利用SeqMan进行序列拼接
利用SeqMan进行序列拼接
利用SeqMan进行序列拼接利用SeqMan进行序列拼接Step1:打开Seqman软件Step2:加入你要拼接的序列点击Add sequences查找并选中要拼接的序列（可按住control键进行多选）点击Add按钮填加选择的序列填加完后点击done注：最好用测序的图谱尽量不要直接用测序得到的序列Step3:去除末端序列主要是去除序列末端测序质量差或是载体序列有两种方法可以用来去除这类末端序列其一：利用Seqman自带的去除工具自动去除（利用Trim ends 按钮进行）其二：手工去除个人感觉手工去除方法最有效，因此下边我们以后工去除为例进行演示手工去除侧翼序列双击要去除侧翼序列的目标序列将鼠标放到测序图谱左边的一个黑色的竖线上，此时鼠标会变成一个有两个箭头的水平线按住左键拖动黑竖线，那么你就会发现侧翼序列的颜色变浅，这部分变浅的序列则就被去除，不再参加后面的拼接此步请将测序不准确或认为是载体的序列用这种方法去除。
测序准确的峰形图峰形规则，一般在序列的中部，如下图所示测序不准确的峰形图峰形较乱，很难判断是哪个碱基，一般位于序列两端，如下图所示Step4:进行序列拼接点击Assemble按钮在新出现窗口处点击拼接好的contig1在出现的Alignment of contig1 窗口中点击左三角显示序列的测序图谱点击菜单contig->strategy view可以观察序列拼接的宏观图Step5:查找拼接错误find conflict 点击菜单Edit点击Find Previous或Find Next查找接接中出现的错误还可以通过Seqman左下角的快捷按钮查找错误的拼接查找错误的拼接错误的拼接的类型类型1：两条序列的测序结果不一致并明显一条测序质量好而另一条质量差处理：直接将该处修改为正确的碱基类型2：两条序列的测序结果不一致并两条测序质量都比较差处理：重新测序或用新的合适引物重新测定类型3：两条序列的测序结果不一致并明显两条测序质量都好处理：测序过程出现问题，重新测定Step6:导出拼接的序列可选择合适的格式，导出拼接好的序列通过以上几步我们就能很快将几个测序片段进行拼接，大家可以拿着自己的序列试试!当然如果两个测序片段的拼接片段太短可能利用默认的参数不能完成拼接，大家可以试着修改一下拼接参数试试!如降低Match size及Minimum Match Percentage的值!修改参数命令。
利用SeqMan进行序列拼接课件PPT
12
Step5：修改拼接错误
1. 两条序列的测 序结果不一致 并明显一条测 序质量好而另 一条质量差
处理：直接将该 处修改为正确 的碱基
2021/3/10
错误拼接的类型 13
Step5：修改拼接错误
2. 两条序列的测序结果 不一致并两条测序质量 都比较差
处理：重新测序或用 新的合适引物重新测定
2021/3/10
2021/3/10
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Pre-Assembly Options 操作及序列 装配
• 在拼接前面，可以将所要拼接的片段中清 除载体和污染序列，优化装配顺序，设定 片段末端和标记重复序列
2021/3/10
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去除载体序列
2021/3/10
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去除载体序列
2021/3/10
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去除载体序列
• seqman在拼接前，有--点击Unassembled Sequences窗口的右上角的“options“按钮选 择相应功能。默认设定Trim sequence ends， scan for vector，optimize sequence assembly order.。
隆群的处理；基因寻找；蛋白质结构域的
查找；多重序列的比较和两两序列比较； 寡核苷酸设计（PCR引物，测序引物，探 针）。
2021/3/10
2
SeqMan
•SeqMan主要用于多序列的拼接，可以将成千 上万的序列（最多可以支持64000多序列）装 配成contigs，同时在拼接前，可以修整质量 差的序列以及清除自动测序的序列结果中的 污染序列或载体序列。seqman还提供完善的 编辑和输出功能。
报告
• 选择Project 菜单的Trim Report打开Trim report窗口。
seqman教程
seqman教程利⽤SeqMan进⾏序列拼接Step1:打开Seqman软件Step2:加⼊你要拼接的序列点击Add sequences查找并选中要拼接的序列（可按住control键进⾏多选）点击Add按钮填加选择的序列填加完后点击done注：最好⽤测序的图谱尽量不要直接⽤测序得到的序列Step3:去除末端序列主要是去除序列末端测序质量差或是载体序列有两种⽅法可以⽤来去除这类末端序列其⼀：利⽤Seqman⾃带的去除⼯具⾃动去除（利⽤Trim ends按钮进⾏）其⼆：⼿⼯去除个⼈感觉⼿⼯去除⽅法最有效，因此下边我们以后⼯去除为例进⾏演⽰⼿⼯去除侧翼序列双击要去除侧翼序列的⽬标序列将⿏标放到测序图谱左边的⼀个⿊⾊的竖线上，此时⿏标会变成⼀个有两个箭头的⽔平线按住左键拖动⿊竖线，那么你就会发现侧翼序列的颜⾊变浅，这部分变浅的序列则就被去除，不再参加后⾯的拼接此步请将测序不准确或认为是载体的序列⽤这种⽅法去除。
测序准确的峰形图峰形规则，⼀般在序列的中部，如下图所⽰测序不准确的峰形图峰形较乱，很难判断是哪个碱基，⼀般位于序列两端，如下图所⽰Step4:进⾏序列拼接点击Assemble按钮在新出现窗⼝处点击拼接好的contig1在出现的Alignment of contig1 窗⼝中点击左三⾓显⽰序列的测序图谱点击菜单contig->strategy view可以观察序列拼接的宏观图Step5:查找拼接错误find conflict点击菜单Edit点击Find Previous或Find Next查找接接中出现的错误还可以通过Seqman左下⾓的快捷按钮查找错误的拼接查找错误的拼接错误的拼接的类型类型1：两条序列的测序结果不⼀致并明显⼀条测序质量好⽽另⼀条质量差处理：直接将该处修改为正确的碱基类型2：两条序列的测序结果不⼀致并两条测序质量都⽐较差处理：重新测序或⽤新的合适引物重新测定类型3：两条序列的测序结果不⼀致并明显两条测序质量都好处理：测序过程出现问题，重新测定Step6:导出拼接的序列可选择合适的格式，导出拼接好的序列通过以上⼏步我们就能很快将⼏个测序⽚段进⾏拼接，⼤家可以拿着⾃⼰的序列试试!当然如果两个测序⽚段的拼接⽚段太短可能利⽤默认的参数不能完成拼接，⼤家可以试着修改⼀下拼接参数试试!如降低Match size及Minimum Match Percentage的值!修改参数命令。
seqman使用说明
修改参数命令
关于Seqman的简单介绍就到这里，另外由 于资料准备仓促，如有不完善或不准确的 地方，请大家指出，谢谢！ 下期讲座预告 “轻松学用生物软件(3)”，具 体时间及内容将在螺旋课堂上做出预告， 欢迎大家参加！
手工去除侧翼序列
测序准确的峰形图
峰形规则，一般在序列的中部，如下图所示
测序不准确的峰形图
峰形较乱，很难判断是哪个碱基，一般位于序列两端， 如下图所示
轻松学用生物软件(2) 利用SeqMan进行序列拼接
主讲人：huaxing 2008年4月11日
螺旋课堂系列讲座
主要内容
大家好，首先感谢大家关注、支持螺旋网！今天 我们一起一步一步的学习利用Dnastar 6.0中的子 程序Seqman进行序列拼接，希望能对大家有所帮 助。 注意：Dnastar 6.0的安装程序及破解补丁大家可 以到螺旋网的“生物信息学及生物软件交流”版块 免费下载!
手工去除侧翼序列
1. 双击要去除侧翼序列的目标序列 2. 将鼠标放到测序图谱左边的一个黑色的竖线上，此时鼠标 会变成一个有两个箭头的水平线 3. 按住左键拖动黑竖线，那么你就会发现侧翼序列的颜色变 浅，这部分变浅的序列则就被去除，不再参加后面的拼接 4. 此步请将测序不准确或认为是载体的序列用这种方法去 除。
错误的拼接的类型
1. 两条序列的测序结果不一致并明显一条测序质量好而另 一条质量差 处理：直接将该处修改为正确的碱基 2. 3. 两条序列的测序结果不一致并两条测序质量都比较差 处理：重新测序或用新的合适引物重新测定 两条序列的测序结果不一致并明显两条测序质量都好 处理：测序过程出现问题，重新测定
seqman教程
利用SeqMan进行序列拼接Step1:打开Seqman软件Step2:加入你要拼接的序列点击Add sequences查找并选中要拼接的序列（可按住control键进行多选）点击Add按钮填加选择的序列填加完后点击done注：最好用测序的图谱尽量不要直接用测序得到的序列Step3:去除末端序列主要是去除序列末端测序质量差或是载体序列有两种方法可以用来去除这类末端序列其一：利用Seqman自带的去除工具自动去除（利用Trim ends按钮进行）其二：手工去除个人感觉手工去除方法最有效，因此下边我们以后工去除为例进行演示手工去除侧翼序列双击要去除侧翼序列的目标序列将鼠标放到测序图谱左边的一个黑色的竖线上，此时鼠标会变成一个有两个箭头的水平线按住左键拖动黑竖线，那么你就会发现侧翼序列的颜色变浅，这部分变浅的序列则就被去除，不再参加后面的拼接此步请将测序不准确或认为是载体的序列用这种方法去除。
测序准确的峰形图峰形规则，一般在序列的中部，如下图所示测序不准确的峰形图峰形较乱，很难判断是哪个碱基，一般位于序列两端，如下图所示Step4:进行序列拼接点击Assemble按钮在新出现窗口处点击拼接好的contig1在出现的Alignment of contig1 窗口中点击左三角显示序列的测序图谱点击菜单contig->strategy view可以观察序列拼接的宏观图Step5:查找拼接错误find conflict点击菜单Edit点击Find Previous或Find Next查找接接中出现的错误还可以通过Seqman左下角的快捷按钮查找错误的拼接查找错误的拼接错误的拼接的类型类型1：两条序列的测序结果不一致并明显一条测序质量好而另一条质量差处理：直接将该处修改为正确的碱基类型2：两条序列的测序结果不一致并两条测序质量都比较差处理：重新测序或用新的合适引物重新测定类型3：两条序列的测序结果不一致并明显两条测序质量都好处理：测序过程出现问题，重新测定Step6:导出拼接的序列可选择合适的格式，导出拼接好的序列通过以上几步我们就能很快将几个测序片段进行拼接，大家可以拿着自己的序列试试!当然如果两个测序片段的拼接片段太短可能利用默认的参数不能完成拼接，大家可以试着修改一下拼接参数试试!如降低Match size及Minimum Match Percentage的值!修改参数命令。
利用SeqMan进行序列拼接
类型3错误拼接的类型13 2• 为了区分修整过和没有修整 过的数据，我们给修整过的 数据加一个有颜色的背景。 选择菜单 Project→Parameters→Editing Color打开下面的对话框。确 定use consensus match color 和use other color已被选中。
• 修整完毕后 Alignment View 中在序列的左边会有一个黑色的垂直棒， 右边有一个小的黑三角形。
• 要找回修整去掉的序列末端，只需把垂直棒向序列的两端拖动即可， 以前修整去掉的序列有明亮的黄色背景。
Pre-Assembly Options 操作及序列装配
• 在拼接前面，可以将所要拼接的片段中清除载体和污染序列，优化 装配顺序，设定片段末端和标记重复序列
查看修整序列前后的跟踪数据
• 右键选择6 号样本，然后Show Original Trace Data,打开Trace：Sample 6.abi 窗口
• 从 5’末端起变淡的部分是载体序列，将不会用于序列装配，故被清除。 • 垂直的黑棒出现于修整和未修整的序列之间，根据需要拖动垂直黑棒，可以调
整用于装配的序列末端。
利用SeqMan进行序列拼接
Step2:加入你要拼接的序列
点击Add sequences
查找并选中要拼接的 序列
点击Add按钮
填加完后点击done
注：最好用测序的图谱（*.abi)尽量不要直接用测序得到的序列 (.seq)
1 点击Assemble按钮 2 点击拼接好的co
Alignment of contig1 窗口中点击 左三角显示序列的测 序图谱
1. 两条序列的测序结果 不一致并明显一条测 序质量好而另一条质 量差
处理：直接将该处修改为 正确的碱基
生物学软件seqman序列拼接步骤
测序后的序列为两种形式：abi，seq
abi：波峰图seq：atcg序列
seqman→file→new→skip→add sequences→选择一对引物的.seq和.abi 格式的文件双击（或者选中文件→add）→done→assemble→双击右侧的conting→看峰的好坏进行裁剪→contig→save consensus→single file→命名保存为.fas格式→file→close
mega比对
用mega打开所需比对的文件，如果要添加序列可以选中最下面一个基因序列的一个碱基，右键copy。
选中一个碱基→W→align DNA→OK→OK
→alignment→align by clustalw→OK→OK
将比对完的数据另存为mega格式
用mega打开该文件
点击TA
C：保守位点V：变异位点Pi：简约信息位点S：单个位点0 ：0倍退化位点 2 ：2倍退化位点 4 ：4倍退化位点Statistics→nucleotide composition 核苷酸组成
Distance→compute pairmise distance…→OK→compute两两遗传距离。
seqman教程
利用SeqMan进行序列拼接Step1:打开Seqman软件Step2:加入你要拼接的序列点击Add sequences查找并选中要拼接的序列（可按住control键进行多选）点击Add按钮填加选择的序列填加完后点击done注：最好用测序的图谱尽量不要直接用测序得到的序列Step3:去除末端序列主要是去除序列末端测序质量差或是载体序列有两种方法可以用来去除这类末端序列其一：利用Seqman自带的去除工具自动去除（利用Trim ends按钮进行）其二：手工去除个人感觉手工去除方法最有效，因此下边我们以后工去除为例进行演示手工去除侧翼序列双击要去除侧翼序列的目标序列将鼠标放到测序图谱左边的一个黑色的竖线上，此时鼠标会变成一个有两个箭头的水平线按住左键拖动黑竖线，那么你就会发现侧翼序列的颜色变浅，这部分变浅的序列则就被去除，不再参加后面的拼接此步请将测序不准确或认为是载体的序列用这种方法去除。
测序准确的峰形图峰形规则，一般在序列的中部，如下图所示测序不准确的峰形图峰形较乱，很难判断是哪个碱基，一般位于序列两端，如下图所示Step4:进行序列拼接点击Assemble按钮在新出现窗口处点击拼接好的contig1在出现的Alignment of contig1 窗口中点击左三角显示序列的测序图谱点击菜单contig->strategy view可以观察序列拼接的宏观图Step5:查找拼接错误find conflict 点击菜单Edit点击Find Previous或Find Next查找接接中出现的错误还可以通过Seqman左下角的快捷按钮查找错误的拼接查找错误的拼接错误的拼接的类型类型1：两条序列的测序结果不一致并明显一条测序质量好而另一条质量差处理：直接将该处修改为正确的碱基类型2：两条序列的测序结果不一致并两条测序质量都比较差处理：重新测序或用新的合适引物重新测定类型3：两条序列的测序结果不一致并明显两条测序质量都好处理：测序过程出现问题，重新测定Step6:导出拼接的序列可选择合适的格式，导出拼接好的序列通过以上几步我们就能很快将几个测序片段进行拼接，大家可以拿着自己的序列试试!当然如果两个测序片段的拼接片段太短可能利用默认的参数不能完成拼接，大家可以试着修改一下拼接参数试试!如降低Match size及Minimum Match Percentage的值!修改参数命令。
最新利用SeqMan进行序列拼接
Step5：修改拼接错误
3. 两条序列的测序结果不 一致并明显两条测序质量 都好
处理：测序过程出现 问题，重新测定
类型3
错误拼接的类型
Step6:导出拼接的序列
• 可选择合适的格式，导出拼接好的序列
1
3 2
• 通过以上几步我们就能很快将几个测序片 段进行拼接，大家可以拿着自己的序列试 试!
• „还可用左下角的快捷按钮查找错误的拼接
Step5：修改拼接错误
1. 两条序列的测 序结果不一致 并明显一条测 序质量好而另 一条质量差
处理：直接将该 处修改为正确的 碱基
错误拼接的类型
Step5：修改拼接错误
2. 两条序列的测序结果 不一致并两条测序质量 都比较差
处理：重新测序或用 新的合适引物重新测定
• SeqMan根据trace数据的质量和载体序列在 装配之前可以自动地进行末端修整。然而 有时候修改的程度难以掌握，下面我们将 用手工的方法找回修整过的末端。
手动修改
• 为了区分修整过 和没有修整过的 数据，我们给修 整过的数据加一 个有颜色的背景。 选择菜单 Project→Paramete rs→Editing Color 打开下面的对话 框。确定use consensus match color和use other color已被选中。
去除载体序列
• 单击 Scan All按钮，将出现一个report窗口。
• 现在载体栏显示：载体名字前都有一个检 测通过的标志，说明Janus 载体在全部14 序 列中都已经检测到了。
• 单击assemble按钮，进行序列拼接。
查看末端修整和载体序列去除细节报告
• 选择Project 菜单的Trim Report打开Trim report窗口。
DNAstar中Seqman拼接序列使用方法
启动Seqman，点击面板中的Add sequence 按钮添加将要拼接的序列
选中目标序列，点击Add--Done导入目标序列
如果导入的是峰图文件，可以双击文件名会弹出峰形图，通过移动黑色的分隔线可以去除测序质量不高的区域（黄色区域），从而避免在拼接过程中产生模棱两可的数据。
数据修正后点击Assemble即拼接，运行结束后会弹出一个新对话框，如果能拼接上，则在Contig一栏有显示。
双击Contig可以看到拼接好的完整序列，以及两个峰图的重叠区域，如果两个峰图的重叠区域完全匹配，则表明拼接的结果可靠；如果两个峰图间有不同碱基，则需要比对两个峰图，选择峰图清晰的作为最终结果。
点击文件前面的三角形可以直接查看序列的峰形图
点击菜单栏的Contig--Save Consense--Single File 可以保存拼接好的序列。
SeqMan进行序列拼
宏基因组序列拼接
总结词
将多个微生物的测序数据拼接成更完整的基因组，用于 研究微生物群落结构和功能。
详细描述
在宏基因组研究中，由于测序数据来自多个微生物，需 要将这些数据拼接成更完整的基因组，以便更好地了解 微生物群落的结构和功能。这个过程需要解决不同微生 物基因组的拼接问题，以及可能的基因重排和倒位等结 构变异。宏基因组序列拼接有助于深入了解微生物群落 的生态学和进化，为环境科学、农业和医学等领域提供 有价值的信息。
保存的拼接结果可以用于后续的分析和实验验证。
04
序列拼接的质量控制
拼接准确率的评估
准确率
评估拼接序列与原始序列的一致性，计算拼接序列中正确碱基的比例。
错误率
计算拼接序列中错误碱基的比例，反映拼接过程中的误差水平。
拼接效率的评估
拼接时间
评估拼接过程所需的时间，分析拼接效率。
内存使用
评估拼接过程所需的时间，分析拼接效率。
质量控制的方法和标准
质量控制标准
设定拼接准确率、错误率和拼接效率等 质量控制标准，确保拼接结果的质量。
VS
质量控制方法
采用多种质量控制方法，如统计检验、可 视化分析和重复实验等，对拼接结果进行 全面评估和验证。
05
序列拼接的应用实例
基因组序列拼接
要点一
总结词
将测序得到的短读段（reads）拼接成长度更长的序列，用于 基因组组装。
序列编辑
SeqMan软件提供了丰富的编辑 功能，如删除、替换、添加等， 方便用户对序列进行修改和调整。
序列比对
SeqMan软件支持多种序列比对 算法，能够快速比对新旧序列或 不同来源的序列数据。
软件应用领域
基因组学
SeqaMan序列拼接
DNAstar软件的使用（三）Ｓeqman 拼接序列
启动Seqman，点击面板中的Add sequence按钮添加将要拼接的序列
选中目标序列，点击Add--Done导入目标序列
如果导入的是峰图文件，可以双击文件名会弹出峰形图，通过移动黑色的分隔线可以去除测序质量不高的区域（黄色区域），从而避免在拼接过程中产生模棱两可的数据。
数据修正后点击Assemble即拼接，运行结束后会弹出一个新对话框，如果能拼接上，则在Contig一栏有显示。
双击Contig可以看到拼接好的完整序列，以及两个峰图的重叠区域，如果两个峰图的重叠区域完全匹配，则表明拼接的结果可靠；如果两个峰图间有不同碱基，则需要比对两个峰图，选择峰图清晰的作为最终结果。
点击文件前面的三角形可以直接查看序列的峰形图
点击菜单栏的Contig--Save Consense--Single File 可以保存拼接好的序列。
DNAstar中Seqman拼接序列使用方法
启动Seqman，点击面板中的Add sequence 按钮添加将要拼接的序列
选中目标序列，点击Add--Done导入目标序列
如果导入的是峰图文件，可以双击文件名会弹出峰形图，通过移动黑色的分隔线可以去除测序质量不高的区域（黄色区域），从而避免在拼接过程中产生模棱两可的数据。
数据修正后点击Assemble即拼接，运行结束后会弹出一个新对话框，如果能拼接上，则在Contig一栏有显示。
双击Contig可以看到拼接好的完整序列，以及两个峰图的重叠区域，如果两个峰图的重叠区域完全匹配，则表明拼接的结果可靠；如果两个峰图间有不同碱基，则需要比对两个峰图，选择峰图清晰的作为最终结果。
点击文件前面的三角形可以直接查看序列的峰形图
点击菜单栏的Contig--Save Consense--Single File 可以保存拼接好的序列。
利用SeqMan进行序列拼接ppt课件
12
1. 两条序列的测 序结果不一致 并明显一条测 序质量好而另 一条质量差
处理：直接将该处 修改为正确的碱基
Step5：修改拼接错误 错误拼接的类型13
2. 两条序列的测序结果不 一致并两条测序质量都比 较差
处理：重新测序或用 新的合适引物重新测定
Step5：修改拼接错误 错误拼接的类型14
去除载体序列
26ห้องสมุดไป่ตู้
单击 Scan All按钮，将出现一个report窗口。
• 现在载体栏显示：载体名字前都有一个检 测通过的标志，说明Janus 载体在全部14
去序除列载中体都序已列经检测到了。
• 单击assemble按钮，进行序列拼接。 27
查看末端修整和载体序列去除细节报告
选择Project 菜单的Trim Report打开Trim report窗口。
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查看修整序列前后的跟踪数据
右键选择6 号样本，然后Show Original Trace Data,打开Trace：Sample 6.abi 窗口
从 5’末端起变淡的部分是载体序列，将不会用于序 列装配，故被清除。
垂直的黑棒出现于修整和未修整的序列之间，根据需 要拖动垂直黑棒，可以调整用于装配的序列末端。
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点击Vector Catalog选项 自定义实验室常用的载 体序列
自定义载体序列
1、扫描载体插入位点上下500bp 2、多克隆位点位置及兼容位点
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网 选络定同你源的C序on列tig的序下列载，点和击比N对et Search里的
BLAST Selection 31
网络同源序列的下载和比对
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- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
去除载体序列
• 单击 Scan All按钮，将出现一个report窗口。
• 现在载体栏显示：载体名字前都有一个检 测通过的标志，说明Janus 载体在全部14 序 列中都已经检测到了。
• 单击assemble按钮，进行序列拼接。
查看末端修整和载体序列去除细节报告
• 选择Project 菜单的Trim Report打开Trim report窗口。
利用SeqMan进行序列拼接
简介
• DNAStar是分子生物实验室常用的序列分析 软件。 该软件由EditSeq， MegAlign， GeneQuest， MapDraw， PrimerSelect， Protean， SeqMan七个模块组成，功能主要 有：序列的格式转换，序列拼接和重叠克 隆群的处理；基因寻找；蛋白质结构域的 查找；多重序列的比较和两两序列比较； 寡核苷酸设计（PCR引物，测序引物，探 针）。
谢谢！
手动修改
• 为了区分修整过 和没有修整过的 数据，我们给修 整过的数据加一 个有颜色的背景。 选择菜单 Project→Paramete rs→Editing Color 打开下面的对话 框。确定use consensus match color和use other color已被选中。
手动修改
查看修整序列前后的跟踪数据
• 右键选择6 号样本，然后Show Original Trace Data,打 开Trace：Sample 6.abi 窗口
• 从 5’末端起变淡的部分是载体序列，将不会用于 序列装配，故被清除。
• 垂直的黑棒出现于修整和未修整的序列之间，根据 需要拖动垂直黑棒，可以调整用于装配的序列末端。
• 修整完毕后 Alignment View 中在序列的左边 会有一个黑色的垂直棒，右边有一个小的 黑三角形。
• 要找回修整去掉的序列末端，只需把垂直 棒向序列的两端拖动即可，以前修整去掉 的序列有明亮的黄色背景。
Pre-Assembly Options 操作及序列装配
• 在拼接前面，可以将所要拼接的片段中清 除载体和污染序列，优化装配顺序，设定 片段末端和标记重复序列
SeqMan
• SeqMan主要用于多序列的拼接，可以将成 千上万的序列（最多可以支持64000多序列） 装配成contigs，同时在拼接前，可以修整质 量差的序列以及清除自动测序的序列结果 中的污染序列或载体序列。seqman还提供 完善的编辑和输出功能。
Step1:打开Seqman软件
Step2:加入你要拼接的序列
测序准确的峰形图
• 峰形规则，一般在序列的中部，如下图所示
测序不准确的峰形图
• 峰形较乱，很难判断是哪个碱基，一般位 于序列两端， 如下图所示
Step4:查找拼接错误
• 点击菜单contigstrategy view可以观察 序列拼接的宏观图
1 勾选Conflicts，可以看见测序序列中有冲突的地方
自定义载体序列
点击Vector Catalog选项 自定义实验室常用的载
体序列
1、扫描载体插入位点上下500bp 2、多克隆位点位置及兼容位点
网络同源序列的下载和比对
• 选定你的Contig 序列，点击Net Search里的 BLAST Selection
网络同源序列的下载和比对
网络同源序列的下载和比对
• 标尺下面的条带，显示了序列的数量和覆盖程度。 条带的颜色和厚度代表覆盖序列的数量。中间的
蓝线表示只有一条链被测序的区域。出现于 contig 两边的细红线表示这个区域只测过一次序。
• 点击菜单Edit -find conflict或Find Next查找 接接中 出现的错误
• „还可用左下角的快捷按钮查找错误的拼接
点击Add sequences 查找并选中要拼接的序列 点击Add按钮填加
填加完后点击done
注：最好用测序的图谱（*.abi)尽量不要直接用测序得到的序列(1 点击Assemble按钮
2 点击拼接好的contig1
Step3:进行序列拼接
Alignment of contig1 窗口中点击 左三角 显示序列的测序图谱
能利用默认的参数不能完成拼接，大家可 以试 着修改一下拼接参数试试! 如降低 Match size 及Minimum Match Percentage的 值!
SeqMan进阶
• 手工及自动去除末端 • 消除载体或污染的序列 • 网络比对下载同源相似序列
手动修改序列末端
• SeqMan根据trace数据的质量和载体序列在 装配之前可以自动地进行末端修整。然而 有时候修改的程度难以掌握，下面我们将 用手工的方法找回修整过的末端。
Step5：修改拼接错误
1. 两条序列的测 序结果不一致 并明显一条测 序质量好而另 一条质量差
处理：直接将该 处修改为正确的 碱基
错误拼接的类型
Step5：修改拼接错误
2. 两条序列的测序结果 不一致并两条测序质量 都比较差
处理：重新测序或用 新的合适引物重新测定
错误拼接的类型
Step5：修改拼接错误
去除载体序列
去除载体序列
去除载体序列
• seqman在拼接前，有--点击Unassembled Sequences窗口的右上角的“options“按钮选 择相应功能。默认设定Trim sequence ends， scan for vector，optimize sequence assembly order.。
3. 两条序列的测序结果不 一致并明显两条测序质量 都好
处理：测序过程出现 问题，重新测定
类型3
错误拼接的类型
Step6:导出拼接的序列
• 可选择合适的格式，导出拼接好的序列
1
3 2
• 通过以上几步我们就能很快将几个测序片 段进行拼接，大家可以拿着自己的序列试 试!
• 当然如果两个测序片段的拼接片段太短可