4第四章_隐马尔可夫模型
隐马尔可夫模型原理
隐马尔可夫模型原理
隐马尔可夫模型(Hidden Markov Model, HMM)是一种用来
描述状态序列的概率模型。
它基于马尔可夫链的理论,假设系统的状态是一个没有直接观察到的随机过程,但可以通过观察到的结果来推断。
HMM的原理可以分为三个关键要素:状态集合、转移概率矩
阵和观测概率矩阵。
1. 状态集合:HMM中的状态是不能直接观测到的,但可以从
观测序列中推断出来。
状态集合可以用S={s1, s2, ..., sn}表示,其中si表示第i个状态。
2. 转移概率矩阵:转移概率矩阵A表示在一个时间步从状态
si转移到状态sj的概率。
可以表示为A={aij},其中aij表示从状态si到状态sj的转移概率。
3. 观测概率矩阵:观测概率矩阵B表示在一个时间步观测到
某个输出的概率。
可以表示为B={bj(o)},其中bj(o)表示在状
态sj下观测到输出o的概率。
通过这些要素,HMM可以用来解决三类问题:
1. 评估问题:给定模型参数和观测序列,计算观测序列出现的概率。
可以使用前向算法或后向算法解决。
2. 解码问题:给定模型参数和观测序列,寻找最可能的状态序
列。
可以使用维特比算法解决。
3. 学习问题:给定观测序列,学习模型的参数。
可以使用Baum-Welch算法进行无监督学习,或使用监督学习进行有标注数据的学习。
总之,HMM是一种可以用来描述随机过程的模型,可以用于许多序列预测和模式识别问题中。
它的简洁性和可解释性使其成为机器学习领域中重要的工具之一。
隐马尔可夫模型
…
问题 1 – 评估问题
给定 一个骰子掷出的点数记录
124552646214614613613666166466163661636616361651561511514612356234
问题 会出现这个点数记录的概率有多大?
求P(O|λ)
问题 2 – 解码问题
给定 一个骰子掷出的点数记录
124552646214614613613666166466163661636616361651561511514612356234
1点 2点 3点 4点 5点 6点
一次连续掷骰子的过程模拟
时间 骰子 掷出 点数
1 A 3 2 A 3 3 A 4 4 B 5 5 A 1 6 A 6 7 A 2 明序列 隐序列
查封赌场后, 调查人员发现了一些连续掷骰子的记录, 其中有一个骰子掷出的点数记录如下:
124552646214614613613666166466163661636616361651561511514612356234
本例中三个基本问题
1.评估问题
• 给定观察序列O和HMM =(π, A, B), 判断O是由产 生出来的可能性有多大
• 计算骰子点数序列的确由“作弊”模型生成的可能性
2.解码问题
• 给定观察序列O和HMM λ =(π, A, B), 计算与序列O相 对应的状态序列是什么 • 在骰子点数序列中, 判断哪些点数是用骰子B掷出的
本例中HMM的定义
赌场的例子中:
隐状态集: S={骰子A, 骰子B} 明字符集: V={1,2,3,4,5,6} 初始状态概率: π1=1, π2=0 隐状态转移概率 :
a11=0.9, a12=0.1 a21=0.8, a22=0.2
隐马尔可夫模型算法
隐马尔可夫模型算法
隐马尔可夫模型算法是一种用于序列数据分析的统计模型,它可以用来预测未来的状态或者根据已知的状态推断出隐藏的状态。
这种模型在自然语言处理、语音识别、生物信息学等领域都有广泛的应用。
隐马尔可夫模型算法的基本思想是,将一个系统看作是由一系列状态组成的,每个状态都有一个对应的观测值。
这些状态之间的转移是随机的,而观测值则是由状态生成的。
因此,我们可以通过观测值来推断出隐藏的状态,或者根据已知的状态来预测未来的观测值。
在隐马尔可夫模型算法中,我们需要定义两个概率分布:状态转移概率和观测概率。
状态转移概率指的是从一个状态转移到另一个状态的概率,而观测概率则是在某个状态下观测到某个观测值的概率。
这些概率可以通过训练数据来估计,通常使用最大似然估计或者贝叶斯估计。
隐马尔可夫模型算法的核心是前向-后向算法和维特比算法。
前向-后向算法用于计算给定观测序列下,某个状态出现的概率。
维特比算法则用于寻找最可能的状态序列,即给定观测序列下,最可能的状态序列。
隐马尔可夫模型算法的应用非常广泛。
在自然语言处理中,它可以用于词性标注、命名实体识别、机器翻译等任务。
在语音识别中,
它可以用于声学模型的建立。
在生物信息学中,它可以用于DNA序列分析、蛋白质结构预测等任务。
隐马尔可夫模型算法是一种非常强大的序列数据分析工具,它可以用于各种领域的任务。
虽然它的理论比较复杂,但是在实际应用中,我们可以使用现有的库或者工具来实现它,从而更加方便地应用它。
《隐马尔可夫模型》课件
隐马尔可夫模型在许多领域都有应用,如语音识 别、自然语言处理、生物信息学和金融预测等。
隐马尔可夫模型的应用领域
01
语音识别
用于将语音转换为文本,或识别说 话人的意图。
生物信息学
用于分析基因序列、蛋白质序列和 代谢物序列等。
03 隐马尔可夫模型的建立
观察概率矩阵的确定
总结词
观察概率矩阵描述了在给定状态下,观察到不同状态的概率 分布。
详细描述
观察概率矩阵是隐马尔可夫模型中的重要组成部分,它表示 了在给定状态下,观察到不同状态的概率分布。例如,在语 音识别中,观察概率矩阵可以表示在特定语音状态下发出不 同音素的概率。
状态转移概率矩阵的确定
VS
原理
通过动态规划找到最大概率的路径,该路 径对应于最可能的隐藏状态序列。
05 隐马尔可夫模型的优化与 改进
特征选择与模型参数优化
要点一
特征选择
选择与目标状态和观测结果相关的特征,提高模型预测准 确率。
要点二
模型参数优化
通过调整模型参数,如状态转移概率和观测概率,以改进 模型性能。
高阶隐马尔可夫模型
初始状态概率分布表示了隐马尔可夫模型在初始时刻处于各个状态的概率。这个概率分布是隐马尔可 夫模型的重要参数之一,它决定了模型在初始时刻所处的状态。在某些应用中,初始状态概率分布可 以根据具体问题来确定,也可以通过实验数据来估计。
04 隐马尔可夫模型的训练与 预测
前向-后向算法
前向算法
用于计算给定观察序列和模型参 数下,从初始状态到某个终止状 态的所有可能路径的概率。
《隐马尔可夫模型》 ppt课件
隐马尔可夫模型
整理课件
12
A 和 B 之间相互转换的概率写成矩阵如下:
正常骰子 A 灌铅骰子 B
正常骰子 A
0.9
0.1
灌铅骰子 B
0.8
0.2
A 和 B 产生各观测值概率的区别为:
观测值
123456
正常骰子 A 1/6 1/6 1/6 1/6 1/6 1/6
灌铅骰子 B 0
1/8 1/8 3/16 3/16 3/8
X1 ,X n
但是,值得注意的是,这样的计算需要计算 2n-1
次乘法, N n 次加法,总计算量为 (2n 1)N n 次,是很
难实现的。在实际计算中,可以采用前向算法或后向
算法来降低计算量。
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30
前向算法:
定义前向变量:
t (i) P(v1,vt , Xt Si | ), 1 t n, Si S ; 表示 HMM 到 t 时刻为止,生成部分给定的观测序列为 v1,vt ,并且 t 时刻处于状态 Si 的概率。 算法流程: (1) 初始化:当 t=1 时,对某个1 i N ,此时前向变量1(i)
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后向算法:
定义后向变量:
t (i) P(vt1,vn, Xt Si | ), 1 t n 1, Si S 表 示
HMM 在 t 时刻处于状态 Si 下,从 t+1 时刻到 n 时刻,生成 部分给定的观测序列为 vt1,vn 的概率。 算法流程:
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23
二、隐马尔可夫模型中的三个基本问题
机器学习_隐马尔可夫模型HMM
机器学习_隐马尔可夫模型HMM1. 马尔可夫链马尔可夫链是满足马尔可夫性质的随机过程。
马尔可夫性质是无记忆性。
也就是说,这一时刻的状态,受且只受前一时刻的影响,而不受更往前时刻的状态的影响。
我们下面说的隐藏状态序列就马尔可夫链。
2. 隐马尔可夫模型隐马尔可夫模型(Hidden Markov Model,HMM)是统计模型,用它处理的问题一般有两个特征:第一:问题是基于序列的,比如时间序列,或者状态序列。
第二:问题中有两类数据,一类序列数据是可以观测到的,即观测序列;而另一类数据是不能观测到的,即隐藏状态序列,简称状态序列,该序列是马尔可夫链,由于该链不能直观观测,所以叫“隐”马尔可夫模型。
简单地说,状态序列前项能算出后项,但观测不到,观测序列前项算不出后项,但能观测到,观测序列可由状态序列算出。
HMM模型的主要参数是λ=(A,B,Π),数据的流程是通过初始状态Pi生成第一个隐藏状态h1,h1结合生成矩阵B生成观测状态o1,h1根据转移矩阵A生成h2,h2和B再生成o2,以此类推,生成一系列的观测值。
HMM3. 举例1) 问题描述假设我关注了一支股票,它背后有主力高度控盘,我只能看到股票涨/跌(预测值:2种取值),看不到主力的操作:卖/不动/买(隐藏值:3种取值)。
涨跌受主力操作影响大,现在我知道一周之内股票的涨跌,想推测这段时间主力的操作。
假设我知道有以下信息:i. 观测序列O={o1,o2,...oT} 一周的涨跌O={1, 0, 1, 1, 1}ii. HMM模型λ=(A,B,Π)•隐藏状态转移矩阵A 主力从前一个操作到后一操作的转换概率A={{0.5, 0.3,0.2},{0.2, 0.5, 0.3},{0.3, 0.2, 0.5}}•隐藏状态对观测状态的生成矩阵B(3种->2种)主力操作对价格的影响B={{0.6, 0.3, 0.1},{0.2, 0.3, 0.5}}•隐藏状态的初始概率分布Pi(Π)主力一开始的操作的可能性Pi={0.7, 0.2,0.1}2) 代码c) 分析这里我们使用了Python的马尔可夫库hmmlearn,可通过命令 $ pip install hmmlearn安装(sklearn的hmm已停止更新,无法正常使用,所以用了hmmlearn库)马尔可夫模型λ=(A,B,Π),A,B,Π是模型的参数,此例中我们直接给出,并填充到模型中,通过观测值和模型的参数,求取隐藏状态。
4第四章_隐马尔可夫模型
S2
a23 0.6
a 0 .5 b 0 .5
S3
a13 0.2
a 1 b 0
a 0.8 a11 0.3 b 0 .2
a22 0.4 a 0.3
b 0 .7
S1
a12 0.5
a 1 b 0
再根据这个缸中彩色球颜色的概率分布,随机选择
一个球,记O2,再把球放回缸中。 最后得到描述球颜色的序列O1 O2 观察,被隐藏。 ,成为观察值 序列,但每次选取的缸和缸之间的转移并不能直接
设观察到的输出符号序列是aab。试求aab的输出概率?
a 0.8 a11 0.3 b 0 .2 a 0 .3 a22 0.4 b 0 .7 a 1 b 0
S1
a12 0.5
S2
a23 0.6
a 0 .5 b 0 .5
S3
a13 0.2 a 1
b 0
从S1到S3,并且输出aab,可能的路径有三种:
S1
S1
S1
S2
S2 S3
S2 S3
0.3×0.8×0.5×1×0.6×0.5=0.036
0.5×1×0.4×0.3×0.6×0.5=0.018 0.3×0.8×0.3×0.8×0.2×0=0
S2
a23 0.6
a 0 .5 b 0 .5
S3
a13 0.2
a 1 b 0
a11 a12 a13 1 a 22 a 23 1 a b 1
从一个状态转移出去 的概率之和为1。
每次转移时输出符号a和b 的概率之和为1。
一个关于天气的3状态马尔可夫模型
《隐马尔可夫模型》课件
C R F 常用在文本分类、句法分析、命名实体识别等 领域。
HMM的局限性和改进方法
1
截断、尾部效应
加入上下文信息,使用长短时记忆网络。
2
自适应马尔可夫链
使用观测序列预测假设的状态转移矩阵。
3
深度学习方法
使用神经网络建立序列到序列的映射关系,消除符号表示造成的信息损失。
总结
HMM模型的优缺点
HMM模型可以识别长时序列,具有较好的泛化 性,但是对许多情况会做出错误HMM将会在自然语言处理、语音识别、图像识 别等领域继续发挥重要作用。
参考文献
• 《统计学习方法》- 李航 • 《Python自然语言处理》- 谢益辉 • 《深度学习》- Goodfellow等
附录
最近,HMM被用于音乐生成,允许他们生成具有旋律的曲子,相信HMM会在越来越多的领域展现其重要性。
隐马尔可夫模型PPT课件
在本课件中,我们将一起了解隐马尔可夫模型的基本概念,算法和应用领域。 无论您是机器学习新手,还是专业人士,这份PPT都能帮助您了解隐马尔可夫 模型的关键要素。
隐马尔可夫模型概述
隐马尔可夫模型(Hidden Markov Model, HMM)是 一种用于描述动态系统的概率模型。
马尔可夫假设
HMM 假设未来的状态只与当前状态有关,与历史状态无关,即是一个马尔可夫过程。
HMM的基本问题
1 问题1:给出模型和观测序列,如何计算观测序列出现的 概率?
通过前向,后向算法,或者前向-后向算法计算观测序列出现的概率。
2 问题2:给出模型和观测序列,如何预测其中的状态序列?
通过维特比算法预测概率最大的状态序列。
3 问题3:给出模型和观测序列,如何调整模型数使其最优?
《隐马尔科夫模型》课件
定义
HMM由观察序列和未知的隐含状态序列组成,可以用于概率计算、状态序列预 测、模型参数学习。
3
三个问题
一、概率计算:给定模型和观察序列,计算该序列的概率。二、状态序列预测: 已知观察序列和模型,预测未知的状态序列。三、模型参数学习:已知观察序列, 使得该序列下的模型参数最优。
模型
结构
HMM由初始状态概率、状态转移 概率和观测概率构成。
学习HMM模型
从有标注数据中学习模型参数, 用于词性标注等任务。
估计HMM模型
从无标注数据中估计模型参数, 用于关键词检测等任务。
实例
HMM在词性标注中的 应用
可以将不同词性看做不同的 隐状态,对未知词性的单词 进行标注。
HMM在语音识别中的 应用
将语音信号看作观察序列, 将不同的词语看作不同的状 态,进行识别。
隐马尔科夫模型
本课程将介绍隐马尔科夫模型的原理、应用和实例。
简介
1 什么是隐马尔科模型?
一种统计模型,用于描述含有隐含未知参数 的马尔科夫过程。
2 HMM的应用场景
语音识别、手写识别、自然语言处理、计算 机视觉等领域。
原理
1
马尔科夫过程
一种基于概率的状态转移模型,下一个状态仅与当前状态有关。
2
HMM在自然语言处理 中的应用
用于语言模型的建立、文本 分类、信息抽取等任务。
总结
1 HMM的优缺点
优点:模型表达能力强,能够处理一些复杂的实际问题。缺点:模型参数估计不够准确, 容易出现过拟合。
2 HMM的未来发展方向
结合深度学习等新技术,提高模型准确性和泛化性能。
隐马尔可夫模型
语音识别系统的声学建模:隐马尔可夫模型(HMM)语音识别系统的模型通常由声学模型和语言模型两部分组成,分别对应于语音到音节概率的计算和音节到字概率的计算。
我们将在这里介绍语音识别系统基于隐马尔可夫模型的声学建模。
隐马尔可夫模型是马尔可夫链的一种,作为一种统计分析模型,它的状态不能直接观察到,但能通过观测向量序列观察到,每个观测向量都是通过某些概率密度分布表现为各种状态,每一个观测向量是由一个具有相应概率密度分布的状态序列产生。
所以,隐马尔可夫模型是一个双重随机过程,即具有一定状态数的隐马尔可夫链和显示随机函数集。
隐马尔可夫模型(HMM)作为一种统计分析模型创立于20世纪70年代。
80年代得到了传播和发展,成为信号处理的一个重要方向,现已成功地用于语音识别,行为识别,文字识别以及故障诊断等领域。
隐马尔可夫模型是马尔可夫链的一种,它的状态不能直接观察到,但能通过观测向量序列观察到,每个观测向量都是通过某些概率密度分布表现为各种状态,每一个观测向量是由一个具有相应概率密度分布的状态序列产生。
所以,隐马尔可夫模型是一个双重随机过程----具有一定状态数的隐马尔可夫链和显示随机函数集。
自20世纪80年代以来,HMM被应用于语音识别,取得重大成功。
到了90年代,HMM还被引入计算机文字识别和移动通信领域。
对语音识别系统,输出值通常就是从各个帧计算而得的声学特征。
用HMM刻画语音信号需作出两个假设,一是内部状态的转移只与上一状态有关,另一是输出值只与当前状态(或当前的状态转移)有关,这两个假设大大降低了模型的复杂度。
一、声学建模语音识别系统中使用隐马尔可夫模型(HMM)通常是用从左向右单向、带自环、带跨越的拓扑结构来对识别基元建模,一个音素就是一个三至五状态的HMM,一个词就是构成词的多个音素的HMM串行起来构成的HMM,而连续语音识别的整个模型就是词和静音组合起来的HMM。
上下文相关建模即协同发音,指的是一个音受前后相邻音的影响而发生变化,从发声机理上看就是人的发声器官在一个音转向另一个音时其特性只能渐变,从而使得后一个音的频谱与其他条件下的频谱产生差异。
隐马尔可夫模型课件
隐马尔可夫模型课 件
目录
ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ
• 隐马尔可夫模型简介 • 隐马尔可夫模型的基本概念 • 隐马尔可夫模型的参数估计 • 隐马尔可夫模型的扩展 • 隐马尔可夫模型的应用实例 • 隐马尔可夫模型的前景与挑战
01
隐马尔可夫模型简介
定义与特点
定义
隐马尔可夫模型(Hidden Markov Model,简称HMM)是 一种统计模型,用于描述一个隐藏的马尔可夫链产生的观测 序列。
观测概率
定义
观测概率是指在给定隐藏状态下,观测到某一特定输出的概率。在隐马尔可夫 模型中,观测概率表示隐藏状态与观测结果之间的关系。
计算方法
观测概率通常通过训练数据集进行估计,使用最大似然估计或贝叶斯方法计算 。
初始状态概率
定义
初始状态概率是指在隐马尔可夫模型中,初始隐藏状态的概率分布。
计算方法
05
隐马尔可夫模型的应用实 例
语音识别
语音识别是利用隐马尔可夫模型来识别连续语音的技术。通过建立语音信号的时间序列与状态序列之 间的映射关系,实现对语音的自动识别。
在语音识别中,隐马尔可夫模型用于描述语音信号的动态特性,将连续的语音信号离散化为状态序列, 从而进行分类和识别。
隐马尔可夫模型在语音识别中具有较高的准确率和鲁棒性,广泛应用于语音输入、语音合成、语音导航 等领域。
Baum-Welch算法
总结词
Baum-Welch算法是一种用于隐马尔可夫模型参数估计的迭代算法,它通过最大化对数似然函数来估计模型参数 。
详细描述
Baum-Welch算法是一种基于期望最大化(EM)算法的参数估计方法,它通过对数似然函数作为优化目标,迭 代更新模型参数。在每次迭代中,算法首先使用前向-后向算法计算给定观测序列和当前参数值下的状态序列概 率,然后根据这些概率值更新模型参数。通过多次迭代,算法逐渐逼近模型参数的最优解。
隐马尔可夫模型
= (A , B, π) ,观测序列 O
输出: 观测序列概率 P (O; λ)
= 1,
i = 1, 2, ⋯ , N =1
对最终时刻的所有状态 qi ,规定 βT (i) 递推:对 t
= T − 1, T − 2, ⋯ , 1 :
N
βt (i) = ∑ a ijbj (ot+1 )βt+1 (j),
O 和 I 同时出现的联合概率为:
P (O, I ; λ) = P (O/I ; λ)P (I ; λ) = π i a i i a i i ⋯ a i b ( o ) b ( o ) ⋯ bi (oT ) 1 1 2 2 3 T −1 i T i 1 1 i 2 2 T
对所有可能的状态序列 I 求和,得到观测序列 O 的概率:
用极大似然估计的方法估计参数 预测问题(也称为解码问题):已知模型 λ 最大的状态序列 I
= (A , B, π) 和观测序列 O = (o1 , o2 , ⋯ , oT ) , 求对给定观测序列条件概率 P (I /O) = (i1 , i2 , ⋯ , iT ) 。即给定观测序列,求最可能的对应的状态序列
齐次性假设:即假设隐藏的马尔可夫链在任意时刻 t 的状态只依赖于它在前一时刻的状态,与其他时刻的状态和观测无关,也与时刻 t 无 关,即: P (it /it−1 , ot−1 , ⋯ , i1 , o1 )
= P (it /it−1 ),
t = 1, 2, ⋯ , T t = 1, 2, ⋯ , T
的概率记作: γ t (i)
8.给定模型 λ
= P (it = qi /O; λ)
P (O; λ) = ∑ P (O/I ; λ)P (I ; λ)
机器学习中的隐马尔可夫模型解析
机器学习中的隐马尔可夫模型解析隐马尔可夫模型(Hidden Markov Model,HMM)是一种常用于描述随机过程的概率模型,在机器学习领域得到广泛应用。
本文将对隐马尔可夫模型的原理、应用以及解析方法进行详细介绍。
一、隐马尔可夫模型的基本原理隐马尔可夫模型由两个基本假设构成:马尔可夫假设和观测独立假设。
根据这两个假设,隐马尔可夫模型可以表示为一个五元组:(N, M, A, B, π),其中:- N表示隐藏状态的数量;- M表示观测状态的数量;- A是一个N×N的矩阵,表示从一个隐藏状态转移到另一个隐藏状态的概率;- B是一个N×M的矩阵,表示从一个隐藏状态生成一个观测状态的概率;- π是一个长度为N的向量,表示初始隐藏状态的概率分布。
在隐马尔可夫模型中,隐藏状态无法被直接观测到,只能通过观测状态的序列来进行推断。
因此,对于给定的观测状态序列,我们的目标是找到最有可能生成该序列的隐藏状态序列。
二、隐马尔可夫模型的应用领域隐马尔可夫模型在自然语言处理、语音识别、图像处理等领域得到广泛应用。
以下是几个常见的应用场景:1. 自然语言处理:隐马尔可夫模型可以用于词性标注、语法分析等任务,通过学习文本中的隐藏状态序列来提取语义信息。
2. 语音识别:隐马尔可夫模型可以用于音频信号的建模,通过观测状态序列推断出音频中的语音内容。
3. 图像处理:隐马尔可夫模型可以用于图像分割、目标跟踪等任务,通过学习隐藏状态序列来提取图像中的特征。
三、隐马尔可夫模型的解析方法解析隐马尔可夫模型有两个基本问题:评估问题和解码问题。
1. 评估问题:给定模型参数和观测状态序列,计算生成该观测序列的概率。
一种常用的解法是前向算法,通过动态规划的方式计算前向概率,即在第t个时刻观测到部分序列的概率。
2. 解码问题:给定模型参数,找到最有可能生成观测状态序列的隐藏状态序列。
一种常用的解法是维特比算法,通过动态规划的方式计算最大后验概率路径,即在第t个时刻生成部分观测序列的概率最大的隐藏状态路径。
隐马尔可夫模型及其应用课件
观测
观测是系统状态的可见输出,它们是由隐藏 状态生成的。
发射概率
描述在给定隐藏状态下生成观测的概率。
模型的参数
初始状态概率
隐藏状态的初始概率分布。
转移概率矩阵
描述隐藏状态之间转移的概率矩阵。
发射概率矩阵
描述在给定隐藏状态下生成观测的概率矩阵。
状态序列长度
隐藏状态序列的长度,通常根据具体问题确定。
02 隐马尔可夫模型的算法
隐马尔可夫模型及其应用课件
目录
CONTENTS
• 隐马尔可夫模型简介 • 隐马尔可夫模型的算法 • 隐马尔可夫模型的应用 • 隐马尔可夫模型的优缺点 • 隐马尔可夫模型的发展趋势与展望
01 隐马尔可夫模型简介
CHAPTER
定义与特性
隐马尔可夫模型(HMM)是一种统计模型,用于描述一个不可观测的马尔可夫过 程,也就是隐藏状态序列。
CHAPTER
前向-后向算法
前向算法
用于计算给定观察序列和模型参 数下,从初始状态到结束状态的 所有可能路径的概率。
后向算法
用于计算给定观察序列和模型参 数下,从结束状态到初始状态的 所有可能路径的概率。
维特比算法
• 维特比算法:是一种高效的寻找最大概率路径的算法,通过 动态规划的方式,在每个状态转移时选择概率最大的转移。
在生物信息学中的应用
基因序列分析
在生物信息学中,隐马尔可夫模 型被用于基因序列分析,如预测 基因结构、识别基因启动子等。 通过训练模型,可以学习基因序 列的统计特性,从而进行基因相 关的分析和预测。
蛋白质序列分析
隐马尔可夫模型也被应用于蛋白 质序列分析,如蛋白质二级结构 预测、蛋白质家族分类等。通过 分析蛋白质序列的统计规律,隐 马尔可夫模型能够提供对蛋白质 结构和功能的深入理解。
隐马尔可夫模型
使用HMM解决的问题 解决的问题 使用
已知模型λ和输出序列 测评问题 Evaluation :已知模型 和输出序列 , 已知模型 和输出序列O, 求由λ生成 的概率 求由 生成O的概率 生成 已知模型λ和输出序列 和输出序列O, 译解问题 Decoding : 已知模型 和输出序列 ,求 最有可能生成O的状态转移序列 最有可能生成 的状态转移序列 学习问题 Learning : 已知模型λ和输出序列 ,求 已知模型 和输出序列O, 和输出序列 最有可能生成O 最有可能生成O的模型的参数
起始
—
0.05 0 0.015
结束
0.46 0.06
0.5
0.06
0.06 0.49
0.73 1
0.49
0.46
0.01
0.48
c
0.015 0.015
y
0.46 0.7 0.3 0.015
0.05 0.23
0.015
0.4
C
0.97
C
0.97
Y
Viterbi 算法中的矩阵
I0 A C C Y 0.12 0 0 0 I1 0 0.015 0 0 M1 0 0.046 0 0 I2 0 0 0 0 M2 0 0 0.485 0 I3 0 0 0 M3 0 0 0
Viterbi算法用了一个矩阵,矩阵的行由序列中的氨基 算法用了一个矩阵, 算法用了一个矩阵 酸残基组成,列由模型中的状态组成。 酸残基组成,列由模型中的状态组成。
HMM可由多条路径产生序列 可由多条路径产生序列ACCY 可由多条路径产生序列
0.3 0.3 0.4 0.5 0.48 0.48 0.27
1 0.8 0.2 — — — — —
2 0.6 0.4 — — — — —
隐马尔可夫模型 基因序列
隐马尔可夫模型基因序列隐马尔可夫模型(Hidden Markov Model,HMM)是一种统计模型,用于描述一个含有隐含未知参数的马尔可夫过程。
在基因序列分析中,隐马尔可夫模型常用于建模基因序列中的模式和特征。
以下是使用隐马尔可夫模型进行基因序列分析的一般步骤:1. 模型建立:- 定义状态:将基因序列中的各个位置或区域定义为状态。
例如,可以将每个碱基(A、C、G、T)定义为一个状态。
- 定义转移概率:确定在不同状态之间转移的概率。
这些转移概率表示从一个状态转移到另一个状态的可能性。
通常,转移概率是根据训练数据或先验知识估计得到的。
- 定义发射概率:确定从每个状态发射出特定碱基的概率。
发射概率表示在某个状态下产生特定碱基的可能性。
同样,这些发射概率通常是根据训练数据或先验知识估计得到的。
2. 模型训练:- 收集训练数据:使用已知的基因序列作为训练数据。
这些训练数据可以来自公共数据库或实验获得的基因序列。
- 估计参数:根据训练数据,通过最大似然估计或其他方法来估计隐马尔可夫模型的参数,包括转移概率和发射概率。
- 优化模型:根据估计的参数,对模型进行优化,以提高其对训练数据的拟合能力。
3. 模型应用:- 序列预测:利用训练好的隐马尔可夫模型,对新的基因序列进行预测。
根据模型的参数,可以预测出序列中每个位置最可能的状态或碱基。
- 特征提取:隐马尔可夫模型可以用于提取基因序列中的特征。
通过分析模型的状态和转移概率,可以发现序列中的模式和特征。
需要注意的是,隐马尔可夫模型在基因序列分析中有一些局限性,例如模型的准确性和可靠性可能受到训练数据的数量和质量的影响。
此外,隐马尔可夫模型通常是一种概率模型,它提供的是序列的概率分布,而不是确定性的预测。
在实际应用中,可以结合其他生物信息学工具和方法,如序列比对、基因注释和功能分析,来综合评估和解释基因序列的特征和意义。
隐马尔可夫模型的原理
隐马尔可夫模型的原理隐马尔可夫模型(Hidden Markov Model,HMM)是一种用于建模时序数据的统计模型。
它在许多领域中都有广泛的应用,如语音识别、自然语言处理、生物信息学等。
本文将介绍隐马尔可夫模型的原理及其应用。
一、隐马尔可夫模型的基本概念隐马尔可夫模型由两个基本部分组成:状态序列和观测序列。
状态序列是一个随机变量序列,表示系统在不同时间点的状态;观测序列是与状态序列对应的观测值序列,表示在每个时间点观测到的数据。
隐马尔可夫模型的基本假设是马尔可夫性质,即当前状态只与前一个状态有关,与其他状态和观测无关。
这一假设使得隐马尔可夫模型具有简洁的表示和高效的计算。
二、隐马尔可夫模型的三个问题在隐马尔可夫模型中,有三个基本问题需要解决:状态序列问题、观测序列概率计算问题和参数估计问题。
1. 状态序列问题给定模型参数和观测序列,状态序列问题是要求找到最可能的状态序列。
这可以通过动态规划算法中的维特比算法来解决。
2. 观测序列概率计算问题给定模型参数和观测序列,观测序列概率计算问题是要求计算给定观测序列的概率。
这可以通过前向算法或后向算法来解决。
3. 参数估计问题给定观测序列,参数估计问题是要求估计模型参数。
这可以通过Baum-Welch算法(也称为EM算法)来解决。
三、隐马尔可夫模型的应用隐马尔可夫模型在许多领域中都有广泛的应用。
1. 语音识别隐马尔可夫模型在语音识别中被广泛应用。
语音信号可以看作是状态序列,而观测序列是对应的声学特征。
通过训练隐马尔可夫模型,可以实现对语音信号的识别和理解。
2. 自然语言处理隐马尔可夫模型在自然语言处理中也有重要的应用。
例如,可以将自然语言文本看作是状态序列,而观测序列是对应的词语或字符。
通过训练隐马尔可夫模型,可以实现对自然语言文本的分词、词性标注等任务。
3. 生物信息学隐马尔可夫模型在生物信息学中也有广泛的应用。
例如,可以将DNA 序列看作是状态序列,而观测序列是对应的碱基。
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4.2 隐马尔可夫模型的定义
一般情况下,只能观察到输出符号序列(ab),
而不能观测到状态之间如何转移(状态转移概率)
和状态的分布(状态的概率),所以称为隐藏的马
尔可夫模型。
语音信号是一个可观察的序列:它是由大脑中的思
维(不可观测)及语言需要和语法知识(不可观测)
所发出的参数流。
球和缸
S1
S2
SN
第四章 隐马尔可夫模型(HMM)
4.1 马尔可夫模型的定义 4.2 隐马尔可夫模型的定义 4.3 隐马尔可夫模型的参数
HMM的由来
1870年,俄国有机化学家Vladimir
V.
Markovnikov第一次提出马尔可夫模型
马尔可夫性
如果一个过程的“将来”仅依赖“现在” 而不依赖“过去”,则此过程具有马尔 可夫性,或称此过程为马尔可夫过程 X(t+1) = f( X(t) ) X(n+1) = f( X(n) )
实例
缸的数目 彩球颜色数目 在选定某个缸的情况 下,选择另一个缸的 概率 每个缸中的颜色分布 初始时选择某口缸的 概率
B
3. 一个输出概率:
将每一种可能路径的的输出概率相加
得到的总的概率值作为输出概率。
4.3隐马尔可夫模型的参数 {N , M , T , A, B, } { A, B, }
N 模型中状态的数目。状态的集合 S {S1 , S2 , S N }
M 每个状态对应的观测符号数。观测符号集合 V {v1 , v2 ,vM } T 观测符号序列的长度,观测符号序列 O {O , O2 ,OT } 1 A 状态转移概率分布 B 状态的观测符号概率分布 B {bj (k )}, bj (k ) P[vk | S j ],1 j N ,1 k M
A {aij }, aij P[S j Si ],1 i, j N
初始状态的概率分布
{ i }, i P[Si ],1 i N
HMM的基本要素
参数
N M A
{N , M , T , A, B, }
含义
状态数目 每个状态可能的观察 值数目 与时间无关的状态转 移概率矩阵 给定状态下,观察值 概率分布 初始状态空间的概率 分布
S2
a23 0.6
a 0 .5 b 0 .5
S3
a13 0.2
a 1 b 0
a 0.8 a11 0.3 b 0 .2
a22 0.4 a 0.3
b 0 .7
S1
a12 0.5
a 1 b 0
4.1马尔可夫模型(MM)的定义
MM是一个输出符号序列的统计模型,具有N个状
态S1,S2,…SN,它按一定的周期从一个状态转移到另外
一个状态,每次转移时,输出一个符号。
S1
起始状态
S2
a/b 输出符号
S3 终止状态
4.1马尔可夫模型(MM)的定义
转移到哪一个状态,转移时输出什么符号,分别由状态转
P(green)=bN(4)
P(black)=b1(M)
P(black)=b2(M)
P(black)=bN(M)
观察序列O={绿,绿,蓝,红,红,黄,….. 蓝}
设有N个缸,每个缸中装有很多彩色的球,不同颜色
的球(M)的多少由一组概率分布来描述,
根据某个初始概率分布,随机选择一个缸,例如第i 个缸,再根据这个缸中彩色球颜色的概率分布,随 机选择一个球,记O1,再把球放回缸中。 根据缸的转移概率,选择下一个缸,例如第j个缸。
已知一天(t=1)的天气是晴(S3),问:其后7天 的天气为“晴,晴,雨,雨,晴,多云,晴”的 概率是多少? 观察序列O={S3,S3,S3,S1,S1,S3,S2,S3}
对应时间t=1,2,3,4,5,6,7,8
P(O) P[ S 3, S 3, S 3, S1, S1, S 3, S 2, S 3] P( S 3) P( S 3 S 3) P ( S 3 S 3) P ( S1 S 3) P( S1 S1) P( S 3 S1) P ( S 2 S 3) P ( S 3 S 2) 1 a33 a33 a31 a11 a13 a32 a23 1.536 104
P(red)=b1(1) P(yellow)=b1 (2) P(bule)=b1(3)
P(red)=b2(1) P(yellow)=b2 (2) P(bule)=b2(3) P(green)=b2(4)
P(red)=bN(1) P(yellow)=bN (2) P(bule)=bN(3)
P(green)=b1(4)
马尔科夫链
时间和状态都离散的马尔科夫过程称为马尔科夫链 记作{Sn = S(n), n = 0,1,2,…} 在时间集T1 = {0,1,2,…}上对离散状态的过程相继 观察的结果 链的状态空间记做I = {S1, S2,…}, Si∈R. 条件概率P{Sj|Si} 为马氏链在时刻m处于状态Si条 件下,在时刻m+1转移到状态Sj的转移概率。
S2
a23 0.6
a 0 .5 b 0 .5
S3
a13 0.2
a 1 b 0
a11 a12 a13 1 a 22 a 23 1 a b 1
从一个状态转移出去 的概率之和为1。
每次转移时输出符号a和b 的概率之和为1。
一个关于天气的3状态马尔可夫模型
再根据这个缸中彩色球颜色的概率分布,随机选择
一个球,记O2,再把球放回缸中。 最后得到描述球颜色的序列O1 O2 观察,被隐藏。 ,成为观察值 序列,但每次选取的缸和缸之间的转移并不能直接
设观察到的输出符号序列是aab。试求aab的输出概率?
a 0.8 a11 0.3 b 0 .2 a 0 .3 a22 0.4 b 0 .7 a 1 b 0
S1
S1
S1 S3
由于是隐HMM模型,不知输出aab时,到底是经 过了哪一条不同状态组成的路径,因此,求aab的 输出概率时,将每一种可能路径的的输出概率相加 得到的总的概率值作为aab的输出概率值: 0.036+0.018+0=0.054
总结
1.HMM包含两个随机过程:
(1)马尔可夫链:一个随机过程描述的状态
每个状态存在的概率矩阵P1
a13 0.3 0.5 0.2 a 23 0 0.4 0.6 状态之间转移 的概率矩阵P2 a 33 0 0 0
0.8 0.2 1 0 转移中输出符号的概率矩阵P3 P3 1 0 0.3 0 .7 0.5 0.5
移概率和转移时的输出概率来决定。即每一条弧上有一个状态
转移概率以及输出概率。aij表示从状态Si转移到状态Sj的概率。
a 0.8 a11 0.3 b 0 .2
a22 0.4 a 0.3
b 0 .7
S1
a12 0.5
a 1 b 0
S1
a12 0.5
S2
a23 0.6
a 0 .5 b 0 .5
S3
aHale Waihona Puke 3 0.2 a 1 b 0
从S1到S3,并且输出aab,可能的路径有三种:
S1
S1
S1
S2
S2 S3
S2 S3
0.3×0.8×0.5×1×0.6×0.5=0.036
0.5×1×0.4×0.3×0.6×0.5=0.018 0.3×0.8×0.3×0.8×0.2×0=0
0.3 0.4 0.6 0.8 0.2 0.1 0.3 0.2
雨 S1
多云 S2
0.1
晴 S3
a11 P a21 a31
a12 a22 a32
a13 0.4 0.3 0.3 a23 0.2 0.6 0.2 a33 0.1 0.1 0.8
(S1,S2,S3)和状态转移序列(状态转移序列S1 S1 S2 S3、S1 S2 S2 S3和S1 S1 S1 S3 等); (2)一个随机过程描述状态和观察值之间的统计对 应关系(每次转移时输出的符号组成的符号序列, 如,aab)。
2.HMM包含三个概率矩阵:
1 1 1 P1 3 3 3 a11 a12 P 2 a 21 a 22 a 31 a 32