转录调控-无参转录组测序最优解决方案

微生物基因组测序16S/18S/ITS等扩增子测序细菌基因组 de novo 测序真菌基因组 de novo 测序微生物重测序宏基因组测序

动植物基因组测序全基因组su rvey 全基因组 de novo 测序泛基因组测序变异检测BSA性状定位遗传图谱全基因组关联分析群体进化Hi-C测序

人类基因组测序全基因组测序外显子测序目标区域测序单细胞基因组测序

建库测序

转录调控测序真核有参转录组测序医学转录组测序真核无参转录组测序比较转录组与泛转录组测序原核转录组测序宏转录组测序单细胞转录组测序LncRNA测序cir cRNA测序small RNA测序ChiP-seq RIP-seq

全基因组甲基化测序

分析内容

样本要求文库类型测序平台数据量

三代测序样品类型：total 样品总量：RIN ：≥8cDNA 文库

（1-2K 、2-3K 、3-6K ）

Pa cBio RS Ⅱ

推荐8个 SMRT cell ／sam p l （约6G 数据量）

图1 Trinity拼接基因 ATP5J 和 GABPA 的转录本

Corset 应用优势

在无参转录组项目中,利用主流软件 Trinity 进行 De novo 拼接转录本,

而后选取最长的转录本作为 unigene 进行后续分析。但是研究表明，完全以 unigene 作为基因的替身，有失恰当。

因为，拼接出来的最长转录本会掩盖掉本应真实的较短转录本（基因的 isoform）所具备的参考序列意义。

Corset 是 Trinity 官方推荐软件，可对拼接得到的转录本进行过滤和聚类，

获得更接近真实的“gene”，突破了传统“unigene”概念。

Corset 应用案例

ATP 5J 和 GABPA 两个基因有一段重叠的部分，当使用无参拼接时,会得到8条转录本,其中3条最长的转录本为拼接引起的假阳性转录本（如 C lust er b 中的转录本）。若使用 uni gene 的方法,根据 uni gene 最长转录本原则,会选取假阳性转录本进行后续分析,这并不准确。而使用 Cors et 聚合“G ene”的方法,可以将这些真实的转录本分离出来（如 C lust e r a 和 C lus ter d ）。

无参转录组拼接升级

Corset 让“基因”概念更准确

策略

Trinity

Corset

or No Clustering

Unigene

*.fasta

transcript.fasta

基因分类注释

参考文献

[1] Davidson, N.M. and A. Oshlack, Corset: enabling differential gene expression analysis for de novo assembled transcriptomes. Genome Biol, 2014. 15(7): p. 410. 阅读原文 >>

[2] Xu Z, Peters R, Weirather J. Full ‐length transcriptome sequences and splice variants obtained by a combination of sequencing platforms applied to different root tissues of Salvia miltiorrhiza and tanshinone biosynthesis[J]. Plant Journal, 2015, 82(6): 951-961. 阅读原文 >>

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