酚氯仿异戊醇
酚氯仿法提取dna注意事项
酚-氯仿法提取DNA时,需要注意以下几点:
1. 在吸取基因组DNA时,需要使用专用的粗口吸头,避免使用普通的吸头,因为这可能会切断或损坏DNA。
2. 在准备实验的过程中,应将DNA样品放在碎冰上,以保持其低温状态。
3. 加缓冲液后,可以轻轻晃动或轻弹试管,以加速DNA的溶解。
4. 加入缓冲液后,可以置于4度过夜,这样也有助于溶解DNA。
5. 将DNA溶液在65度下温育10分钟,可以灭活DNase,防止其降解DNA。
6. 在抽提过程中,如果水相和有机层的界面不太清楚,说明其中蛋白质含量较高,这时可以增加酚/氯仿抽提的次数或适当延长离心的时间。
7. 在酚抽提过程中,如果上清液太粘稠而无法进行水相转移,可以加入适量TES稀释后再抽提。
8. 氯仿的作用是克服酚的缺陷,加快有机相与液相的分层,最后用氯仿抽提出DNA。
由于酚易溶于氯仿中,可以快速去掉核酸溶液中的微量酚。
9. 加入异戊醇能减小分子表面张力,减少抽提流程中的泡沫发生。
通常选用氯仿与异戊醇为24:1的比例,异戊醇可
以帮助分相,使离心后的上层水相、下层有机溶剂相、中层变性蛋白相保持稳定的层次。
以上信息仅供参考,建议咨询专业人士获取准确信息。
酚仿异戊醇抽提核酸的几点原理
酚:氯仿:异丙醇抽提核酸的一些问题1.异丙醇和乙醇沉淀质粒的区别:异丙醇和酒精都是有机溶剂,一般来讲,提取质粒的时候一开始都要用异丙醇沉淀,因为异丙醇沉淀的效果要好一些,但最后大多用酒精沉淀,因为酒精容易挥发,对下游的实验影响小。
异丙醇比较疏水,能很更好地沉淀核酸,用乙醇的目的是去盐,它比异丙醇更亲水,所以能去掉一些盐离子。
有时还用70%的乙醇洗样品也是为了增加盐的溶解度。
在沉淀核酸时可用乙醇与异丙醇,乙醇的极性要强于异丙醇,所以一般用2倍体积乙醇沉淀,但在多糖、蛋白含量高时,用异丙醇沉淀可部分克服这种污染,尤其用异丙醇在室温下沉淀对摆脱多糖、杂蛋白污染更为有效。
异丙醇沉淀核酸时,高浓度盐存在将使大量多糖存在在溶液中,从而可达到去多糖的作用。
但高浓度的盐存在会影响核酸的进一步操作,因此必须用乙醇多次洗涤脱盐。
异丙醇:优点为所需容积小且速度快,适用于浓度低,而体积大DNA样品的沉淀。
0.54~1.0倍体积的异丙醇可选择性沉淀DNA和大分子rRNA和mRNA;但对5sRNA、tRNA和多糖产物不产生沉淀,一般不需要在低温条件下长时间放置。
缺点:易使盐类(如NaCl、蔗糖)与DNA共沉淀;在DNA沉淀中异丙醇难以挥发除去,所以常规需要用70%的乙醇漂洗DNA沉淀数次。
乙醇:沉淀DNA乙醇是首选的有机溶剂,对盐类沉淀少,DNA沉淀中所含的衡量乙醇易蒸发去处,不影响以后的实验。
在适当的盐浓度下,2倍样品容积的95%乙醇可有效沉淀DNA,对于RNA则需要将乙醇量增加至2.5倍缺点是总体积较大。
需在-20放置很长时间,30分钟-1小时。
同样需要70%乙醇洗涤。
2.一般用的是酚:氯仿:异丙醇为25:24:1(v/v),其中酚是强烈的蛋白质变性剂,能有效使蛋白质变性而除去,氯仿有强烈的脂溶性,去除脂类杂质,本身酚:氯仿:异戊醇=25:24:1的主要作用是抽提蛋白质步骤:质粒用等体积的酚/氯仿/异丙醇抽提一次,重复此步骤,加入两倍体积的无水乙醇和1/10体积的3mol/L乙酸钠溶液后混匀,零下20摄氏度沉淀30min后12000r/min离心10min,沉淀用75%乙醇洗涤一次,12000r/min离心5min,弃上清,沉淀自然干燥后溶于20~40微升去离子水中或者0.5mol/L pH8.0的TE中。
酚-氯仿抽提DNA
方法一细菌沉淀加入567μlTE溶液(10mmol/L Tris- HCl , 1mmol/L EDTA, pH810) 重悬,加入10%SDS30μl 和20mg/ml 蛋白酶K3μl , 于37 ℃温育1h,加入5mol/LNaCL100μl , CTAB/NaCl 80μl 溶液, 于65 ℃温育10min,加入等体积的氯仿/异戊醇, 混匀, 4 ℃12000g/min离心5min。
将上清液转入另1个离心管中加等体积的酚/氯仿/异戊醇, 混匀, 4 ℃12000g/min 离心5min,提取上清置于另一管中, 加入0.6体积异丙醇, 轻柔混合, 4℃12000g/min离心5min, 弃上清加入70%乙醇洗涤1min, 离心, 弃上清, 将沉淀的DNA溶于100μl 的无菌去离子水中, - 20℃保存备用方法二取 1.5 mL 培养至对数生长期的菌液于 2.0 mL 的离心管中,8 000 r/min 离心5 min,弃上清;加入600 μL 消化液(10 mmol/L Tris-HCl,0.1 mol/L EDTA,1% SDS,200μg/mL蛋白酶K,20μg/mL RNase A),37℃消化30 min ;加入等体积的酚/氯仿/异戊醇(25 /24/ 1)混合液,轻摇10 min,12 000 r/min 离心 5 min,取上清,重复抽提1次;加入等体积的氯仿/异戊醇(24 /1)混合液抽提 1 次;加入1/10 体积的 3 mol/L 的醋酸钠和 2 倍体积的冰乙醇混匀,静置10 min,12 000 r/min 离心10 min,弃上清;沉淀加入 1 mL 70%乙醇洗涤2次,每次8 000 r/min 离心 5 min,弃乙醇,待沉淀中残余乙醇挥发后,加入50μL 超纯水溶解DNA。
4℃保存备用。
方法三将预处理后所得沉淀加入300μL细胞裂解液(主要成分:10mmol/L Tris-HCl 缓冲液、1mol /L 氢氧化钠、10mmol/L乙二胺四乙酸、生理盐水、0.2%十二烷基硫酸钠),振荡混匀,于100℃加热15min。
酚氯仿法提取DNA主要步骤和原理
酚氯仿法提取DN蛀要步骤和原理酚氯仿法提取DNA 主要步骤:1.将动物组织放在1.5ml 的离心管中,分别用75% 、50% 酒精和纯水梯度脱酒精。
每个梯度脱水时间为5-10min2.将组织放入研钵中,加入适量DNA 裂解液(300a),研磨后再加入300a IDNA裂解液冲洗研磨棒。
3.将研磨好的组织液用移液枪加到 1.5ml 离心管,在管中加10al蛋白酶K,用封口带将离心管封口,放入摇床(56C,5h)。
4.加入等体积的Tris饱和酚(500 a),摇匀(10min)。
5.离心:12000R, 7min, 4C。
离心后分成上中下三层,上层为DNA ,中层为蛋白质,下层为有机质。
6.吸取上层液体加入新的离心管。
7.配制Tris 饱和酚:氯仿:异戊醇=25:24:1 。
8.在含有上清液的离心管中加入Tris 饱和酚、氯仿和异戊醇混合液450 a,摇匀10min。
9.离心:12000R, 7min, 4C。
10.吸取上清液加到新的离心管,加入等体积的氯仿和异戊醇混合液400a 1(氯仿:异戊醇=24:1)。
11.离心:12000R, 7min, 4C。
12.吸取上清液加入新的离心管,加入2.5 倍经过-20 C冷冻的100%的酒精。
-20 C过夜。
13.将样品取出,12000R, 7min, 4C离心。
14.弃上清,留白色沉淀(DNA ),加400卩的75% 的经过-20C冷冻的酒精,反复吹打溶解。
15.重复第14 步骤2 次(用75%酒精洗三次)。
16.提取DNA 完成。
溴氯仿法提取DNA 的原理:用酚抽提细胞DNA 时,有什么作用?使蛋白质变性,同时抑制了DNase的降解作用。
用苯酚处理匀浆液时,由于蛋白与DNA 联结键已断,蛋白分子表面又含有很多极性基团与苯酚相似相溶。
蛋白分子溶于酚相,而DNA 溶于水相。
使用酚的优点:1. 有效变性蛋白质;2. 抑制了DNase的降解作用。
缺点:1. 能溶解10-15%的水,从而溶解一部分poly(A)RNA。
酚氯仿法提取DNA主要步骤和原理
酚氯仿法提取DNA主要步骤:1.将动物组织放在1.5ml的离心管中,分别用75%、50%酒精和纯水梯度脱酒精。
每个梯度脱水时间为5-10min2.将组织放入研钵中,加入适量DN A裂解液(300μl),研磨后再加入300μl DNA裂解液冲洗研磨棒。
3.将研磨好的组织液用移液枪加到1.5ml离心管,在管中加10μl蛋白酶K,用封口带将离心管封口,放入摇床(56℃,5h)。
4.加入等体积的Tris饱和酚(500μl),摇匀(10min)。
5.离心:12000R,7min,4℃。
离心后分成上中下三层,上层为DNA,中层为蛋白质,下层为有机质。
6.吸取上层液体加入新的离心管。
7.配制Tris饱和酚:氯仿:异戊醇=25:24:1。
8.在含有上清液的离心管中加入Tri s饱和酚、氯仿和异戊醇混合液450μl,摇匀10mi n。
9.离心:12000R,7min,4℃。
10.吸取上清液加到新的离心管,加入等体积的氯仿和异戊醇混合液400μl(氯仿:异戊醇=24:1)。
11.离心:12000R,7min,4℃。
12.吸取上清液加入新的离心管,加入2.5倍经过-20℃冷冻的100%的酒精。
-20℃过夜。
13.将样品取出,12000R,7min,4℃离心。
14.弃上清,留白色沉淀(DNA),加400μl的75%的经过-20℃冷冻的酒精,反复吹打溶解。
15.重复第14步骤2次(用75%酒精洗三次)。
16.提取DNA完成。
溴氯仿法提取DNA的原理:用酚抽提细胞DNA时,有什么作用?使蛋白质变性,同时抑制了D Nase的降解作用。
用苯酚处理匀浆液时,由于蛋白与D NA联结键已断,蛋白分子表面又含有很多极性基团与苯酚相似相溶。
蛋白分子溶于酚相,而DNA 溶于水相。
酚氯仿法提取DNA主要步骤和原理
酚氯仿法提取DNA主要步骤:1.将动物组织放在1.5ml的离心管中,分别用75%、50%酒精和纯水梯度脱酒精。
每个梯度脱水时间为5-10min2.将组织放入研钵中,加入适量DNA裂解液(300μl),研磨后再加入300μlDNA裂解液冲洗研磨棒。
3.将研磨好的组织液用移液枪加到1.5ml离心管,在管中加10μl蛋白酶K,用封口带将离心管封口,放入摇床(56℃,5h)。
4.加入等体积的Tris饱和酚(500μl),摇匀(10min)。
5.离心:12000R,7min,4℃。
离心后分成上中下三层,上层为DNA,中层为蛋白质,下层为有机质。
6.吸取上层液体加入新的离心管。
7.配制Tris饱和酚:氯仿:异戊醇=25:24:1。
8.在含有上清液的离心管中加入Tris饱和酚、氯仿和异戊醇混合液450μl,摇匀10min。
9.离心:12000R,7min,4℃。
10.吸取上清液加到新的离心管,加入等体积的氯仿和异戊醇混合液400μl(氯仿:异戊醇=24:1)。
11.离心:12000R,7min,4℃。
12.吸取上清液加入新的离心管,加入2.5倍经过-20℃冷冻的100%的酒精。
-20℃过夜。
13.将样品取出,12000R,7min,4℃离心。
14.弃上清,留白色沉淀(DNA),加400μl的75%的经过-20℃冷冻的酒精,反复吹打溶解。
15.重复第14步骤2次(用75%酒精洗三次)。
16.提取DNA完成。
溴氯仿法提取DNA的原理:用酚抽提细胞DNA时,有什么作用?使蛋白质变性,同时抑制了DNase的降解作用。
用苯酚处理匀浆液时,由于蛋白与DNA 联结键已断,蛋白分子表面又含有很多极性基团与苯酚相似相溶。
蛋白分子溶于酚相,而DNA 溶于水相。
使用酚的优点:1. 有效变性蛋白质;2. 抑制了DNase的降解作用。
缺点:1. 能溶解10-15%的水,从而溶解一部分poly(A)RNA。
2. 不能完全抑制RNase 的活性。
酚氯仿法提取DNA主要步骤和原理
酚氯仿法提取DNA主要步骤:1.将动物组织放在1.5ml的离心管中,分别用75%、50%酒精和纯水梯度脱酒精。
每个梯度脱水时间为5-10min2.将组织放入研钵中,加入适量DNA裂解液(300μl),研磨后再加入300μlDNA裂解液冲洗研磨棒。
3.将研磨好的组织液用移液枪加到1.5ml离心管,在管中加10μl蛋白酶K,用封口带将离心管封口,放入摇床(56℃,5h)。
4.加入等体积的Tris饱和酚(500μl),摇匀(10min)。
5.离心:12000R,7min,4℃。
离心后分成上中下三层,上层为DNA,中层为蛋白质,下层为有机质。
6.吸取上层液体加入新的离心管。
7.配制Tris饱和酚:氯仿:异戊醇=25:24:1。
8.在含有上清液的离心管中加入Tris饱和酚、氯仿和异戊醇混合液450μl,摇匀10min。
9.离心:12000R,7min,4℃。
10.吸取上清液加到新的离心管,加入等体积的氯仿和异戊醇混合液400μl(氯仿:异戊醇=24:1)。
11.离心:12000R,7min,4℃。
12.吸取上清液加入新的离心管,加入2.5倍经过-20℃冷冻的100%的酒精。
-20℃过夜。
13.将样品取出,12000R,7min,4℃离心。
14.弃上清,留白色沉淀(DNA),加400μl的75%的经过-20℃冷冻的酒精,反复吹打溶解。
15.重复第14步骤2次(用75%酒精洗三次)。
16.提取DNA完成。
溴氯仿法提取DNA的原理:用酚抽提细胞DNA时,有什么作用?使蛋白质变性,同时抑制了DNase的降解作用。
用苯酚处理匀浆液时,由于蛋白与DNA 联结键已断,蛋白分子表面又含有很多极性基团与苯酚相似相溶。
蛋白分子溶于酚相,而DNA 溶于水相。
使用酚的优点:1. 有效变性蛋白质;2. 抑制了DNase的降解作用。
缺点:1. 能溶解10-15%的水,从而溶解一部分poly(A)RNA。
2. 不能完全抑制RNase 的活性。
酚氯仿法提取DNA的一些试剂的作用
酚氯仿法提取DNA的一些试剂的作用酚氯仿法提取DNA的原理用酚抽提细胞DNA时,有什么作用?使蛋白质变性,同时抑制了DNase的降解作用。
用苯酚处理匀浆液时,由于蛋白与DNA 联结键已断,蛋白分子表面又含有很多极性基团与苯酚相似相溶。
蛋白分子溶于酚相,而DNA溶于水相。
使用酚的优点:1. 有效变性蛋白质;2. 抑制了DNase的降解作用。
缺点:1. 能溶解10-15%的水,从而溶解一部分poly(A)RNA。
2. 不能完全抑制RNase的活性。
氯仿的作用?氯仿:克服酚的缺点;加速有机相与液相分层。
最后用氯仿抽提:去除核酸溶液中的迹量酚。
(酚易溶于氯仿中)用酚-氯仿抽提细胞基因组DNA时,通常要在酚-氯仿中加少许异戊醇,为什么?异戊醇:减少蛋白质变性操作过程中产生的气泡。
异戊醇可以降低表面张力,从而减少气泡产生。
另外,异戊醇有助于分相,使离心后的上层含DNA的水相、中间的变性蛋白相及下层有机溶剂相维持稳定。
用乙醇沉淀DNA时,为什么加入单价的阳离子?用乙醇沉淀DNA时,通常要在溶液中加入单价的阳离子,如NaCl 或NaAc,Na+中和DNA分子上的负电荷,减少DNA分子之间的同性电荷相斥力,而易于聚集沉淀。
原理:动物和植物组织的脱氧核糖核蛋白(DNP)可溶于水或浓盐溶液(如1mol/L氯化钠),但在0.14mol/L氯化钠盐溶液中溶解度最低,而核酸核蛋白(RNP)则在0.14mol/L氯化钠中溶解度最大,利用这一性质可将其分开。
将沉淀物溶解于生理盐水,加入去污剂十二烷基硫酸钠(SDS)溶液,使DNA与蛋白质分离开。
加入固体氯化钠使其浓度达到1mol/L,使DNA溶解。
加氯仿-异戊醇去除蛋白质,也可重复该步操作得较纯DNA。
最后用95%乙醇沉淀DNA。
溶解:将离心后除去RNA的沉淀,用30ml生理盐水溶解,充分搅拌后,匀浆一次。
加4毫升10%SDS溶液,使溶液的SDS浓度达到1%左右,边加边搅拌,放置60 ℃水浴保温10分钟(不停搅拌),冷却。
乙醇,异戊醇,酚。氯仿,提取DNA
酚:氯仿:异丙醇抽提核酸的一些问题2011-01-23 23:191.异丙醇和乙醇沉淀质粒的区别:异丙醇和酒精都是有机溶剂,一般来讲,提取质粒的时候一开始都要用异丙醇沉淀,因为异丙醇沉淀的效果要好一些,但最后大多用酒精沉淀,因为酒精容易挥发,对下游的实验影响小。
异丙醇比较疏水,能很更好地沉淀核酸,用乙醇的目的是去盐,它比异丙醇更亲水,所以能去掉一些盐离子。
有时还用70%的乙醇洗样品也是为了增加盐的溶解度。
在沉淀核酸时可用乙醇与异丙醇,乙醇的极性要强于异丙醇,所以一般用2倍体积乙醇沉淀,但在多糖、蛋白含量高时,用异丙醇沉淀可部分克服这种污染,尤其用异丙醇在室温下沉淀对摆脱多糖、杂蛋白污染更为有效。
异丙醇沉淀核酸时,高浓度盐存在将使大量多糖存在在溶液中,从而可达到去多糖的作用。
但高浓度的盐存在会影响核酸的进一步操作,因此必须用乙醇多次洗涤脱盐。
异丙醇:优点为所需容积小且速度快,适用于浓度低,而体积大DNA样品的沉淀。
0.54~1.0倍体积的异丙醇可选择性沉淀DNA和大分子rRNA和mRNA;但对5sRNA、tRNA和多糖产物不产生沉淀,一般不需要在低温条件下长时间放置。
缺点:易使盐类(如NaCl、蔗糖)与DNA共沉淀;在DNA沉淀中异丙醇难以挥发除去,所以常规需要用70%的乙醇漂洗DNA沉淀数次。
乙醇:沉淀DNA乙醇是首选的有机溶剂,对盐类沉淀少,DNA沉淀中所含的衡量乙醇易蒸发去处,不影响以后的实验。
在适当的盐浓度下,2倍样品容积的95%乙醇可有效沉淀DNA,对于RNA则需要将乙醇量增加至2.5倍缺点是总体积较大。
需在-20放置很长时间,30分钟-1小时。
同样需要70%乙醇洗涤。
2.一般用的是酚:氯仿:异丙醇为25:24:1(v/v),其中酚是强烈的蛋白质变性剂,能有效使蛋白质变性而除去,氯仿有强烈的脂溶性,去除脂类杂质,本身酚:氯仿:异戊醇=25:24:1的主要作用是抽提蛋白质步骤:质粒用等体积的酚/氯仿/异丙醇抽提一次,重复此步骤,加入两倍体积的无水乙醇和1/10体积的3 mol/L乙酸钠溶液后混匀,零下20摄氏度沉淀30 min 后12000 r/min离心10 min,沉淀用75%乙醇洗涤一次,12000 r/min离心5 min,弃上清,沉淀自然干燥后溶于20~40微升去离子水中或者0.5 mol/L pH8.0的TE中。
酚氯仿法提取DNA实验报告
酚氯仿法和试剂盒法提取DNA实验报告一、实验目的实验原理:酚氯仿法:先从全血中分离白细胞,再通过蛋白酶K消化,通过酚、氯仿的抽提,使DNA进入水相与蛋白质成分分开,在RNase作用下,降解RNA以纯化DNA。
蛋白酶K的重要特性是能在SDS和EDTA乙二胺四乙酸二钠存在下保持很高的活性。
在匀浆后提取DNA的反应体系中晶SDS可破坏细胞膜、核膜晶并使组织蛋白与DNA分离晶EDTA则抑制细胞中Dnase的活性而蛋白酶K可将蛋白质降解成小肽或氨基酸晶使DNA分子完整地分离出来。
氯仿-异戊醇溶液可以使核蛋白变性沉淀晶将核酸物质萃取出来再向萃取液中加入适量乙醇晶可使DNA析出。
氯仿异戊醇抽提和乙醇沉淀方法在DNA纯化研究中非常常用晶氯仿-异戊醇抽提的原理是晶氯仿可使蛋白质变性并加速有机相与液相分层异戊醇有助于消除抽提过程中产生的气泡。
而DNA不溶于乙醇等有机溶剂晶因此可以通过乙醇沉淀来纯化和浓缩DNA二、实验用品试剂:1mol/L(M)Tris-Cl(pH8.0), 0.5M EDTA(pH8.0),5M NaCl TES(15mM Tris, 15mM EDTA,15mM NaCl)Tris饱和酚(PH8.0)氯仿/异戊醇(V/V=24/1)10%SDS5mg/ml Protease K70%乙醇、无水乙醇TE缓冲液(pH8.0):10mM T ris-Cl(PH8.0)1mM E DTA(PH8.0)10mg/mL 溴化乙锭(EB)耗材:仪器:低温离心机、移液枪一套,低温冰箱,恒温水浴锅、紫外分光光度计(Eppendorf)。
三、实验步骤4.1取血样:实验人员相互取血样5ml.(用品:采血管、采血针、无水乙醇、棉签、橡皮管、废液缸)4.2血液样品的预处理:分取2ml 血样加入到离心管A中用于酚氯仿法提取DNA。
1) 破除RBC:用移液器将采血管中剩余的3ml血样中的血凝块取出转移到组织匀浆器中研磨粉碎,再移入50ml 离心管B中,再加入5倍体积无菌水,颠倒混匀,冰上静置十分钟,用于试剂盒法提取DNA。
酚氯仿作用
1.用酚抽提细胞DNA时,有什么作用?
使蛋白质变性,同时抑制了DNase的降解作用。
用苯酚处理匀浆液时,由于蛋白与DNA 联结键已断,蛋白分子表面又含有很多极性基团与苯酚相似相溶。
蛋白分子溶于酚相,而DNA溶于水相。
使用酚的优点:1. 有效变性蛋白质;2. 抑制了DNase的降解作用。
缺点:1. 能溶解10-15%的水,从而溶解一部分poly(A)RNA。
2. 不能完全抑制RNase的活性。
2.氯仿的作用?
氯仿:克服酚的缺点;加速有机相与液相分层。
最后用氯仿抽提:去除核酸溶液中的迹量酚。
(酚易溶于氯仿中)
3.用酚-氯仿抽提细胞基因组DNA时,通常要在酚-氯仿中加少许异戊醇,为
什么?
异戊醇:减少蛋白质变性操作过程中产生的气泡。
异戊醇可以降低表面张力,从而减少气泡产生。
另外,异戊醇有助于分相,使离心后的上层含DNA的水相、中间的变性蛋白相及下层有机溶剂相维持稳定。
4.用乙醇沉淀DNA时,为什么加入单价的阳离子?
用乙醇沉淀DNA时,通常要在溶液中加入单价的阳离子,如NaCl 或NaAc,Na+中和DNA分子上的负电荷,减少DNA分子之间的同性电荷相斥力,而易于聚集沉淀。
酚:氯仿:异丙醇抽提核酸的一些问题
酚:氯仿:异丙醇抽提核酸的一些问题2014-01-4 23:191.异丙醇和乙醇沉淀质粒的区别:异丙醇和酒精都是有机溶剂,一般来讲,提取质粒的时候一开始都要用异丙醇沉淀,因为异丙醇沉淀的效果要好一些,但最后大多用酒精沉淀,因为酒精容易挥发,对下游的实验影响小。
异丙醇比较疏水,能很更好地沉淀核酸,用乙醇的目的是去盐,它比异丙醇更亲水,所以能去掉一些盐离子。
有时还用70%的乙醇洗样品也是为了增加盐的溶解度。
在沉淀核酸时可用乙醇与异丙醇,乙醇的极性要强于异丙醇,所以一般用2倍体积乙醇沉淀,但在多糖、蛋白含量高时,用异丙醇沉淀可部分克服这种污染,尤其用异丙醇在室温下沉淀对摆脱多糖、杂蛋白污染更为有效。
异丙醇沉淀核酸时,高浓度盐存在将使大量多糖存在溶液中,从而可达到去多糖的作用。
但高浓度的盐存在会影响核酸的进一步操作,因此必须用乙醇多次洗涤脱盐。
0.54~1.0倍体积的异丙醇可选择性沉淀DNA和大分子rRNA和mRNA;但对5sRNA、tRNA和多糖产物不产生沉淀,一般不需要在低温条件下长时间放置。
缺点:易使盐类(如NaCl、蔗糖)与DNA共沉淀;在DNA沉淀中异丙醇难以挥发除去,所以常规需要用70%的乙醇漂洗DNA沉淀数次。
DNA乙醇是首选的有机溶剂,对盐类沉淀少,DNA沉淀中所含的衡量乙醇易蒸发去处,不影响以后的实验。
在适当的盐浓度下,2倍样品容积的95%乙醇可有效沉淀DNA,对于RNA则需要将乙醇量增加至2.5倍缺点是总体积较大。
需在-20放置很长时间,30分钟-1小时。
同样需要70%乙醇洗涤。
2.一般用的是酚:氯仿:异丙醇为25:24:1(v/v),其中酚是强烈的蛋白质变性剂,能有效使蛋白质变性而除去,氯仿有强烈的脂溶性,去除脂类杂质,3.本身酚:氯仿:异戊醇=25:24:1的主要作用是抽提蛋白质步骤:质粒用等体积的酚/氯仿/异丙醇抽提一次,重复此步骤,加入两倍体积的无水乙醇和1/10体积的3 mol/L乙酸钠溶液后混匀,零下20摄氏度沉淀30 min后12000 r/min离心10 min,沉淀用75%乙醇洗涤一次,12000 r/min离心5 min,弃上清,沉淀自然干燥后溶于20~40微升去离子水中或者0.5 mol/L pH8.0的TE中。
酚氯仿法提取DNA主要步骤和原理
酚氯仿法提取DNA主要步骤和原理第一篇:酚氯仿法提取DNA主要步骤和原理酚氯仿法提取DNA主要步骤:1.将动物组织放在1.5ml的离心管中,分别用75%、50%酒精和纯水梯度脱酒精。
每个梯度脱水时间为5-10min2.将组织放入研钵中,加入适量DNA裂解液(300μl),研磨后再加入300μlDNA裂解液冲洗研磨棒。
3.将研磨好的组织液用移液枪加到1.5ml离心管,在管中加10μl 蛋白酶K,用封口带将离心管封口,放入摇床(56℃,5h)。
4.加入等体积的Tris饱和酚(500μl),摇匀(10min)。
5.离心:12000R,7min,4℃。
离心后分成上中下三层,上层为DNA,中层为蛋白质,下层为有机质。
6.吸取上层液体加入新的离心管。
7.配制Tris饱和酚:氯仿:异戊醇=25:24:1。
8.在含有上清液的离心管中加入Tris饱和酚、氯仿和异戊醇混合液450μl,摇匀10min。
9.离心:12000R,7min,4℃。
10.吸取上清液加到新的离心管,加入等体积的氯仿和异戊醇混合液400μl(氯仿:异戊醇=24:1)。
11.离心:12000R,7min,4℃。
12.吸取上清液加入新的离心管,加入2.5倍经过-20℃冷冻的100%的酒精。
-20℃过夜。
13.将样品取出,12000R,7min,4℃离心。
14.弃上清,留白色沉淀(DNA),加400μl的75%的经过-20℃冷冻的酒精,反复吹打溶解。
15.重复第14步骤2次(用75%酒精洗三次)。
16.提取DNA完成。
溴氯仿法提取DNA的原理:用酚抽提细胞DNA时,有什么作用?使蛋白质变性,同时抑制了DNase的降解作用。
用苯酚处理匀浆液时,由于蛋白与DNA 联结键已断,蛋白分子表面又含有很多极性基团与苯酚相似相溶。
蛋白分子溶于酚相,而DNA溶于水相。
使用酚的优点:1.有效变性蛋白质;2.抑制了DNase的降解作用。
缺点:1.能溶解10-15%的水,从而溶解一部分poly(A)RNA。
酚的平衡及酚氯仿异戊醇混合液的配制
酚的平衡及酚氯仿异戊醇混合液的配制
酚:氯仿:异戊醇(25:24:1)混合液
将平衡酚、氯仿和异戊醇按25:24:1混合。
在100mmol/L Tris·CI(pH8.0)缓冲液之下,4避光可存放一个月。
酚的平衡
1、从-20℃冰冻室中取出经过液化的酚,使其温度升至室温,然后在68℃使酚溶解,加入羟基喹啉至终浓度为0.1%。
2、为熔化酚,加入等体积的缓冲液[0.5mol/L Tris·CI(pH8.0)],用磁力搅拌15分钟,待两相分开后,要尽可能彻底地移出上层水相液。
3、加等体积的0.1mol/L Tris·CI(pH8.0)到酚中,搅拌15分钟,然后按步骤2所述移出水相液。
重复抽提,直到酚相pH值大于7.8。
4、酚达平衡后,加入0.1体积含有0.2% -巯基乙醇的0.1mol/L Tris·CI(pH8.0)。
这种形式的酚可处于10mmol/L Tris·CI(pH8.0)缓冲液之下,在4℃避光入一个月。
酚:氯仿混合液
把酚和氯仿等体积混合后用0.1mol/L Tris·CI(pH7.6)抽提几次以平衡这一混合物,置棕色玻璃瓶中,上面覆盖等体积10mmol/L Tris·CI(pH7.6)缓冲液层,保存于4℃。
小心:酚腐蚀性很强,并可引起严重灼伤,操作时应戴手套及防护镜,穿防护服。
所有操作均应在化学通风橱中进行。
与酚接触过的皮肤部位应用大量的水清洗,并用肥皂和水洗涤,忌用乙醇。
酚氯仿异戊醇的分层现象
酚氯仿异戊醇的分层现象是指在某些溶剂中,酚、氯仿和异戊醇可以分层排列形成不同层的现象。
酚、氯仿和异戊醇是三种具有不同极性的有机化合物。
酚是一种极性较强的化合物,氯仿是一种中等极性的化合物,而异戊醇是一种极性较弱的化合物。
由于它们的极性不同,它们在溶剂中的溶解度也不同。
当酚、氯仿和异戊醇混合在一起时,由于它们的相互作用力不同,它们会在溶剂中形成不同的层。
一般来说,酚会在上层,氯仿会在中间层,而异戊醇会在下层。
这种分层现象是由于溶剂的极性和分子间相互作用力的差异导致的。
酚和氯仿之间的相互作用力较强,所以它们会在溶剂中形成一个层。
而酚和异戊醇之间的相互作用力较弱,所以它们会在溶剂中形成另一个层。
而氯仿和异戊醇之间的相互作用力较强,所以它们会在溶剂中形成第三个层。
这种分层现象在实验室中常常用于分离和提取混合物中的化合物。
通过控制溶剂的选择和混合比例,可以实现对不同化合物的分离和提取。
酚、氯仿、异戊醇法沉淀DNA
酚:氯仿:异戊醇法抽提基因组DNA1.从无水乙醇中取出少许肌肉或者性腺组织(约50mg),剪碎,加入干净灭菌的EP管中;2.准备适量的裂解缓冲液SNET(600μL),随即在SNET中加入蛋白酶K使终浓度为400μg/ml,向组织中裂解缓冲液。
SNET:20mmol/L tris-Cl (Ph8.0)5mmol/L EDTA (Ph8.0)400 mmol/L NaCl1%(m/V) SDS上述溶液需经过0.45μm的硝酸纤维素滤器过滤除菌,保存于室温。
3.管子垂直放置于震荡平台或振动恒温箱中55℃放置过夜(消化过程中样品的充分混合时非常必要的。
过夜消化后,应当看不到组织,缓冲液呈现灰色状态).4.加入等体积(600μL)的酚:氯仿:异戊醇,密闭管口,室温下置于震荡平台30min.(不同的实验阶段,需要不同的振动速度.)备注:酚取下层(上层为保护液)过会变成淡黄色为佳,酚:氯仿:异戊醇混合后澄清才可以用5.离心吸取上清(4℃11,000 rpm(11200×g)最大转速简短离心25分钟(5min钟就好),转移上清至另一新的离心管中)。
6.取出消化液,加入600 μL (等体积)酚:氯仿:异戊醇(25:24:1)混合液(按一个样品1.5ml配置),温和混匀20 min,11,000 rpm(11200×g)离心15 min,回收上清;5min7.重复酚/氯仿/异戊醇抽提过程2次后,然后换成每管600 uL 氯仿抽提。
8.回收的上清液等体积异丙醇,温和混匀后-20℃静置2 h9.4℃13000转/分离心20min,弃上清;5min10.用75%乙醇洗涤1-2次(1000ul,11000转/分离心2min),弃上清;轻柔晃匀11.冰冻无水乙醇洗涤1-2次(1000ul,11000转/分离心4min)弃上清,自然晾干或烘干,DDW或TE溶解,30-50ul,再加入1ul 10mg/ml的RNA酶溶液,37℃温育2h,核酸蛋白定量仪检测OD及浓度。
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抽提DNA去除蛋白质时,怎样使用酚与氯仿较好?
酚与氯仿是非极性分子,水是极性分子,当蛋白水溶液与酚或氯仿混合时,蛋白质分子之间的水分子就被酚或氯仿挤去,
使蛋白失去水合状态而变性。
经过离心,变性蛋白质的密度比水的密度为大,因而与水相分离,沉淀在水相下面,从而与溶解在水相中的DNA分开。
而酚与氯仿有机溶剂比重更大,保留在最下层。
作为表面变性的酚与氯仿,在去除蛋白质的作用中,各有利弊,酚的变性作用大,但酚与水相有一定程度的互溶,大约10%~15%的水溶解在酚相中,因而损失了这部分水相中的DNA,而氯仿的变性作用不如酚效果好,但氯仿与水不相混溶,不会带走DNA。
所以在抽提过程中,混合使用酚与氯仿效果最好。
经酚第一次抽提后的水相中有残留的酚,由于酚与氯仿是互溶的,可用氯仿第二次变性蛋白质,此时一起将酚带走。
也可以在第二次抽提时,将酚与氯仿混合(1:1)使用。
为什么用酚与氯仿抽提DNA时,还要加少量的异戊酵?
在抽提DNA时,为了混合均匀,必须剧烈振荡容器数次,这时在混合液内易产生气泡,气泡会阻止相互间的充分作用。
加入异戊醇能降低分子表面张力,所以能减少抽提过程中的泡沫产生。
一般采用氯仿与异戊酵为24:1之比。
也可采用酚、氯仿与异戊醇之比为25:24:1(不必先配制,可在临用前把一份酚加一份24:1的氯仿与异戊醇即成),同时异戊醇有助于分相,使离心后的上层水相,中层变性蛋白相以及下层有机溶剂相维持稳定。