实验二-核酸及蛋白质序列的比对

实验二核酸及蛋白质序列的比对

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一、实验内容

利用检索出的蛋白质和核酸序列进行序列比对并进行分子进化树分析。

二、实验步骤

键入上次实验获得的phyA的核酸序列编号（NM_100828），获得核酸及蛋白质序列。利用blastx程序寻找与phyA蛋白质序列相似性的序列→选择下列序列：sorghum propinquum（高粱）；zea mays（玉米）；水稻；大豆；arabidopsis thaliana （拟南芥）；cyrtosia septentrionalis（血红肉果兰）→点击get select sequence按钮显示序列为纯文本格式文件→分别命名为各自的文件名保存在本地电脑上备用。

在数字基因网/找到dnaman及clustalx软件安装并进行多序列比对及分子进化树分析。

利用ebi上提供多序列比对工具再作一次比对/clustalw/。

选作核酸序列的比对

5、打开ncbi主页点击BLAST→学习网页左侧的BLAST FAQS及program guide

三、作业

1、绘制分子进化树，并标明各个物种phyA蛋白之间的序列相

似性。

2、根据你所学生物分类的知识，试解释该分子进化树的合理性

①拟南芥：植物界种子植物门被子植物门双子叶植物纲十字花目十字花科鼠耳芥属（拟南芥属）

②大豆：植物界种子植物门被子植物亚门双子叶植物纲豆目蝶形花科大豆属

③血红肉果兰：植物界种子植物门被子植物亚门百合纲百合目兰科树兰亚科肉果兰属

④水稻：植物界种子植物门被子植物亚门单子叶植物纲禾本目禾本科稻属

⑤玉米：植物界种子植物门被子植物亚门单子叶植物纲禾本目禾本科玉米属

⑥高粱：植物界种子植物门被子植物亚门单子叶植物纲禾本目禾本科高粱属

经过对比可得下列同源性关系

高粱

玉米

水稻

拟南芥

大豆

血红肉果兰

与前面的同源树对比基本相似，说明软件分析结果与实际相符3、找出一条可能的保守序列（多条蛋白共同的氨基酸序列）。最长的保守序列： kliqpfgcllaldek