引物设计实验课 ppt课件

ppt课件
29
目标基因序列的获取
ppt课件
30
ppt课件
31
引物设计功能
限制性酶 切位点分析
同源性分析
蛋白酶体基元和活 性位点分析
DNA与蛋白序列的互换
ppt课件
32
原始序列 选择一种功能
序列名称
ppt课件
33
Premier Primer 5提供了8种生物遗 传密码使用的偏好选择
1、纤毛虫大核（Ciliate Macronuclear）
ppt课件
27
UCSC Genome Browser是由University of California Santa Cruz (UCSC) 创立和维护的， 该站点包含有人类、小鼠和大鼠等多个物种的基因组草图，并提供一系列的网页分析工 具。站点用户可以通过它可靠和迅速地浏览基因组的任何一部分，并且同时可以得到与 该部分有关的基因组注释信息，如已知基p因pt，课件预测基因，表达序列标签，信使RNA2，8 CpG岛，克隆组装间隙和重叠，染色体带型，小鼠同源性等。
21
21
ppt课件
21.2.8 广西医学科学实验中心xy
22
22
ppt课件
21.2.8 广西医学科学实验中心xy
23
23
ppt课件
21.2.8 广西医学科学实验中心xy
24
24
ppt课件
21.2.8 广西医学科学实验中心xy
25
25
ppt课件
21.2.8 广西医学科学实验中心xy
26
26
以肿瘤坏死因子TNF基因为例
►要想得到效果很好的引物，在自动搜索的基础上还要辅以人 工分析。引物设计软件的最佳搭配是“Oligo”和“Premier”软
件合并使用，以“Premier”进行自动搜索，“Oligo”进行分析
评价，如此可快速设计出成功率很高的引物。
ppt课件
2
精品资料
• 你怎么称呼老师？
• 如果老师最后没有总结一节课的重点的难点，你 是否会认为老师的教学方法需要改进？
ppt课件
40
搜索结果
搜索到的引物对数
ppt课件
41
选中引物的信息
双击选中一对引物
引物的信息，包括pp是t课否件出现发夹结构、二聚体等。
42
理想引物应当不存在任何一种上述结构
引物分值100分为满分
ppt课件
43
ppt课件
• 你所经历的课堂，是讲座式还是讨论式？ • 教师的教鞭
• “不怕太阳晒，也不怕那风雨狂，只怕先生骂我 笨，没有学问无颜见爹娘 ……”
• “太阳当空照，花儿对我笑，小鸟说早早早……”
引物设计与分析软件
► 引物设计软件（ Primer 、Oligo 、codehop、FastPCR、Generunner 、 Vector NTISuit、Dnasis、Omiga、Dnastar等）
21.2.8 广西医学科学实验中心xy
16
16
ppt课件
21.2.8 广西医学科学实验中心xy
17
17
ppt课件
21.2.8 广西医学科学实验中心xy
18
18
ppt课件
21.2.8 广西医学科学实验中心xy
19
19
ppt课件
21.2.8 广西医学科学实验中心xy
20
20
ppt课件
21.2.8 广西医学科学实验中心xy
ppt课件
21.2.8 广西医学科学实验中心xy
11
11
ppt课件
21.2.8 广西医学科学实验中心xy
12
12
ppt课件
21.2.8 广西医学科学实验中心xy
13
13
ppt课件
21.2.8 广西医学科学实验中心xy
14
14
ppt课件
21.2.8 广西医学科学实验中心xy
15
15
ppt课件
2、无脊椎动物线粒体（Invertebrate Mitochondrion）
3、支原体（Mycoplasma）
4、植物线粒体（Plant Mitochondrion）
5、原生动物线粒体（Protozoan Mitochondrion）
6、一般标准（Standard）
7、脊椎动物线粒体（Vertebrate Mitochondrion）
互换、 语音提示键盘输p入pt课等件等。
6பைடு நூலகம்
Primer Premier 5.0 使用介绍
ppt课件
7
安装Primer premier5
ppt课件
21.2.8 广西医学科学实验中心xy
8
8
ppt课件
21.2.8 广西医学科学实验中心xy
9
9
ppt课件
21.2.8 广西医学科学实验中心xy
10
10
►为了增加特异性，可以参考密码子使用表，根据不同 生物的碱基使用偏好，减少简并性。
►核苷酸链中除出现正常的A、T、G、C四种碱基符号 外还出现如R、Y、M、K等其他字母（其中 R=A/G,Y=C/T,M=A/C,S=C/G,W=A/T,H=A/C/T,B=C/ G/T,V=A/C/G,D=A/G/T,N=A/C/G/T）。
含内含子，因此引物设计时直接用基因组DNA即可
ppt课件
36
36
ppt课件
37
ppt课件
38
希望搜索的引物不会与pp其t课它件 存在于反应中序列发生错配
39
简并引物设计
►获得序列未完全清楚的核酸的一种引物设计方案，特 点是所设计的引物序列某位置的核苷酸可以是两个或 者两个以上不同的碱基，结果所合成的引物是该位置 上不同序列的混合物。
8、酵母线粒体（Yeast Mppitt课o件chondrion）
34
ppt课件
35
DNA/mRNA引物的区别
exon intron
5’ pmGpppG
DNA AAAAAA 3’ mRNA
• 检测的基因如果来自真核生物，需要用mRNA进行引物设计
• 检测的基因如果为原核生物，其表达一般是要基因序列中不
引物设计
ppt课件
1
引物设计常用软件介绍
►软件的功能主要体现在两个方面：首先是引物分析评价功能；
其次是引物的自动搜索功能。
►“Primer Premier”为最强且方便使用，“Oligo 6”其次，其
他软件如“Vector NTI Suit”、“Dnasis”、“Omiga”和
“Dnastar”都带有引物自动搜索功能。
► 引物分析软件（ Oligo 、Primer、Blast等）
ppt课件
5
Primer Premier 5.0 简介
主要功能：
1. 引物设计 2. 限制性内切酶位点分析 3. DNA基元（motif）查找 4. 同源性分析
► 此外，该软件还有一些特殊功能，其中最重要的是设计
简并引物，另外还有序列“朗读”、DNA 与蛋白序列的