Cytoscape教学

Cytoscape教學
簡介
Cytoscape是建立於oper-source網路上 的視覺化和分析軟體。使數據與視覺化 效果做結合。此軟體在於可建立插座式
(Plug in)的擴展
啟動Cytoscape
Cytoscape可以在Linux，Windows，和 Mac OS X上執行，但是必須在電腦上 安裝Java SE 5 或 6。以及下載 Cytoscape時，可點選您所使用的作業 系統，安裝。
在Cytoscape平台上按下 後，即可設定快速 搜尋的條件↓
Select Index Type： 設定其搜尋的引索類型。
Select Attribute： 設定其搜尋的歸類欄位。
Attribute Description： 顯示其歸類欄位的說明簡介。
Sample Attribute Values： 顯示其歸類欄位所包含的元素。
Filters
在Cytoscape平台上，按下 即可設定其過濾條件↓
過濾器運用在多種節點與邊上，可將Cytoscape網路 中的某一群組歸類。過濾器可以以其特，它可以設定以下幾項特性：
1 . Numeric Filter：以數字來當作過濾器的條件，可以使 用 >、=、< 作為判斷。
NodeAttribute Define
Border Color：改變節點線的顏色。 Node Label Color：設定標籤顏色。 Node Label Position：設定節點名稱在哪個位置上↓
NodeAttribute
Border Color：改變節點線的顏色。 Node Label Color：設定標籤顏色。 Node Label Position：設定節點名稱在哪個位置上↓
File
也可以點選其它的Import方式，例如：Import Network From Table。
可以點選進階選項加以調整、選擇。
Edit
可進行刪除或是新增一個新的View，或是刪除所選擇的節點與 邊。也可以設定Linkout。
Linkout: Cytoscape中還有個強大的功能，就是可以以節點的名稱，直接 去資料庫以其節點名稱(ID)來搜尋相關資料。Ex：若要搜尋 m001的相關資料，在該節點點右鍵選LinkOut後，再選相關資 料庫，即會自動連結到該資料庫，找尋相關資料。
2 . String Filter：以字串來當作過濾器的條件，可使用部 分名稱當作條件，其概括的字串可以以 * 來代替。 Ex：要選擇m開頭的字串，則條件輸入m* 即可。
3 . Topology Filter：以其他的過濾器作判定，選擇其拓撲 圖形，可輸入拓撲圖形的距離以及設定全部都在幾個 節點附近的的節點。
實例：以更改節點顏色為例，先命名新的樣式為new並點選連續式映射程 式，這時於Map Attribute選擇Node_Color_Shape作為條件，並以2作 為區分，若小於2則顯示綠色，等於2則顯示紫色，大於2則顯示藍 色。最後點擊Apply to Network應用於網路，如圖所示。
EdgeAttribute
選擇邊線可分為：反轉所選擇邊線、隱藏所選擇邊線、隱藏所 選邊線、顯示所有選擇的邊線、選擇所有邊線、取消所選擇的 邊線、平滑的邊線、直的邊線。
可選擇所有節點邊線，以及取消所選擇的所有節點與邊線。
或是可選擇過濾器。
Search
Cytoscape設定 完搜尋的條件後，於快速搜尋 中打入部分字即可找尋其設定名稱。
The Menus
選擇：可選擇節點，刪除所選的節點以及旋轉，或是使用過濾器。
Layout：可是圖像旋轉、縮小或是放大比例，排列和選擇所想要的圖像模式。 Plugin：可選擇所要加裝的網路。
File
載入檔案有很多種格式，sif、.pvals、.xml、.txt、.cys、.excel。或是輸出至資料夾 檔案中。以sif為例：先從選單點擊File->Import->Network->Select->Sampledata>(ex : galFiltered.sif)->Import
New：創造新的樣式。 Duplicate：複製一個所選的樣式。 Rename：修改名稱。 Delete：刪除選取項目。 Create Legend：觀看樣式的設定值。 Close：關閉。 Define：可編輯預設之節點與邊線的格式。
Introduction Define
按下Define後會出現VizMapper視窗來設定，在VizMapper裡，分別有節點屬性 (NodeAttribute)、線屬性(Edge Attribute)、全域設定(GlobalDefaults)，三大 主選項。
Node Shape：設定不同的形狀的圖案區別。 Node Size：改變節點的大小。 Node Label：設定標籤的名稱。 Node Font：設定節點字體大小。 Node Color：改變節點的顏色。 Node Line Type：節點邊線的類型。
這些設定還有個主要的判定，就是映射方式。舉例來 說，我們要設定節點顏色的話，需先點選預設好的映射 或者自訂一個新的映射方式，來作為分別顏色的判斷。 若New新增所要的映射方式時，有三種不同的視覺映射 程式可以選擇分離式映射程式(Discrete Mapper)、上漲成 本映射程式(Passthrough Mapper)、連續式映射程式 (Continuous Mapper)。
The Menus
檔案：可提供資料輸入、儲存用。可讀的檔案 如：.sif、.pvals、.xml、.txt、.cys、.excel有些檔案可用Java編輯軟體修改檔案資料 或新增檔案資料，以及列印資料。
編輯：編輯選單可以刪除或回覆所選擇的節點或是邊緣。
視窗：可以隱藏視窗介面，或是鎖住VizMapper。
點顏色。 Selected Edge Color 1： 設定點選線的顏色。 Selected Edge Color 2： 設定由CytoPanel２選取的線
顏色。
Select
可設定滑鼠所點選的物件，設定只有點選節點或是邊線，或是 可以同時點選節點與邊線。
選擇節點可分為：反轉所選擇節點、隱藏所選擇節點、隱藏所 選節點、顯示所有節點、選擇所有節點、取消所選擇的節點、 選擇與該所選擇有關的節點、根據名字搜尋、或是以File檔案搜 尋。
舉例來說： 我們可以用了個簡單的HelloWorld的JAVA檔案去讓 Cytoscape執行
檔案原始碼如下↓ import javax.swing.JOptionPane; import cytoscape.plugin.CytoscapePlugin; import cytoscape.Cytoscape; public class HelloWorld extends CytoscapePlugin{
public HelloWorld() { String message="==技資一甲測試版視窗=="; System.out.println(message);
JOptionPane.showMessageDialog(Cytoscape.getDe sktop(), message); } }
實例：將線的來源設定為，將線的目的設為，再將Edge Color，在Mapping裡選擇BasicDiscrete，在Map Attribute 下拉選至interaction，並選擇顏色，點擊Apply to Network應用於網路。則為↓
Global Defaults
Background Color： 設定其背景顏色。 Selected Node Color 1： 設定點選節點時的顏色。 Selected Node Color 2： 設定由CytoPanel２選取的節
此JAVA檔案用到了JOptionPane裡面的showMessageDialog的視窗 跳出功能，也用到了CytoscapePlugin的Cytoscape.getDesktop功能。
所以一開始就先把上面所需的物件所在的路徑import進去，接著按 照JAVA的規格做出了以上程式即可執行。
但是，一開始的JAVA程式並未有cytoscape的物件在裡面，所以需 要另外增加進去，不然會出現下圖錯誤。訊息是指說，JAVA的編譯 程式不認識CytoscapePlugin與Cytoscape兩個封包。
4 . Boolean Meta-Filter：以其餘許多的過濾器作判定，選 擇其重複的節點，或選擇與其結果相反的節點。
Layout
Layout提供了旋轉、縮放比例、及調整直線或是分 佈的形狀，可以設定內建所預設的圖樣。
Plugin
實例：首先，我們從/Cyto2_4_0/javadoc/這個網址得知，Cytoscape是可以從 JAVA中去寫Plugin檔的。
manifest.mf。 Main-Class:<空一格>類別名稱 <空白行> Step3:將HellowWorld.class與manifest.mf檔案複製到電腦內jdk 的bin的目錄底下。 Step4:打開命令字元，並移至jdk的bin目錄底下，鍵入 jar cvfm hi.jar manifest.mf *.class指令，即可在bin目錄下 產生hi.jar的檔案。 如果有多個.class時，則要將會用到的.class檔的名稱一一 鍵入，即 jar cvfm myJAR.jar manifest.mf A.class B.class C.class .....則每一個.class為空白間隔開，A、B、C代表 同一個程式所產生不同的.class檔。則也可以在目錄底下 看到.jar 檔案。
Edit → Preferences → Properties...中可以加入或者刪除其向 外連結的指令，Property Name是nodelinkouturl.開頭來作為右 鍵中LinkOut的選單名稱與所屬分類，Value是該連結的網址並 以%ID%來作為其節點的名稱。