ContigExpress软件使用说明-序列拼接
常用生物学软件简介
![常用生物学软件简介](https://img.taocdn.com/s3/m/0273425c312b3169a451a4ac.png)
网址:/ 1. Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件,除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外,还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能:a) 已知一个PC R引物的序列,搜寻和设计另一个引物的序列。
b) 按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物。
c) 对环型DNA片段,设计反向PCR引物。
d) 设计多重PCR引物。
e) 为LCR反应设计探针,以检测某个突变是否出现。
f) 分析和评价用其他途径设计的引物是否合理。
g) 同源序列查找,并根据同源区设计引物。
h) 增强了的引物/探针搜寻手段。
设计引物过程中,可以“Lock”每个参数,如Tm值范围和引物3’端的稳定性等。
i) 以多种形式存储结果;支持多用户,每个用户可保存自己的特殊设置。
网址:Oligo 6.71 Demo(引物设计软件):/Soft/2006/112.htmOligo—引物设计软件电子教程(引物设计和评估)Oligo 6 Tour 主要功能介绍/2.Vector NTI Suite是一套功能最全,而且界面最美观,最友好的分子生物学应用软件包。
主要包括四个大型软件,它们分别可以对DNA、RNA、蛋白质分子进行各种分析和操作。
Vector⑴NTI:作为Vecto r NTI Suite的核心组成部分,它可以在生物研究的全过程中提供数据组织和序列编辑的软件支持。
Vector NTI 是以一种窗口形式,且支持项目组织的数据库来完成这一功能的;通过这个数据库,可以保存和组织大部分的实验数据,比如:基因结构、载体、序列片断、引物、蛋白质、多肽、电泳Markers和限制性内切酶等。
实际上,该数据库还支持对Vector NTI Suite中各种小型的绘图和结果展示工具的管理。
Vector NTI 可以按照用户要求设计克隆策略。
用户只需提供克隆载体,外源片断序列,明确载体克隆的大致位置或酶切位点,其它工作由软件完成。
设计结果以图文形式输出到屏幕;最后根据客户定制的条件进行模拟电泳。
基因序列拼接器软件 使用说明书(软件操作文档)
![基因序列拼接器软件 使用说明书(软件操作文档)](https://img.taocdn.com/s3/m/6fcc26866037ee06eff9aef8941ea76e59fa4a52.png)
基因序列拼接器软件使用说明书(软件操作文档)1. 引言基因序列拼接器软件(MergeSeq)基于研究者测序获得或从核酸数5据库(如GenBank等)中批量下载的fasta格式存储的基因片段,按照使用者指定顺序,将同一物种不同基因片段拼接成由多基因组成的长序列,用于不同物种间的分子系统发育分析。
1.1编写目的本说明书为在Linux/UNIX环境下使用MergeSeq软件的用户编写。
10它将指引使用者按步骤搭建该软件的运行环境,明确输入文件的录入格式,熟悉运行参数的配置规则,理解软件运行时出现的状态信息并掌握获取输出fasta格式文件的方法。
1.2项目背景非模式生物(如蜘蛛等)构建分子系统发育树一般选取低速进化15(Slow-Evolving)且有种属特异性的基因片段进行分析。
为提高结果的置信度,一般采取多基因组合分析的方法(Dimitrov et al., 2016; Wheeler et al., 2016)。
但在实际操作中,将同一物种不同基因片段拼接在一起是一件十分费事且容易出错的重复性操作。
尤其当某一物种某个基因数据缺失时,20必须在拼接后的长序列中填充与同一基因其他对齐序列等长的占位符以保证结果为对齐。
本项目基于测序或下载获得的fasta格式基因序列片段,按照研究者指定的基因排列顺序,自动将同一物种不同基因片段拼接成多基因长序列,并保证结果对齐,可直接用于不同物种间的分子系统发育分析。
251.3 定义(专门术语的定义和缩写词的原意)fasta格式(fasta format):fasta格式是一种基于文本用于表示核酸序列或多肽序列的格式。
其中核酸或氨基酸均以单个字母来表示,且允许在序列前添加序列名及注释。
该格式已成为生物信息学领域常用的30标准文件格式。
2. 软件性能2.1.数据精确度本软件不涉及数字的计算和处理,输入、输出数据的格式均为35UTF-8编码的文本类型文件。
2.2.时间特性本软件对输入数据、输出数据的处理时间由基因片段长度和运行软件主机性能决定。
序列拼接简介
![序列拼接简介](https://img.taocdn.com/s3/m/f68e26fd0242a8956bece4a2.png)
丁香园论坛:/bbs/thread/1247063#1247063问:从测序仪的光密度采样与分析、碱基读出、载体标识与去除、拼接、填补序列间隙、到重复序列标识、读框预测和基因标注的每一步都是紧密依赖基因组信息学的软件和数据库。
答:一、这应该是对DNA及mRNA的基本分析,有很多免费的软件可以利用,但是想做流程就需要用perl一样的胶水语言进行组合。
从测序仪结果开始:phred 进行base calling,即碱基判读cross_match 去除载体及引物序列repeatmask屏蔽重复序列longorf.pl 进行最长读码框预测blast2/blat定位样本序列到已知基因或者基因组用emboss软件包中各种软件可以进行进一步分析,如DNA/RNA/PRotein二级结构,跨膜区,信号肽分析等。
GO数据库对基因分类研究还可以进行分支研究,如利用测序结果进行SNP/Mutation研究,用polyphred/consed,或者mutation surveyor软件(有demo版和商业版)再以后的研究思路就非常细化了,可以结合具体分析目的进行。
二、1、基因组序列拼接——phred/phrap/consedPhred 简介Phred是一个采用快速傅利叶变换分析技术以及动态规划算法从DNA测序所得到的图形数据中提取DNA序列排列顺序信息(Base Calling)得到DNA序列的软件。
Phred 对序列中的每一个数据产生一个被广泛接受的带有质量控制标准(quality scores)的“Base Call”。
Phred质量指标x就相当于约10-x/10的误差概率。
因此,PHRED质量指标20就相当于在原始数据中一个Base Call的精确度为99%。
Phred可以读取DNA测序仪生成的色谱图文件(二进制格式),通过分析每个碱基的“质量”信息而输出每个测序序列的碱基序列和质量信息文件(文本格式)。
它自动的判断并读取ABI 373、377、3700和MegaBase等大多数DNA测序仪产生的色谱图文件,而且还可以自动识别经过gzip或Unix compress压缩的数据文件。
DNA star Seqman 使用说明 DNA序列拼接
![DNA star Seqman 使用说明 DNA序列拼接](https://img.taocdn.com/s3/m/57f27986a0116c175f0e4831.png)
42 SeqMan笔记本:A电脑创建时间:2013/12/10 8:35更新时间:2013/12/10 9:071.打开lasergene-dnastart-seqman2.点击add sequences,注意文件格式为.ab1,该文件为测序峰图文件。
3.添加序列文件,本例为16_xxxx.ab1,点击打开,序列添加到Selected sequences窗口。
4.点击done,序列成功加入主程序窗口5.选中想要拼接的序列,点击assemble,拼接开始。
6.拼接完成后出现,拼接成功提示,creating new contig1:from xxx entering xxx7.点击窗口右上角,“-”最小化,将拼接提示最小化,回到主窗口。
8. 此时主窗口上方出现拼接好的contig1的信息,574bp,来源于两条序列。
9.双击contig1出现具体的拼接过程窗口。
10.点击16前的黑色三角符号,可以看到序列峰图(注意峰图非常重要,不同颜色代表不同碱基,峰型表示测序可信度)。
11.详细讲一下峰图:测序反应开始时和结束时的序列是读不准的(测序的原理决定)。
一个测序反应最多能测定500-800个碱基,且测序反应开始和结束的碱基读不准。
ITS45的长度在500bp左右,意味着单向测序末端会读不准。
采用双向测序,在R向峰分辨率极度降低时,F向正好处在分辨率最高的测序区域,所以这段序列程序会以F向测序结果为准。
seqman在序列拼接的同时,让测序峰图可见,让我们可以判断测序结果的可靠性。
12.接着说拼接完成后如何拷贝拼接好的序列,其实非常简单,选中顶上的consensus中的序列,全选,ctrl+C,拼接好的序列就复制到剪切板中了,可以粘贴到txt中使用。
BridgeConex使用帮助
![BridgeConex使用帮助](https://img.taocdn.com/s3/m/ee5ced0ca8114431b90dd862.png)
BridgeConex产品说明书以下版本适用算分服务器:V0.60.53N自助打印:V0.60.53牌副详情和结分表查询:V0.60.53android录分器客户端:V0.60.53android大屏显示:V0.60.53C更高版本基本也适用制作:三峡大卫二〇一五年十二月二十六日目录概述 (1)1.1.简介 (1)1.2.软件组成 (1)1.3.支持的桥牌比赛 (2)1.4.软件下载 (3)1.4.1.BC主页 (3)1.4.2.下载链接 (3)1.5.硬件支持 (3)1.5.1.Windows电脑 (3)1.5.2.安卓录分器 (4)1.5.3.BM2录分器 (4)1.5.4.投影仪与安卓投影 (4)1.5.5.打印机和二维码扫描器 (4)1.6.网络环境 (4)1.7.安装与运行软件 (5)1.8.BC软件更新 (5)1.9.技术支持和服务 (5)1.10.价格 (5)1.11.获得授权 (6)1.11.1.注册帐户 (6)1.11.4.登录 (8)入门 (9)2.1.BC主界面操作菜单 (9)2.2.了解BC算分服务器 (10)2.2.1.新建比赛文件 (10)2.2.2.创建比赛组 (10)2.2.3.填写报名表 (12)2.2.4.参赛号抽签 (12)2.2.5.开始新一轮比赛 (14)2.2.6.人工后台录分 (14)2.2.7.完成比赛 (15)2.2.8.查看成绩表 (15)提高 (17)3.1.熟悉BC算分服务器 (17)3.1.1.新建比赛文件 (17)3.1.2.创建比赛组 (17)3.1.3.填写报名表 (18)3.1.4.参赛号抽签 (20)3.1.5.开始新一轮比赛 (20)3.2.使用大屏显示(投影) (21)3.2.1.运行安卓投影程序 (21)3.2.2.管理投影仪 (21)3.2.5.投影的使用 (25)3.3.使用安卓录分器录分 (25)3.3.1.开启TCP服务 (25)3.3.2.设置录分器 (26)3.3.3.录分 (27)3.4.使用自助打印 (28)3.4.1.运行自助打印程序 (28)3.4.2.自助打印参数设置 (28)3.4.3.自助打印 (29)3.4.4.比赛成绩表 (30)3.5.活用BC (31)3.5.1.新建比赛文件 (31)3.5.2.创建比赛组 (31)3.5.3.进行比赛 (32)实战 (33)4.1.分组循环与交叉循环赛 (33)4.1.1.赛制简介 (33)4.1.2.BC实施 (33)4.2.双循环赛 (36)4.2.1.互换主客队方式 (36)4.2.2.以第一循环成绩排序方式 (36)4.3.通讯赛(手做牌) (37)4.5.二维码电子报名 (38)4.6.分阶段积分编排赛 (39)4.6.1.比赛办法和编排要求 (39)4.6.2.积分编排要求 (39)4.6.3.积分编排赛 (40)4.6.4.淘汰赛 (41)4.6.5.附加积分编排赛 (43)问答 (44)5.1.关于软件下载版本更新等 (44)5.1.1.在哪里可以得到BC软件? (44)5.1.2.有时下载新软件安装后却是旧版,怎么办? (44)5.1.3.为什么BC各软件的版本不一致?有什么影响? (44)5.1.4.更新BC电脑软件时出现错误“代码5”,怎么办? (44)5.2.关于比赛信息比赛类型及方式 (45)5.2.1.创建比赛时所填信息有未填或有误怎么办? (45)5.2.2.米切尔正常轮转怎样单冠军排名? (45)5.2.3.双人/个人赛计分方式ButlerIMP和CrossIMP有什么区别? (45)5.2.4.多组双人/个人赛能否进行全场计分和排名? (46)5.2.5.多组双人/个人赛全场计分是怎样计算的? (46)5.2.6.队式赛的多循环怎样简单实现? (46)5.3.关于录分器 (47)5.3.1.苹果手机或平板能录分吗? (47)5.3.2.什么是录分器的移动方式? (47)5.3.4.长时间不操作算分服务器无法录分怎么办? (47)5.3.5.安卓录分器显示屏休眠开屏后不能接着录结果,怎么办? (48)5.3.6.安卓录分器开屏后经常提示不能连接算分服务器,怎么办? (48)5.3.7.安卓录分错误需要改录,怎么办? (48)5.3.8.点按录分器上的“裁”,要输入的密码是什么? (48)5.3.9.怎样设置安卓录分器不录入首攻? (48)5.3.10.牌手随意录入首攻,怎么办? (48)5.4.关于自助打印 (49)5.4.1.能否限制自助打印次数? (49)5.4.2.限制了自助打印次数后还要打印怎么办? (49)5.4.3.队赛开始了新一轮还能自助打印上一轮的结分表吗? (49)5.4.4.双人/个人赛比赛未结束能否自助打印记分表? (49)5.4.5.双人/个人赛自助打印能否指定起止轮号? (49)5.5.关于大屏显示(投影) (49)5.5.1.不能投影,怎么办? (49)5.5.2.投影不清晰,怎么办? (50)5.5.3.投影时第二页只有一两行想挤在一页,怎么办? (50)5.5.4.自动值守可以自动投影发布对阵表吗? (50)5.6.关于调整分带分和罚分 (51)5.6.1.怎样输入参赛队(人)的调整分(带分)和罚分? (51)5.6.2.怎样输入一副牌的调整分? (51)5.7.关于数据统计与分析 (51)5.7.1.导出html的Datum列宽不一致,很难看,怎么办? (51)5.7.3.队式赛能否按轮次牌号连续显示对比记录? (51)5.7.4.队赛有否Datum和Butler? (51)5.7.5.是否支持导入PBN牌型文件? (51)5.8.关于组织比赛 (52)5.8.1.多节的比赛(如淘汰赛)怎样开始新一节? (52)5.8.2.怎样打印轮转表在赛场张贴? (52)5.8.3.什么是自动值守? (52)5.8.4.同时进行两种类型的比赛,怎么办? (52)5.8.5.计分系统主管在赛前要做哪些准备工作? (52)附录 (53)6.1.网络配置与检测 (53)6.1.1.设置局域网中电脑的IP (53)6.1.2.测试网络的连通性 (54)6.2.无线路由器配置与互连 (55)6.2.1.基本配置与DHCP (55)6.2.2.无线基本设置 (57)6.2.3.手机或平板连接WiFi (57)6.2.4.多路由器互连 (59)6.2.5.网线连接 (60)6.2.6.无线桥接 (60)致谢 (61)致敬 (62)声明 (64)概述1.1.简介BridgeConex(BC),全称为:BridgeConex桥牌无线录入算分系统。
vector NTI 11 使用教程 第12章 序列串接
![vector NTI 11 使用教程 第12章 序列串接](https://img.taocdn.com/s3/m/b6e5cc8102d276a200292ed3.png)
第十二章 序列串接 使用Vector NTI中的ContigExpress程序(图12.1)可利用序列相似度,将小片段序列进行串连。
此程序可以将单纯序列文本文件或是由定序出来的讯号档案直接进行分析,串接后的片段称为Contigs,在进行长片段的序列定序或是genomic library定序时非常实用。
图12.1 使用ContigExpress将小片段序列串接将小片段的序列串接成完整大片段序列的方式如下之操作过程。
可以直接开启或是从主程序项目开启ContigExpress 程序(图12.2-3):图12.2 利用程序集开启ContigExpress程序图12.3 利用主程序开启ContigExpress程序开启此程序后会出现一个操作的画面,此画面会分为左右两个区块:图12.4 ContigExpress程序产生的两个区块在此窗口中,用户要先加入序列的档案。
一般序列的文本文件格式都可以加入程序中,而含有定序讯号的序列档案一般都为abi的文件格式,如果没有相关的程序是无法读取进行分析,而ContigExpress 可以读取和分析这种类型的档案。
要将序列档案或是定序的abi档案加载程序中的话,只要选择Project→Add Fragments就可以选择要加载程序的档案了(图12.5):图12.5 选择Project→Add Fragments加载程序的档案用户可以从窗口的左边的Fragments(图12.6)按下右键后选择Add Fragments 加入序列档案:图12.6 在Fragments 右键单击加入序列档案接下来由文件夹中选择欲加入的序列,可按住Ctrl键后用鼠标进行复选(图12.7):图12.7 可利用 Ctrl键,选取多个档案点选开启后,如果程序出现一连串的警告声并出现是否的寻问,那只是文件名一致性的修正询问,使用者可以忽略该状态并持续点选“是”的选项直到所有档案加载全程序为止(图12.8)。
ContexCapture资料收集
![ContexCapture资料收集](https://img.taocdn.com/s3/m/59539e2a9b6648d7c1c746d7.png)
ContextCapture模块构成及工作流程简介一、【模块构成简介】安装好ContextCapture软件后,会在Windows的开始>程序中形成如下截图所示的文件夹,可以看到软件的不同模块。
请参考截图中的附加简介。
二、【工作流程简介】请同时参考下面的截图:1. 首先对目标模型进行拍摄,并整理好构件模型所需的照片文件。
2. 然后打开ContextCapture Master模块,导入整理好的图片文件并选好图形处理的相关参数值,接着进行提交。
(如图所示,此环节支持多台电脑的分布式处理。
)3. 被提交的任务会被ContextCapture Master自动分解成几个不同的小任务,即形成多个Job queue。
4. ContextCapture Engine模块会智能的选择并处理这些Job queue。
(如图所示,此环节支持分布式处理,对于大模型建议使用分布式处理。
)5. 处理结束后,会形成3D模型。
6. 这步是可选的操作,英文称之为‘Retouching’即修正模型,有必要时可以进行此操作。
对于一些需要修整的模型,一般会导出为OBJ格式文件,然后通过第三方软件(比如MicroStation)对此模型进行修改,然后将修复好的OBJ模型再次导入到第二步的操作中。
接着再次进行3,4,5步的操作,最后输出的模型会严格按照已导入的OBJ模型进行网格纹理(Texture)的Mapping。
ContextCapture Center分布式图形处理一、【问题描述】使用ContextCapture进行图形处理时,往往需要不少时间,而使用多台电脑的ContextCapture引擎进行分布式处理,则可以大大节省时间。
二、【操作方法】1. 分布式处理需要另外安装ContextCapture Center软件,并且每台机器上都要保证它是激活状态,如下图所示。
请留意它有别于单纯的ContextCapture,在License管理工具里也是分开显示的。
Tecnomatrix 多功能控制工具说明书
![Tecnomatrix 多功能控制工具说明书](https://img.taocdn.com/s3/m/747f8c003d1ec5da50e2524de518964bcf84d29d.png)
***************************FICHA TECNICACaracterísticas:∙Configuración de múltiples útiles de control∙Imagen de identificación de útil, secuencia de puntos, tolerancias de cada punto, factores de corrección, cambio de signo, campos configurables, etc.∙Configuraciones de parámetrosIdioma (multilingüe Español, Inglés, Francés, Alemán, Ruso y Coreano),usuarios, multireloj …∙Visualización de medicionesComparación a tiempo real con las mediciones anteriores, indicación de laconformidad del punto medido (dentro/fuera de tolerancia), cálculo del Cpk a tiempo real.∙Exportación de datosMúltiples plantillas configurables de datos en filas o columnas.∙Mediciones separadas por lotesPara una buena identificación de las medidas con características similares:pruebas de molde, inyecciones con diferentes materiales, periodos defabricación,…∙Sin costes de mantenimientoUna vez adquirida su licencia de usuario para el software, no tendrá que añadir ningún coste de mantenimiento para seguir utilizando su licencia.∙Dos tipos de cuentas de usuario: administrador (acceso a los modos de configuración y de medición) y operario (acceso al modo de mediciónúnicamente)Componentes CAPTOR-S:Emisor de comunicación inalámbrica para relojes comparadoresEl emisor CAPTOR-S V2 permite la transmisión inalámbrica de datosfácilmente de un reloj comparador a un PC o PDA. El proceso de medición necesita menos tiempo eliminando el largo y trabajoso proceso de latranscripción manual de datos.El emisor CAPTOR-S V2 está fijado encima del reloj comparador (Mitutoyo o Insize) asegurando el envío correcto de los valores medidos por el reloj comparador.El mismo emisor sirve para todos nuestros sistemas de adquisición de datos - desde el más sencillo, CAPTOR-S BASIC, hasta el más completo, CAPTOR-C.***************************Software:El kit CAPTOR-S se entrega con una licencia de usuario disponible para los siguientes soportes:PC:BASICSTANDARDPROTablet:STANDARDPROCon la aplicación CAPTOR Manager, se podrán hacer copias de seguridad de los contenidos de CAPTOR-S, así como instalar nuevas versiones del software. Especificaciones técnicas:Dimensiones del reloj comparador Mitutoyo (modelo 543-681B) con CAPTOR-S V2 emisor***************************Dimensiones del reloj comparador Insize (modelo 2112-10F) con CAPTOR-S V2 emisorContáctenos para más información:Tecnomatrix BCN S.L.Pol. Ind. La Serra 1C/ Berguedà nº 3 - Nave 208185 Lliçà de Vall (España)Tel: +34 938 436 430email:***************************。
使用说明TMPGEnc4XPress.chs
![使用说明TMPGEnc4XPress.chs](https://img.taocdn.com/s3/m/613da3d0240c844769eaee59.png)
技赢编码TMPGEnc4.0XPress中文版技赢编码“TMPGEnc 4.0XPress”中文版使用协议书*使用前的注册权登记与在线验证注册第一章基本操作基本画面介绍-STEP1“开始”画面-STEP2“输入”画面-STEP3“输出”画面-STEP4“编码”画面-“选项”设置画面第二章功能详细解说- 1.“添加素材”画面- 2.“素材精灵”画面- 3.“加入幻灯片”画面- 4.“剪切编辑”画面- 5.“效果”画面- 6.“输出”画面-7.“选择输出格式”画面第参章附属工具- 1.MPEG工具- 2.批处理工具第四章TMPGEnc 4.0XPress规格- 1.规格- 2.快捷键列表技赢编码技赢编码““TMPGEnc 4.0XPress XPress””中文版使用协议书(参考译文参考译文))重要:一经安装,复制或开始使用本产品,即意味着您已经认可本协议。
使用协议书(以下称“本协议”)、为本软件用户(个人或法人)与本公司(PEGASYS Inc.)之间缔结的法律性的契约书。
用户一经安装,复制,以及使用“TMPGEnc 4.0XPress”(按条款4,关于用户技术支持之规定,包括提供软件升级与程序变动。
以下、通称“本软件”。
),将被认为对本协议的全部条件予以同意,本协议随即生效。
本软件制品制品名:“TMPGEnc 4.0XPress”版本: 4.5许可证数:1份1.使用许可的承诺和使用权本公司(PEGASYS Inc.),将按照本协议记载之规定,对本软件的非垄断,以及不可转让的权利,作出承诺。
1)本软件只限于一台计算机使用,即仅在一台计算机硬件(只安装有同一个操作系统的同一台计算机)中安装,且只能在此相应计算机上使用的权利。
如果在复数台的计算机硬件上中使用的话,即使不是同一时间使用,也需要拥有与使用计算机台数相同数量的许可证。
2)只限于保存目的,每套软件有复制一个备份的权利。
3)本软件给与许可证所有者在线升级的权利。
pronest2021使用手册
![pronest2021使用手册](https://img.taocdn.com/s3/m/7230d6da50e79b89680203d8ce2f0066f53364d8.png)
文章主题:Pronest2021使用手册1. 概述Pronest2021是一款专业的排版软件,它可以帮助用户快速编辑和排版中文文档。
无论是学术论文、商业报告还是个人文章,Pronest2021都能够满足用户的排版需求。
在本篇文章中,我将为大家详细介绍Pronest2021的使用方法,包括基本功能、高级技巧以及个人使用体会。
2. 基本功能Pronest2021作为一款排版软件,其基本功能非常强大。
在使用Pronest2021时,首先需要了解其基本的排版操作,包括插入文字、插入图片、设置段落格式等。
Pronest2021还支持各种排版风格和模板,用户可以根据自己的需求选择合适的排版样式,大大提高了排版效率和质量。
3. 高级技巧除了基本功能外,Pronest2021还提供了许多高级的排版技巧,使用户能够更加灵活地编辑文档。
Pronest2021支持自定义排版模板、自定义样式和引用管理等功能,这些功能可以帮助用户更好地控制文档的排版效果。
Pronest2021还支持批量排版和批量替换等功能,可以大大提高用户的工作效率。
4. 个人使用体会作为一名使用Pronest2021多年的用户,我非常欣赏这款软件的稳定性和易用性。
在我撰写学术论文和商业报告时,Pronest2021给我提供了许多方便和帮助,使我的文档看起来更加专业和规范。
尤其是Pronest2021的批量排版功能,让我在处理大量文档时事半功倍,极大地提高了我的工作效率。
5. 总结Pronest2021是一款功能强大的排版软件,它不仅拥有基本的排版功能,还提供了许多高级的排版技巧,为用户提供了全面的排版解决方案。
我相信,随着Pronest2021在排版领域的不断发展和完善,它将会成为越来越多用户的首选排版工具。
希望本篇文章能够对大家了解和使用Pronest2021有所帮助。
以上就是我撰写的关于Pronest2021使用手册的文章,希望对您有所帮助。
Pronest2021是一款专业的排版软件,它不仅适用于中文文档的编辑和排版,还具有出色的排版功能和灵活的操作方式。
PCR序列拼接-CExpress使用说明
![PCR序列拼接-CExpress使用说明](https://img.taocdn.com/s3/m/92e010d076a20029bd642d66.png)
PCR序列拼接软件Contig Express使用简介由于一般测序方法的限制,测续结果一般只能到800bp左右,所以对于较长片段只能用不同引物测序后根据结果拼接,ContigExpress正式是一款非常实用的序列拼接软件。
Contig Express是著名的软件Vector NTI的组件之一。
经过一些简单的处理该组件可以被剥离出来独立运行,经我们试用效果良好。
Contig Express将每个PCR测序片断视为一个Contig,当您输入多个Contig后,它会自动寻找其中的公共序列,然后将他们拼接好后的结果已图形方式呈现给您。
完全免除您手工逐个片断Blast,然后肉眼找共同序列的苦恼。
Contig Express 9.1可以从论坛中下载。
2 - 向Contig Express中加入需要拼接的序列目前PCR测序的结果多以ABI和Fasta两种格式提供。
一般来说ABI结果是原始结果最为可信,因此我们最好向Contig Express中直接倒入ABI格式的原始数据。
倒入的方法是"Project---Add Fragments---From ABI file..."。
在接下来弹出的"Import Sequence From"对话框中选择测序公司发给您的ABI文件。
需要注意的是目前公司发给您的原始ABI文件多是"AB1"文件名。
Contig Express无法直接识别,因此有必要在文件类型中选择“All Files(*.*)"。
由于要拼接多个序列这时您可以配合Ctrl键进行多选。
3 - 用Contig Express进行序列拼接现在我们已经选好了要进行拼接的序列了,接下来的步骤就交给Contig Express让它为我们自动拼接了。
用鼠标配合Ctrl键选择要进行拼接的序列。
然后点击"Assemble---Assemble Selected Fragments"。
最新利用SeqMan进行序列拼接
![最新利用SeqMan进行序列拼接](https://img.taocdn.com/s3/m/0c64ff38aef8941ea66e0526.png)
Step5:修改拼接错误
3. 两条序列的测序结果不 一致并明显两条测序质量 都好
处理:测序过程出现 问题,重新测定
类型3
错误拼接的类型
Step6:导出拼接的序列
• 可选择合适的格式,导出拼接好的序列
1
3 2
• 通过以上几步我们就能很快将几个测序片 段进行拼接,大家可以拿着自己的序列试 试!
• „还可用左下角的快捷按钮查找错误的拼接
Step5:修改拼接错误
1. 两条序列的测 序结果不一致 并明显一条测 序质量好而另 一条质量差
处理:直接将该 处修改为正确的 碱基
错误拼接的类型
Step5:修改拼接错误
2. 两条序列的测序结果 不一致并两条测序质量 都比较差
处理:重新测序或用 新的合适引物重新测定
• SeqMan根据trace数据的质量和载体序列在 装配之前可以自动地进行末端修整。然而 有时候修改的程度难以掌握,下面我们将 用手工的方法找回修整过的末端。
手动修改
• 为了区分修整过 和没有修整过的 数据,我们给修 整过的数据加一 个有颜色的背景。 选择菜单 Project→Paramete rs→Editing Color 打开下面的对话 框。确定use consensus match color和use other color已被选中。
去除载体序列
• 单击 Scan All按钮,将出现一个report窗口。
• 现在载体栏显示:载体名字前都有一个检 测通过的标志,说明Janus 载体在全部14 序 列中都已经检测到了。
• 单击assemble按钮,进行序列拼接。
查看末端修整和载体序列去除细节报告
• 选择Project 菜单的Trim Report打开Trim report窗口。
常用生物信息学软件介绍
![常用生物信息学软件介绍](https://img.taocdn.com/s3/m/b4704d670b1c59eef8c7b467.png)
常用生物学软件简介1. Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件,除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外,还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能: a) 已知一个PCR引物的序列,搜寻和设计另一个引物的序列。
b) 按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物。
c) 对环型DNA片段,设计反向PCR引物。
d) 设计多重PCR引物。
e) 为LCR反应设计探针,以检测某个突变是否出现。
f) 分析和评价用其他途径设计的引物是否合理。
g) 同源序列查找,并根据同源区设计引物。
h) 增强了的引物/探针搜寻手段。
设计引物过程中,可以“Lock”每个参数,如Tm 值范围和引物3’端的稳定性等。
i) 以多种形式存储结果;支持多用户,每个用户可保存自己的特殊设置。
网址:/2. Vector NTI Suite是一套功能最全,而且界面最美观,最友好的分子生物学应用软件包。
主要包括四个大型软件,它们分别可以对DNA、RNA、蛋白质分子进行各种分析和操作。
Vector⑴ NTI:作为Vector NTI Suite的核心组成部分,它可以在生物研究的全过程中提供数据组织和序列编辑的软件支持。
Vector NTI 是以一种窗口形式,且支持项目组织的数据库来完成这一功能的;通过这个数据库,可以保存和组织大部分的实验数据,比如:基因结构、载体、序列片断、引物、蛋白质、多肽、电泳Markers和限制性内切酶等。
实际上,该数据库还支持对Vector NTI Suite 中各种小型的绘图和结果展示工具的管理。
Vector NTI 可以按照用户要求设计克隆策略。
用户只需提供克隆载体,外源片断序列,明确载体克隆的大致位置或酶切位点,其它工作由软件完成。
设计结果以图文形式输出到屏幕;最后根据客户定制的条件进行模拟电泳。
Vector NTI 还具有强大的设计和评估PCR引物、测序引物和杂交探针功能。
BioPlot⑵:BioPlot是一个对蛋白质和核酸序列进行各种理化特性分析的综合性工具,它是一种方便的桌面程序。
Cognex VisionPro V1.1.0快速入门指南说明书
![Cognex VisionPro V1.1.0快速入门指南说明书](https://img.taocdn.com/s3/m/71c297af80c758f5f61fb7360b4c2e3f5727250c.png)
Scope of this documentThis application note provides a quick overview on how to get started with Allied Vision‘s Vimba Cognex Adapter. In-depth information is available in the listed documents.CompatibilityThe Vimba Cognex Adapter allows using Allied Vision GigE, USB, and 1394 cameras with Cognex VisionPro 6.0 or higher.Recommendations for GigE camera usersAlthough Cognex VisionPro is compatible with Allied Vision GigE cameras, installing Vimba and using the Vimba Cognex Adapter offers advantages:•The Vimba GigE Filter driver enables high camera performance with low CPU load.•Vimba Viewer eases step-by-step configuration of the GigE settings as described in our camera technical manuals (IP address, bandwidth, packet size, and more).If you don’t install Vimba Viewer, you can configure the GigE settings with the Cognex GigE Configuration Tool, which is included in the Cognex VisionPro installation.•With Vimba Viewer, you can easily get a first image and try out camera settings.Allied Vision camera VisionPro with Vimba Adapter VisionPro without Vimba Adapter GigE camera Compatible Compatible USB camera CompatibleIncompatible1394 cameraCompatible with 32-bit and 64-bit OSCompatible with 32-bit OS onlyTable 1: Compatibility - Cognex VisionPro with and without Vimba Cognex AdapterDownloadsDownload software:•Vimba for Windowshttps:///en/products/software.html•Cognex VisionPro/Download camera documentationDownload camera documentationhttps:///en/support/technical-documentation.htmlInstallation1.Select, install, and configure your adapter card as described in the corresponding manual for yourcamera (GigE: activate jumbo frames).2.Install Vimba. As a minimum, select the option 3rd Party Applications .Installation orderYou can install Cognex VisionPro either before or after installing the other components.Cognex driver is unnecessaryInstalling the Cognex driver additionally to the drivers provided with Vimba is possible, but unnecessary.Figure 1: Vimba installation3.If you want to install Vimba Viewer additionally, click Vimba Applications and selectCamera Demonstration .4.Make sure that Install Vimba Drivers is checkmarked before clicking Exit .Figure 2: Install Vimba ViewerFigure 3: Install Vimba Drivers5.Start the Vimba Driver Installer .6.Install and activate the Vimba driver for your camera (find a detailed description in the Vimba Manual,Chapter Vimba Driver Installer ).7.Start the Cognex VisionPro QuickBuild application and double-click Image Source .Figure 4: Vimba Driver InstallerFigure 5: QuickBuild -> Image Source8.Select Camera -> Device (camera recognition may take a while). This choice opens the camera via theVimba driver, whereas the other option (here: GigE Vision) opens the camera with the Cognex driver (if installed).9.Click Initialize Acquisition .Figure 6: Device opens the camera with the Vimba driverFigure 7: Initialize Acquisition10.Tabs for setting camera and image properties are accessible. Now you can adjust the settings:11.To easily get a first image, go to the Strobe & Trigger tab and select Free Run.Figure 8: Tabs are accessibleFigure 9:Select Free Run12.In the Job Editor Window, click Run Job Continously .You can now view live images from your Allied Vision camera.Figure 10: Run Job ContinuouslyFigure 11: Live camera imagesFurther readingsTo learn more about using your camera with the Vimba Cognex Adapter, read the Vimba Cognex Adapter Manual, which is part of the Vimba installation.To get to know Cognex VisionPro, read the documentation provided by Cognex, especially the Vision Pro Quick Reference, which is part of the Cognex VisionPro installation.Troubleshooting•Before starting Cognex VisionPro, make sure no other application uses the camera.•Camera recognition may take a while, especially with GigE cameras.•Make sure that QuickBuild and the aikserver run with administrator rights or adjust the memory settings (find details in the Vimba Cognex Adapter Manual).•Test if your camera works with the Vimba Viewer. If not, check the settings of your GigE, 1394, or USB card.•Open the Vimba Driver Installer and make sure the Vimba drivers are in use.•If your camera doesn’t reach the maximum frame rate, check if the exposure time is short enough.Example: If the exposure time is 100 ms, the camera cannot acquire more than approximately 10 fps. •GigE cameras: Follow the installation instructions in the technical manual of your camera.•Follow the instructions in the Vimba Cognex Adapter Manual.DisclaimerFor the latest version of this document, please visit our website. All trademarks are acknowledged as property of their respective owners.Copyright © 2019 Allied Vision Technologies.。
柱状图边线 康耐视InSight教程
![柱状图边线 康耐视InSight教程](https://img.taocdn.com/s3/m/a90c2b522af90242a895e587.png)
直方图与边线目标• 学员将能够准确的描述以下项目,并将其运用到示例图像 上:• ExtractHistogram和Edge(边线)函数的属性表参数和自动插入的 信息• 学员将能够使用示例图像解释Fixturing(固定)以及在InSight® 作业中使用Fixturing(固定)的目的。
• 学员将能够准确地描述:• 两组边线工具。
2垫片检查步骤:1. 使用FindPatterns 确定垫片是否存在以及垫片的 位置2. 使用ExtractHistogram 确定垫片是否有斑点3. 使用FindSegment确定垫片开口距离是否在公差 范围内4. 使用ExtractBlobs确定孔尺寸是否在公差范围内3ExtractHistogramExtractHistogram用于计算图像指定区域的像素灰阶值。
灰阶值0表示黑色 灰阶值255表示白色4ExtractHistogram的应用5ExtractHistogram的应用• 检查存在/不存在 • 检查照明水平 • 确定灰阶值的统一程度• 是否有刮蹭、灰尘、碎片等?6创建一个ExtractHistogram功能• 始终用单引号标记说明文字。
比如: ‘检查斑点7向电子表格添加ExtractHistogram要使用ExtractHistogram函数,可以从工具板中拖放。
8ExtractHistogram:属性单引用到目标图像单元格, 工具将自行固定 用区域规定检查范围 显示的图像选项9ExtractHistogram:直方图10ExtractHistogram:自动插入函数Thresh:区分“明暗”像素(0-255)的最佳阈值 插入函数: HistThreshContrast:阈值以上平均灰阶值与阈值以下平均灰阶值之间的差值(0-255) 插入函数:HistContrastDarkCount:阈值以下像素的数量 插入函数: HistCountBrightCount:阈值以上像素的数量 插入函数: HistCountAverage:表示区域内的灰阶值平均数值(0-255)插入函数: HistMean11其它直方图函数HistHead:指定灰阶值范围内存在的最低灰阶值 HistMax:最常见灰阶值(0-255) HistMin:最不常见灰阶值(0-255) HistSDev:指定灰阶值范围内像素值的标准偏移量 HistSum:指定灰阶值范围内像素值总量 HistSumSquare:指定灰阶值范围内的像素值平方和 HistTail:指定灰阶值范围内存在的最高灰阶值12定位ExtractHistogram垫片位置在视场内变化时,直方图范围不会相应地变动。
pcr序列拼接软件contigexpress使用简介
![pcr序列拼接软件contigexpress使用简介](https://img.taocdn.com/s3/m/54e7b59d85868762caaedd3383c4bb4cf7ecb7e5.png)
PCR序列拼接软件Contig Express使用简介1 - Contig Express的基本情况大家做分子生物学实验最多的步骤可能就是PCR了。
PCR之后一般要进行测序以保证扩增序列的正确性。
由于测序能力的限制,目前最好的公司也只能保证一个反应800bp测准。
如果大家的克隆片断大于1k,那么势必要同时测两个反应,然后将两个反应得到的序列利用其相互重叠的部分进行拼接,这样才能得到完整的PCR产物序列。
怎样拼接呢?有的公司还比较厚道,会帮助您拼好;可使大多数公司碰到这种情况只会将几个片断丢给您自己让您DIY。
Contig Express是著名的软件Vector NTI的组件之一。
经过一些简单的处理该组件可以被剥离出来独立运行,经我们试用效果良好。
Contig Express将每个PCR测序片断视为一个Contig,当您输入多个Contig后,它会自动寻找其中的公共序列,然后将他们拼接好后的结果已图形方式呈现给您。
完全免除您手工逐个片断Blast,然后肉眼找共同序列的苦恼。
Contig Express 9.1可以从论坛中下载。
2 - 向Contig Express中加入需要拼接的序列目前PCR测序的结果多以ABI和Fasta两种格式提供。
一般来说ABI结果是原始结果最为可信,因此我们最好向Contig Express中直接倒入ABI格式的原始数据。
倒入的方法是"Project---Add Fragments---From ABI file..."。
在接下来弹出的"Import Sequence From"对话框中选择测序公司发给您的ABI文件。
需要注意的是目前公司发给您的原始ABI文件多是"AB1"文件名。
Contig Express无法直接识别,因此有必要在文件类型中选择“All Files(*.*)"。
由于要拼接多个序列这时您可以配合Ctrl键进行多选。
regsubseq软件包说明说明书
![regsubseq软件包说明说明书](https://img.taocdn.com/s3/m/a1485a2849d7c1c708a1284ac850ad02de80072a.png)
Package‘regsubseq’October14,2022Type PackageTitle Detect and Test Regular Sequences and SubsequencesVersion0.12Date2014-03-06Author Yanming DiMaintainer Yanming Di<********************.edu>Description For a sequence of event occurence times,we are interested infinding subsequences in it that are too``regular''.We define regular as beingsignificantly different from a homogeneous Poisson process.The departure fromthe Poisson process is measured using a L1distance.See Di and Perlman2007for more details.License GPL-2Depends R(>=2.10)NeedsCompilation noRepository CRANDate/Publication2014-03-0919:18:52R topics documented:qtables (2)test.gaplin (2)test.lin (3)Index612test.gaplin qtables Quantile Tables of the Linearity/Gap-Linearity TestsDescriptionThe data set provide quantile tables for the linearity/gap-linearity test statistics for N=2,...,50and k=2,...,N,for each N.These tables will be used to compute p-values corresponding to test statistics. UsageqtablesFormatR rdafiles.Within each quantile table,thefirst row indicates at which probability values the quan-tiles are computed.test.gaplin Detect and Test Almost Gap-Linear Subsequnces.Descriptiontest.gaplin.tfind the most almost gap-linear length k+1subsequence of a given sequence and compute the almost gap-linearity test statistic for this subsequence.test.gaplin.p compute the p-value corresponding to a computed test statistic.test.gaplin compute the test statistics and the p-values for subsequences of all lengths.Usagetest.gaplin(Tn);test.gaplin.t(Tn,k);test.gaplin.p(t,n,k);ArgumentsTn A sequence of numbers.Currently,only support sequence of length less than50.k The length of the subsequences for which we want to test for almost gap-linearity.n The length of the sequence for which we want to test for subsequence almost gap-linearity.t Test statistic computed for a length k+1subsequence of a length n+1sequence.DetailsAlmost gap-linear means the spacings of a subsequence are almost in proportion to the spacings of the corresponding indicies.For example,for Tn=c(11,14,(.),20),the subs sequence(11,14,20)is gap-linear,since the spacings(3,6)is in proportion with the spacings of hte corresponding indicies (1,2).Equivalently,almost gap-linearity can measured by the distance between the standardized spacings of the subsequnce and the standardized spacings of the corresponding indicies.See Di and Perlman(2007)for more details.Valuetest.gaplin.t returns the most gap-linear length k+1subsequence of the input sequence and corresponding almost gap-linearity test statistic.test.gaplin.p returns the p-value corresponding to the input test statistic t.test.lin has no return value,instead,a table containing the most almost gap-linear subsequences,corresponding test staistics and p-values will be outputed.Author(s)Yanming DiReferencesDi and Perlman,2007See Alsotest.lin.Examples##A sequence representing arrival times of events.Tn=c(13,21,24,33,40,55,59,63,72,85,87);##Test for almost linearity.t=test.gaplin.t(Tn,4);print(t$sub);p=test.gaplin.p(t$t,10,4);print(p);test.gaplin(Tn);test.lin Detect and Test Almost Linear Subsequences.Descriptiontest.lin.tfind the most almost-linear length k+1subsequence of a given sequence and compute the almost-linearity test statistic for this subsequence.test.lin.p compute the p-value corre-sponding to a computed test statistic.test.lin compute the test statistics and the p-values for subsequences of all lengths.Usagetest.lin(Tn);test.lin.t(Tn,k);test.lin.p(t,n,k);ArgumentsTn A sequence of numbers.Currently,only support sequences of length less than50.k The length of the subsequences for which we want to test for almost-linearity.n The length of the sequence for which we want to test for subsequence almost-linearity.t Test statistic computed for a length k+1subsequence of a length n+1sequence.DetailsAlmost-linear means the spacings of the sequence are almost equal,or the distance between the standardized spacings as a vector and(1/k,...,1/k)is too small.The p-value is computed by com-paring the test statistic to a procomputed test statistic quantile table.See Di and Perlman(2007)for more details.Valuetest.lin.t returns the most linear length k+1subsequence of the input sequence and correspond-ing almost-linearity test statistic.test.lin.p returns the p-value corresponding to the input test statistic t.test.lin has no return value,instead,a table containing the most almost linear subse-quences,corresponding test staistics and p-values will be outputed.Author(s)Yanming DiReferencesDi and Perlman,2007See Alsotest.gaplin.Examples##A sequence representing arrival times of events.Tn=c(13,21,24,33,40,55,59,63,72,85,87);##Test for almost linearity.t=test.lin.t(Tn,4);print(t$sub);p=test.lin.p(t$t,10,4);print(p); test.lin(Tn);Index∗datasetsqtables,2∗htesttest.gaplin,2test.lin,3q.testgaplin.n10(qtables),2 q.testgaplin.n11(qtables),2 q.testgaplin.n12(qtables),2 q.testgaplin.n13(qtables),2 q.testgaplin.n14(qtables),2 q.testgaplin.n15(qtables),2 q.testgaplin.n16(qtables),2 q.testgaplin.n17(qtables),2 q.testgaplin.n18(qtables),2 q.testgaplin.n19(qtables),2 q.testgaplin.n2(qtables),2 q.testgaplin.n20(qtables),2 q.testgaplin.n21(qtables),2 q.testgaplin.n22(qtables),2 q.testgaplin.n23(qtables),2 q.testgaplin.n24(qtables),2 q.testgaplin.n25(qtables),2 q.testgaplin.n26(qtables),2 q.testgaplin.n27(qtables),2 q.testgaplin.n28(qtables),2 q.testgaplin.n29(qtables),2 q.testgaplin.n3(qtables),2 q.testgaplin.n30(qtables),2 q.testgaplin.n31(qtables),2 q.testgaplin.n32(qtables),2 q.testgaplin.n33(qtables),2 q.testgaplin.n34(qtables),2 q.testgaplin.n35(qtables),2 q.testgaplin.n36(qtables),2 q.testgaplin.n37(qtables),2 q.testgaplin.n38(qtables),2 q.testgaplin.n39(qtables),2 q.testgaplin.n4(qtables),2 q.testgaplin.n40(qtables),2q.testgaplin.n41(qtables),2q.testgaplin.n42(qtables),2q.testgaplin.n43(qtables),2q.testgaplin.n44(qtables),2q.testgaplin.n45(qtables),2q.testgaplin.n46(qtables),2q.testgaplin.n47(qtables),2q.testgaplin.n48(qtables),2q.testgaplin.n49(qtables),2q.testgaplin.n5(qtables),2q.testgaplin.n50(qtables),2q.testgaplin.n6(qtables),2q.testgaplin.n7(qtables),2q.testgaplin.n8(qtables),2q.testgaplin.n9(qtables),2q.testlin.n10(qtables),2q.testlin.n11(qtables),2q.testlin.n12(qtables),2q.testlin.n13(qtables),2q.testlin.n14(qtables),2q.testlin.n15(qtables),2q.testlin.n16(qtables),2q.testlin.n17(qtables),2q.testlin.n18(qtables),2q.testlin.n19(qtables),2q.testlin.n2(qtables),2q.testlin.n20(qtables),2q.testlin.n21(qtables),2q.testlin.n22(qtables),2q.testlin.n23(qtables),2q.testlin.n24(qtables),2q.testlin.n25(qtables),2q.testlin.n26(qtables),2q.testlin.n27(qtables),2q.testlin.n28(qtables),2q.testlin.n29(qtables),2q.testlin.n3(qtables),2q.testlin.n30(qtables),2q.testlin.n31(qtables),26INDEX7 q.testlin.n32(qtables),2q.testlin.n33(qtables),2q.testlin.n34(qtables),2q.testlin.n35(qtables),2q.testlin.n36(qtables),2q.testlin.n37(qtables),2q.testlin.n38(qtables),2q.testlin.n39(qtables),2q.testlin.n4(qtables),2q.testlin.n40(qtables),2q.testlin.n41(qtables),2q.testlin.n42(qtables),2q.testlin.n43(qtables),2q.testlin.n44(qtables),2q.testlin.n45(qtables),2q.testlin.n46(qtables),2q.testlin.n47(qtables),2q.testlin.n48(qtables),2q.testlin.n49(qtables),2q.testlin.n5(qtables),2q.testlin.n50(qtables),2q.testlin.n6(qtables),2q.testlin.n7(qtables),2q.testlin.n8(qtables),2q.testlin.n9(qtables),2qtables,2test.gaplin,2,4test.lin,3,3。
TandemRepeatsFinder:串联重复序列查找工具
![TandemRepeatsFinder:串联重复序列查找工具](https://img.taocdn.com/s3/m/ea0de96600f69e3143323968011ca300a6c3f670.png)
TandemRepeatsFinder:串联重复序列查找工具
Tandem Repeats Finder, 简称TRF, 是一款串联重复序列查找工具,repeatmasker 程序中就整合了这个软件,官网如下
https:///trf/trf.html
通过官网的在线服务,可以快速掌握该软件的用法,提供了3种选择,示意图如下,这三种选项的区别在于可调整参数的多少,我们先用默认参数运行看下
点击fasta格式的序列
文件,或者在文本框中粘贴对应的序列,然后点击
按钮,进行提交
在跳转链接中,点击下方红色框区域,查看分析的结果
1. 所有序列的结果汇总
在该页面会列出所有检测到了重复序列区域的序列ID, 点击每条序列的名称,会跳转到该序列的详细页面
2. 一条序列上的所有重复区域汇总
在该页面,会以表格的形式,给出一条序列上所有重复序列的汇总情况,点击Table Explanation, 可以查看表头的详细解释;点击第一列的重复区域的ID, 可以跳转到详细页面
3. 重复序列详细页面
在该页面,会给出重复区域的序列信息,示意如下,可以看到,
是一段以motif的重复区域
除了在线服务,也可以下载软件本地运行,下载链接如下
https:///trf/trf.download.html
对于linux服务器,下载完成后建议重命名文件,方便调用,代码如下
该软件的用法如下
这里我全部采用了默认参数,运行成功后,在当前目录,会生成
很多的文件,其中的html文件和官网的结果是一致的,直接查看html 文件就可以了。
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此名为ContigExpress的软件可用于做序列拼接,主要使用方法如下:
1.解压缩下载的压缩文件contig.zip文件,保证文件CExpress.exe,Gexudat.def在同一个目录下,打开Cexpress.exe应用程序,进入ContigExpress操作界面,如图1。
图1
2.点击菜单上的“Project”选择“Add Fragments”,一般我们发给您的是AB1文件,如果您有其它格式的文件,也可以选择,在这里我们选择AB1文件,以其为例,如图2。
图2
3.选择您存放AB1文件(即我们Email给您的测序结果的彩图文件)的目录,选择文件类型为ALL FILES, 之后打开要拼接的AB1,从而添加进ContigExpress软件。
在此以A、B 两个序列为例,如果有多个序列的也可以同时添加进入。
图3
4.选中要拼接的序列,再选菜单“Assemble”栏下的“Assemble Selected Fragments”命令,或用工具栏上的按钮,如图3。
若两个结果能够拼接起来的,会得到一个Assemble1下的contig1的结果,如图4。
图4
5.双击contig1,打开拼接后的结果,选中菜单“VIEW”栏,进入VIEW OPTION,将SHOW ALIGNMENT AS 由TEXT 改为GRAPH.,点击OK 后得到结果如图5。
此时可能会因为两条序列的测序结果误差,会有不同的地方,在拼接图片框中的绿色竖杠就表示了这些不同的地方,如图所示。
接着可点击绿色竖杠找到有误差的地方,进行修改。
6.在修改过程中,遇到有误差的地方,可以根据峰形来判断是多读还是漏读来进行修改,此时电脑认为是漏读碱基的地方会以点来表示,如图5,此处很明显是A序列上多读了一个G碱基,可将其删除。
(注:因为软件本身的问题,只有在拼接过程中是正向的序列才能进行修改操作,若在反向上修改碱基,保存时会产生错误而直接关闭程序。
所以若要修改反向序列上的碱基,可先保存后,把原有的Assemble1的结果拆开,点序列图标上的“Name”,如图3,所选中的序列上的一个“name”横栏,使序列按Name的升降次序来排列,把要作为正向的序列放到要作为反向序列上面即可。
以此序列为例,将其改变方向后可实现反
向拼接,如图6。
此时反向拼接中,电脑也会将整条序列自动进行反向互补。
若有多条序列只要让反向序列在正向序列上即可。
建议最好是修改一个碱基后就保存一下,然后拆开了再拼接,这样可以最大程度地避免误差。
)
图5
图6
7.全部修改完成后,所有的绿色竖杠就消失了,但电脑对那些个别碱基不同,即没有多读或漏读的现象,不会用绿色竖杠标出,这样也就是说,在整个序列中还有误差存在,所以这时我们就需要用到工具栏上的另一个按钮“find next ambiguous”,如图7,来找序列中因两条序列碱基不同而出现的N值,需要记住此时也只能在正链上进行修改。
如图,此处依据峰形可确定A链上的C应该为A,把它校正即可。
图7
8.经过校正和修改之后,两条序列的重叠部分已经完全一致,序列已经拼通,可以把整个拼接结果保存下来,若想拷贝并保存整条序列,可以右击contig1选取“Select All”,再选“Copy sequence from …bp to …bp”,如图8。
然后打开可存放文本的应用程序,如记事本,把整个序列粘贴进去,保存即可。
图8。