KEGG上的信号通路图怎么看
KEGG通路注释及富集分析
KEGG通路注释及富集分析KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）数据库是系统分析基因产物在细胞中的代谢途径以及这些基因产物功能的数据库。
KEGG该数据库有助于把基因及表达信息作为一个整体的网络进行研究。
KEGG整合了基因组、化学分子和生化系统等方面的数据，包括代谢通路（PATHWAY）、药物（DRUG）、疾病（DISEASE）、基因序列（GENES）及基因组（GENOME）等。
1. 所有鉴定蛋白KEGG Mapping结果统计2. 所有鉴定蛋白KEGG结果注释统计3. KEGG通路注释统计在生物体内，不同的基因产物相互协调来行使生物学功能，对差异表达基因的通路（Pathway）注释分析有助于进一步解读基因的功能。
差异表达蛋白的通路注释图，如下：图1 KEGG注释结果通路图注：相对于对照组来说，红色框标记的酶与上调蛋白有关，绿色框标记的酶与下调蛋白有关。
蓝色框标记的酶与上调和下调蛋白均有关，框内的数字代表酶的编号（EC number），而整个通路由多种酶催化的复杂生化反应构成，此通路图中与差异表达基因相关的酶均用不同的颜色标出，根据研究对象间的差异，重点研究某些代谢通路相关蛋白的差异表达情况，通过通路解释表型差异的根源。
4. KEGG通路分类对差异表达基因KEGG的注释结果按照KEGG中通路类型进行分类，结果如下图所示：图2 差异表达蛋白的KEGG分类图注：纵坐标为KEGG代谢通路的名称，横坐标为注释到该通路下的蛋白个数及其个数占被注释上的蛋白总数的比例。
5. KEGG通路富集分析分析差异表达蛋白在某一通路上是否过出现（over-presentation）即为差异表达蛋白的通路富集分析。
我们采用Kobas软件进行差异表达蛋白的KEGG通路富集分析。
差异表达蛋白的KEGG通路富集分析结果见下图图3 差异表达蛋白KEGG通路富集统计图注：图中每一个点表示一个KEGG通路，通路名称见左侧坐标轴。
KEGG使用说明
KEGG使用说明KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个基因组学、基因组信息资源的综合数据库。
它提供了基于基因组的多样化信息，包括基因与蛋白质序列、基因组组装与注释、代谢途径与通路、药物与化合物等。
KEGG数据库的使用非常重要，对于基因组学和生物信息学研究具有重要的指导意义。
本文将详细介绍KEGG数据库的使用方法。
KEGG数据库的主要功能包括基因数据的和浏览、代谢通路的分析、化学物质的和浏览、蛋白质序列的比对和注释、基因组的比较分析等。
首先，我们介绍KEGG数据库中基因数据的和浏览功能。
用户可以通过基因名、基因ID或基因功能关键词来感兴趣的基因。
结果将显示基因的相关信息，包括基因名、基因ID、功能描述、序列等。
用户还可以通过点击基因名来进一步浏览基因的详细信息，如基因家族、调控关系、突变位点等。
其次，我们介绍KEGG数据库中代谢通路的分析功能。
用户可以通过进入“Pathway”页面来浏览KEGG数据库中的各种代谢通路。
用户可以选择对代谢通路的感兴趣的部分进行深入分析。
点击代谢通路即可进入通路的详细页面，包括通路图、参与的基因和蛋白质等信息。
用户可以通过点击基因和蛋白质来进一步浏览它们的详细信息。
然后，我们介绍KEGG数据库中化学物质的和浏览功能。
用户可以通过输入化学物质的名称、化学式或CAS号来感兴趣的化合物。
结果将显示化合物的相关信息，如名称、化学式、分子量、生物活性等。
用户还可以通过点击化合物名称来进一步浏览化合物的详细信息，如结构、代谢途径、药物相互作用等。
此外，KEGG数据库还提供了蛋白质序列的比对和注释功能。
用户可以通过进入“BLAST”页面来进行蛋白质序列的比对。
用户可以输入待比对的蛋白质序列，选择比对参数，然后点击“Submit”按钮进行比对。
比对结果将显示在页面上，用户可以进一步分析和解释比对结果。
综上所述，KEGG是一个重要的基因组学与生物信息学的综合数据库。
kegg通路分析
kegg通路分析标题：KEGG通路分析及其在生命科学中的应用引言：KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个综合性的数据库，提供了关于基因组、化学物质、酶、通路等生命科学领域的重要信息。
KEGG通路分析作为一种功能注释和基因集富集分析的方法，在生命科学研究中被广泛应用。
本文将介绍KEGG通路分析的基本原理、应用案例以及未来的发展方向，旨在帮助读者更好地理解与应用KEGG通路分析。
第一章：KEGG通路分析的基本原理（500字）1.1 KEGG数据库的概述1.2 KEGG通路的概念与构建原理1.3 KEGG通路数据库的组成部分1.4 KEGG通路分析的基本流程第二章：KEGG通路分析的应用案例（1500字）2.1 基因功能注释2.2 基因集富集分析2.3 网络调控分析2.4 药物靶点分析2.5 疾病通路分析第三章：KEGG通路分析的发展趋势（800字）3.1 多组学数据整合与分析3.2 算法和工具的改进与发展3.3 个体化医学的应用3.4 数据可视化与交互性的提升第四章：KEGG通路分析的限制与挑战（200字）4.1 数据库的更新和维护4.2 分析结果的解释与验证结论：通过KEGG通路分析，研究人员可以深入挖掘基因与代谢通路之间的相互关系，揭示出生命科学中的重要机制与调控网络，并进一步应用于基因功能注释、生物信息学研究、药物开发等领域。
在未来，我们可以期待KEGG通路分析在多组学数据整合、个体化医学以及数据可视化等方面的进一步发展。
然而，我们也要意识到KEGG通路分析存在一些限制与挑战，需要在数据库的更新维护、分析结果的解释验证等方面加以解决。
相信随着技术的进步和研究的深入，KEGG通路分析将继续为生命科学研究带来更多的突破与进展。
参考文献：（省略）。
5分钟看懂KEGG代谢通路图
5分钟看懂KEGG代谢通路图做过转录组的同学肯定对KEGG代谢通路图不陌⽣，今天就跟⼤家分享怎么看懂KEGG代谢通路图，ko、map等开头的代谢图有啥区别？⾥⾯的点、线、不同颜⾊都代表什么含义。
KEGG Pathway分类⼀般，KEGG中存在三⼤类代谢图，每个数据路的pathway都有相应的唯⼀编号，如map00010，据此可在kegg数据库官⽹查询：第⼀类、reference pathway：根据已有的知识绘制的、概括的、详尽的具有⼀般参考意义的代谢图。
通路图中的⼩框都是⽩⾊，⽅便个性化填充颜⾊，在KEGG中名字以map开头，节点代表某⼀基因、该基因编码的酶及这个酶参与的反应，⽐如map00010；http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?map00010第⼆类、species-specific pathway：物种特有代谢通路图。
绿⾊⼩框为该物种特有的基因或酶，只有这些绿⾊的框有更详细的信息。
KEGG中名字为特定物种种属英⽂缩写，⽐如⼈的糖酵解通路图，hsa00010。
http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?hsa00010第三类、以ko/ec/rn开头的Reference pathway：ko通路中的节点只代表基因；ec通路中的节点只代表相关的酶；rn通路中的节点只表⽰该点参与的某个反应、反应物及反应类型。
底⾊以蓝⾊表⽰。
例如同样是糖酵解代谢通路有三种类型：http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ko00010http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ec00010http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?rn00010图中的符号的解释：代谢通路图中，⼀般就是酶，⽅框⾥⾯的数字代表EC编号；⼩圆圈代表代谢物，点开会出现C00668的信息，C代表compound，00668是这种化合物在KEGG中的编号。
KEGG数据库的使用说明
KEGG数据库的使用方法与介绍http://www.genome.jp/KEGG的数据KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系；基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的，除了有完整的基因序列外，还有没完成的草图；另外KEGG中有一个“专有名词”KO（KEGG Orthology），它是蛋白质（酶）的一个分类体系，序列高度相似，并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组，然后打上KO（或K）标签。
下面就首先来讲一下KEGG orthology。
任找一个代谢通路图，在上方有pathway meue | payhway entry | Show(Hide) description | 这3个选项，点击pathway entry, 出现了一个页面，这个随时被连接出来的页面相信大家一定再熟悉不过了。
在这个页面中的pathway map项中点击按钮状的链接Ortholog table 。
就进入了Ortholog table如下的页面：在这个表中，行与物种对应，3个字母都是相应物中的英文单词缩写，比如has表示Homo sapiens，mcc表示Macaca mulatta；列就表示相应的Ortholog分类，比如K00844就表示生物体内的己糖激酶hexokinase这一类序列和功能相似的蛋白质类（酶类）。
如上图has后有3101，3098，3099这3个条目，它表示在人类细胞中中存在3中不同的己糖激酶，它们分别由以上这3组数字代表的基因所编码，这3组数字应该是这3个基因的登录号。
空白则表示在该物种中不存在这种酶。
点击K00844则这一KO分类信息及成员列表都可显示出来；点击has则链接到物种（人类）基因组去了；点击P，则显示相应的代谢通路。
下面我们点击3101，如下：如上图，就是我们常见的一个页面，3101是KEGG中的基因ID（登录号）， H.sapiens表示物种，然后是基因的名称，表达的酶，属于哪个KO分类以及参与哪些代谢途径；下面还有结构、序列信息等等。
手把手教三种信号通路可视化方法
手把手教三种信号通路可视化方法任何涉及到基础实验的设计当中，都会涉及到通路的变化的。
那我们要怎么反应一个通路里面的变化呢？灵魂画手一些的完全可以自己画。
但是一般这样画的可信度和好看程度也会欠佳一些。
所以如果要可视化一些通路的话，其实可以借助网上的一些现成的工具的。
接下来就为大家介绍一下这些工具吧。
先给大家看下成品。
KEGG是一个经典的通路数据库。
在这个数据库里面。
我们可以通过里面的工具KEGG Mapper 来对通路进行可视化的富集。
下面让我们看看怎么做吧。
按照下图的方式。
我们依次选择我们输入的基因注意：在数据ID的里面是不接受基因名的。
所以我要进行转换。
这个之前好多帖子都接受过。
大家就去自己搜一下吧。
如下图，我们输入想要标注的基因和对应基因想要标注的颜色。
然后点击'exec'提交即可。
最终我们会得到这些基因主要位于哪个通路。
然后选择想要标注的通路即可。
但是呢，KEGG mapper出来的图形呢。
不是矢量图。
所以会出现模糊的现象。
这个要么自己修复一下要么和别的工具自己画吧。
通过这两个功能。
我们就完全可以自己DIY自己想要的通路了。
同时呢。
这个网站还包括了一部分之前TCGA数据发表的通路。
我们可以在'network'— 'TCGA'中选择。
如下图则是我们选择内置的一个通路图除了基本的绘制通路的功能之后。
这个网站还是可以给每个通路里面添加数据进而用颜色进行区分。
具体怎么做呢。
我们在绘制好通路之后，类似于下图的表格。
其实就是一列是基因另外的列根据需要自己添加。
下图是不同器官的表达量。
然后“alteration”—'load from file'导入我们自己编写的文件。
即可得到下图这样的可视化结果最后通过export我们就可以导出图片了。
如果我们这次没画完怎么办。
同样可以把画的先导出来。
然后下次画的时候重新导进去就行。
是不是很方便。
维基百科相信大家都很清楚的吧，他们可能觉得如果只在生活领域进行百科进行普及的话，彰显不出权威。
KEGG上的信号通路图怎么看
KEGG上的信号通路图怎么看？提示：请点击标题下方蓝色“实验万事屋”，添加关注后，发“嗯”可以查看我们之前的文章。
未经允许，其他公众号不得转载哦！想要把自己研究的分子扯上明星分子或者明星通路？那是不难，难的是具体到底要怎么去扯，芯片结果啊，生信结果啊，都会给你提示，但真的要具体扯上去，还得看懂那些七七八八的信号通路图。
KEGG Pathway上有着大量的信号通路图，画得一个复杂啊！巨坑爹有没有？曾经有师弟说我之前曾经把Wnt通路描述错了，他师兄告诉他，应该是GSK-3β磷酸化抑制β-Catenin降解，并促进它入核的。
在这里，我们只能默默地祝福这位师兄了……那我们就用Wnt通路来做例子吧。
先上KEGG下载一个Wnt的信号通路图，如下：绝壁是很高大上的不是么？这要咋看呢？其实这张图上把三个Wnt通路都画上去了，也就是Wnt/β-Catenin（经典Wnt通路），Wnt/PCP（平面的细胞极性途径）和Wnt/Ca2+（Wnt/钙离子）三条信号通路组成，我们就删减一下，就光看经典的Wnt通路，就变成了下面这个模样：感觉还是很高大上有木有？那就再删减一下，把它变成经典Wnt信号通路的骨架会是什么样呢？就是这样：简洁明快了吧，但要怎么来看懂这样的图呢？我们来看一下KEGG Pathway的具体图例：把这些图例用来解释经典Wnt信号通路骨架图，就变成了：看懂了么？那给你从左到右解释一下：1）Wnt激活膜上受体，将信号传递到第二信使Dvl，活化的Dvl抑制由Axin、APC 和GSK-3β组成的复合物的活性,使β-catenin不能被GSK-3β磷酸化。
2）磷酸化的β-catenin才可通过泛素化(ubiquitination)而被胞浆内的蛋白酶体所降解，由于非磷酸化的β-catenin不能被蛋白酶体降解，从而导致β-catenin在胞浆内积聚，并移向核内。
3）当游离的β-catenin进入细胞核内，即可与转录因子TCF/LEF结合，激活TCF 转录活性，调节靶基因的表达。
KEGG数据库入门：pathway信息查询
KEGG数据库入门：pathway信息查询——日读一帖，解螺旋大V团队伴你科研路【科研热点】让你时间比别人花的少、知道的比他早！【基金专栏】国自然等各项基金独到经验见解【SCI 专栏】从开始到接收全程tips【实验技能】这么棒快告诉你老板！关注我们，为您的科研路提速KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes），是日本京都Kanehisa Laboratories阅读文献手工整理（手绘）的一个庞大的数据库（包括信号通路、基因、疾病、药物等等）；这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系；基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的，除了有完整的基因序列外，还有没完成的草图。
今天就翠花就讲讲：在研究中如何使用KEGG数据库进行信号通路查询，这可是KEGG数据库的入门级知识哦！翠花以一个例子入手帮助小伙伴们更好的了解一下操作过程。
已有的前期实验结果：构建了沉默新基因A表达的质粒，转染肺癌549细胞系，确定敲减效率，上流式细胞仪检测，发现细胞周期被阻滞（cell cycle arrest）在S期。
那么我们现在需要从细胞周期的角度阐明新基因A促进肺癌细胞系549增殖的分子机制。
１.首先打开KEGG主页：/，点击下图框中的KEGG PATHWAY链接。
2. 输入关键词：cell cycle3.出现结果：4. 点击map 04110，出现KEGG对cell cycle的描述：5. 所有物种中相关基因的详细列表每个基因在KEGG数据库里面有对应的ID，例如CCDN1对应的ID号：K04503，CDK4对应K02089，我们后面会用到。
相关的不同模块、疾病、日本Kanehisa Laboratories的工作人员整理这个信息库所参考的文献，其它的数据库，例如GO：0000278，可以用Gene Ontology这个数据库直接查到在这个数据库中的信息：6. 开始查基因A的下游机制，直接点击图，会出现相信的信号通路：这是KEGG里面整理出来的cell cycle相关信号通路图，细胞周期中S期的相关基因（我们上面举的例子是A沉默后可以把细胞阻滞在S期），每个可以点击，例如：CDK2，查看这个基因的相关信息。
如何使用KEGG的Pathway
KEGG Pathway 的使用方法
KEGG(京都基因与基因组百科全书)是基因组破译方面的数据库。
在后基因时代一个重大挑战是如何使细胞和有机体在计算机上完整
的表达和演绎，让计算机利用基因信息对更高层次和更复杂细胞活动和
生物体行为作出计算推测。
为达到此目的，人们建立了一个在相关知识
基础上的网络推测计算工具。
在给出染色体中一套完整的基因的情况下，它可以对蛋白质交互（互动）网络在各种细胞活动起的作用作出预测。
KEGG 的PATHWAY 数据库整合当前在分子互动网络
（比如信号通路，复合物）的知识。
好了，废话不多说了，开始教大家如何使用KEGG 的Pathway
来找已知通路。
首先打开网页
找到KEGG Pathway，点进去。
输入想要了解的分子。
举个例子，比如Wnt，点击“GO”我们就来了解一下Wnt 相关的通路。
可以看到相关的通路有20 个之多，我们主要看一下Wnt 的经典信号通路，直接点击图片。
Wnt 通路有三条，Wnt/β -Catenin 的经典通路，PCP 通路和，Wnt/Ca2+通路。
是不是有点看不懂，这些尖头虚线代表啥呢？特意给大家翻译了一下图例，不谢！。
干货,KEGG之通路分析宝典怎么看
KEGG 数据库于1995 年由Kanehisa Laboratories 推出0.1 版，目前发展为一个综合性数据库，其中最核心的为 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 数据库。
在KEGG ORTHOLOGY 数据库中，将行使相同功能的基因聚在一起，称为Ortholog Groups (KO entries)，每个KO 包含多个基因信息，并在一至多个pathway 中发挥作用。
而在KEGG PATHWAY 数据库中，将生物代谢通路划分为6 类，分别为：细胞过程（Cellular Processes）、环境信息处理（Environmental Information Processing）、遗传信息处理（Genetic Information Processing）、人类疾病（Human Diseases）、新陈代谢（Metabolism）、生物体系统（Organismal Systems）。
作为常用数据库，它是了解高级功能和生物系统（如细胞、生物和生态系统），从分子水平信息，尤其是大型分子数据集生成的基因组测序和其他高通量实验技术的实用程序数据库资源。
数据库中包含各种各样的数据对象，这些数据对象是为了用来对生物系统进行计算机模拟的。
因此，各个数据库中的数据记录都被称为KEGG对象。
这些对象可以通过KEGG对象标识符来识别，标识符由一个与数据库相关的前缀加五个数字构成。
（详情点击进入官网咨询）我们往往通过这些数据信息，查看关注基因、代谢物、酶等的功能，KEGG提供的整合代谢途径(pathway)查询十分出色，包括碳水化合物、核苷、氨基酸等的代谢及有机物的生物降解，不仅提供了所有可能的代谢途径，而且对催化各步反应的酶进行了全面的注解，包含有氨基酸序列、PDB库的链接等等。
KEGG是进行生物体内代谢分析、代谢网络研究的强有力工具。
与其他数据库相比，KEGG 的一个显著特点就是具有强大的图形功能，它利用图形来介绍众多的代谢途径以及各途径之间的关系。
巧用KEGG数据库绘制pathway通路图分析技能
巧⽤KEGG数据库绘制pathway通路图分析技能来源：联川⽣物技术公司 2017-2-15KEGG 是从分⼦信息⽔平了解⾼级功能和⽣物系统（如细胞、 ⽣物和⽣态系统），尤其是⼤型分⼦数据集⽣成的基因组测序和其他⾼通量实验技术的实⽤程序数据库资源，是由⽇本京都⼤学⽣物信息学中⼼的Kanehisa实验室于1995年建⽴。
是国际上最常⽤的⽣物信息学数据库之⼀，以“理解⽣物系统的⾼级功能和实⽤程序资源库”著称。
在分⼦实验过程中，KEGG Pathway的分析是其中的研究重点，那么绘制⼀张跟实验相关的核⼼通路图就成为很多研究者头疼的事情了，今天⼩编就带⼤家在只有基因序列的情况下，根据需要绘制通路图。
在进⼊正题之前，⼩编先给⼤家科普⼀下：在KEGG分析中，经常会遇到例如K00010和ko00010这样的编号，很多⼈搞不清楚这两者有什么区别，简单来说，⼤写K+五位数字指的是KEGG数据库中某类蛋⽩编号，即某个基因注释到了这种编号，就代表这是某⼀类功能的蛋⽩，⼀个基因对应⼀个这种编号。
⼩写的ko+五位数字，这是pathway的编号，代表某⼀条代谢通路的编号，⼀条通路⾥可以有多个基因共同参与调控，也就是有多个K，同样，⼀个基因可以参与多个通路，也就是⼀个基因有多个ko注释，它们之间是多对多的关系。
不过，现在如果想利⽤KEGG数据库不是那么容易了，因为KEGG数据库核⼼数据是要收费的，价格不菲。
很多研究者只能依赖⽣物公司的帮助进⾏注释。
可是放到⽂章⾥的或者感兴趣的基因没有那么多，那么⼩范围⾃主进⾏的KEGG注释就显得尤为重要。
话不多说，开始今天的分析技能~⼀、准备蛋⽩序列⾸先得有⾃⼰感兴趣的基因信息，有了基因信息，必须有这些基因对应的蛋⽩序列。
因为如果想要获得KEGG注释，我们接下来的教程需要输⼊蛋⽩序列。
若只有核酸序列，可以通过NCBI的BLAST功能去获得相应的同源蛋⽩序列（如需BLAST教程，请留⾔）或者通过软件（例如Genscan）预测其蛋⽩序列。
如何使用生物大数据技术分析KEGG通路数据
如何使用生物大数据技术分析KEGG通路数据生物大数据技术（Bioinformatics）是应用生物学、统计学和计算机科学等交叉学科的原理和方法，从遗传图谱、基因组序列、蛋白质组学等方面研究生物信息的存储、分析和解释。
在生物学研究中，KEGG通路数据（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是非常重要的信息资源。
本文将介绍如何使用生物大数据技术来分析KEGG通路数据。
首先，我们需要了解KEGG通路数据的基本概念和结构。
KEGG通路是描述生物分子相互作用和反应关系的可视化图表。
通路中的每个分子或基因被称为节点，而相互作用或反应则通过连接线来表示。
通路图的构建是基于已知的生物分子相互作用和反应关系，可以帮助我们理解细胞内的生物过程和信号传导网络。
KEGG通路数据存储在一个数据库中，可以通过应用程序接口（API）或下载的方式获取。
要使用生物大数据技术分析KEGG通路数据，我们首先需要选择一个合适的分析工具或软件。
常用的工具包括R、Python和Cytoscape等。
这些工具提供了丰富的分析和可视化功能，可以帮助我们更好地理解和解释KEGG通路数据。
在开始分析之前，我们需要将KEGG通路数据转化为适合分析的格式。
KEGG 通路数据一般以KGML（KEGG Markup Language）格式保存，这是一种用于描述通路图和生物通路信息的XML格式。
我们可以使用相应的解析库或脚本将KGML 文件转化为其他常用的数据格式，如表格或网络文件。
一旦我们将KEGG通路数据转化为适合分析的格式，我们可以开始进行实际的分析了。
以下是一些常见的分析方法和技术：1. 富集分析（Enrichment Analysis）：富集分析是一种常见的对KEGG通路数据进行功能注释和解释的方法。
它可以帮助我们识别在特定生物学过程或疾病中显著富集的通路。
常用的富集分析工具包括DAVID、WebGestalt和Enrichr等。
手把手教你看KEGG通路图！
手把手教你看KEGG通路图！KEGG，Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因和基因组百科全书，是系统分析基因功能，联系基因组信息和功能信息的知识库。
其中包含有大量的通路图，如下图所示：1、代谢通路中各种符号标识：代谢通路图中，一般就是酶，方框里面的数字代表EC编号；小圆圈代表代谢物，点开会出现C00668的信息，C代表compound，00668是这种化合物在KEGG中的编号。
2、代谢通路中（绿）和（白）底框：一般，KEGG中存在两种代谢图：① reference pathway，根据已有的知识绘制的、概括的、详尽的具有一般参考意义的代谢图，为白色小框，在KEGG中名字以map 开头，比如map00010；② species-specific pathway，绿色小框为该物种特有的基因或酶，只有这些绿色的框有更详细的信息。
KEGG中名字为特定物种种属英文缩写，比如酵母的糖酵解通路图，sce00010。
3、KEGG富集分析：统计该物种的富集结果，红色边框的为上调的，绿色边框的为下调的。
KEGG Pathway富集分析不仅仅基于富集分析数据，人为的解读和挑选是必不可少的。
因为：(1) 基因调控是个系统，而不仅作为1个孤立的pathway。
a. 1个基因的改变可以造成整个系统的改变；b. 1个基因往往有多个功能，但执行具体的功能往往是不同蛋白复合物共同作用。
(2) pathway富集分析的统计假设，并非在任何情况下都适用pathway富集分析，要观察、理解某个核心pathway中基因的相互作用，才能判断其中的基因变化是否有生物学意义。
(3) 现存KEGG等数据库收录的是已有研究结果，更详细的pathway信息需进一步完善。
总结Pathway 和GO富集分析结果的解读，应该从生物学意义的角度出发，Pvalue 和Q value只是个参考而已，那些不显著的通路也值得解读（从功能注释的角度解读，而不是从富集分析的角度解读）。
来，告诉你怎么做简（liá）单（piē）的KEGG信号通路分析
来，告诉你怎么做简（liá）单（piē）的KEGG信号通路分析师兄师姐⼀直说的什么KEGG分析，你是不是也只能假装听得懂的样⼦，但到底为啥要做
KEGG分析，还是不明⽩……
KEGG Pathway分析就是信号通路的分析咯。
⽤处么，给你举个简单的例⼦。
这么冷的天，就
讲电暖⽓呗。
两个电暖⽓，你要知道其中某个原件是⼲嘛⽤的。
那就把那个原件拆掉，然后⽐
对⼀下拆掉和没拆掉的暖⽓有啥区别。
⽐如去掉原件后，突然没法升温到20°C了。
那这个基因
肯定是调控升控温这个通路的。
换在实验上也⼀样。
⽐如使⽤某基因突变或者敲减和野⽣型作为对⽐，做的芯⽚。
那突变后，
就会导致这个基因下游的基因产⽣表达变化，这些变化的基因就可能是这个突变基因所调控的
信号通路。
加药呢？也是⼀样的，加药后，下游基因有了什么样的变化，这些变化主要是在哪些信号通路
上。
有可能这个药物就是通过这些信号通路起到作⽤的。
现在⼤概明⽩了吧？
那应该怎么样来做这样的芯⽚数据分析呢？
给你看看夏⽼师⼏年前做的视频先！这是⼀个简单的加姜黄素处理的芯⽚的分析。
就下⾯，⼟
豪随意……
DAVID（https:///）这个分析⽹站还挺好⽤的，⼤家可以随意试⽤⼀下感受感
受。
别再问我这个Excel怎么下载了，⾃⼰去找我以前的帖⼦吧。
祝你们⼼明眼亮。
涨姿势！怎么看KEGG代谢通路图
涨姿势！怎么看KEGG代谢通路图
但是：为什么这个图上有的小框框是绿色呢？（这是绿色吧？我蓝绿不分的，下同）
因为这是一张特定物种（S. cere. 酿酒酵母）的代谢图，绿色的框框表示专属于这个物种。
在KEGG中有两种代谢图
①一种是参考代谢通路图reference pathway，是根据已有的知识绘制的概括的、详尽的具有一般参考意义的代谢图，这种图上就不会有绿色的小框，而都是无色的，所有的框都可以点击查看更详细的信息；
②一种就是像上面这样的属于特定物种的代谢图species-specific pathway，会用绿色来标出这个物种特有的基因或酶，只有这些绿色的框点击以后才会给出更详细的信息。
这两种图很好区分，reference pathway 在KEGG中的名字是以map开头的，比如map00010，就是糖酵解途径的参考图；而特定物种的代谢通路图开头三个字符不是map而是种属英文单词的缩写（应该就是一个属的首字母+2个种的首字母）比如酵母的糖酵解通路图，就是sce00010，大肠杆菌的糖酵解通路图就应该是eco00010吧。
那么：怎么找这两种图呢？
1.有下拉列表的时候，在列表选择reference 或者是特定物种即可。
2.在pathway检索的页面/kegg/pathway.html，如下图：
默认的就是map，参考图，你想要什么物中的代谢图写上它的名称就好了（种属缩写），如果不知道是哪3个字母，点击organism 选择即可。
不过你点进去也是一片空白，需要你提示两个字母才会给出下拉条目。
（本文转自PLOB）
怎么样，试试看吧~。
如何导出KEGG中信号通路或代谢途径的数据
如何导出KEGG中信号通路或代谢途径的数据很少写这个，突然想着我曾经花了些时间查找。
现在我花点时间写出来，可能会给别人节约很多时间。
以后自己或许也会用到。
因为时间问题，尽量不上图，用简短的文字来写。
举例，现在想导出KEGG中核苷酸代谢中嘧啶代谢过程的参与蛋白。
具体步骤如下1. 打开KEGG网站/kegg/2. 找到KEGG PATHWAY,metabolism里找到Nucleotide点击进入，pyrimidinemetabolism点击进入。
现在出现了代谢pathway。
3. 首行有个pathway entry,右列KEGG ORTHOLOGY点击进入，出现你想要的列表了，问题是怎么处理。
4. 两种方法，一是直接贴到excel，二是从excel直接导入。
第一种没啥说，我个人喜欢第二种5. 复制4中的网址，也就是/dbget-bin/get_linkdb?-t+orthology+path:map002406. 打开一个excel工作表，依次，数据，自网站，把5里的网址粘帖到地址栏，转到，出现的界面如果是数据可以导进来的话（任何网站数据都是一样），会有黄色底的黑色箭头，鼠标放箭头那，点击会变成对勾，点击右下方导入，稍等，OK.现在问题又来了就是我们想要的单独的name现在连解释一起都在B列。
因为我们用这些数据很可能去我们总蛋白质组数据库中查询数值。
所以如何分开，总不能一个个人工。
方法如下7. 选中B列，依次，数据，分列，分隔符号，下一步，分号（这里一定只能选择分号），下一步，完成。
现在发现B列有的是带逗号的，所以再选中B列，数据，分列，分隔符号，下一步，逗号（这次要选逗号），下一步，完成。
基本完成了，下面的就是删除空格了，直接选中，数据，删除重复项就行了。
KEGG里有的导出的数据一共就一列，也就是ID和definition没分开的话。
步骤和7一样的。
如何运用KEGG数据库查询信号通路（入门版）
如何运用KEGG数据库查询信号通路（入门版）之前几篇文章，因为小编终于完成了研究生期间的第一个实验，整理数据图片的过程中，写了一些自己的小心得，就在前天，我终于写好了这篇论文的初稿，郑重的发给了老师，等着他老人家的修改意见。
虽然整篇论文的立题和研究意义谈不上多么高大上，但是就像自己的孩子一样，当你看到它转为PDF格式后成品的样子，内心还是很自豪。
忘记是哪个名人说的，第一次最难忘，科研生涯的处女座，尽管有诸多不完美，但也要祝福各位焦头烂额的朋友们，熬过难关，就是晴天。
因为自己也是个小白，一路撞墙，每次看公众号里大神们发的文章，好多我都是一头雾水，我在不断努力能让自己看的懂他们写的东西，我相信应该也有很多人跟我一样。
所以我今天想跟大家分享的内容是对于刚刚步入科研的同学应该会接触到的信号通路。
所谓的信号通路，你可以把它理解成每个细胞里的生产线，细胞内有很多个生产线，每个生产线上都有很多个分子，这些分子互相合作生成某个“产品”，这个产品会对细胞产生某种影响，这就是通路。
刚刚接触信号通路时，我们很有可能误把信号转导通路误以为就是通路的全部。
其实，二者是包含和被包含的关系，信号通路的内容更大。
信号通路主要包括metabolic pathway（代谢通路，比如说三羧酸循环），generegulation pathway（基因调控途径，比如说基因的丢失扩增）和signaltransduction pathway(信号转导通路，比如G蛋白介导的细胞信号转导途径)以及一些药物或疾病的相关分子之间的作用关系。
导师们都很喜欢在论文里加上一条信号通路，进入实验室后不久，导师会给你课题的大方向，那么如何查找相关通路呢？除了阅读文献查询，KEGG数据库也是研究信号通路的一个很好的帮手。
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes），网站是/kegg/，是日本京东大学生物信息学中心的Kanehisa实验室建立了一个生物信息学数据库，其中包括16个子数据库。
如何运用KEGG数据库查询信号通路（升级版）
如何运用KEGG数据库查询信号通路（升级版）之前我们介绍了“如何运用KEGG数据库查询信号通路（入门版）”，今天为大家带来升级版的内容。
学习了一段时间的KEGG数据库后，个人认为它最好用的功能是KEGG Mapper，当你想把差异性表达的基因与自己想要研究的信号通路联系起来时，这项功能就可以很好地帮你解决问题。
笔者之前为了验证药物作用后小鼠肝脏组织是否发生某些lncRNA 的差异性表达，将实验组和对照组的肝脏组织送去公司进行了lncRNA 的基因芯片分析。
公司反馈的数据中包括差异性高表达的lncRNA和与之相关的mRNA，但是我现在很想知道差异性高表达的lncRNA是否作用在了某个通路上。
所以我利用KEGG Mapper先分析差异性高表达的mRNA的作用通路（因数据较多，为了方便，只任意列举其中一小部分，不一定有临床意义，只是为了演示过程）。
首先我们要将基因名称（genesymbol）转换成基因类型（geneID）的表现形式（小编注：此处即为geneID转换）。
因为KEGG数据库只识别KEGG、NCBI和uniprot三种primaryID的形式，这里选择哪一种要看你的数据来源。
比如说，如果要转换成uniprot的ID形式，在uniprot网站中，点击retrieve/ID mapping的选项；在provide your identifiers中输入基因名称；下方选择转换类型和种属，点击submit。
点击页面左侧的reviewed swiss-prot(已经核实的基因)，点击download下载Excel表格（uncompressed）。
在Excel表格中，entry一栏就是转换后的geneID了。
将entry和你想标记的基因颜色重新放在一个Excel表格中，这样方便你在通路图中清楚找到你要查询的基因，将颜色和geneID输入到KEGG Mapper中，点击Exec开始分析，可以知道哪些基因参与了哪种通路的表达调控。
麦子陪你做作业（二）：KEGG通路数据库的正确打开姿势
麦子陪你做作业（二）：KEGG通路数据库的正确打开姿势麦子陪你做作业（二）：KEGG通路数据库的正确打开姿势作者：麦子转载请注明：解螺旋·临床医生科研成长平台KEGG是通路数据库中最庞大的，涵盖基因组网络信息，主要注释基因的功能和调控关系。
当我们选到了合适的候选分子，单变量研究也已做完，接着研究机制的时便可使用到它。
你需要了解你的分子目前已有哪些研究，跟其他分子是怎样的关系。
当然可以从文献中慢慢去了解，但KEGG绘制了已知的通路数据，直观呈现，无疑是提升检索效率好的办法。
KEGG的主要用途有：查询通路信息、信号通路检索，以及非常推荐的分析工具KEGG Mapper，它可以根据前期筛选得到的差异分子列表去构建分子调控网络，得到清晰简明的通路图。
咱们通过五个案例，来把这些功能用法撸一遍。
（好了我承认这是酸菜老师布置的作业，我又陪大家做作业来了）作业一请使用KEGG检索人类基因PTEN的信息并查看其参与了哪些信号通路，查看其在p53信号通路中的位置。
先找到网页下方的KEGG GENES子数据库。
在弹出的页面中，三个检索栏都可以用，不过推荐用第三个，比较准确简洁。
不过注意格式，“物种: 基因”接着就有个弹窗显示该基因的信息，包括其参与的信号通路，其中就有我们要找的p53信号通路。
点击通路编号“hsa04115”，就可看到信号通路图，我们查询的PTEN基因被红色标注了出来。
如果要查找该通路中的其他基因，也可以在本页面的搜索框中输入相应关键词，同样得到红色高亮显示。
作业二查看KEGG中参与信号转导的信号通路，并点击mTOR信号通路，查看其关联的信号通路及调控的表型。
在KEGG首页上选择KEGG PATHWAY子数据库。
在点开后的页面往下拉到信号转导通路，相当多了。
找到mTOR信号通路，点进去。
圆角矩形文本框中的就是其相关联的信号通路。
我们可以看到，mTOR上游有AMPK、MAPK、Insulin、PI3K-AKT等信号通路，各通路之间又有交互影响。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
KEGG上的信号通路图怎么看？
提示：请点击标题下方蓝色“实验万事屋”，添加关注后，发“嗯”可以查看我们之前的文章。
未经允许，其他公众号不得转载哦！
想要把自己研究的分子扯上明星分子或者明星通路？那是不难，难的是具体到底要怎么去扯，芯片结果啊，生信结果啊，都会给你提示，但真的要具体扯上去，还得看懂那些七七八八的信号通路图。
KEGG Pathway上有着大量的信号通路图，画得一个复杂啊！巨坑爹有没有？曾经有师弟说我之前曾经把Wnt通路描述错了，他师兄告诉他，应该是GSK-3β磷酸化抑制β-Catenin降解，并促进它入核的。
在这里，我们只能默默地祝福这位师兄了……
那我们就用Wnt通路来做例子吧。
先上KEGG下载一个Wnt的信号通路图，如下：
绝壁是很高大上的不是么？这要咋看呢？其实这张图上把三个Wnt通路都画上去了，也就是Wnt/β-Catenin（经典Wnt通路），Wnt/PCP（平面的细胞极性途径）和Wnt/Ca2+（Wnt/钙离子）三条信号通路组成，我们就删减一下，就光看经典的Wnt通路，就变成了下面这个模样：
感觉还是很高大上有木有？那就再删减一下，把它变成经典Wnt信号通路的骨架会是什么样呢？就是这样：
简洁明快了吧，但要怎么来看懂这样的图呢？我们来看一下KEGG Pathway的具体图例：
把这些图例用来解释经典Wnt信号通路骨架图，就变成了：
看懂了么？那给你从左到右解释一下：
1）Wnt激活膜上受体，将信号传递到第二信使Dvl，活化的Dvl抑制由Axin、APC 和GSK-3β组成的复合物的活性,使β-catenin不能被GSK-3β磷酸化。
2）磷酸化的β-catenin才可通过泛素化(ubiquitination)而被胞浆内的蛋白酶体所降解，由于非磷酸化的β-catenin不能被蛋白酶体降解，从而导致β-catenin在胞浆内积聚，并移向核内。
3）当游离的β-catenin进入细胞核内，即可与转录因子TCF/LEF结合，激活TCF 转录活性，调节靶基因的表达。
那我们回过来看复杂一点的图上都讲了啥？(看不清可以点击图片即可放大）
这个就是整个经典Wnt信号通路的调控机制了。
我说看帖的你，明白KEGG的信号通路该怎么看了吧！要是已经明白了的话，是不是应该拿去教育教育你师兄，别把师弟师妹带坏了呢？。