附录1常用基本词汇表

附录1 常用基本词汇表

英文名词中文名词解释

A（Adenine）腺嘌呤作为碱基的两种嘌呤中的一种。

active site活化位点蛋白质三维表面催化作用发生的区域。

alignment比对为了确定两个同源核酸或蛋白质序列的累计差

异而进行的配对称为比对。

alignment of alignments比对的比对即比对的对象不是简单的序列，而是序列的比

对。

alleles等位基因一个基因的不同版本。

alpha carbonα碳在氨基酸中与侧链（R-基团）相连的中心碳原子。

alternative splicing可变剪接从一个单独的hnRNA生成两个或多个mRNA

分子的过程。

amino terminus (N-terminal)氨基端（N端）在一个多肽中，具有自由氨基的分子端，对应

于基因的5’-端。

anti-parallel反向平行表示相反的方向；在双链DNA中，这意味着如果

一条链是5' 到3'的，则其互补链方向是3' 到

5'的。

backbone (of an amino

acid)

（氨基酸的）骨架包含一个氨基，一个α碳和一个羧酸或羧基。base pair 碱基对（1）在双链DNA中嘌呤和嘧啶之间的相互作用

（特别指A和T之间，G和C之间）；（2）双链

DNA序列长度的基本单位。

beta turnsβ转角在反向平行的β折叠片中，当β链反转方向的时

候蛋白质内部形成的U型结构。

Bioinformatics 生物信息学应用信息科学的理论、方法和技术，管理、分析

和利用生物分子数据。

Biocomputing生物计算本书中特指用计算机技术分析和处理生物分子

数据。

Basic Local Alignment Search Tool ( Blast) 基本的局部比对搜索工具

（Blast）

一种常用的序列数据库搜索工具。

blotting and hybridization印迹和杂交将分子（通常是核酸分子）从凝胶转移到膜上，

接着用绑定有特定感兴趣的分子的标记探针进

行洗脱的过程。

bootstrap test自举检验对置信程度进行量化的检验。

branch and bound method分支约束法一种空间搜索方法，通过约束条件减少搜索空间，

提高搜索效率。

branches 分支在系统发生树中，通过分支连接两个节点。

C (Cytosine)胞嘧啶作为碱基的两种嘧啶中的一种。

CAAT box CAAT盒大多数真核启动子具有的一段短序列，其片段模式

为C-A-A-T，通常出现在转录起始位点上游80

个核苷酸的地方。许多因子可以与CAAT盒结合。

carboxy terminus羧基端在多肽链中，含有羧酸基团(—COOH)的分子端，

对应于基因的3'-端。

cDNA Complementary

DNA

cDNA 互补DNA通过逆转录酶从RNA模板合成的DNA。

cDNA library cDNA文库从mRNA序列中产生的所有DNA序列的集合。

这种类型的文库只包含编码蛋白质的DNA（基

因）。

central dogma 中心法则从基因的核酸序列中提取信息并以此合成蛋白质

的过程（DNA→RNA→ protein）。

character 特征在系统发生树中，具有有限状态数的特征。charged amino acid 带电氨基酸在一定的生物pH值下，带有正电或负电的氨基

酸。

chromatin 染色质在真核生物细胞核内部由大量DNA以及与此相

关的组蛋白组成的近似均匀混合物。chromosome 染色体在原核生物，包含一个细胞基因组的DNA分子称

为染色体。在真核生物中，与蛋白质复合在一起、

包含大量遗传信息的线型DNA分子。

clone 克隆无性繁殖，如生物体克隆、基因克隆等。

cloning 克隆在类染色体载体中插入特定的DNA一段，使得它

们可以在活细胞中得以保存并复制。

coding sequence 编码序列DNA序列中为蛋白质编码的部分。

codon 密码子基因编码部分的三核苷酸组合，对应于一个特定的

氨基酸。

Complementary 互补的（1）通过氢键连接的核苷酸对（G 和C; A 和T;

A 和U）；（2）核苷酸链的反向平行对。

Computational Molecular Biology 计算分子生物学主要研究分子生物学数据的分析方法，开发分析

工具。

conformation 构象蛋白质的空间构象。

consensus sequence一致序列在两个或多个同源序列的每一个位置上多数出

现的核苷酸或氨基酸组成的序列。

conserved sequence 保守序列在进化过程中基本保持不变得核酸与蛋白质序

列，它们往往与特定得功能相对应。

contig 连续交叠群基因组测序过程中将许多短的序列片段链接成很

长的连续片段。

convergent evolution 趋同进化指相似基因型或表型性状的独立进化。例如，眼

睛在各种生物体（如哺乳动物、软体动物以及昆

虫）中独立进化，结构各异。

CpG island CpG岛在哺乳类动物基因组中的一个500bp到3000bp

的区域，该区域中的二核苷酸CpG的含量比其他

区域的正常水平要高。通常，与此相关的是真核

生物管家基因的启动子区域。

crystal 晶体由分子的规则排列组成的固体结构。

degeneracy 简并性指某些氨基酸可以被一个以上的三联密码子编

码的特性。

denatured protein 变性蛋白质指蛋白质因为受热作用或者去污剂或尿素等化

学作用而失去了正常的三级结构和四级结构的

结果。

deoxyribonucleic acid (DNA) 脱氧核糖核酸（DNA）由相连的核苷酸组成的双链生物二聚体，其核苷

酸含有脱氧糖基。DNA是遗传的分子基础。

dipeptide 二肽由一个肽键连成的两个氨基酸。

disulfide bond 二硫键二硫键是蛋白质中两个半胱氨酸侧链之间形成

的化学键。

DNA DNA参见脱氧核糖核酸。

domain 域（结构域）指蛋白质结构中相对独立的、具有特定功能的空

间区域。

dot plot 点阵图对两条序列进行图形化比较的方法。图形中的一

系列的斜线对应于序列相似的区域。

dynamic programming 动态规划一种可以有效地探求一定复杂问题的各种可能的解

决方案的程序；它将一个问题合理分解成一些小的

子问题，然后利用部分计算解得到最终答案。

enhancer 增强子可以与真核转录因子特异性结合的DNA序列片

段。增强子序列可以在任何一个方向上起到逐渐增

加转录水平的作用。

enzyme 酶一种生物催化剂（通常是蛋白质），能通过降低活

化能使特定的化学反应可以更快地进行。

EST（Expressed sequence

tags）

EST表达序列标签从cDNA的5' 或3' 端获取的短的DNA片段。

euchromatin 常染色质指真核生物中组蛋白高度甲基化并且DNA低度

甲基化的开放染色质。

exhaustive search 穷举搜索对问题所有可能的解进行评估。

exon 外显子一个hnRNA分子的各个部分，它们被剪接后连在

一起形成mRNA。

expression profile 表达谱基因在不同时空的表达模式。

family 家族在整个长度范围内有多于50％的氨基酸序列相同

的蛋白质称为一个家族。

fold 折叠通常和术语“结构模体”有近似的含义，但是

特别暗示在两个或更多的蛋白质中具有相似二

级结构的大区域。

fourfold degenerate site 四重简并位点指那些改变一个核苷酸为任何其它三个中的一

个都对核糖体将氨基酸插入到蛋白质没有影响

的密码子位点。

G（Guanine）G（鸟嘌呤）两种嘌呤中的一种。

gap penalty 空位罚分为了减少序列比对中出现的空位，对空位进行减

分的操作。

gaps 空位在两个具有共同祖先序列的比对中，为了反映插

入或删除所引入的一个或一些破折号。

GC content GC含量在DNA序列中，核苷酸G、C的丰度的相对于A、

T的度量。

gel electrophoresis 凝胶电泳指在电场的作用下，使带电分子穿过聚丙烯酰胺、

淀粉或者琼脂糖凝胶，从而根据其大小和带电性

进行分离的过程。

gene 基因DNA或RNA中，代表特定功能的某一段核苷酸

序列；一种遗传的功能单元，它控制着一个或多

个性状的传递和表达。

gene content基因内容一个基因组所包含的所有基因称为该基因组的

基因内容。

gene expression 基因表达利用存储在DNA中的信息来合成RNA分子，

进而生成相应蛋白质的过程。

gene identification 基因识别利用各种方法识别基因组中的基因序列。

gene ontology 基因本体论关于基因和蛋白质知识的标准词汇，是今后实现

各种与基因相关数据的统一、进行数据转换、开

展数据挖掘的基础。

gene order基因次序基因在染色体上的排列顺序。

gene tree 基因树基于同源基因分析得到的系统发生树。

genetic map遗传图谱以具有多态性的遗传标记为“路标”，以遗传学

距离为图距的基因组图谱。

genome 基因组一个生物体全部遗传物质的总和。

genomics基因组学研究基因组序列，研究序列与功能的关系，研究

基因组中所包含的遗传信息。

genomic library 基因文库包含有基因组DNA插入的克隆片断集合。genotype 基因型一个个体或群体全部或部分的基因组成。global alignment 全局比对在全局范围内对两条序列进行比对打分的方法。

GU-AG rule GU－AG规则这是一条与真核生物蛋白质编码基因相关的规

则，说的是RNA内含子序列5' 端的起始两个核

苷酸总是5'-GU-3'，并且其3'端的最后两个核苷

酸总是5'-AG-3'。

hairpin turn 发夹环在RNA链中自身反转允许形成分子内碱基配对的

位置。

Hash table Hash 表一种数据结构，可以存储多个数值；不像矩阵要用

整型索引获取存在其中的数，hash可以用任何类型

的值（包括字符串）作为索引。

隐马尔柯夫模型（HMM）在序列分析中常用的一种数学模型。

Hidden Markov Models

(HMM)

heterochromatin 异染色质指转录停滞、紧密包裹着的染色质；和高度DNA

甲基化以及低度的组蛋白甲基化有关。heuristic methods 启发式方法反复试验，利用经验解决问题的一种方法。homologs 同源序列具有公共祖先的序列。

horizontal gene transfer 基因水平转移基因从一个物种传递到另一个物种的过程。虽然

病原体和转座子通常被疑似为导致它的原因，但

是基因这种运动的机制仍然未知。

Human Genome Project, HGP 人类基因组计划通过全球合作，绘制人类基因组的全部序列图

谱。

housekeeping gene 管家基因发育过程中在任何时间、在任何器官都高度表达

的基因。

H-P (hydrophobic-polar) model H-P（疏水极性）模型以固定半径的单个原子表示蛋白质中的一个氨

基酸残基的简单网格模型。

hydrogen bonding 氢键由于极性共价键的作用，使得电荷作用发生轻微

分离而形成的分子相互作用。

hydrophilic 亲水的很容易在水性溶剂中溶解；字面上理解，就是和

水易处的。

hydrophobic 疏水的难以和水分子相互作用，字面上就是厌水的。

hydrophobic amino acid 疏水氨基酸含有一个全部由碳和氢组成的R基团的氨基酸；

它不可能和水分子形成氢键。

hydrophobic collapse 疏水折叠将一个多肽链折叠成一个压缩的构象，从而使疏

水残基远离溶剂的过程，简单的说，是由疏水作

用而引起的肽链折叠。

indel 插入或删除插入或删除。

inferred ancestor 推断祖先通过系统发生树推断而得到的祖先。

inferred tree 推断树对三个或三个以上的同源序列的系统发生关系的

描述，是它们真正关系的一个近似。

informative 有信息（位点）在简约性分析中的提供有用信息位点；与此对应

的是无信息位点。

ingroup 内群（或内部物种）一个物种或一个分歧不大的物种系列；与此相对

应的是外群。

Inhibitor 抑制剂任何可以降低酶促反应速度的物质。

initiation complex 起始复合物一系列自身相互作用的转录因子形成复合体，作

用与一个基因的启动子区域，从而促进基因的转

录启动。

initiator (Inr) sequence 起始序列真核基因中与转录起始位点密切相关的核苷酸；

在人类中，该一致序列是5'-44CARR-3'。

insertion sequence 插入序列指除了自身转座需要外不再包含有任何信息的

转座子元件；当被插入到一个基因中，它将破坏

其正常的结构以及基因的功能。

internal node 内部节点在一棵系统发生树中，不对应真正数据的节点，

这样的节点代表两个或多个独立家系的公共祖

先。

intrinsic terminator 固有终止子在原核生物中终止转录的特殊信号；指在新转录

的RNA中可以形成二级结构的核苷酸序列，其后

跟随一串尿嘧啶。

intron 内含子在剪切时被切除的内部序列；出现在真核基因的

初级转录物(hnRNAs)中，而不是在mRNA中。isochores 等值区在真核基因组中具有相似碱基比例的区域。

junk DNA 垃圾DNA 没有意义的DNA序列；也指那些目前还不知道其

作用的序列。

kilobabse(kb) 千碱基DNA序列的长度单位，1000个碱基为1kb。lead compound 先导化合物指在药物设计中一个可行的候选分子。

LINE LINE 长散布（核）元件。

linkage map连锁图谱见“遗传图谱”。

local alignment 局部比对一种寻找匹配子序列的序列比对方法。

lock and key approach 锁-钥方法两个对接分子的构象被固定的对接方法。

log odds matrix 对数几率矩阵矩阵元素是每一个氨基酸替换概率的对数的矩

阵。

match score 匹配得分序列比较算法对相同字符匹配设置的得分。

maximum likelihood approach 最大似然法指在一系列的序列比对中，考虑每一个核苷酸被

替代的概率的一种系统发生学方法；也是一种基

于纯统计的系统发生重建方法。

methylation 甲基化一个甲基(—CH3)附着在一个核苷酸的含氮碱基

或者蛋白质上。

microarray 微阵列在一个固体基片上的已知位置固定了DNA探针

的有序网格。

microsatellite 微卫星在基因组中很多非常短的核酸序列出现的区域，

例如串接出现5'-CA-3'的重复序列；通常在个体间

变化很大。

minisatellite 小卫星指在基因组中长度从5个碱基对到几十个碱基

对重复序列串连出现的区域；在个体间变化可能

很大。

mismatch score 失配打分在一个比对算法中，对于不相同的字符被比对时

所赋予的罚分。

molecular clock 分子钟这是一个有争议性的假设，指对于所有的进化谱

系，任何一段给定的DNA序列以相同的速率突

变。

molecular clones 分子克隆指一段DNA序列的多数相同拷贝，一般地在例

如质粒或病毒等载体中进行，使得它们可以在细

菌培养物中生存并传播。

molecular graphics 分子图形学分子图形学是进行分子模型化的一项重要技术，

由于分子图形学和其它计算化学方法的相互结

合，使得分子模型化方法取得成功。

molecular modeling分子模型化分子模型化是利用计算机模拟分子结构、研究分

子之间相互作用的一种技术。

Monte Carlo algorithm Monte Carlo算法一种尝试复杂问题的各种可能解的方法，例如将

能量最小作为评价一般解的方法。

motif 序列模式指核酸或者蛋白质序列中具有保守性的序列片

段。

multiple sequence

多重序列比对三个或更多条序列的比对。

alignment

mutation 突变由于DNA复制或者修复错误导致核苷酸序列发生

的变化；严格地讲，通过选择性过滤在物种代间发

生的变化。

native structure 天然结构在一个活细胞内，特定的蛋白质通常折叠成的唯一

结构。

natural selection (selection) 自然选择个体间由于适应性的差异而形成的基因传给子

代的差异现象；导致等位基因频率改变的进化。

nearest neighbor classifier 最近邻分类法一种根据物体特征相似性对它们进行分类的一

种统计学方法。

negative regulation 负调控可以阻止转录发生的调控蛋白的结合。

neighbor-joining method 邻近归并法一种聚类方法，在聚类之前，所有对象以单个节

点表示，然后逐步合并相邻节点。

nucletide 核苷酸核酸分子的基本单位，其组成方式为碱基-戊糖-

磷酸。

neural network神经网络一种可以通过学习来仿效一些神经元的功能

计算机程序；能够用来根据统计相似性预测

数据集的特定属性。

neutral mutation 中性突变不影响生物适应性的突变。

NMR NMR核磁共振用于解析蛋白质结构的技术。

nodes节点在一棵系统发生树中，以节点代表一个分类单元

（物种、序列）。

nondegenerate site非简并位点突变总是导致蛋白质氨基酸序列发生替换的密码

子位置。

nonsynonymous substitution 异义替换可以使氨基酸发生变化的密码子中核苷酸的替

换。

open reading frame (ORF) 开放阅读框（ORF）一段由密码子组成的核苷酸序列，在相同阅读框

中没有终止密码子出现。

operator sequence 操纵子序列原核生物调控蛋白结合的与基因启动子相关的

一段核苷酸序列。

operon 操纵子包含有结构基因和调控元件、在转录中产生

mRNA分子的一组相关的基因。

origination penalty 起始罚分用来评估一系列新空位的罚分；序列比对中空位

罚分的一部分。

orthologs 直向（直系）同源物那些具有相似性的序列，由于物种形成事件而使

得它们从一个祖先序列独立进化。

outgroup 外群（外部参考物种）指与一组生物体很少相关的一个物种或一组物

种。

PAM unit PAM单位一种进化单位；特别地，指被观察的对象中每

100个残基发生一个替换所需要的平均进化时

间。

paralogs 共生（旁系）同源物那些具有相似性的序列，它们都是被复制的祖先

基因的后裔。

parsimony 简约性指只需少量突变事件激发就可以使一条进化路

径比其他路径更有优先权的过程。

physical map物理图谱关于基因组中特异性序列排列和间距的信息，建

立物理图谱实际上是为全基因组测序建立“路

标”，是测序的前一步工作。

peptide 肽一条含有多个氨基酸的链。

peptide bond 肽键在肽连接中碳氮之间的共价键。

pharmacogenomics 药物基因组学一门利用个体的遗传信息获取最好的疗效，同时

具有最小副作用的研究领域。

phenotype 表型生物体由于和其基因型和环境相互作用而产生

的可见属性。

phosphodiester bond 磷酸二酯键连接一个核苷酸的磷酸基团和另外一个的脱氧

核糖的共价键。

phylogenetic tree 系统发生树对三个或三个以上基因或生物体之间的进化关

系的图形化表示。

point accepted mutation

(PAM)

点接受突变（PAM）指被自然选择接受的突变。

polar amino acid 极性氨基酸通常指侧链上包含氧和（或）氮并且很容易和水

形成氢键的氨基酸。

polar bond 极性键在一个带全正电的分子和另一个带全负电的分

子之间发生的相互作用。

polyadenylation 多聚腺苷酸化指用一个基因核苷酸序列中不被读出的一段长

约250个碱基A组成的序列替代真核hnRNA3'

端的过程。

polycistronic 多顺反子包含多个基因的遗传信息（顺反子）。

polymerase chain reaction 聚合酶链反应一种在体外快速、大量地合成给定DNA片段的技

术，首先将双链DNA分离成两个互补的单链，再

用DNA聚合酶将每一个单链合成双链，如此重复

下去。

Polynucleotide 多核苷酸一条核苷酸的聚合链；DNA或RNA分子。polypeptide 多肽一条氨基酸的聚合链；蛋白质。

position-specific scoring matrix 位置特异性打分矩阵一个矩阵，矩阵中的每一个数表示某个特定的氨

基酸占据多序列比对中某个位置的频率。

positive regulation 正调控一个调控蛋白的结合使得RNA聚合酶更容易启

动转录的情况。

primary structure 一级结构组装成蛋白质的氨基酸序列。

probe 探针一块被标记的可以特异性和感兴趣的分子发生相

互作用的DNA（或RNA或抗体）。

promoter sequence 启动子序列指和一个基因相关联的可以被RNA聚合酶识别

的序列。

protein backbone 蛋白质骨架多肽链中的非侧链原子。

protein electrophoresis 蛋白质电泳根据蛋白质的基本特征（如大小、带电性）在电

场下分离并比较蛋白质的方法。

protein sequencing蛋白质测序对给定蛋白质的氨基酸进行测序的过程；通常

根据Edman方法，每次从多肽的羧基端移走一个

氨基酸。

protein threading蛋白质结构预测线索法首先假设多肽的构象，然后根据得到的结构计算出

其能量的方法。通过计算各种已知结构的能量，可

以得出与给定蛋白质序列最符合的构象。因为该结

构是假设的而不是计算出来的，所以线索法有时指

的就是“反向蛋白质折叠”。

proteome蛋白质组一个生物体的所有蛋白质总和。

Proteomics蛋白质组学蛋白质组学是研究细胞内所有蛋白质及其动态

变化规律的科学。

pseudogene伪基因发生突变之后失去功能以及转录活性的基因。

pseudoknot伪结当环内的碱基和环外的碱基形成配对的时候就

是一个假结体；RNA结构中最难预测的类型。

purine嘌呤碱基具有双环结构的核苷酸；通常指鸟嘌呤和腺

嘌呤。

pyrimidine 嘧啶碱基具有单环结构的核苷酸；通常指胞嘧啶、胸

腺嘧啶和尿嘧啶。

quaternary structure 四级结构当若干个多肽相互结合时分子内部发生的相互

作用；相互作用的蛋白质形成的整体结构。

reading frame阅读框在蛋白质编码基因中，以起始密码子开始、终止

密码子结束的一段线性密码子序列。

regulatory调控在特定的条件下允许或阻止一个基因的表达；对应

于结构蛋白。

residue残基作为多肽链一部分的氨基酸；在关于蛋白质或肽

的语境中，残基通常指氨基酸。

restriction enzymes限制性（内切）酶指在它们遇到特定的核苷酸序列的时候在DNA

分子中引入双链缺口的蛋白质。

restriction mapping限制性酶切图谱用两个或多个限制性酶进行同步消化来决定

DNA分子中的限制性酶识别序列的相对位置。

restriction site限制性（酶切）位点被限制性酶识别的核苷酸序列；限制性酶识别位

点。

retroposon逆转录转座子一个被RNA媒介传输的转座元件。retrotransposition 逆转录转座包含一个RNA媒介的转座。

reverse transcriptase 逆转录酶一种用来将RNA变成DNA的特殊的酶。

ribosome 核糖体指负责催化翻译过程的蛋白质和rRNA的复合

体。

ribozyme 核酶指可以加速特定化学反应（例如自切割）的RNA

分子。

RNA（Ribonucleic Acid）核糖核酸RNA是单链的核酸分子。

RNA polymerase RNA聚合酶负责转录的酶；将DNA分子中的信息转移到

RNA分子中。

rooted tree 有根树含有一个被认为是公共祖先的节点、并且该节点

到其他节点只存在唯一路径的一棵系统发生树。

satellite DNA 卫星DNA指相对于其他的基因组数据而言，重复性很大、

存储的信息量很少的真核DNA片段。

scaled tree 标度树指分支长度和相邻节点对之间的差异成比例的

系统发生树。

scoring matrix 打分矩阵在序列比对中，用来对每一个非空位置进行打分

的矩阵。

secondary structure 二级结构指源自蛋白质一级结构的α螺旋、β折叠等局部

结构特征。

semiglobal alignment 准全局比对指出现在序列头尾的空位不影响比对得分的序

列比对。

sequence 序列（1）DNA或RNA分子核苷酸的线性排列或者

蛋白质中氨基酸的排列；（2）对分子中的核苷酸

或者氨基酸的线性排列进行定序的操作。sequencing 测序测定生物分子序列的过程称为测序。

serial analysis of gene expression (SAGE) 基因表达的串形分析

(SAGE)

用来评估基因表达水平的实验方法。

side chain 侧链附着在氨基酸中心碳原子的短链或者原子基团。SINE SINE 短散布（核）元件。

SNPs（Single nucleotide polymorphisms）SNPs（单核苷酸多态性）SNPs对人类遗传学研究和医学应用具有重要的

意义，如人类种群遗传学的研究，疾病易感性分

析，药物基因组研究，个体化医疗。

species tree 物种树表示物种之间关系的系统发生树。

spliceosomes 剪接体真核生物中负责剪接的酶复合体。

splicing 剪接指剪掉真核hnRNA内部序列（内含子）再将与之

相邻的外显子连接起来的过程。

start codon 起始密码子引导原核和真核生物核糖体开始翻译mRNA的三

联密码子（特别是AUG）。

stem 茎干一个RNA分子内部碱基配对的区域。

stop codon 终止密码子不再使核糖体插入氨基酸而使mRNA翻译终止的

密码子（特别是UGA, UAG 和UAA）。

structural protein 结构蛋白通常指可以维持细胞或组织形状的蛋白质，它们

可以为骨骼或连接组织提供支撑的硬骨架。

STS （sequence tagged site）序列标记位点这些位点所对应的序列在基因组中可以作为特

定的标记。

substitution 替换在一定水平上通过选择过滤的突变。

Sum-of-Pairs （SP）逐对加和（SP）是一种多重序列比对的评价模型。

superfamily 超家族在一定程度上具有序列相似性，可以反映远古进

化关系的蛋白质家族的集合。

super-secondary structure 超二级结构若干二级结构可能以特殊的几何组合出现在蛋

白质结构中，这些组合起来的结构单元称为超二

级结构。

synonymous substitution 同义替换指在编码序列水平上不影响蛋白质氨基酸序列

发生改变的核苷酸替换。

T （Thymine）T（胸腺嘧啶）在DNA分子中作为碱基的一种嘧啶。

target identification 靶标识别一个特定的病原体寻找赖以生存和繁衍的生物

分子的过程。

terminal node 外部（叶）节点指系统发生树中在分支的末端代表分类单元的

节点。

tertiary structure 三级结构折叠多肽链的整体三维形状。

topology 拓扑结构一个分子的拓扑特征，即它的构型。transcription 转录基因表达的第一步，即基因的RNA拷贝。transcriptome转录组生物体RNA序列的全部集合。

Transformed distance method 距离变换法一种基于距离的系统发生学重建的方法，它可以

考虑不同谱系中的不同进化率。

transition转换一种嘌呤（A或G）代替另一种嘌呤，或者一种

嘧啶（C或T）代替另一种嘧啶。

translation翻译将RNA核苷酸序列中的信息转化为蛋白质氨基

酸序列的过程。

transversion 颠换用嘌呤（G或A）代替嘧啶（C或T）的突变，

反之亦然。

triplet code 三联密码在核糖体进行翻译的过程中用来产生一个氨

基酸的三核苷酸组。

twofold degenerate site 双重简并位点密码子位置，在这一点上，两种不同的核苷酸

翻译成同一种氨基酸，但是如果替换成另外两

个核苷酸，则会导致翻译成不同的氨基酸。

uninformative 非信息（位点）在简约性分析中，序列比对中的一个位点所对

应的树在这个点上引起的突变数目都相同，则

称此位点是无信息的，与此对应的是“信息（位

点）”。

unrooted tree 无根树一类指定了节点之间的相互关系，但没有指明

进化发生方向的系统发生树。

unscaled tree 非标度树一类指明了叶结点的相对的亲缘关系，但是没有

表达分离他们的相对变化次数的系统发生树。

unweighted-pair-group method with arithmetic mean (UPGMA)非加权分组平均法

（UPGMA)

系统发生树重建中的一种方法，它采用连续聚

类算法逐步建立树。

upstream promoter element 上游启动子元件与蛋白质而不是RNA聚合酶相结合的真核基因

启动子相关的核苷酸序列。

Vector Alignment Search Tool（VAST）向量比对搜索工具

（VAST）

一种结构比较搜索工具。

word 单词在序列搜索中，一段固定长度的序列称为一个

单词。一些数据库搜索算法将一段查询序列分

成几段固定长度的单词，然后根据这些单词在

序列数据库中进行搜索。