第四章 DNAman使用方法
DNAman使用方法教学课件ppt
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基因组浏览器
总结词
DnaMan具备可视化基因组浏览器,方便用户查看基因组结构和基因注释。
详细描述
DnaMan的基因组浏览器支持多种基因组数据可视化展示,包括基因注释、基因 转录本、SNP、重复序列等,可帮助用户深入分析基因组结构及功能。
分子进化分析
总结词
DnaMan支持分子进化分析,可探究物种间的亲缘关系和演 化历程。
详细描述
DnaMan的分子进化分析功能包括多种进化树构建方法,如 NJ树、MP树、ML树等,并提供了丰富的分子进化分析工具 ,如PAML、CODEML等。
04
DnaMan使用中的常见问题及解决 办法
序列导入问题
总结词
在导入序列时遇到的各种问题,如格式不正确、文件名限制等。
详细描述
DnaMan支持多种格式导入,如FASTA、GenBank等,但常因格式问题导致 导入失败;另外,序列文件名中不能含有特殊字符,否则无法导入。
DnaMan具备强大的序列编辑、可视化和注释功能,同时提 供了大量内置的分析工具和数据库,方便用户进行各种生物 信息学研究。
DnaMan的起源与发展
1
DnaMan起源于20世纪90年代末期,由美国一 家生物技术公司开发。
2
经过多年的发展和不断更新,DnaMan已经成 为了生物信息学领域中广受欢迎的工具之一。
插入视频
添加注释
在课件中插入DnaMan软件操作视频,以 便学生更好地了解软件操作流程和功能使用 方法。
对于一些复杂的操作和功能,可以添加注释 来帮助学生更好地理解和记忆。
演示教学课件的技巧
熟悉课件
在演示教学课件前,需要熟悉课 件的内容和排版,以便更好地讲 解。
互动教学
生物信息学上机实验4 用DNAMAN软件进行引物设计
![生物信息学上机实验4 用DNAMAN软件进行引物设计](https://img.taocdn.com/s3/m/f5480e0a03d8ce2f006623cc.png)
生物信息学上机实验四用DNAMAN软件设计PCR引物一、目的要求DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大,使用方便,已成为一种普遍使用的DNA序列分析工具。
通过本实验,使学生掌握PCR引物的设计方法。
二、实验准备DNAMAN的使用说明书(word文档)一份、DNAMAN软件5.2.2版本、实验分析所用的4个序列见下面。
三、实验内容1、将待分析4个序列装入4个Channel,熟悉Channel的使用方法2、显示“序列(2)”的反向互补序列、互补序列、反向序列3、分析“序列(3)”的限制性酶切位点4、设计一对引物扩增“序列(1)”中的微卫星重复区域四、作业将上述前5项操作所得结果保存到电脑桌面,发到xiaopingjia@(1)CCAGA TGAGCGTGCGTTCGTTCCACGTACGTGTGCTGTGTGAGACGACACA TCT GCACCTGCACGTCAGCACGTACGTGCACCCGGTA TGTGTGCGCGTGTACTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGAGA TGAGGCCGGA TTCAGGA GCTGCGAGCTCA TAGGCCACAGTCACAGAA TTGCAACGGTACTTCAGTTCAGTCA TCTCCTAGTCCTTGAGAG(2)GGAAAAAAGA TACGTA TGTACA TA TACGTGTACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAAGCAAAGACA TTGA TA TTGTTGCTGGTGGCGAGGTTGA TGCGCACAGCTCACTCCCGCGCTGACTGACACG(3)GGTCAGCAGAAAGCA TGCCGTAGTCAAACGA TCGACCTAGCTAGTAGCAGTGTG TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTGCAAAAACCTAGACCTTAGCAGCCTAG(4)CCTGA TTTGGA TCCAACAAAA TGCA TTTGACCA TA TAGTGTGTGTGTGTGTGTGTG TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTCACAGTCACAGAA TTGCAACGGTACTTCAGTTCAGTCA TCTCCTAGTCCTTGAGAG(2)题 SEQ DNAMAN2: 172 bp;Composition 57 A; 62 C; 22 G; 31 T; 0 OTHERPercentage: 33.1% A; 36.0% C; 12.8% G; 18.0% T; 0.0%OTHERMolecular Weight (kDa): ssDNA: 52.42 dsDNA: 106.04COLOURSsequence = 1features = 0ORIGIN1 CGTGTCAGTC AGCGCGGGAG TGAGCTGTGC GCATCAACCT CGCCACCAGC AACAATATCA 61 ATGTCTTTGC TTCACACACA CACACACACA CACACACACA CACACACACA CACACACACA 121 CACACACACA CACACACACG TACACGTATA TGTACATACG TATCTTTTTT CCSEQ DNAMAN2: 172 bp;Composition 57 A; 62 C; 22 G; 31 T; 0 OTHERPercentage: 33.1% A; 36.0% C; 12.8% G; 18.0% T; 0.0%OTHERMolecular Weight (kDa): ssDNA: 52.42 dsDNA: 106.04COLOURSsequence = 1features = 0ORIGIN1 CCTTTTTTCT ATGCATACAT GTATATGCAC ATGCACACAC ACACACACAC ACACACACAC 61 ACACACACAC ACACACACAC ACACACACAC ACACACACAC TTCGTTTCTG TAACTATAAC 121 AACGACCACC GCTCCAACTA CGCGTGTCGA GTGAGGGCGC GACTGACTGT GCSEQ DNAMAN2: 172 bp;Composition 31 A; 22 C; 62 G; 57 T; 0 OTHERPercentage: 18.0% A; 12.8% C; 36.0% G; 33.1% T; 0.0%OTHERMolecular Weight (kDa): ssDNA: 53.79 dsDNA: 106.04COLOURSsequence = 1features = 0ORIGIN1 GCACAGTCAG TCGCGCCCTC ACTCGACACG CGTAGTTGGA GCGGTGGTCG TTGTTATAG T 61 TACAGAAACG AAGTGTGTGT GTGTGTGTGT GTGTGTGTGT GTGTGTGTGT GTGTGTGTGT 121 GTGTGTGTGT GTGTGTGTGC ATGTGCATAT ACATGTATGC ATAGAAAAAA GG(3)题 Restriction analysis on DNAMAN3Methylation: dam-No dcm-NoScreened with 180 enzymes, 19 sites foundAluI AG/CT 1: 40BbvI GCAGCNNNNNNNN/ 1: 151BsaOI CGRY/CG 1: 32Bst71I GCAGCNNNNNNNN/ 1: 151DdeI C/TNAG 1: 135DpnI GA/TC 1: 31Fnu4HI GC/NGC 1: 140MaeI C/TAG 4: 37, 41, 129, 144MboI /GATC 1: 29NlaIII CATG/ 1: 17NspI RCATG/Y 1: 17PvuI CGAT/CG 1: 32Sau3AI /GATC 1: 29SphI GCATG/C 1: 17TaqI T/CGA 1: 32XorII CGAT/CG 1: 32List by Site Order17 NlaIII 31 DpnI 37 MaeI 140 Fnu4HI17 SphI 32 TaqI 40 AluI 144 MaeI17 NspI 32 PvuI 41 MaeI 151 BbvI29 Sau3AI 32 BsaOI 129 MaeI 151 Bst71I 29 MboI 32 XorII 135 DdeINon Cut EnzymesAatII Acc65I AccI AccII AccIII AclIAcyI AflII AflIII AgeI AhaIII Alw26IAlw44I AlwNI ApaBI ApaI ApaLI AscIAsp718I AsuI AsuII AvaI AvaII AvrIIBalI BamHI BanI BanII BbeI BbvIIBclI BglI BglII Bpu1102I BsaHI Bsc91IBsiI BsmI Bsp1286I Bsp1407I BspHI BspMIBspMII BssHII BstD102I BstEII BstNI BstXIBsu36I Cfr10I CfrI ClaI Csp45I CspICvnI DraI DraII DraIII DrdI EagIEam1105I Ecl136II Eco31I Eco47III Eco52I Eco56IEco57I Eco72I EcoHI EcoICRI EcoNI EcoRIEcoRII EcoRV EheI EspI FnuDII FokIFseI HaeII HaeIII HgaI HgiAI HhaIHindII HindIII HinfI HinP1I HpaI HpaIIHphI I-PpoI KpnI MaeII MaeIII MboIIMfeI Mlu113I MluI MnlI MscI MseIMspA1I MspI MstI MstII NaeI NarINcoI NdeI NheI NlaIV NotI NruINsiI NspBII PacI PflMI PinAI PleIPmaCI PmeI PpuMI PssI PstI PvuIIRleAI RsaI SacI SacII SalI SapISauI ScaI SciI ScrFI SduI SfaNISfiI SgrAI SmaI SnaBI SpeI SplISpoI SrfI SspI SstI SstII StuIStyI SunI SwaI ThaI Tth111I Tth111IIVspI XbaI XcmI XhoI XhoII XmaIXmaIII XmnIRestriction sites on DNAMAN3MaeIAluIMaeIXorIIBsaOIPvuITaqINspI DpnISphI MboINlaIII Sau3AI1 GGTCAGCAGAAAGCATGCCGTAGTCAAACGATCGACCTAGCTAGTAGCAGTGTGTGTGTGCCAGTCGTCTTTCGTACGGCATCAGTTTGCTAGCTGGATCGATCATCGTCACACACACAC61 TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAAAMaeIMaeI DdeI Fnu4HI121 GCAAAAACCTAGACCTTAGCAGCCTAGCGTTTTTGGATCTGGAATCGTCGGATC(4)题Primer List29 CGTGTGCTGTGTGAGAC 51.9癈 and 224 GGAGATGACTGAACTGAAG 50.1癈30 GTGTGCTGTGTGAGACG 51.9癈 and 224 GGAGATGACTGAACTGAAG 50.1癈32 GTGCTGTGTGAGACGAC 50.7癈 and 224 GGAGATGACTGAACTGAAG 50.1癈。
dnaman使用方法
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dnaman使用方法使用DNAMAN的方法DNAMAN是一款功能强大的生物信息学软件,广泛应用于DNA 和蛋白质序列分析、比对、编辑和可视化等领域。
本文将介绍DNAMAN的使用方法,帮助读者快速上手并熟练运用该软件。
一、安装和启动DNAMAN1. 下载软件安装包:在DNAMAN官方网站上下载适用于您的操作系统的安装包,并保存到本地。
2. 安装软件:双击安装包,按照提示完成软件的安装过程。
3. 启动软件:安装完成后,双击桌面上的DNAMAN图标,即可启动软件。
二、导入和编辑序列1. 导入序列:在DNAMAN的主界面,点击"文件"菜单,选择"导入序列",然后选择您要导入的序列文件(支持FASTA、GenBank 等格式)。
2. 编辑序列:在序列编辑界面,您可以对序列进行添加、删除、替换等操作。
点击"编辑"菜单,选择相应的编辑功能,然后在弹出的对话框中进行操作。
三、序列比对和分析1. 序列比对:点击"工具"菜单,选择"序列比对",然后选择比对算法和参数设置,点击"开始比对"按钮即可进行序列比对。
2. 序列分析:DNAMAN提供了丰富的序列分析工具,如ORF预测、限制酶切位点分析、引物设计等。
点击"工具"菜单,选择相应的分析工具,按照提示进行操作。
四、序列可视化和输出1. 序列可视化:DNAMAN提供了多种序列可视化方式,如线性图、环形图、比对图等。
点击"视图"菜单,选择相应的可视化方式,即可查看序列的结构和特征。
2. 输出结果:完成序列分析后,您可以将结果导出为文本文件或图像文件。
点击"文件"菜单,选择"导出结果",然后选择输出格式和保存路径,点击"保存"按钮即可导出结果。
五、保存和管理项目1. 保存项目:在使用DNAMAN进行序列分析时,建议您保存项目以便后续操作。
序列分析软件DNAMAN_的使用方法中文
![序列分析软件DNAMAN_的使用方法中文](https://img.taocdn.com/s3/m/77fe15f2f705cc1755270939.png)
4.DNA 序列比对分析 (Dot Matrix Comparision)
要比较两个序列,可以使用DNAMAN 提供的序列比对工具Dot Matrix Comparision (点矩阵比较)通过 Sequense/Dot matrix comparision 命令打开比对界面, 点击对比界面左上角的按钮,出现下列 对话框:
Annotations 是否显示注释 Comparision 比对参数, 其中Window 代表Window size(单位比对长度), Mismatch 代表Mismatch size(单位比对长度中许 可的错配值)要快速比对,需将此项设为0。 Both stran 代表Both strand(双链比对)选择此项, 是指用Sequence 2 中的序列的正链和负链分别和 Sequence 1 比较。 Sequence 2 正链与Sequence 1 比较结果用黑色点 表示,Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。
饶志明
博士/教授/ 博士生导师
江南大学生物工程学院工业微生物中心 江南大学工业生物技术教育部重点实验室
E-mail: raozhm@
DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析 软件。由于它功能强大,使用方便,已 成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
打开DNAMAN,可以看到如下界面:
3.DNA 序列的限制性酶切位点分析
将待分析的序列装入Channel,点击要分析的 Channel,然后通过Restriction/Analysis 命令打开 对话框, 参数说明如下: Results 分析结果显示 其中包括: Show summary(显示概要) Show sites on sequence(在结果中显示酶切位点) Draw restriction map(显示限制性酶切图) Draw restriction pattern(显示限制性酶切模式图)
序列分析软件DNAMAN的使用方法
![序列分析软件DNAMAN的使用方法](https://img.taocdn.com/s3/m/8cee3957f46527d3240ce020.png)
DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析 软件。由于它功能强大,使用方便,已 成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
打开DNAMAN,可以看到如下界面:
第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外,有十个 常用主菜单, 第二栏为工具栏: 第三栏为浏览器栏: 在浏览器栏下方的工作 区左侧,可见Channel 工具条,DNAMAN 提 供20 个Channel,点击Channel 工具条上相 应的数字,即可击活相应的Channel。 每个Channel 可以装入一个序列。将要分析 的序列(DNA 序列或氨基酸序列)放入 Channel 中可以节约存取序列时间,加快分 析速度。
Annotations 是否显示注释 Comparision 比对参数, 其中Window 代表Window size(单位比对长度), Mismatch 代表Mismatch size(单位比对长度中许 可的错配值)要快速比对,需将此项设为0。 Both stran 代表Both strand(双链比对)选择此项, 是指用Sequence 2 中的序列的正链和负链分别和 Sequence 1 比较。 Sequence 2 正链与Sequence 1 比较结果用黑色点 表示,Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。
ห้องสมุดไป่ตู้
选择所需的项目,然后按提示操作点击按扭,出现下 列对话框: 参数说明如下: Enzyme 代表(enzyme data file),点击旁边的下拉按钮, 出现两个默认选项,restrict.enz 和dnamane.enz, 如果添加过自制的酶列表,则附加显示自制酶列表文 件名。 其中restrict.enz 数据文件包含180 种限制酶, dnamane.enz 数据文件包含2524 种限制酶。 选择其中一个数据文件,相应的酶在左边的显示框中 列出(按酶名称字母表顺序),鼠标双击酶名称,则 对应的酶被选中,在右边空白框中列出。
序列分析软件DNAMAN的使用方法中文演示文稿
![序列分析软件DNAMAN的使用方法中文演示文稿](https://img.taocdn.com/s3/m/8c80b043f68a6529647d27284b73f242336c3195.png)
序列分析软件DNAMAN的使用方法中文演示文稿第一部分:软件介绍1.DNAMAN是什么?-DNAMAN是一款用于DNA和蛋白质序列分析的软件。
-它提供多种功能,包括序列比对、引物设计、限制酶分析和进化树构建等。
2.DNAMAN的应用领域-DNAMAN广泛应用于生物学、生物技术和医药领域。
-它可以帮助研究人员进行序列分析、设计实验方案和解读实验结果。
第二部分:基本序列比对1.创建新项目-打开DNAMAN软件,点击“新建”按钮创建新项目。
-输入项目名称和序列信息,保存并打开该项目。
2.导入序列-点击“导入”按钮,选择需要比对的序列文件,点击“确定”导入。
-系统会自动将序列导入到项目中。
3.序列比对-选择需要比对的序列,点击“比对”按钮进行序列比对。
-系统会自动比对序列并生成比对结果。
4.结果解读-比对结果以图形和文本形式展示。
-可以通过选择不同的比对算法和调整参数来优化比对结果。
第三部分:引物设计1.创建新项目-打开DNAMAN软件,点击“新建”按钮创建新项目。
-输入项目名称和序列信息,保存并打开该项目。
2.导入标记序列-点击“导入”按钮,选择需要设计引物的标记序列文件,点击“确定”导入。
-系统会自动将标记序列导入到项目中。
3.引物设计-点击“引物设计”按钮,选择设计引物的参数和算法。
-系统会根据所选参数和算法自动生成引物设计结果。
4.结果解读-引物设计结果以图形和文本形式展示。
-可以通过选择不同的参数和算法来优化引物设计结果。
第四部分:限制酶分析1.创建新项目-打开DNAMAN软件,点击“新建”按钮创建新项目。
-输入项目名称和序列信息,保存并打开该项目。
2.导入限制酶序列-点击“导入”按钮,选择需要分析的限制酶序列文件,点击“确定”导入。
-系统会自动将限制酶序列导入到项目中。
3.限制酶分析-点击“限制酶分析”按钮,选择分析参数和算法。
-系统会根据所选参数和算法自动进行限制酶分析。
4.结果解读-限制酶分析结果以图形和文本形式展示。
4实验四 DNAMAN 软件的使用,多序列比对
![4实验四 DNAMAN 软件的使用,多序列比对](https://img.taocdn.com/s3/m/fd0c3dcd58f5f61fb73666f4.png)
实验目的
1.理解什么是多序列连配以及其目的。 2.学会使用DNAMAN软件。 3.用DNAMAN软件进行多序列连配、开放阅 读框寻找、氨基酸二级结构预测等。
实验材料
• 计算机,网络。 • DNAMAN。 • 基因核苷酸和氨基酸鸡、斑马鱼等物种的下 列基因中任何一个基因的核苷酸 和氨基酸序列:
• LPL, FAS, FABP, FTO, GDF11, ACC,
LEPTIN, MC4R, IGF1,IGF2,BMP2,HSL, PPARγ,STARS, ADD1, NHX1,SAMDC, DLX5,ENR, Lpin1
进行如下操作
• ORF寻找 • 不同物种氨基酸之间多序列比对 • 蛋白质二级结构预测 • 保存结果,并抓图
基因核苷酸和氨基酸序列基因核苷酸和氨基酸序列实验过程实验过程从从ncbincbi下载人小鼠大鼠下载人小鼠大鼠猪羊鸡斑马鱼等物种的下猪羊鸡斑马鱼等物种的下列基因中任何一个基因的核苷酸列基因中任何一个基因的核苷酸和氨基酸序列
生物信息学实验课件
邢晋祎 生命科学学院 Copyright
实验四
DNAMAN软件的使用、 多序列联配
DNAMAN的使用方法
![DNAMAN的使用方法](https://img.taocdn.com/s3/m/b09f522a001ca300a6c30c22590102020740f2a1.png)
文件菜单中选择“打开”或通过快捷键Ctrl+O,打开存储在计算机中的DNA序列文件。
保存文件
文件菜单中选择“保存”或通过快捷键Ctrl+S,将更改后的DNA序列存储到硬盘或其他存储设 备中。
文件格式要求
只支持常见的序列文件格式如FASTA、GenBank等,可以选择单个文件或批量导入。
D N A 序列的导入和编辑
分析序列统计学
序列长度分布
序列特征统计图
DNAMAN可以为所有序列生成序 列长度分布图,从而确定序列长 度最常见的地方,并且甚至可以 根据自己的喜好来更改分布参数。
这是用于比较DNA序列中各类特 征的常用工具。统计图通常是以 直方图的形式出现,幸运的是 DNAMAN可以自动生成这种统计 图并轻松进行定位和分析。
D N A 序列编辑
D N A 序列导入
D N A 序列统计信息
DNAMAN提供多种序列编辑工具, 例如添加碱基、删除碱基、反转 序列和互补序列等。
DNAMAN支持多种序列格式导入, 例如FASTA、GenBank等。
在编辑界面右侧的信息面板中, DNAMAN会自动生成序列的碱基 组成、止旋镇性能力等信息。
多样性分析
发现多样性和图形化分组模型对 于了解疾病的分布和传播至关重 要,DNAMAN通过比对分析大量 的DNA序列,可以进行多样性分 析并演示图形化分组模型。
D N A M A N 在植物和动物遗传学中的应用
BA C分析
通过资料库查询和选择BAC、 BIBAC、Cosmid等载体中的 DNA,进行序列分析和匹配 以获得目标DNA序列。
常见问题解答
1 D N A M A N 支持哪些文件格式?
便携式数据格式(PDF)、HTML网页、Microsoft Word和图像文件(PNG、JPEG、GIF)等。
DNAMAN使用方法(图文教程):多重序列比对
![DNAMAN使用方法(图文教程):多重序列比对](https://img.taocdn.com/s3/m/45fc4d09aeaad1f347933f13.png)
序列比对的理论基础是进化学说:如果两个序列之间具有足够的相似性,就推测二者可能有共同的进化祖先,经过序列内残基的替换、残基或序列片段的缺失、以及序列重组等遗传变异过程分别演化而来。
序列相似和序列同源是不同的概念,序列之间的相似程度是可以量化的参数,而序列是否同源需要有进化事实的验证。
物以类聚人以群分,就像你要了解一个人可以通过了解他的朋友一样,序列比对是从已知获得未知的一个十分有用的方法。
另外,物种亲缘树的构建都需要进行生物分子序列的相似性比较。
序列比对按照数目、范围和对象来分,可以分为:o两序列比对和多序列比对o全局比对和局部比对o核酸序列比对和氨基酸序列比对。
限于篇幅,今天只给大家介绍如何使用DNAMAN 8作核酸多序列比对。
多序列比对就是把两条以上可能有系统进化关系的序列进行比对的方法。
其意义在于它能够把不同种属的相关序列的比对结果按照特定的格式输出,并且在一定程度上反映它们之间的相似性。
首先,在解螺旋回复0628下载DNAMAN 8软件。
打开后可以看到以下界面:第一栏为主菜单栏,除了帮助菜单外,有十个常用主菜单;第二栏为工具栏;第三栏为浏览器栏。
打开File-New,将序列粘贴到弹出的窗口中,点击File-save,保存到指定的文件夹。
将所需比对的序列保存好以后,选中Sequence—Aligment—Multiple aligment sequence 进行多序列比较。
在弹出的窗口Sequence&Files中加载序列,File、Fold、channel、Database分别表示从文件、文件夹、channel和数据库中获取序列。
勾选窗口中的“DNA”,点击“下一步”。
在弹出的窗口Method中,“optimalaligment”最佳比对方式中有四个高大上的选项:Full Alignment(完全比对)、Prosile Aligment(轮廓比对)、New Swquence on Profile (轮廓上的新序列)、Fast Alignment(快速比对),本文选择了Fast Alignment,并且勾选了Try both strands(尝试使用双链)。
DNAMAN的使用方法
![DNAMAN的使用方法](https://img.taocdn.com/s3/m/95c7e60fff4733687e21af45b307e87100f6f849.png)
DNAMAN的使用方法DNAMAN是一种快速、准确、高通量的DNA检测工具,可以用于各种生物学研究和临床应用中。
DNAMAN的使用非常简单,但有一些关键步骤和注意事项需要注意。
以下是DNAMAN的详细使用方法,以帮助您充分利用这个工具。
第一步:准备样本第二步:DNA提取DNA提取是DNAMAN使用的关键步骤,它有助于从样本中纯化和分离出DNA。
您可以使用商用的DNA提取试剂盒,按照说明书中的步骤进行操作。
确保遵循所有操作步骤,并注意避免任何与其他样本的交叉污染。
第三步:DNA定量第四步:稀释DNA根据DNAMAN的说明书,使用PBS或其他适当的缓冲溶液将DNA稀释到所需的浓度。
确保在实验室条件下进行稀释,并遵循操作规范,以避免任何误差。
第五步:添加DNA至DNAMAN芯片将稀释后的DNA样品添加到DNAMAN芯片中的指定位置。
根据芯片的标记,确保每个样品正确放置,并避免任何交叉污染。
如果需要,可以使用多通道移液器进行操作,以提高效率。
第六步:启动DNAMAN分析在DNAMAN分析仪上启动相应的分析程序。
根据仪器的说明书,选择适当的参数和设置。
确保校准仪器,以获得准确的结果。
第七步:数据收集和解读注意事项:1.在操作DNAMAN之前,确保您已经熟悉仪器的说明书和操作流程。
遵循所有操作规程,以确保准确性和结果的可靠性。
2.在使用DNAMAN之前,请确保仪器已经进行了校准和维护,并且仪器状态良好。
如有必要,请进行常规性能检查,并在需要时进行任何维护和修理。
3.在操作中避免交叉污染。
使用带有盖子的离心管和一次性移液器尖,避免任何样品之间的接触。
4.尽量减少操作时间,以避免DNA的降解。
在整个实验过程中,尽量保持操作环境的清洁和无尘。
5.定期评估和验证DNAMAN的性能。
与其他方法进行对比试验,以确保DNAMAN的结果的准确性和可靠性。
总结:DNAMAN是一种非常有用的DNA检测工具,可以在各种生物学研究和临床应用中得到应用。
序列分析软件DNAMAN的使用方法简介
![序列分析软件DNAMAN的使用方法简介](https://img.taocdn.com/s3/m/8f3e410a76c66137ee0619d7.png)
序列分析软件DNAMAN的使用方法简介吕惠平(新疆大学生命科学与技术学院;新疆生物资源基因工程重点实验室,乌鲁木齐,830046) DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大,使用方便,已成为一种普遍使用的DNA序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version为例,简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN,可以看到如下界面:第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外,有十个常用主菜单,第二栏为工具栏:第三栏为浏览器栏:在浏览器栏下方的工作区左侧,可见Channel工具条,DNAMAN提供20个Channel,(如左所示:)点击Channel工具条上相应的数字,即可击活相应的Channel。
每个Channel可以装入一个序列。
将要分析的序列(DNA 序列或氨基酸序列)放入Channel中可以节约存取序列时间,加快分析速度。
此版本DNAMAN提供自动载入功能,用户只需激活某个Channel,然后打开一个序列文件,则打开的序列自动载入被激活的 Channel中。
本文以具体使用DNAMAN的过程为例来说明如何使用DNAMAN分析序列。
1.将待分析序列装入Channel(1)通过File Open命令打开待分析序列文件,则打开的序列自动装入默认Channel。
(初始为channel1)可以通过激活不同的channel (例如:channel5)来改变序列装入的Channel。
(2)通过Sequence/Load Sequence菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。
通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination命令打开一个对话框,通过此对话框可以设定序列的性质(DNA 或蛋白质),名称,要分析的片段等参数。
2.以不同形式显示序列通过Sequence//Display Sequence命令打开对话框,如下图所示:根据不同的需要,可以选择显示不同的序列转换形式。
DNAMAN使用说明
![DNAMAN使用说明](https://img.taocdn.com/s3/m/ae110f3567ec102de2bd8948.png)
DNAMAN使用说明书DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大,使用方便,已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例,简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN,可以看到如下界面:第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外,有十个常用主菜单,第二栏为工具栏:第三栏为浏览器栏:在浏览器栏下方的工作区左侧,可见Channel 工具条,DNAMAN 提供20 个Channel,(如左所示:)点击Channel 工具条上相应的数字,即可击活相应的Channel。
每个Channel 可以装入一个序列。
将要分析的序列(DNA 序列或氨基酸序列)放入Channel 中可以节约存取序列时间,加快分析速度。
此版本DNAMAN 提供自动载入功能,用户只需激活某个Channel,然后打开一个序列文件,则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。
本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。
1.将待分析序列装入Channel(1)通过File Open 命令打开待分析序列文件,则打开的序列自动装入默认Channel。
(初始为channel1)可以通过激活不同的channel (例如:channel5)来改变序列装入的Channel。
(2)通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel 。
通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框,通过此对话框可以设定序列的性质(DNA 或蛋白质),名称,要分析的片段等参数。
2.以不同形式显示序列通过Sequence//Display Sequence 命令打开对话框,如下图所示:根据不同的需要,可以选择显示不同的序列转换形式。
对话框选项说明如下:Sequence &Composition 显示序列和成分Reverse Complement Sequence 显示待分析序列的反向互补序列Reverse Sequence 显示待分析序列的反向序列Complement Sequence 显示待分析序列的互补序列Double Stranded Sequence 显示待分析序列的双链序列RNA Sequence 显示待分析序列的对应RNA 序列3.DNA 序列的限制性酶切位点分析将待分析的序列装入Channel,点击要分析的Channel,然后通过Restriction/Analysis 命令打开对话框,如下所示:参数说明如下:Results 分析结果显示其中包括:Show summary(显示概要) Show sites on sequence(在结果中显示酶切位点)Draw restriction map(显示限制性酶切图)Draw restriction pattern (显示限制性酶切模式图)Ignore enzymes with more than(忽略大于某设定值的酶切位点)Ignore enzymes with less than(忽略小于某设定值的酶切位点)Target DNA (目标DNA 特性)circular(环型DNA),dam/dcm methylation(dam/dcm 甲基化)all DNA in Sequence Channel(选择此项,在Sequence Channel 中的所有序列将被分析,如果选择了Draw restriction pattern,那么当所有的channel 中共有两条DNA 时,则只能选择两个酶分析,如果共有三个以上DNA 时,则只能用一个酶分析。
第四章核酸序列分析
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利用基因组序列定位
A、将待分析序列进行对基因组数据库的同源性检索 B、得到确定基因组序列后点击“Genome View”观察
其基因组结构
C、点击用红色标记所指示的染色体列表中选择所对应 的染色体及区域。
500kb
500kb 500kb
1500kb 500kb
2、基本过程
(1)将待分析的核酸序列(称为种子序列)采用 Blast软件搜索GenBank的EST数据库,选择与种 子序列具有较高同源性的EST序列(一般要求在重 叠40个碱基范围内有95%以上有同源性)(称为匹 配序列)
(2)将匹配序列和种子序列装配产生新生序列,此 过程称为片段重叠群分析(conti(expressed sequence tag,EST)和 较长的cDNA序列。然而在大多数情况下,人们 只能获得EST序列或较长的cDNA序列。全长 cDNA序列的获得一直是制约新基因发现的瓶颈。
同时,很多实验室采用差异显示PCR(different display PCR,DD-PCR)、代表性差异分析 (representational difference analysis,RDA)等技
一些生物如大肠杆菌含有可移动的遗传物质如插入序 列。在进行克隆构建以便测序的过程中,这些序列有 时会插入到所构建的克隆,导致目的序列测序的干扰。 BlastN程序可以很方便地鉴定此类结果。如果是这样 的话,此类序列则值得怀疑。
二、核酸序列的电子延伸
1、简介 随着人类基因组计划的深入进行,很多实验室采
术发现了大量具有潜在应用价值的新基因片段,也 同时面临着全长cDNA序列难以获得的全长cDNA序列,均需要投 入较大的精力。
序列分析DNAMAN极简使用方法
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水天2014.11.3编辑
DNAMAN 是美国 Lynnon Biosoft 公司开发的高度集成化的分子生物学综合应用软件,可以用于多序列比对、PCR 引物设计、限制性酶切分析、质粒绘图、蛋白质分析等,几乎囊括了所有日常核酸、蛋白质序列的分析工作。
下面是软件界面截图的操作流程以及简单说明,其他的一些功能可以自己摸索,都比较简单。
这个软件很容易找到汉化版,一般都没有功能限制,而且很好的一点就是可以保存所有的比对和分析结果!!有木有,这一点太赞了。
First.DNA
多序列比对
可以批量载入测序结果以及参考序列
在比对方式的选择上,一般选完全比对和快速比对,其他参数一般默认。
其中完全比对只能同时比对一个方向的测序结果,如果正反向同时进入比对,反向会和正向从一边开始比对,当然就比对不上了。
而快速比对可以正反向批量比对。
生物分析软件DNAMAN 简单使用方法
2014年11月3日9:59
2.限制性酶切分析
限制性酶切分析需要首先载入目标序列
选择合适的酶文件以及想要看到的信息,下一步就OK了
我的示例序列的分析结果。
第四章 DNAman使用方法
![第四章 DNAman使用方法](https://img.taocdn.com/s3/m/0af8d90452ea551810a687f4.png)
按钮,出现下列对话框:
4.DNA序列比对分析(Dot Matrix Comparision) • 参数说明如下: • Sequence type 序列类型 • Sequence 1 参加比对的第一序列选择框,框内选项说明如下: 如果要比对的序列在Channel中,点击下拉箭头,选择相应的 Channel,则被选中的Channel中的序列作为参加比对的第一 序列;也可以从文件夹中选择参加比对的序列,在File选择框 上点击即可。通过Length选择参加比对的序列片段。 • • Sequence 2 参加比对的第二序列选择框;选项说明同上 • Show Sequence 选择此项,当同源性大于设定值时,将显示同 源性; • Annotations 是否显示注释
7.画质粒模式图
• 将鼠标移动到圆圈上,等鼠 标变形成“I”时,单击鼠标左 • Position: 当前位置 键,出现如下菜单: • Add Site: 添加酶切位点 • Add Element: 添加要素 • Add Text :添加文字 • Insert Fragment: 插入片断 • Copy Fragment: 复制片断 • Cut Fragment:剪切片断 • Remove Fragment:清除片断 • Frame Thickness :边框线粗 细调节 • 点击 Add Site 选项,出现如 下对话框:
• 以具体使用DNAMAN的过程为例来说明 如何使用DNAMAN分析序列。 • 1.将待分析序列装入Channel (1)通过File/Open命令打开待分析序列文 件,则打开的序列自动装入默认Channel。 (2)通过Sequence/Load Sequence菜单的 子菜单打开文件或将选定的部分序列装入 Channel。通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination命令打开一 个对话框,通过此对话框可以设定序列的 性质(DNA 或蛋白质),名称,和要分析 的片段等参数。 • 2. 以不同形式显示序列 • 通过Sequence//Display Sequence命令打开 对话框,如图所示:
DNAman使用方法
![DNAman使用方法](https://img.taocdn.com/s3/m/cfbd3d6c58fafab069dc02a0.png)
按扭, 按扭,出现
Enzyme :代表 代表enzyme data file,点击旁边的下拉按钮,出现两个默认选项 ,点击旁边的下拉按钮, ,restrict.enz和dnamane.enz,如果添加过自制的酶列表,则附加显示自制 和 ,如果添加过自制的酶列表, 酶列表文件名。其中restrict.enz数据文件包含 种限制酶,dnamane.enz 数据文件包含180种限制酶 种限制酶, 酶列表文件名。其中 数据文件包含 数据文件包含2524种限制酶。选择其中一个数据文件,相应的酶在左边的 种限制酶。 数据文件包含 种限制酶 选择其中一个数据文件, 显示框中列出(按酶名称字母表顺序),鼠标双击酶名称, ),鼠标双击酶名称 显示框中列出(按酶名称字母表顺序),鼠标双击酶名称,则对应的酶被 选中,在右边空白框中列出。要自制酶切列表, 选中,在右边空白框中列出。要自制酶切列表,可以从左边酶列表中双击 鼠标选择多种酶(例如puc18 multiple cloning sites),然后点击 ),然后点击 鼠标选择多种酶(例如 ), 按 钮出现下列对话框: 钮出现下列对话框:
5.序列同源性分析 .
(1)两序列同源性分析 ) 通过Sequence/Two Sequence Alignment命令打开对话框,如 命令打开对话框, 通过 命令打开对话框 下所示: 下所示: 参数说明如下: Alignment method :比对方法, 通常可选Quick(快速比对)或 Smith&Waterman(最佳比对),当 选择快速比对时,设置较小的ktuple值,可以提高精确度,当序 列较长时,一般要设置较大的ktuple值(DNA序列:k-tuple值可选范 序列: 序列 值可选范
DNAMAN使用方法
![DNAMAN使用方法](https://img.taocdn.com/s3/m/d582cb27a5e9856a561260bb.png)
序列分析软件DNAMAN的使用方法简介吕惠平(新疆大学生命科学与技术学院;新疆生物资源基因工程重点实验室,乌鲁木齐,830046) DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大,使用方便,已成为一种普遍使用的DNA序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version为例,简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN,可以看到如下界面:第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外,有十个常用主菜单,第二栏为工具栏:第三栏为浏览器栏:在浏览器栏下方的工作区左侧,可见Channel工具条,DNAMAN提供20个Channel,(如左所示:)点击Channel工具条上相应的数字,即可击活相应的Channel。
每个Channel可以装入一个序列。
将要分析的序列(DNA 序列或氨基酸序列)放入Channel中可以节约存取序列时间,加快分析速度。
此版本DNAMAN提供自动载入功能,用户只需激活某个Channel,然后打开一个序列文件,则打开的序列自动载入被激活的 Channel中。
本文以具体使用DNAMAN的过程为例来说明如何使用DNAMAN分析序列。
1.将待分析序列装入Channel(1)通过File Open命令打开待分析序列文件,则打开的序列自动装入默认Channel。
(初始为channel1)可以通过激活不同的channel (例如:channel5)来改变序列装入的Channel。
(2)通过Sequence/Load Sequence菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。
通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination命令打开一个对话框,通过此对话框可以设定序列的性质(DNA 或蛋白质),名称,要分析的片段等参数。
2.以不同形式显示序列通过Sequence//Display Sequence命令打开对话框,如下图所示:根据不同的需要,可以选择显示不同的序列转换形式。
序列分析软件DNAMAN_的使用方法中文
![序列分析软件DNAMAN_的使用方法中文](https://img.taocdn.com/s3/m/77fe15f2f705cc1755270939.png)
点击Add Site 选项,出现对话框: 参数说明如下: Name 要添加的酶切位点的名称(例如HindIII) Position 位置(以碱基数表示) 点击Add Element 选项,出现如下对话框: 参数说明如下: Type 要素类型(共有三种类型,鼠标点击即可切换) Color/Pattern 填充色(共有16 种颜色供选择) Name 要素名称 Start /End/Size 要素起点/终点/粗细度
找到具体某一原核生物的某一编码基因的全序列利用分析件进行目的基因内部限制性内切酶的酶列利用分析件进行目的基因内部限制性内切酶的酶切分析及切分析及5和和3末端引物的设计末端引物的设计n提交具体的实验方案从提取全基因组提交具体的实验方案从提取全基因组dna到目的基到目的基因克隆因克隆与表达载体的重组表达及活性分析与表达载体的重组表达及活性分析n讨论优化实验方案讨论优化实验方案好的设计方案好的设计方案成功的一半成功的一半n要求提交打印稿和相应电子版n下学期第2周内完成约3月15日左右n鼓励提前完成n各个小组派一个代表报告其实验方案全班同学对其进行讨论找出不足和欠缺之处并加以改正
要自制酶切列表,可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶(例 如puc18 multiple cloning sites), 然后点击按钮出现下列对话框: 输入要保存酶列表的文件名,点击按钮即可保存。自制酶列表可 以方便分析特定的酶切位点。 Cutter 酶切识别序列长度; End 酶切产生的末端,其中包括, Blunt(平头末端), 5’Overhang(5’突出粘性末端), 3’Overhang(3’突出粘性末端), 系统根据cutter 和end 的设定情况,在左边酶列表中显示符合条 件的酶。最后,点击按钮执行操作。
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• 根据不同的需要,可以选择显示不同的序列转换形式。对 话框选项说明如下: • Sequence & Composition: 显示序列和成分 • Reverse Complement Sequence :显示待分析序列的反 向互补序列 • Reverse Sequence :显示待分析序列的反向序列 • Complement Sequence :显示待分析序列的互补序列 • Double Stranded Sequence :显示待分析序列的双链序 列 • RNA Sequence :显示待分析序列的对应RNA序列
(2)多序列同源性分析
如果在前一对话框选择的是Fast alignment,则在此对话框中选择Quick alignment,否则选择 Dynamic alignment 即可。其它参数不必改变,点击
对话框中间的 钮,出现下列对话框:
使其它参数取原始默认值。点击
按
(2)多序列同源性分析
式图
• 将鼠标移动到圆圈上,等鼠 标变形成“I”时,单击鼠标左 • Position: 当前位置 键,出现如下菜单: • Add Site: 添加酶切位点 • Add Element: 添加要素 • Add Text :添加文字 • Insert Fragment: 插入片断 • Copy Fragment: 复制片断 • Cut Fragment:剪切片断 • Remove Fragment:清除片断 • Frame Thickness :边框线粗 细调节 • 点击 Add Site 选项,出现如 下对话框:
(2)多序列同源性分析
6.PCR引物设计
• 首先,将目标DNA片段装入Channel,并激活Channel。点击主 菜单栏中的Primer主菜单,出现下拉菜单,如下所示:
点击Design PCR Primers for DNA命令,出现下列对话框:
6.PCR引物设计
• • • •
Primer locations on target:引物定位 Product size:扩增目的片段大小 Sense primer:正向引物选择区 Antisense primer:反向引物选择区
• Primer :引物特性 包括Length:引物长 度,Tm值, GC含量等参数; • Reject primer:引物过滤(将符合引物 过滤条件的引物过滤掉) • 3’dimer:可形成3’端自我互补的碱基数 • Hairpin stem:可形成发卡颈环结构的 碱基数 • PolyN:多聚碱基 • 3’Uique:3’端严格配对碱基数 • Primer-Primer:含义未知 • All matches:引物互补配对百分数 • Consentrations :浓度设定 • Product for hybridyzat: PCR产物用 于Southern Blot 探针杂交
• 输入要保存酶列表的文件名,点击 按钮即可保存。 自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点。 • • Cutter 酶切识别序列长度;End 酶切产生的末端,其中 包括,Blunt(平头末端),5’Overhang(5’突出粘性末 端),3’Overhang(3’突出粘性末端),系统根据cutter和 end的设定情况,在左边酶列表中显示符合条件的酶。最后, 点击 按钮执行操作。
按钮,出现下列对话框:
4.DNA序列比对分析(Dot Matrix Comparision) • 参数说明如下: • Sequence type 序列类型 • Sequence 1 参加比对的第一序列选择框,框内选项说明如下: 如果要比对的序列在Channel中,点击下拉箭头,选择相应的 Channel,则被选中的Channel中的序列作为参加比对的第一 序列;也可以从文件夹中选择参加比对的序列,在File选择框 上点击即可。通过Length选择参加比对的序列片段。 • • Sequence 2 参加比对的第二序列选择框;选项说明同上 • Show Sequence 选择此项,当同源性大于设定值时,将显示同 源性; • Annotations 是否显示注释
第四章 DNAMAN 使用方法
• 1.将待分析序列装入Channel
• • • • • •
2.以不同形式显示序列 3.DNA序列的限制性酶切位点分析 4.DNA序列比对分析 5.序列同源性分析 6. PCR引物设计 7.质粒模式图绘制
DNAMAN 使用方法
• DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能 强大,使用方便,已成为普遍使用的DNA序列分析工具。 以DNAMAN 5.2.9 Demo version为例,简单介绍其使用 方法。打开DNAMAN,可以看到如下界面:
• 第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外,有九个常用主菜单, • 第二栏为工具栏: • 第三栏为浏览器栏: • 在浏览器栏下方的工作区左侧,可见Channel工具条, DNAMAN提供20个Channel,点击Channel工具条上相应的 数字,即可击活相应的Channel。每个Channel可以装入一个 序列。将要分析的序列(DNA 序列或氨基酸序列)放入 Channel中可以节约存取序列时间,加快分析速度。此版本 DNAMAN提供自动载入功能,用户只需激活某个Channel, 然后打开一个序列文件,则打开的序列自动载入被激活的 Channel中。
6.PCR引物设计
点击 按钮,出现下列对话框: 选择选项,点击 按钮,出现:
7.画质粒模式图
• 我们常常要用到各种质粒图,无论是制作幻灯片,还是发 表文章,常常需要质粒图。DNAMAN 提供强大的绘质粒 图功能,能满足我们的需要。通过Restriction/Draw map 命令打开质粒绘图界面:
• 选择所需的项目,然后按提示操作点击 下列对话框:
按扭,出现
Enzyme :代表enzyme data file,点击旁边的下拉按钮,出现两个默认选项 ,restrict.enz和dnamane.enz,如果添加过自制的酶列表,则附加显示自制 酶列表文件名。其中restrict.enz数据文件包含180种限制酶,dnamane.enz 数据文件包含2524种限制酶。选择其中一个数据文件,相应的酶在左边的 显示框中列出(按酶名称字母表顺序),鼠标双击酶名称,则对应的酶被 选中,在右边空白框中列出。要自制酶切列表,可以从左边酶列表中双击 鼠标选择多种酶(例如puc18 multiple cloning sites),然后点击 按 钮出现下列对话框:
,然后点击
执行
(2)多序列同源性分析
• 点击左上角 按钮,可以从弹出 的对话框中选择不 同的结果显示特性 选项。点击 按 钮下的 按钮, 出现下列选择项:
(2)多序列同源性分析
• 可以通过这些选项,绘 制同源关系图(例如 Tree/homology tree命 令)。 • 显示蛋白质二级结构: (Protein Secondary Structure命令), • 绘制限制性酶切图: (Restriction Analysis 命令)等。 • 同源关系图举例如下: (Tree/Homology Tree 命令)
• 以具体使用DNAMAN的过程为例来说明 如何使用DNAMAN分析序列。 • 1.将待分析序列装入Channel (1)通过File/Open命令打开待分析序列文 件,则打开的序列自动装入默认Channel。 (2)通过Sequence/Load Sequence菜单的 子菜单打开文件或将选定的部分序列装入 Channel。通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination命令打开一 个对话框,通过此对话框可以设定序列的 性质(DNA 或蛋白质),名称,和要分析 的片段等参数。 • 2. 以不同形式显示序列 • 通过Sequence//Display Sequence命令打开 对话框,如图所示:
4.DNA序列比对分析(Dot Matrix Comparision)
• Comparision 比对参数,其中Window代表Window size(单位 比对长度),Mismatch代表Mismatch size(单位比对长度中 许可的错配值),要快速比对,需将此项设为0。Both stran代 表双链比对,选择此项,是指用Sequence 2中的的正链和负链 分别和Sequence 1 比较,Sequence 2链与Sequence 1 正链比较 结果用黑色点表示,与 负链比对结果用红色点表示。
围2-6;蛋白质序列:k-tuple值可选范 围1-3)
5.序列同源性分析
• (2)多序列同源性分析 • 通过打开Sequence/Multiple Sequence Alignment命令打开对话框, 如下所示:
参数说明如下: File: 从文件中选择参加比对的序列 Folder: 从文件夹中选择参加比对的序列 Channel: 从channel中选择参加比对的序列 Dbase :从数据库中选择参加比对的序列 Remove: 清除选择的序列 Clear: 清除全部序列 点击 按钮,出现对话框:
7.画质粒模式图
参数说明如下: Name : 要添加的酶切位点 的名称(例如HindIII) Position:位置(以碱基数表 示) 点击 Add Element选项,出 现如下对话框:
• Type :要素类型(共有三种类型, 鼠标点击即可切换) • (c)olor/Pattern: 填充色(共有 16种颜色供选择) • Name: 要素名称 • Start /End/Size:要素起点/终点/粗 细度 • 点击Add Text选项,出现如下对 话框:
• Plot box: 点阵图表显示参数 Position:起点坐标,Width:宽度值,Height:高度值, Frame size:边框线粗度值,Dot size:点粗度值,Gridline: 虚线框数。 • 参数设定好后,点击按钮 执行操作。
5.序列同源性分析
(1)两序列同源性分析 通过Sequence/Two Sequence Alignment命令打开对话框,如 下所示: 参数说明如下: Alignment method :比对方法, 通常可选Quick(快速比对)或 Smith&Waterman(最佳比对),当 选择快速比对时,设置较小的ktuple值,可以提高精确度,当序 列较长时,一般要设置较大的ktuple值(DNA序列:k-tuple值可选范