表达谱芯片在医学中的应用

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表达谱芯片对EB病毒诱导甲基化沉默基因的筛选

第４８卷第４期２０１２年８月
青岛大学医学院学报
ＡＣＴＡＡＣＡＤＥＭＩＡＥＭＥＤＩＣＩＮＡＥＱＩＮＧＤＡＯＵＮＩＶＥＲＳＩＴＡＴＩＳ
Ｖｏｌ．４８，Ｎｏ．４０１２Ａｕｕｓｔ２ｇ
：ＡＭＥＴＨＹＬＡＴＩＯＮＳＩＬＥＮＣＥＥＢＶＩＮＤＵＣＥＤＧＥＮＥＳＧＥＮＯＭＥＷＩＤＥＳＵＲＶＥＹＢＹＧＥＮＥＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮＭＩＣＲＯＡＲＲＡＹ－，ＷＡＮＧＪｉｎＬＩＵＸｉａ，ＨＡＮＭｅｉａｎ，ＷＵＧｕｏｃａｉ，ＷＡＮＧＹｕｎ，ＬＵＯＢｉｎＤｅａｒｔｍｅｎｔｏｆＭｉｃｒｏｂｉｏｌｏＱｉｎｄａｏＵｎｉｖｅｒｓｉ－ｐｇｙｇｇ，ｙｇ（，Ｑ）ｔＭｅｄｉｃａｌＣｏｌｌｅｅｉｎｄａｏ２６６０２１，Ｃｈｉｎａｙｇｇ［］ＡＢＳＴＲＡＣＴｂｅｃｔｉｖｅＴｏｓｃｒｅｅｎＥＢＶｉｎｄｕｃｅｄｓｉｌｅｎｃｅｉｎＥＢＶａｓｓｏｃｉａｔｅｄｃａｒｃｉｎｏｍａａｎｄｆｉｎｄｔｈｅｍｅｃｈａｎｉｓｍｅｎｅｓａｓｔｒｉｃＯ－－ｇｇｊ，ＥｏｆＥＢＶｔｕｍｏｒｅｔｈｏｄｓＢｅｍｌｏｉｎＡｉｌｅｎｔＨｕｍａｎＷｈｏｌｅＧｅｎｏｍｅＥｘｒｅｓｓｉｏｎＰｒｏｆｉｌｉｎ４×４４Ｋ）ｃｈｉｓＢＶ－ｅｎｅｓｉｓ．Ｍｙｐｙｇｇｐｇ（ｐｇ，，ａｎｄ－ｎｅａｔｉｖｅｃａｒｃｉｎｏｍａｃｅｌｌｌｉｎｅｓｂｅｆｏｒｅａｎｄａｆｔｅｒｔｒｅａｔｍｅｎｔｏｆＡｚａｗｅｒｅｄｅｔｅｃｔｅｄ．ＴｈｅｒｅｓｕｌｔｓｗｅｒｅｖａｌｉｄａｔｅｄｂｏｓｉｔｉｖｅａｓｔｒｉｃｇｙｐｇｒｅａｌｔｉｍｅｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔＰＣＲａｎｄＢＧＳ．Ｒｅｓｕｌｔｓｈｅｒｅｗｅｒｅ６８ｃｏｍｍｏｎｉｎＥＢＶ－ｃｅｌｌｌｉｎｅｓｂｅｆｏｒｅｖｅｒｓｕｓｕａｎｔｉｔａｔｉｏｎｅｎｅｓｏｓｉｔｉｖｅ－Ｔｑｇｐ，ｗａｆｔｅｒＡｚａｔｒｅａｔｍｅｎｔｗｉｔｈＥＢＶ＋ｖｅｒｓｕｓＥＢＶ－ｃｅｌｌｌｉｎｅｓｈｉｃｈｗｅｒｅＥＢＶｒｅｌａｔｅｄｍｅｔｈｌａｔｉｏｎｓｉｌｅｎｃｅｓｅｃｉｆｉｃｏｆｃａｎｅｎｅｓａｓｔｒｉｃ－－ｙｐｇｇ，ｅｎｅｓｃｅｒ．Ａｔｔｈｅｆｏｌｄｃｈａｎｅｏｆ１．５ａｎｄ２．０，１９ａｎｄ３ｇｅｎｅｓｗｅｒｅｄｅｔｅｃｔｅｄｒｅｓｅｃｔｉｖｅｌ．ＴｈｅＰＣＲａｎｄＢＧＳｒｅｖｅａｌｅｄｔｈａｔｔｈｅｇｇｐｙ，ｏｓｉｔｉｖｅａｓｔｒｉｃｉｎＥＢＶ－ｃａｎｃｅｒｃｅｌｌｓｗｅｒｅｌｏｗｌｅｘｒｅｓｓｅｄａｎｄｈｉｈｌｍｅｔｈｌａｔｅｄ．ＣｏｎｃｌｕｓｉｏｎＴｈｅｓｅｌｅｃｔｉｏｎａｎｄｉｄｅｎｔｉｓｃｒｅｅｎｅｄ－ｐｇｙｐｇｙｙｆｉｃａｔｉｏｎｏｆｓｉｌｅｎｔａＶ－ｏｓｉｔｉｖｅｅｎｅｍｅｔｈｌａｔｉｏｎｉｓｏｆｉｍｏｒｔａｎｃｅｉｎｉｄｅｎｔｉｆｉｎｔｈｅａｔｈｏｅｎｅｓｉｓｏｆｔｕｍｏｒｓ．－ｇｐｇｙｐｙｇｐｇ［］；ｍ；，；ｅｎｅｓＫＥＹＷＯＲＤＳｅｒｅｓｖｉｒｕｓ４，ｈｕｍａｎｅｔｈｌａｔｉｏｎｔｕｍｏｒｓｕｒｅｓｓｏｒｏｌｉｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅａｒｒａｓｅｕｅｎｃｅａｎａｌｓｉｓｈｇｐｙｐｐｇｙｑｙ

基因表达谱芯片技术在帕金森病研究中的应用进展

体对黑质神经元损伤后的延迟反应［３］。ＭＰＴＰ处理后黑质和纹状体最重要的基因改变包括神经元突触、细胞骨架，粘附分子以及神经递质相关基因，以及与泛素蛋白酶体系统、细胞周期凋节因子和氧化应激反应相关的基因；在黑质中线粒体相关基因和胶质细胞炎症反应基因也发生改变。除ＭＰＴＰ模型外，６一羟基多巴胺（６－ＯＨＤＡ）对黑质多巴胺能神经元亦具有选择性
２不同病程的ＰＤ模型基因表达差异分析基因表达谱芯片技术最大的优势在于对不同的模型、疾病
万方数据
１４６
Ｃｈｉｎｅｓｅ
ＪｏｕｒｎａｌｏｆＲｅｈａｂｉｌｉｔａｔｉｏｎ．Ａｐｒｉｌ２０１０。Ｖ０１．２５
Ｎｏ．２
的不同阶段、不同脑区的基因表达差异进行系统性分析。神经变性模型、转基因模型和ＰＤ患者的基因表达谱芯片研究能够拓展研究者对该病的认识，能够有效比较疾病早期和晚期受累
究时必需注意到这些因素的干扰。
是纹状体多巴胺水平降低的代偿效应，该研究提示另外一种动
基金项目：’国家自然科学基金资助项目（３０３００１１４）收稿日期：２００９—０７—２２作者单位：１．襄樊市中心医院神经科，湖北襄樊４４１０２１；２．华中科技大学同济医学院附属协和医院神经科，武汉４３００２２作者简介：徐芳（１９７９一），女，硕士，主要从事帕金森病的相关研究。
毒性作用，可以导致纹状体几乎所有的多巴胺丢失［““，６－ＯＨ—
完美的动物模型能够复制人类ＰＤ的所有特征。现在已经进行
有几项ＰＤ尸检标本的基因表达谱芯片研究［１””Ｊ。与ＭＰＴＰ
小鼠模型相似，在尸检标本中也发现突触基因、线粒体相关基因、氧化应激和泛素蛋白酶体功能相关基因表达的改变。尤其是分子伴侣、蛋白降解系统等表达降低，导致多巴胺神经元内
ａｐｏｐｔｏｓｉｓ

cma基因芯片

cma基因芯片摘要：1.CMA基因芯片的概述2.CMA基因芯片的应用领域3.CMA基因芯片的技术优势4.我国在CMA基因芯片研究的发展现状5.CMA基因芯片的未来发展趋势正文：随着生物科技的发展，基因芯片技术逐渐崭露头角，其中CMA （Chromosome Microarray Analysis）基因芯片备受瞩目。

本文将介绍CMA基因芯片的概述、应用领域、技术优势，以及我国在该领域的研究现状和未来发展。

一、CMA基因芯片的概述CMA基因芯片，又称染色体微阵列分析，是一种高通量、高灵敏度的基因检测技术。

通过检测基因组DNA序列的拷贝数变异（CNV）和基因表达水平，CMA基因芯片在遗传病、肿瘤等疾病的诊断、研究及治疗中具有重要价值。

二、CMA基因芯片的应用领域1.遗传病诊断：CMA基因芯片可检测染色体非整倍体、微缺失、微重复等遗传病，提高诊断的准确性和效率。

2.肿瘤基因诊断：通过检测肿瘤相关基因的拷贝数变异和表达差异，有助于肿瘤的早期发现、分型和预后评估。

3.基因表达谱分析：研究生物体内基因的表达模式和调控关系，为功能基因组学研究提供有力支持。

4.农业育种：CMA基因芯片可用于品种选育、遗传资源评价和分子育种等领域。

三、CMA基因芯片的技术优势1.高度集成：一块CMA基因芯片可同时检测多种指标，实现多维度分析。

2.分辨率高：CMA基因芯片的分辨率可达单个碱基级别，提高检测的准确性。

3.样本需求低：CMA基因芯片采用荧光定量PCR技术，对样本需求较低，适用于各类生物样本。

4.数据分析便捷：CMA基因芯片的数据分析软件成熟，便于实验结果的解读和应用。

四、我国在CMA基因芯片研究的发展现状近年来，我国CMA基因芯片研究取得了世界领先的成果，不仅在技术研发上不断突破，还广泛应用于临床诊断、基础研究等领域。

我国已有多家企业研发出具有自主知识产权的CMA基因芯片产品，并逐步实现产业化。

五、CMA基因芯片的未来发展趋势1.芯片技术的优化：进一步提高芯片的分辨率、灵敏度和检测效率，降低成本。

基因芯片技术在心脏外科的应用

要是晚期心衰表达谱的鉴别，非表达谱病因学的鉴别。之，而总该实
验成为鉴别正常和异常心功能表达谱的公认的里程碑。３在心肌保护方面的应用国外有研究表明用基因芯片研究鼠经典心肌缺血预处理（ｃｅｃｐｅｏｄｔｎｎ，Ｃ的基因表达谱。ＩｈｍｉｒｃｎｉｏｉｇＩ）ｓｉＰ相对于无ＩＣ的心Ｐ
肌，经典ＩＣ后缺血再灌注心肌有３个基因发生了变化这些基因Ｐ１
玻璃片或其他载体上构成的，用作基因表达分析。核苷酸芯片是可寡将寡核苷酸探针按矩阵方式固定在玻璃片或其他载体上构成的，主要
用于ＤＮＡ测序、基因突变及多态性变化的分析。在这个过程中，基因芯片如同一面超高倍率放大镜，映射出被测患者基因结构与正常人基因结构上的细微差异，从而诊断出疾病。同时，它还具有操作简便，信息综合处理能力强，结果可靠和仪器配套齐全等优势，因而在医学领域备受青睐，如可利用该技术对疾病的异常表达基因进行检测，可用于遗传性疾病及肿瘤的诊断与治疗，及致病微生物的检测。基因芯片技术以其高通量、高效率、大规模的独特优势，也为心血管外科的各类疾病的研究提供了强有力的系统研究
本文着重阐述了基因芯片技术在先天性心脏病研究慢性心衰、肌保护及心脏移植排斥反应四方面的应用。心【关键词】基因芯片寡核苷酸芯片ｃＤＮＡ芯片

组织芯片技术原理及应用

组织芯片技术原理及应用一、组织芯片技术基本原理组织芯片技术又称为组织微阵列技术，是近年来基因芯片技术的发展和延伸，属于一种特殊芯片技术，具有体积小、信息含量高、可根据不同的需要进行组合和设计的特点，一次性实验即可获大量结果。

将数百个乃至数千个不同来源的组织粘贴到同一张固相载体如玻璃片或硅片上，形成组织微阵列。

组织芯片技术可以迅速测试临床标本组织，和其他技术联合应用能够迅速筛选新的基因分子并评估其生物学作用，进一步在大批量样本中证实这种作用，有助于建立与诊断、治疗和预后相关的各种参数，从而构成完整的基因检测体系。

这对人类基因组学的研究与发展，尤其对基因和蛋白质与疾病关系的研究、疾病相关基因的验证、新药开发与筛选、疾病的分子诊断、治疗过程的追踪和预后等方面具有实际意义和广阔的应用前景；在形态学教学工作中亦具有十分重要的实用价值。

二、组织芯片在医学领域中的应用（一）组织芯片在肿瘤研究的应用1.组织芯片在肿瘤诊断中的应用目前大多数肿瘤诊断是依靠形态学的改变来确定的。

但是，肿瘤可能还未发生形态学的改变或其改变不具有特征性，如何早期发现肿瘤并进行诊断，是医学研究的重点。

在寻找肿瘤诊断标志物时，可将肿瘤和正常组织放在同一芯片上进行比较。

2.组织芯片在肿瘤分类中的应用不同分类的肿瘤由于其组织学类型和肿瘤细胞功能状态及其特异性受体的不同，治疗方案、疗效及预后均不同。

这种以组织芯片技术和免疫组织化学表达谱为基础的分子生物学分类系统为肿瘤分类开辟一个新的途径。

3.组织芯片在肿瘤的浸润转移研究中的应用肿瘤浸润转移是一个多步骤、多基因调控的复杂过程，其具体分子机制不清。

肿瘤的浸润转移与肿瘤的治疗及预后密切相关。

应用组织芯片技术可研究特异性蛋白质在肿瘤浸润转移部位的不同表达水平，从而揭示肿瘤浸润转移与相关蛋白质标志物的关系。

4.组织芯片在肿瘤临床治疗研究中的指导作用应用组织芯片技术对肿瘤治疗中的各种蛋白质表达差异进行检测可提示治疗效果。

MicroRNA在肿瘤分子诊断中的应用

MicroRNA在肿瘤分⼦诊断中的应⽤MicroRNA 在肿瘤分⼦诊断中的应⽤欧志英　夏慧敏[摘　要]　MicroRNA （miRNA ）在⼤多真核⽣物中表达，通过抑制翻译或诱导靶mRNA 降解。

miRNA 是⼀种新的转录后基因表达调控模式，在复杂疾病形成过程中发挥着重要作⽤，调节了多种⽣物学过程，包括⽣长发育、信号转导、免疫调节、细胞凋亡、增殖及肿瘤发⽣等。

越来越多的证据表明异常表达的miRNA 是⼈类疾病的标志，包括肿瘤。

差异表达的miRNA 可能作为疾病早期诊断、分⼦分型及预后判断的指标，同时也可能成为多种肿瘤耐药新的治疗靶标。

因此，miRNA 在肿瘤中可能作为诊断、预测和治疗的⽣物标志。

[关键词]　肿瘤；MicroRNA （miRNA ）；分⼦诊断；治疗；预测；⽣物标志物Application of microRNA in cancer molecular diagnosisOU Zhiying ，XIA Huimin(Molecular Biology Lab, Guangzhou Women and Children's Medical Center, Guangdong, Guangzhou 510623, China) [ABSTRACT]　MicroRNA (miRNA) is a new mode of post-transcriptional regulation of gene expression. It is expressed in most of the eukaryotes, which can inhibit translation or induce target mRNA degradation. miRNA plays an important role in the formation of complex diseases and regulates a variety of biological processes, including growth and development, signal transduction, immune regulation, apoptosis, proliferation and tumor genesis and so on. More and more evidences show that the abnormal expression of miRNA is a sign of human diseases, including cancer. Differentially expressed miRNA may be used as the indicators of early diagnosis, molecular typing and prognosis. It may also be a variety of tumor-resistant new therapeutic targets. Therefore, miRNA may be used as cancer biomarkers for diagnosis, prediction and treatment.[KEY WORDS]　Tumor ；MicroRNA(miRNA)；Molecular diagnosis ；Therapy ；Prediction ；Biomarker基⾦项⽬：⼴东省⾃然科学基⾦(20121054)；⼴州市重⼤民⽣科技专项(2010U1-E00741)作者单位：⼴州市妇⼥⼉童医疗中⼼分⼦⽣物学实验室，⼴东，⼴州 510623通讯作者：欧志英，E-mail: ouzhiying@/doc/5e6817334.htmlmiRNA 作为⼀类重要的参与基因表达调控的分⼦，代表了⼀种新的基因表达调控模式，它在细胞中调节约30%的蛋⽩编码基因，在致病过程中起着重要作⽤。

采用cDNA芯片对人胃腺癌凋亡相关基因表达谱的研究

ａｓｇａｓｔｉｒｃｃａｎｃｅｒ）ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔａｎｄｐｏｇｒｒｅｓｓｉｏｎ．Ｉｔｉｓｎｅｃｅｓｓａｒｙｔｏｓｃｒｅｅｎａｐｏｐｔｏｓｉｓｇｅｎｅｓｒｅｌａｔｅｄｔｏｇａｓｔｉｒｃｃａｎｃｅｒ、Ａｉｍｓ：
Ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇａｕｔｈｏｒ：ＧＡＯＨｅｎｇｊｕｎ，ＮａｔｉｏｎａｌＥｎｇｉｎｅｅｉｒｎｇＣｅｎｔｅｒｆｏｒＢｉｏｃｈｉｐａｔＳｈａｎｇｈａｉ，Ｅｍａｉｌ：
维普资讯
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４５６・
ＣｈｉｎＪＧａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ，２０ｏ７．Ｖｏ１．１２．Ｎｏ．８
采用ｃＤＮＡ芯片对人胃腺癌凋亡相关基因表达谱的研究
汤晓怀王亚东钱南萍侯俊民朱家沂胡莺ｚ胡远皆２郜恒骏ｚ
Ｔｏｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｅｔｈｅｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｐｏｆｒｉｌｅｓｏｆａｐｏｐｔｏｓｉｓｒｅｌａｔｅｄｔｏｇａｓｔｉｃｒｃａｎｃｅｒ．Ｍｅ￣ｏｄｓ：ｃＤＮＡｍｉｃｏａｒｒａｙｒｅｌｅｖａｎｔｔｏｈｕｍａｎａｐｏｐｔｏｓｉｓｗａｓｕｓｅｄｔｏｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｅａｎｄｃｏｍｐａｒｅｔｈｅｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｐｏｆｒｉｌｅｓｏｆｇａｓｔｉｒｃａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａａｎｄｔｈｅｐａｒａｃａｎｃｅｏｕｒｓｔｉｓｓｕｅ．ＩＧＦＢＰ４ｇｅｎｅｗａｓｓｅｌｅｃｔｅｄｔｏｖａｌｉｄａｔｅｔｈｅｔｅｓｔｉｎｇｏｆｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｂｙｃｏｍｐａｉｎｒｇｔｈｅｒｅｓｕｌｔｓｏｆ

基因表达谱芯片技术进展及其在中药网络药理学研究中的应用

需信息量大，传统的分子生物学技术已难以达到研究需要。全转录组表达谱芯片通过对基因表达进行高通量检测和分
析，为中药复杂体系的作用机制研究提供重要术支持。文章介绍了基因芯片技术在网络药理学的最新应用进展，以白
脉散有效成分组研究为例，介绍了表达谱芯片技术的基本应用方法，分析了表达谱芯片技术在中药网络药理学研究中应
基因表达谱芯片技术进展及其在中药网络药理学研究中的应用
刘庆山，陈小玉，庄述娟
（中央民族大学中国少数民族传统医学研究院，北京１０００８１）
摘要：近年来网络药理学为阐明中药复杂化学体系与复杂生物系统的相互作用提供了新的思路，然而由于相关研究所
ｔｗｅｅｎｃｏｍｐｌｅｘｃｈｅｍｉｃａｌｃｏｎｓｔｉｔｕｅｎｔｓｏｆｔｒａｄｉｔｉｏｎａｌＣｈｉｎｅｓｅｍｅｄｉｃｉｎｅ（ＴＣＭ）ａｎｄｓｙｎｄｒｏｍｅｓｏｆｔｈｅｃｏｍｐｌｅｘｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓｙｓｔｅｍ．Ｈｏｗ —
ｅｖｅｒ，ｎｏｒｍａｌｍｏｌｅｃｕｌａｒｂｉｏｌｏｇｙｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓａｒｅｄｉｆｆｉｃｕｌｔｔｏｍｅｅｔｔｈｅｎｅｅｄｏｆｌａｒｇｅｉｎｆｏｍａｒｔｉｏｎａｂｏｕｔｔｈｅｃｏｒｒｅｌａｔｉｖｅｒｅｓｅａｒｃｈ．Ｔｈｅｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｐｒｏｉｆｌｅｂｅｃｏｍｅｓａｎｉｍｐｏｒｔａｎｔｔｅｃｈｎｉｃａｌａｓｓｉｓｔａｎｃｅｆｏｒｍｅｃｈａｎｉｓｔｉｃｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎｂｙｔｈｅｈｉｇｈｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔｓｃｒｅｅｎｉｎｇａｎｄａｎａｌｙｓｉｓｏｆｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ．Ｔｈｉｓｔｅｘｔｌｉｇｈｔｓｏｎｔｈｅａｄｖａｎｃｅｄａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｏｆｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｐｒｏｉｆｌｅｓａｎｄｉｎｔｒｏｄｕｃｅｓｔｈｅｐｒｏｃｅ —

基因表达谱芯片技术在帕金森病研究中的应用进展

基金项目：国家自然科学基金资助项目（３０１）３０１４０收稿日：０— —２期２９７２００
物模型的基因表达数据。多巴胺神经元培养物模型具有更好的一致性，更有利于使用基因表达谱芯片技术观察基因表达变化。有人用ＭＰＰ＋和６ＯＨＡ处理两种多巴胺能细胞株－Ｄ（Ｍ９ＮＤ和Ｓ７１产生中等程度的细胞死亡。在ＭＰ＋和Ｎ４４），Ｐ６０ＨＡ处理的ＭＮ９－ＤＤ细胞中都观察到未折叠蛋白反应相关基因，如转录因子ＣＯＰＧＤ１３达升高。同时蛋白定量Ｈ／ＡＤ５表分析发现ＭＰ＋和６ＯＨＡ处理后与未折叠蛋白反应相关的Ｐ－Ｄ蛋白，ＰＲＫ和ｅＦ磷酸化程度增高［。对Ｓ４４如ＥＩ２６１Ｎ７１细胞的基因表达谱芯片分析发现，Ｅ氧应激相关基因（线粒体电如子传递链亚单位）囊泡转运蛋白（、如突触融合蛋白８以及路易）体成分、血红蛋白氧Ｎ－Ｅ１表达升高ｓ。尽管对细胞培养模］型进行基因表达谱芯片研究能获得较高的信噪比，有助于发现基因表达改变，但是培养细胞并非真正的有丝分裂后神经元，细胞培养环境也不能真正模拟八脑的微环境，八脑微环境能而够影响多胺神经元损伤后黑质纹状体系统基因表达的改变。１２遗传性ＰＤ模型的基因表达谱芯片研究最常使用的遗传性ＰＤ模型是一突触核蛋白（— ）Ｓ转基因模型。果蝇中在高表达ＳＮ基因后对全基因组表达水平进行观察，Ｙ并检测从临床前期到疾病晚期所有时间点的基因表达改变］结果发现，５种有改变的基因中很多都出现在疾病早期，０提示与脂质、膜转运和能量稳态有关的基因在神经元变性之前就已经发生改变。当然也不能忽略果蝇ＳＮ转基因模型发病机制与人类 —ＹＰＤ发病机制之间存在差异，随着小鼠等其它ＳＮ转基因模Ｙ型研究的进展，以和果蝇模型进行比较，可并得出更接近于人类ｍ发病机制的结果。１３原发性ＰＤ患者基因表达谱芯片研究神经毒素ｍ模型和转基因模型可较好模拟人类ＰＤ的主要发病机制，所有的研究均发现ＰＤ模型中某些特殊基因表达改变，但还没有一个完美的动物模型能够复制人类ＰＤ的所有特征。现在已经进行有几项ＰＤ尸检标本的基因表达谱芯片研究［］１。与ＭＰｏ” ＴＰ小鼠模型相似－尸检标本中也发现突触基因、粒体相关基在线因、Ｅ氧ｆ应激和泛素蛋白酶体功能相关基因表达的改变。尤其是分子伴侣、蛋白降解系统等表达降低，导致多巴胺神经元内蛋白异常折叠、聚集，可能是多巴胺神经元变性死亡的重要这机制。另外氧应激、Ｅ炎症反应、以及细胞周期蛋白表达升高，导致细胞周期异常启动都参与ＰＤ发病过程。某些基因表达改变还可以作为神经元变性的早期标志，但是在人群中，因表基达的改变除与ＰＤ病程有关外，还可能与遗传背景、性别、龄、年种族和地理环境有关，因此对ＰＤ患者进行基因表达谱芯片研究时必需注意到这些因素的干扰。

基因芯片研究灸命门穴延缓衰老的分子机制

基因芯片研究灸命门穴延缓衰老的分子机制一、内容综述随着科学技术的不断发展，基因芯片技术逐渐走进了人们的视野。

基因芯片研究灸命门穴延缓衰老的分子机制，正是这一技术在中医领域的独特应用。

灸命门穴作为中医养生的重要方法，对于延缓衰老具有一定的疗效。

而基因芯片技术的发展，为揭示灸命门穴延缓衰老的分子机制提供了有力的技术支持。

灸命门穴是人体经络系统中的一个重要穴位，位于腰部具有温肾壮阳、益精填髓、强身健体等作用。

通过灸治命门穴，可以调节人体的内分泌系统，促进新陈代谢，提高机体的抗病能力，从而达到延缓衰老的目的。

然而灸命门穴延缓衰老的具体分子机制尚不明确，这就需要通过基因芯片技术来揭示其中的秘密。

基因芯片技术是一种高通量、高分辨率的生物信息分析技术，可以通过对大量基因进行同时检测和测序，快速准确地揭示基因的功能和相互作用。

通过对灸命门穴相关的基因进行基因芯片测序，科学家们可以发现哪些基因与灸命门穴延缓衰老的作用密切相关，从而为进一步研究提供方向。

目前关于灸命门穴延缓衰老的基因芯片研究已经取得了一定的成果。

研究人员发现，灸命门穴能够影响多种基因的表达，包括与细胞凋亡、细胞增殖、免疫应答等有关的基因。

这些研究成果不仅为我们提供了关于灸命门穴延缓衰老的新认识，也为今后的研究提供了方向。

基因芯片技术的发展为揭示灸命门穴延缓衰老的分子机制提供了有力的技术支持。

随着研究的深入，我们有理由相信，灸命门穴这一传统中医养生方法将在未来发挥更大的作用，为人类的健康事业做出更大的贡献。

1. 研究背景和意义随着人类对健康和长寿的追求，研究延缓衰老的方法变得越来越重要。

基因芯片技术作为一种高通量、高分辨率的技术手段，为揭示生命科学领域的奥秘提供了有力支持。

灸命门穴作为中医养生的重要方法，被认为具有调节人体机能、延缓衰老的作用。

因此研究灸命门穴延缓衰老的分子机制，对于发掘中医药在抗衰老领域的优势，提高人们的生活质量具有重要意义。

基因芯片技术的出现，使得科学家们可以快速、准确地分析大量基因信息，从而揭示基因与生物体之间的相互作用。

《临床分子生物学检验》课程教学大纲

《临床分子生物学检验》课程教学大纲一、课程基本信息【课程名称】临床分子生物学检验【英文名称】(Clinical molecular biology technology ) 【课程编码】YXZX3430【课程类别】专业选修课【总学时】22学时【总学分】1学分【适用专业】医学检验专业【开课院系】医学院二、课程得性质与任务【课程性质】分子生物学就是研究生命化学得科学,它在分子水平探讨生命得本质,即研究生物体得分子结构与功能、物质代谢与调节、及其在生命活动中得作用。

由于分子生物学越来越多地成为生命科学得共同语言,当今分子生物学已成为生命科学领域得前沿学科。

临床分子生物学检验得教学任务主要就是介绍核酸与分子标志物、核酸杂交、扩增及序列分析、芯片技术、生物信息分析技术以及应用分子生物学技术较多得有关病毒、细菌、真菌感染得分子生物学检验。

课程涵盖最新得有关单基因病检测、肿瘤、线粒体病、染色体病分子检测技术,同时目前临床上技术要求很高得药物相关基因、胚胎植入前以及移植配型与法医物证学得相关分子生物学检验得内容也有详细讲解,对于解决精准医疗得相关问题提供了实验室检测依据。

【教学目标】通过临床分子生物学检验课程得学习,学生将能够:(1)描述生物体(主要就是人体)内得主要物质得组成、分子生物学功能。

(2)基本掌握核酸杂交技术与核酸扩增技术及核酸序列分析。

(3)学会初步通过生物芯片技术与蛋白质组学技术得学习,运用生物信息学技术可以进行简单得数据结果分析。

(4)结合分子生物学得基本理论掌握病毒学、细菌感染、真菌等得分子生物学检测。

(5)了解有关单基因遗传病、肿瘤、线粒体疾病、染色体病、药物相关性基因、胚胎植入前及移植配型相关技术。

【教学任务】(1)要求学生掌握临床分子生物学检验得基础理论、知识与方法。

(2)通过实验课,使学生能够了解分子生物学检验基本技术得临床应用。

三、课程教学基本要求(一)理论教学内容与基本要求绪论教学内容:1、临床分子生物学检验得定义及其发展历史。

基因芯片技术及其在医学检测中的应用

基因芯片技术及其在医学检测中的应用近年来，随着科学技术的不断发展和进步，基因芯片技术在医学领域中的应用越来越受到重视。

基因芯片技术是一种以高通量、高精度的方法进行基因表达谱的测定和分析的技术，它的出现使得疾病的发现和治疗更加精准和有效。

本文将主要介绍基因芯片技术的原理、分类以及其在医学检测中的应用。

一、基因芯片技术的原理基因芯片技术是一种高通量的基因检测技术，它的原理是通过一系列的操作，将需要测试的基因片段固定在特定芯片上，使得基因片段与芯片上的探针发生特异性的杂交反应，然后对杂交反应的结果进行检测和分析。

基因芯片技术最大的特点是能够同时检测大量的基因片段，从而能够在多个方面同时评估基因样本的表达和变化。

二、基因芯片技术的分类基因芯片技术根据不同的应用可以分为不同的类型。

其中最常见的是表达芯片和基因组芯片。

1. 表达芯片表达芯片用于检测组织或细胞的基因表达情况。

它可以同时检测数以万计的基因，通过比较不同组织或细胞的基因表达谱，可以寻找到不同基因在不同条件下的表达情况。

表达芯片可以用于疾病的诊断和治疗。

2. 基因组芯片基因组芯片用来检测整个基因组的变异情况。

它可以同时检测上百万个基因的变异情况，通过对比病人和正常人的基因组变异情况，可以找到具体的病因。

三、基因芯片技术在医学检测中的应用基因芯片技术在医学领域中的应用非常广泛。

它可以用于疾病的诊断、治疗和预防。

以下是基因芯片技术在医学检测中的应用：1. 癌症诊断以肿瘤标志物为例，对肝癌、胃癌、卵巢癌等多种癌症进行早期筛查，以实现癌症的早期诊断和早期治疗。

2. 器官移植通过检测器官的基因表达谱，可以评估移植后器官的状态和功能是否正常，从而更好地指导移植后的治疗。

3. 药物研究通过检测药物对细胞或组织的影响，可以预测不同患者对药物的敏感性，从而更好地选择和调整药物治疗方案。

4. 胚胎筛查通过检测胚胎基因组的变异情况，可以筛查出具有遗传病基因的胚胎，从而避免患有遗传病的孩子的出生。

基因芯片和基因表达谱分析

基因芯片和基因表达谱分析在人类基因测序技术不断发展的背景下，基因芯片和基因表达谱成为了研究生物学和医学领域的重要工具。

本文将重点探讨基因芯片和基因表达谱分析的原理、应用以及未来发展方向。

一、基因芯片基因芯片（Gene chip）又称为微阵列芯片（microarray）是一种将数万个DNA序列可控地捕捉在一个硅片上的生物技术产品。

其原理基于同位素标签法和荧光标记法，用来研究生物大分子（包括DNA、RNA和蛋白质）在细胞周期、转录和翻译等生物活动过程中的表达差异和变化规律。

基因芯片的操作过程分为如下几步：1. DNA序列打印和固定。

通过免疫印刷技术，将已知的DNA序列按照一定的规则打印到芯片上，并使用化学方法将其固定在芯片上，作为反应体系中的探针。

2. 样品准备和反应。

将待测样品中的RNA提取、反转录成cDNA，再将其标记为荧光分子，加入到含有探针的芯片反应体系中。

其中，标记为红色和绿色的荧光分子分别代表着样品RNA在两种不同条件下的表达水平。

3. 芯片扫描和数据统计。

将芯片送入扫描仪中扫描，获得荧光信号强度。

通过芯片上探针的位置、荧光信号的强度以及探针序列的注释信息等，对数据进行分析和解读，得到各种基因的表达信息。

基因芯片在各个领域有着广泛的应用。

在医学领域，它可以用于疾病诊断、治疗效果预测、药物靶点筛选等方面的研究。

在生物学研究中，它可以分析基因调控、遗传变异和发育过程等生物学领域的课题。

二、基因表达谱分析基因表达谱分析是以生物体内mRNA的转录活性水平为信号，分析在不同条件下各种基因的表达水平差异。

常见的基因表达谱分析方法有RT-qPCR、Northern blot、Western blot、RNA-seq等。

其中，RT-qPCR方法是一种基于荧光信号检测的技术，可以非常精确地检测出RNA的拷贝数。

其操作过程分为三步：反转录、定量PCR和数据分析。

反转录过程中，RNA被逆转录酶逆转录成DNA。

基因芯片的分类与应用

基因芯片的分类与应用引言基因芯片是一种高通量分子生物学实验技术，能够同时检测和分析大量的基因信息。

它的出现极大地推动了基因组研究和生物医学领域的发展。

本文将从基因芯片的分类和应用两个方面进行介绍和分析，并探讨其在生物医学中的潜力。

基因芯片的分类基因芯片可以根据其设计策略和应用范围进行分类。

根据设计策略可以将其分为表达谱芯片、SNP芯片和蛋白质芯片；根据应用范围可以将其分为基因表达芯片、基因组芯片和功能芯片。

表达谱芯片用于研究基因的表达水平，可以同时检测和量化大量基因的表达情况。

它通过测量特定基因或基因集在不同条件下的表达水平，帮助科学家了解基因在不同组织、不同发育阶段以及不同生理状态下的表达模式。

SNP芯片SNP芯片用于检测单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP）。

SNP是一种常见的遗传变异形式，对于个体之间的差异和遗传相关性的研究具有重要意义。

SNP芯片可以同时检测和分析上万个SNP位点的基因变异情况，帮助科学家进行基因组关联研究、基因型鉴定和个体遗传风险评估等。

蛋白质芯片用于检测和分析蛋白质的表达、结构和功能。

蛋白质是细胞中最重要的功能分子，研究蛋白质的组成和功能变化对于了解生物体内生物化学过程和疾病机制非常重要。

蛋白质芯片可以同时检测和鉴定大量蛋白质的表达水平和相互作用关系，加快蛋白质组学研究的进程。

基因表达芯片基因表达芯片可以同时检测和分析大量基因在特定条件下的表达情况，帮助科学家了解基因表达的时空特点和调控机制。

它在基因功能研究、疾病诊断和治疗等方面具有广泛的应用前景。

基因组芯片用于检测和分析基因组上的重要变异和变异位点，可以帮助科学家了解基因组结构和功能的差异。

基因组芯片在遗传学研究、种群遗传学和进化生物学等领域具有重要的应用价值。

功能芯片功能芯片用于研究基因的功能和调控机制，可以帮助科学家了解基因在细胞和生物体中的具体作用。

功能芯片包括启动子芯片、转录因子结合位点芯片、甲基化芯片等，可以帮助科学家研究基因的表达调控和表观遗传学等重要的生物学过程。

表达谱芯片

表达谱芯片谱芯片是一种用于光谱分析的芯片技术，它可以在非常短的时间内分析样品的光谱特征。

下面是一个1000字的表达谱芯片的示例：谱芯片是近年来出现的一种创新技术，它可以用于光谱分析，具有高效和快速的特点。

这种芯片利用了微纳米技术，将传统的光谱仪压缩到了一个微小的芯片上。

谱芯片的工作原理非常简单，它通过集成光源、样品槽和光谱探测器等功能模块，将传统的光谱仪中的各个组件融合在一起。

当我们需要进行光谱分析时，只需要将样品放置在芯片上，然后通过一系列的控制信号，谱芯片即可对样品的光谱特征进行分析。

谱芯片的优势主要体现在两个方面。

首先，谱芯片具有高效的特点。

传统的光谱仪通常需要几分钟甚至几小时才能完成一次光谱分析，而谱芯片则可以在数秒钟内完成同样的分析任务。

这种高效的特点使得谱芯片可以广泛应用于各个领域，包括化学、生物学、药物研发等。

其次，谱芯片具有快速的特点。

传统的光谱仪需要进行复杂的操作和调试，而谱芯片则可以实现自动化和高度集成化，从而大大减少了使用者的操作难度和分析时间。

谱芯片的应用非常广泛。

在化学领域，谱芯片可以用于进行化学反应的监测和控制，从而提高了实验室的工作效率。

在生物学领域，谱芯片可以用于研究生物分子的结构和功能，从而帮助科研人员更好地理解生命的奥秘。

在药物研发领域，谱芯片可以用于药物的快速筛选和分析，从而加速新药的开发进程。

此外，谱芯片还可以应用于食品安全监测、环境污染监测等领域，为人们的生活和健康保驾护航。

尽管谱芯片具有诸多优势，但是目前仍面临一些挑战。

首先，谱芯片的制造工艺相对复杂，需要高度的集成和微纳米加工技术。

其次，谱芯片的成本相对较高，限制了它在大规模应用中的普及。

此外，部分样品可能需要进行前处理才能在谱芯片上进行分析，这对使用者提出了更高的要求。

总之，谱芯片作为一种创新的光谱分析技术，具有高效、快速以及广泛应用的特点。

随着科技的不断进步和成本的降低，相信谱芯片会在未来得到更加广泛的应用，为各个领域的科学研究和工程实践带来更多便利和发展机遇。

生物芯片研究现状及其在生物医学领域中的应用

生物芯片研究现状及其在生物医学领域中的应用摘要：当前的生物芯片技术与很多学科的领域都有关，它能够将DNA 、RNA 以及蛋白质等一些生物分子，使其不连续的、离散的分析整个过程结合在一起来即兴样品的预处理以亲和结合反应还有信号监测的一些过程，能够进行对多种生物分子的高通量检测分析。

关键词：生物芯片；研究现状；生物医学；应用引言：生物芯片技术在很多领域的应用前景都非常广阔，比如：蛋白质组学；基因组学科研等。

本文主要对生物芯片研究现状及其在生物医学领域当中的应用进行分析和探讨。

一、生物芯片的分类对于生物芯片从其种类上进行了划分, 我们可以将其细胞膜划分成两类, 一类被称为固态生物芯片, 另一类则被称为液态生物芯片。

如果继续被划分一段时间下去, 根据等待检测物质的组成与种类来对其进行划分区别, 还是可以把等待检测到的固态生物芯片再细分成两类, 一类为蛋白质芯片, 另一类则被划分为基因芯片。

另外, 液态生物芯片的技术, 它主要目的就是将一个微球的表面作为其支撑体, 最初, 微球的液态生物芯片是由美国相关科研公司而自主研发出来的。

对其根据各个芯片的结构及它的主要制造特征, 能够把它们划分为微点阵生物芯片, 微点阵生物芯片还有另外一种称呼叫做阵列生物芯片，还可以分成微流路生物芯片与芯片实验室。

除此之外，如果根据生物芯片的编码的原理来分类，还可以分成固态平面坐标编码生物芯片、微球颜色编码液态生物芯片与微球阻抗编码液态生物芯片。

二、生物芯片的研究现状在生物芯片的领域当中，其中固态生物芯片的原理比较简单一些，而且其研究的技术也比较先进和成熟，国内外对其的研究更注重在其应用领域的新产品开发，而且对其的研究还获得了很高的效益。

我国的相关有限研究公司研发出了多重等位基因特异性PCR 通用芯片，利用这种芯片能够在5 个小时之内来进行和遗传性耳聋有关的4 个种类的基因检查。

最早的液态生物芯片把流式技术、数字信号处理以及传统的化学技术结合在了一起，因此而获得了奖项。

基因芯片技术及其在医学微生物学中的应用

想，ａｓ首先对固相杂交ＤＮ测序进行了有益Ｂｉ等ｎＡ，
的探索；其后，俄罗斯科学院恩格尔哈得分子生物学研究所、国阿贡国家实验室、国牛津大学生化系美英的Ｓｕｈｍ等同时分别报道了用杂交测定核酸序列ｏｖｅ的方法。１９９１年，ｆｎｅｒＡｆｎｔｘ公司Ｆｄｒ建立了３ｉｏｏ等，原位光刻合成（ｎｓｕＬｇｔｉｃｅｙ商ｓ技ｉｉｉｈｒｔｄＳｍｈ）ｔｄｅ术，是将光刻术与寡核苷酸的合成相结合，到位置得
种生物芯片，用于检测一中海病人血样的基并地因突变，筛选了一百多个一中海贫血已知的突＿地
变基因。这种生物芯片的基因译码速度比传统的
补杂交。先将设计好的数以万计的ＤＮＡ探针有序列地、高密度地（与点之间的距离一般小于５０点０／ｉ排列在固相载体表面，Ｎ探针分子中的胸腺ｌ）ｎＤＡ嘧啶与载体上的氨阳离子在紫外线的作用下共价结合，除去多余探针分子并封闭氨阳离子组成微点阵
２作用原理及特点基因芯片技术的基本原理是探针与靶基因的互
技术已发展到了一个新的阶段… 。１９，９４年在美国能源部防御研究计划署、俄罗斯科学院和俄罗斯人
类基因组计划１０００多万美元的资助下研制出了一，
确定、密度的寡核苷酸阵列。这标志着核酸检测高

基因表达谱芯片在预测子宫颈上皮内瘤变进展风险中应用

ＲＣ５０、Ｃ１ｏｒｆ８７和ＣＣＤＣ１７）共同上调，４个基因（ＤＥＦＢＩＯ３Ｂ、ＩＬ６、ＣＤＣ４５Ｌ和Ｅ２Ｆ２）共同下调。而ＡＮＫＲＤ２０Ａ１、ＤＥＦＢ１０３Ｂ和
ＩＬ６在ＣＩＮ１、ＣＩＮ２／３和子宫颈癌各组中均共同上调或下调。结论在子宫颈癌发生的早期阶段，ＡＮＫＲＤ２０Ａ１、ＯＬＦＭ４、ＳＮ．ＯＲＤ４６、ＬＯＣ６４２３３３、Ｃ１３ｏｒｆ３０、ＡＳＢ５、Ｃ６、ＣＡＢＰ４、ＰＯＵ５Ｆ１Ｐ１、ＤＮＨＤ２、ＬＲＲＣ５０、Ｃ１ｏｒｔ８７及ＣＣＤＣ１７等基因的上调具有重要作用。对上述差异基因的检测可能对评估ＣＩＮ病变尤其是ＣＩＮ１发展为子宫颈癌的危险性具有帮助，从而减少由于子宫颈病变的异质性和子宫颈活检技术的局限性所导致的ＣＩＮ２／３漏诊，同时指导临床医师对ＣＩＮ１进行更合理的管理和治疗。关键词：子宫颈肿瘤；子宫颈上皮内瘤变；基因芯片；免疫组织化学
（ＤｅｐａｒｔｍｅｎｔｏｆＰａｔｈｏｌｏｇｙ，ｔｈｅＰｅｏｐｌｅＨｏｓｐｉｔａｌｆＺｏｈｕｈａｉ，ｔｈｅＴｈｉｒｄＡｆｉｌｆｉａｔｅｄＨｏｓｐｉｔａｌ，ＳｃｈｏｏｌｆＭｅｏｄｉｃｉｎｅ，ＪｉｎａｎＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｚｈｕｈａｉ，

mrna表达谱芯片

mRNA表达谱芯片是一种高通量的检测技术，可以同时检测和分析多个基因的表达水平。

通过将基因的mRNA反转录成cDNA，然后与芯片上的探针进行杂交，可以检测每个基因的表达水平。

这种技术广泛应用于基因表达谱研究、疾病诊断和治疗、药物筛选等领域。

mRNA表达谱芯片的主要优势在于高通量、灵敏度高、特异性强等。

它可以同时检测成千上万个基因的表达水平，并且能够检测低丰度的基因表达。

此外，mRNA表达谱芯片可以用于检测不同组织、不同疾病状态下基因的表达谱差异，有助于深入了解基因的表达调控机制。

在疾病诊断和治疗方面，mRNA表达谱芯片可以用于寻找疾病的标记物和治疗靶点。

例如，通过比较健康人和患者样本的基因表达谱，可以发现与疾病相关的异常表达基因，从而为疾病的诊断和治疗提供新的思路。

在药物筛选方面，mRNA表达谱芯片可以用于药物作用机制的研究和药物靶点的筛选。

通过比较药物处理前后的基因表达谱变化，可以深入了解药物的作用机制和靶点，有助于发现新的药物候选分子。

总之，mRNA表达谱芯片是一种强大的高通量检测技术，在生命科学、医学和药学等领域具有广泛的应用前景。

随着技术的不断进步
和应用研究的深入开展，相信mRNA表达谱芯片将会在未来的研究中发挥更加重要的作用。

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Chromosomal copy number_cyto2.7M
Population genetics_SNP6.0 Linkage Disequilibrium _SNP6.0 Resequencing_300k
…and Visualization
RNA--Expression Analysis
Single stranded, labeled ‘target’ Oligonucleotide ‘probe’
*
*
* *
5 µm
*
Millions of copies of a specific oligonucleotide probe
1.28cm
>6500,000 different complementary probes
Affymetrix Confidential
18
Affymetrix荧光标记系统——信号级联放大原理
Target Washing and Staining • Antibody-based signal amplification • Streptavidin Phycoerythrin (SAPE) is the signaling molecule • Amplified with biotinylated anti-streptavidin antibody
4

Future utilization of genomic knowledge may allow:

Affymetrix Confidential
Moving GeneChip® to the Clinic Affymetrix致力于将技术应用于临床
Research
准确稳定 Discovery Validation and Pre-clinical & Optimization Clinical Trials
1. Molecular basis of biology/disease
1. Mechanism of Action
1. Clinical efficacy
2. Mechanism of Toxicity 2. Clinical safety
2. Discover and classify disease subtypes
1.28cm
Image of Hybridized GeneChip Array
Affymetrix Confidential 15
Harnessing the Power of Photolithography
Feature
Lamp
Mask
Chip
Affymetrix Confidential
16

Associate genomic sequences with function
Understand impact of polymorphisms
Fully integrative ‘Systems’ models for understanding disease Comprehensive evaluation of drug efficacy and safety Patient stratification and clinical management
DNA methylation_promoter tiling Alternative splicing_exon
Affymetrix Confidential 11
基因芯片化学原理
Affymetrix提供的是密度最高的芯片技术
GeneChip® Array Hybridized Probe Cell
Mismatch
Affymetrix Confidential 25
Affymetrix Confidential
26
Affymetrix Confidential
27
Affymetrix Confidential
28
Expression Catalog Products

Big Three
光蚀刻原位合成生产工艺是高质量芯片的基础
*
* *
* *
*
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* *
* *
Quantitative
Yes
Reproducible
Affymetrix Confidential 17
Yes
Probe design
独具创新的PM-MM探针设计
Oligo 探针
Perfect Match
PM
MM
Mismatch
Annotation Strategy Exon arrays Splice variants
Tiling strategy Unbiased look at the genome
பைடு நூலகம்
Tiling and Exon arrays are possible by high information
Affymetrix Confidential 23
Affymetrix Confidential
RNA Analysis
10
One Platform – many applications
DNA--Genotyping Family based linkage studies_10k One Genechip System Whole-genome disease association_SNP6.0 Central Annotation Pharmacogenetics_DMET
Affymetrix Confidential
19
1. 与PE耦联的SA和 cRNA上的生物素结合。 2. 生物素标记的抗体和SA结合。 3. 与PE耦联的SA再与抗体上的生物素结合。
表达谱芯片实验流程
表达谱实验流程
Cells
AAAA AAAA AAAA
IVT
Biotin-rNTP cDNA
29
S. aureus Soybean Sugar cane Tomato Vitis vinifera Wheat Xenopus laevis Yeast Zebrafish 30个物种的全基因组

Reagents

Available for all of the major steps of the assay Controls
Affymetrix Confidential
9
Introduction: What GeneChip Can Do? Affymetrix芯片技术囊括基因组转录组水平的研究热点
G G A G G C
A C G T
A C G T
DNA Analysis
DNA
GG A
GG C
RNA
Eukaryotic Cell
表达谱基因芯片重要品质
区分低拷贝
特异性
区分高同源
灵敏度
准确的结果假阳性
好的重复性
Affymetrix Confidential
24
GeneChip Expression Array Design
Gene Sequence
5´
3´
Multiple oligo probes
Perfect Match
3. Predict disease outcome 4. Identify therapeutic targets
3. Efficacy in pre-clinical 3. Therapy modification
4. Determine dosage
4. Patient stratification
3
The Genomics Time Line
医学研究进入组学时代，基因芯片技术提供全基因组的视角
PreGenomics
Pre- ~1980s
Current Era (Transition)
Future
PostGenomics
Now, next ~15 years

Full impact of genomic knowledge yet to be realized Current era is one of knowledge- and tool- building
Clinic
方便完善 Clinical Applications
Multiple Chip Formats
Affymetrix Confidential 5
High Throughput Automation
Affymetrix 基因芯片技术在临床研究中的应用情况
目前已发表21000篇文献 Understanding Biology/Disease Understanding Therapy Understanding Patient Response

Custom
Affymetrix Confidential
SLE病人滑膜组织特异性表达谱biomarker的筛选

实验样本 swollen knees of untreated SLE patients (n = 6), RA patients (n = 7), and 骨关节炎 (OA) patients (n = 6). 芯片分析结果 In SLE synovial biopsy tissue, 40 of the 54,675 transcripts present on the slides were found to be specifically up-regulated and 34were down-regulated as compared with the other groups;（严谨筛选）对上述芯片筛选出来的部分基因进行RT-PCR&Immunostaining验证重要结论 Arthritis in SLE has a very distinct molecular signature as compared with that in OA and RA, characterized by up-regulation of IFI genes and downregulation of genes involved in ECM homeostasis.