肿瘤研究的分子生物学数据库资源
肿瘤分子生物学
mutation which changes ras from a proto-oncogene to an oncogene eliminates its GTPase activity so that, even with a functional, GAP protein, ras will not hydrolyze GTP-GDP and remains active, coupling to the MAP kinase cascade and triggering the expression of early response genes Jun and Fos.
Vinculin(纽带蛋白), a protein that helps link the cytoskeleton to the cell
membrane shows elevated phosphorylation in transformed cells and may be involved in the morphological changes observed in transformed cells.
are normal cellular genes which promote normal growth and development
细胞癌基因的分类
生长因子类(growth factor )—sis 生长因子受体类(growth factor receptors)—PDGF、
EGF、 酪氨酸激酶类(tyrosine protein kinase—Src
肿瘤分子生物学
肿瘤（tumor）是一类疾病的总称，它们的基本特征是细胞增殖与凋亡失控，扩张性增生形成新生物。
肿瘤可分为良性肿瘤（benign tumor）和恶性肿瘤（malignant tumor）。
良性肿瘤生长缓慢，虽可增长至相当大的体积，但仍保留正常细胞的某些特性，通常在瘤体外有完整的包膜，手术切除后患者预后良好。
绝大多数良性肿瘤基本上是无害的，不引起或很少引起宿主损伤。
恶性肿瘤统称为癌症（cancer），它不同于良性肿瘤的最重要的特性是能侵袭周围组织，疾病晚期癌细胞发生远端转移，破坏受侵袭的脏器，最终使机体衰亡，但如能在侵袭转移前切除癌瘤，一般预后明显改善。
2、癌细胞的恶性生物学特征（1）失去了对中止细胞增殖信号和细胞分化信号的反应，并可传出自主的细胞生长、增殖信号。
（2）逃避了细胞凋亡和衰老，是细胞永生。
当正常细胞受到严重损伤和营养缺乏时，就发生凋亡并自动解体；而癌细胞并不一定会发生凋亡。
体外培养的正常细胞，即使没有受到损伤，约分裂50后也会自动停止分裂，最终细胞死亡（细胞衰老）；而癌细胞能无限制地增殖，获得了永生化。
这可能与调控细胞凋亡基因的缺陷和端粒酶恢复活性相关。
（3）失去细胞的区域性限制，具有了侵袭和转移能力。
例如在体外培养的正常细胞中增殖至彼此接触时，就停止生长和分裂（结出抑制），故细胞呈单层生长，而癌细胞失去了接触抑制，继续分裂而呈多层重叠生长；同时癌细胞表面的识别能力和黏着性发生了改变，使癌细胞不能像不同的正常组织细胞那样保持彼此分开，而能侵入临近组织。
（4）自主的血管生成能力，这保证了肿瘤体积增大后和新形成转移肿瘤的血液供应，以维持癌细胞生长和增殖之所需。
上述这些癌细胞的恶性特性，使它们能在没有增殖信号的情况下，自主地无限制增殖，当达到一定的体积时就可能侵袭邻近组织，癌细胞还可能脱落进入血液和淋巴液，发生远端转移并扩增，最终导致宿主死亡。
3、癌的单克隆起源和异质性除少数例外，癌是原始的、单个癌细胞增殖的后代，即癌为单克隆起源。
肿瘤生物学
肿瘤生物学
肿瘤生物学是研究肿瘤生长、发展和治疗的学科。
它涉及了诸多领域，包括细胞生物学、分子生物学、遗传学、免疫学、生物化学等。
肿瘤生物学研究肿瘤的形成和进展过程，探讨肿瘤细胞的特性以及它们与正常细胞之间的差异。
研究人员通过观察和分析肿瘤的生长、扩散和转移机制，以及与宿主体内环境的相互作用，来深入了解肿瘤的发病机理。
在分子生物学领域，肿瘤生物学研究肿瘤相关基因的突变以及这些突变对细胞信号传导、细胞增殖和凋亡等生物过程的影响。
通过研究细胞周期调控、DNA修复、细胞信号转导通路等分
子机制，从而寻找可能的靶点，开发新型的抗肿瘤药物。
肿瘤生物学还涉及肿瘤免疫学，研究免疫系统如何识别和控制肿瘤细胞的生长。
试图开发肿瘤免疫疗法，通过增强机体对肿瘤细胞的免疫应答来治疗肿瘤。
总体而言，肿瘤生物学的研究对于揭示肿瘤发生的机制、发展新的治疗策略以及促进肿瘤早期诊断和预防具有重要意义。
肿瘤的分子生物学研究
肿瘤的分子生物学研究引言肿瘤是一种由体内细胞发生异常增殖和分化的疾病，它是人类健康的重大威胁之一。
传统医学对于肿瘤的研究主要集中在病理学和临床方面，而分子生物学的发展为深入了解肿瘤的发生、发展和治疗提供了新的途径。
本文将介绍肿瘤的分子生物学研究的重要性，分子机制以及分子生物学在肿瘤治疗中的应用。
一、肿瘤的分子生物学研究的重要性1. 揭示癌症发生的分子机制肿瘤的发生和发展是一个复杂的多步骤过程，涉及到细胞增殖、分化、凋亡、血管生成等多个生物过程的紊乱。
通过肿瘤的分子生物学研究，我们能够揭示肿瘤发生的分子机制，了解肿瘤细胞的异常信号传导通路、基因突变和表达异常等特点，为肿瘤的早期诊断和治疗奠定基础。
2. 提供个体化治疗策略肿瘤是一种高度异质性的疾病，不同患者的肿瘤在基因组、转录组和蛋白组水平上存在明显差异。
通过分子生物学技术，我们可以通过基因检测、蛋白质组学和转录组学等手段，对肿瘤进行分子分型，为患者提供个体化的治疗策略。
例如，通过检测肿瘤的突变基因，选择合适的靶向治疗药物，提高治疗效果。
二、肿瘤的分子机制1. 基因突变基因突变是肿瘤发生最重要的分子机制之一。
肿瘤细胞中的关键基因发生突变后，会导致细胞增殖、凋亡等生物过程紊乱。
例如，TP53基因是肿瘤抑制基因中最常见的一个，其突变会导致细胞凋亡受损，增加肿瘤发生的风险。
另外，一些促癌基因如EGFR、KRAS等突变也与肿瘤发生相关。
2. 基因表达异常除了基因突变外，肿瘤细胞的基因表达异常也是肿瘤发生的重要机制。
通过转录组学的研究，我们可以发现肿瘤细胞中某些基因表达水平显著增加或减少。
例如，HER2基因在乳腺癌中的高表达与肿瘤的发生、发展密切相关。
利用这些异常的基因表达水平，可以寻找对肿瘤起关键作用的调控因子，并开发相应的治疗方法。
3. 信号传导通路异常肿瘤细胞中的信号传导通路异常也是肿瘤发生的重要因素。
正常情况下，细胞的增殖、凋亡等生物过程受到复杂的信号网络控制。
肿瘤病理学和分子生物学研究
汇报人：XX 2024-01-24
contents
目录
• 引言 • 肿瘤病理学基础 • 分子生物学基础 • 肿瘤病理学与分子生物学的关系 • 肿瘤病理学和分子生物学的研究方法 • 肿瘤病理学和分子生物学的未来展望
01 引言
肿瘤病理学和分子生物学的重要性
揭示肿瘤发生机制
细胞信号传导和细胞周期
细胞信号传导的分子 机制
细胞信号传导是指细胞外因子通过与 细胞膜上的受体结合，引发细胞内一 系列生物化学反应，最终调节细胞生 理活动的过程。细胞信号传导的分子 机制包括受体介导的信号传导、G蛋 白偶联受体介导的信号传导以及酶联 受体介导的信号传导等。
细胞周期及其调控
细胞周期是指细胞从一次分裂完成开 始到下一次分裂结束所经历的全过程 ，分为间期和分裂期两个阶段。细胞 周期的调控涉及多个检查点和调控因 子的作用，确保细胞周期的正常进行 和DNA的准确复制。
推动新药研发
肿瘤病理学和分子生物学研究有助于 揭示肿瘤的发生、发展和转移机制， 为预防和治疗提供理论依据。
深入了解肿瘤细胞的生物学特性和分 子机制，有助于发现新的药物靶点和 研发更有效的抗肿瘤药物。
指导临床诊断和治疗
通过对肿瘤病理学和分子生物学的深 入研究，可以指导临床医生制定个性 化的治疗方案，提高治疗效果和患者 生存率。
肿瘤表观遗传学
表观遗传修饰与肿瘤发生
研究表观遗传修饰（如DNA甲基化、组蛋白修饰等）在肿瘤发生 发展中的作用。
肿瘤干细胞与表观遗传调控
探讨肿瘤干细胞与表观遗传调控的关系，如肿瘤干细胞的自我更新 和分化潜能受表观遗传调控的影响。
表观遗传治疗
研究针对表观遗传修饰的肿瘤治疗方法，如DNA甲基化抑制剂、 组蛋白去乙酰化酶抑制剂等药物的研发和应用。
恶性肿瘤研究的新领域从细胞生物学到分子生物学的跨越
恶性肿瘤研究的新领域从细胞生物学到分子生物学的跨越恶性肿瘤，也被称为癌症，是一类致命的疾病，对全球范围内的人类健康构成了巨大威胁。
多年来，科学家们致力于研究恶性肿瘤的本质和治疗方法，通过不断拓展研究领域，特别是从细胞生物学到分子生物学的跨越，取得了令人瞩目的成果。
本文将探讨这个新领域在恶性肿瘤研究中的作用和意义。
一、细胞生物学揭示了恶性肿瘤的本质恶性肿瘤的产生源于人体细胞的变异和恶性增殖。
细胞生物学作为对细胞结构和功能研究的学科，为研究恶性肿瘤提供了坚实的基础。
通过观察恶性肿瘤细胞的形态特征、增殖方式以及细胞器的异常变化，科学家们逐渐认识到恶性肿瘤的细胞基础和致病机制。
二、分子生物学揭示了恶性肿瘤的遗传规律分子生物学是在细胞生物学基础上发展起来的学科，致力于研究基因与生命活动之间的关系。
在恶性肿瘤研究中，分子生物学的应用愈发重要。
科学家们通过对恶性肿瘤细胞中的基因突变、染色体异常以及信号通路的改变等方面的研究，揭示了恶性肿瘤的遗传规律，进一步了解了肿瘤形成和发展的机制。
三、跨越带来的挑战与机遇从细胞生物学到分子生物学的跨越，拓宽了恶性肿瘤研究的视野，但也带来了一系列的挑战与机遇。
首先，研究方法的更新和技术的进步，为科学家们提供了更多的工具和数据，但也需要应对数据处理和分析方面的挑战。
其次，跨学科的合作和交流成为必然趋势，研究者需要跨越学科的边界，共同探索恶性肿瘤的奥秘。
最后，分子定位和精准治疗等新的研究方向，也为科学家们提供了更多的机遇，助力于恶性肿瘤的早期诊断和治疗。
四、未来的展望随着科学技术的不断进步和研究方法的不断创新，恶性肿瘤研究的新领域将继续向更深层次拓展。
例如，对于肿瘤干细胞的研究，已经成为了当前研究的热点之一。
此外，基因编辑和免疫治疗等新的治疗策略也将不断涌现，为恶性肿瘤的防治提供更多的选择。
总结：细胞生物学到分子生物学的跨越，为恶性肿瘤研究开拓了新的领域和视角。
通过揭示恶性肿瘤的细胞基础和遗传规律，科学家们深入了解了肿瘤的发生和发展机制。
肿瘤侵袭和转移的分子生物学研究
肿瘤侵袭和转移的分子生物学研究随着生命科学技术的不断发展，肿瘤的研究也越发深入。
肿瘤侵袭和转移是肿瘤治疗的难点之一，它是导致肿瘤死亡的主要原因之一。
因此，研究肿瘤侵袭和转移过程的分子生物学机制，对于揭示肿瘤的发生机理、防治肿瘤的转移具有重要的意义。
肿瘤侵袭和转移的分子生物学机制肿瘤细胞侵袭移行和转移是非常复杂的过程。
目前认为，形成肿瘤的转移是由单个或一组肿瘤细胞从原位病灶逸出，穿透基底膜，侵入周围组织，进而进入血液或淋巴系统，再度迁移，定居在新的组织器官所形成的病灶。
这些肿瘤细胞经过多次迁移，在不同组织部位的抵抗能力可能很不相同，其保持生存和再生产的能力是肿瘤侵袭转移的基础。
研究发现，在肿瘤的侵袭和转移过程中，肿瘤细胞与其周围环境之间的相互作用起着至关重要的作用。
肿瘤细胞侵袭和转移过程中分子生物学机制的研究，着重于讨论这种相互作用的分子机制。
这些机制包括：肿瘤细胞增殖、血管生成、不死化、上皮-间充质转化等多个方面，下面我们逐一讲解。
1、肿瘤细胞增殖肿瘤细胞增殖是肿瘤发生和转移的基础。
许多增殖因子在癌变和肿瘤再生中起着很重要的作用，其中胰高血糖素样肽、神经生长因子、转化生长因子也是肿瘤细胞增殖的重要调节因子。
电子显微镜观察到，在肿瘤再生中，肿瘤细胞与其周围环境细胞之间不断发生相互作用，细胞间的无形着力和信号传递改变了肿瘤细胞的增殖状态，进而改变了肿瘤的发生。
2、血管生成血管生成是肿瘤细胞侵袭和转移的重要因素之一。
肿瘤细胞组织中有很多活细胞，这些细胞通过分泌PIGF、VEGF等因子，刺激血管生成进程加速，从而形成肿瘤血管。
肿瘤血管与常规的血管有所不同，专门为肿瘤细胞生长提供含氧血液和养分。
因此，通过干扰血管生成过程，可以阻止肿瘤侵袭和转移。
3、不死化不死化是肿瘤细胞侵袭和转移过程中最为复杂的机制之一。
在肿瘤细胞群中，存在很多诱导细胞死亡的化学药物。
然而，一些肿瘤细胞可以以一种不死的方式进行存活，并继续侵袭和转移。
探究肿瘤分子生物学机制及治疗新策略
探究肿瘤分子生物学机制及治疗新策略肿瘤是一种常见的细胞增殖异常的疾病，也是人类健康的一大威胁。
肿瘤细胞异常的增殖行为涉及到多种生物学机制，目前还没有一种完全有效的治疗方法。
所以，探究肿瘤分子生物学机制及治疗新策略就显得尤为重要。
1.肿瘤分子生物学机制的基础肿瘤是由生物体组织中发生的某种细胞增殖异常产生的病变，肿瘤的形成是多种生物学机制共同作用的结果。
其中最主要的是肿瘤细胞的基因变异和失调，包括基因突变、染色体易位、基因拷贝数变化等，这些变异会导致肿瘤细胞的增殖、浸润和转移能力发生变化。
同时，还存在一些肿瘤细胞中特有的生物学机制，例如肿瘤细胞对免疫系统的逃逸机制、肿瘤微环境的影响等等。
这些生物学机制的深入研究，有助于揭示肿瘤发生发展的真实本质，为肿瘤治疗提供理论基础。
2.肿瘤治疗现状及存在的问题目前肿瘤治疗的主要手段包括手术、放疗、化疗以及相应的中医药治疗等。
这些治疗手段相互配合，可以有效地减少肿瘤的体积和转移的风险，但是这些治疗手段的效果也是有限的。
其中最大的问题就是由于化疗和放疗对正常细胞也会产生影响，因此可能会对患者的身体造成影响和副作用，需要进行有效的护理和监测。
此外，在治疗过程中也可能会出现耐药性问题，导致治疗效果不佳。
3.肿瘤治疗新策略针对当前肿瘤治疗所存在的问题，我们需要在深入研究肿瘤生物学机制的基础上，在治疗方面进行创新。
目前，基于肿瘤分子生物学机制的治疗方法得到了越来越多的关注，其主要有以下几种：3.1 靶向治疗靶向治疗是指通过选择性地作用于肿瘤特异性分子或信号通路来杀死癌细胞的方法。
这种治疗方法通常会抑制癌细胞增殖，并且尽可能地减少对正常细胞的影响。
目前已经有很多靶向治疗方法，其中较为成功的包括EGFR抑制剂、VEGF抑制剂、HER2抑制剂、BCR-ABL1抑制剂等等。
3.2 免疫治疗在免疫治疗中，我们通常会利用免疫系统识别和杀伤肿瘤细胞的能力来治疗肿瘤。
免疫治疗方法包括肿瘤疫苗、T细胞治疗、PD-1/PD-L1抑制剂等等。
医学数据库(目前最全)
美国医学协会出版物美国医学协会出版,新闻,文摘或全文,包括以下部分.内科学文卷,皮肤病文卷,外科学文卷,眼科学文卷,美国医学会志,美国医学新闻,神经病学文卷,妇女健康杂志,家庭医疗文卷,普通精神病学文卷,耳鼻喉,头颈外科,儿科及青春期医学British Medical Journal英国医学杂志Medical Conference医学会议库,4500多条会议信息,每日更新.NIST Webbook and Chemistry Webbook美国国家标准与技术研究所数据集','免费查询5000多种化合物的红外光谱,8000多种化合物质谱等等')New England Journal of Medicine报道医学重要研究成果的周刊,提供全部过刊信息及现刊的论文摘要.基础研究站点? ? 国际微生物菌种数据网络MS国际计算机用微生物编码系统法国细菌名称数据库SCOP蛋白结构分类数据库FSSP蛋白质结构数据库BMCD生物大分子结晶数据库NCBI GenBank数据库欧洲分子生物学实验室核酸数据库日本DNA数据库(DDBJ)表达序列标签库(dbEST)SwissProt蛋白序列数据库PIR蛋白序列数据库PDB蛋白结构数据库PSdb蛋白质结构数据库序列标签位点库(dbSTS)遗传病基因数据库肿瘤基因数据库Rutgues大学的核酸数据库人基因组数据库(GDB)GDB基因组序列数据库(GSDB)大肠杆菌基因组数据库(ECDC)ECDCTIGR Microbial DatabaseMouse Genome DatabasePortable Dictionary of the Mouse GenomeSaccharomyces cerevisiaeSaccharomyces Genome DatabaseHealthAtoZ1995年由美国Medical Network 公司开发,是一个功能强大的因特网上免费全文医学信息资源搜寻器,可对医学信息进行准确,有效的搜索,为医学工作者和健康消费者提供搜索医学信息的网站,它提供了50,000多个Internet上的健康和医学相关网址HealthAtoZ 是一个功能强大的Internet医学信息资源搜寻器.它能对与医学有关的信息进行准确,有效地搜寻.它所收集的信息均经过医学专业人员的人工编排,以保证搜寻的准确性及方便性.所收集的内容每周均进行更新.可按分类及关键词的方式进行检索.Medical MatrixMedical Matrix是一种由概念驱动的免费全文智能检索工具,包括4600多个医学网址,1994年由堪萨斯大学创建,现由美国Medical Matrix LLC主持,是目前最重要的医学专业搜索引擎.它是一个因特网上内容全,不受限的临床医学资源的全方位列表,将站点根据性质,评估,内容,特色和临床内容水平分级,它是一个可免费进入的Internet临床医学数据库,提供了关键词搜索和分类目录搜索,最适合临床医师使用.Medical Matrix的使用方法与其它Internet信息检索工具的使用方法基本相同,有分类检索和关键词检索两种检索方式.它的特点是提供免费Mailing Lists,只要订阅了它的Mailing Lists,即可定期收到网上新增医学节点的通知.Medscape美国Medscape公司1994年研制,1995年6月投入使用,由功能强大的通用搜索引擎AltaVista支持,可检索图像,声频,视频资料,至今共收藏了近20个临床学科2,5000多篇全文文献,拥有会员50多万人,临床医生12万人.是Web上最大的免费提供临床医学全文文献和继续医学教育资源(CME)的网点.Medical world Search这是由美国The Polytechnic Research Institute 1997年建立的一个医学专业搜索引擎,收集了数以千计医学站点的近10万个Web页面.它采用了NLM研制的一体化医学语言系统(Unified Medical Language,UMLS),可以使用540,000多个医学主题词,包括各种同义词进行检索,在检索时可根据词表扩大或缩小检索范围,搜索的准确性很高.同时还提供扩展检索,精细检索功能,大小写无差别,免费全文检索,结果进行相关性排序CliniWeb International美国Oregon health sciences university(OHSU)1995年研制开发,这是一个基于分类目录的临床医学引擎,分为解剖学(Anatomy),微生物学(Organisms),疾病(Disease),化学和药理学(Chemicals and Drugs),诊断和治疗技术及仪器(Analytical Diagnostic and Therapeutic Techniques and Equipment),心理学(Psychiatry and Psychology),生物科学(Biological)等七大类.可以同时用英语,法语,德语,西班牙语和葡萄牙语进行检索,内含的Saphire International 98是一个用于查找UMLS术语的搜索引擎,为从主题分类途径检索提供较合适的入口.还可以直接链接到美国国立医学图书馆PubMed系统的免费Medline检索.MedHunt这是瑞士日内瓦的非盈利性组织"健康网络基金会"1996年建立的一个免费全文医学搜索引擎,专为医学工作者使用.在网址上提供了完整的医学主题词表(MeSH)供使用,同时提供国际上即将举行的医学会议的详细信息.该搜索引擎提供了两个独立的数据库Honoured database和Auto-Indexed database,检索结果按各自的数据库检出的内容分别显示HealthWebHealth Web是美国中西部地区医学图书馆网络和机构合作委员会下属卫生学图书馆的一项工程计划,由美国中西部各医学中心的医学信息专家管理的一个免费全文搜索引擎,始建于1994年,是一个基于分类目录的医学专业搜索引擎,所提供的主题分类类目较为详细,目的是为健康工作者和健康消费者提供各种医学信息资源,尤以健康资源和教育资源为收集重点.MedFinder1996年Triple Star System公司研制,是一个由专家手工编制的免费全文医学专业搜索引擎,提供了数千个医学网址,可按主题词进行检索,短语直接输入,词间加空格.其特点是影像学方面的内容特别丰富,该网站提供了大量的病理切片,ECG,CT,MRI,核医学,超声医学方面的内容.MedExplorer主要提供有关医学新闻及杂志的信息,美国MedExplorer公司1996年研制,集分类检索和关键词检索于一体,近30个类目按字顺排列,还通过下拉式菜单提供亚类,主要检索医学信息,还可检索250多个医学新闻组信息和世界各地召开的会议消息,新闻,书店,同时提供与HealthGuide的连接.免费全文型搜索引擎,关键词检索时大小写无差别.检索结果仅为分类类目和网站列表的标题,须点击超链方可进一步获取详细信息.MedGuideAvicom公司1997年建立,是一个小型医药卫生信息搜索引擎,是因特网和医学教育资源的指南,可通过专业索引访问上线杂志和教育资源,还可浏览来自全世界的图书馆的书目信息.以关键词检索为主.免费全文检索,大小写无差别,缺省值为OR.MedHelp由美国Med Help International 研制,1994年4月进入联机检索系统,1995年8月联入因特网,收集25000多个医学站点,每月访问人数达1百万人次.旨在帮助病人查找高质量的医学信息,同时让病人在最短时间里利用各种手段对其疾病作出治疗方案的选择.HealthGate由美国Healthgate数据公司开发,是一个集Medline分类和关键词检索于一体的免费全文医学信息资源搜索器,其内主要有卫生与疾病专题(按字顺排列),卫生与运动在线期刊,药物与维生素,综合征与医学实验,全文文本期刊服务,卫生学新闻,出版商信息,提供收费/免费服务,关键词检索时大小写无别,结果按相关性排序.Medis英国Docnet公司1996年研建,专门收集世界主要医学站点中质量高的临床医学信息,同时也收集了近百种临床期刊和科技期刊中的论文和论文摘要,每月更新一次.它的最大特点是手工标引,检索到的信息针对性强,检索后通过Email每次最多把5篇论文寄给检索用户,点击即可获得原始文献.以文本词为检索入口,也可通过主页中的入选期刊一览表浏览期刊以进一步获取信息.免费全文检索,大小写事件可选择,缺省值为AND,检索结果简单显示,仅包括文题和期刊名称等,须点击超链后方可获取全文内容.MedWeb美国Emory大学卫生学中心图书馆1994年推出,分快速检索(Quich search )和高级检索(Advanced search),单个词或词组用快速检索,多个词的组配用高级检索,界面友好,简单易学易用.还提供了按主题词浏览(Browse by subject)的功能,是查找网络医学信息尤其是物理疗法和运动医学信息的一种常用检索工具.Achoo加拿大商业机构MNI System Corp分部Achoo公司研究开发,收集了7500多个Web站点,提供医学新闻和新闻组信息,商业与产品,临床信息,CME资源等,可实现分类检索和关键词检索.如检索结果为0,可转继续检索.免费全文检索,大小写无别,缺省值为OR,可实现精细检索.Medseekirectory to physicians美国Medseek LLC于1996年推出,主页提供因特网/内部网服务,医生指南,医院指南,医学服务,出版服务,新闻,会历等栏目,用于检索全美各州及各个城市医生和医院信息的网络信息资源搜索器,收集了250000多名医生的相关信息,同时还收录了有关各州所属医院信息,所提供检索的临床医生数据库和医院指南均由美国数据库公司提供,旨在为医生和病人提供最精确的信息.OncoLinkOncolink是由美国宾夕法尼亚大学癌症中心(UPCC) 1994年在Internet上开发的一个免费全文癌症信息检索系统,这是 Internet 上第一个多媒体肿瘤学信息资源服务器,信息内容涉及肿瘤学研究最新进展,肿瘤诊断和治疗,以及病因,普查和预防等,旨在向肿瘤患者和医护人员提供高质量的原始文献信息资源,提供一个联接Internet上现有癌症信息资源的高质量的信息来源通道TheBigHub是一种按专业汇集众多搜索引擎的集成搜索引擎,不仅可并行检索Yahoo,Infoseek,HotBot,AltaVista,Lycos,Excite ,Webcrawler等7种常用搜索引擎,还按近20个分类类目汇集各专题搜索引擎MedBot美国斯坦福大学医学院1996年推出,可一次选择4个数据库同时检索(超级检索,Super search),以分屏方式显示各个数据库的检索结果.主页上既包含了通用搜索引擎Yahoo,Magellan,Point, Metacrawler,Savvysearch,AltaVista,Opet Text,Lycos, Excite, Webcrawler,Inforseek,DejaNews,Inktomi,也包括医学专业搜索引擎Achoo,Medical Matrix,Medweb,Medguide,以及医学教育和学习(虚拟医院,医生指南,网络医生,IAPAC,AIDS),医学新闻和信息(路透卫生,纽约时报),医学图像和多媒体(Webpath,PathAtlas)等数据库.MedExplorer主要提供有关医学新闻及杂志的信息Internet Grateful Med Medline Search由美国国立医学图书馆提供,是目前应用最广泛的免费Medline检索节点生物医学网免费注册,包括:Medline检索,医学各专业杂志,世界各地生物医学实验室招聘Visit Fellow和Postdoctoral Fellow信息等,对于基础,临床医学科研人员及医学生是一个很好的去处美国衣阿华州医科大学虚拟医院它可以通过网络24小时不间断地提供各种医疗信息,资料,并解答用户提出的各种问题,同时向实习医师和护士提供远程学习的机会.在此可查询有关癌症,肺病,卫生保健,儿科,妇科,神经科,骨科,放射科等方面详细资料多媒体虚拟医学图书馆它不但提供文字信息,还提供医学图片及动画等多媒体信息,较传统的图书馆查找方法更为简洁,迅速,有效虚拟医学会议利用Internet的虚拟环境,在网络上召开医学学术交流会,既能节省大量的人力物力,又能达到很好的交流效果.该网址主要介绍拟在Internet上召开的医学学术交流会及时间医学网检索临床各科信息资料生物医学讨论网以不同的专业设有不同的BBS,分得非常细:生理学,神经科学,免疫学,生物医学软件,生物医学新闻,AIDS等近百个BBS,是一个很好的发布消息,请求帮助的地方美国哈佛大学虚拟图书馆免疫学信息网提供有关免疫学理论,技术,试题,研究进展和寻找国外实验室工作的有关资料数据库美国专利数据库医学数据库 3000种生物医学核心期刊北美留学指南数据库《Perterson's Guid》是世界最权威的留学指南美国教育部数据库全球标准文献数据库热门医学站点MedscapeFitness Online Home PageMuscle & FitnessMen's Health, Inc.Healthy IdeaseBMJ, British Medical Journal home pageOnHealth!Healthy WeightPharmaceutical Information Network Home PageGYN 101At Home With RichardTriaminic® Parents ClubPartnerships for Health Reform ProjectDietetics Online Professional Networking Organization of Nutrition & DieteticProfessionals World-WideHealthy WeightCIBA Vision World: The Ultimate Web Site for Vision InformationMedicine BoxMed PatientsChromium Information Page Australian Medical Index - New Users Page National Women's Health Information CenterHealthSite Main PageMedical World SearchMedical Access Online。
肿瘤分子生物学(共46张PPT)
③染色体易位和基因重排
Ⅲ体外不能使培养的细胞发生转化。
C-myb：白血病，淋巴瘤，卵巢癌
易位是指某一段基因从染色体正常位置转移到另 若等为基因中一个基因突变与腺瘤形成有关，另一个也突变，则发生结肠癌。
主要通过阻止细胞生长繁殖，抑制瘤细胞进入S期，是细胞周期固有的抑制成分，一旦异常，引发多种肿瘤。 ⑥表达调控细胞凋亡的Bcl-2癌蛋白
中，C-sis的活性蛋白PDGF对C-myc表达起协同作用。
，重排后形成bcr-abl融合基因，使P145变为P210 ⑴与肿瘤细胞锚定黏附能力有关的分子机制
通过GTP到GDP的转换释放磷酸和能量，可将细胞表面的刺激信号（生长因子、激酶或神经递质）传到细胞内效应器上。
，表达酪氨酸激酶，从而异常激活。（ ⒊细胞寿命长，有的在体外可长期培养、传代建系
④GTP酶类的癌蛋白
H-rab、K-rab、N-ras、C-gip2、C-gsp的表达产物 为GTP酶、信号传递蛋白。通过GTP到GDP的转换 释放磷酸和能量，可将细胞表面的刺激信号（生 长因子、激酶或神经递质）传到细胞内效应器上 。
GTP转换成GDP需与GAP结合，上述原癌基因点突 变后的产物p21含改变GAP与GTP结合，影响GTP向 GDP转换，使细胞刺激信号传递到效应器的时间大 为延长而致癌。
⑤表达核内转录调控的癌蛋白
C-enbA、C-ets-1、C-ets-2、C-fos、C-jun 、C-mgc等这些基因有一些区域具有与蛋 白质结合的功能结构域，其基因产物可 与DNA结合，也可先与蛋白质结合形成 二聚体后，再与DNA结合，然后调控下 游靶基因转录。如C-myc产物在核内与 DNA结合后，可调控DNA复制，使细胞 持续增生，不能进入终末分化，呈幼稚 类型，即癌。
肿瘤分子生物学的研究与应用
肿瘤分子生物学的研究与应用肿瘤分子生物学是研究肿瘤发生机制、肿瘤生长和转移等实质性问题的一门学科，它关注于肿瘤细胞的分子基础及其相互作用，研究肿瘤发生和发展的分子机制，为肿瘤的预防、诊断和治疗提供了很多的理论和实践基础。
肿瘤分子生物学发展的历史可以追溯到二战时期，当时人们已经能够做一些肿瘤细胞的培养。
在1960年代到1970年代，随着分子生物学、细胞生物学、免疫学等多个学科的进一步发展，肿瘤分子生物学逐渐成为一个独立学科。
到1980年代，分子遗传学的快速发展推进了肿瘤基因和癌基因的研究。
目前，肿瘤分子生物学已经成为肿瘤学的重要分支学科之一，因为肿瘤分子生物学在研究肿瘤发生的分子机制方面，提供了肿瘤预防和治疗的新思路和新策略。
1. 肿瘤的分子机制在肿瘤发生的分子机制方面，肿瘤细胞的基因突变、表观遗传和环境因素等因素均对肿瘤发生起到一定的作用。
其中，基因突变是肿瘤原发性发生的主要原因。
例如，p53、Rb、BRCA1、BRCA2等基因的突变与肿瘤的发生密切相关。
此外，表观遗传是一种广泛存在于生物中的遗传现象，很多癌症都与表观遗传有关，如肿瘤细胞的DNA甲基化、组蛋白修饰和非编码RNA的表达等。
环境因素也是致癌的重要因素，如化学致癌物质、放射性物质、病毒和细菌等都可以导致肿瘤的发生。
这些因素可以直接或间接地导致细胞内基因的突变或表观遗传的改变，从而导致细胞的失控增殖和癌变。
2. 肿瘤的诊断和治疗在肿瘤的诊断和治疗上，肿瘤分子生物学为肿瘤学的人们提供了一系列重要的方法和技术。
例如，在类癌症的发现和治疗方面，肿瘤分子生物学技术的进步使肿瘤病患的生存率得到了极大的提高。
此外，在免疫治疗领域，肿瘤分子生物学也为癌症的治疗带来了新机会。
例如，使用免疫治疗的方法，利用T细胞、单克隆抗体和疫苗等针对肿瘤细胞的免疫反应，控制癌细胞的增长和扩散。
肿瘤分子生物学在个体化医学的发展中也有很大的应用前景。
目前，人们可以通过分子诊断和分子靶向治疗等技术，根据不同的癌症类型、亚型、远处转移情况、个体化基因和表型指标等因素，来制定个性化的治疗方案。
NCBI数据库及其资源的获取
Ｎ Ｃ Ｂ Ｉ 数据库 的检索方法很简单 ． 在检索框 中输入 检索词 ． 检索词 间默认逻辑关系 为 Ａ Ｎ Ｄ ． 通过下拉菜单选 择记 录的显示格式 ． 通常选 择Ｇ ｅ ｎ Ｂ ａ ｎ ｋ Ｒ ｅ ｐ ｏ ｒ ｔ 格 式或 Ｆ ＡＳ Ｔ Ａ Ｒ ｅ ｐ ｏ ｔ格 式 当选 择 Ｇ ｒ ｅ ｎ Ｂ ｎｋ ａ Ｒ ｅ ． ｐ ｏ ｒ ｔ 格式后 ， 屏 幕显示较完 整的基因记 录 ． 其 内容包括 ： 基 因位点 （ Ｉ Ｊ ｏ ｃ ｕ ｓ ） 、 基 因定义 （ Ｄ ｅ ｉ ｆ ｎ ｉ ｔ ｉ ｏ ｎ ） 、 基因存取 号 （ Ａ ｃ ｃ ｅ ｓ ｓ ｉ ０ ｎ ） 、 核酸 编号 （ Ｎ Ｉ Ｄ ） 、 关 键词 （ Ｋ ｅ ｙ ｗ ｏ ｒ ｄ ｓ ） 、来 源 （ Ｓ ｏ ｕ ｒ ｃ ｅ ） 、 组织 分 类 （ Ｏ ｒ ｇ ａ ｎ ｉ ｓ ｍ） 、 参 考 文 献 （ Ｒ ｅ ｆ ｅ ｒ ｅ ｎ ｃ ｅ ） 、著者 （ Ａｕ ｔ ｈ ｏ ｒ ） 、 题 目（ Ｔ ｉ ｔ ｌ ｅ ） 、 期刊 Ｊ ｏ ｕ ｎａ ｒ １ ） 、 Ｍｅ ｄ ｌ ｉ ｎ ｅ存 取 号（ Ｍ ｅ ｄ ｌ ｉ ｎ ｅ ） 、 序列特征 （ Ｆ ｅ ａ ｔ ｕ ｒ ｅ ｓ ） 、 基因（ Ｇ ｅ ｎ ｅ ） 、 Ｃ Ｄ Ｓ （ ｃ Ｄ Ｎ Ａ ） 、 等位 基因 （ Ａｌ ｌ ｅ ｌ ｅ ）对等 的肽 （ Ｍａ ｔ — Ｐ ｅ ｐ ｔ ｉ ｄ ｅ） 、 计算 碱基 数 （ Ｂ ａ ｓ ｅ Ｃ ｏ ｕ ｎ ｔ ） 、 原 序 列 （ Ｏ ｒ ｉ ｇ ｉ ｎ ） 。而 Ｆ Ａ Ｓ Ｔ Ａ Ｒ ｅ ｐ ｏ ｒ ｔ 格式仅包括检 出序列的简要特征描述。 ３ ． １ Ｇ ｅ ｎ Ｂ ｎｋ ａ （ Ｎ Ｉ Ｈ遗传序列数据库 ） Ｇ ｅ ｎ ｂ ａ ｎ ｋ由 Ｎ Ｃ Ｂ Ｉ 建 立和维 护 该数据库包含 了所有 已知的核苷 酸序列和蛋 白质序列 ， 以及相关 的文献著作和生物学注 释 数 据涉及 ７万 多个物 种 ． 其中 ５ ６ ％是人类 的基因组序 列ｆ 所 有序列 中的 ３ ４ ％是 人类 的 Ｅ Ｓ Ｔ 序列） 。 数据来 源于测序工作者提交 的序列 、 测序 中心提交 的大量 Ｅ Ｓ Ｔ序列 和其它测序数据 每条 Ｇ ｅ ｎ ｂ ａ ｎ ｋ 数据记 录都包 含了 对序列 的简要描述 、 科学命 名 、 物种分类 名称 、 参考文 献 、 序列特 征表 以及序列本 身。序列特 征表里包含对 序列生物学特 征注释 ． 如： 编码
肿瘤的分子生物学检验
肿瘤分子生物学的历史与发展
肿瘤分子生物学的发展始于20世纪50年代，随着基因组学、蛋白质组学和代谢组学 等技术的快速发展，肿瘤分子生物学的研究成果不断涌现。
目前，肿瘤分子生物学的研究已经深入到单细胞水平，通过高通量测序、质谱分析 等技术，可以更全面地揭示肿瘤细胞的分子特征和变化规律。
未来，肿瘤分子生物学将继续发挥重要作用，推动肿瘤诊断和治疗技术的不断进步 和创新。
肿瘤标志物动态监测
通过连续监测肿瘤标志物的变化，评估治疗效果和复发风险，为 调整治疗方案提供依据。
病理组织学评估
通过对肿瘤组织进行病理学评估，了解肿瘤的生长方式、浸润深 度和淋巴结转移情况，预测患者的预后。
肿瘤的个体化治疗
靶向治疗
通过检测肿瘤细胞中的基因突变和相关蛋白表达，针对特定靶点设 计药物，提高治疗的针对性和有效性。
新技术和新方法的研发
随着生物技术的不断发展，新的检测方法和检测技术将不断涌现，如基因测序、蛋白质组 学、代谢组学等，这些技术将有助于提高检测的灵敏度和特异性。
个体化精准医疗
基于分子生物学特征的个体化精准医疗将成为未来肿瘤治疗的重要方向。通过分子生物学 检验，可以深入了解每个患者的肿瘤特征，为其提供定制化的治疗方案。
评估具有重要意义。
02
案例分析
通过分子生物学检验，可以检测肺癌患者是否存在EGFR基因突变、
ALK基因重排等基因异常，为靶向治疗提供依据。
03
案例结论
肺癌的分子生物学检验有助于精准诊断和个性化治疗，提高患者的生存
率和生活质量。
乳腺癌的分子生物学检验案例
案例概述
乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤 之一，其分子生物学特征对于治 疗和预后具有重要影响。
肿瘤诊断与治疗的分子生物学研究
肿瘤诊断与治疗的分子生物学研究肿瘤是一类严重的疾病，每年会有数百万人因肿瘤去世。
对于肿瘤的诊断和治疗一直是医学界的研究重点。
随着分子生物学的发展，分子生物学在肿瘤诊断和治疗中的应用也得到了越来越广泛的关注。
本文将介绍肿瘤诊断和治疗中分子生物学的研究进展。
肿瘤的诊断肿瘤的早期诊断是治疗成功的关键。
传统的肿瘤诊断主要依靠影像学检查，如X线、CT、MRI等。
但这些检查只能观察到病变的位置和形态，不能提供关于肿瘤的分子特征和生物学行为的详细信息。
因此，分子生物学在肿瘤诊断中的应用显得尤为重要。
分子生物学以分子层面解析生命现象，具有高灵敏度和高特异性的优点。
近年来，基因芯片技术开发成熟，有望实现全基因组水平的肿瘤筛查。
基因芯片可以同时检测上万个基因，快速、准确地确定患者的基因表达模式，从而更好地了解肿瘤发生和发展的机理，为制定个性化治疗方案提供基础依据。
同时，基于分子诊断的液体生物标志物也越来越受到关注。
液体生物标志物指的是可以通过血液或尿液等体液发现的生物分子，如DNA、RNA、蛋白质等。
与传统的组织病理学检查相比，利用液体生物标志物检测可以更加方便、简单、无创，并且可以监测治疗的效果。
近年来，液体活检技术已经得到了广泛的应用。
液体活检指的是通过检测血液或其他体液中的肿瘤细胞、肿瘤细胞的DNA、RNA等分子标志物进行肿瘤诊断。
液体活检的优势在于它可以较早地发现病变，从而提高肿瘤早期诊断的准确度。
液体活检技术的应用领域不仅限于肿瘤的诊断，在肿瘤的治疗中也能够提供帮助。
肿瘤的治疗传统的肿瘤治疗方法包括手术、放疗、化疗等，但随着分子生物学的发展，分子靶向治疗逐渐成为肿瘤治疗的一个重要方向。
分子靶向治疗是一种针对特定分子或细胞靶点的治疗方式。
正常细胞与癌细胞之间存在许多基因和代谢通路的差异，分子靶向治疗就是利用这些特点，针对癌细胞中特定的分子靶点进行干预。
相对于传统的肿瘤治疗方法，分子靶向治疗具有较好的特异性和较低的毒副作用，能够在较小程度上影响正常细胞的健康。
肿瘤学研究技术及临床应用
肿瘤学研究技术及临床应用肿瘤是一种常见的疾病，由于其高发率和危害性，引起了人们的广泛关注。
为了更好地认识和治疗肿瘤，许多研究人员投入了大量的精力和资源，开发了各种肿瘤学研究技术，并将这些技术应用于临床实践中，取得了显著的成果。
一、肿瘤学研究技术1.分子生物学技术分子生物学技术在肿瘤研究中发挥着重要作用。
通过分析肿瘤细胞的基因表达谱、蛋白质表达谱和代谢谱，可以揭示肿瘤发生、发展的分子机制，为精准治疗提供依据。
如PCR技术可快速检测肿瘤相关基因的突变，而基因组学测序技术则可全面了解肿瘤基因组的变异情况。
2.生物信息学技术生物信息学技术的发展，为肿瘤研究提供了大量的数据和分析工具。
通过生物信息学方法，可以对大规模的基因组数据进行分析和整合，发现潜在的致病变异，预测肿瘤的发生风险，并构建个性化治疗方案。
3.影像学技术影像学技术在肿瘤的诊断和监测中发挥着不可替代的作用。
X射线、CT、MRI、PET-CT等现代影像学技术，可以清晰地显示肿瘤的位置、大小、形态和代谢活性，为医生制定治疗方案提供重要参考。
4.干细胞技术干细胞技术的应用正在为肿瘤治疗带来新的希望。
干细胞具有自我更新和多向分化的潜能，可以用于恢复患者受损的组织和器官，实现组织修复和再生，为治疗肿瘤引入了新的思路和方法。
二、临床应用情况1.早期诊断随着肿瘤学研究技术的不断进步，越来越多的肿瘤可以在早期得到准确诊断。
通过基因检测、影像学检查和病理学分析等手段，医生可以及时发现肿瘤的存在，提高治疗的成功率和患者的存活率。
2.精准治疗精准医学理念的兴起，使肿瘤治疗越来越个性化和精准化。
根据患者的基因型、表型和病理特征，医生可以为每位患者设计个性化的治疗方案，避免不必要的治疗和副作用，提高治疗效果和生活质量。
3.免疫治疗免疫治疗作为肿瘤治疗的新兴领域，正在取得突破性进展。
通过激活患者自身的免疫系统，增强免疫细胞对肿瘤的识别和杀伤能力，实现肿瘤的全面清除，为难治性肿瘤的治疗带来了新的希望。
肿瘤的分子生物学研究
肿瘤的分子生物学研究肿瘤是一种常见的疾病，它的治疗一直是医学界的重点研究方向。
肿瘤治疗的方法包括手术、化疗、放疗和免疫治疗等多种方法。
然而，由于肿瘤的发生与发展是一个复杂的过程，我们仍需要深入研究其发病机理，以便更好地治疗和预防这种疾病。
肿瘤的分子生物学研究，是目前研究肿瘤发生和发展的主要手段。
肿瘤的分子生物学研究主要集中在以下几个方面：1. 肿瘤的基因变异肿瘤的基因变异是导致其发生和发展的主要原因之一。
随着新技术的不断发展，如基因组学、转录组学和蛋白质组学等，我们能够更精确地鉴定肿瘤细胞中的基因变异。
目前，已经发现肿瘤的基因变异有多种类型，例如单核苷酸多态性（SNP）、染色体数值异常、基因重排和突变等。
这些基因变异与肿瘤的发展密切相关，深入研究这些变异可以帮助我们了解肿瘤的发生机制，为肿瘤治疗提供更好的思路。
2. 肿瘤细胞的信号通路肿瘤细胞中的变异基因可以通过激活或抑制信号通路来改变细胞的生物学功能，从而促进肿瘤的发展。
许多肿瘤类型都是由信号通路异常引起的。
例如，肝癌、结肠癌和胰腺癌等肿瘤，多与Wnt信号通路激活有关。
而乳腺癌和卵巢癌等肿瘤则多与HER-2信号通路激活有关。
因此，研究肿瘤细胞信号通路的异常与肿瘤发展之间的关系，有助于我们更好地理解肿瘤的发病机制，提供新的治疗方案。
3. 肿瘤免疫学肿瘤细胞具有避免免疫系统攻击的能力，从而滋生和发展。
免疫治疗是一个重要的肿瘤治疗方法，因此对肿瘤与免疫系统的相互作用进行深入研究，是肿瘤分子生物学研究的重要方向之一。
近年来，大量的研究表明，肿瘤的免疫学特征与其发生、发展和治疗效果密切相关。
例如，PD-1/PD-L1信号通路在肿瘤细胞与免疫细胞相互作用中起着重要的作用。
4. 微环境肿瘤的微环境包括肿瘤细胞周围的细胞、细胞外基质和分子信号。
它们与肿瘤的发展密切相关。
微环境可以决定肿瘤细胞的增殖、侵袭和转移能力，进而影响其发展和治疗效果。
因此，研究肿瘤微环境对肿瘤发展的影响，为肿瘤治疗提供新的思路。
肿瘤的分子生物学检验
免疫治疗
通过检测肿瘤细胞的免疫 表型和相关基因表达，为 患者提供免疫治疗策略， 提高治疗效果。
个体化用药指导
根据患者的基因型和表型 ，为患者提供个体化的用 药指导，降低毒副作用和 提高疗效。
肿瘤的预后评估与复发监测
要点一
预后评估
要点二
复发监测
通过检测肿瘤细胞的基因表达、染色体异常和蛋白质组学 特征，评估患者的预后情况，为制定治疗方案提供依据。
基因表达谱的应用
通过比较正常组织和肿瘤组织之间的基因表达差异，可以发现与肿瘤发生、发展相关的 关键基因，为肿瘤的诊断、治疗和预后评估提供依据。
蛋白质组学分析
蛋白质组学分析
利用质谱等技术，检测肿瘤组织中蛋白 质的表达和修饰情况，以揭示肿瘤的生 物学特征和功能机制。
VS
蛋白质组学分析的应用
通过研究肿瘤组织中蛋白质的表达模式和 相互作用网络，可以深入了解肿瘤的分子 机制，为药物靶点的发现瘤分子生物学检验数据库，整合不同来源 的数据，实现数据共享与挖掘。
临床应用的普及与推广
培训与教育
加强对临床医生、实验室技术人员的 培训与教育，提高他们对肿瘤分子生 物学检验的认识与应用能力。
政策支持
制定相关政策，鼓励医疗机构引进和 应用肿瘤分子生物学检验技术，提高 临床诊疗水平。
代谢组学分析
代谢组学分析
利用核磁共振、质谱等技术，检测肿瘤组织 中代谢产物的变化情况，以揭示肿瘤的代谢 特征和能量代谢机制。
代谢组学分析的应用
通过研究肿瘤组织中代谢产物的变化，可以 了解肿瘤的生长、侵袭和转移能力，为肿瘤 的诊断、治疗和预后评估提供依据。
表观遗传学分析
表观遗传学分析
利用染色质免疫沉淀、高通量测序等技术， 检测肿瘤组织中DNA甲基化、组蛋白修饰 等表观遗传学变化情况，以揭示肿瘤的表观 遗传学特征和调控机制。
分子生物学中常用数据库
分子生物学中常用数据库综合数据库：来源：/news/science/article/90048.html生物信息学网址链接：http://www.bioinformatics.ca/links_directory/Nucleic Acid Research Database Issue：/content/vol32/suppl_2/一、蛋白相关数据库蛋白质结构域预测工具Esignal：/esignal/信号传导系统蛋白的结构域预测工具，凡是涉及到信号传导系统的蛋白用这个预测效果最佳SignalP：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/信号肽预测工具，适合定位于非胞质位置的蛋白质Emotif：/emotif-search/结构域预测工具，由于其用motif电子学习的方法产生结构域模型，故预测效果比Prosite好Ematrix：/ematrix/是用Matrix的方法创建的结构域数据库，可与emotif互相印证。
其速度快，可快速搜索整个基因组InterPro：/InterProScan/EBI提供的服务，用图形的形式表示出搜索的结构域结果TRRD：http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/转录因子结构域预测的最好数据库。
但不会用Protscale：/cgi-bin/protscale.pl可分析该序列的各种性状如活动度、亲水性（Kyte&Doolittle）、抗原性（Hopp&Woods）等通过寻找MOTIF和Domain来分析蛋白质的功能A. MOTIF是蛋白中较小的保守序列片断，其概念比Domain小PROSITE：/tools/scanprosite/是专门搜索蛋白质Motif的数据库，其中signature seqs是最重要的motif信息B. Domain：若干motif可形成一个Domain，每个Domain形成一个球形结构，Domain与Domain之间通常像串珠一样相连Pfam：可以搜索某段序列中的Domain，并以图形化表示出来。
CD44分子生物学特性及肿瘤关系的研究进展
CD44分子生物学特性及肿瘤关系的研究进展1 粘附分子CD44的研究进展CD44是分布极为广泛的细胞表面跨膜糖蛋白，在淋巴细胞，成纤维细胞表面均能检测到它的表达[1，2]。
CD44蛋白属于未分类的粘附分子，其正常功能是作为受体识别透明质酸和胶原蛋白Ⅰ、Ⅳ等，主要参与细胞-细胞，细胞-基质之间的特异性粘连过程。
CD44基因的定位与结构人类CD44基因位于11号染色体短臂上，有20个高度保守的外显子，完整基因组在染色体DNA上大约跨越50kb。
CD44基因的外显子按表达方式分为两种类型：一种是组成型外显子，另一种是V区变异型外显子。
组成型外显子有10个，其中转录片段存在于所有CD44转录子中。
仅含组成型外显子的CD44转录子，称为标准型CD44，它编码361个氨基酸。
V区外显子也有10个，在基因组上位于第5和第6个组成型外显子之间，在染色体DNA中专25kb。
含有V区外显子的CD44转录子统称为CD44拼接变异体。
V区外显子的拼接方式非常特殊，它们既能以连续方式拼接，也能以跳跃方式拼接，参与拼接的V区外显子多少不一，从而使转录片段长短不一。
目前通过PCR技术在许多细胞系中已发现10多种CD44V。
早期发现血细胞的CD44分子为标准型。
最先获得克隆的拼接变异体是含有CD44V8-10的CD44V，它主要存在于上皮细胞又称为上皮细胞型CD44V。
目前对CD44的研究较多，如V3、V5、V6。
CD44分子的结构特征从已知的cDNA序列推测，CD44S由341个Aa组成，N-末端起台于21位Aa，前面20个Aa为信号肽，紧接着是胞质外区域的248个Aa，第249个Aa至269位的21个是疏水性的，为跨膜区，其后是胞质内C-末端尾部有72个Aa。
另外还有一种CD44S的短尾形式，其胞质内C-末端尾部仅3个Aa。
这种Aa序列具有Ⅰ类膜蛋白的特征。
Lokeshwar等用实验观察CD44S分子的合成过程，发现CD44分子首先被合成43KD的蛋白前体，接着在内质网内进行N-糖基化，形成58KD的N-糖基化前体，其后在高尔基复合体内进行O-糖基化和其它翻译后修饰，形成最终的85-95KD分子。
分子病理学在肿瘤中的研究领域
分子病理学在肿瘤中的研究领域
分子病理学是研究肿瘤分子机制、诊断和治疗的重要领域。
近年来，随着分子生物学和基因组学的快速发展，分子病理学已成为肿瘤研究中不可或缺的组成部分。
肿瘤是一种由基因突变引起的疾病。
分子病理学的主要研究内容是探究这些基因突变对肿瘤形成、发展和传播的影响。
通过对肿瘤细胞的基因组学和表观遗传学研究，分子病理学可以深入了解肿瘤的分子机制。
分子病理学在肿瘤诊断中也发挥着重要作用。
通过检测肿瘤细胞的分子标志物，可以帮助医生更准确地诊断肿瘤类型和分级，从而选择更合适的治疗方案。
此外，分子病理学还在肿瘤治疗中发挥着越来越重要的作用。
通过了解肿瘤细胞的分子机制，可以设计出针对特定基因突变的靶向治疗药物，提高治疗效果和减少副作用。
总之，分子病理学在肿瘤研究、诊断和治疗中都具有重要的作用，为肿瘤的防治提供了重要的科学依据。
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cDNA xProfiler
SAGE
SAGE Anatomic View果
SAGE的数据
RNAi
PATHWAYS
BioCarta公司信号转导途径图谱 KEGG代谢途径和信号转导途径图谱 Pathway Searcher
Tools
ACTB/GLI TGF/NR4A3 PAX3/NCOA1
FUS/CREB3L1
CIC/DUX4 COL6A3/CSF1
EWSR1/CREB1
EWSR1/SP3
HMGA2/EBF SEC31A/ALK
2000
2001
2002
2003
2004
2005
2006
2007
Soft Tissue Tumors with Specific Gene Fusions
肿瘤研究的分子生物学数据库 资源
一篇论文的题目
Zhu F, Zykova TA, Kang BS, Wang Z, Ebeling MC, Abe Y, Ma WY, Bode AM, Dong Z. Bidirectional signals transduced by TOPKERK interaction increase tumorigenesis of HCT116 colorectal cancer cells. Gastroenterology. 2007; 133(1):219-31.
流程图
锚定内切酶（NlaIII）酶切
NlaIII3’端序列为标签，再用BsmF1酶切后释放标签
将标签相互连接并连入质粒载体
测序并计算标签的拷贝数
计算机分析
查询方式
– ...by tag – ...by sequence – ...by library – ...by gene name
输入序列
主要内容
NCBI的相关数据库资源 肿瘤学和血液学的细胞遗传学 ExPASy的数据库资源和工具
NCBI的相关资源
National Center for Biotechnology Information
Genes and disease
Genes工具列表
– Gene finder：按照特定标准查找单个或多个基因的工具
– Gene Ontology Browser：通过分子功能、生物学过程和细
– – – –
胞组分对人和小鼠的基因分类 Nucleotide BLAST：通过CGAP界面，查找给定核苷酸序 列的代表基因 Lists of Candidate, Validated, and Confirmed SNPs：包含单 核苷酸多态性的基因信息 CGAP SNP Index：通过基因名称、符号和GenBank序列 号查找代表SNPs SNP Gene Viewer：将人类SNPs定位于参考序列和MGC序 列，预测蛋白编码的变化
COL1A2/PLAG1 EWSR1/ZNF278 FUS/ATF1 HAS2/PLAG1 TCF12/NR4A3 TPM3/ALK TPM4/ALK
ASPSCR1/TFE3 CLTC/ALK LPP/C12ORF9
CARS/ALK HMGA2/CMKOR1
ATIC/ALK FUS/CREB3L2 FUS/ERG RANBP2/ALK SS18L1/SSX1
– 用于查找SNP的工具 – 可以通过基因名称、SNP号、染色体和基因功能
查询
查找肿瘤重复出现的染色体畸变
Tissues
来源于组织的基因表达信息
– Library Summarizer（GLS）：在特定的cDNA文
库中查找所有基因。 – cDNAntial Gene Expression DisplaGEmap xProfiler：xProfilrtual Northern：以图形形式显示一个基因 在不同cDNA中出现的频率，代表其表达丰度。
目的是研究肿瘤细胞的分子改变
CGAP主页
Genes
每个基因————一个Gene info页面
– UniGene、LocusLink、OMIM、DTP search、cDNA
Libraries、Cluster Assemblies、和SNPs等数据库的链接 – 细胞遗传学定位和Mitelman断裂点信息 – 蛋白相似性 – 人类和小鼠的同源组 – IMAGE（Integrated Molecular Analysis of Genomes and their Expression）协议来源的序列链接 – 全长MGC（Mammalian Gene Collection）克隆链接 – Gene Ontology功能分类
6 5 4 3 2 1
IGH, IGK, IGL
3
Promoter
Coding sequences
2
5 4 3 2 1 6 5 4 3 2 1 1 2 4
2
2
1 3 2 1 1
1
1
Deregulated gene
Promoter Coding sequences
12
1 2
1 3
1
23
4 5
2
2 3 4
先查询序列中的Tag
根据Tag来查询在SAGE中出现的频率输入GenBank号或序列进行查询
查询结果
查询结果
Cancer Genome Anatomy Project (/)
由National Cancer Institute（NCI）管理
Gene info
Chromosomes
Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer （肿瘤染色体畸变数据库）
– Recurrent Chromosome Aberrations Searcher用来查
找重复出现的染色体畸变
SNP500 Cancer Database
EWSR1/NR4A3 HMGA2/LPP SS18/SSX1
EWSR1/DDIT3 EWSR1/ETV4
COL1A1/PDGFB EWSR1/FEV
ETV6/NTRK3
HMGA2/LHFP SS18/SSX4 TAF15/NR4A3
1992
1993
1994
1995
1996
1997
1998
1999
46 Fusion Genes in Benign and Malignant Soft Tissue Tumors
– 与其他大型数据库的链接
Tools and software packages
CGAP基因表达分析工具的汇总
肿瘤学和血液学的细胞遗传学
biogen.fr/services/chromcancer/
收集了各种在肿瘤中具有染色体异常的 基因，包括其基因名称、产物、在肿瘤 中的异常情况，以及与各种数据库的链 接 收集了白血病、实体瘤、癌前病变的细 胞遗传学数据 以染色体来分类描述各种肿瘤中的染色 体异常 包括了许多高水平的综述(Deep Insight)和 病例报告
– 一群mRNA中的每一个mRNA的同一位置取9-10bp
的一段序列，（从统计学上说这样的序列可以代表 95%的人类基因），每一种9-10bp的序列的拷贝数
则代表基因表达的拷贝数，也就可以说明基因表达
活性的高低。
–
方法
RNA反转录为cDNA，同时用生物素标记cDNA末端 cDNA分离酶切位点3‘端的序列
3
2
Promoter
1
Coding sequences
3
1 2 3 4 5 6 7
MYC
4
2 3 4
Deregulated transcription
EWSR1/FLI1
EWSR1/ATF1 FUS/DDIT3 PAX3/FOXO1A
EWSR1/ERG EWSR1/WT1 PAX7/FOXO1A SS18/SSX2
4.3%
4.1% 2.4% 2.3% 0.7%
inv(3)(q21q26)
t(6;9)(p22;q34) t(1;22)(p13;q13) t(8;16)(p11;p13) t(7;11)(p15;p15)
RPN1/EVI1
DEK/NUP214 RBM15/MKL1 MYST3/CREBBP NUP98/HOXA genes
单基因遗传病的站点
– 介绍多个系统的遗传病，可下载PDF文件。 – 图示遗传病相关基因在染色体的定位 – 与相关数据库相互链接
Genes and disease 页面
染色体的图谱
SKY—Spectral Karyotyping
– 多色标记的探针与染色体杂交
M-FISH—Multiplex Fluorescence In Situ Hybridization CGH—Comparative Genomic Hybridization
– 另一种酶再切割cDNA片段，去除带生物素的3’端 – 用PCR扩增每一个标签片段，将30-50个不同的标签片 – 随后用一种限制性内切酶（NlaIII (CATG)）切割
段连成一个单一的DNA分子
– 最后克隆并测序这些分子
– 酶切位点3'端的序列出现的拷贝数就代表了基因表达活
性的高低
选择细胞
磁珠分离RNA并合成cDNA
Extraskeletal myxoid chondrosarcoma, Lipoma Dermatofibrosarcoma protuberans Infantile fibrosarcoma AFH, Lipoblastoma, Inflammatory myofibroblastic tumor Alveolar soft part sarcoma Low grade fibromyxoid sarcoma, Soft tissue chondroma Pericytoma Tenosynovial giant cell tumor