药用真菌金耳的rDNAITS序列分析与鉴别

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rDNA-ITS序列鉴定深部真菌菌种的研究进展

rDNA-ITS序列鉴定深部真菌菌种的研究进展仇萌;邹先彪【摘要】目前深部真菌病的发生率呈逐渐上升趋势,有关深部真菌菌种的鉴定成为研究热点.由于传统的菌种鉴定方法存在费时及易受实验条件影响等不足,核糖体rDNA-ITS序列分析法已越来越广泛的应用于真菌属内不同种间的系统发育研究中.本文综述了核糖体rDNA-ITS鉴定深部真菌菌种的研究进展,展望了其应用前景.【期刊名称】《中国真菌学杂志》【年(卷),期】2011(006)002【总页数】4页(P122-125)【关键词】ITS区;鉴定;深部真菌【作者】仇萌;邹先彪【作者单位】解放军总医院第一附属医院皮肤科,北京,100048;解放军总医院第一附属医院皮肤科,北京,100048【正文语种】中文【中图分类】R446.53近年来,随着医学技术的飞跃发展,抗生素、免疫抑制剂、皮质类固醇激素在临床得以广泛应用,介入治疗、器官移植、导管插管等技术普遍开展,又因免疫障碍和艾滋病的流行,深部真菌感染呈持续上升趋势,且预后较差,病死率高。

引起深部真菌感染的真菌种类很多,临床常见的有念珠菌、隐球菌、曲霉菌、毛霉菌、青霉菌、孢子丝菌等。

有报道,念珠菌属的感染在获得性血液感染中已经占第 4位,是院内真菌感染的 78.3%。

近年来,曲霉菌感染已经上升到了深部真菌感染的第 2位[1]。

深部真菌感染的诊断一直是临床微生物实验室的主要难题,其早期诊断对深部真菌感染的临床结果有着重大影响,在越来越多的耐药菌株出现后,菌种鉴别的重要性已不容忽视。

传统的真菌分类方法主要根据真菌的形态学、生理生化特点及生理生化指标来来进行分析,但由于某些真菌属、种之间的形态学或生理生化差异极不显著,且真菌的培养和检出需要特殊培养条件和方法以及多数真菌的生长缓慢等特点的影响,给真菌鉴定工作带来困难。

随着 1953年 DNA双螺旋结构的提出,分子生物学检测手段被发现在真菌快速检测和鉴定方面有巨大的潜能,包括多聚酶链式反应(polymerasechain reactions,PCR)、限制性片段长度多态性分析 (restriction fragment length polymorphism,RFLP)、分子杂交及随机扩增多态性分析DNA(random amplification of polymorphic DNA,RADP)等[2]。

rDNA-ITS序列分析对临床少见丝状真菌鉴定作用的评估

关键词：内转录间隔区；因测序；基丝状真菌；形态学鉴定
ＥｖｌａｉｎｏＤＮＡ－ｎｅｎｌｔａｓｒｂｄｓａｅｅｉｎｓｔｒｅｓｆｒｍｏｅｕａｄｎｉｃｔｎｏｌｉａａｕｔｏｎｒｉｔｒａｒｎｃｉｅｐｃｒｒｇｏｓａａｇｔｏｌｃｌｒｉｅｔａｉｆｃｉｃｌｉｆｏｎ
ＴｅｆｎｔｎｏＬＴｉｅＢａｋａｔ — ｅｅａｉｇｓｓｍｒｐｙｏｅｅｉｔｅｎｏａａｉｅｉｄｃｔｒｗｓｈｌｆｌｏｈｃｉｆＡＳＧｎｎｕｏｇｎｒｔｙｔｆｈｌｇｎｔｒｅａｄｃｍｐｒｔｉａｏｓａｅｐｕｕｏＢｎｎｅｏｃｖｎｔｄｔｒｎｈｉｈｈｍｏｏｏｓｓｑｅｃｓＴｅｒｓｌｈｕｄｂｏａｅｉｈｒｈｌｇｃｌｉｅｔｃｔｎａｄｔｅｅｅｍｉｅｔｅｈｇｏｌｇｕｅｕｎｅ．ｈｅｕｔｓｏｌｅｃｍｐｒｄｗｔｔｅｍｏｐｏｏｉａｄｎｉａｉｎｈｓｈｉｆｏ
ｃａａｔｎＰＲ）ａｐｉｃｔｎｎｈＣｒｄｃｓｗｒｓｑｅｃｄａｄｃｍａｅｉｈａａｉｅＢｎ．ｈｉｒｃｉ（Ｃｎｅｏｍｌａｏ，ａｄｔｅＰＲｐｏｕｔｅｅｅｕｎｅｎｏｐｒｄｗｔｔｄｔｎＧｎａｋｉｆｉｈｅ
摘要：目的评价内转录间隔区（Ｔ）ＩＳ的多态性序列分析（ＤＡＩＳ序列分析）临床少见丝状真菌的鉴定ｒＮ — Ｔ对作用，以形态学鉴定方法加以补充验证。方法将３株待检真菌通过聚合酶链反应（Ｃ扩增和基因测序方法ＰＲ）

金针菇rDNA—ITS序列分析

ＫｅｒｓＦａｍｕｎｅｔｅ；ｔｒａｔｎｃｂｄｓａｅ（）ｓｑｅｃ；ｈｌｅｙｙｗｏｄ：ｌｍｌａｖｌｉｓｉｅｎｌｒｓｒｅｐｃｒＩｉｕｐｎａｉｅｕｎｅｐｙｏｎｇ
金针菇（ｌｍｍｌａｖｌｔｅ）名又称毛柄Ｆａｕｉｅｉｓ别ｎｕｐ
ｍａｌＤＮＡｒｍｌｍｍｕｉａｖｌｔｐｓ，ｔｅｇｎｍｉｆｏＦａｌｎｅｕｉｅｈｅｏｃＤＮＡｎｔｒｉｉｄｅｆＦａｉｈｅｆｕｔｂｏｉｓｏｌｍｍｕｉａｖ — ｎｇｌｎｅｌｔｐｓｆｏｄｆｅｅｔｏｇｎｒｘｒｃｅｕｉｅｒｍｉｆｒｎｒｉｓｗｅｅｅｔａｔｄ．ＴｈｎｅｎｌｔａｓｒｂｄｓｃｒｏｉｅｉｔｒａｒｎｃｉｅｐａｅｆＤＮＡｓａｌ— ｗａｍｐｉｌｄｕｉｇＰＣＲｎＴＳｓｑｎｃｓｗｅｅｏｔｉｅｆｅｓｎａｄＩｅｕｅｅｒｂａｎｄ．ＮＣＢ１ｗａｕｍｉｔｄｔｈｎＢａｔｂｓｓｓｂｔｅｏｔｅＧｅｎｋＤａａａ・ｅｆａｄｒｇｓｅｅｕｓｏｎｅｉｔｒｄｎｍｂｅｓｏｔｉｅ．ＴｈＴＳｓｑｅｃｓｏａｒｗａｂａｎｄｅＩｅｕｎｅｆＦｌｍｍｕｉａｖｌｔｓｉｈｓｒ — ｌｎｅｕｉｎｔｉｅｐｅ
金针菇ｒＮＤＡ— Ｔ序列分析ＩＳ
金华邹吉祥２朴仁哲郭鹏吴凡姜国斌，，，，，
（．１大连民族学院环境与资源学院，宁大连１６０；辽１６５２延边大学农学院，．吉林延吉１３０）３００

3种药用红树植物rDNA ITS序列初步研究

3种药用红树植物rDNA ITS序列初步研究
牛宪立;吴群;姬可平
【期刊名称】《广东农业科学》
【年(卷),期】2011(038)017
【摘要】应用改良CTAB法分别提取生长于珠海和海南的3种药用红树植物秋茄、老鼠簕和桐花树的基因组DNA,以真核生物rDNA ITS区的通用引物分别对其rDNA ITS区进行nPCR扩增及测序,并对测序结果进行对位排列.结果表明,不同来
源的药用红树植物的rDNA lTS序列上存在扩增碱基差异,rDNA ITS测序结果可作为鉴定药用红树植物种质资源的分子标记之一.
【总页数】3页(P109-110,116)
【作者】牛宪立;吴群;姬可平
【作者单位】遵义医学院珠海校区生化与细胞分子生物学教研室,广东珠海519041;武汉市第二中西医结合医院检验科,湖北武汉201319;遵义医学院珠海校
区生化与细胞分子生物学教研室,广东珠海519041
【正文语种】中文
【中图分类】Q789
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3.广西药用红树植物种类及其民间药用功效研究 [J], 宁小清;林莹波;谈远锋;黄艳;
李军芳;邓家刚
4.背角无齿蚌和三角帆蚌的rDNA基因ITS1及ITS2序列的初步研究 [J], 戈志强;陆丽萍;左开俊
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rDNA-ITS序列分析鉴定块菌伴生真菌

ＺｈｏｕＪｉａｎｐｉｎｇ，ＷｅｉＨｕｉｐｉｎｇ（ＭｅｄｉｃｌａＳｃｈｏｏｌ，ＰａｎｚｈｉｈｕａＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｐａｎｚｈｉｈｕａ６１７０００，Ｃｈｉｎａ）
ＤＯＩ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００３－０９７２．２０１３．０３．０１７
ｒＤＮＡ — ＩＴＳ序列分析鉴定块茵伴生真菌
周建平，韦会平
（攀枝花学院医学院，四川攀枝花６１７０００）
０引言
块菌（ｔｒｕｆｌｆｅ），别名松露，具有独特的香味、口
后利用ｒＤＮＡ．ＩＴＳ序列分析方法对分离菌株进行了
ＩＴＳ序列分析，获得了各菌株与块菌问的系统进化
关系图谱，对７株块菌伴生真菌进行了初步的分子生物学种属鉴定．
感和营养价值，是一种珍贵的野生食用菌．块菌市场价格昂贵，天然分布范围狭窄，中国攀枝花和欧洲地中海沿岸地区是块菌的天然分布中心，其年产量难以满足市场需求 ¨ Ｊ．进行食用菌的人工种植
１材料与方法
１．１菌株来源
是解决市场供需矛盾的重要方式，但块菌的人工种植至今没有成功，其原因可能与块菌生长所需的独特生境有关Ｊ．其根系伴生真菌的种类及数量可
Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｗｉｌｄｔｒｕｆｌｆｅ・－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄｆｕｎｇｉｉｎＰａｎｚｈｉｈｕａａｒｅａｗｅｒｅｓｅｐａｒａｔｅｄａｎｄｔｈｅｉｒｒＤＮＡ－－ＩＴＳｓｅｑｕｅｎｃｅｓｗｅｒｅａｍ・－

rDNA_ITS序列分析在真菌鉴定中的应用_燕勇

[基金项目] 浙江省档案局科研项目(2007-9)[作者简介] 燕勇(1974-),男,学士,主管技师,主要从事微生物检验工作。

=论著>r DNA -I TS 序列分析在真菌鉴定中的应用燕勇,李卫平,高雯洁,沈志英,王恒辉,陈黎霞(浙江省嘉兴市疾病预防控制中心,浙江嘉兴 314050)[摘要] 目的:通过对3株真菌的rDNA -I T S 序列进行分析,以探讨、说明基于核糖体RNA 基因(即rDNA )内转录间隔区(In ternal T ranscribed Spacer ,I T S)的多态性的序列分析(rDNA -I T S 序列分析)在真菌鉴定中的应用。

方法:通过PCR扩增与测序的方法测得待检真菌菌株的rDNA -ITS 序列,从GENBANK 获取相似序列,使用BLA S T 和DNAMAN 工具对r DNA -I TS 序列进行比对分析。

结果:1号真菌菌株与X y l a riales sp 1LM 40(属炭角菌目)同源性高,但尚不能鉴定到具体的属、种;2号真菌菌株可鉴定到种,为草酸青霉Penic illi u m oxa li cu m;3号真菌菌株可鉴定到种内组水平,为近平滑假丝酵母III 组(最新命名为Candida m etaps il o si s)。

结论:相对于传统的真菌形态学鉴定方法,rDNA -ITS 序列分析用于真菌鉴定更客观、省时、简便、快速,但目前也存在一定的应用限制(受基因库的完善程度、高度同源性序列的多少以及具体物种ITS 区的可变程度等影响)并不能鉴定出所有真菌,宜与传统的形态学鉴定方法相结合用于真菌鉴定。

[关键词] r DNA;内转录间隔区(ITS);PCR;测序;真菌;鉴定[中图分类号] R 44615 [文献标识码] A [文章编号] 1004-8685(2008)10-1958-04Application of r DNA I TS sequence analysis in fungus identificationYan Yong,L iW ei -p ing ,Gao W ei -jie ,Shen Zhi -y in g,W ang H eng-hui ,Chen L i -x iao (Jiax ing Cente r for D i sease Contro l and P reventi on ,Ji ax i ng 314050,Chi na)[Abstract] O bjective :T o introduce and illu m i nate t he applicati on o f r DNA I T S sequence ana l ysis i n f ungus i dentifica ti on on basis o f sequence and l eng t h poly m orph i s m s o f i nterna l transcr i bed spacer(I TS)i n ri bosoma l RNA gene(rDNA )1M ethods :T he three pend i ng fungus stra i ns c rDNA I T S sequences tested by PCR a m plifi cati on and sequenc i ng m e t hods were analyzed and co m-pared w ith si m ilar sequences fro m G E N BANK by N CB I BLAST on li ne too l and DNAMAN so ft w are 1Resu lts :N o 11f ungus stra i n had a h i gh hom ology w it h X y l a riales sp 1L M 40,bu t w as no t yet i den tifiab le on genus or spec ies l eve l o f taxonom ic c l assifi ca -ti on 1N o 12strai n w as i den tified as P en icilliu m oxalicu m,a genus l eve l 1N o 13strai n w as i dentified as Cand i da m etapsil os i s ,ne w desi gnati on of Candida parapsilosis group III ,a g roup l eve l i n spec ies re l a ti ve l y 1Conc l u si on :Compared w ith the traditiona lm or -pho l og ical i den tificati on m ethods ,the r DNA ITS sequence ana lysis i s m ore ob j ective ,ti m e-sav ing ,convenient ,and fast for fun -gus identificati on ,butw it h so m e appli ed li m its currently 1D epended on the perfecti on deg ree o f gene database ,the nu m ber o f h i gh-deg ree homo l ogy sequence ,t he var i ability ex tent of ITS reg i on of biolog ical i nd i v i duals and so on it can be app lied 1T hen ,it does not identif y all f ung ,i and shoul d be co m bi ned w ith the trad iti ona lm orpho l og i ca l identificati on m et hods for f ungus identificati on 1[K ey words] r DNA;Inte rnal transcr i bed spacer(ITS);PCR;Sequenc i ng ;F ungus ;Identifi cation 真核生物基因组中编码核糖体的基因包括28S r DNA 、5S r DNA 、18S rDNA 和518S r DNA 4种,它们在染色体上头尾相连、串联排列,相互之间由间隔区分隔。

rDNA ITS 序列分析在植物种属鉴定中的应用与研究

rDNA ITS序列分析在植物种属鉴定中的应用和研究黄凤玲遵义医学院珠海校区（广东珠海，519041）摘要：rDNA ITS序列分析方法用于植物系统种属鉴定与进化研究有较高的可靠性。

由于高等植物rRNA基因上的18SrDNA、ITS及5SrDNA片段常具有变异位点[1]，通过DNA序列测定核基因组的rDNA ITS 序列，根据测序结果进行比较就可以鉴定植物的种属关系，对于植物的鉴定有非常重要的意义和作用。

关键词：rDNA ITS序列；植物；种属鉴定分子生物学研究发现，生物种类所依赖的资源—“物种”的多样性是由于其基因多态性的结果，而基因多态性又直接体现在DNA分子水平上的检测。

21世纪以来，现代分子生物学技术在植物的研究取得突破性进展，一些分类地位不明确、亲缘关系不清楚的物种通过该技术便得到验证，为不同植物的分类、鉴定等提供了更丰富、更可靠的手段。

其中，核糖体基因（rDNA）的内转录间隔区（ITS）在植物的种、属鉴定的研究得到广泛的应用。

1 rRNA基因（rDNA ）的基本结构及ITS区高等植物中有4种rRNA,即 5.8SrRNA、18SrRNA、28SrRNA和5SrRNA，前三者的基因组成一个转录元，是高度重复的串联序列单位。

近年来，随着分子生物学技术在生物系统研究等领域的广泛应用，以PCR为基础的各种分子生物学技术在植物鉴定方面的应用报道日益增多。

rRNA基因（rDNA ）是目前分子系统研究中普遍采用的分子标记基因之一，它是一种中等重复并有转录活性的家族。

核糖体RNA及其相邻的间隔区合称为rDNA [2]。

rDNA中存在着广泛的保守区域，可以用作引物的结合位点，它们的不同区域可反映物种不同的进化水平。

真核细胞rDNA有几十甚至数千个拷贝，其中2个内部转录间隔区ITS-1、ITS-2将18S、5.8S、28S分隔开；不同的选择压力作用于rDNA区域，造成单个重复单位序列不同的保守性。

每一部分都可以用作特殊的生物系统分析。

利用ITS序列鉴定真菌

利用ITS序列鉴定真菌一、实验目的1，了解利用ITS序列鉴定真菌的原理；2，掌握用ITS序列鉴定真菌的方法步骤二、实验原理菌物是真核生物的重要类别，传统的菌物分类以子实体形态特征和生理生化指标为分类基础，由于部分菌物的子实体不易获得，形态特征不易掌握，少数形态特征和生理生化指标随着环境的变化而不稳定，使传统的菌物鉴定工作困难或分类系统意见分歧。

内转录间隔区ITS，位于18S和5.8S rDNA（ITS1）之间以及5．8S和28S rDNA之间（ITS2），ITS1和ITS2常被合称为ITS，并且5.8S RNA基因也被包括在ITS之内。

近年来，利用真核生物在rDNA的ITS区段既具保守性又在科、属、种水平上均有特异性序列的特性，对ITS区进行PCR 扩增、测序。

随着核糖体rDNA ITS序列分析技术在菌物研究中的应用，一些分类地位不明确、亲缘关系不清楚的物种通过该技术得到了解决，一些重要的菌物遗传信息得到阐明。

三、实验材料仪器用具：恒温水浴锅，移液器，离心机，核酸蛋白分析仪，琼脂糖凝胶电泳系统，凝胶成像系统，PCR仪，离心管，微量移液器，枪头，一次性手套， PCR管 (0.2ml)；材料：金针菇试剂：1，基因组DNA提取试剂：氯仿-异戊醇(25︰1)；无水乙醇；蒸馏水；70%乙醇；TRIS饱和酚(pH 8.0) 提取液（Tris–HCl 1mol/L pH 8.0）2，特异性片段的PCR扩增试剂:MgCl2（25mM）；琼脂糖；DNA分子量标准物（100bp ladder）；10x缓冲液（Mg2＋free）；dNTP（10mM each）；Tag酶（5U/μL）；DNA模板；10μM引物：upper (31bp)；lower (30bp)3，ITS引物四、实验方法与步骤1，金针菇因组DNA的提取（TRIS 饱和酚一步法）。

⑴称取新鲜金针菇约0. 5 g ,置于洁净的小研钵中；⑵向研钵中直接加入1 ml TRIS饱和酚(pH值为8.0) 提取液,充分研磨至糊状；⑶用尖端剪除0. 5 cm的蓝色吸头将糊状物全部转移到2 ml的离心管中,充分振荡约1 min ,随即加入0. 5 ml的氯仿-异戊醇(25︰1) ,轻轻振荡混匀；⑷将离心管于4 ℃,12 000 r/ min 离心10 min ,吸取上清于新离心管中,每管加入2 倍体积的无水乙醇,冰上放置10 min ；⑸4℃，12000 r/ min离心10 min ,弃上清；⑹沉淀用70 %乙醇漂洗2 次,超净工作台中吹干后,加50μl的蒸馏水溶解, - 20 ℃保存备用。

基于ITS序列分析的外生菌根真菌的分子鉴定研究

摘要本实验是利用采自内蒙古贺兰山的外生菌根真菌子实体作为研究对象，通过常规CTAB法对该子实体进行基因组DNA提取，并利用真菌特有的引物ITS1F和ITS4对特异的DNA片段进行PCR扩增，将扩增产物在浓度为1%的琼脂糖凝胶中电泳进行检测，并在紫外透射反射分析仪下观察检测的结果，对于较好的扩增产物利用回收试剂盒进行纯化，后将纯化产物送由上海生工进行DNA测序，将测序所得到的序列输入GeneBank数据库中的局部相似性查询（Basic Local Alignment Search Tool,BLAST)程序进行比对，列出数据库中与所测得到的序列同源性较高的序列信息并进行分类鉴定，然后运用软件raxmlGUI进行系统发育树构建。

最终的研究结果显示该菌种属于报道的choiromyces helanshanensis。

关键词：外生菌根真菌；ITS序列；分子生物学；鉴定AbstractIn this experiment, an ectomycorrhizal fungi collected from Helan Mountain, Inner Mongolia, was used as the research object. The extraction of genomic DNA of the fruiting body of ectomycorrhizal fungi was carried out by the conventional CTAB method. The specific primers ITS1F and ITS4 were used to amplify the specific DNA sequences by PCR amplification. The amplified products were tested by electrophoresis with a 1% agarose molecular biology grade gel, and the results of the gel were observed under the ultraviolet transmission reflectance analyzer. The better amplification products were purified by using a recovery kit. Then, the purified products were sent to Shanghai Shenggong for DNA sequencing. The sequence obtained by sequencing was input into the Basic Local Alignment Search Tool(BLAST) program in the GeneBank database for comparsion. In the database, find out the sequences with higher homology with the sequencedsequences and perform the classification and identification. The phylogenetic tree was constructed by using the software raxmlGUI. The final results showed that the strain belongs to the reported Choiromyces helanshanensis in Helan Mountain, Inner Mongolia.Key words：ectomycorrhizal fungi; ITS sequence; molecular biology; identification目录引言 (1)1 材料与方法 (3)1.1 实验材料 (3)1.2 实验设备及药品 (3)1.2.1 试剂配方 (3)1.3 实验方法 (3)1.3.1 基因组DNA的提取 (3)1.3.2 rDNA ITS区段的PCR扩增 (4)1.3.3 PCR扩增产物的回收和纯化 (5)1.3.4 DNA测序分析 (5)2 结果与分析 (6)2.1 PCR产物的检测 (6)2.2 提纯效果的检测 (6)2.3 rDNA ITS序列的同源性分析 (7)2.4 raxmlGUI系统发育树分析 (9)3 结论与讨论 (10)参考文献 (11)致谢 (12)引言贺兰山坐落于宁夏回族自治区的西北部，是银川平原的原始屏障，也是三北防护林建设的重点地段[1]。

rDNA-ITS序列分析在植物病原真菌分类鉴定中的应用

ＡｂｔａｔＴｉｐｐｒｓｍｍａｉｅｔｅｒｓｒｃ：ｈｓａｅｕｒｓｈＤＮＡ－ＴｓｑｅｃａａｙｉｔｃｎｌｇｐｉｃｐｅｔｃｎｃｌｚＩＳｅｕｎｅｎｌｓｓｅｈｏｏｙｒｎｉｌ，ｅｈｉａ
析及病原腐霉的诊断和比较各种类的亲源关系上，例如对群结腐霉菌的鉴定．
３４其他分子生物学技术的应用聚合酶链式反应一链构象多态性分析（ＰＲｓｃ）．单Ｃ — ｓＰ是一种有较高开发潜力的技术，
目前在植物病原菌分类鉴定中用的还比较少．Ｃ — ＳＰＤＡ指纹技术以及ＤＡ直接测序法一样有简单快速的特点，ＰＲＳＣ和ＮＮ
ｕｉｕＴｏｈｍｍｒｗ的检测．
３３ＲＦＰ、．ＬＲＡＰ和ＡＦＰ在腐霉分子研究上的应用限际性长度多态性分析（ＲＬ）酶切的方法对ＤＡ进行序ＤＬＦＰ利用Ｎ
列多态性分析．在真菌的分类鉴定中，ＲＬ技术主要用于分析相似种间的亲源关系及种内变异性．ＦＰ例如采用ＰＲＲＬＣ — ＦＰ图
而且更加经济实用、敏度会更高，是对于处理大批量的样品时，Ｃ — ＳＰ比常规ＰＲ更有优势，只需要一对通用灵尤其ＰＲＳＣＣ引物就能够同时对多个腐霉种进行鉴定．对不同的腐霉菌株采用ｒＮ —Ｔ１Ｃ — ＳＰ析，同的腐霉种都有特例如ＤＡＩＳ的ＰＲＳＣ分不征ＳＣ条带，利用这一技术可将腐霉鉴定到种．ＳＰ线粒体ＤＡ（ＤＡ）ＮｍｔＮ用于腐霉进化和系统研究有一定的优势．例如采用不同种属的腐霉菌的细胞色素 Ⅱ（ＣＸ基因Ｏ Ⅱ）序列来研究腐霉属的系统发育关系；利用线粒体细胞色素氧化酶 Ⅱ基因及间隔区基因序列分析，把从形态特征上很难区别的菌株区分开．目前ｍＤＡ分析方法在腐霉的分子研究上应用还较少，将来通过技术革新，ｔＮ有希望在腐霉ＤＡ分析鉴定Ｎ

药用真菌金耳的rDNA ITS序列分析与鉴别

药用真菌金耳的rDNA ITS序列分析与鉴别
刘春卉;瞿伟菁;张雯;焦磊
【期刊名称】《天然产物研究与开发》
【年(卷),期】2007(19)2
【摘要】研究了两个居群的金耳Tremella aurantialba以及近似品的rDNA ITS 区碱基全序列的特征及其差异,首次报道了金耳的ITS和5.8SrDNA完整序列,序列总长度为467～468,长度变异较少.聚类分析表明两个居群金耳亲缘关系非常密切,金耳药材和近似品金黄银耳形成一个稳定的独立分支,近似品黄金银耳形成另一个分支.ITS序列的差异为金耳的鉴别提供了可靠的分子标记,为金耳菌类药材基原入药建立了遗传基础.
【总页数】5页(P216-220)
【作者】刘春卉;瞿伟菁;张雯;焦磊
【作者单位】华东师范大学生命科学学院,上海,200062;华东师范大学生命科学学院,上海,200062;华东师范大学生命科学学院,上海,200062;华东师范大学生命科学学院,上海,200062
【正文语种】中文
【中图分类】R284.5
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名贵真菌——金耳

名贵真菌——金耳
李荣春
【期刊名称】《致富天地》
【年(卷),期】2006(000)008
【摘要】金耳亦称黄木耳（云南），金耳子实体中等，呈脑状或瓣裂状。

新鲜时
金黄色或橙黄色，干后坚硬。

浸泡后可复原状。

金耳自然分布于西藏、四川、甘肃、山西、云南等省，是中国特有菌种，其中云南分布最广，自然产量最高。

在云南主要分布于横断山脉地区及金沙江、澜沧江流域的中甸、丽江、维西、德钦、永胜、大理、景东等县市。

在云南产区主要分布在针阔混交林内。

【总页数】1页(P36)
【作者】李荣春
【作者单位】云南农业大学食用菌研究所,650201
【正文语种】中文
【中图分类】S646.9
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rDNA-ITS序列分析法与传统分类法相结合在真菌鉴定中的应用

rDNA-ITS序列分析法与传统分类法相结合在真菌鉴定中的应用朱洪庆;王盼盼;张萌;陈嘉慧;丁祥【摘要】采集了四川马尔康地区3种真菌,根据其形态学特征结合卯晓岚的《中国大型真菌》图谱,初步确定其疑似为黄菇、松乳菇、红菇3个种.为提高鉴定的准确性,通过构建基因池;用特异性引物进行PCR扩增,并对扩增产物进行测序;将测得的实验样品的序列在GeneBank中进行BLAST比对;并与相似性较高的已知的种,利用DNA-MAN、Clustalx1.83和MEGA5.0软件采用N-J法构建进化树,探寻他们与已知物种的相关关系.结果表明,三种疑似菌株扩增出的目的条带为500-750bp,J1、J2、J3号菌株分别与臭黄菇、松乳菇、红菇的序列相似度最高.并利用序列的相似性做出了它们各自的进化树.最终得出结论:J1号菌株为臭黄菇(Russula foetens),J2号菌株为松乳菇(Lactarius deliciosus),J3号菌株为红菇(Russula.).利用rDNA-ITS序列分析法和形态学分类法相结合的方法鉴定菌种,不仅丰富了三种真菌的基因库,而且也克服了单纯的rDNA-ITS序列分析法因受基因库的完善程度、高度相似性序列的多少以及具体物种ITS区的可变程度等限制而不能鉴定出所有真菌的缺点,提高了真菌分类鉴定中一些模糊性状的区分度.【期刊名称】《西华师范大学学报（自然科学版）》【年(卷),期】2016(037)003【总页数】6页(P264-269)【关键词】真菌;鉴定;rDNA;ITS;PCR;测序【作者】朱洪庆;王盼盼;张萌;陈嘉慧;丁祥【作者单位】西华师范大学生命科学学院,四川南充637009;西华师范大学西南野生动植物资源保护教育部重点实验室,四川南充637009;西华师范大学生命科学学院,四川南充637009;西华师范大学西南野生动植物资源保护教育部重点实验室,四川南充637009;西华师范大学生命科学学院,四川南充637009;西华师范大学西南野生动植物资源保护教育部重点实验室,四川南充637009;西华师范大学生命科学学院,四川南充637009;西华师范大学西南野生动植物资源保护教育部重点实验室,四川南充637009;西华师范大学生命科学学院,四川南充637009;西华师范大学西南野生动植物资源保护教育部重点实验室,四川南充637009【正文语种】中文【中图分类】Q939.5传统的真菌鉴定方法主要通过培养后观察菌落形态和显微特征，或辅以生理、生化、营养实验来鉴定。

rDNAITS序列分析在真菌鉴定中的应用

rDNAITS序列分析在真菌鉴定中的应用一、本文概述随着分子生物学技术的飞速发展，真菌鉴定方法也在不断革新。

其中，rDNTS序列分析作为一种高效、准确的鉴定手段，已经在真菌分类和系统发育研究中发挥了重要作用。

本文旨在探讨rDNTS序列分析在真菌鉴定中的应用，以期为该领域的研究提供有益的参考。

本文将首先介绍rDNTS序列的基本概念和特点，阐述其在真菌鉴定中的优势。

随后，将综述rDNTS序列分析在真菌鉴定中的应用现状，包括其在不同真菌类群鉴定中的应用案例、鉴定流程的优化以及数据分析方法的发展。

本文还将讨论rDNTS序列分析在真菌鉴定中存在的挑战与前景，如序列多态性、种间界限模糊等问题，并展望其未来的发展方向。

通过本文的阐述，读者可以全面了解rDNTS序列分析在真菌鉴定中的应用价值，掌握其基本原理和方法，为该领域的研究提供有益的参考和指导。

二、rDNAITS序列的基本结构和特点rDNA ITS序列，即核糖体DNA内部转录间隔区序列，是真核生物核糖体DNA中的一个重要区域。

该区域位于18S、8S和28S rDNA之间，由ITS8S rDNA和ITS2三部分组成。

其中，ITS1和ITS2是非编码区，序列长度在不同物种间存在显著差异，具有较高的可变性和种属特异性。

8S rDNA则是一段保守性较高的编码区，常用于序列的比对和定位。

高度多态性：ITS序列在种间和种内均表现出高度的多态性，这使得其成为真菌鉴定中非常重要的分子标记。

易于扩增：由于ITS序列的长度适中，且存在多个适合PCR扩增的保守区域，因此可以方便地从真菌基因组中扩增得到。

种属特异性：ITS序列的种属特异性使其在真菌鉴定中具有很高的分辨率。

通过比较不同物种的ITS序列，可以有效地鉴定到种或亚种水平。

进化速率适中：ITS序列的进化速率适中，既不过快也不过慢，这使得其既可以用于近缘物种的鉴定，也可以用于较远缘物种间的系统发育分析。

因此，rDNA ITS序列分析在真菌鉴定中具有重要的应用价值。

利用ITS序列鉴定真菌

利⽤ITS序列鉴定真菌利⽤ITS序列鉴定真菌摘要：采⽤蘑菇提取的DNA及琼脂糖凝胶电泳检测，以ITS1和ITS2为引物构成的PCR反应体系对⽬的DNA⽚段（ITS1区）进⾏扩增，经琼脂糖凝胶电泳检测后进⾏分析照相，测序。

随着核糖体Rdna ITS序列分析技术在菌物研究中的应⽤，⼀些分类地位不明确、亲缘关系不清楚的物种通过该技术得到了解决，⼀些重要的菌物遗传信息的到阐明。

关键词：ITS序列酵母菌 PCR 菌种鉴定1 材料与⽅法1.1材料与试剂：真菌组织（蘑菇）、菌丝体或孢⼦、氯仿-异戊醇（24：1）：现配现⽤。

70%⼄醇：⽤95%⼄醇配制，现配现⽤。

10×TAE溶液：1L溶液中含Tris1.2114g，EDTA29.22g，⽤HCl调pH⾄8.0。

1%琼脂糖凝胶：取1g琼脂糖溶于100ml1×TAE溶液中，微波炉加热⾄沸腾三次，CTAB 溶液、异丙醇，双蒸⽔，3MNaAc，PH5.2 20ug/RNaseA，特异性⽚段PCR扩增，ITS引物（F:CCGTAGGTGAACCTGCGG,R:TCCTCCGCTTATTGATATGC）。

1.2主要仪器与设备表⼀实验中使⽤的主要仪器仪器名称型号产地⽴式⾃控⾼压蒸汽灭菌器LDZX-40SSI 上海申安医疗器械⼚数显HH-4 国华电器有限公司电泳仪DYY-12 北京市六⼀仪器⼚制冰机AF200PSC50R ΜSA⽣物安全柜HFsafe 1200/C 上海⼒申科学仪器有限公司电冰箱BCD-219D 青岛海尔股份有限公司Sigma⾼速离⼼机3K30 Germany电⼦精密天平HR-200 上海精科天平酸度计DELTA302 上海电⼦可调电炉101RF-3 天津市泰斯特仪器有限公司双层恒温振荡器THZ-9511K 太仓市实验设备⼚紫外分析仪WD-9403C 北京市六⼀仪器⼚台式常温⾼速离⼼机Centrifuge 5415D Germany恒温⽔浴锅多型号Germany⽣化培养箱LRH-250 上海⼀恒科技有限公司基因扩增仪Palm-Cyeler Aµstralia电泳槽DYCZ-24A 北京六⼀仪器⼚1.3实验⽅法：真菌基因组DNA的提取（1）CTAB溶液在65℃⽔浴中预热（使⽤前加⼊1％巯基⼄醇），取适量（2）取适量蘑菇置于研钵中，加⼊液氮，⽤⼩杵磨制粉状，研磨期间及时添加液氮防⽌⾼温氧化。

4种乳菇属真菌的形态学与rDNA-ITS鉴定

4种乳菇属真菌的形态学与rDNA-ITS鉴定作者：田慧敏李江来源：《中国瓜菜》2024年第01期摘要：为明确内蒙古赤峰地区常见有毒乳菇种类，准确、快速地识别有毒乳菇，将采集的4个乳菇属Lactarius真菌标本采用传统形态学分类方法进行鉴定，同时提取子实体DNA，使用真菌通用引物ITS1/ITS4进行PCR扩增，用Blast对扩增产物纯化测序所得的序列进行比对，采用MEGA5.1软件构建系统发育树确定属和种。

结果表明，2种方法鉴定结果一致，标本CFSZ10167为毛头乳菇[Lactarius torminosus （Schaeff.）Pers.]，标本CFSZ10216为绒边乳菇[Lactarius pubescens（Fr. ex Kronbh.）Fr.]，标本CFSZ13021为灰褐乳菇[Lactarius pyrogalus （Bull.）Fr.]，3种均为胃肠炎型毒菌，CFSZ10044为皱乳菇（Lactarius ruginosus Romagn），为中国新记录种，主要特点是菌盖棕褐色、浅褐色，有绒质感，盖缘呈齿状，孢子球形具小刺，食毒不明。

对4个种的形态学特征进行了详细描述，并附有生境图片和显微图像，研究结果为乳菇属物种鉴定和资源分布提供了重要补充，并为常见毒菌识别提供了理论依据。

关键词：乳菇属；毒菌；形态学；rDNA-ITS测序鉴定；系统发育树中图分类号：Q939.5 文献标志码：A 文章编号：1673-2871（2024）01-056-08Morphologal and rDNA-ITS identification of four fungi in LactariusTIAN Huimin， LI Jiang（College of Chemical and Life Science， Chifeng University， Chifeng 024000， Inner Mongolia， China ）Abstract： Four unkown poisonous mushrooms of Lactarius from the city of Chifeng in Inner Mongolia were collected and identified by morphology classification to identify the genera and species， the fungal DNA were extracted from the fruiting bodies， amplified by PCR using fungal universal primers ITS1/ITS4， the sequences obtained from purification and sequencing of amplification products were compared by blast， a phylogenetic tree was constructed usingMEGA5.1 software to identify the genera and species as auxiliary mean. The results of the two methods are consistent， Specimen CFSZ 10167， CFSZ10216 and CFSZ13021 are Lactarius torminosus（Schaeff.） Pers.， Lactarius pubescens（Fr. Ex Kronbh.）Fr. and Lactarius pyrogalus （Bull.） Fr. respectively， which are all gastroenteritis poisonous mushrooms， CFSZ10044 is Lactarius ruginosus Romagn， new to China. The main features include that the cap is tan or light brown， with a velvety texture and toothed margin， the spores are spherical with small spines，edible or poisonous unkown. The morphological characteristics of the four species were described in detail， and the habitat picture and micrograph were attached， and the result provided an important supplement to the species identification and resource distribution of Lactarius and a theoretical basis for the identification of common poisonous fungus.Key words： Species of Lactarius; Poisonous fungi; Morphology; rDNA-ITS sequencing; Phylogenetic tree毒菌亦稱毒蕈、毒蘑菇，是指大型真菌的子实体食用后对人或畜禽产生中毒反应的物种，绝大部分属于伞菌，少部分为子囊菌[1]。

rDNA-ITS序列分析鉴定1例念珠菌性甲真菌病病原

rDNA-ITS序列分析鉴定1例念珠菌性甲真菌病病原燕勇;朱心强;朱武通;沈志英;王恒辉;陈黎霞【期刊名称】《临床检验杂志》【年(卷),期】2009(27)5【摘要】目的探讨基于核糖体RNA基因(即rDNA)内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)多态性的序列分析方法(rD-NA-ITS序列分析)在真菌鉴定中的应用.方法通过PCR扩增与测序的方法测得待检菌株的rDNA-ITS序列,从gene bank获取相似序列,使用BLAST和DNAMAN工具对rDNA-ITS序列进行比对分析,并结合形态学方法进行鉴定.结果该菌株可被准确地鉴定为Candida metapsilosis(原名为近平滑假丝酵母Ⅲ组),与Candida metapsilosis L7685株具有高度同源性(Homology98.6%,Max ident 98%).结论 rDNA-ITS序列分析用于真菌鉴定更客观、省时、简便、快速,但也存在一定的应用限制,宜与传统的形态学鉴定方法结合用于真菌鉴定.【总页数】3页(P373-375)【作者】燕勇;朱心强;朱武通;沈志英;王恒辉;陈黎霞【作者单位】浙江大学医学院营养与食品安全研究所,杭州,310058;浙江大学医学院营养与食品安全研究所,杭州,310058;嘉兴市疾病预防控制中心,浙江嘉兴,314050;嘉兴市疾病预防控制中心,浙江嘉兴,314050;嘉兴市疾病预防控制中心,浙江嘉兴,314050;嘉兴市疾病预防控制中心,浙江嘉兴,314050【正文语种】中文【中图分类】R446.5【相关文献】1.云南蓝莓枝干溃疡病病原菌鉴定及rDNA-ITS序列分析 [J], 余磊;唐旭兵;赵建荣;RARISARA Impaprasert;徐胜光;吴旭;孔垂思2.云南巴西木新炭疽病病原菌的鉴定及rDNA-ITS序列分析 [J], 吴丽芳;杨海艳;魏晓梅3.中国红麻炭疽病病原菌的分离鉴定及rDNA-ITS序列分析 [J], 刘晓倩;祁建民;陈玉森;陈绵才;陈美霞;刘伟;方平平;林荔辉;陶爱芬4.rDNA-ITS序列分析在植物病原真菌分类鉴定中的应用 [J], 李依韦;银玲5.基于rDNA-ITS和组蛋白3基因序列分析鉴定新疆棉花叶斑病病原 [J], 李映程;张国丽;任毓忠;李海强;武刚;李天义;李国英;张莉因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

its序列在真菌鉴定中的作用

its序列在真菌鉴定中的作用在真菌的世界里，ITS序列可是个明星哦！你可能在想，ITS是什么鬼？简单来说，ITS就是“内部转录间隔区”的缩写，听起来有点拗口，但其实它在真菌鉴定中简直是无可替代的好帮手。

想象一下，我们身边那些五颜六色、形状各异的蘑菇，如果没有这个小小的序列，它们就像失去了身份证，谁知道它们是谁呢？在这片神秘的领域，ITS序列就像真菌的身份证明，帮助科学家们快速识别出各种真菌。

你可能会问，这ITS序列到底有什么厉害之处？就拿真菌的分类来说吧，真菌的种类多得让人眼花缭乱，有些长得像个小伞，有些则像块奇形怪状的橡皮泥。

没有这个序列，真菌的鉴定就像是在大海捞针，简直不知从何下手。

科学家们通过分析ITS序列，可以迅速了解真菌的种类，甚至了解它们的进化关系。

这就像翻开一本神秘的书，一下子就能读懂真菌的家谱，真是太酷了！有些朋友可能会觉得，识别真菌不就是看看它们的外形吗？其实不然。

真菌的外形变化多端，有些长得真是让人捉摸不透。

你在公园里看到的一些蘑菇，可能在不同的环境下长出完全不同的样子，真是千变万化。

这时候，ITS序列就派上用场了，科学家们不再依赖那些模糊的外形特征，而是通过基因序列来给真菌下定义。

你看，科技的力量就是这么神奇。

在科研的舞台上，ITS序列可不止是个“身份证”，它还帮助我们发现新的真菌种类呢！就像挖宝一样，科学家们通过采集不同地方的真菌样本，分析它们的ITS序列，结果往往会惊喜连连，有时候能找到全新的真菌种类。

这就像玩“寻宝游戏”，每一份样本都可能藏着一个全新的秘密，让人充满期待。

ITS序列还不仅限于学术研究哦。

在农业、环境监测等领域，它的用武之地也不少。

比如说，在农田里，真菌的种类和数量直接影响作物的生长。

有些真菌可能是农作物的好帮手，帮助植物吸收养分；而有些真菌则是个害虫，反而会影响作物的健康。

这时候，通过ITS序列的分析，农民们可以及时识别出有益和有害的真菌，从而采取针对性的措施，简直是“药到病除”！当然了，ITS序列的应用不仅仅局限于地面上的真菌。