NGS用于指导晚期恶性肿瘤治疗
NGS基因组测序技术在个性化医学中的应用前景
NGS基因组测序技术在个性化医学中的应用前景随着科技的不断进步和医学的发展，个性化医学成为医疗领域的一个重要发展方向。
个性化医学旨在根据个体的基因组信息，提供针对性的诊断和治疗方案，以改善患者的预后和生活质量。
NGS基因组测序技术（Next-generation sequencing）作为一种高通量测序方法，正在个性化医学领域引起广泛关注，并有望成为未来个性化医学的重要工具。
本文将探讨NGS基因组测序技术在个性化医学中的应用前景。
首先，NGS技术在癌症领域中的应用具有巨大潜力。
癌症是一类复杂的疾病，不同患者的癌症基因组有所不同，基因驱动突变是癌症发生和发展的重要原因。
NGS技术可以高通量、快速且准确地测序患者癌症相关基因或突变位点，帮助医生了解患者的个体差异，从而实现个性化的癌症治疗。
通过对癌症基因组的深入研究，可以发现与疾病相关的新的靶向治疗方法，并为研发新药提供依据。
此外，NGS技术可以辅助医生进行肿瘤早期筛查和监测，提高癌症的早期诊断率和治疗效果，极大地改善患者的生活质量。
其次，NGS技术在遗传病领域中的应用也具有广阔的前景。
遗传病是由基因突变或遗传变异引起的疾病，对遗传病进行准确的诊断和筛查对患者的治疗和管理至关重要。
传统的遗传病诊断方法往往仅能检测部分常见的基因突变，且费时费力。
而NGS技术可以同时测序多个基因，包括罕见突变，快速且准确地确定遗传病的病因，为患者提供精准的诊断和治疗方案。
此外，NGS技术还可以帮助家族成员进行遗传风险评估，提前采取相应的预防和干预措施。
此外，NGS技术在个体化用药和药物开发领域也有着巨大的潜力。
药物反应的个体差异常常根源于基因型的不同。
NGS技术可以快速测序个体的基因组，并根据个体基因组的特征，为患者提供个体化治疗方案，包括药物剂量和类型的选择。
个体化用药可以提高治疗的效果，减少药物副作用，提高患者的治疗依从性。
此外，NGS技术还可以帮助药物研发领域的科学家加速新药开发和临床试验的进程，为研究和开发更安全、有效的药物提供支持。
生物基因组学中的NGS技术
生物基因组学中的NGS技术NGS技术是指下一代测序技术，其进一步推动了生物基因组学领域的发展。
传统的基因组测序方法在相对较长的时间内都是主流，然而NGS技术的出现彻底颠覆了这种局面。
NGS技术创造了一种更快、更精确、更经济实惠的方法来检测和分析基因组信息，从而为科学家们提供了更多的探索基因和分析基因组组成的机会。
首先，我们必须理解传统测序技术的局限性。
然后，我们可以深入探讨NGS技术与传统方法的区别。
最后，我们将论述NGS技术能如何快速、精确地解决基因组研究中的问题。
传统的基因组测序技术：Sanger测序人类基因组计划是第一个完成测序的计划，一开始使用的是Sanger测序技术，也称为“链终止法”。
Sanger测序是通过DNA聚合酶不断地复制DNA，然后使用特殊的链终止剂来标记链的末端，并制造出一系列不同大小的DNA碎片，然后将它们一一分离和排序，以获得完整的DNA序列。
尽管此方法是非常准确的，但由于技术局限，它无法应对大量数据和时间成本。
NGS技术与传统技术的区别NGS技术是一种新的测序技术，通过不同的方法并行扫描整个DNA，从而快速高效地产生大量的数据。
相对于传统的测序方法，NGS技术的处理速度更快，通过短读长序列来表示更高分辨率的基因组信息。
NGS技术允许将DNA分成许多不同的区域，以并行获得一种更准确的DNA序列。
实际应用中，NGS技术被广泛应用于生物领域，探究整个生物体和基因组中的活动，从而发现与健康和疾病有关的突变或DNA组成。
NGS技术还可以对DNA进行测序，确保正常细胞中免疫関连受体(TCR)和B细胞受体（BCR）的正确参数。
举例来说，利用NGS技术进行全基因组测序，有助于显著降低DNA测序成本，从而扩大了许多生物学和医学研究的范围。
而尽管NGS技术仍未完全完善，可是一旦获得DNA序列，这种方法就能够实现大规模、全面、有条理地对序列进行研究和分析。
NGS技术的应用NGS技术在基因组学方面的应用，基本上是将基因组和转录组数据进行分析，并以此寻找DNA片段和基因的变异情况。
二代测序（NGS）临床应用4大要点，你还不知道？
二代测序（NGS）临床应用4大要点，你还不知道？•NGS 有什么用?•NGS 结果可以指导治疗方案制定吗？•哪些人应该做 NGS 检测？•哪些 NGS 项目并不值得做？相信不少人听到 NGS 都会想知道上面这些问题，今天我们就来好好扒一 NGS。
1什么是 NGS？肿瘤是一个多基因疾病，基因变异在肿瘤的发生发展、治疗指导中的作用已经毋庸置疑，因此基因检测已经成为肿瘤患者的常用诊疗工具。
随着科技的发展，NGS 也成为目前最为炙手可热的检测技术。
NGS 也称为大量并行测序（MPS）或高通量测序技术（HTS），允许短时间内同时检测大量核苷酸，因此以低成本、高准确度、高通量和快速检测而成为目前最常用的基因检测手段之一。
临床进行 NGS 时，可根据实际需要而使用包含不同数量基因的组套（panel）。
目前基因检测最常见的 3 部分为：•靶点和生物标志物检测；•化疗药物敏感性检测；•以及遗传易感性检测。
2靶点和生物标志物检测一项美国 SEER 注册分析显示，2006 年到 2013 年，癌症患者的死亡率每年降低 3.2%，2013 年到 2016 年则每年降低 6.3%。
可以说，是这期间出现的靶向药物和免疫药物彻底改变了晚期肿瘤的治疗格局。
使用靶向药要先明确是否具有相应靶点。
反过来说，具有多种基因突变且有相应靶向药物治疗机会的晚期肿瘤患者应该首选 NGS 检测。
ESMO 推荐意见中，建议晚期非鳞非小细胞肺癌（NSCLC），晚期前列腺癌，晚期卵巢癌和晚期胆管癌患者常规应用 NGS 进行检测。
在晚期结肠癌中，NGS 可作为聚合酶链式反应（PCR）的替代方法。
例如在晚期非鳞NSCLC 中，应常规检测EGFR、ALK，MET、BRAF、ROS1、NTRK、RET、KRAS 和ERBB2 基因。
分别检测费时且价格昂贵，而 NGS 就是同时进行多基因检测的良好方法。
虽然没有获批的靶向药物，但是患者已经进入后线治疗，没有理想治疗方案时，可以考虑使用 NGS 检测是否存在低级别证据（表 1 中的 C 级和 D 级）的靶点。
NGS在肺癌中的应用与报告解读
NGS
一代测序 FISH ARMS
RTPCR
IHC
代谢产物
肺癌中越来越多的变异被定义为actionable靶点
应用一：多基因平行检测能够增加患者接受靶向治疗的机会
平行检测NCCN指南推荐8基因
检测基因型
EGFR突变 ALK重排/融合
HER2突变 BRAF V600E突变 MET扩增/14外显子跳读
E6:A20
E20:A20
Differential Crizotinib Response Duration Among ALK Fusion Variants in ALKPositive Non–Small-Cell Lung Cancer
Yoshida T, et al. Journal of Clinical Oncology. 2016. June 27 on line
病例三：EGFR TKI治疗后继发多重耐药机制
突变的临床解读
✓ 临床意义
✓ 对应靶向药物
✓ 敏感性、耐药性？
Relationship level
Implication1
Implication2
Implication3 Implication4 Implication5
敏感
可能敏感
FDA/NCCN 1A FDA/NCCN 1B
EGFR突变 ALK重排/融合
HER2突变 BRAF V600E突变 MET扩增/14外显子跳读 ROS1重排/融合
RET重排/融合 KRAS突变 TOTAL
可根据临床需求和患者经济承受能力选择不同大小的panel
问题2：应该检测多少位点？全外显子？
基因！=位点 基因包含成千上万个位点
点突变&插入缺失
NGS技术在肿瘤个体化治疗中的应用研究
NGS技术在肿瘤个体化治疗中的应用研究引言：肿瘤是世界范围内一种常见病，其发病率和死亡率仍然居高不下。
多年来，人们持续不断地进行着与肿瘤治疗相关的研究和探索，目的是为了找到更有效的治疗方法。
近年来，基因组测序技术（Next Generation Sequencing，NGS）在肿瘤的个体化治疗方面取得了显著的突破。
本文将探讨NGS技术在肿瘤个体化治疗中的应用研究。
一、肿瘤个体化治疗的概念和意义肿瘤个体化治疗，也被称为精准医学或个性化治疗，是根据患者肿瘤的个体遗传特征和其它相关因素，通过对患者进行基因组测序和分析，来制定适合患者个体情况的治疗方案。
相较于传统的肿瘤治疗方法，个体化治疗可以更准确地指导治疗方案的制定，从而提高治疗的成功率和患者的生存率。
因此，肿瘤个体化治疗被认为是未来肿瘤治疗的一个重要发展方向。
二、NGS技术在肿瘤个体化治疗中的应用1. 肿瘤基因组测序NGS技术可以快速高效地对肿瘤样本进行基因组测序，以获取肿瘤细胞中遗传变异的信息。
通过对肿瘤基因组的测序分析，可以发现肿瘤细胞中潜在的致病突变和基因的异常表达，为制定个体化治疗方案提供依据。
同时，肿瘤基因组测序还可用于监测肿瘤的进展和转移，以及评估肿瘤治疗的效果。
2. 靶向治疗的指导NGS技术不仅可以揭示肿瘤的遗传变异，还可以预测肿瘤对特定药物的敏感性。
通过整合多组学数据，如基因组、转录组和蛋白质组等信息，可以寻找到与肿瘤发生和发展相关的关键突变，并进一步预测肿瘤对特定靶向治疗药物的敏感性。
这种个体化的药物选择可以增强治疗的针对性，提高抗肿瘤疗效。
3. 肿瘤免疫治疗的筛选免疫治疗是目前最热门的肿瘤治疗方法之一。
NGS技术可以用于分析肿瘤细胞的免疫组库，并发现肿瘤细胞中存在的免疫逃逸机制和潜在的靶点抗原。
通过对患者肿瘤免疫组库的分析，可以评估免疫疗法的应用前景，并为制定个体化的免疫治疗方案提供依据。
4. 微环境治疗的优化肿瘤微环境是肿瘤细胞周围的细胞和分子组成的复杂网络系统。
NGS在精准医疗中应用
ISEL研究，所有病人同时入组，用易瑞沙无获益，但亚裔不吸烟肺腺癌患者获益
靶向治疗与伴随诊断
NCCN NSCLC 2014V2 以前，晚期转移NSCLC推荐EGFR及ALK检测
什么是基因变异？
前文提及：DNA携带了全套遗传信息，很稳定；但是总难免有差错的 时候，基因的DNA片段某个地方序列发生变化，和原来的DNA不同了， 这就是基因变异。
NGS检测优势-更多用药机会
NCCN 指南关于NCCL靶向药伴随诊断建议
检测基因型
靶向药
EGFR突变
ALK重排/融合 Her2突变 Braf突变 Met扩增 Ros1重排/融合 Ret重排/融合 Kras突变
通用名
生产厂商
商品名
英文名
厄洛替尼
瑞士罗氏
特罗凯
erlotinib
吉非替尼
英国阿斯利康
易瑞沙
较高
化疗与靶向治疗的抉择
靶向治疗
口服，在家
靶向药发展-肺癌
肺癌靶向药物发展超过十年，晚期非小细胞肺癌中位生存期提高三倍以上， 达到3.5年；生存质量也大幅提高
JAMA. 2014;311(19):1998-2006. doi:10.1001/jama.2014.3741
靶向治疗与伴随诊断
先检测EGFR突变
传统分子诊断手段的挑战
对低丰度变异的 高敏感性检测
肿瘤异质性
多基因与多变异 形式的平行检测
样本微量
高侵入性 液体活检
二代测序（NGS）
一代测序：Sanger法，单基因测序 二代测序：高通量测序
采样提取基因组 基因组片段化形成测序+。。。✓ 高通量（>千万序列/次） ✓ 多基因平行测序 ✓ 检测准确、灵敏
NGS在肺癌中的应用与报告解读
C
肿瘤细胞占比66%，突变丰度33%
肿瘤组织中的突变丰度与肿瘤细胞占比 密切相关
*在发生拷贝数变异的情况下，突变丰度可能会超过50%
问题6 组织中的低丰度突变是否意义不大？
组织病理评估可以帮助解读肿瘤组织的检测结果，突变的丰度与肿瘤细胞占比密切相关。 未有研究表明，低丰度突变不能指导用药。传统ARMS检测不区分丰度
肿瘤负荷大的晚期病人ctDNA丰度高 肿瘤负荷小的早期病人ctDNA丰度低
组织突变丰度 vs 血液突变丰度
突变丰度范围 关键因素
因素如何评估
影响因素
肿瘤组织
血检cfDNA
1% ~ 99%
0.01% ~ 99%
肿瘤细胞占比
ctDNA / cfDNA
可病理评估（粗略估计）
无法直接评估。利用突变 丰度来倒推ctDNA丰度
NGS在肺癌中的应用与报告解读
张周 燃石医学生物信息总监
2017.09
提纲 /CONTENTS
NGS检测在肺癌中的应用
多基因平行检测---预期检出多少突变？ 组织+液体活检---有什么临床价值？ 突变丰度---临床意义？
NGS检测报告解读案例
肿瘤是因为基因变异导致的疾病
分子病理检测
DNA
RNA 蛋白
丰度反映不同亚克隆的比例关系，可动态监控肿瘤的时空演化
EGFR L858
EGFR L858
• Allele Fraction(AF) = “A” / total depth=4/14=28.5%
• 突变丰度体现突变的DNA占所有DNA 的比例（肿瘤细胞占比）
Wild type 野生型 == “G” Mutation 突变型 == “A”
二代测序(NGS)在肿瘤检测中的应用
二代测序（NGS）在肿瘤检测中的应用什么是二代测序？二代测序是一种高通量测序技术，又称为下一代测序，指的是与Sanger测序技术相比，能同时进行大量DNA或RNA序列测序的新一代测序技术。
二代测序主要包括Illumina、Ion Torrent、BGI等不同平台，都具有高通量、高灵敏度、高精度、低成本等优势。
它已经广泛应用于基因组学、转录组学、表观基因组学以及其他生命科学领域的研究和应用中。
二代测序的优缺点相较于传统的sanger测序、PCR技术、FISH等，二代测序优点有哪些？01产量高：能够一次性测序数百万到数千万条读段，比传统高出好几个数量级，大大提高了测序数据的覆盖率和可靠性。
02准确性高：高质量的测序和分析能够避免Sanger测序中的一些错误，如Sanger测序就很难以高的可信度将7个A和8个A区分开来。
03灵敏度高：能够检测到低浓度样本中的DNA或RNA。
04检测范围广：能够同时进行多种基因检测。
对于只能切一次的小样本，又同时需要多种基因检测，二代测序是最好的选择，这对患者意义重大。
二代测序也能够用于基因组学、转录组学、表观遗传学等多个领域的研究和应用。
05成本低：相比传统测序技术，二代测序每个基因的成本更低。
当然二代测序也有些短板：01对样本质量要求较高：如果样本有大量炎症、坏死、氧化等可能导致数据质量的下降。
02数据分析难度较大：由于数据量大、质量不一和分析方法复杂等问题，对数据分析和解读的要求较高。
03报告周期长：相对于传统检测，二代测序复杂的实验流程和分析需要耗费时长更长。
二代测序对肿瘤患者有什么意义呢？二代测序在肿瘤领域中，可以帮助医生更好地了解肿瘤的性质、演化过程和药物敏感性等，从而为肿瘤的诊断、治疗和预后评估提供更精准的指导。
具体包括以下几个方面：01帮助诊断二代测序技术可对患者的基因组进行全面测序，帮助医生判断某些疾病是否是遗传性的。
对于有明显家族肿瘤史者，有必要进行特定的遗传性肿瘤综合征基因检测。
NGS技术在个体化医学诊断和治疗策略上的应用前景
NGS技术在个体化医学诊断和治疗策略上的应用前景随着科技的不断发展和进步，医学诊断和治疗策略也在不断演进和改进。
其中，新一代测序（Next-Generation Sequencing，简称NGS）技术作为一种高通量的测序技术，为个体化医学的诊断和治疗提供了新的前景和机会。
本文将探讨NGS技术在个体化医学诊断和治疗策略上的应用前景，并探讨其在不同领域中的具体应用。
首先，NGS技术在癌症个体化医学上的应用前景非常广阔。
癌症是世界范围内引发人类死亡的主要原因之一，而个体化医学可以根据患者的个体特征和基因变异来制定个性化的治疗策略。
NGS技术通过对肿瘤样本进行全基因组或全外显子组测序，可以全面地了解患者的遗传背景和突变情况，进而帮助医生选择最合适的靶向治疗药物。
此外，NGS技术还可以用于监测肿瘤的进展和预测患者的治疗效果，为临床决策提供实时的、准确的数据支持。
因此，NGS技术在癌症个体化医学上的应用前景是非常令人期待的。
除了癌症，NGS技术在遗传疾病的个体化诊断和治疗方面也具有巨大潜力。
遗传疾病是由个体基因突变引起的疾病，通过对患者基因组的测序，可以快速而准确地识别突变位点和相关基因。
NGS技术的高通量和高效率，使得对整个基因组的测序成为可能。
这将有助于医生更好地理解疾病的遗传机制，并为患者提供个体化的治疗方案。
此外，NGS技术还可以用于筛查新生儿遗传疾病，帮助及早诊断和治疗，从而减轻患者和家庭的负担。
因此，NGS技术在遗传疾病的个体化医学中的应用前景十分广阔。
此外，NGS技术还可以在传染病的个体化诊断和治疗上发挥重要作用。
传染病是由病原体感染引起的疾病，个体化医学在传染病的防治中有着重要的作用。
NGS技术可以对病原体的基因组进行快速测序和分析，从而迅速鉴定病原体的种类和突变情况。
这有助于医生选择最合适的药物和治疗方案，并避免抗生素滥用和耐药性的发展。
此外，NGS技术还可以帮助追踪疫情的传播路径和变异情况，为公共卫生管理提供及时有效的决策支持。
现代分子诊断技术在肿瘤诊治中的应用
现代分子诊断技术在肿瘤诊治中的应用随着现代医学的不断发展，肿瘤诊治中的分子诊断技术越来越受到注重。
分子诊断技术能够通过检测肿瘤细胞内的蛋白质、DNA等分子来确定患者是否患有肿瘤以及肿瘤的类型，从而为医生提供更具针对性的治疗方案。
本文将对现代分子诊断技术在肿瘤诊治中的应用进行探讨。
一、肿瘤诊治中的分子诊断技术分子诊断技术是一种通过分析肿瘤细胞内的分子来诊断肿瘤的技术手段。
目前在肿瘤诊治中主要应用的分子诊断技术包括：免疫组织化学、蛋白质芯片技术、荧光原位杂交（FISH）技术、实时荧光定量PCR（qPCR）技术、下一代测序（NGS）技术等。
其中，免疫组织化学是一种通过检测肿瘤细胞内的免疫标记物来确定肿瘤类型的技术，它可以帮助医生明确诊断。
蛋白质芯片技术则是一种可以同时测定大量蛋白质表达水平的技术手段，它可以帮助医生确定不同肿瘤类型的蛋白质表达功能，并且为医生提供更有针对性的治疗方案。
FISH技术是一种可以检测肿瘤细胞内基因缺失、基因扩增等命名的技术，它可以帮助医生确定肿瘤的遗传变异情况。
qPCR技术则是一种可以快速准确检测基因表达水平的技术手段，可以帮助医生确定基因表达水平高低及通路活性以及肿瘤的恶性程度。
NGS技术则是一种在较短时间内实现对肿瘤生物组分析的技术，能够发现潜在DNA突变和融合基因，为医生提供更为详尽的肿瘤基因组信息。
二、现代分子诊断技术在肿瘤诊治中的应用非常广泛，可以帮助医生确定基因突变、基因重排、基因扩增等情况，从而为医生提供更为针对性的治疗方案，同时也可以在肿瘤的治疗过程中监控患者的反应情况和病情进展。
近年来，分子诊断技术在肿瘤诊治中应用范围越来越广泛。
例如，在乳腺癌的诊治中，分子诊断技术已经成为常规的诊断方法之一。
医生可以通过检测乳腺癌细胞内的HER2基因扩增情况，来确定患者是否适合接受HER2靶向治疗。
在非小细胞肺癌的治疗中，EGFR基因突变状态的测试也是常规检验之一，EGFR基因扩增使患者更容易对药物治疗产生反应。
NGS技术在医学基因组学中的应用
NGS技术在医学基因组学中的应用NGS技术，即“下一代测序”技术，是一种高通量、高灵敏度的基因测序技术。
它的出现，极大地推动了医学基因组学的发展，使得我们能更加准确、快速、全面地了解人类基因组，从而为人类健康提供更精准的医疗服务。
NGS技术的应用范围极其广泛，目前已经在基础医学研究、临床诊断、个体化药物治疗等领域中得到了广泛的应用。
下面，我们来详细了解一下NGS技术在医学基因组学中的应用。
一、基础医学研究基础医学研究是医学领域最重要的基础之一，与人类基因组的研究更是密不可分。
NGS技术的高通量和高灵敏度能够帮助我们更好地解析人类基因组，从而更全面地了解基因在人类健康和疾病中的作用。
例如，NGS技术可以用来研究癌症发生的机制、基因突变的分布及其影响、药物的耐受性等。
通过对大量基因数据的分析比对，我们可以深入地了解癌症基因的变化规律，这对于癌症的早期预防、早期诊断及个体化治疗都有着重要的意义。
此外，NGS技术也可以用来研究复杂遗传性疾病。
相比于传统的基因测序方法，NGS技术拥有更高的精度和更广的覆盖范围，能够更好地解析疾病基因中的复杂变异现象，从而为基础医学研究提供更完整的数据支持。
二、临床诊断临床诊断是医疗领域最为核心的任务之一。
NGS技术的高通量和高灵敏度，为临床诊断提供了强有力的支撑。
例如，NGS技术可以用来帮助医生诊断罕见遗传性疾病。
传统的遗传性疾病诊断方法需要进行大量人力、物力的工作，而且往往只能得出推测性的结论。
而NGS技术则能够大大缩短诊断时间，并为医生提供更为准确的诊断结果，这对于罕见疾病的治疗、预防具有极大的意义。
此外，NGS技术还可以用来进行肿瘤诊断。
通过对肿瘤组织中的基因进行测序比对，可以确定肿瘤的具体类型、病程和治疗策略，从而为肿瘤患者提供个体化的治疗方案。
三、个体化药物治疗个体化药物治疗是近年来医学领域中的一个热门课题。
NGS技术的高通量和高灵敏度，能够帮助医生更好地确定每一位患者的药物反应类型，为个体化治疗提供必要的数据支撑。
高通量基因测序技术在肿瘤治疗中的应用
高通量基因测序技术在肿瘤治疗中的应用高通量基因测序（Next-generation sequencing，NGS）技术是一种在较短时间内高效并且经济地测定DNA序列的技术。
它能够对整个基因组进行测序，并且可以同时测定多个样本的DNA序列。
近年来，高通量基因测序技术在肿瘤治疗领域的应用越来越广泛，为肿瘤的预防、诊断和治疗提供了强大的工具和支持。
首先，高通量基因测序技术在肿瘤基因组学研究中有着重要的作用。
肿瘤是由多个基因突变所引起的疾病，基因突变的鉴定对于肿瘤的疾病诊断、预后评估和治疗决策具有重要意义。
高通量基因测序技术可以对肿瘤样本中的基因突变进行全面的分析，包括单核苷酸变异(SNV)、插入缺失(Indel)、重排、拷贝数变异(CNV)等。
通过对大量的肿瘤样本进行测序分析，可以发现与肿瘤相关的突变和关键的致癌基因，并且揭示肿瘤发生和发展的分子机制，为肿瘤的分类和治疗提供了重要的依据。
其次，高通量基因测序技术可以应用于肿瘤的个性化治疗。
个性化治疗是根据肿瘤患者的遗传特征和基因突变来选择最合适的治疗方案。
高通量基因测序可以快速鉴定出患者肿瘤中的特定突变，从而筛选出最适合的药物靶标和药物。
例如，EGFR 突变在非小细胞肺癌患者中非常常见，可以通过高通量基因测序技术鉴定出患者是否有EGFR突变，在选择药物治疗时就可以选择EGFR抑制剂，提高治疗的有效性。
此外，高通量基因测序技术能够提供关于肿瘤的复发和药物抵抗的信息，帮助医生及时调整治疗方案。
再次，高通量基因测序技术也可以应用于肿瘤筛查和早期预防。
肿瘤的早期发现和治疗可以极大地提高患者的生存率。
高通量基因测序技术可以对大规模的人群进行基因组测序分析，发现与肿瘤相关的基因突变和易感基因，从而实现对肿瘤的早期筛查和预防。
例如，乳腺癌患者中BRCA1和BRCA2基因突变与肿瘤发生的风险密切相关，通过对这些基因进行测序分析，可以帮助早期发现患者的遗传风险，从而采取积极的治疗和预防措施。
NGS用于指导晚期恶性肿瘤治疗
总生存率
N 爆发 130 缓慢 42 局部 55
中位
P
17.1
39.4 <0001
23.1
20
40
60
80 100
时间 (月)
病例
患者，女性，53岁，“确诊肺癌5月，反复咳嗽半年余加重1月” 于 2016-2-19入院。 2015-8-26至浙一医院就诊，查胸部CT增强（2015-8-31）示：左肺占位，肿瘤考虑，
N=18 15 2 2 7 1 3 1 2
Yu HA, et al. 2012 ASCO Abstract 7527.
PFS (%) OS (%)
病例符合目前肺癌治疗的模式： 检测——用药——耐药——检测——用药调整循环
15
Politi K, et al. Clin Cancer Res. 2015 May 15;21(10):2213-20.
EGFR-TKI获得性耐药的可能机制
获得性耐药患者的管理策略？
三种临床失败模式
24.2% (55/227)
18.5% (42/227)
57.3% (130/227)
爆发进展:
• •
疾病控制≥3个月 与以往评估相比，肿瘤负荷快速增加
• 症状评分达到2
• 疾病控制≥6个月
缓慢进展 • 与以往评估相比，肿瘤负荷轻微增加
耐药
- T790M - MET扩增 - HGF过表达 - 其他
AXL 表达
MAPK1扩增 HER2扩增 SCLC PIK3CA Met扩增
T790M突变
新药
化疗
持续EGFR-TKI +化疗
局部治疗 放疗，手术
T790M
不可逆EGFR-TKI 突变特异性TKI
利用NGS技术实现肿瘤基因变异检测
利用NGS技术实现肿瘤基因变异检测随着科技的不断发展，人们对于癌症的认识越来越深刻。
但是仍有很多癌症患者不能及时获得精准的治疗方案，其中很大一部分原因是由于肿瘤的基因变异造成治疗难度的提高。
因此，肿瘤基因变异检测成为了一种越来越重要的手段，NGS（Next Generation Sequencing）技术在这一领域发挥了重要作用。
本文将从以下几个方面来介绍如何利用NGS技术实现肿瘤基因变异检测。
一、NGS技术是什么？传统的Sanger技术虽然也可以进行基因测序，但是其速度较慢，费用较高。
而NGS技术可以同时分析多个靶基因或多个肿瘤标本，其效率和准确度均能得到提高。
NGS基本原理是将目标文库（需测序的DNA片段）将DNA分子在每个位置进行定向扩增并用不同颜色的荧光分子进行标记，在一个机器上同时进行成百上千次的测序，将大量的测序数据通过计算方法进行拼接，最终得到目标的基因序列。
在NGS技术中，独家存在的核苷酸序列可以方便地被过滤、搜索并进行注释和解读，这让NGS技术成为了当前应用最广泛、具备实用性的一种测序技术。
二、NGS技术在肿瘤基因变异检测中的应用在肿瘤基因变异检测中，由于肿瘤细胞的基因组结构与正常细胞不同，因此需要进行对比分析，NGS技术可以准确地检测出这些差异。
此外，NGS技术还可以通过检测宏基因组和微卫星不稳定性，以及肿瘤细胞中微小RNA和蛋白质相关信号通路的异常表达等多种方式，更全面、准确地进行基因变异检测。
三、NGS技术的优势相对于传统的检测方式（如外显子测序和FISH等），NGS技术具有以下优势：1. 成本低廉——NGS能够同时分析多个样本，而且分析时间只需要几天到一周不等，相对于传统的检测方式，成本更低。
2. 覆盖率高——通过NGS可以更全面地检测基因变异，特别是那些较小、易被忽略的基因变异，其检测覆盖率相对更高。
3. 效率高——NGS技术可以实现快速高通量测序，可以同时进行全基因组测序、外显子测序、RNA-seq等多种测序方式，检测效率得到极大的提升。
NGS技术在肿瘤个体化治疗中的优势及局限性
NGS技术在肿瘤个体化治疗中的优势及局限性肿瘤个体化治疗是一种基于个体基因组信息的治疗策略，旨在根据不同患者的基因组特征，制定个体化的治疗方案，从而提高治疗效果。
随着高通量测序技术的不断进步，尤其是下一代测序（Next Generation Sequencing，NGS）技术的问世，肿瘤个体化治疗进入了一个新的时代。
本文将重点探讨NGS技术在肿瘤个体化治疗中的优势及局限性。
首先，NGS技术具有高通量的特点，能够快速、准确地测序大量的DNA或RNA序列。
相比传统的测序方法，NGS技术在样本处理、实验时间和经济成本上都有明显的优势。
通过大规模测序，可以同时检测多个基因的突变、融合、复制数变异等信息，为肿瘤个体化治疗提供了更多的生物学信息基础。
其次，NGS技术可以检测多种类型的变异。
除了已知的突变类型，如基因点突变、插入缺失等，NGS技术还可以检测到新的突变类型，如复杂结构变异、基因重排等。
这使得NGS技术在个体化治疗中能够更全面地了解肿瘤的基因组特征，从而更准确地制定治疗方案。
另外，NGS技术还可以通过分析肿瘤中的循环肿瘤DNA （circulating tumor DNA，ctDNA），实现无创的肿瘤监测。
ctDNA是肿瘤细胞释放到血液中的DNA片段，可以通过血液样本进行测序分析。
通过监测ctDNA的变化，可以实时了解肿瘤的进展和治疗效果，并根据变化调整治疗方案，实现个体化的治疗。
然而，NGS技术在肿瘤个体化治疗中也存在一些局限性。
首先，NGS技术虽然能够高通量地测序基因组，但仍然受到测序深度和覆盖度的限制。
特别是对于样本中低频突变的检测，仍然存在一定的假阴性或假阳性的可能性。
因此，在解读NGS结果时需要结合临床病史和其他检测方法，进行综合分析。
其次，NGS技术在分析和解读大规模测序数据时需要复杂的生物信息学分析流程。
研究人员需要具备专业的生物信息学知识和数据处理能力，才能更好地解读和分析NGS结果。
.NGS用于指导晚期恶性肿瘤治疗的2016--2016-7-3 宁波
方法：
Methods
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
突变负荷和反应
Mutation load and response
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
血浆游离DNA（cfDNA)的NGS揭示AKT1 E17K突 变肿瘤的克隆演变：一项AKT抑制剂 （AZD5363）I期篮子研究的患者分析
Serial Next Generation Sequencing (NGS) of cell free DNA (cfDNA) reveals clonal evolution of AKT1 E17K mutant tumors: analyses from patients enrolled on a phase I basket study of an AKT inhibitor (AZD5363)
局部进展 • 疾病控制≥3个月
• 孤立性颅外进展或颅内进展 • 症状评分达到1
Yang JJ, et al. Lung Cancer. 2013 Jan;79(1):33-9.
EGFR-TKI获得性耐药的治疗策略
单纯局部治疗
排除CNS PD
184颅外PD患者 (7+年)中，18例接受局部治疗 (MSKCC经验) 自局部治疗时间
NGS指导下的肿瘤免疫治疗
cfDNA检测与肿瘤治疗
NGS在多种实体肿瘤治疗中的应用
背景：
ctDNA PPV vs. tissue biopsy (NSCLC, CRC, Breast, Others)
Presented By David Hayes at 2016 ASCO Annual Meeting
结直肠癌NCCN指南基因检测更新，NGS再受指南认可
结直肠癌NCCN指南基因检测更新，NGS再受指南认可近年来，NGS在临床肿瘤学中的应⽤不断拓宽。
结合ctDNA（Circulating Tumor DNA,循环肿瘤DNA），NGS逐渐成为临床开展早筛早诊、分⼦分型、预后预测、疗效监测、复发监测等研究的强⼒⼯具。
NGS（Next-Generation Sequencing）⼆代测序技术，⼜称⾼通量测序技术，以能⼀次并⾏对⼏⼗万到⼏百万条DNA分⼦进⾏序列测定和⼀般读长较短等为标志。
2019年第1版的NCCN结肠癌和直肠癌指南更新，其中对基因检测部分内容也进⾏了更新，NGS技术再受NCCN指南认可。
指南⾸次明确认可使⽤NGS技术检测KRAS/NRAS/BRAF三基因所有转移性结直肠癌患者均应进⾏RAS（KRAS和NRAS）和BRAF突变的基因分型，可以单独检测，也可以作为⼀个NGS panel的⼀部分进⾏检测。
指南的进⼀步肯定，印证了NGS在结直肠癌临床诊疗中的⼴泛应⽤，⼀定程度上代表了NGS的运⽤是未来的趋势。
虽然这是第⼀次明确肯定使⽤NGS检测KRAS/NRAS/BRAF三基因，却不是第⼀次明确肯定在肠癌诊疗中使⽤NGS技术。
在上⼀版的指南中，即认可使⽤NGS检测MSI。
MSI检测的临床意义（1）指导治疗1）MSI-H患者不会从5-FU辅助治疗中获益；2）MSI-H结肠癌患者对免疫治疗PD-1抗体K药和O药疗效显著。
（2）帮助筛选林奇综合征（80%林奇综合症存在MSI现象）（3）判断预后MSI-H是II期结直肠癌患者预后良好的⼀个标志物。
对于MSI-H肿瘤的II期结直肠癌患者，3/4级分化（低分化）不再认为是⾼危因素。
NTRK及Larotrectinib写⼊肠癌指南指南指出检测应当包含NTRK基因融合。
Larotrectinib系FDA批准的⾸个泛实体瘤靶向治疗药物，携带NTRK基因融合的不可⼿术或转移性实体瘤均可使⽤，⽆需考虑发病部位。
该疗法于去年11⽉获批。
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简介
• 在进展期黑色素瘤患者 中Intro，duction抗PD-1治疗有30-45% 的有效率；
• 反应可能持续存在； • 较难辨别有效人群； • 因此需要有效预测标记
物。
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
抗PD-1/PD-L1的候选标记物
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
结论
• 二代杂交捕获法为基础的NGS检测突变负荷与抗PD-1/PD-L1疗 效相关
Conclusions
• 236-315个基因突变负荷的检测结果与全外显子测序结果一致 • 通过此法检测突变负荷可能有助于临床的治疗决策和预测疗效。
特定突变
Specific mutations
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
特定突变
Specific mutations
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
600
518 500
425
400
382
299 307
303 314
300
278
200
100
0 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016
内容：
NGS指导下的肿瘤免疫治疗 cfDNA检测与肿瘤治疗 NGS在多种实体肿瘤治疗中的应用
癌症是一种……的疾病?
DNA
• 胚系 —家族性肿瘤综合征
Cancer is a disease of …
—药物基因组学 • 体系
—单核苷酸变异（突变） —短序列插入/缺失 —长序列缺失/扩增 —结构的变异（易位）
免疫系统
• B细胞受体—克隆和多样性 （DNA或RNA）
• T细胞受体—克隆和多样性 （DNA或RNA）
• 突变负荷（RNA或DNA） • 肿瘤亚克隆 • RNA特征
突变负荷和反应
Mutation load and response
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
突变负荷和生存率
Mutation load and survival
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
Presented By David Hayes at 2016 ASCO Annual Meeting
以杂交捕获法为基础的二代基因测序法可作为预 测抗PD-1/PD-L1治疗黑色素瘤疗效的标记物
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
突变负荷比较
Mutation load comparisons
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
在未选择患者中的突变负荷及生存率
在未选择患者中 突变负荷与生存 Mutation load and survival in unselected patients 率无关
测序的优势
• 价格更低廉 • 品质更高 • 适用范围更广
—机器 Sequencing is … —试剂盒 —软件 • 组织灵活性更高 —石蜡标本 —无需细胞 —甚至RNA！
Presented By David Hayes at 2016 ASCO Annual Meeting
近8年，ASCO年会上与NGS相关的摘要数目投稿
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
TCR克隆
TCR clonality
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
潜在临床价值及意义
Potential implications
码区序列 Aims —突变负荷和特殊突变与临床结果的相关性 —与全外显子测序所得突变负荷相比较
• T细胞受体测序与结果的相关性
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
方法：
Methods
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
突变负荷和反应
Mutation load and response
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
突变负荷和反应
Mutation load and response
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
大家好
1
大家好
2
NGS用于指导晚期恶性肿瘤治疗 2016 ASCO新进展
----精准检测，精准治疗
Insight on Novel Mechanisms and Precision Care
方勇
浙江大学医学院附属邵逸夫医院肿瘤内科
基因检测一览
同病异治 异病同治
遗传性肿瘤 重叠表型
Presented 016 ASCO Annual Meeting
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
内容：
NGS指导下的肿瘤免疫治疗 cfDNA检测与肿瘤治疗 NGS在多种实体肿瘤治疗中的应用
背景：
ctDNA PPV vs. tissue biopsy (NSCLC, CRC, Breast, Others)
Candidate biomarkers for anti-PD-1/PD-L1
克隆性增殖，突变或新的抗原
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
目标：
• 假设：小片段基因能精确地代替基因突变负荷 • 以杂交捕获法为基础的二代基因测序法检测236-315个基因编