DNA甲基化与临床应用
DNA甲基化及其在疾病治疗中的应用
DNA甲基化及其在疾病治疗中的应用在人体细胞中,DNA是一种复杂的生物大分子,起着存储遗传信息的重要作用。
然而,DNA分子不仅仅是一个名词,它还是一个带有活性的生物分子,其上常常发生化学修饰,这些修饰会影响DNA分子的空间构象和功能。
DNA甲基化就是其中一种常见的化学修饰,它在很多生物过程中起着重要的作用。
本文主要介绍DNA甲基化的原理、调控机制、以及它在疾病治疗中的应用。
一、DNA甲基化的原理DNA甲基化是指在DNA分子中加上甲基(CH3)基团的化学修饰。
DNA中的甲基化通常所指甲基化胞嘧啶(m5C)基团或甲基化腺嘌呤(m6A)基团。
DNA甲基化是一个常见、稳定的表观遗传学修饰,从一代细胞传播到下一代细胞中,其遗传信息可以被保持。
DNA甲基化位点通常位于C和G两端的甲基化CpG二联体上。
二、DNA甲基化的调控机制DNA甲基化发生和调控机制非常复杂,涉及到DNA甲基转移酶和DNA甲基化酶两个家族。
其中DNA甲基转移酶(DNMT)是负责向DNA链上加上甲基(CH3)基团的酶,它们能够通过氧化还原反应将SAM(S-腺苷甲硫氨酸)的甲基转移至5-位C基团上。
相反,DNA甲基化酶负责将DNA链上的甲基化基团去除。
这些酶家族的数量不同,催化速率也不同,它们共同调控着DNA分子的甲基化。
三、DNA甲基化与疾病随着技术的不断进步,人们逐渐认识到DNA甲基化与疾病之间的联系。
多个疾病如癌症、心脏病、神经退行性疾病等均与DNA甲基化的异常有关。
DNA甲基化异常可以导致基因表达的异常,进一步影响细胞功能,从而导致人体多种疾病的发生。
四、DNA甲基化在疾病治疗中的应用DNA甲基化异常可能成为精准治疗的重要靶点。
目前,许多DNA甲基化修饰抑制剂都已进入了临床试验,并取得了一些疗效。
比如,DNA甲基转移酶抑制剂可以用于治疗癌症等疾病。
此外,针对DNA甲基化修饰的基因编辑技术如CRISPR-Cas9系统也进一步扩展了这一领域的研究范围,可望为特定疾病的基因治疗提供新的思路和方向。
DNA甲基化在疾病发生与疾病治疗中的应用
DNA甲基化在疾病发生与疾病治疗中的应用DNA甲基化是指在DNA分子的胞嘧啶环的5位碳原子上发生甲基化修饰的过程,由此形成的5-甲基胞嘧啶(5mC)是热带地区最普遍的一种DNA碱基。
在生物体中,DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰方式,对基因表达、细胞分化和稳态维持等过程起重要的调控作用。
然而,当DNA甲基化异常时,就容易导致疾病的产生与发展。
目前已有许多研究表明,DNA甲基化与多种疾病的关联,包括但不限于癌症、心血管疾病、神经系统疾病和自身免疫性疾病等。
因此,探讨和利用DNA甲基化在疾病预测、诊断和治疗中的应用具有重要的意义。
DNA甲基化在癌症中的应用目前已发现DNA甲基化异常与肿瘤发生的密切相关。
在多数癌症中,恶性肿瘤细胞的DNA甲基化模式存在异常,导致了一系列关键基因(如肿瘤抑制基因)的甲基化和表达异常。
此外,DNA甲基转移酶和DNA甲基化酶的异常表达也会引起肿瘤的发生和进展。
因此,通过分析DNA甲基化在癌症中的作用机制,可以预测肿瘤的发生和发展。
此外,近年来,利用基因芯片技术等方法可以对DNA甲基化在癌症中的作用进行较为全面的探究。
根据对治疗前后DNA甲基化水平的比较,可以发现DNA甲基化作为癌症治疗反应的生物标志物发挥了重要作用。
利用组蛋白去乙酰化和组合化学药物联合化疗等策略也可以有效地改变肿瘤细胞的DNA甲基化水平。
DNA甲基化在心血管疾病中的应用DNA甲基化异常也与心血管疾病的发生有关。
例如,常见的高血压等心血管疾病的患者DNA甲基化的模式存在一定的异常,导致某些基因表达受到抑制,从而影响心血管系统的功能。
据统计,利用DNA甲基化水平分析可以预测心血管事件、心脏功能异常、冠状动脉疾病等。
因此,在预测和诊断心血管疾病时,DNA甲基化的检测也具有潜在的应用价值。
DNA甲基化在神经系统疾病中的应用除了癌症和心血管疾病,DNA甲基化也与许多神经系统疾病相关。
例如,研究表明,某些神经元发生DNA甲基化模式异常与认知障碍、抑郁症、精神分裂症等的发生密切相关。
线粒体DNA甲基化的研究进展
线粒体DNA甲基化的研究进展线粒体是细胞内的重要器官,它主要负责细胞内能量的生产,维持细胞正常的代谢活动。
线粒体DNA(mtDNA)在人类遗传和疾病中起着重要作用。
过去,人们通常认为线粒体DNA相对稳定,但近年来的研究表明,线粒体DNA也会受到一定的甲基化修饰。
线粒体DNA 的甲基化过程对细胞内能量代谢、氧化磷酸化和疾病发生发展有着重要的影响。
本文将对线粒体DNA甲基化的研究进展进行综述。
一、线粒体DNA甲基化的发现线粒体DNA甲基化是近年来的研究热点之一。
1997年,张玉宇等人首次报道了线粒体DNA存在甲基化修饰,证实了线粒体DNA也可以发生甲基化。
而早在1970年代,就有研究者观察到了线粒体DNA存在着甲基化的现象,但长期以来线粒体DNA甲基化研究一直处于较为初步的阶段。
二、线粒体DNA甲基化的研究方法对于线粒体DNA的甲基化研究,研究者主要采用了甲基化敏感的酶切法、甲基化特异性的PCR分析等方法。
也可以利用高通量测序技术对线粒体DNA进行全基因组甲基化分析,更全面地揭示线粒体DNA的甲基化水平和模式。
三、线粒体DNA甲基化与疾病关系近年来,越来越多的研究表明,线粒体DNA甲基化与多种疾病的发生和发展密切相关。
线粒体DNA甲基化异常与肿瘤的发生密切相关。
研究发现,在肿瘤组织中,线粒体DNA甲基化水平普遍显著升高,而且这种升高与肿瘤的发生、发展密切相关。
线粒体DNA甲基化与糖尿病、心血管疾病等多种疾病也有着密切的关系。
研究表明,这些疾病患者的线粒体DNA甲基化水平明显异常,对疾病的发展起到了重要的调控作用。
四、线粒体DNA甲基化与细胞代谢活动线粒体DNA甲基化还与细胞内的能量代谢活动密切相关。
研究表明,线粒体DNA甲基化水平的变化会对细胞内的氧化磷酸化、呼吸链和ATP合成等过程产生明显的影响。
线粒体DNA甲基化还可能会通过影响线粒体的功能,引起线粒体功能受损、能量代谢紊乱等,并最终导致多种疾病的发生。
dna甲基化的研究进展及应用
DNA甲基化的研究进展及应用的实际应用情况1. 应用背景DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰方式,通过在DNA分子中加上甲基基团来调控基因的表达。
DNA甲基化在生物体的发育和疾病进程中起到关键作用,因此对其研究具有重要意义。
随着技术的发展,我们对DNA甲基化的认识逐渐深入,并且已经开始将其应用于多个领域。
2. 应用过程2.1 DNA甲基化检测技术DNA甲基化检测技术是研究DNA甲基化的关键工具。
目前常用的DNA甲基化检测技术包括: - 亚硫酸盐测序(Bisulfite Sequencing):通过处理DNA样本使未甲基化位点被转换成尿嘧啶,而已经甲基化的位点不受影响,然后进行测序分析。
- 限制性内切酶消化(Restriction Enzyme Digestion):通过特定限制性内切酶识别和切割未甲基化位点,然后使用PCR或Southern blot等方法检测切割的DNA片段。
- 甲基化特异性PCR(Methylation-Specific PCR):通过使用甲基化特异性引物,只扩增已甲基化或未甲基化的DNA片段,从而判断甲基化状态。
2.2 DNA甲基化的测序技术近年来,随着高通量测序技术的发展,研究人员可以更全面地了解DNA甲基化的分布情况。
通过结合Bisulfite Sequencing和高通量测序技术,我们可以对整个基因组进行DNA甲基化分析。
这种技术被称为全基因组甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing,WGBS),它能够提供高分辨率和全面性的DNA甲基化图谱。
2.3 DNA甲基化和疾病关联的研究DNA甲基化在多种疾病中扮演重要角色,并且被广泛应用于疾病诊断、预测和治疗。
在癌症中,DNA甲基化异常常常导致肿瘤抑制基因的失活和癌症相关基因的活化。
通过对肿瘤组织和正常组织中DNA甲基化的比较,可以发现候选的甲基化标记物,并且可以用于癌症早期诊断和预后评估。
DNA甲基化研究技术及应用
DNA甲基化研究技术及应用DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰,通过在DNA分子上附加甲基基团来影响基因的表达。
DNA甲基化在生物体生长发育、细胞分化、免疫防御和疾病发生等过程中发挥着重要的作用。
近年来,随着DNA甲基化研究技术的不断发展,人们对其机制和功能有了更深入的了解,并在医学诊断、疾病治疗以及生物技术领域中得到广泛应用。
DNA甲基化研究技术主要包括测定DNA甲基化位点的定性和定量方法以及分析甲基化产物的测定方法。
DNA甲基化位点的定性方法主要有甲基化特异性酶切、甲基化敏感荧光染料和甲基化特异性抗体结合等。
甲基化特异性酶切利用特定的酶来识别并切割非甲基化DNA而保留甲基化DNA,通过聚合酶链反应(PCR)或序列测定方法来检测甲基化位点。
甲基化敏感荧光染料是一种能与未甲基化DNA结合产生荧光信号的染料,可以通过荧光显微镜或流式细胞仪来观察和分析DNA甲基化。
甲基化特异性抗体结合利用抗体对甲基化DNA的高度特异性结合,通过免疫荧光染色或免疫印迹等方法来检测甲基化位点。
DNA甲基化的研究应用广泛,其中最具代表性的是在肿瘤研究和癌症诊断中的应用。
DNA甲基化在癌症发生和发展中起到重要的作用,可以作为癌症早期诊断和预后评估的生物标志物。
通过检测肿瘤细胞中的DNA甲基化状态,可以帮助医生确定癌症的类型、分期和预后,从而选择更合适的治疗方案。
此外,DNA甲基化还可以用于筛查和鉴定肿瘤干细胞,并进一步研究其分化和增殖机制。
除了癌症诊断外,DNA甲基化还在遗传疾病、神经系统疾病和心血管疾病等方面得到广泛应用。
比如,在遗传疾病中,DNA甲基化可以用来检测父母亲的甲基化状态是否正常,有助于预测子代患病的风险。
在神经系统疾病中,DNA甲基化可以作为评估神经退行性疾病风险的标志物,例如阿尔茨海默病和帕金森氏病。
在心血管疾病中,DNA甲基化可以用于预测患者的心血管事件的风险,以及根据患者的甲基化状态来指导治疗和预防措施。
DNA甲基化的作用与应用
DNA甲基化的作用与应用DNA甲基化作为一种重要的表观遗传修饰,已逐渐成为生物学领域的研究热点之一。
DNA甲基化是指在DNA分子上加上一个甲基基团,从而改变DNA序列上的碱基信息,影响基因表达。
本文将对DNA甲基化的作用和应用进行介绍,以期能够帮助读者更好地理解并体会该技术的价值。
一、DNA甲基化的作用DNA甲基化是指甲基转移酶对DNA分子中的腺嘌呤或胞嘧啶进行化学修饰,使其上加上一个甲基基团,从而改变了碱基的化学特性和空间构型,影响了基因表达过程。
具体来说,DNA甲基化在基因表达过程中对于以下方面都具有重要的作用。
1、基因沉默在人体细胞中,大约有20%的CpG位点处于甲基化状态。
当一个基因的起始区(包括启动子和调控区)中的CpG位点甲基化程度较高时,该基因就会被“沉默”或“关闭”,即不能被识别和转录,从而无法表达。
这种基因沉默的机制在胚胎发育、细胞分化和成熟等生理生化过程中起着重要的作用。
2、维持稳定性DNA甲基化能够稳定某些DNA序列和基因组甲基化模式,在不同的细胞类型和组织中形成稳定而不同的甲基化模式。
这种维持稳定性的能力非常重要,因为它保证了正常分化和细胞功能的发挥。
在人类身体细胞中,不同器官和组织中的细胞都有其独特的DNA甲基化模式,从而实现了不同组织和器官的特化和功能差异。
二、DNA甲基化的应用DNA甲基化在基因表达和细胞分化等方面拥有广泛的应用,以下将研究人员近年来在应用中进行的探索作为例子。
1、分析基因表达DNA甲基化模式的改变与某些疾病的发生有关,例如脑癌、乳腺癌和子宫内膜癌等。
研究人员可以通过在未甲基化的CpG位点上添加荧光标记或甲基化敏感的约翰逊敏感酶,来分析某个基因或基因组的甲基化状态,并研究其对基因表达的影响。
这些技术被称为亚甲基化组(MeDIP-chip或MeDIP-seq)和DNA甲基化芯片(DNAmicroarrays)。
2、基因组学研究DNA甲基化是研究基因功能和基因组学的强有力工具。
dna甲基化检测技术,应用场景与市场经验介绍
dna甲基化检测技术,应用场景与市场经验介绍DNA甲基化检测技术是一种用于研究DNA甲基化水平的分析方法。
DNA甲基化是一种通过在DNA分子上加上甲基基团来调控基因表达的化学修饰过程。
这种修饰可以影响DNA的结构和功能,从而对基因表达和细胞发育产生影响。
DNA甲基化在许多生物学和医学研究中都起着重要的作用,特别是在癌症、遗传学、表观遗传学和干细胞研究领域。
DNA甲基化检测技术可以帮助科研人员深入了解这些领域中DNA甲基化的作用和机制,进而有助于发现新的治疗方法和生物标记物。
DNA甲基化检测技术的应用场景非常广泛。
首先,在癌症研究中,DNA甲基化的异常可以作为癌症早期诊断和治疗的潜在标志物。
科学家可以通过检测特定基因的甲基化水平来判断某种癌症的发生和发展程度。
例如,在乳腺癌研究中,通过检测乳腺癌相关基因BRCA1和BRCA2的甲基化水平,可以对乳腺癌患者进行个体化的治疗。
其次,在遗传学研究中,DNA甲基化检测技术可以用于研究基因组的稳定性和遗传变异。
DNA甲基化在基因组的稳定性中起着重要的作用,而异常的DNA甲基化可以导致遗传变异和一些遗传性疾病。
科学家可以通过对不同个体、不同组织和不同发育阶段中的DNA甲基化进行分析,来研究基因组的遗传变异和发育过程的调控机制。
此外,在表观遗传学研究中,DNA甲基化检测技术可以帮助科学家了解基因表达调控和表观遗传变异的机制。
DNA甲基化可以通过改变DNA的结构和包装方式来影响基因的表达和功能。
通过检测DNA甲基化的变化,科学家可以研究不同组织、不同细胞类型和不同环境条件下基因表达的差异,进一步揭示表观遗传调控的机制。
DNA甲基化检测技术在市场上有着广阔的应用前景。
根据市场调研报告,全球DNA甲基化检测市场的规模预计在未来几年内将呈现出快速增长的态势。
这主要受到癌症研究和临床诊断领域的推动。
随着对癌症早期诊断和个体化治疗的需求不断增加,DNA甲基化检测技术将成为重要的辅助诊断手段。
DNA甲基化在健康与疾病中的作用
DNA甲基化在健康与疾病中的作用人类细胞中的基因组大小约为3亿个碱基对,从而形成了一个复杂但又高度有序的结构。
在这个结构中,DNA被沉积在核质中,并配备着多种有趣的分子机制,以维持细胞的正常生理状况。
其中,DNA甲基化是一种被广泛研究的机制,将甲基基团添加到DNA分子的胞嘧啶上,从而影响基因的表达。
甲基化已被证明非常重要,与许多疾病的发生和治疗相关联。
DNA甲基化可以被分为两种类型:NG、CG和CH甲基化。
目前,NG、CG甲基化被认为是最常见的类型,并且是许多人类疾病的关键因素。
在正常情况下,DNA甲基化是低水平的,以维持正确的基因表达和细胞发育。
然而,在某些情况下,如癌症和糖尿病等疾病,DNA甲基化的水平会失去平衡,而导致基因的过度甲基化或去甲基化。
这就导致不适当的基因表达,细胞的异常增殖,以及其他疾病相关的生物学效应。
DNA甲基化在疾病中的作用DNA甲基化的异常也与多种疾病相关。
我们以癌症作为例子,讨论其中一种疾病的机制。
许多癌症研究表明,癌细胞中基因组的DNA甲基化失衡被认为是与恶性肿瘤的发生和浸润相关的主要因素之一。
在癌症的早期阶段,癌细胞会激活DNA去甲基化酶,使存在于正常细胞中的可遗传表观遗传标记被去除,这将导致DNA水平的重构。
重构的基因组允许癌细胞获得一些独特的生物学效应,如癌细胞特异性蛋白、细胞黏附分子的表达调节等。
这些生物学效应为癌细胞的转移提供了一些特性,使之可以侵袭到其他组织中。
DNA甲基化在健康中的作用DNA甲基化也与维持健康相关。
例如,在胚胎发育过程中,充分的细胞甲基化是非常关键的。
事实上,体外研究证实富集未甲基化的DNA会阻止胚胎发育。
此外,未成熟乳腺细胞和正常血球的形成也要求模式甲基化。
若模式甲基化失衡,乳腺细胞的分化和血液系统的发育都会受到影响。
DNA甲基化的调节机制DNA甲基化是受一定调控的。
在正常情况下,DNA甲基化程度由甲基酰化酶、DNA甲基转移酶、DNA去甲基化酶等多种酶的共同作用来维持。
DNA甲基化及其在生物学研究中的应用
DNA甲基化及其在生物学研究中的应用DNA甲基化是指在DNA分子中的脱氧核糖苷上附加一种甲基基团的化学修饰过程,这种过程可以抑制RNA在细胞核外转录的过程,从而改变基因的表达情况。
DNA甲基化在维持基因组稳定性、胚胎发育、细胞分化以及疾病等方面发挥着重要作用。
本文将从DNA甲基化的基本原理、调控机制以及在生物学研究中的应用等方面进行介绍。
一、DNA甲基化基本原理DNA甲基化是指DNA分子上的脱氧核糖苷某个碳原子上附加一个甲基基团(CH3-)的过程。
由于DNA分子上的碱基有腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胸腺嘧啶(T)和胞嘧啶(C)四种,而只有Cytosine (C) 可以通过甲基转移酶添加甲基基团,因此DNA甲基化主要是在Cytosine上进行的。
在胚胎发育过程中,输入基因组重编程期间,靠近基因启动子的区域的Cytosine的甲基化通常被去除,这使精细的调控点变得容易访问。
然而,在体细胞中,DNA甲基化对于维持基因组稳定性来说是至关重要的。
一些特定的甲基化模式已经被发现在胎儿、婴儿、成年和老年人之间有所不同,这表明甲基化修饰可能与不同生命阶段的发育和腹腔出现相关。
二、DNA甲基化的调控机制DNA甲基化的过程通常是由甲基转移酶(DNMTs)完成的。
在DNA甲基化的过程中,DNMTs酶将甲基基团添加到Cytosine上,而DNA甲基酸转移酶(MBDs)家族中的成员则可以在DNA双螺旋上识别出所添加的甲基群。
MBDs的识别促进了一个复杂的介导机制,这可能包括染色质重构和转录缩合功能。
在细胞内,DNA甲基化的程度受到多种因素的影响,包括环境、生理状态等。
一些生活中的因素,如吸烟、酗酒、饮食、体育锻炼和环境压力等都与不同的DNA甲基化状态相关。
此外,某些基因表达的生物学过程已被证明涉及去甲基化过程,尤其是在细胞的分化和成熟过程中。
三、DNA甲基化在生物学研究中的应用DNA甲基化在生物学研究中有着广泛的应用。
例如,对人类基因组的干预研究已经向一些治疗人类疾病的过程中转变,如癌症、心脏病以及神经退行性疾病。
dna甲基化的临床应用
dna甲基化的临床应用DNA甲基化是指DNA分子上的甲基基团与胸腺嘧啶(C)碱基发生共价结合的化学修饰过程。
这一过程是一种重要的表观遗传修饰,对基因的表达和细胞功能调控起着关键作用。
近年来,DNA甲基化的临床应用逐渐引起人们的关注,成为研究疾病的重要手段之一。
DNA甲基化在癌症诊断和治疗中具有重要的临床应用。
研究表明,癌细胞与正常细胞相比,其DNA甲基化水平发生了明显变化。
通过检测癌细胞中的甲基化模式,可以实现癌症的早期诊断、分型和预后评估。
例如,在乳腺癌中,BRCA1基因的甲基化程度与肿瘤的预后密切相关。
此外,DNA甲基化还可用于癌症治疗的指导。
某些抑制DNA甲基转移酶的药物可以逆转癌细胞的异常甲基化状态,从而恢复基因的正常表达,提高治疗效果。
除了癌症,DNA甲基化还在其他疾病的诊断和治疗中发挥重要作用。
例如,在遗传性疾病中,某些基因的甲基化缺陷与疾病的发生密切相关。
通过检测这些基因的甲基化状态,可以进行遗传病的早期筛查和诊断。
此外,DNA甲基化还可用于预测某些疾病的风险和预后。
例如,在心血管疾病中,DNA甲基化的一些特定位点与患病风险和病情严重程度相关。
通过检测这些位点的甲基化水平,可以预测个体的心血管病风险,从而采取相应的预防措施。
DNA甲基化还可以作为药物研发和药效评价的重要指标。
许多药物的疗效与其对DNA甲基化的影响密切相关。
通过检测药物对DNA甲基化的影响,可以评估药物的治疗效果和副作用。
例如,DNA甲基转移酶抑制剂是一类常用的抗癌药物,通过检测其对癌细胞DNA甲基化的抑制作用,可以评估药物的疗效和耐药性。
DNA甲基化在临床中具有广泛的应用前景。
通过检测DNA甲基化的状态,可以实现疾病的早期诊断和预后评估,指导治疗方案的选择和调整。
此外,DNA甲基化还可以作为药物研发和药效评价的重要指标,为新药的开发和治疗方案的优化提供依据。
随着技术的不断进步,相信DNA甲基化在临床中的应用将会越来越广泛,为疾病的预防和治疗提供更加精准和个体化的策略。
甲基化的检测方法与临床应用
甲基化的检测方法与临床应用摘要】DNA甲基化是表观遗传修饰最基本的方式,在维持正常细胞功能、胚胎发育和肿瘤发生、动脉粥样硬化中起着重要的作用,是当前学术研究的重点和热点。
随着研究的深入,各种各样的甲基化检测方法被开发出来同时在临床应用也初见端倪,甲基化的深入研究必将对人类健康产生深远的影响。
【关键词】表观遗传 DNA甲基化 PCR 检测重亚硫酸盐单亲遗传病肿瘤动脉粥样硬化老化DNA甲基化是一种重要的遗传外修饰,是表观遗传学(epigenetics)的重要组成部分[1]。
甲基化是指由DNA甲基转移酶介导,在胞嘧啶的第5位碳原子上加上一甲基基团,使之变成5-甲基胞嘧啶(5-mC)的化学修饰过程。
它参与了动物胚胎发育、基因印迹、X染色体失活等过程,在基因表达的调控中具有重要作用。
基因组正常甲基化模式改变与某些遗传病和肿瘤[2]以及动脉粥样硬化性[3]有着密切相关性。
本文就目前常用的甲基化检测方法和临床应用予以综述。
1 基因甲基化的检测方法1.1高效液相色谱柱Kuo等首次报道高效液相色谱柱(HPLC),它能够定量测定基因组整体甲基化水平,其过程是: 用酸或酶将DNA裂解为五类单核苷酸(包括5-mC)。
因五类核苷酸在极性溶液中的溶解度不同,在经过非极性的过滤柱时,出柱时间也不同,用波长260 nm的紫外光测定流出液的吸收峰并定量。
此法灵敏度高,是目前测定基因组DNA中5-mC总量最标准的方法,但不能了解甲基化的位置和状态信息且对DNA纯度要求较高。
1.2特异性位点的DNA甲基化的检测1.2.1甲基化敏感性限制性内切酶-PCR/Southern法甲基化敏感性限制性内切酶(methylation-sensitiverestri ctionendonuclease MS-RE)-PCR/Southern方法利用甲基化敏感性限制性内切酶对甲基化区的不切割的特性,将DNA消化为不同大小的片段后再进行分析。
常用的酶有HpaⅡ-MspⅠ(识别序列CCGG)其中HpaⅡ和MspⅠ均能识别CCGG序列,然而当序列中的胞嘧啶发生甲基化时,HpaⅡ不切割,利用HpaⅡ-MspⅠ的这种属性处理DNA,随后进行Southern 或PCR扩增分离产物,明确甲基化状态[4]。
DNA甲基化研究技术及应用
DNA甲基化研究技术及应用一、DNA甲基化研究技术1. 甲基化特定反应酶切测序(Methyl-Specific Restriction Enzyme Cutting Sequencing,MRE-seq):该技术通过将DNA进行酶切,然后对切割的DNA进行测序,从而获得DNA甲基化的信息。
该技术可以提供基因组范围内的甲基化信息,同时还能检测单个位点的甲基化水平。
2. 甲基化敏感的限制性内切酶(Methylation-SensitiveRestriction Enzymes,MSREs):该技术利用特定的限制性内切酶,其对于未甲基化的DNA剪切活性较高,而对于甲基化的DNA剪切活性较低。
然后,通过PCR扩增和测序,可以获得DNA甲基化的信息。
3. 甲基化敏感扩增多态性(Methylation-Sensitive Amplified Polymorphism,MSAP):该技术是一种用于评价DNA甲基化水平差异的技术。
通过使用特定的限制性内切酶,将DNA进行酶切,然后使用甲基化或未甲基化的引物进行PCR扩增。
通过比较PCR产物的差异,可以评估DNA 的甲基化水平。
4. 甲基化靶向测序(Whole-Genome Bisulfite Sequencing,WGBS):该技术是当前最常用的DNA甲基化测序技术。
通过将DNA进行亚硫酸盐处理,将甲基化胸腺嘌呤残基转化为未甲基化胸腺嘌呤残基。
然后,进行PCR扩增和测序分析,可以获得全基因组的DNA甲基化信息。
二、DNA甲基化的应用1.全基因组甲基化谱图:通过对DNA甲基化的全面分析,可以绘制出全基因组的DNA甲基化谱图,并根据这些信息进行生物信息学分析,探索DNA甲基化与基因表达、疾病发生等之间的关系。
2.癌症诊断与治疗:DNA甲基化在肿瘤的早期诊断和治疗中起着重要的作用。
通过检测肿瘤组织中的DNA甲基化水平,可以辅助肿瘤的诊断和分期,并预测肿瘤的预后。
此外,一些DNA甲基化抑制剂已经被用于治疗一些癌症。
DNA甲基化在肿瘤诊断和治疗中的应用研究
DNA甲基化在肿瘤诊断和治疗中的应用研究DNA甲基化是一种常见的表观遗传修饰方式,指的是DNA分子上的甲基基团在化学上结合到某些位点上。
这种修饰机制通过改变基因组DNA区域的活性和三维结构,从而调节基因表达,影响胚胎发育、成年后的生理状态和疾病的发生、发展、转移。
在肿瘤学领域,DNA甲基化的变化与多种肿瘤的发生有着密切的关系,包括乳腺癌、结直肠癌、胰腺癌、肝癌等,因此,DNA甲基化成为了肿瘤治疗和诊断的重要研究方向。
一、DNA甲基化在肿瘤诊断中的应用近年来,精准医学的发展为肿瘤诊断提供了更多的选择。
DNA甲基化具有较高的特异性和敏感性,对于肿瘤诊断来说有着不可替代的作用。
临床上,通过对肿瘤患者的血液或组织样本中DNA甲基化的检测,可以发现潜在的肿瘤早期信号,从而在最初阶段进行治疗,达到最佳的治疗效果。
以乳腺癌为例,目前的诊断方式主要采用乳腺钼靶或乳腺超声,在早期诊断方面受到了诸多限制。
而通过对乳腺肿瘤组织和周围组织中的DNA甲基化检测,可以发现这些样品中某些基因区域的甲基化状态明显不同于正常人,这些差异化程度称之为乳腺癌的DNA甲基化标记。
这种方法无需破坏肿瘤组织的完整性,可以对肿瘤进行准确的定位和识别,对于早期诊断有着重要的意义。
二、DNA甲基化在肿瘤治疗中的应用在肿瘤治疗的过程中,DNA甲基化也有着举足轻重的作用,它可以将早期肿瘤的普适基因靶向化、根据病人的个体差异进行个性化靶向治疗,并判断肿瘤治疗的效果等重要临床应用。
作为一个具有潜在治疗意义的靶点,“DNA甲基化酶”一直是科研圈和生物制药公司们的关注焦点。
针对DNA甲基化酶,已经有多种化学物质用于“拆卸”它,并代表了肿瘤治疗的主要方向之一。
在同时,针对DNA甲基化酶这一靶点的细胞治疗手段也在不断优化,不断提高治疗的效果和安全性。
三、DNA甲基化未来的应用前景作为一种多功能的生物标志物,DNA甲基化在肿瘤诊断和治疗研究中具有广阔的应用前景。
DNA甲基化修饰在疾病诊断中的应用
DNA甲基化修饰在疾病诊断中的应用DNA甲基化修饰是指将甲基基团添加到DNA分子上的一种化学修饰形式。
这种修饰方式可以影响基因的表达,从而影响生物体的生长、发育和疾病过程。
近年来,随着生物技术的不断发展,人们对DNA甲基化修饰的研究越来越深入,也有了更广泛的应用,尤其是在疾病诊断方面。
一、DNA甲基化修饰在肿瘤诊断中的应用肿瘤是DNA甲基化修饰研究中的一个热点领域,因为这种修饰方式常常在肿瘤细胞中存在。
一些研究表明,DNA甲基化修饰在肿瘤早期诊断和预后方面具有很大潜力。
例如,前列腺癌是一种常见的恶性肿瘤,但是目前的诊断方法并不够准确。
但是有研究发现,在前列腺癌患者的DNA样本中,与正常组织相比,有某些基因的DNA甲基化发生了变化。
这些变化可以用来作为前列腺癌的早期诊断标志物,并且可以与临床表现和影像学检查相结合,提高肿瘤的检出率。
此外,DNA甲基化修饰还可以用来预测肿瘤的预后。
例如,乳腺癌患者中某些基因的DNA甲基化状态与患者的生存期呈负相关,这意味着如果这些基因的DNA甲基化状态发生改变,预示着肿瘤患者可能面临更高的死亡风险。
二、DNA甲基化修饰在遗传病诊断中的应用除了肿瘤以外,DNA甲基化修饰还可以用于遗传病的诊断。
举个例子,艾滋病是一种由人类免疫缺陷病毒(HIV)引起的疾病,这种病毒可以在患者的DNA中引起一些甲基化修饰的变化。
研究人员通过检测这些变化可以判断某个人是否感染了HIV病毒。
此外,DNA甲基化修饰也可以被用来对某些罕见遗传病的患者进行诊断。
例如,爱德华氏综合征(Edward syndrome)是一种由染色体异常引起的疾病,这种异常会导致某些基因的DNA甲基化状态发生改变。
通过检测患者的DNA甲基化状态,医生就可以确定患者是否患有这种疾病。
三、DNA甲基化修饰在精神病学诊断中的应用除了肿瘤和遗传病以外,DNA甲基化修饰还可以用于精神病学诊断。
例如,抑郁症是一种常见的精神障碍,但是目前的诊断方法并不够准确。
DNA甲基化与人类疾病的关联
DNA甲基化与人类疾病的关联DNA甲基化是一种生物学过程,每当细胞分裂时都会发生。
在DNA分子中,甲基化是将一个甲基基团添加到DNA碱基中的过程。
它可以影响基因表达,进而影响人类疾病的发展。
在人体中,许多疾病都与DNA甲基化的变化有关。
研究表明,某些疾病患者的DNA甲基化水平与健康人相比存在差异,因此,DNA甲基化可以作为疾病的标志物。
一种相关性最强的疾病是癌症。
当癌细胞发生的时候,DNA甲基化往往会增加,这会导致基因表达异常,从而促进肿瘤的生长。
此外,心血管疾病也与DNA甲基化有关。
一项研究表明,心脏病患者的DNA 甲基化比健康人高。
这表明DNA甲基化可能与心脏病的发展密切相关,这可能有助于找到预防心脏病的新方法。
自闭症和精神疾病也涉及到DNA甲基化的变化。
多项研究表明,在自闭症患者和患有精神疾病的人中,DNA甲基化模式有所不同。
这意味着改善DNA甲基化可能会降低自闭症和精神疾病的风险,这为开发新的治疗方法提供了新的思路。
在DNA甲基化的研究中,最有意义的是甲基化修饰的反转。
虽然这项工作仍处于早期阶段,但已经取得了前所未有的进展。
解析DNA甲基化是极为困难的,因为它需要高精度的技术和琐细的操作,但是如果DNA甲基化问题解决了,它将迎来一次深刻的转变。
DNA甲基化的研究还涉及许多其他方面。
例如,研究人员认为,DNA甲基化可能在母婴健康方面发挥作用。
相比于正常胎儿,早产儿的DNA甲基化水平往往更高。
这可能有助于解释早产婴儿容易患免疫系统和代谢类疾病的原因。
总之,尽管我们对DNA甲基化的研究还很初级,但它已经成为许多人类疾病的研究热点。
在过去的几十年里,科学家们不断发掘DNA甲基化在人体健康中的作用。
随着这些研究的不断深入,相信我们会可以越来越大程度上揭示其神秘的面纱。
DNA甲基化在人类疾病中的作用和治疗应用前景
DNA甲基化在人类疾病中的作用和治疗应用前景DNA甲基化是一种基因表达调节的机制,它可以影响基因的可读性和可转录性,从而影响蛋白质的合成和功能。
在人类疾病中,DNA甲基化的异常改变被认为是一种致病因素。
同时,DNA甲基化也成为了许多疾病的治疗靶点。
本文将从DNA甲基化的基础知识、DNA甲基化与人类疾病的关系以及DNA甲基化在治疗应用前景等方面进行讨论。
一、DNA甲基化的基础知识DNA甲基化是一种通过在DNA分子中加上一个甲基基团来改变其化学性质的过程。
甲基基团可以被三种DNA甲基转移酶CAT(DNMT1, DNMT3A和DNMT3B)添加到胞嘧啶(C)的5-位点上,形成5-甲基胞嘧啶(5mC)。
在人类基因组中,约75%的CpG位点(CpG在DNA上紧密地排列)已经被甲基化。
DNA甲基化是一个可逆的过程,可以通过DNA脱甲基化酶(TET)催化将5mC转化为5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)和其他氧化产物,最终使DNA保持非甲基化状态。
二、DNA甲基化与人类疾病的关系DNA甲基化的异常改变在各种疾病中都可以被观察到。
例如,在一些癌症中,CpG岛(大量含有高密度CpG的DNA区域)的甲基化水平会显著增加,导致上调某些抑癌基因的表达,进而促进肿瘤的发展。
另外,在一些神经系统疾病中,DNA甲基化也发挥了非常重要的作用。
例如阿尔茨海默病患者的大脑组织中,与记忆有关的基因的CpG岛处的甲基化水平较高,而与神经保护有关的基因的CpG岛处的甲基化水平则较低。
很多基因突变与人类疾病的发展紧密相关。
DNA甲基化的异常改变可能会导致基因的失活或提高基因表达的水平,从而影响细胞功能和人体的健康状态。
因此,在防治人类疾病的过程中,重视DNA甲基化的调节和控制显得更加重要。
三、DNA甲基化在治疗应用前景DNA甲基化在诊断、治疗和预后评估上都有非常重要的应用前景。
近年来,DNA甲基化在肿瘤领域的研究特别受到了关注。
利用DNA甲基化作为肿瘤标志物可以提高肿瘤早期诊断的准确性。
DNA甲基化修饰的检测方法及其应用
DNA甲基化修饰的检测方法及其应用DNA甲基化修饰是一种重要的表观遗传学调控方式,它可以通过改变DNA序列的化学性质来影响基因的表达。
在生物体发育、细胞分化以及疾病进程中都起着至关重要的作用。
因此,发展一种准确、高效的DNA甲基化修饰检测方法对于基础研究和临床应用具有重要的意义。
一、传统的DNA甲基化检测方法传统的DNA甲基化检测方法包括甲基化切割和甲基化敏感PCR两种方式。
甲基化切割方法是通过限制性内切酶的作用来切割特定的DNA序列,从而实现对于甲基化和非甲基化DNA的区分。
然而,这种方法需要事先限定切割位点,且需要大量的DNA样本和复杂的分离纯化过程,因此不适合于高通量的检测应用。
甲基化敏感PCR则是一种比较常用的分析DNA甲基化的方法。
它利用甲基化酶特异性甲基化DNA的特性,通过特定的引物和PCR扩增技术来检测DNA甲基化的状态。
然而,这种方法对于非标记的模板DNA敏感度较低,而且不允许检测甲基化的位点。
二、以高通量测序为基础的DNA甲基化检测方法高通量测序已经成为目前最常用的DNA甲基化检测方法。
它能够实现对全基因组的DNA甲基化修饰状态的鉴定和研究,并可以对不同种类的细胞和组织进行比较分析。
其中,全基因组甲基化分析技术(WGBS)是一种最为具有代表性的高通量测序技术。
该技术基于二代测序技术,对于全基因组DNA进行测序分析,能够对甲基化位点进行高效检测及定量化。
采用WGBS技术进行DNA甲基化分析的优点在于能够高通量、高清晰、高精度地检测全基因组的甲基化水平,且可以获得高分辨率的甲基化位点和甲基化水平的详细信息。
但是,WGBS技术也存在一些局限性,比如需要高昂的测序成本和大量的数据处理,同时也需要较高的DNA质量和量。
除了WGBS技术之外,还有一些新兴的高通量测序技术正在被应用于DNA甲基化的检测和分析,如MeDIP-Seq、RRBS、TAB-Seq和OXBS等。
这些技术相较于WGBS技术具有更高的分辨率、更低的测序成本和更少的数据处理,可以用于小样本或低质量的DNA检测。
DNA甲基化与临床应用
DNA甲基化与临床应用DNA甲基化与临床应用1. 引言1.1 研究背景和意义DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰机制,对基因表达和细胞类型分化起着关键作用。
近年来,DNA甲基化及其在疾病中的变化逐渐受到广泛关注。
1.2 目的本文旨在综述DNA甲基化的基本概念、调控机制以及其在临床应用中的潜在价值和挑战。
2. DNA甲基化的基本概念和调控机制2.1 DNA甲基化的定义与发现2.2 甲基化基序和相关修饰酶2.3 DNA甲基化的调控机制2.4 DNA甲基化的遗传稳定性和可逆性3. DNA甲基化与疾病关联研究进展3.1 DNA甲基化与肿瘤3.1.1 DNA甲基化与癌症发生发展的关系3.1.2 DNA甲基化标记物在肿瘤早期检测和预后评估中的应用3.2 DNA甲基化与神经系统疾病3.2.1 DNA甲基化在神经系统疾病中的作用机制3.2.2 DNA甲基化标记物在神经系统疾病诊断与治疗中的潜在应用3.3 DNA甲基化与心血管疾病3.3.1 DNA甲基化与高血压、冠心病等心血管疾病的关联3.3.2 DNA甲基化在心血管疾病预测和个体化治疗中的应用4. DNA甲基化在临床应用中的潜在价值和挑战4.1 DNA甲基化作为生物标记物的优点和局限性4.2 DNA甲基化分析技术的进展与比较4.3 临床样本的获取、保存和处理问题4.4 伦理和法规方面的考虑5. 结论本文综述了DNA甲基化的基本概念和调控机制,以及其与疾病关联研究的最新进展。
DNA甲基化作为生物标记物在临床应用中具有潜在的价值,但在实际应用中仍面临一些挑战和限制。
进一步的研究和探索有助于充分发掘DNA甲基化在临床中的应用潜力。
附件:本文档涉及的附件详见附件目录。
法律名词及注释:1. DNA甲基化:一种DNA分子上甲基基团的加入,可以影响基因的表达和细胞功能。
2. 表观遗传修饰:指对基因组DNA或其相关蛋白质的化学修饰,而不涉及DNA序列的改变。
3. 生物标记物:生物学上的一种指标,其存在或改变可以指示生物体的某种生理状况或疾病状态。
DNA甲基化与临床应用
DNA甲基化与临床应用DNA甲基化与临床应用1.引言1.1 研究背景1.2 目的和意义2.DNA甲基化的基本概念2.1 DNA甲基化的定义2.2 DNA甲基化的原理2.3 DNA甲基化的位置和模式3.DNA甲基化在疾病诊断中的应用3.1 癌症3.1.1 癌症的DNA甲基化特征3.1.2 DNA甲基化标记物在癌症早期诊断中的应用3.1.3 DNA甲基化标记物在癌症治疗中的应用3.2 神经系统疾病3.2.1 神经系统疾病的DNA甲基化特征3.2.2 DNA甲基化在神经系统疾病分类和预测中的应用4.DNA甲基化与药物治疗4.1 DNA甲基化药物的分类与作用机制4.2 DNA甲基化药物的临床应用4.3 DNA甲基化药物的研究进展与展望5.DNA甲基化检测技术5.1 传统的DNA甲基化检测方法5.1.1 甲基化特异性限制性内切酶(MSRE)检测5.1.2 甲基化特异性聚合酶链式反应(MSP)检测5.2 高通量DNA甲基化检测技术5.2.1 甲基化芯片技术5.2.2 甲基化测序技术5.2.3 甲基化基因组测序(WGBS)技术6.结语【附件】附件1:癌症相关的DNA甲基化标记物表格附件2:神经系统疾病相关的DNA甲基化标记物表格【法律名词及注释】1.DNA甲基化:DNA分子上的甲基化修饰,即将甲基基团添加到DNA分子中的一种化学修饰形式。
2.DNA甲基化标记物:DNA中特定的甲基化位点,在疾病诊断和预测中用于指示相关疾病的生物标记物。
3.甲基化特异性限制性内切酶(MSRE)检测:利用特定限制性内切酶对DNA进行酶切以检测甲基化位点的方法。
4.甲基化特异性聚合酶链式反应(MSP)检测:利用聚合酶链式反应扩增DNA片段并通过甲基化特异性限制性内切酶的酶切来检测甲基化位点的方法。
5.甲基化芯片技术:利用DNA芯片上的探针对大规模甲基化位点进行检测和分析的高通量技术。
6.甲基化测序技术:通过高通量测序技术对DNA甲基化位点进行全基因组的检测。
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差异甲基化区域
差异甲基化区域(differentially methylated region,DMR),是指染色体上甲基化状态 具有亲本特异性的区域,即来源于不同亲
本的DNA序列甲基化状态不同的区域 差异甲基化主要发生在基因的启动子区,少数 在外显子,现已发现的印记基因大多数具有DMR 或受DMR调控。
➢ 研究发现失活的染色体上DNA序列都呈高度甲基化,
导致绝大多数基因转录处于关闭状态。 ➢ 避免因拥有两条X染色体而产生双倍
基因产物,保持和雄性动物X染色体 数量及功能上的一致性。
基因印记
基因组印记?
组织或细胞中,基因的表达具有亲本选择 性,即只有一个亲本的等位基因表达,而 另一亲本的等位基因不表达或很少表达的 现象,相应的基因则称为印记基因。
C. 基因组范围的DNA甲基化模式与甲基化谱分析
1. 限制性标记基因组扫描 2. 甲基化间区位点扩增 3. 甲基化CpG岛扩增 4. 差异甲基化杂交 5. 由连接子介导PCR出的HpaII小片断富集分析
6. 甲基化DNA免疫沉淀法
高效液相色谱法
直接测序法
焦磷酸测序法
通过检测CpG对应位点上C/T渗入的比例对目标位点的甲基化 程度进行定量分析,是目前最可靠的甲基化定量分析方法。
31 引言及概念 2 甲基化的作用 3 甲基化检测相关技术 4 临床相关应用
甲基化检测相关技术
A.基因组甲基化水平(Methylation Content)的分析
1. 高效液相色谱 2. 高效毛细管电泳法
B.候选基因(Candidate Gene)甲基化分析
1. 甲基化敏感性限制性内切酶-PCR/Southern法 2. 重亚硫酸盐测序法 3. 甲基化特异性的PCR 4. 甲基化荧光法(MethyLight) 5. 焦磷酸测序 6. 结合重亚硫酸盐的限制性内切酶法
➢ 优点:新型抗肿瘤药物 ➢ 缺点: 无基因特异性,不能选择性地活化沉默的目的基因,从而
会引起整体的低甲基化; — 是否会诱发第二肿瘤? 药物的活化作用可逆,疗效依赖于药物的持续存在; 大剂量应用时会对正常细胞有毒副作用
应用前景4--肿瘤的甲基化治疗
MGMT基因在许多肿瘤中被认为是抗肿瘤药物治疗的预测标记。MGMT启 动子肿瘤特异性甲基化,可以抑制MGMT蛋白的活性,从而使得肿瘤细胞对 烷化类的抗肿瘤药物敏感,因而被广泛用于肿瘤化疗治疗。
DNA甲基化与临床应用
目录
31 引言及概念 2 甲基化的作用 3 甲基化检测相关技术 4 临床相关应用
—— 基因决定命运
为什么熊猫是黑白的?
同卵双生的孪生子具有完全相同的基 因组。但他们长大成人后在性格、健康方 面往往存在很大差异。
先从表观遗传学谈起
基因
环境
表观遗传学
表型
相同的基因型
?
不同的表型
应用前景3--肿瘤的去甲基化治疗
➢ DNA甲基化程度依赖于DNMT活性。正常甲基化 模式的建立需要DNMT1和DNMT3的共同作用, DNMT1是DNMT3启动CpG核苷酸从头甲基化的 保证,而DNMT3则使甲基化水平稳定在正常需要 水平(去甲基化) —— 抑制DNMT活性药物是治疗肿瘤的新希望
应用前景3--肿瘤的去甲基化治疗
DNA甲基化的概念
DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下,在基因 组CpG二核苷酸的胞嘧啶5‘碳位以共价键结合一个甲基基团。
DNA甲基转移酶: DNMT 胞嘧啶: Cytosine 5’-甲基胞嘧啶: 5-Methylctosine S-腺苷-甲硫氨酸: SAM S-腺苷- 高半胱氨酸: SAH
应用前景2--肿瘤复发的独立预测因子
➢ 口腔鳞状细胞癌时存在RECK基因甲基化的患者 复发率明显增高
➢ 甲基化影响生存期 ➢ 膀胱癌中APC、GSTP1和TIG1基因发生异常甲基
化时,患者存活时间明显缩短
LONG N K, et al. Hypermethylation of the RECK gene predicts poor prognosis in oral squamous cell carcinomas[ J ]. Oral Oncol, 2008, 44 (11) : 1 052 - 1 058. ELL INGER J, et al. Hypermethylation of Cell - Free Serum DNA Indicates Worse Outcome in Patients With Bladder Cancer. J Urol, 2008, 179 (1) : 346 - 352.
肿瘤组织的DNA甲基化
➢ 肿瘤中普遍存在DNA甲基化状态的改变,其特点是总体的 甲基化水平降低与局部的甲基化水平升高。
➢ 肿瘤细胞的特征: 癌基因 低甲基化 → 被激活 抑癌基因 高甲基化 → 被沉默
应用前景1--肿瘤的早期诊断
➢ 抑癌基因发生异常甲基化是在肿瘤早期就发生 而且一直进行的,导致恶性肿瘤表型的表达
在发育和分化中调控基因的表达 ➢ 转录抑制 ➢ 特征性表型基因的表达(肤色、毛发) ➢ X染色体的失活(X-inactivation ) ➢ 基因印记 ➢ 碱基突变 ➢ 肿瘤代谢
DNA甲基化与胚胎发育
DNA甲基化作为一种可遗传的表观遗传 修饰,在体细胞增殖过程中通过依赖于DNA复 制的DNA甲基转移酶Dnmt1稳定地传递给子细 胞。但在胚胎发育的不同时期,基因组范围内 的DNA甲基化水平会发生剧烈的改变,改变最 剧烈的阶段为配子形成期与早期胚胎发育阶段, 甲基化模式在配子形成时已经建立。
DNA甲基转移酶(DNMT)
➢ 哺乳动物体内有三种DNA甲基化转移酶: ——DNMT1、 DNMT3A和DNMT3B。
DNMT1--- 持续性DNA甲基转移酶;与甲基化相关,缺 乏引起基因组低甲基化,染色体缺失、重排、突变畸形。
DNMT3A、DNMT3B--- 从头甲基转移酶;与去甲基化相 关,在胚胎干细胞和早期胚胎中高度表达,缺乏引起胚 胎死亡,在肿瘤组织中广泛高表达。
DNA甲基化在动物胚胎和生殖细胞发育过程中的重编程
转录抑制
CPG island的功能:通过甲基化与去甲基化,调控下游基因的表达 —— 基因表达的调控开关
影响基因表达
直接抑制基因表达或甲基化 的 CpG双核苷酸序列可被甲基结 合蛋白家族 识别,而后者可通过 吸引补充组蛋白去乙酞化酶和组 蛋白甲基化转移酶等组蛋白修饰 蛋白质来改变染色质的活性 ,以 间接方式影响基因表达。
Figure: Kaplan–Meier Estimates of Overall Survival, According to MGMT Promoter Methylation Status.
Thank You!
全基因组甲基化图谱
全基因组甲基化测序(WGBS)
芯片平台
Illumina 850K芯片可检测人全 基因组约853,307个CpG位点的甲基 化状态。850K芯片不但保持了对 CpG岛,基因启动子区的全面覆盖, 还特别加强了增强子区以及基因编 码区的探针覆盖。广泛应用于干细 胞研究、肿瘤和其他复杂疾病研究, 是目前最适合表观基因组全关联分 析研究的全基因组DNA甲基化芯片。
碱基C
碱基突变
T突变
甲基化
突变
DNA甲基化与肿瘤
肿瘤细胞发生时常出现DNA甲基化模式的 变化,主要包括甲基化转移酶表达水平的提高、 基因组整体甲基化水平的降低和CpG岛局部甲 基化水平的异常升高,从而导致基因组不稳定, 如染色质构象异常、转座子激活、原癌基因激 活表达以及抑癌基因被抑制表达等。
目录
Illumina 850K芯片技术流程
目录
31 引言及概念 2 甲基化的作用 3 甲基化检测相关技术 4 临床相关应用
正常生物DNA甲基化
➢DNA甲基化始发于胚胎早期,随着组织细胞 分化发育,基因组DNA经历了去甲基化、区 域性的重新甲基化以及组织特异基因选择性 的去甲基化的过程。最后,这种DNA甲基化 模式就相对稳定下来。
优点:DNA甲基化检测具有早期、无创、快捷、 灵敏度高等特点。(血液、粘膜上皮标本)
缺点:特异性不足
表观遗传学生物标记开发
2017年3月,张鹍教授团队在Nature Genetics(NG)杂志发布了令人振奋的研究成 果,利用更灵敏的算法配合组织甲基化模式开 发的无创诊断技术,可以检测并定位肿瘤。通 过比较肿瘤和正常细胞的DNA甲基化数据找到 肿瘤特异的甲基化Marker。
现代表观遗传学
➢ 概念: 基因的DNA序列不发生改变的情况下,基因的表 达水平与功能发生改变,并产生可遗传的表型。
➢ 表观遗传学的现象(基因表达的调控方式):
– DNA甲基化---表观遗传学的核心(最初始的调控方式) – 组蛋白修饰 – MicroRNA – Genomic imprinting
不同层次表达调控
cfDNA甲基化液体活检技术
燃石医学自主研发了无创甲基化检测系统 (MERMAID™),运用多层级甲基化探针设计策略, 可实现在检测成本可控的情况下同时检测超过10万个 临床诊断相关的甲基化CpG位点,并通过机器学习 算法建立分类模型,实现对检测样本自动分型。
cfDNA无创甲基化检测系统(MERMAID™) 用于 肺部占位病变(含肺癌)的早筛可实现99.6%的敏感 性和100%的特异性,用于肺部结节良恶性判定可实 84.8%的敏感性和87.5%的特异性。
特征性表型基因的表达
IAP: intracisternal A particle ▪ 去甲基化:灰鼠基因(agouti)仅微量表达 ▪ 甲基化:基因超量表达
X染色体的失活
➢ X染色体的失活(X-inactivation ):生长发育过程中,
雌性哺乳类动物细胞中的两条X染色体其中一条失去活 性的现象。