PIR-PSD 蛋白质序列数据库

PIR的产生
PIR（Protein Information resouce, 蛋白质数据库）的出现 先于核酸数据库。在 1960年左右，Dayhoff （1925 - 1983）和其 同事们搜集了当时所有 已知的氨基酸序列，编 著了《蛋白质序列与结 构图册》。从这本图册 中的数据，演化为后来 的蛋白质信息资源数据 库
PIR提供三种类型的检索服务:
一是基于文本的交互式查询 用户通过关键字进行数据查询。 二是标准的序列相似性搜索， 包括BLAST、FastA等。
三是结合序列相似性、注释信息和蛋白质家族 信息的高级搜索 包括按注释分类的相似性搜索、结构域搜索等。
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G00016
主页的导航条有五大类：
Abrout PIR：对网站的历史、 发展、 刊物等的介绍； Databases：包括Proclass、 Pirsf、PIR—PSD、 PIR— NREF 、Uniprot等数据库集合 ； Search/Analysis：对蛋白质序 列分析的多种途径； Dowload：网站提供的蛋白质序 列；
Support：一些帮助及其它连接.
PIR的功能
目的： 帮助研究者鉴别和解释蛋白质序列信息，
研究分子进化、功能基因组。
它是一个全面的、经过注释的、非冗余的蛋白质序 列数据库。
所有序列数据都经过整理，超过99%的序列已按蛋 白质家族分类，一半以上还按蛋白质超家族进行了 分
除了蛋白质序列数据之外，PIR还包含以下信息： (1)蛋白质名称、蛋白质的分类、蛋白质的来源； (2)关于原始数据的参考文献； (3)蛋白质功能和蛋白质的一般特征，包括基因表达 、翻译后处理、活化等； (4)序列中相关的位点、功能区域。
PIR是由美国国家生物医学 基金会（NBRF）于1984年 建立，位于乔治敦大学。
PIR是一个集成了关于蛋白 质功能预测数据的公共资 源的数据库，其目的是支 持基因组/蛋白质组研究。 PIR与其他组织合作，共同 构成了PIR-国际蛋白质序 列数据库（PSD）.
发展至今日830,000条非冗余蛋白质序列， 提供了36,000多PIR蛋白质超家族， 145,000多蛋白质家族，4,000多蛋白质 结构域，13,000多模体和555,000多相 似的蛋白质聚类信息。
蛋白质一般信息
交叉引用文献
相关蛋白质家族信息
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在UniProt database 搜索中的结果
蛋白质基本信息
蛋白质家族信息
Entry name 标题/序列名称 序列物种来源拉 丁名（常用名） 记录注册、修改日期
注册号及参考来源
物种分类型 序列长度 序列顺序 文献发表作者/刊名/发 表时间/文章名/文献数 据库记录号
PIR-PSD 蛋白质序列数据库
韩硕 徐飞 薛刚 费文斌
PIR 国际蛋白质序列数据库(PSD) （http://pir.georgetown.edu）是由蛋白质信息 资源(PIR)、慕尼黑蛋白质序列信息中心(MIPS)和 日本国际蛋白质序列数据库(JIPID)共同维护的国际 上最大的公共蛋白质序列数据库。 是一个支持基因组学、蛋白质组学和系统生物学检 索和科学研究的综合公共生物信息学资源。 PIR免费为科学界提供包括蛋白序列数据库（PSD） 在内的蛋白数据库和分析工具。
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