两种SNP分型方法的比较及其在柚品种鉴定中的应用_杨润婷
两种SNP分型方法的比较及其在柚品种鉴定中的应用_杨润婷
园艺学报 2013，40（6）：1061–1070 http: // www. ahs. ac. cn Acta Horticulturae Sinica E-mail: yuanyixuebao@两种SNP分型方法的比较及其在柚品种鉴定中的应用杨润婷1,2，吴波1,2，李翀1，曾培1，曾继吾2，钟云2，姜波2，周碧容2，钟广炎2,*（1西南大学园艺园林学院，重庆 400715；2广东省农业科学院果树研究所，农业部热带南亚热带果树生物学与遗传资源利用重点实验室，广州 510640）摘 要：用两种常用的SNP分型方法，等位基因特异性PCR法（Allele-specific PCR，AS-PCR）和高分辨率熔解曲线分析（High resolution melting analysis，HRMA），对16个柚栽培品种和8个柚杂种后代材料进行了7个SNP位点的分型研究。
结果表明这两种方法所得的分型结果相同，都将24个样本分成了22种基因型。
值得一提的是，样本‘八朔’与‘红八朔’，‘红甘夏’与‘川野夏橙’之间在所测位点无差别，表明其应当是同一来源的无性系变异。
‘早熟真龙柚’和‘中熟真龙柚’的分型结果表明它们的基因型不同，看来并非是起源同一基因型的不同芽变品种，也不存在亲子关系。
可见，AS-PCR和HRMA均适用于柚类品种的区分和鉴定。
AS-PCR法是一种准确、低成本的SNP分型方法，适合普通实验室使用，惟对PCR反应体系要求严格。
HRMA分型法具有准确、快速、简便、分析量大的特点，但需要专门的设备，试剂成本也高。
关键词：柚；单核苷酸多态性；等位基因特异性PCR；高分辨率熔解曲线分析；基因分型中图分类号：S 666 文献标志码：A 文章编号：0513-353X（2013）06-1061-10 Comparison of Allele-specific PCR and High Resolution Melting Analysis in SNP Genotyping and Their Application in Pummelo Cultivar IdentificationYANG Run-ting1,2，WU Bo1,2，LI Chong1，ZENG Pei1，ZENG Ji-wu2，ZHONG Yun2，JIANG Bo2，ZHOU Bi-rong2，and ZHONG Guang-yan2,*（1College of Horticulture and Landscape，Southwest University，Chongqing 400715，China；2Key Laboratory of Tropical and Subtropical Fruit Biology and Genetic Resource Utilization，Ministry of Agriculture，Fruit Tree Institute，Guangdong Academy of Agricultural Sciences，Guangzhou 510640，China）Abstract：Allele-specific PCR（AS-PCR）and high resolution melting analysis（HRMA）are two widely used SNP genotyping methods but no research has been done to compare them in terms of genotyping efficiency. In this study，16 pummelo cultivars and 8 pummelo hybrids were genotyped using AS-PCR and HRMA respectively on two different sets of 7 SNP loci. It was shown that both methods generated the same genotyping results in which 24 accessions were assigned into 22 genotypes. It was noteworthy that Hassaku and Red Hassaku were identical at all SNP loci，indicating both accessions should收稿日期：2013–03–07；修回日期：2013–06–04基金项目：国家自然科学基金项目（30971992）；国家重点基础研究发展计划（973）项目（2011CB100600）* 通信作者Author for correspondence（E-mail：gy_zhong@）1062 园艺学报40卷have originated asexually from the same mother cultivar，as was the same case for the two Japanese summer orange cultivars，Beni Amanatsu and Kawano Natsudaidai. Interestingly，the early- and middle-season‘Zhenlong’pummelo cultivars possessed different genotypes，indicating clearly that they unlikely had the same origin as bud mutations as was thought before，and further analysis of HRMA results showed there is no direct hereditary relationship between them. Our results showed that both AS-PCR and HRMA were suitable methods for the identification of pummelo-related accessions. AS-PCR is a reliable and low-cost SNP genotyping method and easily accessible to ordinary laboratories though the method was found to be sensitive to changes in PCR conditions. HRMA is proven to be a reliable，quick，simple and high throughput SNP genotyping method；However，it uses special equipment and expensive reagents.Key words：pummelo；single nucleotide polymorphism；allele specific-PCR；high resolution melting analysis；genotyping单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）是指单个核苷酸的变异导致的DNA序列多态性，且等位基因频率不低于1%（Brookes，1999）。
超甜玉米bt2基因SNP位点的分析及分子标记辅助筛选
超甜玉米bt2基因SNP位点的分析及分子标记辅助筛选乐素菊;刘鹏飞;曾慕衡;王伟权;王晓明【摘要】【Objective】 This study aimed to identify the genotype of super sweet corn inbred lines through allele specific PCR and establish the platform of molecular marker-assisted selection by single-nucleotide polymorphism(SNP).【Method】 PCR primer was designed based on bt2 gene promoter region in super sweet corn.After being amplified,PCR primers from 32 super sweet corns were sequenced,analyzed and compared by software ClustalX.【Result】 Three SNPs were detected in an amplified 888 bp nucleotide sequence.They were at-20 bp,-103 bp and-107 bp sites upstream of transcription starting site of bt2gene,respectively.The inbred lines of these 32 sweet corns were divided into two haplotypes(GGG and AAA).【Conclusion】 Using one(-103 bp) of the three SNPs(A/G) loci,we successfully identified the genotype of super sweet corn inbred lines,and established the platform for selecting bt2 gene through allele specific PCR.%【目的】利用等位基因特异PCR技术对超甜玉米的基因型进行分子鉴定,建立根据单核苷酸多态性（SNP）进行分子标记辅助筛选的平台。
伊丽莎白安格斯三角梅转录组的SSR、SNP和InDel特征分析
伊丽莎白安格斯三角梅转录组的SSR、SNP 和InDel特征分析作者：孙利娜林茂黄旭光陈尔杨舒婷王华新龚建英来源：《南方农业学报》2024年第03期摘要：【目的】基于轉录组测序数据分析伊丽莎白安格斯三角梅SSR、SNP和InDel位点特征，为开发三角梅分子标记、选育无刺或少刺品种、品种鉴定及亲缘关系分析提供理论依据。
【方法】以伊丽莎白安格斯三角梅3个时期的枝刺和茎段为材料，对其进行转录组测序，采用Trinity对获得的高质量测序数据进行序列组装，利用MISA和GATK3对 SSR、SNP 和InDel进行特征分析。
【结果】18个样本转录组测序平均获得45905982 bp Raw data，质控过滤后获得 45640193 bp Clean data，拼接后获得312812条转录本和144512条Unigenes，有54516个SSR位点分布于40820条Unige- nes上，发生频率为28.25%，平均分布距离为2.67 kb，包含1个以上SSR位点的Unigenes 10269条，占Unigenes总数的 4.25%。
在重复基元类型中，单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复数量占优势，其中单核苷酸重复数量最多（39904 个，占比73.20%），其次为二核苷酸重复（8169个，占比14.98%）和三核苷酸重复（5899个，占比10.82%），五核苷酸重复最少（31个，占比0.06%）。
单核苷酸～六核苷酸重复类型共检测到98种重复基元，出现频率为0.01%～25.71%，其中出现频率最高的基元为A/T （37151个），占SSR位点总数的68.15%。
SSR各类型重复基元的重复次数集中在5～23次， SSR序列的长度10～60 bp，平均长度为20.38 bp。
共检测到231248个SNP位点和99580个InDel位点，其中SNP位点平均分布距离为1.59 kb，InDel位点平均分布距离为0.68 kb，且均以含1个位点的Unigenes数量最多，Unigenes数量随 SNP和InDel位点数量的增加而逐渐减少。
SNP分子标记及其在作物品种鉴定中的应用
SNP分子标记及其在作物品种鉴定中的应用
田海燕;张海娜;王永强;周永萍;张莹璐
【期刊名称】《中国农学通报》
【年(卷),期】2024(40)6
【摘要】作物品种鉴定是优良品种选育和推广的重要保障,而合适的检测方法是对品种进行准确鉴定的关键。
随着分子标记技术的发展,第3代分子标记SNP逐渐应用到品种鉴定领域。
本研究概述了SNP分子标记的特点,分析了高分辨率熔解曲线、竞争性等位基因特异性PCR、基因芯片、测序法、靶向测序基因型检测等5种作
物研究中常用的高通量检测方法的特点及适用性,梳理总结了SNP标记在品种真实性鉴定、纯度检测和亲缘关系分析与分类等方面的研究与应用情况,以期为后续利
用SNP分子标记进行品种鉴定提供技术参考。
【总页数】7页(P115-121)
【作者】田海燕;张海娜;王永强;周永萍;张莹璐
【作者单位】河北省农林科学院棉花研究所/农业农村部黄淮海半干旱区棉花生物
学与遗传育种重点实验室
【正文语种】中文
【中图分类】S326
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1.DNA分子标记及其在作物品种鉴定上的应用
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技术在蔬菜作物品种鉴定与纯度检测中的应用5.分子标记技术在农作物品种鉴定中的应用
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SNP分型检测技术及其在畜禽遗传和育种中的应用研究进展
编码氨基酸突变成终止密码子（图 1）。SNP 作为一种 读取速度更快、无需 PCR 扩增的优势。随着测序技术
核苷酸水平变异造成的遗传标记，编码区非同义 SNP 自动化程度不断提高，相关测序的成本也不断降低 , 也
成为研究人员的广泛关注的研究对象 。 [11]
为相关研究提供了便利。
2 检测方法
SNP 检 测 样 本 一 般 为 基 因 组 DNA ， [12] 检 测 SNP
1 SNP 的定义
SNP 即单核苷酸多态性，是基因组水平上单个核
ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ
Research Progress on the Genomic Selection Breeding in Swine XING Wenkai1, LIU Jian2, LIU Shen2, WANG Chuang2, LEI Minggang1*
SNP）是一类重要的遗传标记，具有数量大、二态性、 稳定遗传和易于自动化检测等特点 [1]。伴随着人类基因
组计划的开展和完成，世界各地的科研人员陆续开展了
收稿日期：2020-08-10；修回日期：2020-10-20 资助项目：吉林省科技厅重点研发项目（20180201034NY）； 吉林省科技厅中青年科技创新领军人才及团队项目（202003010 35RQ）；吉林省畜牧业管理局畜禽遗传资源开发利用项目（2020 051000001）；吉林省畜牧业管理局吉林省畜牧科技提质增效 技术示范推广项目（202003） 作者简介：宋玉朴（1996-），男，天津人，硕士，研究方向为 动物遗传育种与繁殖，E-mail：syphandsome@ * 通讯作者：孙永峰（1977-），男，吉林人，博士，教授，研究 方向为动物遗传育种与繁殖，E-mail：sunyongfeng1977@
农作物种子检测中SSR与SNP分子标记方法的比较分析
农作物种子检测中SSR与SNP分子标记方法的比较分析李巧英（山西省农业种子总站，太原030006）摘要：介绍了SSR与SNP两种分子标记方法在农作物种子检测中的应用，从检测原理、常用检测平台和方法应用3个方面进行比较分析。
两种分子标记检测农作物种子真实性和种子纯度、一致性、特异性，方法简单快速，区分灵敏度高，易实现自动化，试验结果准确可靠，且便于数据整合、比较分析。
SSR分子标记方法通过测定核苷酸序列长度不同区分品种，引物数量少，结果准确，适合小样品量种子检测；SNP分子标记方法利用碱基组成不同区分品种，位点多，通量高，适合大量样本进行品种分析。
关键词：SSR；SNP；农作物种子检测；比较分析随着分子生物学理论和分子标记技术的发展，分子标记逐渐应用在农作物种子检测中，实现了在基因水平上分析农作物品种信息。
品种间的差异通过多个位点DNA序列长度不同或碱基组成不同表现出来，利用不同检测平台展示指纹信息，便于分析各品种不同位点的基因型，进行比对。
分子标记法快速检测，避免了应用传统检测方法受自然环境条件和人员主观因素等影响的困惑。
分子标记是一种以DNA序列变异为基础的标记，在生物体基因组中，DNA序列差异是生物遗传多样性的直接体现，通过研究这些差异可进行品种间亲缘关系的分析。
分子标记在生物体中分布广泛，多态性高，信息量丰富，遗传稳定，利用分子标记进行种子基因分析，实验结果及时可靠，在农作物种子质量监控、品种身份鉴定、品种权保护、品种审定、基因定位和遗传育种等方面具有重要的意义。
经过研究与改进，第1代分子标记方法由于各种问题与缺陷逐渐被淘汰，目前SSR和SNP分子标记是农作物种子检测中应用的优良标记方法。
内部要加强管理，强化品种试验各环节的实施，形成“统一试验立标杆、其他试验起关键”的良好品种试验体系，从而为品种管理有序开展奠定坚实基础。
4.4 创新材料，提升水平 从参试品种晋级率看，西北春玉米组1年区域试验晋级率不高，在25%左右。
一种基于Illumina人全基因组SNP芯片数据判断被检样本性别的方法及用
(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请号 201811024399.1(22)申请日 2018.09.04(71)申请人 北京果壳生物科技有限公司地址 102200 北京市昌平区生命科学园8号院6号楼401(72)发明人 张晓伟 马玉昆 贾寒 裴志华 孙琼琳 冉函 韩仕伟 李峰峰 (74)专利代理机构 北京纪凯知识产权代理有限公司 11245代理人 关畅 张立娜(51)Int.Cl.C12Q 1/6879(2018.01)(54)发明名称一种基于Illumina人全基因组SNP芯片数据判断被检样本性别的方法及用途(57)摘要本发明公开了一种基于Illumina人全基因组SNP芯片数据判断被检样本性别的方法及用途。
该方法包括：建立女性和男性X染色体杂合位点BAF数据库；去除女性数据库中包含的男性数据库的位点，将女性数据库中剩余位点作为性别判断的靶标SNP；取女性被检者靶标SNP的BAF值，计算变异幅度；统计女性被检者BAF变异幅度内靶标SNP数量，平均数P，方差SD，最小值Min；统计被检样本BAF变异幅度内靶标SNP数量N，若P -2×SD≤N为女性；若Min≤N<P -2×SD为无法判断；若N <M i n 为男性。
本发明能对被检样本不同Illumina SNP芯片数据进行性别预测，成本低、准确性高、操作方便、适用广。
权利要求书2页 说明书9页CN 110872618 A 2020.03.10C N 110872618A1.一种基于Illumina人全基因组SNP芯片数据判断被检样本性别的方法，包括如下步骤：(1)基于Illumina人全基因组SNP芯片数据，建立女性X染色体杂合位点B Allele Freq 数据库；(2)基于Illumina人全基因组SNP芯片数据，建立男性X染色体杂合位点B Allele Freq 数据库；(3)去除步骤(1)中包含的步骤(2)的位点，将步骤(1)剩余的位点作为性别判断的Target SNPs；(4)取所有女性被检者Target SNPs的B Allele Freq值，计算B Allele Freq的均值及方差，并按照公式I统计B Allele Freq的变异幅度；P-2×SD≤BAF range≤P+2×SD公式I；式中，P表示B Allele Freq的均值；SD表示B Allele Freq的方差；BAF range表示B Allele Freq的变异幅度；(5)统计所有女性被检者BAF range范围内Target SNPs的数量，平均数为P，方差为SD，最小值为Min；(6)统计被检样本BAF range范围内的Target SNPs的数量，然后按照如下确定被检样本的性别：若P-2×SD≤N判定性别为女性；若Min≤N<P-2×SD判定被检样本性别为无法判断；若N<Min判定被检样本性别为男性；其中，N表示被检样本BAF range范围内的Target SNPs的数量；P、SD、Min的含义同步骤(5)。
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园艺学报 2013，40（6）：1061–1070 http: // www. ahs. ac. cn Acta Horticulturae Sinica E-mail: yuanyixuebao@两种SNP分型方法的比较及其在柚品种鉴定中的应用杨润婷1,2，吴波1,2，李翀1，曾培1，曾继吾2，钟云2，姜波2，周碧容2，钟广炎2,*（1西南大学园艺园林学院，重庆 400715；2广东省农业科学院果树研究所，农业部热带南亚热带果树生物学与遗传资源利用重点实验室，广州 510640）摘 要：用两种常用的SNP分型方法，等位基因特异性PCR法（Allele-specific PCR，AS-PCR）和高分辨率熔解曲线分析（High resolution melting analysis，HRMA），对16个柚栽培品种和8个柚杂种后代材料进行了7个SNP位点的分型研究。
结果表明这两种方法所得的分型结果相同，都将24个样本分成了22种基因型。
值得一提的是，样本‘八朔’与‘红八朔’，‘红甘夏’与‘川野夏橙’之间在所测位点无差别，表明其应当是同一来源的无性系变异。
‘早熟真龙柚’和‘中熟真龙柚’的分型结果表明它们的基因型不同，看来并非是起源同一基因型的不同芽变品种，也不存在亲子关系。
可见，AS-PCR和HRMA均适用于柚类品种的区分和鉴定。
AS-PCR法是一种准确、低成本的SNP分型方法，适合普通实验室使用，惟对PCR反应体系要求严格。
HRMA分型法具有准确、快速、简便、分析量大的特点，但需要专门的设备，试剂成本也高。
关键词：柚；单核苷酸多态性；等位基因特异性PCR；高分辨率熔解曲线分析；基因分型中图分类号：S 666 文献标志码：A 文章编号：0513-353X（2013）06-1061-10 Comparison of Allele-specific PCR and High Resolution Melting Analysis in SNP Genotyping and Their Application in Pummelo Cultivar IdentificationYANG Run-ting1,2，WU Bo1,2，LI Chong1，ZENG Pei1，ZENG Ji-wu2，ZHONG Yun2，JIANG Bo2，ZHOU Bi-rong2，and ZHONG Guang-yan2,*（1College of Horticulture and Landscape，Southwest University，Chongqing 400715，China；2Key Laboratory of Tropical and Subtropical Fruit Biology and Genetic Resource Utilization，Ministry of Agriculture，Fruit Tree Institute，Guangdong Academy of Agricultural Sciences，Guangzhou 510640，China）Abstract：Allele-specific PCR（AS-PCR）and high resolution melting analysis（HRMA）are two widely used SNP genotyping methods but no research has been done to compare them in terms of genotyping efficiency. In this study，16 pummelo cultivars and 8 pummelo hybrids were genotyped using AS-PCR and HRMA respectively on two different sets of 7 SNP loci. It was shown that both methods generated the same genotyping results in which 24 accessions were assigned into 22 genotypes. It was noteworthy that Hassaku and Red Hassaku were identical at all SNP loci，indicating both accessions should收稿日期：2013–03–07；修回日期：2013–06–04基金项目：国家自然科学基金项目（30971992）；国家重点基础研究发展计划（973）项目（2011CB100600）* 通信作者Author for correspondence（E-mail：gy_zhong@）1062 园艺学报40卷have originated asexually from the same mother cultivar，as was the same case for the two Japanese summer orange cultivars，Beni Amanatsu and Kawano Natsudaidai. Interestingly，the early- and middle-season‘Zhenlong’pummelo cultivars possessed different genotypes，indicating clearly that they unlikely had the same origin as bud mutations as was thought before，and further analysis of HRMA results showed there is no direct hereditary relationship between them. Our results showed that both AS-PCR and HRMA were suitable methods for the identification of pummelo-related accessions. AS-PCR is a reliable and low-cost SNP genotyping method and easily accessible to ordinary laboratories though the method was found to be sensitive to changes in PCR conditions. HRMA is proven to be a reliable，quick，simple and high throughput SNP genotyping method；However，it uses special equipment and expensive reagents.Key words：pummelo；single nucleotide polymorphism；allele specific-PCR；high resolution melting analysis；genotyping单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）是指单个核苷酸的变异导致的DNA序列多态性，且等位基因频率不低于1%（Brookes，1999）。
SNP在动植物基因组中数量多，分布广，遗传稳定，通常是二等位性（个别位点有三等位、四等位），故易于进行自动化分析（Brookes，1999）。
作为第3代分子标记的代表，SNP标记被广泛用于遗传图谱构建（Deleu et al.，2009；Nayak et al.，2010）、性状关联分析（Hill et al.，2010；Myles et al.，2011）、分子标记辅助育种等研究中（Shirasawa et al.，2006）。
目前常见的SNP分型方法有单链构象多态性（single-strand conformation polymorphism，SSCP）（Glavač & Dean，2005）、变性高效液相色谱技术（denaturing high performance liquid chromatography，DHPLC）（Nickerson et al.，2000）、基因芯片技术（Syvänen，2005）、DNA测序（Ahmadian et al.，2000）、高分辨熔解曲线分析（high resolution melting analysis，HRMA）（Liew et al.，2004）、等位基因特异PCR（allele-specific PCR，AS-PCR）（Newton et al.，1989）等。
AS-PCR 法是利用引物3′端的错配会大大减低PCR扩增效率的特性，在SNP位点设计3′末端与不同等位基因互补的等位基因特异扩增引物，通过凝胶电泳等方法检测目标PCR扩增产物的有或无，来确定样本基因型。
HRMA是根据实时监测升温过程中荧光染料与PCR扩增产物的结合数量进行SNP分型，原理是单碱基改变可引起DNA双链熔解温度（melting temperature，T m）变化，而T m的变化可导致升温时双链解链提早或延迟，这种解链时间的变化可从与双链结合的荧光染料解结合的提早或延迟中反映出来（Liew et al.，2004）。
这两种方法均已得到了广泛的应用（Casado-Díaz et al.，2007；Wu et al.，2008；López-Villar et al.，2010；Lee et al.，2011），目前尚未见对这两种方法作出具体比较。
柚类[Citrus maxima（Burm.）Osbeck]是栽培柑橘的3个基本种之一，具有单胚和自交不亲和等特性。
由于引种频繁、栽培历史悠久，柚同名异物和同物异名现象很普遍。
利用分子标记对不同柚品种进行准确区分，对品种的产权保护和育种利用具有十分重要的意义。
本试验中选取以柚为主的24个供试材料，用AS-PCR法和HRMA在7个SNP位点上对它们进行基因分型，结果显示通过这两种方法利用SNP进行柚品种鉴定是完全可行的。
1 材料与方法1.1 试验材料2012年9月从国家柑橘种质资源圃取以柚为主的24份柑橘（表1）叶片材料，用Easy-Pure Plant Genomic DNA Kit（Transgen Biotech）提取全基因组DNA。