Maxquant使用说明
MAXIMO使用指南
MAXIMO使用指南一、登录MAXIMO： (2)1. 登录MAXIMO (2)二、MAXIMO的应用： (3)1.MAXIMO的应用领域：维修、仓管、采购。
(3)2.MAXIMO在实际应用流程。
(3)A. MAXIMO在实际维修中的应用流程图。
(3)B. MAXIMO在实际巡检中的应用流程图。
(3)C. MAXIMO在实际采购中的应用流程图。
(3)D. MAXIMO在实际仓管中的应用流程图。
(3)3.各部门在MAXIMO的实际操作 (5)A. 生产科生产班： (5)B. 维修人员（机电科、自动化科）： (7)C. 仓库管理 (9)D. 采购 (11)三、疑难解答： (14)1.修改密码。
(14)2.快速查找工作单。
(14)一、登录MAXIMO：1. 登录MAXIMO如果要登录Maximo，有三件事情必须要知道，分别：数据库名称，用户名，密码。
在一般情况下，数据库名称已由Maximo的系统管理员(系统管理员)准备好，所以不需要输入。
用户名和密码则由系统管理员个别告知。
1图如上图所示：（1）在“数据库”中包含数据库名称，开始时已存在，不需要填写。
（2）在“用户”中填写用户名。
（3）在“密码”中填写密码。
如果登录成功，则出现如下图：图2二、MAXIMO的应用：1. MAXIMO的应用领域：维修、仓管、采购。
2. MAXIMO在实际应用流程。
a. MAXIMO在实际维修中的应用流程图。
b. MAXIMO在实际巡检中的应用流程图。
c. MAXIMO在实际采购中的应用流程图。
d. MAXIMO在实际仓管中的应用流程图。
3. 各部门在MAXIMO的实际操作A. 生产科生产班：（1）登录MAXIMO；（2）单击工作单，选择“工作申请”；如下图（3）进入“工作申请”画面，单击“新增”按钮；（4）双击鼠标选择工单的“位置”和“设备”；（5）输入“电话号”；（中法：160，大丰：120）（6）在“描述”输入故障资料；（7）输入完成后，按“存储”按钮。
Maxquant使用说明复习课程
名称
除了“漂亮女生”形成的价格，优惠等条件的威胁外，还有“碧芝”的物品的新颖性，创意的独特性等，我们必须充分预见到。分隔
据调查统计在对大学生进行店铺经营风格所考虑的因素问题调查中，发现有50%人选择了价格便宜些，有28%人选择服务热情些，有30%人选择店面装潢有个性，只有14%人选择新颖多样。如图（1-5）所示
MS/MS identified (ISO) [%]
被鉴定到的串联质谱的比例，这里检测的是作为同位素模式的母离子被检测。
MS/MS identified (PEAK) [%]
被鉴定到的串联质谱的比例，这里检测的是作为单个峰（singlepeak，这里的单个峰的意思应该是没有同位素峰）的母离子被检测。
MS/MS
在原始数据当中的MS2记录的数据量
MS3
在原始数据当中的MS3记录的数据量
MS/MS submitted
用于软件分析的串联的MS的数量
MS/MS submitted (SIL)
用于软件分析的串联的MS的数量，这里检测的是作为标记簇（重标组，labelingcluster）的母离子被检测。
MS/MS submitted (ISO)
原始数据的处理加工
Enzyme
用于消化蛋白样品的蛋白水解酶
Enzymemode
同上
Enzymefirst search
用于firstsearch的蛋白水解酶
Enzyme mode first search
同上
Use enzyme first search
当有不同的蛋白酶用于设置firstsearch时，标记为“+”
Maxquant使用说明
被检测到的MS1（full scans）的总数量
Peaks Seque need
通过MS2测出氨基酸序列的多肽的总 数量
Peaks Seque need [%]
通过MS2测出氨基酸序列的多肽的比 例（这里指的应该是串联质谱鉴定到 的多肽的数量与MS1鉴定到的数量之 比）
Peaks Repeatedly Seque need
同上
Max. missed cleavages
允许取大的漏切数量
Labels。
用于标签实验当中的标签， 其中，0为 轻标，1为中标，2为重标
LC-MS run type
LC-MS运行的模式，当用于数据依赖 性的传统的鸟枪法来做蛋白质组学 时，设置为sta ndard（标准模式）
Time-depe ndent recalibrati on
|列的总数量
Isotope Patter ns Seque need (z>1)
被二级质谱（测序）鉴定到的冋位素序
列的总数量（电荷数＞1）
Isotope Patter ns Seque need [%]
:被二级质谱（测序）鉴定到的冋位素序「
列的比例
Isotope Patter ns Seque need (z>1)
MS/MS identified (PEAK) [%]
被鉴定到的串联质谱的比例，这里检 测的是作为单个峰（single peak,这里 的单个峰的意思应该是没有同位素 峰）的母离子被检测。
Peptide Sequences Identified
通过记录在二级质谱上的谱图而鉴定 出来的氨基酸序列的多肽的总数量
Recalibrated
重新校准：当原始数据当中的质量被 重新校准时，会在该框下显示“+”
Maxquant使用说明
Use enzyme first search
当有不同的蛋白酶用于设置firstsearch时，标记为“+”
Variable modifications
（翻译为可变修饰）用于多肽鉴定当中的可变修饰
Multi modifications
多重修饰用于鉴定多肽当中
Variable modifications first search
Summary
该总结文件包含了所有在Maxquant运行当中所有原始数据文件的信息
名称
分隔
描述说明
Rawfile
原始数据的处理加工
Enzyme
用于消化蛋白样品的蛋白水解酶
Enzymemode
同上
Enzymefirst search
用于firstsearch的蛋白水解酶
Enzyme mode first search
被二级质谱（测序）鉴定到的同位素序列的比例（电荷数>1）
Isotope Patterns Repeatedly
Sequenced
用串联质谱对同位素重复（超过1次）测序的总数量
Isotope Patterns Repeatedly
Sequenced [%]
用串联质谱对同位素重复（超过1次）测序的比率
Recalibrated
Peaks Repeatedly Sequenced
在二级质谱当中被重复鉴定的次数（超过1次）
Peaks Repeatedly Sequenced [%]
在二级质谱当中被重复鉴定的多肽的数量站总鉴定多肽数量的比率
Isotope Patterns
检测到的同位素峰的总数量
Isotope Patterns Sequenced
MAXQDA 2022 入门指南 (简体中文)说明书
入门指南Free Guide简体中文 Chinese SimplifiedMAXQDA 2022 入门指南简体中文技术支持与销售：VERBI软件. 德国（柏林）社会研究咨询有限责任公司./china版权所有·侵权必究MAXQDA is a registered trademark of VERBI Software. Consult. Sozialforschung. GmbH,Berlin/Germany; Mac is a registered trademark of Apple Computer, Inc. in the United States and/or other countries; Microsoft Windows, Word, Excel, and PowerPoint are registered trademarks of Microsoft Corporation in the United States and/or other countries; SPSS is a registered trademark of IBM Corporation in the United States and/or other countries; Stata is a registered trademark of Stata Corp LLC. in the United States and/or other countries.All other trademarks or registered trademarks are the property of their respective owners, and may be registered in the United States and/or other jurisdictions.© VERBI软件. 德国（柏林）社会研究咨询有限责任公司. 2022目录 5目录目录 (5)引言 (7)MAXQDA概述 (8)项目启动 (8)用户界面 (9)有关数据存储和保存的几条说明 (11)重要概念 (12)数据输入和探索 (13)数据输入 (13)数据探索 (14)数据搜索 (17)颜色编码和备忘录 (18)数据编码 (20)数据片段编码 (20)数据分析 (23)文件激活 (23)检索使用相同代码编码的文件片段 (24)可视化的使用 (25)6混合方法分析的实施 (26)定义文件变量 (26)变量值的输入 (27)将代码频率转化为变量 (28)文件变量在分析中的使用 (29)推荐文献 (30)结束语 (31)引言7引言欢迎使用MAXQDA入门指南！鉴于当下几乎无人喜欢阅读冗长的介绍性文本或使用手册，我们努力为您提供一份尽可能精短的指南。
Maxent简要使用教程
Maxent简要使用教程在AT＆T Labs-Research、普林斯顿大学、生物多样性和生物技术研究中心以及美国自然历史博物馆的支持下，本教程由Steven Phillips，Miro Dudik和Rob Schapire撰写，基本介绍了如何使用MaxEnt程序对物种的地理分布进行最大熵建模。
有关最大熵建模背后的理论以及此处使用的数据和统计分析的主要类型的详细说明，请参见Steven J. Phillips, Robert P. Anderson and Robert E. Schapire, Maximum entropy modeling of species geographicdistributions. Ecological Modelling, V ol 190/3-4 pp 231-259, 2006.Two additional papers describing more recently-added features of the Maxent software are:Steven J. Phillips and Miroslav Dudik, Modeling of species distributions with Maxent: new extensions and acomprehensive evaluation. Ecography, V ol 31, pp 161-175, 2008.Steven J. Phillips, et al. Opening the black box: an open-source release of Maxent. Ecography, In press, 2017 .我们使用的环境数据包括南美的气候和海拔数据以及潜在的植被层。
我们的物种样本是褐喉三趾树懒（Bradypus variegatus）。
这些数据来自2001年的Anderson＆Handley分类法修订版（/reference/84876），和Phillips 的2006年论文中。
西门子MAXUM II操作简易技术手册
西门子MAXUM II在线色谱简易操作技术手册R evision 2006-12-12 PI&PA Technical Service Center目录1、概述2、色谱一词的由来与相关的基本概念3、西门子MAXUM II色谱分析仪的特点4、MMI操作详述5、Maxum System Manager应用详述6、Maxum EZChrom应用详述7、Maxum Utilities应用详述8、如何调校西门子MAXUM II色谱分析仪9、西门子MAXUM II色谱分析仪的故障分析10、分析系统调试的具体步骤及每步所能达到的指标11、分析系统开车前对自身及外界条件的要求第 1 页共48 页1、概述这套西门子MAXUM II色谱分析仪操作技术手册是由西门子(上海)分析仪器工程有限公司的技术服务人员根据西门子在线色谱分析仪的技术资料编制的。
其目的是为了方便用户的技术人员与岗位操作人员能够对西门子MAXUM II色谱分析仪有比快捷方便的了解并提高对色谱的操控能力。
编者本着源于实践、用于实践的原则，根据用户现场的实际情况，尽可能做到让读者从不了解到了解，从不精通到精通。
手册适用4.0版本的数据库系统，手册内提到的技术相关问题全部来源于西门子编制的MAXUM II色谱分析仪说明书，如有疏漏与错误请查阅西门子发行的正规说明书或询问西门子的相关技术人员。
2、色谱一词的由来与相关的基本概念●什么是色谱一个俄罗斯植物学家茨维特，在1906年发明了色谱并命名了许多术语。
他把碳酸钙粉末装进一根玻璃管里形成一根“（色谱）柱”，然后把一小体积的树叶色素的石油醚溶液加在柱子上，用石油醚冲洗柱子。
各种色素以不同的速度移动并彼此分离开来。
碳酸钙粉末被茨维特称为固定相，而石油醚则是流动相。
流动相推动样品通过柱子，而固定相阻碍样品中组分的移动。
样品组分通过基于它们与固定相的不同作用而造成的差速移动而被分离。
他们与固定相间的作用可以是吸附、分配、离子交换、分子排阻等。
斯派克max操作手册
SPECTRO MAXx中文操作手册1. 如何打开、关闭SPECTRO光谱仪按下列顺序开机，断电保护器---稳压器---光谱仪主机的POWER按钮----SOURCE按钮---计算机---氩气按开机的相反顺序可以关闭光谱仪2. 如何进入“Spectro Analyse MX”分析软件双击桌面上“Spectro Analyse MX”图标，或者从开始STAR菜单的Program file中找到“Spectro Analyse MX”程序项，点击后出现“Spectro Anal yse MX”，点击即可进入分析软件。
（如下图）3. 如何选择所应用的日常分析程序（F10）在键盘上按功能键F10会出现一个窗口（如下图）是用F7对铁基曲线进行标准化时用，不能用于试样的分析FE-01是用于对所有铁基合金样品进行分析的程序FE-10是用于对普通碳素合金钢进行分析的程序FE-30是用于对不锈钢和铬镍合金钢进行分析的程序FE-00是用F7对钴基曲线进行标准化时用，不能用于试样的分析4. 如何输入样品号、炉号、质量牌号、操作员（F9）在Measure Windows中，按键盘功能键F9会出现如下窗口Sample No：炉号Quality ：样品的牌号Sample ID：样品的样号Operator ：操作者如果没有的话，可以不填5. 如何做标准化（F7）在Measure Windows中，按键盘功能键F7会出现如下窗口按“Yes”后出现如下窗口在样品台上放好随机带来的国际标样“RH-18”（做之前一定要在砂带磨样机上磨好），点击“OK”，一共需要测试五次。
假如数据不好可以选择这个数据，然后按窗口边上“Delete a Measurement”删除后，重新进行测试。
五次测量后会出现如下窗口如果又出现一个对话框，则按跳出的“OK”就可以，随后出现询问是否打印标准化报告，按“Yes”打印，按“No”不打印见下图所示：出现表示标准化由于某种原因没有成功，假如出现的对话框上显示的是“Standardization was successful”表示标准化成功了，按“OK”就可以了6. 如何做类型标准化（F8）仪器标准化的作用是对仪器的整体进行校正，实际上相对是一个对仪器的粗调整；而类型标准化是根据不同的生产品种选择不同的控制样品进行对仪器的细调整。
DeepDigest肽段酶切概率预测软件使用说明书
肽段酶切概率预测软件使用说明书Version 1.7.0Last revised February 13, 2023杨婧涵1,3||，高志强1,3||，任修涵4，盛捷2，徐平2，常乘2*，付岩1,3*1CEMS, NCMIS, RCSDS, Academy of Mathematics and Systems Science, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100190, China.2State Key Laboratory of Proteomics, Beijing Proteome Research Center, National Center for Protein Sciences (Beijing), Beijing Institute of Lifeomics, Beijing 102206, China.3School of Mathematical Sciences, University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China.4School of Sciences, China University of Mining & Technology, Beijing 100083, China.||共同第一作者*通讯作者:付岩，邮箱：***********.cn常乘，邮箱：*********************1软件介绍如今，基于高通量生物质谱技术的蛋白质组学已经成为生物学、医学领域研究的一种前沿方法。
在主流的鸟枪法蛋白质组学分析流程中，蛋白质水解产生的肽段将经由质谱仪进行检测，再通过对肽段质谱数据的分析完成对蛋白质的定性和定量。
1通常，不同的水解酶可能会在相应的特异性氨基酸位点处发生酶切，但是漏切的现象普遍存在，从而影响了部分肽段的生成，导致其不能被质谱检测到，最终会阻碍了人们对质谱数据进行高精度、大规模地解析。
收藏limma转录组定量中文操作指南
对于一个给定的实验，通常有几种等价的方法可以创建一个合适的设计矩阵。比如说，~0+group+lane去除了第一个因子group的截距，但第二个因子lane的截距被保留。此外也可以使用~group+lane，来自group和la 情况下能更直截了当地设定模型中的对比。 用于细胞群之间成对比较的对比可以在limma中用makeContrasts函数设定。 contr.matrix <-> BasalvsLP = Basal-LP, BasalvsML = Basal - ML, LPvsML = LP - ML, levels = colnames(design)) limma的线性模型方法的核心优势之一便是其可以适应不同的实验复杂程度。无论这篇教程中关于细胞类型和批次的简单实验设计，还是更复杂的因子设计和含有交互作用项的模型，都能够得到相对简单的处理。 对于RNA-seq原始计数或其log-CPM值，方差与均值并不独立，而使用负二项分布来模拟计数的方法假设均值与方差间具有二次的关系。在limma中，假设log-CPM值符合正态分布，并使用由voom函数计算得到的精确 下图左侧展示了这个数据集log-CPM值的均值-方差关系。通常而言，voom图中均值随着方差增加而递减。生物学差异高的实验通常会有更平坦的趋势，其方差值在高表达处稳定。生物学差异低的实验更倾向于急剧下 此外，如果对于低表达基因的过滤不够充分，在图上表达低的一端可以观察到方差水平的下降。如果观察到了这种情况，应当回到最初的过滤步骤并提高用于该数据集的表达阈值。
布鲁克Quantax 400能谱仪说明
QUANTAX能谱仪用户手册Version 1.0目录系统简介 (3)1. QUANTAX硬件系统 (4)1.1 XFlash®系列探测器 (6)1.2 SVE系列信号处理器 (8)1.3 PC工作站 (11)2. QUANTAX软件系统 (12)2.1 软件登录 (13)2.2 主菜单介绍 (13)2.3 软件的基本功能介绍 (15)2.4 谱图采集的简易步骤与方法 (19)3. 显微分析基础知识 (28)3.1 粒子的相互作用 (29)3.2 连续X射线的产生 (Bremsstrahlung) (29)3.3 微分析中的激发空间和渗透深度 (30)3.4 辐射的能量计算 (30)3.5 临界能量 (31)4. 定性和定量方法 (33)5. 名词解释 (33)6. 常见用户疑问 (33)7. 参考书及资料 (33)系统简介QUANTAX是一种理想的多功能能量色散型微分析系统，广泛应用于工业、教育、科研等领域。
QUANTAX系统提供了不同的配置及各种选项以满足日益复杂的分析要求。
该系统可配置在扫描电子显微镜、透射电子显微镜、电子探针，以及双束FIB等分析仪器上。
所有的QUANTAX系统均可对体材料、薄膜材料、抛光样品、粗糙样品以及颗粒样品提供最先进的真正无标样定量分析。
该系统优化的自动或交互式图谱分析方法、先进的P/B-ZAF方法和精确全面的元素数据库确保无标样定量具有非常高的置信度。
此外，该系统还提供了基于PhiRhoZ的有标样定量分析选项包。
QUANTAX系统独特组合的有标样定量方法和无标样定量方法大大扩展了其分析能力。
QUANTAX系统直观的图形用户界面、灵活的项目管理组，以及不同风格报告的生成器是分析工作更为方便。
该软件可根据目的进行不同的设置以同时满足初学者和专家级用户的分析需求。
所有的QUANTAX系统均包含了一个在线帮助系统并且支持远程诊断和远程帮助。
本操作手册包含了基本的操作规程和简略的软件介绍，在线帮助系统及用户手册提供了更为详尽的资料。
蛋白组学定量值得比较说明
蛋⽩组学定量值得⽐较说明1. Maxquant的iBAQ和LFQ，该⽤哪个？我们使⽤Maxquant做Label Free蛋⽩质组学定量分析的时候，在Maxquant的参数设置时，会遇到两个参数，LFQ和iBAQ，那么，选择哪个好呢？如果你都选上，在最终的proteingroups.txt中，会出现三列：Intensity、IBAQ、LFQ intensity，这三列中的数字，也就是蛋⽩的定量强度，并不⼀样，那么，到底那⼀列⽐较准呢？⾸先，让我们来看⼀下三者的计算原理是什么？> Intensity是将某Protein Groups⾥⾯的所有Unique和Razor peptides的信号强度加起来，作为⼀个原始强度值。
> iBAQ是在上⾯的基础上，将原始强度值除以本蛋⽩的理论肽段数⽬。
> LFQ则是将原始强度值在样本之间进⾏校正，以消除处理、上样、预分、仪器等造成的样本间误差。
假设有两个蛋⽩，A和B，A和B在样本中的量是相等的，也就是等量。
假设A的长度是10个肽段，B的是100个肽段，假设鉴定结果中，覆盖度都是30%，那么蛋⽩A的强度是3，B的是30,。
这时候我们对⽐⼀下，B是A的10倍，但是，A和B原本是相等，这样就存在较为严重的误差。
这时候，如果我们将其原始强度值除以理论肽段数⽬，A的强度变成了3/10, B的强度变成了3/10。
A = B，Perfect！上⾯就是IBAQ的原理和⽤处。
但是在定量蛋⽩质组学中，我们并不做蛋⽩A和 B之间的定量，假如你有⼀个药物处理前的细胞和药物处理后的细胞的对照型样本做的定量蛋⽩质组学实验，我们关注的蛋⽩A在处理前和处理后的变化，⾄于A和B之间的⽐值，并不重要。
所以，如果是样本内对⽐，当然⽤iBAQ，因为其表征的是蛋⽩的摩尔⽐值（copy number）。
如果是样本间对⽐，当然是LFQ（正式名称为MaxLFQ，也就是搜库结果中的txt⽂件中的LFQ Intensity）[1]当然，如果你执意要⽤iBAQ，你可以⼿⼯校准样本件误差，⽅法很简单：蛋⽩IBAQ值除以此样品所有蛋⽩的强度的和，计算⽐例（这也是组学中“等质量上样”和“等体积上样”的核⼼区别，等质量上样来看的是⽐例，但是计算⽐例是有压缩效应的）[2]。
Maxquant使用说明
发生在甲硫氨酸上的氧化修饰的数量
Missed cleavages
水解酶漏切多肽的数量
Proteins
根据多肽而推断出来的蛋白质的名称
Leading proteins
Leading razor protein
Gene names
Protein names
Type
Raw file
Peptide ID
Mod. peptide ID
MS/MS IDs
Best MS/MS
AIF MS/MS IDs
Carbamidomethyl (C) site IDs
Oxidation (M) site IDs
重新校准：当原始数据当中的质量被重新校准时，会在该框下显示“+”
Av. Absolute Mass Deviation[ppm]
被鉴定的多肽和数据库当中的多肽对比后，其检测质量与理论质量偏差的平均值，单位为百万分之一
Mass Standard Deviation [ppm]
被鉴定的多肽和数据库当中的多肽对比后，其检测质量与理论质量偏差的标准差，单位为百万分之一
Uncalibrated mass error [Da]
Max intensity m/z 0
Retention time
Retention length
Calibrated retention time
Calibrated retention time start
Calibrated retention time finish
MS/MS identified (PEAK)
鉴定到的串联质谱数的总数量，这里检测的是作为单个峰（singlepeak，这里的单个峰的意思应该是没有同位素峰）的母离子被检测。
07-XQuant API使用说明
XQuant API使用说明目录1获取行情类 (3)1.1获取tick行情 (3)1.2获取K线行情 (4)1.3获取合约信息 (6)2发送指令类 (7)2.1发送委托 (7)2.2发送撤单 (10)3查询信息类 (11)3.1查询持仓 (11)3.2查询资金 (13)4接收回报类 (14)4.1委托回报 (14)4.2成交回报 (15)4.3撤单回报 (16)5获取指标类 (17)5.1获取行情指标 (17)5.2获取X-Cube指标 (18)6数学函数类 (19)7其他 (20)7.1弹窗提示函数 (20)7.2设置函数 (20)1获取行情类1.1获取tick行情1.1.1描述获取tick行情相关信息，如行情时间戳、开盘价、最新价、买一价、涨跌停板等。
1.1.2调用tick行情的方法通过MD对象获取tick行情，MD对象可以在processMD中直接调用1.1.3tick行情相关对象和方法MD：tick行情信息，包含行情时间戳、开盘价、最新价、买一价、涨跌停板等。
详情请参考XQuant API文档中com.dfitc.stp.market下的MD。
1.1.4其他调用tick行情的方法除了在processMD中使用外也可以在策略的其他函数中使用。
比如可以在processOrderStatus processOrderDeal、processOrderCancel等回调函数中调用最新MD，详见《X-Quant API文档》。
在其他回调函数中，函数没有传入MD对象，此时需要通过MDBook对象调用MDBook：行情缓存，存储各种行情信息，如K线数据及tick行情等。
详细信息可以参考XQuant API文档中com.dfitc.stp.market下的MDBook。
1.2获取K线行情1.2.1描述获取K线行情相关信息，如K线时间戳、开盘价、收盘价、最高价、最低价、前n根的K 线行情信息、收盘价序列等。
Maxquant使用说明
发生在甲硫氨酸上的氧化修饰的数量
Missed cleavages
水解酶漏切多肽的数量
Proteins
根据多肽而推断出来的蛋白质的名称
Leading proteins
Leading razor protein
Gene names
Protein names
Type
Raw file
被二级质谱（测序）鉴定到的同位素序列的总数量
Isotope Patterns Sequenced (z>1)
被二级质谱（测序）鉴定到的同位素序列的总数量（电荷数>1）
Isotope Patterns Sequenced[%]
被二级质谱（测序）鉴定到的同位素序列的比例
Isotope Patterns Sequenced (z>1)[%]
Oxidation (M) Score Diffs
通过计算PTM添加到的那个位置以及没有PTM位点之间的差异计算，如果值为负，则说明其修饰的可能性近乎没有
Acetyl (Protein N-term)
发生在蛋白质N末端的乙酰化的数量
Carbamidomethyl (C)
发生在半胱氨酸上的烷基化修饰的数量
MS/MS identified
鉴定到的串联质谱数的总数量
MS/MS identified (SIL)
鉴定到的串联质谱数的总数量，这里检测的是作为标记簇（重标组，labelingcluster）的母离子被检测。
MS/MS identified (ISO)
鉴定到的串联质谱数的总数量，这里检测的是作为同位素模式的母离子被检测。
被二级质谱（测序）鉴定到的同位素序列的比例（电荷数>1）
02-从零开始学XQuant
1.2、导入策略 1、点击【策略管理】【导入】 ，选择策略指标，点击下一步，打开策略导入界面。 2、选择需要导入的压缩包（*.zip或*.sty文件） ，随后策略和指标导入成功。
特别说明： 1、也可以通过互联网，免费下载半年的高频数据，该内容在模型测试环节介绍； 2、X-Quant导入行情数据的格式为csv，用户也可将自己的数据转化成X-Quant数据的格式导入； 3、X-Quant支持level1和level2数据分别导入，并可以自动识别数据是level1还是level2；
从零开始学 X-Quant
v18
一、引言
1.1 X-Quant 是一个用于设计和执行计算机量化交易策略的集成开发系统。随着软件有一些 X-Quant 的文档列 表，在使用 X-Quant 编写和运行策略时，这些资料会提供重要帮助： 《XQuant 能做什么.pdf》 《XQuant 个人版用户手册.pdf》 《XQuantAPI 指南.chm》 《XQuant API 使用说明.doc》 《XQuant 常见问题列表.docx》
4.3 示例代码
//第一部分：引用类库
package com.dfitc.stp005056c00008.strategy.baseStrategy;
import com.dfitc.stp.annotations.*; import com.dfitc.stp.indicator.*; import com.dfitc.stp.market.*; import com.dfitc.stp.trader.*; import com.dfitc.stp.strategy.*; import com.dfitc.stp.entity.Time; import com.dfitc.stp.util.StringUtil; import java.util.Date; import com.dfitc.stp005056c00008.indicator.baseIndicator.*;
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Charge
m/z
Mass
Resolution
Uncalibrated - Calibrated m/z [ppm]
Uncalibrated - Calibrated m/z [Da]
Mass error [ppm]
Mass error [Da]
Uncalibrated mass error [ppm]
包含修饰位点的多肽序列，修饰位点会标记在被修饰的氨基酸前面，修饰方式会以缩写的形式呈现出来，一般情况下，多肽会被下划线标记
Carbamidomethyl (C) Probabilities
半胱氨酸被烷基化的可能性：包含翻译后修饰的多肽可能出现修饰的可能性，其中概率为0—1其中1为最大，该列表示半胱氨酸烷基化的可能性
同上
Use enzyme first search
当有不同的蛋白酶用于设置firstsearch时，标记为“+”
Variable modifications
（翻译为可变修饰）用于多肽鉴定当中的可变修饰
Multi modifications
多重修饰用于鉴定多肽当中
Variable modifications first search
Label free norm param
用于label-free实验当中测定峰强度值的标准因素
Evidence
名称
分隔
描述说明
Sequence
鉴定出来的多肽的序列
Length
保存在sequence框内的序列长度
Modifications
在被鉴定的多肽上的转录后修饰
Modified sequence
Retention time calibration
Match time difference
Match m/z difference
Match q-value
Match score
Number of data points
Number of scans
Number of isotopic peaks
PIF
Fraction of total spectrum
Base peak fraction
PEP
MS/MS count
MS/MS scan number
Score
Delta score
Combinatorics
Intensity
Reverse
Potential contaminant
id
Protein group IDs
被二级质谱（测序）鉴定到的同位素序列的总数量
Isotope Patterns Sequenced (z>1)
被二级质谱（测序）鉴定到的同位素序列的总数量（电荷数>1）
Isotope Patterns Sequenced [%]
被二级质谱（测序）鉴定到的同位素序列的比例
Isotope Patterns Sequenced (z>1) [%]
被二级质谱（测序）鉴定到的同位素序列的比例（电荷数>1）
Isotope Patterns Repeatedly
Sequenced
用串联质谱对同位素重复（超过1次）测序的总数量
Isotope Patterns Repeatedly
Sequenced [%]
用串联质谱对同位素重复（超过1次）测序的比率
Recalibrated
Av. Absolute Mass Deviation [mDa]
被鉴定的多肽和数据库当中的多肽对比后，其检测质量与理论质量偏差的平均值，单位为百万分之一道尔顿
Mass Standard Deviation [mDa]
被鉴定的多肽和数据库当中的多肽对比后，其检测质量与理论质量偏差的标准差，单位为百万分之一道尔顿
在firstsearch当中的可变修饰
Use variable modifications first search
当有不同的可变修饰用于设置firstsearch时，标记为“+”
Requantify
用在鉴定当中的标签的数量（例如同位素标签，这里应该特质同位素标签）的数量
Multiplicity
同上
Oxidation (M) Probabilities
甲硫氨酸氧化的可能性：包含翻译后修饰的多肽可能出现修饰的可能性，其中概率为0—1其中1为最大，该列表示甲硫氨酸氧化的可能性
Carbamidomethyl (C) Score Diffs
通过计算PTM添加到的那个位置以及没有PTM位点之间的差异计算，如果值为负，则说明其修饰的可能性近乎没有
Uncalibrated mass error [Da]
Max intensity m/z 0
Retention time
Retention length
Calibrated retention time
Calibrated retention time start
Calibrated retention time finish
MS/MS identified (ISO) [%]
被鉴定到的串联质谱的比例，这里检测的是作为同位素模式的母离子被检测。
MS/MS identified (PEAK) [%]
被鉴定到的串联质谱的比例，这里检测的是作为单个峰（singlepeak，这里的单个峰的意思应该是没有同位素峰）的母离子被检测。
时间依赖性的再校准：当出现该校准时，数据框内标记为“+”，时间依赖性的校准用于提高数据的质量
MS
在原始数据当中的MS1记录的数据量
MS/MS
在原始数据当中的MS2记录的数据量
MS3
在原始数据当中的MS3记录的数据量
MS/MS submitted
用于软件分析的串联的MS的数量
MS/MS submitted (SIL)
Peptide Sequences Identified
通过记录在二级质谱上的谱图而鉴定出来的氨基酸序列的多肽的总数量
Peaks
被检测到的MS1(full scans)的总数量
Peaks Sequenced
通过MS2测出氨基酸序列的多肽的总数量
Peaks Sequenced [%]
通过MS2测出氨基酸序列的多肽的比例（这里指的应该是串联质谱鉴定到的多肽的数量与MS1鉴定到的数量之比）
MS/MS identified
鉴定到的串联质谱数的总数量
MS/MS identified (SIL)
鉴定到的串联质谱数的总数量，这里检测的是作为标记簇（重标组，labelingcluster）的母离子被检测。
MS/MS identified (ISO)
鉴定到的串联质谱数的总数量，这里检测的是作为同位素模式的母离子被检测。
Max. missed cleavages
允许最大的漏切数量
Labels0
用于标签实验当中的标签，其中，0为轻标，1为中标，2为重标
LC-MS run type
LC-MS运行的模式，当用于数据依赖性的传统的鸟枪法来做蛋白质组学时，设置为“standard”（标准模式）
Time-dependent recalibration
Oxidation (M) Score Diffs
通过计算PTM添加到的那个位置以及没有PTM位点之间的差异计算，如果值为负，则说明其修饰的可能性近乎没有
Acetyl (Protein N-term)
发生在蛋白质N末端的乙酰化的数量
Carbamidomethyl (C)
发生在半胱氨酸上的烷基化修饰的数量
MS/MS identified (PEAK)
鉴定到的串联质谱数的总数量，这里检测的是作为单个峰（singlepeak，这里的单个峰的意思应该是没有同位素峰）的母离子被检测。
MS/MS identified [%]
被鉴定到的串联质谱的比例
MS/MS identified (SIL) [%]
被鉴定到的串联质谱的比例，这里检测的是作为标记簇（重标组，labelingcluster）的母离子被检测。
重新校准：当原始数据当中的质量被重新校准时，会在该框下显示“+”
Av. Absolute Mass Deviation [ppm]
被鉴定的多肽和数据库当中的多肽对比后，其检测质量与理论质量偏差的平均值，单位为百万分之一
Mass Standard Deviation [ppm]
被鉴定的多肽和数据库当中的多肽对比后，其检测质量与理论质量偏差的标准差，单位为百万分之一
Summary
该总结文件包含了所有在Maxquant运行当中所有原始数据文件wfile
原始数据的处理加工
Enzyme
用于消化蛋白样品的蛋白水解酶
Enzymemode
同上
Enzymefirst search
用于firstsearch的蛋白水解酶
Enzyme mode first search
用于软件分析的串联的MS的数量，这里检测的是作为标记簇（重标组，labelingcluster）的母离子被检测。
MS/MS submitted (ISO)
用于软件分析的串联的MS的数量，这里检测的是作为同位素模式的母离子被检测。
MS/MS submitted (PEAK)
用于软件分析的串联的MS的数量，这里检测的是作为单个峰（singlepeak，这里的单个峰的意思应该是没有同位素峰）的母离子被检测。
Peaks Repeatedly Sequenced
在二级质谱当中被重复鉴定的次数（超过1次）
Peaks Repeatedly Sequenced [%]