术、共聚焦激光扫描技术、化学荧光标记技术,使样品制备、化学反应和分析检测等连续化、集成化、微型化、自动化。
生物芯片上可以集成的成千上万的密集排列的分子探针,能够在同一时间内分析大量的样品。
根据生物芯片固定的生物分子及材料不同可分为基因芯片、蛋白质芯片、芯片实验室、细胞芯片及组织芯片。
随着蛋白质组学概念的提出及其研究的进行,人们需要一种新的技术来进行大规模的蛋白质分析,蛋白质芯片技术于是应运而生。
蛋白质芯片是一种新型的生物芯片,是由固定于不同种类支持介质上的抗原或抗体微阵列组成,阵列中固定分子的位置及组成是以知的,用标记(荧光物质、酶或化学发光物质等标记) 的抗体或抗原与芯片上的探针进行反应,然后通过特定的扫描装置进行检测,结果由计算机分析处理。
1 蛋白质芯片的制备及分析过程1.1 载体的选择及抗体或抗原的固化用于连接、吸附或包埋各种生物分子使其以水不溶状态行使功能的固相材料统称为载体。
制作蛋白芯片的载体材料必须符合下列要求: ①载体表面必须有可以进行化学反应的活性基因,以便于蛋白分子进行偶联; ②使单位载体上结合的蛋白分子达到最佳容量; ③载体应当是惰性的并且有足够的稳定性,包括物理、化学和机械的稳定性。
④载体具有良好的生物兼容性。
蛋白质芯片技术
（四）微阵列设计与制备
1 人工制备芯片
主要有两种,即手工点样和免疫打点印迹装置。 存在着的明显问题是不能够建立高密度芯片、样 品和捕获分子消耗大和敏感性较低
2 微阵列制备仪
主要有直接接触式和非接触式两种类型,也是目前市 场上常用的两种方法
（五）抗原或抗体的标记
1 酶标记
常用的标记酶有辣根过氧化物酶(HRP) 、碱性磷酸 酶(AP)等.
微孔板上构建的 可以与基因芯片的制作和检测工具配套使用； 蛋白质芯片 不易蒸发；适用于多步反应；造价便宜；容 量较大；不易发生交叉污染
五 蛋白质芯片技术的简介
操作步骤
1
提出生物学问题
（实验目的）
蛋白质芯片制备
6 数据分析和建模
（图象量化，标准化，
采集蛋白信息，建立模型）
检测
（荧光和比色扫描或拍照， 参数设置）
不易収生交叉污染提出生物学问题实验目的样品预处理重组蛋白制备一二级抗体荧光标记配蛋白印记缓冲液生化反应化学偶合加底物反应温度和时间冲洗条件检测荧光和比色扫描或拍照参数设置数据分析和建模图象量化标准化采集蛋白信息建立模型固相载体及其处理载体滴定板滤膜凝胶载玻片蛋白质的预处理选择具有较高纯度和完好生物活性的蛋白进行溶解点制微阵列可使用点制基因微阵列的商品化点样仪或喷墨法等固定微阵列上的蛋白样点膜为载体
不同种类的蛋白质芯片的特点
类别
玻璃表面构建的 蛋白质芯片
多孔微胶垫上构 建的蛋白质芯片
特点
可以与基因芯片的制作和检测工具配套使用； 很容易蒸发；不适合用于多步反应；造价便 宜；容量较小；容易发生交叉污染
可以与基因芯片的制作和检测工具配套使用； 不易蒸发；可以用于多步反应，但是有其较 固定的缓冲条件；造价昂贵；容量较大；不 易发生交叉污染
生物芯片技术在蛋白质鉴定中的应用
生物芯片技术在蛋白质鉴定中的应用生物芯片技术是近年来新兴的一种生物分析技术，一种利用微型芯片上的生物分子识别或辨识样品分子的方法。
这种技术可以分子识别技术、模拟生物反应系统、制备大量平行分析芯片和微型生物反应器等。
其中，分子识别技术作为生物芯片技术中最基本的技术方法，已经在多个领域得到应用。
本文将探讨生物芯片技术在蛋白质鉴定中的应用。
一、生物芯片技术的原理及分类生物芯片技术利用生物分子的特异性识别能力，将小分子或大分子固定在芯片表面上或内壁孔，待检样品分子与芯片表面或内壁孔的生物分子特异性地相互作用，通过芯片激光扫描或传感器检测技术进行信号放大，最终通过信息处理系统得出结果。
可以根据芯片上分子的类型和固定方式将生物芯片技术分为基因芯片和蛋白质芯片，也可以根据芯片上分子的组装方式分为高通量平行芯片和微型生物反应器，不同的芯片有着不同的应用场景。
二、蛋白质芯片在蛋白质鉴定中的应用蛋白质芯片是一种包含了已知蛋白质的芯片，可以用来鉴定未知蛋白质的种类。
在蛋白质鉴定中，不仅要准确地检测出蛋白质的存在性，还要确定蛋白质的种类、结构、功能和相互作用等。
蛋白质芯片技术可以利用高通量平行芯片的优势，大大缩短了检测时间和成本，同时也提高了鉴定的准确率和可靠性。
1. 蛋白质芯片的制备蛋白质芯片的制备主要包括蛋白质分子的筛选、纯化和修饰等过程。
针对具体的应用场景，可以采用抗体、亲和分子或蛋白质本身来固定蛋白质分子。
蛋白质芯片的设计要考虑到芯片表面的亲和力、灵敏度和芯片的稳定性等因素。
2. 蛋白质芯片的应用蛋白质芯片应用于蛋白质分离、鉴定、药物筛选和毒性评估等领域。
例如，可以利用蛋白质芯片技术研究蛋白质的结构和功能，鉴定蛋白质在细胞信号转导、氧化还原等方面的作用，同时也可以评估化合物的毒性和药物的疗效。
三、蛋白质芯片技术的发展趋势蛋白质芯片技术作为新兴的生物分析技术，在未来的发展中具有广阔的应用前景。
随着生物芯片技术的发展和过程的标准化，芯片制备的成本和耗时将大大降低，芯片的稳定性和灵敏度也将得到提高。
蛋白芯片的应用
制作芯片的表面基质
和良好的DNA芯片表面一样，良好的蛋白质芯片 基质表面应该适合不同的化学处理。 能获得良好的，形态一致的样点 尽量降低非特异结合 应考虑到不同蛋白不同的理化性质，如极性、疏 水性、电荷和结构，蛋白芯片应能使点在芯片上 的不同种类的蛋白能与待检的其他蛋白或配基结 合 根据蛋白芯片用途的不同，使用不同的蛋白固定 方法。一般的蛋白固定方法包括：被动吸附、共 价偶联、亲和结合
被动吸附表面介质
聚苯乙烯塑料表面（polystyrene plastic surface） 聚丙烯酰胺凝胶（3-dimensional polyacrylamide gel）是一种三维表面的介质， 与二维表面相比，可以提供更高的灵敏度、动态 范围和天然构想。它是基于聚丙烯酰胺凝胶电泳 的原理。丙烯酰胺凝胶聚合后，可以将成型的胶 置于载玻片表面，Miller等人将184个抗体点样到 水凝胶包被的载玻片和多聚L赖氨酸包被的载玻片 上(with a cross-linking layer) ，水凝胶表面 的的信噪比更高。
亲和结合Affinity binding
ABS为亲和素(avidin)生物素(biotin)系统 (system)的略语。 亲和素是一种糖蛋白，分子量60000，每个分子由 4个能和生物素结合的亚基组成。生物素为小分子 化合物，分子量244。用化学方法制成的衍生物素羟基琥珀酰亚胺酯可与蛋白质和糖等多种类型的大 小分子形成生物素标记产物，标记方法颇为简便。 生物素与亲和素的结合具有很强的特异性，亲和力 较抗原抗体反应大得多，两者一经结合就极为稳定。
三维表面修饰
在玻片表面包被一层凝胶或树突状多聚物，然后 可以再在这些基质上引入活性基团，从而在玻片 表面形成了三维立体结构。如用聚丙烯酞胺在玻 片表面构建了具有三维立体结构的凝胶微阵列载 体。 这种三维结构的载体相比二维载体表面有以下几 个优点:首先，由于三维多孔结构，载体表面和蛋 白质探针的接触面积大大增加，从而对蛋白质的 固定量也比二维平面载体大得多;其次，凝胶内的 湿润微环境使固定在上面的蛋白质溶液不易蒸发， 从而更好地保持了蛋白质的活性，减少了蛋白质 的变性失活。
磷酸化抗体芯片的实验流程
磷酸化抗体芯片的实验流程
磷酸化抗体芯片是一种高通量技术，用于检测细胞中蛋白质的磷酸化状态。
下面是一般的磷酸化抗体芯片实验流程：
1.样品准备：将不同处理条件下的细胞裂解，并从
中提取蛋白质。
可以使用细胞培养、组织取样等方法获得样品。
2.样品标记：用荧光染料或生物素等方法标记蛋白
质，使其能够被芯片上的探针检测到。
可以使用各种化学方法或免疫沉淀等方法进行标记。
3.芯片预处理：将磷酸化抗体芯片加入到洗涤缓冲
液中，去除芯片表面的杂质和非特异性结合物。
4.样品孵育：将标记好的样品加入到芯片中，进行
孵育。
样品会与芯片上的磷酸化抗体结合，形成蛋白质-抗体复合物。
5.洗涤：使用洗涤缓冲液洗去未结合的样品，保留
与芯片结合的蛋白质-抗体复合物。
6.样品检测：使用扫描仪或其他检测设备，检测芯
片表面的荧光或生物素信号。
检测结果反映了样品中磷酸化蛋白的水平和分布情况。
7.数据分析：对检测结果进行统计分析和生物信息
学分析，比较不同处理条件下蛋白质的磷酸化状态，揭示细胞信号转导通路的调控机制和功能。
需要注意的是，不同芯片品牌和实验条件可能会有所差异，具体的实验流程应该根据实际情况进行调整。
蛋白芯片的数据分析方法
直观视图分析
• 视图分析使最简单、最直接、最直观的分 析方法。通常用散点图（二维和三维）、 直方图和饼图直观地显示芯片表达的结果， 对于结果较为明显的数据，可以直接作出 判断。
Protein Array Assay Images
Control Sample
Treated Sample
统计学分析
生物芯片的数据分析
生物芯片
• 借助微加工和微电子技术，将大量已知序 列的核酸或蛋白质片段有序地组合在一个 微小基片表面,通过与标记的核酸或蛋白质 分子进行反应，分析待检标本的相应成分。
生物芯片的分类
• • • • 基因芯片 蛋白芯片 组织芯片 细胞芯片
蛋白芯片
蛋白质芯片是将各种微量纯化的蛋白质阵列 在一种高密度的固相载体上，并与待测样 品杂交，以测定相应蛋白质的性质、特征 以及蛋白质与生物大分子之间的相互作用 的方法。
微孔板上构建的 蛋白质芯片
可以与基因芯片的制作和检测工具配套使用； 不易蒸发；适用于多步反应；造价便宜；容 量较大；不易发生交叉污染
蛋白芯片的特点
1. 高通量 2. 灵敏度较高 3. 重复性好 4. 操作自动化
操作步骤
1. 将各种蛋白质有序地固定于滴定板、滤膜和载玻 片等各种载体上制成检测用的芯片。 2. 用标记了荧光分子的样品与芯片反应。 3. 经漂洗将未能与芯片上的蛋白质作用的成分洗去。 4. 利用荧光扫描仪测定芯片上各点的荧光强度。 5. 通过荧光强度分析蛋白质与蛋白质相互作用的关 系，测定各种蛋白质。
相关软件的辅助
• 差异性分析 • 聚类分析
酿酒酵母蛋白组芯片
检测酿酒酵母蛋白质的糖基化
哺乳动物细胞的血凝素指纹
蛋白质芯片技术存在的问题及改进方向
蛋白芯片、抗体芯片工作原理
OD(450mm)
1.4
Untreated A431
1.2
EGF treated A431
1
0.9
0.6
0.4
0.2
0 Phospho EGFR (Tyr1086)
Pan EGFR
,欢迎来电咨询！
检测信号
抗体
RayBio® 生物素标记法抗体芯片不同
于其他基于夹心法的芯片，在这种分析方
法中，样品中的蛋白用生物素标记，然后
与捕获抗体一起孵育，对照蛋白加入到样
样品
品中来监测整个反应过程，包括生物素标
记和标准化。结合在芯片上的蛋白利用
HRP-链 霉 亲 和 素 来 检 测 ， 最 后 采 用 化 学
发 光 或 者HiLyte™ Fluor 555-链 霉 亲 和 素 来
检测信号。
样品的生物素标记
生物素标记样品、透析，然后与芯片一起孵育， 这是一个很简单的过程。这个过程包括生物素标记样 品中蛋白的主要氨基酸。然后，生物素标记的样品加 入 到 膜 芯 片 或 者 玻 璃 芯 片 上 ， 室 温 孵 育 。 最 后 与HRP链 霉 亲 和 素 或 者H i L y t eTM F l o u r 5 5 5 -链 霉 亲 和 素 孵 育，用化学发光或者荧光来显色信号。
A 431细 胞 系(一 个 人 类 表 皮 细 胞 的 癌 细 胞 系)经 过 无 血 清 培 养 过 夜 ， 然 后 置 于100 n g / m L的 表 皮 生 长 因 子 保 持3 7 ℃ 2 0 m i n。 对 照 细 胞 同 样 是 无 血 清 培养过夜，未经过表皮生长因子刺激。采用化学 发光法来显示信号结果。
蛋 白 印 迹 分 析hEGF处 理 和 未 处 理 的A 431细 胞 系 的 提 取 物 ， 这 个 分 析 中 使 用 磷 酸 化 的E GFR(Ty r 8 4 5)或 者 磷酸 化的EG F R ( Tyr117 3 )抗体 。
实验染色质免疫沉淀技术（ChIP）实验操作指南
实验染色质免疫沉淀技术（ChIP）实验操作指南全心全意就为医生服务，一心一意只为造福医生。
真核生物的基因组DNA以染色质的形式存在。
因此，研究蛋白质与DNA在染色质环境下的相互作用是阐明真核生物基因表达机制的基本途径。
染色质免疫沉淀技术（chromatin immunoprecipitation assay, CHIP）是目前最常用研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。
它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。
CHIP不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用，还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。
而且，CHIP与其他方法的结合，扩大了其应用范围：CHIP与基因芯片相结合建立的CHIP-on-chip方法已广泛用于特定反式因子靶基因的高通量筛选；CHIP与体内足迹法相结合，用于寻找反式因子的体内结合位点；RNA-CHIP用于研究RNA在基因表达调控中的作用。
由此可见，随着CHIP的进一步完善，它必将会在基因表达调控研究中发挥越来越重要的作用。
实验准备实验材料：细胞样品试剂、试剂盒：甲醛、甘氨酸、PBS、SDS Lysis Buffer、洗脱液、RNaseA、蛋白酶K、omega胶回收试剂盒仪器、耗材：离心管、超声仪、电泳仪、离心机ChIP的一般流程甲醛处理细胞→ 收集细胞，超声破碎→ 加入目的蛋白的抗体，与靶蛋白-DNA复合物相互结合→ 加入ProteinA，结合抗体-靶蛋白-DNA复合物，并沉淀→ 对沉淀下来的复合物进行清洗，除去一些非特异性结合→ 洗脱，得到富集的靶蛋白-DNA复合物→ 解交联，纯化富集的DNA-片断→ PCR分析。
请ChIp具体操作流程：第一天（一）、细胞的甲醛交联与超声破碎1、取出1平皿细胞（10cm平皿），加入243 μl 37%甲醛，使得甲醛的终浓度为1%（培养基共有9ml）。
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#流程大放送#蛋白质组芯片分析
Agonyr
蛋白质芯片是一种高通量的蛋白功能分析技术，可用于蛋白质表达谱分析，研究蛋白质与蛋白质的相互作用，甚至DNA－蛋白质、RNA－蛋白质的相互作用，筛选药物作用的蛋白靶点等。
应用蛋白质组芯片可以进行基因表达的筛选、抗原抗体检测、蛋白筛选、生化反应检测、药物筛选以及疾病诊断等，相比于质谱的昂贵报价以及数据量来说，蛋白质组芯片的优势更加明显。
常规分析流程：
1.芯片预处理，样本peak双向聚类
2.过滤分析，PCA分析，发现离群样本，PCA分析是一种降维技术，可以将多维（即蛋白peak数）的芯片数据投射到低维空间中。
相似的样本所在的点将彼此靠近，可以通过PCA 分析找到那些“离群”的样本。
3.分组差异peak的筛选，根据实验样本的分组情况进行差异峰的筛选，并进行聚类分析，确定差异峰(蛋白)及不同样本之间的互作关系。
一般认为在聚类图上距离越近的样本或差异峰之间的关系越密切。
4.疾病预测模型的构建，利用决策树，神经网络，SVM等机器学习方法来建立了分组诊断的模型，目的在于利用实验数据来筛选出一批靶标peak，并以此构建模型，以进行早期诊断、疾病预测和预后分析。
5.peak注释。
功能分析，从基因水平上研究差异peak的功能信息，从不能的处理实验对比发现疾病的分子机制。