通过对16s rRNA测序发现古菌位于最深的根部

通过对16s rRNA测序发现古菌位于最深的根部（例如，比古生球菌属更深），区别于其他的甲烷菌。按照古菌属进行分类，与相关表达蛋白的比较，将其分成不同的分支。（图2）另外他有有个RNA polyB的基因分支。这个不同的支系区别的显著性是其他的古菌的四倍以上。这种有关菌在系统树图中较远并且比古菌的进化更快。如果这种说明是正确的，这表明其表明这种进化程度与微生物的不连贯。这与近期古菌建树一致，并没有报道16S rRNA 与许多高taxa有着密切的关系。

这快速的进化程度也表明了纳古菌门equitan（看表19）。N. equitant 是一种共生的，hyperthermophilic archaeon，有最短的已知细胞生物体基因组（481kbp）,并生存与依赖硫的hyperthermophilic，Ignicoccus有关。（看表14）N. equitant是纳古菌门的一个新的的成员，其属于Crenarchaeota Euryarchaeota的分支。然而，rDNA和蛋白质却给出了矛盾的结果。推测基因减弱的信号关系到vital基因的删除，产生一种寄生的菌种，相当于共生关系的Igicoccus。其基因组显示出大范围的基因重排现象，包括缺少实质的操作子，是许多古菌的特征（看表6和8）。N. equitant有许多的基因与广古菌门的成员相似，通过BLAST比对。N. equitant可能表明一种高提取，和快速进化的广古菌系，与Thermococcale有关（图1）。N. equitant的RNA序列的测序得到了综合的影响因素，与hyperthermophily，共生生物，基因组减弱，和快速进化变化。

古菌的最近的第四个分支成员，初古菌门，在炎热的环境中丰富，但纯分离物并没有培养出来。大多数人推断初古菌门的发现源自宏基因组学的研究。初古菌门的测序工作已经正在进行中了，并且也将公布很多重要的信息关于此界的特点。

许多hyperthermophiles 生长chemolithoautotrophically以二氧化碳作为碳源的能源。此外，大多数hyperthermophiles（古菌和细菌）有远的分支点，在树枝状图中，多数有短的分支。从这种发现物推出一种假设：所有生物的共同祖先是hyperthermophilic cheolithotroph 并且来着高温的环境，例如海底热液喷口。关于生命的起源很受欢迎，但也有争议的假说令其他的科学家感到兴奋，其有重要的含义关于蕴涵演变和第一个细胞微生物特性；关于这个假说的讨论正火热的进行中。支持hyperthermophile生命起源的理论来自关于生命起源之前FeS表面metabolism进化和从实验中展现出一些反应是化学上可能的假说。然而，许多原因与所用生命的共同起源假说相悖，包括：

Hyperthermophiles中rRNA的G+C含量高（平均60%），不考虑基因组G+C含量，（等，许多Sulfolobales目的有~35%）。在Hyperthermophiles的rRNA 高G+C碱基含量导致长分枝（在树枝状图），这是可靠的。

蛋白质的表达不总是支持16S rRNA树，Hyperthermophiles位于基因树的根部。

Hyperthermophiles的进化与温度的影响一致，除了16S rRNA有助于热保护的修饰。例如，tRNA修饰的比例随着最优生长温度而变化。相似地，随温度增加膜脂的环化反应比例。许多Hyperthermophiles也包含显着量的thermoprotiective次级代谢产物，如循环二磷酸和dimyoinositol的磷酸。所有这些修改都需要特定的生物合成途径。它似乎是不可能的，这些修改是在细胞进化的早期阶段和在LUCA时出现的。认为mechanism进化发展反应了Hyperthermophiles变化。

一些重要的生物分子（NAD（P）(H)和ATP）的半衰期随着温度和pH的升高而减少，从而降低这些条件下的生命可能已演变的可能性。

水温高，可能会导致在一个不太受控制的方式来进行反应比低水温，从而使之更难以微生物进化，而不是在炎热低温。