找一个基因的启动子

1、UCSC

（1）网址：/cgi-bin/hgNear

在Genome里选择物种，比如human，search里输入你的基因名PTEN，点击Go

（2）出现新的页面，看到“Known Gene Names”下面的PTEN了吧，点它

（3）又回到了和（1）类似的页面，此时，点击sequence

（4）出现一个新的页面，选中promoter，同时可以输入数值修改具体的序列区域，比如Promoter including 2000 bases upstream and 100 downstream，即表示启动子-2000～＋100区域

（5）点击“get sequence”，出现页面中最上面的序列“>uc001kfb.1 (promoter 2000 100) PTEN - phosphatase and tensin homolog”就是你要的人PTEN启动子-2000～＋100区域的序列了

2、Ensembl

（1）网址：/index.html

在“Search Ensembl“标题下search后的下拉框中选中物种名homo sapiens（人），for框中输入基因名PTEN，点击Go

（2）出现的新页面中比较乱，但不要管它，直接寻找“Ensembl protein coding gene ”字样的，对，也就是第二个，点击它

（3）新出现的页面也很乱，不过依然不用管它，看到左侧有点肉色（实在不知道怎么描述了）的那些选项了吗，对，就是“Your Ensembl”下面那一堆，在里面找“Genomic sequence”，点它

（4）现在的界面就一目了然了，在“5' Flanking sequence”中输入数值确定启动子长度（默认为600），比如1000，点击update；

（5）出现的序列中，标为红色的就是基因的外显子，红色之间黑色的序列就是内含子，而第一个红色自然就是第一外显子了，那么从开始的碱基一直到第一个红色的碱基间自然就是启动子-1000~+1的序列啦

这样，你不仅查到了启动子，连它的外显子、内含子序列也全部搞定了

我以前回的贴，总结一下

共享】如何查找一个基因的启动子序列[BCL-2为例]

定义：启动子是参与特定基因转录及其调控的DNA序列。包含核心启动子区域和调控区域。核心启动子区域产生基础水平的转录，调控区域能够对不同的环境条件作出应答，对基因的表达水平做出相应的调节。

区域：启动子的范围非常大，可以包含转录起始位点上游2000bp，有些特定基因的转录区内部也存在着转录因子的结合位点，因此也属于启动子范围。

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下面以BCL-2基因为例，查找查找该基因的启动子区域，首先要找到该基因的基因组序列。去NCBI吧，在Search的下拉菜单里找到Gene，在检索项里输入Bcl-2，检索第一项就是bcl-2 for human，点进去看看啥样。。。

（缩略图，点击图片链接看原图）

首先你可以看到该基因的参考序列（reference sequence）,然后看到bcl-2的位置和基因组背景。bcl-2上游是PHLPP，下游是FVT1基因。在这个长长的网页的最后是已经注册的Bcl-2基因的信息。

（缩略图，点击图片链接看原图）

看到基因组序列了么，点进去，根据序列信息自己就能定位转录起始位点，上游就是promoter 了，简单吧。不！我觉得麻烦。有更简单的方法么？有！注意到在网页的开头有这么个链接么？HGNC：990

（缩略图，点击图片链接看原图）

点进去，看看吧。原来是BCL-2的symbol report，各种各样的连接。注意到左下角的Ensembl GeneView 了么，很有用的，点击。

（缩略图，点击图片链接看原图）

呵呵，原来到了Ensemble了，是Ensemble的report。列出了一堆令人兴奋的信息，太全了，只要是和这个基因相关的信息都能找到，包括SNP，Isoforms，等等等。我们感兴趣的是，这个连接“View genomic sequence for this gene with exons highlighted”

（缩略图，点击图片链接看原图）

点击，看看，原来是bcl-2的基因组结构，红底色碱基是exon，绿底色碱基是SNP，太牛了。别光高兴，忘了找promoter，默认的这个report只是显示bcl-2，上游600bp，下游600bp。想想，短了一点。怎么样让5'端多显示几百个碱基呢？秘密在这里。。。

（缩略图，点击图片链接看原图）

把“5' Flanking sequence”的值改成5000bp，哼！小样！！不行？10000，20000，。。。，靠，上一个基因的exon都露出来，算了吧（最大值99999）。

如果保守估计可以做起始位点上游2000bp内的区域，如果最大化估计，可以用起始位点上游至上有基因的最后一个exon结尾处，算你狠！！！

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然后就分析吧，先到MA TCH分析一下转录因子结合位点