小木虫软件的使用
Origin使用问题集锦
/bbs/viewthread.php?tid=1402851
Answer: 软件中的 Tool 中 Smooth,就行了。
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小木虫 Origin 使用问题集锦
11. origin 软件能设置有效数字的位数吗? /bbs/viewthread.php?tid=1403842 Answer: 在 Tool-Option-Numeric Format-Number of Decimal 里面改。 12. 在 origin 中的图(单个)是方块的,如果是选择 2 行 1 列,就是两个子图,但是,这时 候每个子图比较矮, 如何保证每个子图是方块呢????如果是选择 3 行 1 列,就是 3 个 子图,但是,这时候每个子图更矮, 如何保证每个子图是方块呢???? /bbs/viewthread.php?tid=1404970 Answer: 设置里,图的比例可以调啊。 13. 求Origin中同时线性拟合四条曲线,并同时在一个图里显示的方法。 四组数据横坐标是一样的,纵坐标不同,同时线性拟合四条曲线,并同时在一个图里显示的 方法。最关键是拟合的曲线要在同一图里显示。 /bbs/viewthread.php?tid=1405137 Answer: (1). 点击工具菜单中的 LINAER FIT 命令,在打开的拟合设置对话框中,选择 SETTING 卡 片,将其中的 FIT ALL DATA 选项选中即可。
/bbs/viewthread.php?tid=1397419
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小木虫 Origin 使用问题集锦
Answer: 你把刻度改成那样不就行了。 8.0 的具体方法是双击坐标轴,title & format --> 选左边那个 bottom,然后在右边把 axis 改 为 at position=。同理,然后选左边的 left,把 axis 也改为 at position=。
Mothur使用介绍
Mothur使用介绍(三)
---样品间OTU组成的相似性---如何group?
作者:杨海水
单位:浙江大学生命科学学院生态所
E-malil:yanghaishui@
QQ: 544834661
第一步:groups文件的制作:
(1)有A, B, C 三个样品;将测序的DNA分别保存为A.fasta,
B.fasta,
C.fasta;
(2)将mothur软件与此三个文件放在同一文件夹下:
(3)点开mothur,输入指令:
make.group(fasta=A.fasta-B.fasta-C.fasta,groups=A-B-C)
(4) 回车;输入groups文件A.B.C.groups
第二步:将所有的序列整合进一个文件,然后做比对(alignment),
保存成fasta格式:ABC.fasta
第三步:按OTU分类步骤一直到选择代表性序列这一步(mothur使用简介修订版里有详细介绍)
dist.seqsàclusteràbin.seqsàget.oturep
第四步:在get.oturep这步,进行group;输入指令:
get.oturep(phylip=ABC.phylip.dist,fasta=ABC.fasta,
list=ABC.phylip.fn.list,group=A.B.C.groups)
OTU序号OTU包含
的序列数
样品来源。
小木虫-Diamond-软件问题集锦教学内容
小木虫-D i a m o n d-软件问题集锦小木虫Diamond软件问题集锦1. Diamond出图时怎么设置dpi数目我在使用Diamond出图时分辨率并不算小,可是编辑说我的图只有 96dpi,但杂志要求至少 600dpi,请问我该怎么设置? 答: 在picture/layout.../对话框的Targets中选择Bitmap,然后就可以自己输入需要的分辨率了.要保存为位图格式才可以.如果是JPG格式,还是 96dpi. 答: 呵呵,发现在 tools 下拉菜单的option 里.2. Diamond椭球图阴影画图如图中所示,怎么画出每个椭球中的阴影部分?我用的是3.1d版本.答 : 这个是在diamond中的 ' 原子设置中 ' 中选的 , 具体如下 : picture-------atoms design-------style and colors-------style 中选择 octant 即可.3.怎样建立氢键我这儿有一个 cif 文件,一个 tab 文件和两个已经用diamond作好的图,但不知道这两个图是怎么画出来的,想知道作图过程,请diamond高手用 word 或 pdf 写出作图过程.答:没什么技术含量的吧,堆积一下,删掉多余的原子,创建氢键就好.4.怎样建立单个分子diamond一打开 cif,就是堆积图,怎么才能显示一个分子.答:好像最新的更新包已经改过这个 bug 了.但是因为没有对应的破解程序,所以俺还是用以前的 3.0,经常遇到这个问题.如果你的分子间没有作用,即:没有乱七八糟的键连在一起,选中一个原子,然后,ctrol+M, 选中一个分子,然后,反选,即选中除该分子之外的所有分子,然后一键 delete, 就 ok 了.如果分子连成片,就删吧. 对于非中心分子,即含反离子的分子结构要小心,不要把反离子漏掉了.当然,如果不用画就没问题了.以上拙见,仅供参考. 答:diamond打开 cif 时选"建立单个分子",然后点完成,不要点下一步. 请教diamond画C60 遇到的问题 (1)我这个C60 在画多面体的时候,中间 inset 的 atom 的半径在每个面上都要自己一个一个去设定 radium,有没有同类原子半径一起设置的?里面没有找到. (2)当我把中间的 dummy 原子(就是为了画多面体的时候新加入的)的半径设为 0 后,如果想改 C60 的每个面的颜色的画,这个怎么改的? (3)最后问一下,我保存的图片中背景的diamond demonstrator 如何去掉. 另献上我第一幅diamond图,如下. 6.7. 答:1. 可以在 atom 设置里找到假原子直接设置 2. 以假原子为中心画多面体 3. 你用的应该是未破解版本. diamond中如何在螺旋链中插入一根棒diamond中如何在螺旋链中插入一根棒,以及如何看结构是单螺旋还是双螺旋结构,如何画出单,双螺旋结构? 答:插入几个哑原子,然后连键,进行一些设置就可以了.前段时间有人传了一些Diamond的说明,其中有一个文件就是详细说明这个棒怎么画的. 找到了这个文件,感谢原作者 Crystalsnet,我把它上传到纳米盘,你自己下载下来看看就知道怎么做了. 答:在孔道两侧虚拟两个原子,然后在这两个原子间成建,设置一下键参数就可以了! 答:具体说,选择两端的几个院子,再找这几个的中心位置,分别 insert atoms , 再连接心连接, insert bond, 在按你的意思 edit the bond. 如何去掉 M-C,M-H 连接打开一个晶体数据后,在 connectivity 中把 M-C,M-H 去掉后.再点 complete fragments 第 3 页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦 8. 9. 10. 11. 12. 13. 后,这些 M-C,M-H 又连上了,求助高手. 答:点下 connect now 再确定试试. diamond里面如何定义元素化合价怎么样定义元素的化合价,然后使半径比例随之改变??默认设置好像都是原子半径. 答:问题解决了,在 atomic parameter 里面. diamond画配位环境时到一定程度原子就长不出来了,是怎么回事今天用diamond画配位环境时画到一定程度(配位环境没画完)原子就长不出来了,不知是怎么回事?请高手指点,谢谢! 答:试试在"Type of sphere"中把 Rmax 值设大一些. 答:或者试试用小太阳符号"Fill coordination directly". 修改Diamond的默认单胞数我不知道动了什么参数让Diamond的默认单胞数为 2 了,也就是说每次一打开就是两个单胞里的不对称结构单元,在哪改回去吖? 答:菜单栏的 picture-->guidance-->picture creation assistant-->destroy all atoms, bonds 项选勾,下一步-->在 fill cell range with 项里选择需要的单胞数,按完成.OK!每次用diamond打开 cif 文件时,在引导项中注意选择单胞数,就可以控制显示的单胞数了. 在diamond里怎么让所有一定键长的原子连起来呢如题.我怎么选 connectivity,设上 DMAX,按 OK,不管用呢? 答:我这么做也不管用,后来就在读入 cif 之后先不生成图,先在connectivity 里设定要的健长范围就可以了. 答:那是没有设上,该了之后要再点一下需设原子才行. 答:管用的,应该是你操作有问题. 怎么取消透视图我用的是3.0 读完 cif 之后出现的直接是透视图,怎么取消啊? 答:应该是用Representation Settings. 答:用 central projection 命令! 绘制黄色和蓝色矩形请高手帮忙看一下图中的黄色和蓝色矩形区域如何画?通过原子建立平面时, 所得的矩形太大,不知道如何调整到所要的大小. 答: 好像Diamond里没法加这样的矩形框, 这个图好像中的矩形框应该是在其它软件中加的,或者不是用Diamond绘制的,比如,可以在 Word 里加矩形框,然后设置透明度或许可以. 答:在Diamond里加平面是很大,因为平面是无限延伸的,像这种有限的平面实际是些多面体,通过共面的点建立的,像拓扑图里经常出现一些表示两个面夹角的情况,就是这么做出来的,你可以尝试一下. 答:不错,用加多面体的方法,借助哑原子可以做的. 第 4 页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦 14. Diamond结构图寻求完美的颜色对比见识一下各位高手所作的 MS 或Diamond做晶体的结构图,主要想参照一下颜色搭配! 答:在 polyhedra designs 和 atom designs 里面改成你想要的颜色就行了呀. 第 5 页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦 15. 如何去掉Diamond中画的图Diamond背景字样求助Diamond中画的图copy到word中总有Diamond背景字样,如何去掉呀? 答:你用的那个版本没有破解. 16. 溶剂水没加氢如何画氢键我最近想画个氢键堆积图, 可是溶剂水没加氢, diamond画时溶剂水和羧酸氧上的氢用键显示不出来,求助高手我应该怎么办啊? 答:先加上氢了,或者你把所有的氢都删掉,直接把 O-O 之间用虚线连起来就可以了. 答:不加 H 直接连接 O..O 键容易被审稿人质疑的.最好还是想办法加加 H. . 答:给溶剂水加氢,先要从残余峰里面找到和氧的距离比较合适的,然后再去固定住一般就可以的. 答:我都是参照文献的氢键数值,直接在Diamond里设定 D...A 距离然后连接. 实在想做的完美,可以在解析结构时,使用 envi X 2,找出原子 X 周围较为合理的 H, 然后将其固定, 后者先在Diamond里找出形成氢键 D...A 的原子对, 然后在解析结构时在这两个原子之间加入 Dummy,并将 Dummy 定义为 H,然后对 H 进行固定,这样可能就合适了. 答:具体的情况很复杂,加 H 的技巧很多,实在一言难尽.17. diamond中怎么画堆积图diamond中怎么画堆积图啊?有机配体要怎么删除啊? 答:啥样的堆积图?把原子半径改大一点不行吗? 答:估计是你填充单胞不够. 18. 原子坐标图中的错误是怎么回事?怎样避免?谢谢. 答: 你那个弹出的错误提示正好把后面的挡住了, 不能移开一点再贴上来吗?只能帮你猜谜了,估计是原子坐标没给,因为其它地方不会提示这个错误的. 答:他好像不是从文件读入的结构信息,而是自己手动输入的,一般绘图软件都可以手动输入的. 19. 如想构造多面体请问如想构造多面体,中心原子有两个如 CeVO4,中心原子为 Ce 和 V 以配位原子为第 6 页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦 O 来构造两套多面体用什么办法? 答:先选中中心原子,然后在 object 里选 polyhedra,然后选 ligand 做边,如此重复两次就能得到两个多面体. 答:一般 XP 都是画配位环境图,基本上所有的图都能用Diamond做. 答:CeVO4 多面体骨架图: 20. 怎样美化diamond图实在没办法,自己对照着说明第一次画图,是 LiYF4 晶体. 白钨矿型四方晶系,空间点群 C6 4h-I4 1/a,晶胞参数 a=5.167,c=10.794 我自己画得不知道是什么,求哪位帮帮忙啊. 第 7 页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦 21. 22. 23. 24. 25. 26. 答:原子比例不太合适,原子小些棍粗些会比较美观;还有坐标上的箭头最好去掉然后把 abc 字体改大点,不然这样的图放到文章上字会看不清楚. 画拓扑重在选择节点,看你选择什么作为结构单元,如果是选某种原子那很方便,在diamond菜单中改变这种原子之间的默认键长; 如果选择的是两个原子的中心或者多个原子的中心,那就需要在shelx 程序中添加原子(cent/x 命令) ,然后再在diamond中改变默认键长.首先自己要了解清楚你的结构,然后选择合适的节点,有的时候从不同角度理解结构,可能会选择不同的节点. 答:画拓扑的话,做好用一下 olex,可以自动简化节点. diamond保存图片时可以设置分辨率吗用diamond画图,保存图片选择 tif 格式直接保存后,像素很低,感觉不清楚.diamond里可以设置,像素,分辨率,再保存吗? 答:当然可以.在 layout 里设置一下,600 最好. 答:一般 300 就可以了. 答: "当然可以.在 layout 里设置一下,600 最好. "这个好象是对 bmp 起作用. 关于diamond中氢键粗线设置问题如题,在diamond中,由 build-create h-bond 产生的氢键为较细的虚线,如何把氢键设置得粗一点我试了一下, 如果在 picture-bond design 设置粗细, 则氢键也会变成实线, 与其他的化学键分不开.麻烦大家指导如何把氢键设粗又还是保持虚线的形式? 答:首先进入 edit,选 edit bonds,然后选中你要设置的氢键类型,比如NO键,选中 design, 通过调节radius可以调节键的粗细, 然后在fragmenta tion里输入大于1的数字线就成虚线了,我一般选4,你可以自己调节. 答:你可以全选键然后加粗,点应用,不点确定. 控制晶体的层状结构数目Diamond画单晶的结构图,把 CIF 文件导入后,用 grow 命令的话,晶体的层状结构会一下长很多层,用什么命令才能实现我让它长两层就长两层?我想让它长三层就长三层? 答:用对称操作一个一个加,对称操作码在 platon 里面. 答;structure/fill/cell range 里面可以控制大小. 使用diamond生成氢键在使用diamond画图时, craete H-bonds 总是不成功, 没有氢键产生; 实际上存在氢键, 有哪位虫友也遇到过类似问题,帮小弟一把! 答:你设置供体和受体之间的距离了吗?先设置好氢键的距离. 答:必须有氢,否则无法 craete H-bonds. Diamond里面如何选择一个分子请问在Diamond里面有没有简单的方法直接选择一个分子?(除了 destroy 的时候选中分子中的一个原子就可以删除全部之外) 就像 xp 里面的 uniq 命令那样,谢谢. 答:右键有一个"select molecule" . 如何用diamond画 C-H……pai 和pai……pai 堆积如何用diamond画 C-H……pai 和pai……pai 堆积,请多指教. 答:用假原子,可以完成. 答: picture 中的 bond designs, 用出现复选框, Atom groups 中选择对象, style 在在 and colors 中有一个 fragmetation 选项,在它的旁边有一个可供选择的小箭头,按向上的箭头,选择你想要的虚线度,数字越大,虚线的长度越小. 先选定原子,在Diamond(一般是左下角)的 picture 工具栏里有一个图标,中间是个第 8 页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦 27. 28. 29. 30. 31. 棕黄色的小圆球,外面有一圈虚线,按一下那个图标试试看,应该可以. 或者在 build 中的 fix spere 即可. 或者 click built---fill----Rectangular---Area. 怎么插入假原子请教DIAMOND里,怎么在两原子中心插入一个假原子.谢谢! 答:选定两个原子 insert 就好啦,呵呵. 如何看两个原子间的距离请问用DIAMOND画图时,如何看两个原子间的距离.期待高手指点. 答:在 build 功能里,连及 INSERT--bond 两个原子,右键点击即可察看. 答:tool -----measure distance,然后在分别点击你所测的两个原子,将鼠标放到一个原子上就会出现距离. 怎样在diamond里测面与面之间的距离想通过测面面之间的距离来说明π-π 堆积,可是在diamond里面怎样测啊?答:Diamond的帮助文件里都有详细说明,自己查一下.平行平面之间的距离实际上就是点到面的距离.Diamond可以非常方便的测出,用 Tools/Measure Planes etc 命令. 答:先选中一个平面中所需原子, Objects->planes-> creat plane from atoms;同样建立第二个平面.;tools->calculate->distance from planes.Diamond里面原子符号的上标怎么弄想标原子名称,而且有对称符号,如i, ii, iii之类的,请问在Diamond里面怎么把他们弄成上标啊?谢谢! 答:可object--->text 然后打 i, 加入后移动到某原子那, 比如 Cd1i (i 为上标). 答:要标某原子, 点到那原子, right click, add--->label. 答:画完图后在 photoshop 中处理就行. 答:点右键 add: atom label;点右键 edit atom label 中 content 的下拉菜单,找到 (individual type) ;然后在下面 ndividual 对话中输入你要表达的内容,点 OK 就行了. 答:我一般在微软的画图工具中进行标记. 如何用diamond画纳米空心管最近看到了一篇关于纳米管的文献, 很好奇里面的空心管是如何画出来的, 我用diamond画出了那种圆柱管,但不知道怎样把它弄成空心的,因此在这里请教一下高手了. 答:可以参考,photoshop 画空心圆第 9 页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦 32. 33. 34. 35. 36. 用椭圆选择工具画圆,然后"描边" ,选择好描边的宽度,颜色,位置就可以了.其中, 描边的位置有居内,居中,局外三种,我们把描边宽度设的宽点就可以清楚的看到这三种位置有什么区别. 但是描边的宽度大到一定像素(比如30)就不圆了.这时候的方法是,新建图层上做圆形选区,填充一个颜色,然后变换选区,删掉多余的. 具体做法:Alt+Delete 填充前景色——右键"变换选区"——Shift+Alt+鼠标拖动角部控制块,以中心为固定点等比缩小合适大小——按下 Enter 键确定——按下 Delete 键删除移动后的选区内容. 变换选区也可以通过按键"Alt+s+t" (Alt+s 是键盘打开"选择"菜单的方式,T是选择菜单下的"变换选区" )实现. 如果使用快捷键"Ctrl+T" ,这是"自由变换"快捷键.它是对被选中的对象进行变换, 不针对选区自身. 如果使用"Ctrl+Alt+T" ,则是对选中对象的复制并进行自由变换.这个当它出现和变换选区一样的手柄框时, 可以用鼠标拖动来看到是复制了一个出来了, 而且是对复制的对象进行变换,也不是对该选区进行变换. 怎样去掉不合理的键有些键是不合理的键连,怎样才能去掉这些键? 答:build--->connectivity 可以改吧. 答:如果你要删除的是一类键,可以在右侧下拉框找到 table of bond group,上面会有键的列表,找到你要删的一类键,右键 select by group,发现图片上所有的这类键的会被选中.然后再图片上对准选中的其中一个键,右键选删除便可. 答:在 buil——connectivity 里,上面是键的类型,下面的框是键长,在上面把你不想要的键的类型前面的框里的对勾去掉,下面的键长可以输入你认为合适的范围. 怎样在grow的时候添加上非键的原子我在用diamond的时候,在使用grow 的时候不知道为什么非键的原子未被增加,请问这个问题怎么解决啊? 答:grow 只会将已经存在的并且成键的原子向外延伸,非键的原子当然就不会增加了. 如果要非键原子一同产生的话可以用 fill功能.diamond画图如何只长几个分子我用diamond画图,是多核的配合物,我想只长出几个分子,怎样可以实现呢,如果把一个晶胞都填充了再删好像很麻烦啊. 答:用 GET MOLECULES 命令就可以做到. 答:你的如果不是多核应该很好画的,选中任意一个原子,按住 ctrl+alt+S 就可以长出该原子附件的所有原子,叙述不大清楚,楼主试试就可以吧. 答:选中一原子--build---fixed spheres--设置数值. 如何改变背景颜色背景色是黑色怎么变成白色啊? 答:在 picture-layout-background 里,也可以刚进去软件时设置. 用diamond输出黑白图因为投稿彩图收费的问题,所以我打算用黑白图画晶体,可是我只会画彩图,不知道怎么弄成黑白的,请高手指点,不胜感激! 答:这个问题很好解决.你将Diamond图片贴到Word 里后,在设置对象格式里将图片颜色设为灰度就可以了. 答:你也可以在用Diamond绘图时就把它绘成灰白的,因为原子的颜色等在Diamond第 10页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦里是可以调整的. 37. 用diamond计算MOF 微孔得到一个MOF,但不知道怎么算孔有多大? 答:孔隙率还是孔直径?孔隙率的话用 PLATON 算,孔直径的话就直接量距离再减范德华半径. 38.diamond的legend问题在diamond中如何把右下角legend中图中没有的原子隐藏起来而只显示图中有的原子. 答:这个没法隐藏的,不过你可以在 Structure/Atomic Parameters 对话框里将你不需要的原子删除, 然后再绘图就可以了. 还有一个办法就是做好图后在 Build/Atom Groups 对话框中将你计划要隐藏的原子Assign 给其它原子就可以了. 答:可以隐藏,在编辑 legend 里面最下面的 Select 里,将需要隐藏的原子勾掉就可以了. 答:把鼠标放在 legend 上面.点右键,弹出对话框,在 display 前的筐子里的钩子去掉即可. 第 11 页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦 39. 请问怎样在diamond里面看配位数我的理解是这样的,把某目标原子的配位多面体做出来,查顶点个数就行了.但是在diamond里面,做配位多面体的自由度很大,我可以设定配位多面体顶点与目标原子的最大距离,这样一来配位多面体就很主观了,我不知道这个问题怎么办? 答:你应该现在 Build/Connectivity 调整键长,然后再做多面体就可以了. 答:这就要依据你的金属原子和配位原子之间的键长了,一般的金属(如主族金属,过渡金属,稀土金属)与常见的配位原子(O 和 N)之间的键长都不超过 3.0.有的文章即使报道超过 3.0 的也不称之为键长, 而是叫做弱作用. 这种弱作用也可以参与多面体的形成.个人意见,仅供参考. 40. Diamond 3 里面如何画示意箭头Diamond 3 里面如何画示意箭头答:我都是先画好图再在 PPT 里加的. 答:画好后,转为 .tif 文件后用画图软件添加. 41. Diamond中晶胞的白线如何去除Diamond中晶胞的白线如何去除答:Build/Destroy/All Cell Edges. 答:可以在快截菜单栏点那个 X,然后选择 cell edge. 42. 求助-如何在diamond中画C-H...π相互作用图急求助高手指点,如何在diamond中画C-H...π相互作用图啊,非常感谢! 答: 你先找到芳香环的中心并给出一个 dummy,然后连接 H 与dummy, 再把 dummy 设置为 invisible 就行了. 43. diamond和XP画图及处理图片问题用diamond和Xp画图画完图后,大家用什么方法处理成符合发表要求的图片的?我们是画完图后存成.bmp格式(diamond画图时) ,然后用HyperSnap-DX 5(一种截图软件) 将图片截出来,再直接复制到word文档中,可是这样处理的图像虽然看起来很清楚, 但是打印出来的图像质量很不好(虚) ,请教一下高手,怎么处理才能使打印出来的图像不虚? 答:diamond可以调分辨率的同时我们一般保存为tif 不要bmp 不知道别人如何. 答:直接在 pdf 中截图贴进 word 也可以啊.要看杂志的,有的杂志要求你提供 pdf, 有的是 ps,tif,bmp 等不同的. 44. diamond里面的坐标我的diamond里面的坐标看不见了 , 我设置好的为什么看不见呢 , objects—— coordination system,但是还是看不见无论是在边上还是在中心,都看不见,郁闷. 答:在 objects-coordination system 里面将 X, Y 的值改一下,可能会找到. 第 12 页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦 45. 讨论一下Diamond ,XP以及Mercury中哪一个画出的图是真实的Diamond ,XP以及Mercury中哪一个画出的图是真实的,这个不太明白啊.大家来讨论一下吧!例如我的一个晶体数据用XP画时,显示高氯酸根中的氧原子与Cu之间有虚线连接(即弱的相互作用) ,而用Mercury看时高氯酸根中的氧原子与Cu则是之间连接了起来,当用Diamond画时单核的Cu则由高氯酸根中的氧原子连接成了一维的链,到底以哪一为准啊? 答:看一下距离吧~和经典键长对比下个人觉得以 xp 为准. 答: 主要是设置的键长不同画出来的结构就不同看一下 Cu 与 O 之间的距离再与经典键长比较看是否成键. 答:diamond的键长也是设置的,在编辑(edit)中就可以随意设置,你所说的问题是diamond默认的. 第 13 页共 13 页。
VASP参数设置详解(精)
VASP参数设置详解计算材料2010-11-30 20:11:32 阅读197 评论0 字号:大中小订阅转自小木虫,略有增减软件主要功能:采用周期性边界条件(或超原胞模型)处理原子、分子、团簇、纳米线(或管)、薄膜、晶体、准晶和无定性材料,以及表面体系和固体l 计算材料的结构参数(键长、键角、晶格常数、原子位置等)和构型l 计算材料的状态方程和力学性质(体弹性模量和弹性常数)l 计算材料的电子结构(能级、电荷密度分布、能带、电子态密度和ELF)l 计算材料的光学性质l 计算材料的磁学性质l 计算材料的晶格动力学性质(声子谱等)l 表面体系的模拟(重构、表面态和STM模拟)l 从头分子动力学模拟l 计算材料的激发态(GW准粒子修正)计算主要的四个参数文件:INCAR ,POSCAR,POTCAR ,KPOINTS,下面简要介绍,详细权威的请参照手册INCAR文件:该文件控制VASP进行何种性质的计算,并设置了计算方法中一些重要的参数,这些参数主要包括以下几类:对所计算的体系进行注释:SYSTEM●定义如何输入或构造初始的电荷密度和波函数:ISTART,ICHARG,INIWA V●定义电子的优化–平面波切断动能和缀加电荷时的切断值:ENCUT,ENAUG–电子部分优化的方法:ALGO,IALGO,LDIAG–电荷密度混合的方法:IMIX,AMIX,AMIN,BMIX,AMIX_MAG,BMIX_MAG,WC,INIMIX,MIXPRE,MAXMIX–自洽迭代步数和收敛标准:NELM,NELMIN,NELMDL,EDIFF●定义离子或原子的优化–原子位置优化的方法、移动的步长和步数:IBRION,NFREE,POTIM,NSW–分子动力学相关参数:SMASS,TEBEG,TEEND,POMASS,NBLOCK,KBLOCK,PSTRESS–离子弛豫收敛标准:EDIFFG●定义态密度积分的方法和参数–smearing方法和参数:ISMEAR,SIGMA–计算态密度时能量范围和点数:EMIN,EMAX,NEDOS–计算分波态密度的参数:RWIGS,LORBIT●其它–计算精度控制:PREC–磁性计算:ISPIN,MAGMOM,NUPDOWN–交换关联函数:GGA,VOSKOWN–计算ELF和总的局域势:LELF,LVTOT–结构优化参数:ISIF–等等。
行业资料网站免费下载大全
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极化曲线拟合(转自小木虫)
极化曲线拟合(转⾃⼩⽊⾍)本⼈说明,这种⽅法对极化曲线的分析⽅法的准确性是建⽴在你对tafel区准确的选择上的,能⽤电化学⼯作站的软件分析,尽量⽤其分析。
⽊办法时可以采⽤这种⽅法。
对错本⼈概不负责。
1,极化曲线,⾸先在全部的曲线上选取合适的tafel区。
2,3,知道要选取的tafel区后(假设红框⾥⾯),然后你要知道的是你选取的tafel区中点的序数,也就是说要知道红框中的点的起始数和终⽌数。
4,找出起始数和终⽌数,在origin中,点击图⽰中的图标找点的序数,5,如图找到这个点的序数为第78个点,然后依次找到tafel区的点,在这段曲线中阴极tafel区选的点位78—193号点。
阳极tafel 区点位为206—289号点,5,说明:在这个区域中红框中的点如果选⼊对后⾯的拟合误差影响较⼤,因此没有选⼊。
6,阳极tafel区拟合⾸先做出阳极tafel区曲线,即点206—289号点的曲线,如图:然后对曲线进⾏平滑:Origin操作步骤为:Analysis—smoothing—FFT Filter,点击后出现对话框如图:点击确认,如果曲线平滑前后差别较⼤,可以将enter number of points中的数值改⼩即可。
平滑后的曲线如下图:Analysis—Fit linear,点击后即会出现这段曲线的线性拟合直线,如图:图形为下图:然后阴极tafel区的线性拟合过程是⼀致的。
即点78—193的拟合后图形如图:、7,这样我们分别得到三张图:完整的tafel曲线,阳极tafel选区的拟合,阴极tafel选区的拟合曲线。
现在要做的就是讲这三张图合并在⼀起。
Origin操作和简单如下:9,如图得到的三张曲线,进⾏合并,origin操作:10,找到图层合并按钮,点击后保存旧图后,弹出对话框:11,接下来弹出来的对话框点击确认就可以了。
然后得到的就是合并后的图,如图:12,⼤功告成。
嘿嘿。
13,⾃带的分析软件分析为:14,感觉⽐⼿动分析的要精准⼀点。
金属材料相图计算与性能模拟软件JMatPro演示版 - 材料综合 - 小木虫 - 学术 科研 第一站
金属材料相图计算与性能模拟软件JMatPro演示版
作者: navylin 发布日期: 2008-09-08
金属材料相图计算与材料性能模拟软件
什么是JMatPro?
 液相的粘性及扩散速率
 杨氏/体积/剪切模量、泊松比
机械性能计算
 强度及硬度随温度和应变速率变化
硕博家园考研考博找工作留学出国外语翻译求助计算模拟电化晶体环境催化
分析有机合成化工技术精细化工化学工具化学综合高分子材料综合纳米物理药学综合新药研发
医学综合生物科学地学食品理工信息科学理财经济管理有奖问答木虫知道文献检索
检索知识专利标准学术资料学术工具电脑资源精粹资源
主界面:
下载地址:ftp:///用户名:free#
密码:
应广大网友的要求,已经上传到56邮箱,邮箱地址为navylin@。
 钢铁淬火性能的模拟计算
主要特点:
 广泛且经验证的模拟计算,确保性能的准确预测。
 快速和正确的计算能力。
JMatPro能够进行以下材料性能的计算模拟:
百度、google、豆丁、优酷、CNKI、小木虫、贵州省数字图书馆、万方数据库查找和下载资料的优缺点。
第二次作业百度、google、豆丁、优酷、CNKI、小木虫、贵州省数字图书馆、万方数据库查找和下载资料的优缺点。
1、百度优点:百度搜索引擎拥有目前世界上最大的中文搜索引擎,它属于中国的网站,搜索速度快,界面简约;中文为主,对用中文搜索,效果是最好的;对于国人的阅读和浏览更为熟悉、服务更加本土化,总量已经超过3亿页以上,并且还在保持快速的增长。
百度搜索引擎具有高准确性、高查全率、更新快以及服务稳定的特点,能够帮助广大网民快速的找到自己需要的信息,因此深受网民的喜爱。
是人们最常用的搜索引擎之一,常用于搜索网页、图片和mp3。
缺点:页面布局不合理、页面没有充分利用;更新时间迅速的优势没有充分发挥;商业味太重,你搜索的关键字的首页基本都被竞价排名出价高的企业占据了,很难找到你需要的真正自然搜索的结果,百度的搜索排名技术不够权威。
搜索结果中广告、垃圾网站和死链比较多。
2、Google优点:Google 目前被公认为全球最大的搜索引擎,它提供了简单易用的免费服务,用户可以在瞬间返回相关的搜索结果。
在访问Google 主页时,可以使用多种语言查找信息、查看新闻标题、搜索超过10 亿幅的图片,并能够细读全球最大的Usenet 消息存档,其中提供的帖子超过10 亿个,时间可以追溯到1981 年,页面布局合理新闻更新及时;单位面积信息量较大,图片使用的较为充分;关键词邮件订阅服务Google alert 可以提供网页及新闻的及时信息提供,它是功能强大,易用性最强的搜索网站,搜索速度快而且提供了最丰富的高级搜索功能。
如果搜索国外的信息,那么它可以算是较快的。
缺点:死链率比较高是Google最大的问题,中文网站检索的更新频率不够高,不能及时淘汰已经过时的链接。
站点有时会出现不稳定的情况、登陆缓慢、很多网页无法打开,一部分新闻源是国外站点,会无法登陆;操作过于复杂,查询中文信息本土化有待加强3、豆丁网优点:是全球优秀的C2C文档销售与分享社区。
小木虫emuchnetX射线光电子能谱数据处理及分峰步骤
03
分峰步骤
初步分峰
初步分峰是X射线光电子能谱数据处理的第一步,主要是将原始谱图中的峰进行初步 的分类和识别。
在初步分峰中,需要确定每个峰的位置、强度和半高宽等参数,以便后续的参数调 整和优化。
初步分峰的结果可以为后续的优化分峰参数提供基础数据,提高分峰的准确性和可 靠性。
优化分峰参数
优化分峰参数是X射线光电子能谱数据处理的重要步骤,主要是对初步分峰结果中的参数进行优化和调 整。
未来研究可以进一步探索数据处理及分峰的新算法和技术, 以更好地满足实验需求,推动相关领域的发展。
THANKS
感谢观看
在优化分峰参数中,需要综合考虑每个峰的位置、强度、半高宽等参数,以及相邻峰之间的相互关系和 干扰因素。
通过调整参数,可以进一步提高分峰的准确性和可靠性,为最终的分峰结果分析提供更加准确的数据基 础。
最终分峰结果分析
最终分峰结果分析是X射线光电子能谱数据处理 的最后一步,主要是对优化后的分峰结果进行 分析和解释。
校准
对背景校正后的数据进行校准,确保 能量标度的准确性。
谱峰提取
阈值设定
根据信号强度设定阈值,提取出有效的谱峰信息。
峰位确定
通过拟合或识别算法确定谱峰的峰值位置。
谱峰拟合
拟合模型选择
选择合适的拟合模型,如高斯或洛伦兹函数,用于描述谱峰形状。
参数优化
通过迭代算法优化拟合参数,使拟合结果与实际数据相匹配。
手动调整
根据初步拟合结果,手动调整峰位和峰形, 确保每个峰都得到准确的拟合。
质量控制
检查分峰结果,确保每个峰都符合预期,并 对异常数据进行处理。
结果分析实例
元素定性分析
根据分峰结果,确定样品中存在的元素种类。
钯碳脱alloc机理 小木虫
钯碳脱alloc机理小木虫全文共四篇示例,供读者参考第一篇示例:钯碳脱alloc技术是一种很有前景的绿色催化技术,其机理是通过钯催化剂将碳-氮键转化为碳-碳键的过程,具有环境友好、高效、底价等优点,在有机合成及配体化学领域有着广泛的应用。
本文将介绍钯碳脱alloc机理,以及它在小木虫中的应用。
我们来详细了解一下钯碳脱alloc的机理。
alloc(Acetoacetyl)基团是有机分子中的一种保护基团,包含两个氮原子与一个酮基团相连。
在合成过程中,alloc基团可以很容易地被钯催化剂去掉,使氮原子与碳原子发生连接,从而得到碳-碳键。
钯催化剂在这个过程中扮演着关键的角色,通过与alloc基团发生反应,去除alloc基团继而催化碳-氮键的转化。
钯碳脱alloc的机理可以用以下示意图表示:钯催化剂与alloc基团发生配体替换反应,得到活性的钯中间体。
随后,碳-氮键与钯中间体发生还原消除反应,生成碳-碳键。
最终,释放出NH3和醛类的产物,完成碳-氮键的还原过程。
在有机合成反应中,alloc基团的去除是一个常见的步骤,而钯碳脱alloc技术正是解决这一问题的有效方法。
其不仅可以高效地将碳-氮键转化为碳-碳键,还具有良好的底价和环境友好等优点。
钯碳脱alloc技术还可以被应用在一系列的有机反应中,如亲核取代、偶合反应等,为有机合成化学提供了一种重要的工具。
在小木虫中,钯碳脱alloc技术也被广泛应用。
小木虫是一种功能强大的有机合成软件,可以帮助化学研究人员进行有机分子的结构设计和反应路径的预测。
通过钯碳脱alloc技术的应用,小木虫可以指导合成路径的设计,优化反应条件,提高产率和选择性,加速新化合物的发现和开发过程。
钯碳脱alloc技术是一种重要的有机合成技术,其机理简单清晰,应用广泛且高效。
在小木虫中的应用为化学研究领域带来了新的机遇和挑战,促进了有机合成化学的发展。
相信随着技术的不断完善和研究的深入,钯碳脱alloc技术会为化学领域带来更多的创新和突破。
Intel Visual Fortran安装+使用详细讲解
Intel Visual Fortran安装+使用详细讲解好久都没有用Fortran了,这两周由于帮老师做事,就写了两个插值程序。
刚刚去论坛里面搜了一下关于IVF的帖子,发现不是很多,个人感觉某些不怎么详细,从我第一次接触IVF 已经有三年了,下面我就把我对于IVF的认识和理解跟大家分享咯,求各位同仁不喜勿喷... 简介:Intel Visual Fortran(IVF)和Compaq Visual Fortran(CVF)类似,都是用来编写Fortran语言的一个编译器,IVF看名字就知道,它是由Intel公司开发,而CVF则是由HP公司开发,之前看到一个帖子说,HP公司的CVF开发团队加盟到了Intel公司,或者可以说Intel公司收购了HP公司的这个团队,而CVF6.6从2006年开始就不再开发新的CVF系列版本了,这么多年以来CVF也确实没有 6.7、6.8......之后的版本出现,转而出现的确实IVF2010,IVF2011,IVF2013的新版本的出现。
这就说明IVF是以后的主流趋势,而CVF只能成为我们的回忆,值得一提的是,IVF肯定是在CVF的基础上发展起来的,因此我们用到IVF的时候,会有一种熟悉的感觉。
Q1:为什么要用Intel Visual Fortran?我第一次接触到IVF是当时我的电脑(Win7)不能正常使用CVF版本,会出现各种意想不到的问题(反正我是遇到过得,搞得编程的心情都没有了),论坛里面也有一些什么破解的方法,都不管用,于是就在“小木虫”论坛里面看到了IVF,到目前为止,我用IVF在Win7的32位和64位的电脑上没有出现任何不兼容的问题(CVF是不支持64位机子的)。
我自己的理解是新版本的出现,先不从稳定不稳定来说,肯定是有它的优势所在,Fortran标准的版本也在逐步的修改,比如将面向对象这些加入进来,以前版本的编辑器或许就不能支持了。
因此,用IVF编写Fortran程序是一种与时俱进的趋势。
手把手教你做PCR引物设计来自小木虫
PCR引物设计的黄金法例1.引物最幸亏模板 cDNA的守旧区内设计。
DNA序列的守旧区是经过物种间相像序列的比较确立的。
在NCBI上搜寻不一样物种的同一基因,经过序列剖析软件(比方DNAman)比对(Alignment ),各基因同样的序列就是该基因的守旧区。
2.引物长度一般在 15~30 碱基之间。
引物长度( primer length )常用的是 18-27 bp,但不该大于 38,由于过长会致使其延长温度大于 74℃,不适于 Taq DNA 聚合酶进行反响。
3.引物 GC含量在 40%~60%之间, Tm值最好靠近 72℃。
GC含量( composition )过高或过低都不利于引起反响。
上下游引物的 GC含量不可以相差太大。
此外,上下游引物的 Tm值( melting temperature )是寡核苷酸的解链温度,即在必定盐浓度条件下, 50%寡核苷酸双链解链的温度。
有效启动温度,一般高于Tm值 5~10℃。
若按公式 Tm= 4(G+C)+2(A+T)预计引物的Tm值,则有效引物的Tm为 55~80℃,其 Tm值最好靠近 72℃以使复性条件最正确。
4.引物 3′端要避开密码子的第 3 位。
如扩增编码地区,引物3′端不要停止于密码子的第 3 位,因密码子的第 3 位易发生简并,会影响扩增的特异性与效率。
5.引物 3′端不可以选择 A,最好选择 T。
引物 3′端错配时,不一样碱基引起效率存在着很大的差别,当末位的碱基为 A 时,即便在错配的状况下,也能有引起链的合成,而当末位链为 T 时,错配的引起效率大大降低,G、C错配的引起效率介于A、T 之间,所以 3′端最好选择 T。
6.碱基要随机散布。
引物序列在模板内应当没有相像性较高,特别是3’端相像性较高的序列,不然简单致使错误引起(False priming )。
降低引物与模板相像性的一种方法是,引物中四种碱基的散布最好是随机的,不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。
Xpert Highscore 使用经验之论坛总结
X'pert highscore +X'pert highscore plus 2.0的安装及pdf卡片导入方法1、点击setup.exe 运行2、单位(Organization)随便填就ok。
软件一般默认安装在c盘卡片pdf_2002导入方法:(说明:X'pert highscore 只能导入pdf_2002)1、解压pdf_2002,将其放到软件安装目录下;2、不要忘记解压pdf_2002子文件夹下的pdf.ISO文件;3、打开软件X'pert highscore,按以下步骤导入,Customize—Program Settings—Reference Patterns;在Folder for the converted reference database及Folder with original ICDDPDF2files两项中将安装路径修改为c\Program Files\PANalytical\X'Pert HighScore\pdf_2002\pdf_2002\pdf\Pdf2;4、点击Start conversion of ICDD Database,等待导入即可完成。
软件X'pert highscore Plus安装方法:1、解压文件后,点击PANalytical X'Pert HighScore Plus.msi进行安装;卡片pdf_2004导入方法:1、解压pdf_2004,将其放到软件相应安装目录下;2、打开软件X'pert highscore Plus,导入步骤基本同上;Customize—Program Settings—Reference Patterns;在Folder for the converted reference database及Folder with original ICDDPDF2files两项中将安装路径修改为c\Program Files\PANalytical\X'Pert HighScore Plus\pdf_2004;3、点击Start conversion of ICDD Database,等待导入即可完成。
小木虫文献管理软件endnote问题总结
使用Endnote和word链接时常出的问题及解决办法经常在使用在endnote中,遇到一些麻烦,到网上找原因啊,最后卸载重装,还是不行,浪费了很多时间,现介绍几点常见的问题:1 重装后word里边endnote不见了解决办法1:打开WORD,选择菜单栏“工具”,再选择“自定义”,打开后在“endnote”选项前打钩。
然后就可以看到了解决办法2:如果说找不到word里面的endnote插件了,工具栏菜单里也找不到,那就在endnote安装目录里找到EN8Cwyw.dot/EN8Cwyw.WordXP.wll这2个文件,copy到C:\Documents and Settings\你的用户名\Application Data\Microsoft\Word\STARTUP,重启一下word,这样endnote插件就在word 中出现了。
2 Endnote管理的文献在word中乱套解决办法1:在word中,选择菜单工具-选项-视图取消勾选域代码就可以了3 使用过程中不知名的问题导致Word自动禁用了Endnote工具条。
解决办法1:启动了Word,点“帮助”-“关于Microsoft Office Word”,点击“禁用项目”,选取带有Endnote字样的列表项,启用!重启Word,问题解决!4 一般杂志社要求参考文献中期刊显示缩写,但有些要求全名;但当你修改了edit–>output style–>open style manage选项,在journal中选中了“use full jounral name”的选项,可是,每次显示还是只显示期刊的缩写,而没有期刊全名。
这就要求我们自己设计一下,请看:endnote插入完整期刊名文献的完美解决!设计时,不必”一个杂志一个杂志的填入”,期刊的缩写和全名一次导之!!EndNote本身提供三个不同学科(医学、化学、人文科学)的期刊全文及缩写列表,就在C:\Program Files\EndNote8\Term Lists中!你可以把他们导入你的Journals term list !现在就按我的步骤一步步下来吧:⒈打开你的文献库(File→Open→Open Library……);⒉Tools→Open Term Lists→Journals Term List;⒊在Terms中将所有期刊列表选中(反黑)→Delete Term;⒋在Lists中,选中Journals →Import List;⒌ 选择C:\Program Files\EndNote8\Term Lists,看到Medical.txt(医学类杂志)并选中后,按“打开”,EndNote自动导入,(⒋和⒌这两步重复进行可把 Chemical.txt化学和Humanitites.txt人文科学也导入) ;⒍现在,回到Terms可看到共导入12110个期刊(三个不同学科即医学、化学、人文科学都导入的结果,你也可任选1或2个学科导入),选中任意一个期刊→Edit Term;怎样?期刊的全名和缩写都有,您甚至可在此修改期刊的缩写,满足投稿的需要!注意:你如果有多个数据库,则每个数据库都要如此设计一次!⒎这以后,你再修改edit–>output style–>open style manage选项,在journal Names中选中“use full jounral name”的选项后,显示的就不会是期刊的缩写了,是期刊全名!!!哈哈!5 遇到了再补充。
Diamond软件问题集锦
小木虫Diamond软件问题集锦晶体版版主yanhualover2010年6月13日1.Diamond出图时怎么设置dpi数目我在使用Diamond出图时分辨率并不算小,可是编辑说我的图只有96dpi,但杂志要求至少600dpi,请问我该怎么设置?答: 在picture/layout.../对话框的Targets中选择Bitmap,然后就可以自己输入需要的分辨率了.要保存为位图格式才可以。
如果是JPG格式,还是96dpi.答: 呵呵,发现在tools下拉菜单的option里.2.Diamond椭球图阴影画图如图中所示,怎么画出每个椭球中的阴影部分?我用的是3.1d版本.答:这个是在diamond中的'原子设置中'中选的,具体如下:picture-------atoms design-------style and colors-------style中选择octant即可。
3.怎样建立氢键我这儿有一个cif文件,一个tab文件和两个已经用diamond作好的图,但不知道这两个图是怎么画出来的,想知道作图过程,请diamond高手用word或pdf写出作图过程。
答:没什么技术含量的吧,堆积一下,删掉多余的原子,创建氢键就好。
4.怎样建立单个分子diamond一打开cif,就是堆积图,怎么才能显示一个分子。
答:好像最新的更新包已经改过这个bug了。
但是因为没有对应的破解程序,所以俺还是用以前的3.0,经常遇到这个问题。
如果你的分子间没有作用,即:没有乱七八糟的键连在一起,选中一个原子,然后,ctrol+M, 选中一个分子,然后,反选,即选中除该分子之外的所有分子,然后一键 delete, 就ok了。
如果分子连成片,就删吧。
对于非中心分子,即含反离子的分子结构要小心,不要把反离子漏掉了。
当然,如果不用画就没问题了。
以上拙见,仅供参考。
答:diamond打开cif时选“建立单个分子”,然后点完成,不要点下一步。
atrust使用方法
atrust使用方法【原创版3篇】目录(篇1)1.atrust 简介2.atrust 使用方法3.使用 atrust 的注意事项正文(篇1)【1.atrust 简介】atrust 是一款专业的电子邮件签名工具,可以帮助用户快速方便地签署电子邮件。
通过使用 atrust,用户可以确保邮件的完整性和真实性,同时还可以给邮件添加个性化的签名,提高邮件的专业性和可信度。
【2.atrust 使用方法】atrust 的使用方法非常简单,以下是详细的操作步骤:Step 1:安装 atrust首先,用户需要在自己的电脑上安装 atrust 软件。
用户可以直接从atrust 官网上下载软件,然后按照提示进行安装。
Step 2:创建签名安装完成 atrust 后,用户需要创建自己的签名。
在 atrust 软件中,用户可以自定义签名的内容、字体、颜色等,以确保签名的个性化和专业性。
Step 3:设置邮件客户端在创建好签名后,用户需要将 atrust 设置为自己的邮件客户端。
用户可以在 atrust 软件中选择自己使用的邮件客户端,然后按照提示进行设置。
Step 4:使用 atrust 签署邮件在完成以上设置后,用户就可以使用 atrust 签署邮件了。
当用户发送邮件时,atrust 会自动在邮件中添加用户的签名,确保邮件的完整性和真实性。
【3.使用 atrust 的注意事项】在使用 atrust 时,用户需要注意以下几点:1.确保软件的合法性在安装 atrust 时,用户需要确保软件的合法性,避免安装盗版软件或者恶意软件。
2.保护好个人信息atrust 可以存储用户的个人信息,如邮箱账号、密码等。
因此,用户需要保护好自己的个人信息,避免泄露。
3.定期更新软件为了确保 atrust 的稳定性和安全性,用户需要定期更新软件。
目录(篇2)1.atrust 简介2.atrust 使用方法3.atrust 使用注意事项正文(篇2)【1.atrust 简介】atrust 是一款用于安全存储和管理敏感信息的软件,它可以帮助用户加密文件和文件夹,以防止数据泄露。
temu操作流程
temu操作流程
在使用temu时,我们需要按照一定的操作流程来进行操作,以
确保能够顺利完成所需的任务。
下面将介绍temu的操作流程,希望
能够帮助大家更好地使用这一工具。
首先,打开temu软件并登录自己的账号。
在登录成功后,我们
会看到temu的主界面,这里有各种功能按钮和菜单供我们选择和操作。
接下来,我们需要根据自己的需求选择相应的功能,比如创建
新的文档、编辑已有文档、分享文档等。
在创建新文档时,我们可以点击“新建文档”按钮,然后填写
文档的标题和内容。
在编辑已有文档时,我们可以选择需要编辑的
文档,然后进行修改和保存。
在分享文档时,我们可以点击“分享”按钮,选择分享的方式和对象,然后进行分享操作。
除了上述的基本操作外,temu还有一些高级功能,比如文档版
本管理、评论和反馈、权限设置等。
在进行这些操作时,我们需要
根据具体情况选择相应的功能按钮和菜单,并按照提示进行操作。
在使用temu的过程中,我们需要注意保存文档,以防止意外丢
失。
此外,我们还可以使用temu的搜索功能来查找自己需要的文档,这样可以节省很多时间。
总的来说,temu是一个功能强大的文档管理工具,能够帮助我
们更好地管理和分享文档。
通过按照上述的操作流程进行操作,相
信大家能够更好地利用temu来完成自己的工作。
希望以上内容能够
对大家有所帮助,谢谢!。
珠心算练习题哪个好
珠心算练习题哪个好在当前教育环境中,家长普遍关注孩子的学习情况,为了提高孩子的数学计算能力,许多家长开始选择珠心算练习题来辅助孩子的学习。
然而,市面上的珠心算练习题琳琅满目,如何选择适合孩子的优质珠心算练习题成为了一个问题。
本文将为家长们介绍几种优质的珠心算练习题,以帮助家长们做出明智的选择。
一、纸质书籍类1.《天才珠心算》系列《天才珠心算》系列是知名教育出版社出版的一套珠心算教辅书籍。
该系列根据学生的年级和能力水平,编写了一系列有针对性的练习题。
每本书都注重培养学生的逻辑思维和计算速度,同时附带了详细的解题思路和答案,方便家长及时纠正。
2.《珠心算练习题集》《珠心算练习题集》是一本常用的练习题集,适合各年龄段的孩子。
该书中的题目设计灵活多样,既有基础题目,也有难度适中的拓展题目。
而且,每道题目都有详细的解答,使得学生在自主练习时可以及时找出自己的错误,并有针对性地进行调整。
二、电子软件类1.小木虫珠心算小木虫珠心算是一款专为学生设计的珠心算练习软件。
该软件根据学生的年级和能力水平,提供了一系列系统化的练习题。
而且,软件中的题目包含了自动生成题目、速度测试、闯关模式等多种模式,寓学习于娱乐之中,让孩子在轻松愉快的氛围中提高计算能力。
2.口算训练营口算训练营是一款通过游戏形式提高学生珠心算能力的软件。
孩子在使用该软件时,可以扮演着勇敢的小勇士,通过闯关和挑战来提高自己的计算能力。
软件中设置了多个关卡和挑战,每次完成任务都会有相应的奖励,增加了孩子的学习动力。
三、在线平台类1.中国珠心算教育网中国珠心算教育网是一个专业的珠心算教育平台,为学生提供了大量的珠心算练习题。
该平台上的练习题多样且涵盖了各个年级的内容,同时,还可以根据学生的能力水平进行智能匹配,让学生能够找到适合自己的练习题。
2.面向家庭珠心算平台面向家庭珠心算平台是一个开放的在线练习题平台,家长和学生可以根据自己的需求自由选择练习题。
该平台的练习题具有一定的难度,并且每个题目都有声音提示,方便学生独立完成。
单晶数据转为XRD数据
用Mercury把单晶数据导出为XRD数据
单晶数据其实和XRD数据是相同的,单晶数据是更加准确的X RD数据,单晶数据运用特定的软件可以转换为XRD:
一、软件为:
见百度网盘或见小木虫
二、具体操作为如下:
1.解压后,打开文件夹,选择下图红色方框内的软件,双击
安装(或不用安装,直接双击进入到第二步)
2.安装完成后,双击快捷方式(或直接双击第一步的程序),
弹出如下界面,点击“file→open”,打开你的cif文件
3.接着点击“C alculate→Powder Pattern”
4.接着点击“Save…”
5.然后保存成“xye”格式,
打开一个excel文档,然后,导入数据,画图,还可以把导入的数据复制到origin中画图。
KEGG使用介绍
KEGG,Kyoto encyclopedia of Genes and Genomes ,不多说。
目录2楼---KEGG的数据3楼---看KEGG代谢通路图4楼---KEGG的自动注释5楼---代谢通路的着色6楼---芯片数据的分析7楼---KGML与通路编辑8楼---总结欢迎大家交流小木虫图片上传慢的要死!!!!!:sweat: 只能先上传到其他地方在贴过来了!!!补充:这个帖子写的早了,平日比较忙没有更新。
后来发现图不能打开了,又不能原帖编辑,因此重新上图附于每楼。
KEGG应该也在不断更新,若有不同之处请见谅。
欢迎大家交流!定的语言格式来确定通路各组件的联系;基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图;另外 KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组,然后打上KO(或K)标签。
下面就首先来讲一下KEGG orthology。
任找一个代谢通路图,在上方有pathway meue | payhway entry | Show(Hide) description | 这3个选项,点击pathway entry, 出现了一个页面,这个随时被连接出来的页面相信大家一定再熟悉不过了。
在这个页面中的pathway map项中点击按钮状的链接Ortholog table 。
就进入了Ortholog table 如下的页面:在这个表中,行与物种对应,3个字母都是相应物中的英文单词缩写,比如has表示Homo sapiens,mcc表示Macaca mulatta;列就表示相应的Ortholog 分类,比如K00844就表示生物体内的己糖激酶hexokinase 这一类序列和功能相似的蛋白质类(酶类)。
如上图has后有3101,3098,3099这3个条目,它表示在人类细胞中中存在3中不同的己糖激酶,它们分别由以上这3组数字代表的基因所编码,这3组数字应该是这3个基因的登录号。
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- 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。
首先将所要进行分析的数据整理成fasta格式的,整理成一个TXT文档的,然后进行clustalx比对,会生成两个文件和这两种格式的,然后打开MEGA4.0,File----convert to MEGA format----选择之前clustal生成的这个文件,按照提示点击OK,将转换好的
文件格式再次保存,file ---save –选择一个保存地点,会在你选定的保存地点生成一个,
然后关闭生成的文件,再次file---open data---选择之前存的该文件,打开后,按照默认提示选择pro or nucleotide,然后再次MEGA 主窗口中的phylogeny---bootstrap test of phylogeny---NJ—按照默认提示选择compute,系统树就建好了,
如果想对数的外部结构等等进行一系列改造,可以选择不同形状的树谱结构,然后view下面的一系列参数也是可以改变树谱本身的一些特点的,比如字体大小颜色等等
系统发育树的构建及其后期编辑
又到了研究生写毕业论文的时候了,这几天两个师妹相继让我教他们构建系统发育树。
索性就做一个图文的帖子,方便大家。
纯技术贴,不涉及建树序列的选择、系统发育树如何看等理论性问题。
要问的话,送一句话,自己多找几篇文章看看人家怎么分析系统发育树的。
1) FASTA 格式序列文本
FASTA是最为常用的序列格式,几乎所有序列分析软件都能识别这种格式的序列。
构树之前先将所选的序列都粘贴在一个txt文本文件中,然后每条序列以>开头,后面可以接序列描述性语言,比如属名,种名等。
然后换行粘贴序列,序列的最后用空格结束,这就是一个FASTA格式的序列了。
需要注意的一点是每条序列的名字的前10个字符不要完全相同。
为了方便起见,最好将此文件放在桌面上。
编辑后的序列见下图:
2) Clustal X进行多序列比对
下载此软件,解压之后直接用。
解压图如下:
点击第一行最后一个图标,然后点击file,load sequence,选择正确路径。
加载进来的序列如下图:
点击比对,进行完全比对。
这时会弹出一个对话框,如下:
这时将路径改为桌面,点击对齐进行全序列比对,序列较多的话可能需要点时间。
比对后的结果如下图(注意区别):
然后注意桌面上多了两个文件,一个是dnd格式的,一个是aln格式的。
Aln格式的文件将用来进行后续工作。
关掉clustalX窗口即可。
3) aln 格式转化为MEG格式
打开MEGA4.0,点击file,convert to MEGA format,出现如下对话框:
选择路径,将aln格式文档加载进来,点击OK,出现下图:
点击保存,会发现在桌面上又多了一个文档,看其属性会发现是MEG格式的,OK。
4) MEG文档的激活
关掉这些窗口,回到MEGA刚打开时的样子,将刚生成的那个MEG文档用拖拽的方式拖进MEGA4.0,这时会出现如下对话框:
废话一句:核酸序列比对选核酸序列,氨基酸序列比对选氨基酸序列。
点击OK,出现如下:
关掉这个界面,此时该MEG文档已被激活,处于待用状态,如下(可以和MEGA初始界面做下对比):
5) 开始建树(NJ tree)
原理不讲了,此处以构建NJ树为例。
点击工具栏上的phylogeny,construct phylogeny,neighbor joining (NJ).出现如下界面(注意几个绿颜色的小方块):
点击第一个小绿方块,选择,小绿方块会变成四个点的省略号,再点击出现如下页面:
选择Bootstrap,后面的replication改为1000,点击对勾。
然后点击第三个小绿方块,这个时候对于蛋白质序列以及DNA序列,两者模型的选择是不同的。
对于蛋白质的序列,多选择Poisson Correction (泊松修正)这一模型。
而对于核酸序列,多选择Kimura 2-parameter (Kimura-2参数) 模型。
所有设置完毕之后,点击compute,雏形的树就出来了:
可以对此树做出一些修改,比如线条粗细,树的形状等等,此处自己多试试。
6)树的修饰
建好树之后,往往需要对树做一些美化。
这个工作完全可以在word中完成,达到发表文章的要求。
点击image,copy to clipboard。
新建一个word文档,选择粘贴。
见下图:
在图上点击右键,就可以对文字的字体大小,倾斜等做出修饰。
见下图:
这个时候可以通过Adobe professional 对其进行图像导出:先将此word文档打印成PDF,见下图:
将打印出来的PDF保存在桌面上,打开,如下图:
此时,点击工具,高级编辑工具,裁剪工具,如下图所示:
选择需要的区域以删除周围的空白区,双击发育树,会出现下图:
点击确定,出现下图(把空边切掉了):
点击文件,另存为,在保存类型一栏中选择TIFF格式,点击确定后会生成下面这个图片,所生成图片绝对可以满足文章的发表:
OK,结束了,自己玩一把吧。
clustal x怎么导出图片格式
很多软件可以做这个,如果用得少不想装可以用在线的,用
/Tools/msa/clustalw2/分析,结果用
/sms/index.html中的多序列对比显示工具调整显示图片。