实用生物信息技术课程第3次作业UniProt数据库高级检索及数据条目
生物信息学 第三章 生物信息数据库及其信息检索 ppt课件
核酸序列数据库 GenBank（ ） EMBL（ ） DDBJ （ ） 三个数据库每天互相交换数据 GenBank可通过NCBI的检索系统Entrez获取， Entrez集成来自主要DNA和蛋白
序列数据库的数据，包括物种、基因组、定位、蛋白结构和结构域等信息 其他各种专业核酸数据库 A.非冗余参考序列数据库RefSeq B.密码子使用数据库Codon Usage Database CUTG C.基因可变剪接数据库ASDB D.转录因子数据库TRANSFAC
生物信息学数 据库类型
序列数据库 结构数据库 功能数据库 其ws、Linux或 Mac等操作系统
肤浅的百姓工具
一、序列数据库
主要收录核酸和蛋白质序列的数据库，包括由基因组计划产生的基因组及其表达 序列，由基因组序列所推测的编码和非编码核酸和蛋白质序列，以及个别生物 学实验中测序获得的核酸和蛋白质序列。
生物信息学 第三章 生物信息数据库 及其信息检索
第三章 生物信息数据库及其信息检索
本章主要内容
▪ 生物信息学数据库类型 ▪ 序列数据库 ▪ 结构数据库 ▪ 功能数据库 ▪ 其它专业数据库
▪ 生物信息学数据库的检索 ▪ 检索方法概述 ▪ 检索实践和案例
生物信息学数据库的地位和作用
经典生物医学实验
elegans
Borrelia burgorferi
Plasmodium falciparum
Borrelia burgorferi
Aquifex aeolicus
Neisseria meningitidis Z2491
Mycobacteriu m tuberculosis
Genome sizes in nucleotide pairs (base-pairs)
uniprot 数据库格式介绍
一、Uniprot 数据库简介Uniprot 数据库是一个重要的蛋白质序列数据库，提供了丰富的蛋白质及其功能信息。
Uniprot 数据库由三个不同的部分组成，分别是UniprotKB、Uniparc 和Uniref。
UniprotKB 是最为广泛应用的部分，包含了蛋白质的序列及其相关的注释信息。
Uniparc 是一个备份数据库，存储了由不同来源提供的蛋白质序列。
Uniref 则是对UniprotKB 中的相似蛋白进行了聚类和注释，提供了更加全面和详细的信息。
二、Uniprot 数据库的格式介绍1. UniprotIDUniprotID 是Uniprot 数据库中用来唯一标识一个蛋白质的一组字母和数字。
每一个UniprotID 对应着一个蛋白质的基本信息和功能注释。
用户可以通过UniprotID 来快速查找感兴趣的蛋白质，获取其相关信息。
2. Entry nameEntry name 是Uniprot 数据库中的另一种标识蛋白质的方式。
每一个Entry name 对应着一个蛋白质的通用名，方便用户进行简单的查询和浏览。
3. Protein nameProtein name 是Uniprot 数据库中对蛋白质的命名，包括了其组成成分和功能。
Protein name 的格式通常是由多个部分组成，包括了蛋白质的家族、亚家族、结构域和功能等信息。
4. Gene namesGene names 是Uniprot 数据库中记录的蛋白质对应的基因名称。
每一个蛋白质都可以由一个或多个基因进行编码，因此在Uniprot 数据库中也会提供蛋白质对应的基因名称。
5. OrganismOrganism 记录了蛋白质来源的生物种属信息。
在Uniprot 数据库中，蛋白质来源于不同的生物种类，因此Organism 字段可以帮助用户区分不同来源的蛋白质。
6. SequenceSequence 是Uniprot 数据库中记录蛋白质序列的部分。
uniprot数据库名词解释
uniprot数据库名词解释
uniprot数据库名词解释形式可以采用以下方式进行：
1. 通俗易懂的形式，用简单易懂的语言解释名词的意义。
例如：UniProt数据库是一个全球公认的蛋白质信息库，包括大量蛋白质的序列、结构、功能等信息。
2. 专业术语表达形式，使用专业术语解释名词的含义。
例如：Uniprot数据库是一种生物信息学数据库，为研究人员提供了蛋白质序列、组成、功能及相互作用等信息。
3. 举例说明形式，通过实际案例展示名词所代表的含义。
例如：Uniprot数据库中包括了各种生物物种的蛋白质信息，例如P53蛋白等。
总的来说，uniprot数据库名词解释形式需要简明扼要，准确清晰，便于读者理解。
Uniprot数据库介绍及信息检索下载指南
UniProt数据库一、UniProt数据库简介蛋白质组常用数据库——UniProt数据库，是信息最丰富、资源最广的蛋白质数据库。
它由Swiss-Prot、TrEMBL 和PIR-PSD三大数据库的数据整合而成，数据主要来自于基因组测序项目完成后，后续获得的蛋白质序列，并包含了大量来自文献的蛋白质生物功能的信息。
一般蛋白质组搜库首选数据库也是UniProt，所以对于通过UniProt库搜库的组学数据，可以在此网站中进行蛋白功能查询。
UniProt数据库可以提供的信息包括蛋白功能描述、GO条目、细胞定位、组织特异性表达情况、生理病理情况描述、互作蛋白、Domain、翻译后修饰位点等信息。
蛋白的信息描述段落均会标出引用文章，并且可以跳转到PubMed界面进行浏览。
UniProt 数据库由UniProt 知识库（UniProtKB ）、UniProt 档案（UniParc ）、UniProt 参考资料库（UniRef）以及UniProt元基因组学与环境微生物序列数据库（UniMES）构成。
UniProtKB全称 UniProt Knowledgebase（UniProt知识库）它是经过专家校验的数据集，主要由两部分组成：UniProtKB/Swiss-Prot (包含检查过的、手工注释的条目) 和 UniProtKB/TrEMBL (包含未校验的、自动注释的条目)。
Swiss-Prot 数据库特点高质量的、手工注释的、非冗余的数据集；主要来自文献中的研究成果和E-value校验过计算分析结果。
有质量保证的数据才被加入该数据库！TrEMBL数据集包含高质量的计算分析结果，一般都在自动注释中富集，主要应对基因组项目获得的大量数据流以人工校验在时间上和人力上的不足。
它能注释所有可用的蛋白序列。
在三大核酸数据库（EMBL-Bank/GenBank/DDBJ）中注释的编码序列都被自动翻译并加入该数据库中。
它也有来自PDB数据库的序列，以及Ensembl、Refeq和CCDS基因预测的序列。
uniprot使用方法
uniprot使用方法一、什么是UniProt？UniProt（Universal Protein Resource）是一个全球性的蛋白质数据库，致力于提供蛋白质序列、结构、功能和概述相关信息的公共资源。
UniProt 由三个组件组成：UniProtKB、UniRef和UniParc。
其中，UniProtKB是最主要的组件，它包含了三个子数据库：Swiss-Prot、TrEMBL和PROSITE。
1. Swiss-Prot：Swiss-Prot是一个经过人工注释和校正的蛋白质序列数据库，提供了详细的蛋白质功能和注释信息。
2. TrEMBL：TrEMBL是一个基于计算的蛋白质序列数据库，它包含了从未经过详细注释的Swiss-Prot数据集中的序列。
这些序列待进一步注释和校正后会被转移到Swiss-Prot数据库中。
3. PROSITE：PROSITE是一个用于识别蛋白质序列中保守结构域和模体的数据库。
它提供了一系列的蛋白质域和模体的特征模式和描述。
UniRef是一个聚类蛋白质序列数据库，用于提高蛋白质注释效率，减少重复注释。
UniParc是一个蛋白质数据库，用于记录已知和未知蛋白质序列的标识符。
二、使用UniProt的步骤使用UniProt数据库可以帮助研究者快速获取蛋白质信息，查找已知蛋白质、发现新的蛋白质序列和结构等。
以下是使用UniProt的步骤：1. 访问UniProt官方网站，地址为2. 在搜索框中输入要查询的蛋白质名称、序列或标识符等关键词，并选择搜索类型。
3. 点击“搜索”按钮进行搜索。
4. UniProt将会显示与搜索关键词相关的蛋白质信息列表。
用户可以根据需求筛选蛋白质数据库（如Swiss-Prot或TrEMBL）或其他过滤条件，以缩小搜索范围。
5. 点击感兴趣的蛋白质条目，将显示该蛋白质的详细信息页面。
用户可以阅读蛋白质的注释信息、功能描述、序列特征、结构域、文献引用等内容。
6. 若需要进一步了解蛋白质的结构、亚细胞定位等信息，用户可以点击相关链接或标签，以跳转到其他相关数据库或工具。
生物信息学实训报告总结
一、实训背景随着生命科学和信息技术的飞速发展，生物信息学作为一门新兴的交叉学科，越来越受到广泛关注。
为了提高我们对生物信息学理论知识的理解和实际应用能力，学校组织了为期两周的生物信息学实训课程。
本次实训旨在通过实践操作，使我们掌握生物信息学的基本原理、方法和工具，提高我们的科研素养和团队协作能力。
二、实训内容本次实训主要围绕以下几个方面展开：1. 生物信息学基础理论实训期间，我们学习了生物信息学的基本概念、发展历程、研究方法和应用领域。
通过讲解和讨论，我们对生物信息学有了更为全面和深入的了解。
2. 生物信息学工具使用实训过程中，我们学习了多种生物信息学工具的使用，如BLAST、Clustal Omega、MAFFT、MEGA等。
这些工具在生物序列比对、基因预测、蛋白质结构分析等方面发挥着重要作用。
3. 生物信息学数据库查询实训中，我们学会了如何使用NCBI、GenBank、UniProt等生物信息学数据库进行查询。
通过查询，我们可以获取大量的生物学数据，为后续研究提供有力支持。
4. 生物信息学项目实践实训期间，我们以小组为单位，完成了两个生物信息学项目。
项目一：利用BLAST进行基因序列比对，分析基因的功能和进化关系；项目二：利用MEGA进行系统发育分析，探讨物种间的进化历程。
三、实训收获1. 理论知识与实践相结合通过本次实训，我们深刻体会到理论知识与实践操作的重要性。
在实训过程中，我们不仅学习了生物信息学的基本理论，还掌握了多种实用工具和方法，为今后的学习和研究打下了坚实基础。
2. 提高科研素养实训过程中，我们学会了如何查阅文献、设计实验、分析数据，提高了自己的科研素养。
同时，我们还学会了如何与他人合作，培养了自己的团队协作能力。
3. 拓宽知识面实训期间，我们接触到了许多生物信息学领域的最新研究成果，拓宽了自己的知识面。
这有助于我们更好地了解生物信息学的发展趋势，为今后的学习和研究提供方向。
4. 增强动手能力实训过程中，我们亲自操作生物信息学工具，分析生物学数据，增强了动手能力。
UniProt数据库检索及数据条目注释信息
UniProt 数据库检索及数据条目注释信息姓名 陈耿佳 学号 1301214752 组号 G01C1. UniProt 蛋白质序列数据库1) 参阅Swiss-Prot 和TrEMBL 统计报表（Release Statistics ），列表说明这两个子库的总数据量，以及不同蛋白质证据（Protein Existence ）的数据条目数。
数据库 Swiss-Prot TrEMBL 总数据量 545388100%56010222100% 蛋白水平证据 8270215.2%267700.05% 转录水平证据 6249011.5%854251 1.53% 同源预测 38243670.1%1432210025.57% 其他预测 158712.9%4080710172.86% 不确定 18890.3%00.00%2) 列表说明Swiss-Prot 和TrEMBL 中数据条目数列前10位的物种，包括中文名、英文名和拉丁文学名。
Swiss-Prot ：排名 条目数 中文名 英文名 拉丁文学名1 20264 人类 Human Homo sapiens2 16669 小鼠 Mouse Mus musculus3 12851 拟南芥 Mouse-ear cress Arabidopsis thaliana4 7897 大鼠 RatRattus norvegicus 5 6621 酿酒酵母 Baker's yeast Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)6 5984 家牛 Bovine Bos taurus7 5103 裂殖酵母 Fission yeast Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)8 4431 大肠杆菌Colibacillus Escherichia coli (strain K12) 9 4185 枯草杆菌 hay bacillus Bacillus subtilis (strain 168)10 4127 盘基网柄菌 Slime moldDictyostelium discoideumTrEMBL ：排名 条目数 中文名英文名 拉丁文学名1 590031 人类免疫缺陷病毒 Human immunodeficiency virus 1 --2 352018 海洋沉积物宏基因组marine sediment metagenome --3 217903 非培养细菌 uncultured bacterium --4 115939人类 Human Homo sapiens 5 105994 小麦 Wheat Triticum aestivum6 96773 粳稻 Rice Oryza sativa subsp. japonica7 92711 丙型肝炎病毒 Hepatitis C virus --8 81523 乙型肝炎病毒Hepatitis B virus -- 9 73928 大豆Soybean Glycine max 10 73055 矿山排水宏基因组 mine drainage metagenome --3) 列表说明以下已基本完成基因组测序的重要模式生物数据条目数总数N 、已审阅序列条目数Nr 、具有蛋白质证据的序列条目数Np 、在参考序列数据库RefSeq 中具有mRNA 序列的序列条目数Nm 、在蛋白质结构数据库PDB 中具有结构的序列条目数Nb 。
uniprot查属种的蛋白数目方法
uniprot查属种的蛋白数目方法在生物学研究中，了解特定属种的蛋白质数量是很重要的。
Uniprot是一个广泛使用的蛋白质数据库，提供了大量关于蛋白质的信息。
下面将介绍使用Uniprot查找特定属种的蛋白质数量的方法。
首先，打开Uniprot网站，并点击页面顶部的"搜索"选项卡。
在搜索框内输入你想要查找的属种名称，例如"人类"。
在下拉菜单中选择"Organism"作为搜索字段。
按下"搜索"按钮后，Uniprot将会显示与该属种相关的蛋白质信息列表。
在此列表中，你可以获得关于每种蛋白质的详细信息，包括蛋白质名称、序列、功能等。
要获取该属种的蛋白数目，可以在页面顶部的搜索结果摘要中查找包含"Reviewed (Swiss-Prot)"或"Unreviewed (TrEMBL)"标签的条目。
这些标签表示经过评审的蛋白质（Reviewed）或未经评审的蛋白质（Unreviewed）。
计算蛋白数目时，只需注意这些评审状态并统计相应标签下的条目数即可。
可以使用浏览器的查找功能（通常是按下键盘上的"Ctrl+F"键）来找到包含这些标签的条目数。
总结来说，使用Uniprot查找特定属种的蛋白数目方法为：在Uniprot网站上搜索该属种名称并选择"Organism"作为搜索字段，找到评审状态为"Reviewed"和"Unreviewed"的蛋白质条目，并统计它们的数量。
这样，你就能获取特定属种的蛋白数目信息了。
生物数据库检索基本方法
生物数据库检索基本方法生物数据库是生物信息学研究的重要工具，可以存储和管理生物实验数据、基因组序列、蛋白质结构等丰富的生物信息资源。
生物数据库的检索方法多种多样，对于生物学研究者来说，熟练掌握生物数据库的检索技巧是进行生物学研究的基本要求之一、本文将探讨几种常用的生物数据库检索方法。
首先，关键字检索是最常用的数据库检索方法之一、用户可以通过输入关键字来相关的生物信息。
关键字可以是生物学的术语、基因名称、蛋白质名称等。
例如，在NCBI (National Center for Biotechnology Information)网站上，用户可以通过关键字数据库中的文章、序列、蛋白质等信息。
在关键字检索中要注意选择合适的关键字和结合逻辑运算符，如“与”、“或”、“非”等，以提高结果的准确性。
其次，序列相似性是生物数据库检索的重要方法。
序列相似性可以通过比对查询序列与数据库中的序列进行相似性计算，找到与查询序列具有高度相似性的序列。
常用的序列相似性工具包括BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)、FASTA (Fast All)、Smith-Waterman等。
用户可以将待的序列输入到这些工具中，然后选择适当的数据库进行。
另外，数据库的交叉也是一种常用的检索方法。
交叉是指将一个数据库的结果与另一个数据库的结果进行对比和整合，在多个数据库中进行检索以获取更详细和全面的信息。
例如，在进行基因表达研究时，可以先在Gene Expression Omnibus (GEO)数据库中相关基因的表达数据，然后将结果与其他数据库中的信息进行整合，来进一步分析和解读实验结果。
最后，生物数据库的检索还可以借助于一些专门的数据库检索工具和软件。
这些工具和软件通常提供更高级、更专业的功能和功能，可以更有效地检索生物数据库中的信息。
例如，Ensembl、UniProt-GOA、Reactome 等数据库不仅提供了丰富的生物信息和数据，还提供了一系列分析工具和可视化工具，方便用户进行更深入的研究。
UniProt数据库高级检索及数据条目注释信息
数据库高级检索及数据条目注释信息姓名学号编号日期1.人珠蛋白家族检索1)写出从数据库中检索已审阅的人珠蛋白（）家族个亚基的步骤。
2)列表说明这个珠蛋白的登录号、蛋白质名称、和序列长度。
3)与血红蛋白亚基差异最大的序列是哪个？相同位点百分比？4)与血红蛋白亚基差异最小的序列是哪个？差异位点共多少个？3.列表说明从数据库中检索以下序列条目的步骤和结果：1)所有拟南芥序列2)已审阅拟南芥序列3)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据的序列4)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、且具有跨膜螺旋的序列5)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、具有跨膜螺旋和信号肽的序列6)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、具有跨膜螺旋和信号肽、并具有二硫键的序列7)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、具有跨膜螺旋、信号肽、二硫键，且已经测定三维结构的序列3.课题相关蛋白检索1)数据库中与你研究课题相关的物种共有多少序列条目2)其中已审阅的序列条目有多少3)上述已审阅的序列条目中具有蛋白质证据的有多少4)上述具有蛋白质证据的条目中与你们实验室研究方向相关的有多少5)上述具有与你们实验室研究方向相关的序列中与你课题相关的有多少4.血红蛋白注释信息（请在认真查看注释信息基础上用中文总结，不要用屏幕拷贝）1)以人血红蛋白亚基为例，说明该序列条目包括几类相关文献。
2)以人血红蛋白亚基为例，说明该序列条目包括几类注释信息。
3)以人血红蛋白亚基为例，说明该序列条目包括哪些特征位点信息。
4)以人血红蛋白亚基为例，说明该序列条目包括哪几类数据库交叉链接，其中你最感兴趣的有哪些数据库。
5.豌豆内膜蛋白注释信息（请在认真查看注释信息基础上用中文总结，不要用屏幕拷贝）1)以豌豆内膜蛋白为例，说明该序列条目包括哪些注释信息。
2)通过注释信息或高级检索，查找拟南芥中与属于同一家族的内膜蛋白。
3)通过查看注释信息和多序列比对，找出拟南芥中的直系同源蛋白。
4)查看的注释信息，特别是拟南芥专门数据库和，并与的注释信息进行比较，说明如何将模式生物研究结果用于非模式生物。
【技术分享】 UniProt 数据库使用指南
【技术分享】UniProt 数据库使用指南1753 人阅读发布时间：2020-07-01 13:42在这个信息大爆炸的年代，浩瀚的信息流如同汪洋大海一般，将每个人都紧紧环绕。
如何利用已有的工具从中筛选有用信息，对我们每个人，尤其是科研人而言，尤为重要。
在免疫学，医学，药学科研和工作中，我们常常会用到蛋白数据库，关于蛋白质的结构，蛋白质质谱等数据库均较多，今天给大家分享讲讲使用频率最高且冗余度最低的uniprot数据库。
希望能对你们有所帮助~下面，菲小恩以研究得比较多的IL-6为例，分享如何有机结合数据库和产品信息。
一、查找用浏览器打开https:/// 页面，输入关键词IL-6，点击右上方的Search 按钮，然后找到需要研究的物种，就会出现该蛋白的详细信息。
二、详细信息界面首先介绍的是“Function”详细信息界面，该板块会罗列出蛋白的基本功能及参与的生物学过程。
每句介绍后的链接即是相应的参考文献，有需要可点击查阅。
三、“Names & Taxonomy” 板块随后的“Names & Taxonomy” 板块展示的是命名和来源种属信息、NCBI 和Enzembl 的基因数据库链接，可直接点击查阅。
NCBI 和Enzembl 数据库也可查询。
四、表达谱和定位之后便是与实验密切相关的重要信息：蛋白的组织细胞表达谱和亚细胞定位。
我们在进行IHC、IF 实验时，常常会遇到一个重要而棘手的问题：我看到的阳性信号是不是特异的？UniProt 就可以给予一定的支持信息，在“Expression” 板块，阐述多细胞生物中，基因（mRNA 水平/蛋白水平）在细胞/组织中的表达情况；在“Subcellular location” 板块，包含成熟蛋白在细胞中的定位和拓扑结构信息。
综合以上信息，我们不难发现，IL-6在体内是普遍存在的，在脂肪和淋巴组织中会更高。
它的亚细胞定位是内质网，细胞膜和分泌表达，那么IHC 的阳性信号主要是细胞间隙，以及细胞外围一圈和细胞内的核周围。
UniProt数据库高级检索及数据条目注释信息
实用生物信息技术课程第3次作业1序列比对姓名________ 学号______________ 编号_________ 日期__________1. 从UniProt 数据库中提取人、小鼠、大鼠血红蛋白alpha 亚基蛋白质序列，进行全局比对，选择默认计分矩阵BLOSUM62和空位罚分，将比对结果填入表1。
分析比对结果，说明得到上述结果的原因和进一步分析思路。
表1 人、小鼠、大鼠血红蛋白alpha 亚基蛋白质序列比对结果 物种 Species 登录号 Accession得分 Score 相同氨基酸 Identity相同和相似氨基酸Similarity空位 Gaps 人/小鼠 / 人/大鼠 / 小鼠/大鼠/2. 从RefSeq 数据库中提取人、小鼠、大鼠血红蛋白alpha 亚基编码区序列，进行全局比对，将结果填入表2。
选择不同计分矩阵和空位罚分，分析比对结果。
表2 人、小鼠、大鼠血红蛋白alpha 亚基mRNA 编码区序列比对结果 物种 Species 登录号 Accession得分 Score 相同核苷酸 Identity相同和相似核苷酸Similarity空位 Gaps 人/小鼠 / 人/大鼠 / 小鼠/大鼠/3. 从UniProt 数据库中检索并提取人血红蛋白alpha 亚基和胞红蛋白（Cytoglobin ）序列，分别进行全局比对和局部比对，将比对结果填入表3。
分析比对结果，说明全局比对和局部比对的差别。
表3 人血红蛋白alpha 亚基和beta 亚基蛋白质序列比对结果比对方法 长度 得分 相同氨基酸 相同和相似氨基酸 空位 Needle Water 4. 将上述数据库检索、序列比对、结果分析的方法、思路、策略用于和你研究课题相关或你熟悉的蛋白质及其编码序列，分析比对结果，说明原因。
如何用NCBI和uniprot数据库查找目的蛋白的氨基酸序列或目的基因的碱基序列
运用NCBI数据库查找目的蛋白序列或目的碱基序列第1种方法1•打开NCBI官网，并选择Gene菜单，如下图。
3.在搜索结果中查找目的蛋白，注意Description栏会标明物种信息，以human为例，Aliases 栏会列出目的蛋白的各种别名。
Search results1 to 20 or 203O See nlsc 1 cis匚ontinued DT Fgclaced items.Manre.iGene D Local bn Aliases MiM厂RPS6KA3 D 0197ri totcrrai oraisin St kin話pA3[H E: -^5 (hur ；m|Ch f crriownr# >.NC OOOC23 11■：207i99H 20267514^crriplenrfln：)CLS HU-3 ISPK-1.MAPKAPK1B F/RX19 RSKRSK2 S6K-al3hs3 p^^RSKZ.pc90RS<23C0D752•在搜索栏内输入想要查找的蛋白名称或基因名称，此处以基因RSK2为例，如图。
Page [l― nT 114.在Searchresult 页面中点击你要找的蛋白名称 (Name/Gene ID ),进入页面并在页面找到“ NCBI Refere nee Seque nces (RefSeq) ”条目，并在其子条目中找到" mRNA and Protei n(s) ”，查找mRNA 碱基序列点击 NM ，查找蛋白氨基酸序列点击 NP ,以下以查找 mRNA 碱基序列为例如 下 ：亠 NCBi Reference Sequences (RefSeq)S RefSeqs maintained i ndependently of Annotated GenomesThese reference sequences exist independ&ntl .■ of genome builds ExolminGenomic1 MG_0074S8.1 RefSeqGeneRange 5001.121722Download £亡n 日已nk. FAST 扎Viewer IGr 日ahiu 討iftNA andPrpteiniSj1. 一 ribosomal protein S6 kinase alpha-3identical proteins 己nd their aniiot^teci locmtions for NP D045『人 1GenBanlk +Homo sapiens ribosomal protein S6 kinase A3 (RPS6KA3), mRNANCBI Refe r encSequence" nM_00-1586.2申囂TAG I M ILSG J tn ti)在页面下方会列出 mRNA 的序列:LOCUSDEFINiriOIT ACCESSIONVEEEIONEE1TO4D3lffl_034535 7723 bf .tiEJlA linear PRI 33-JU L E-2015 Hemo m 呦idiif ribscdiiaJ. protein SS kin&et 卫3 (RPS6EA3)j mSJTi.HM_DO4.E86 ＜丄_8»3抽 HM_M41L2 冊_0噩嶺筑 2 GL;5624c4D4 ErfCtq, litjnu C UAIA ) H E 口 saiuz ：I ukaxyol a ¥ot ma. Oiordata Ciariati. Vectebrai d , Lutcl ooftuu , X 胡imMlii Eutheria Euaichonto^H^^- rriiTiates, Kaplcrthini.. Qataxrhe”，Honinidae, Hono,点击NM-004586.2进入页面后如下:NCBI ig phas rg oiA steuanep Gl nL Tibers in SsptemDDi 2Dlt Plsass ugm sccaesian ^rsion!皿吕匸［preORIGIN1 91 121 131 241 301 3S1 421 481 541 601 eai 721 731 841 901 961 1021 1081 1141 1201 1261 1321atguugctgg ugu耳gutggc gg耳GGUgtgg u包gaagatg百etgt百gagag uGcgtucgacmaMtEdaE aagtuaEtat caaagaaatt Ecaatuacac atu或[Emrigg 匚3g Tt 匚「t t 匚CTd ttNSNNEtNt F十ryl■十十jjra scatatfttggt筑邑aggttaatu也tucttttatt 亘tc汪3电ttgu attatguttt tuaa肚utg丑aazagagg~tga ~t g~t t cau：aga agwa^atgtc t ut ?c~t t ggc~t gaact tgcacttgc~teft gat二1：芋5 W丸一[二Nta+七 r -■!■-十-g-__q 耳：七芝十^丁三^- …「t 匚 r g 33 .[ + 3 ；_一十辽atertcEaE gtuatau~tua_gartgut£au tggtEEtett t±gE~tuttEa^Euua aacttggaat &匚cauagttt ttg?沪uutg aa吕ugca普ag tcttttau普a ggtgeamgautagat邑电mgttgaa园丑玄attcattttt ctca鱼u倉玄七也g宜etg电a注ta aaut毘tatag aagagaaalt~t~tt tg~t~tgctatt acbtuagMt^ atg呂/agcu呂age七為±gu已低ca寸tgEtg 丈呂匚呂tt u呂垃caigCEg Qc：agltattu力gtttautgHt第2中方法1•进入Uniplot数据库，在搜索栏中直接输入要查找的基因或蛋白名称，如下图:UniPnj,BLAST Align Retneve/ro im^pfwg■^h *- m ."litjn of uniPmr ig. to provide tfw acienti斤c ccwnmunity mi th 心conipr电hen西屮匕highrqinalitv and fir&eiy accessible re source Q F pUniRef•电qu电內亡E ekjfCe^r*'*UniParc5电!qu电『i亡电3『亡hiveProteomes换1他Swiss* Proi (551,705) fBfcs 3 Manuady annotatEcimnd revie wed. TrEMBL (65.370749)AutornsticdHy帚nriQt^t甯d «nd 仃口treviewed.Cross r#F,Supporting dataITaxyR^rrryrH1Di«ed!5@¥mSutK^llul^r I兀mgrtsKeywords國Uafrtirin] 口+ arl*&H I 11 niPrifiit Hst^3i2•进入以下页面:3.在搜索结果Entry name 栏中会列出不同物种选项，且会有 Protein names 及Genenames ，点击所要选择物种蛋白，进入以下页面。
uniprot数据库的主要内容
uniprot数据库的主要内容UniProt数据库是世界上最大的蛋白质数据库，它是由世界著名的蛋白质信息学会联合维护的，是生物信息学家和生物药学研究者在研究蛋白质活性方面的一个重要数据库。
它涵盖了基因组、转录组、蛋白质组等多方面的知识，提供了蛋白质的基本结构组成、功能活性、交互作用等方面的声明与数据库的查询服务。
UniProt数据库包括4个不同的模块：UniProtKB、UniParc、UniRef和UniMes，每个模块都具有独特的功能。
UniProtKB模块是最大的，它是一个蛋白质的全面数据库，包括蛋白质的基本结构、功能活性、交互作用以及疾病相关基因等，可以提供蛋白质的参考标准信息。
UniParc模块是数据库中蛋白质序列的记录模块，其主要功能是记录蛋白质序列，方便他人引用。
UniRef模块主要是提供蛋白质优化等功能，它可以帮助研究者进行结构性分析和比较，以提高蛋白质结构的理解能力。
最后，UniMes模块收集来自多个信息源的全球蛋白质实验数据，以及关于蛋白质的结构和功能的文献。
UniProt数据库一直在持续更新，它有助于研究者和生物学家获取最新的蛋白质知识和信息，以帮助他们开发新的药物和技术。
UniProt数据库的准确性和可靠性非常高，在很多生物学和医学领域，都被广泛使用。
此外，UniProt还与多家生物信息服务公司合作，提供深入的生物学应用支持，以帮助研究者更好地利用UniProt数据库中的信息。
总之，UniProt数据库是一个详尽且全面的蛋白质数据库，具有精准的数据查询服务，能够帮助生物学家和药学研究者更有效地研究和开发蛋白质的功能活性。
UniProt数据库也是一个交互友好的社区，可以使用户更好地了解数据库中的信息以及使用数据库中的数据进行研究。
uniport使用方法
uniport使用方法
好的，以下是重新生成的UniProt使用方法：
1. 打开UniProt官方网站，您可以使用搜索引擎输入UniProt进行搜索，或者直接在网址栏输入UniProt官方网址。
2. 进入UniProt首页后，您可以选择浏览数据库中的内容，也可以使用搜索功能查找特定蛋白质或基因相关信息。
3. 在搜索框中输入您要查询的蛋白质名称、序列或标识符等关键词，选择搜索类型，然后点击“搜索”按钮。
4. UniProt将显示与搜索关键词相关的蛋白质信息列表。
您可以根据需要筛选结果，例如选择特定的蛋白质数据库或应用其他过滤条件。
5. 点击感兴趣的蛋白质条目，将进入该蛋白质的详细信息页面。
这里您可以查看该蛋白质的描述、结构域、修饰、相互作用等信息。
6. UniProt还提供了多种工具和资源，例如UniProtKB、UniRef、UniGene等，您可以根据自己的需求选择使用。
需要注意的是，为了能够使用UniProt的所有功能，您需要在UniProt上注册并登录。
注册时需要填写常用的邮箱地址，并设置一个强密码，包括数字、字母和字符，且长度达到6-8位以上，以保护账户安全。
简述uniprot中数据条目的基本构建
Uniprot 数据条目的基本构建
Uniprot 是一个免费的生物信息学数据库，提供高质量的蛋白质序列和相关信息。
在 Uniprot 中，每个数据条目都包含了蛋白质的
基本信息、序列信息、结构信息、功能信息等多方面的信息。
下面将分别介绍这些信息的内容和如何构建一个 Uniprot 数据条目。
1. 蛋白质基本信息
蛋白质基本信息包括蛋白质的名称、物种来源、蛋白质编码基因的名称和 ID 等。
这些信息通常来自于基因组测序和蛋白质组学研究。
2. 序列信息
序列信息是 Uniprot 数据条目中最重要的部分，包括蛋白质的
氨基酸序列、翻译后修饰、多肽链结构等信息。
氨基酸序列通常来自于基因组测序或蛋白质组学研究，并通过比对、拼接等方法获得。
翻译后修饰信息通常来自于质谱分析或其他实验技术。
多肽链结构信息通常来自于 X 射线晶体学或 NMR 等结构测定技术。
3. 结构信息
结构信息包括蛋白质的三维结构、空间群、电子密度图等。
这些信息通常来自于 X 射线晶体学或 NMR 等结构测定技术。
4. 功能信息
功能信息包括蛋白质的功能、相互作用、调控机制等方面的信息。
这些信息通常来自于生物信息学分析、实验验证等方法。
5. 参考文献
每个 Uniprot 数据条目都应该包含参考文献，以支持条目中的
信息。
参考文献通常来自于科学文献、数据库或其他可靠来源。
Uniprot 数据条目的构建是一个复杂的过程，需要综合运用多种技术和方法。
通过构建丰富的数据条目，Uniprot 成为了生物信息学研究中不可或缺的数据资源。
UNIPROT数据库应用
UNIPROT数据库应用UNIPROT是世界上最大的蛋白质序列和功能数据库之一，为科学家和研究人员提供了一个宝贵的资源，用于研究和理解蛋白质的生物学功能、结构和相互作用。
它的应用范围广泛，对于生命科学领域的各个方向都有重要的影响。
首先，UNIPROT数据库为蛋白质序列提供了全面和准确的注释。
它收集和整理了来自各种来源的蛋白质序列数据，并对其进行标准化和注释。
这些注释包括蛋白质的名称、功能、结构域、家族关系等。
通过搜索UNIPROT数据库，研究人员可以快速获取关于感兴趣蛋白质的详细信息，从而为后续实验设计提供有价值的参考。
其次，UNIPROT数据库还提供了大量的互作信息。
蛋白质通常通过与其他蛋白质相互作用来执行其生物学功能。
UNIPROT数据库收录了已知的蛋白质相互作用数据，并提供了相互作用网络图，帮助研究人员理解蛋白质间复杂的相互作用关系。
通过分析这些互作信息，研究人员可以揭示蛋白质功能和信号传导网络的重要细节，为疾病研究和药物开发提供重要线索。
此外，UNIPROT数据库还包含了丰富的蛋白质结构信息。
蛋白质的结构对其功能和相互作用至关重要。
UNIPROT数据库收集了已知的蛋白质结构数据，并提供了结构预测和模拟工具，帮助研究人员分析和预测蛋白质的三维结构。
这对于理解蛋白质的功能机制、设计新的药物分子以及进行药物筛选都非常重要。
总之，UNIPROT数据库是一个广泛应用于生命科学研究领域的重要工具。
利用它提供的丰富数据和分析工具，研究人员能够更深入地了解蛋白质的功能、结构和相互作用，从而推动生命科学的研究进展。
未来，随着技术的不断进步和数据的持续积累，UNIPROT数据库将继续发挥重要的作用，并为科学家们带来更多的启发和突破。
uniprot
uniprot全球蛋白资源数据库UniProt 收藏UniProt 是一个集中收录蛋白质资源并能与其它资源相互联系的数据库，也是目前为止收录蛋白质序列目录最广泛、功能注释最全面的一个数据库。
UniProt 是由欧洲生物信息学研究所（European Bioinformatics Institute）、美国蛋白质信息资源（Prontein Information Resource）以及瑞士生物信息研究所（Swiss Institute of Bioinformatics）等机构共同组成的UniProt协会（UniProt Consortium）编辑、制作的一个信息资源，旨在为从事现代生物研究的科研人员提供一个有关蛋白质序列及其相关功能方面的广泛的、高质量的并可免费使用的共享数据库。
UniProt 是一个向所有使用者免费开放的数据库，全球科研人员都可以登陆网站/doc/3d6064972.html, 浏览并下载这些资料。
借助它，科研人员可以对目的蛋白进行交互式分析或特定的分析。
1 UniProt数据库的构成UniProt 数据库由UniProt 知识库（UniProtKB ）、UniProt 档案（UniParc ）、UniProt 参考资料库（UniRef）以及UniProt元基因组学与环境微生物序列数据库（UniMES）构成。
1.1 UniProt知识库（UniProtKB）UniProt 知识库是一个专家级的数据库，它可以通过与其它资源进行交互查找的方式为用户提供一个有关目的蛋白质的全面的综合信息。
UniProtKB包括两个组成部分：UniProtKB/Swiss-Prot与UniProtKB/TrEMBL。
1.1.1 UniProtKB/Swiss-ProtUniProtKB/Swiss-Prot 主要收录人工注释的序列及其相关文献信息和经过计算机辅助分析的序列。
这些注释都是由专业的生物学家给出的，准确性无需置疑。
UniProt数据库高级检索及数据条目注释信息
实用生物信息技术课程第3次作业UniProt数据库高级检索及数据条目注释信息姓名________ 学号______________ 组号_____ 日期________年___月___日1.UniProt蛋白质序列数据库1)参阅Swiss-Prot和TrEMBL统计报表（Release Statistics），列表说明这两个子库的总数据量，以及不同蛋白质证据（Protein Existence）的数据条目数。
2)列表说明以下已基本完成基因组测序的重要模式生物和你研究课题相关的物种数据条目数总数N、已审阅序列条目数Nr、具有蛋白质证据的序列条目数Np、在参考序列数据库RefSeq中具有mRNA序列的序列条目数Nm、在蛋白质结构数据库PDB中具有结构的序列条目数Ns。
2.人珠蛋白家族检索1)写出从UniProt数据库中检索已审阅的人珠蛋白（globin）家族12个亚基的步骤。
2)列表说明这12个珠蛋白的登录号、蛋白质名称、和序列长度。
3)与血红蛋白alpha亚基差异最大的序列是哪个？相同位点百分比？4)与血红蛋白beta亚基差异最小的序列是哪个？差异位点共多少个？3.列表说明从UniProt数据库中检索以下序列条目的步骤和结果：1)所有拟南芥序列2)已审阅拟南芥序列3)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据的序列4)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、且具有跨膜螺旋的序列5)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、具有跨膜螺旋和信号肽的序列6)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、具有跨膜螺旋和信号肽、并具有二硫键的序列7)已审阅拟南芥序列中具有蛋白质证据、具有跨膜螺旋、信号肽、二硫键，且已经测定三维结构的序列4.利用高级检索功能，从UniProt数据库中检索你课题相关或最感兴趣的蛋白质，阅读其注释信息和相关文献，并通过数据库交叉链接，总结该蛋白质的研究进展。
5.序列条目注释信息1)以人血红蛋白alpha亚基为例，说明该序列条目的注释信息包括哪几个主要类别。
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实用生物信息技术课程第3次作业
1
序列比对
姓名________ 学号______________ 编号_________ 日期__________
1. 从UniProt 数据库中提取人、小鼠、大鼠血红蛋白alpha 亚基蛋白质序列，进行全局比
对，选择默认计分矩阵BLOSUM62和空位罚分，将比对结果填入表1。
分析比对结果，说明得到上述结果的原因和进一步分析思路。
表1 人、小鼠、大鼠血红蛋白alpha 亚基蛋白质序列比对结果 物种 Species 登录号 Accession
得分 Score 相同氨基酸 Identity
相同和相似氨基酸
Similarity
空位 Gaps 人/小鼠 / 人/大鼠 / 小鼠/大鼠
/
2. 从RefSeq 数据库中提取人、小鼠、大鼠血红蛋白alpha 亚基编码区序列，进行全局比
对，将结果填入表2。
选择不同计分矩阵和空位罚分，分析比对结果。
表2 人、小鼠、大鼠血红蛋白alpha 亚基mRNA 编码区序列比对结果 物种 Species 登录号 Accession
得分 Score 相同核苷酸 Identity
相同和相似核苷酸
Similarity
空位 Gaps 人/小鼠 / 人/大鼠 / 小鼠/大鼠
/
3. 从UniProt 数据库中检索并提取人血红蛋白alpha 亚基和胞红蛋白（Cytoglobin ）序列，
分别进行全局比对和局部比对，将比对结果填入表3。
分析比对结果，说明全局比对和局部比对的差别。
表3 人血红蛋白alpha 亚基和beta 亚基蛋白质序列比对结果
比对方法 长度 得分 相同氨基酸 相同和相似氨基酸 空位 Needle Water 4. 将上述数据库检索、序列比对、结果分析的方法、思路、策略用于和你研究课题相关或
你熟悉的蛋白质及其编码序列，分析比对结果，说明原因。