第七章 次级键及超分子结构化学
超分子化学(完整版)
自组装
分子器件
其它受体
阴 离 子 受 体
中 性 受 体
简介
作用力
受体
自组装
分子器件
自组装
简介
作用力
简介
作用力
受体
自组装
分子器件
自组装原理
+
+ +
简介
作用力
受体
自组装
分子器件
自组装配位化合物
简介
作用力
受体
自组装
分子器件
分子器件
简介
作用力
受体
自组装
分子器件
定义
超分子
超分子化学
Supramolecular Chemistry
PK 超高分子量化学?
超越分子的化学?
简介
简介
作用力
受体
自组装
分子器件
分子化学
++
超分子化学
+
简介
作用力
受体
自组装
分子器件
机械-互锁分子结构
Fischer 酶-底物->锁和钥匙
沃森/克里克 DNA双螺旋模型
1873年
1920年
1894年
Fritz Vogtle 形状和离子选择性受体
简介
作用力
受体
自组装
分子器件
A
底物
B
合成
受体
共价键 C
D
分子化学
超分子化学
相互作用 超分子
识别
自组织 自组装
转换
易位 供能组分
分子/超分子 器件
简介
作用力
受体
自组装
分子器件
作用力
超分子化学
芳环堆积的三种形式
1. 超分子化学简介
氢键 (D—H…A)
强氢键:O—H … O/N,键长 1.5-2.2 Å, 键角 140-180 弱氢键:C—H … O/N,键长 2.0-3.0 Å, 键角 120-180 氢键本质:静电力、特殊的范德华力 特点: 具有方向性、饱和性
氢键基本型式
J. AM. CHEM. SOC. 2003, 125, 6882-6883
4. 配合物中的弱键作用
弱键的判断
通过从晶体结构数据归纳获得的4套半径数据(离子半径、共价半径、金属原子半 径、范德华半径)来研究化合物的成键特征是配位化学中结构研究的重要内容。 两原子间距离小于范德华半径 之和、大于三种化学键的键长,即可认为形成了弱键。 弱键(weak bonding)、半键(semibonding)、非键(nonbonding)、短接触 (short contact)、次级键(secondary bonding)
2.89Å Ag的范德华 力半径和: 3.40-3.44Å
Au…Au之间的亲金作用
[Ag2(C8H6N2)2] · 2ClO4中的Ag…Ag作用
4. 配合物中的弱键作用
细胞色素C氧化酶的双核Cu中心,d(Cu…Cu)=2.50Å
讨论
在超分子结构构造中,分子间作用力是研究的重点。这些作用力主要包括哪 些?如何判断它们是否存在?
4. 配合物中的弱键作用
共价半径
Hg(II)-N距离的统计分布
卤素Hg(II) 配合物的过渡态——以弱键为特征的中间体/活化配合物
4. 配合物中的弱键作用
金属原子与配位原子间的弱键作用
[Hg(hmt)1/2Br2]n (hmt=六次甲基四胺)
高中化学竞赛【次级键与超分子结构化学】
iv. 1,6-二氮双杂环[4,4,4]十四烷
N: 280.6pm :N
H+
252.6pm
N H+ N
-e-
229.5pm
N +N
-e-
N+ 153.2pm+N
2个N原子范德华半径和为300pm
2.金属原子与非金属原子间的次级键
i. V2O5 V2O5是层状结构氧化物, 在此结构中V原子 与5个O原子配位, 还和邻层中的1个O原子以次级
例2. 在冰中每个水分子都按四面体方式 形成2个O—H…O及2个O…H—O氢键, 其 中, O—H为96pm, H…O为180pm, 计算氢 和氧原子周围的键价和. R0=87pm, N=2.2。
解. O—H的键价: S=(96/87)-2.2=0.8;
O…H的键价: S=(180/87)-2.2=0.2.
+120+140=369pmX. H Y
iv. 在氢键中,
α R 角通常在100~
140°之间.
V. 在通常情况下, 氢键中的氢是二配位的, 但 在有些氢键中, 也可以是三配位或四配位的. 如:
OC
NH OC
OC NHOC
OC
Vi. 大多数情况下, 只有一个H原子是直接指
向Y上的孤对电子, 但是也有例外. 如在氨晶体中,
I.D.Brown等提出的键价理论是了解键的强 弱的一种重要方法:根据化学键的键长是键的强 弱的一种量度的观点,认为由特定原子组成的化 学键,键长值小,键强度高、键价数值大;键长 值大,键强度低、键价数值小。他们根据实验测 定所积累的键长数据,归纳出键长和键价的关系。 键价理论的核心内容主要有两点.
键结合. 如下图:
结构化学基础知识点
结构化学基础知识点结构化学课程是高等学校化学专业的主干课程之一,也是应用化学、材料化学等专业的基础理论课。
接下来店铺为你整理了结构化学基础知识点,一起来看看吧。
结构化学基础知识点:量子力学经典物理学是由Newton(牛顿)的力学,Maxwell(麦克斯韦)的电磁场理论,Gibbs(吉布斯)的热力学和Boltzmann(玻耳兹曼)的统计物理学等组成,而经典物理学却无法解释黑体辐射,光电效应,电子波性等微观的现象。
黑体:是一种可以全部吸收照射到它上面的各种波长辐射的物体,带一个微孔的空心金属球,非常接近黑体,进入金属球小孔的辐射,经多次吸收,反射使射入的辐射实际全被吸收,当空腔受热,空腔壁会发出辐射,极少数从小孔逸出,它是理想的吸收体也是理想的放射体,若把几种金属物体加热到同一温度,黑体放热最多,用棱镜把黑体发出的辐射分开就可测出指定狭窄的频率范围的黑体的能量。
规律:频率相同下黑体的能量随温度的升高而增大,温度相同下黑体的能量呈峰型,峰植大致出现在频率范围是0.6-1.0/10-14S-1。
且随着温度的升高,能量最大值向高频移动.加热金属块时,开始发红光,后依次为橙,白,蓝白。
黑体辐射频率为v的能量是hv的整数倍.光电效应和光子学说:Planck能量量子化提出标志量子理论的诞生。
光电效应是光照在金属表面上使金属放出电子的现象,实验证实:1.只有当照射光的频率超过金属最小频率(临阈频率)时,金属才能发出电子,不同金属的最小频率不同,大多金属的最小频率位于紫外区。
2.增强光照而不改变照射光频率,则只能使发射的光电子数增多,不影响动能。
3.照射光的频率增强,逸出电子动能增强。
光是一束光子流,每一种频率的光的能量都有一个最小单位光子,其能量和光子的频率成正比,即 E=hv光子还有质量,但是光子的静止质量是0,按相对论质能定律光子的质量是m=hv/c2光子的动量:p=mc=hv/c=h/波长光的强度取决于单位体积内光子的数目,即光子密度。
分子的电学和磁学性质及分子间作用力
µ+∆µ
二. 偶极矩和分子结构 1. 键矩和基矩:
µ2µ12µ222µ1µ2cos
,
:夹角
µ1、µ2为键矩或基矩,
nd o B
le o p di
Bon
dd
S
O
i po
le
O
Overall dipole moment
3
2. 偶极矩与对称性的关系 ① 分子具有永久偶极矩的对称性判据 由于任何对称操作使分子进入一种与原型无法区分的 状态,所以,如果分子有永久偶极矩,它必然处于分 子的每一个对称元素上。否则,对称操作将改变之 ●当分子有i,则偶极矩必然缩为一点,即=0 ; ●有两个(非所有)对称元素交于唯一一点的分子,=0; ●有S4n的分子不可能有永久偶极矩,否则S4n操作将改变 其方向 ② 利用偶极矩数据也可获得分子构型信息.
4
7.2 分子的磁学性质
一. 磁化率 磁介质在磁场中的磁化程度用磁化强度矢量 I 描述。 B=H+H’=H+4I I=χH I是单位体积磁矩,χ为单位磁场强度下的单位体积磁 矩,常用比磁化率:χg或χm
χg=χ/ρ
χm=Mχ/ρ =χVm
顺磁质:χ>0,I >0, B>H(H与H’同方向) 铁磁质:χ很大,1000-10000 反磁质:χ<0, I<0, B<H(H与H’反方向)
7
瞬间偶极矩→色散力
3. 粘度和表面张力等;范德华力使之增大
7.4
一. 氢键的本质
氢键
与电负性大的原子共价结合时,H的σ键电子云偏向该原 子,当另一负电性大的原子接近H时,屏蔽小的正电性H 核被强烈吸引,形成氢键,包 CH3 H : 括静电作用和部分共价键作用, O O 共价性强则作用也越强 : CH3 H O 二. 氢键的类型和特点: CH3 ● 分子内和分子外氢键; hydrogen bonds in methanol ● 按X/Y原子种类: F、O、N等; ● 大多数HX比H···Y近;键长<共价键长与范德华半径之和 ● H通常是二配位 8
蛋白质次级键
浅析蛋白质结构的基石——次级键蛋白质是生命活动的重要物质基础,其结构和功能息息相关。
在蛋白质结构的四级结构中,次级键是维持蛋白质二级结构稳定性的关键因素。
一、概念次级键是指除肽键以外,在蛋白质分子中形成的化学键或物理作用力。
它们作用于相邻氨基酸残基之间,决定了蛋白质链的折叠方式,进而影响蛋白质的三级和四级结构。
二、类型及作用常见的次级键包括1.氢键由肽链上的羰基氧和氨基氢之间形成的电性吸引力,是蛋白质中最常见的次级键。
氢键具有较强的方向性,能够稳定蛋白质的α螺旋和β折叠等二级结构。
2.疏水键由非极性氨基酸残基侧链聚集在一起形成的相互作用力。
疏水键是蛋白质内部疏水环境形成的关键因素,可以帮助蛋白质维持其结构完整性。
3.离子键由带相反电荷的氨基酸残基侧链之间形成的静电吸引力。
离子键具有较强的作用力,可以稳定蛋白质的结构,并参与蛋白质的许多功能活动。
4.范德华力由相邻原子或基团之间的偶极-偶极相互作用、诱导偶极相互作用和色散力等弱相互作用力统称为范德华力。
范德华力虽然作用力较弱,但当它们的数量累积起来时,也能对蛋白质结构的稳定性产生显著影响。
此外,还有一些其他次级键,例如二硫键、金属离子螯合等,它们在特定条件下也会影响蛋白质结构。
三、意义次级键的类型和数量决定了蛋白质二级结构的多样性。
α螺旋和β折叠是两种最常见的蛋白质二级结构,它们由不同的氢键模式形成。
α螺旋是一种紧密的螺旋结构,由肽链上的氢键将氨基酸残基连接在一起。
β折叠是由多个β链平行排列形成的片层结构,β链之间通过氢键相互连接。
次级键不仅影响蛋白质的结构,还对其功能有着重要影响。
例如,酶的活性位点通常位于蛋白质的三级结构表面,而该结构的形成依赖于二级结构的稳定性。
因此,次级键的破坏会导致酶活性的降低甚至丧失。
总之,次级键是维持蛋白质结构稳定性的重要因素,它们对于蛋白质的功能发挥至关重要。
了解次级键的性质和作用,对于我们理解蛋白质的结构和功能具有重要意义。
结构化学名词解释
1. 量子效应:(1)粒子可以存在多种状态,它们可由υ1 ,υ2,···,υn 等描述;(2)能量量子化;(3)存在零点能;(4)没有经典运动轨道,只有概率分布;(5)存在节点,节点多,能量高。
上述这些微观粒子的特性,统称量子效应。
2. 次级键:强相互作用的化学键和范德华力之间的种种键力统称为次级键。
3. 超分子:由两种或两种以上分子依靠分子间相互作用结合在一起,组装成复杂的、有组织的聚集体,并保持一定的完整性,使其具有明确的微观结构和宏观特性。
4. 超共轭效应:指C—H等σ键轨道和相邻原子的π键轨道或其他轨道互相叠加,扩大σ电子的活动范围所产生的离域效应。
5. 前线轨道:分子中有一系列能及从低到高排列的分子轨道,电子只填充了其中能量较低的一部分,已填电子的能量最高轨道称为最高占据轨道(HOMO),能量最低的空轨道称为最低空轨道(LUMO),这些轨道统称前线轨道。
6. 成键轨道、反键轨道、非键轨道:两个能级相近的原子轨道组合成分子轨道时,能级低于原子轨道能级的称为成键轨道,高于原子轨道能级的称为反键轨道,等于原子轨道能级的称为非键轨道。
7. 群:群是按照一定规律相互联系的一些元(又称元素)的集合,这些元可以是操作、数字、矩阵或算符等。
8. 对称操作:能不改变物体内部任何两点间的距离而使物体复原的操作叫对称操作。
9. 对称元素:对称操作所据以进行的旋转轴、镜面和对称中心等几何元素称为对称元素。
10. 点阵能/晶格能:指在0 K时,1mol离子化合物中的正负离子,由相互远离的气态,结合成离子晶体时所释放出的能量。
11. 化学键:在分子或晶体中两个或多个原子间的强烈相互作用,导致形成相对稳定的分子和晶体。
(广义:化学键是将原子结合成物质世界的作用力。
)12. 黑体:一种能全部吸收照射到它上面的各种波长辐射的物体。
13. 能量量子化:频率为v的能量,其数值是不连续的,只能为hv的整数倍,称为能量量子化。
超分子结构化学-PPT
O…H键键价:S=(180/87) -2.2 =0.20
所以在冰中O原子和H原子周围键价的分布如下:
H 0.20 O H 0.20 H
0.80 0.80 0.20
H
0.20
O原子周围的键价和为2,H原子的键价和为1,符合键价和规则。
6.2 氢
键
氢键表示方式:X—H…Y
X—H: σ键的电子云趋向高电负性的X原子,导致出现屏蔽 小的带正电性的氢原子核,它强烈地被另一个高电负性的Y原子 所吸引。 X,Y通常是F,O,N,C1等原子,以及按双键或三重键成 键的碳原子。例如:
aromatic hydrogen bond),多肽链中的N—H与水的O—H,它们
和苯基形成的N—H…π和O—H…π在多肽结构以及生物体系中是 十分重要的,它对稳定多肽链的构象将起重要作用。根据计算,
理想的N—H…Ph氢键的键能值约为12kJ· -1。已知多肽链内部 mol
N—H…Ph氢键的结合方式有—下面两种:
H基团)和一个质子受体原子(例如带有孤对电子的O或N原子)
之间形成。X和Y都是F、O、N、C1或C等电负性较高的原子。 近年来,发现了几种不属于上述常规氢键的体系,现分述如下:
1.X—H… π氢键 在X—H…π氢键中,π键或离域π键体系作为质子的受体。 由苯基等芳香环的离域π键形成的X—H…π氢键(芳香氢键
7.2.1 氢键的几何形态
氢键的几何形态可用R,rl,r2,θ等参数表示。有下列特点:
(1)大多数氢键X—H…Y是不对称的。 (2)氢键X—H…Y可以为直线形,也可为弯曲形。 (3)X和Y间的距离作为氢键的键长,如同所有其他的化学键一样, 键长越短,氢键越强。当X…Y间距离缩短时,X—H的距离增 长。极端的情况是对称氢键,这时H原子处于X…Y间的中心点, 是最强的氢键。 (4)氢键键长的实验测定值要比X—H共价键键长加上H原子和Y
次级键
键价理论认为:键长是化学 键强弱的一种量度,原子组成分 子化学键,键长值小、键强度高、 键价数值大;反之,键长值大、 键强度低、键价数值小;
1)两原子间的键长rij与键价Sij的关系:
S ij = exp[ R 0 − rij / B ]
或
S ij = ( rij / R0 )
1)大多数氢键X—H…Y是不 对称的,H—X距离较近,H—Y距 离较远; 2) X—H…Y可以为直线形θ =180°,能量上有利;也可为弯 曲形,即θ<180°;
3)X和Y间的距离作为氢键的键 长,键长越短,氢键越强,H原子处 于中心点时,是最强的氢键; 4)氢键的实测键长要比氢键中 共价键键长加范德华半径之和要短;
−N
式中R0和R(或R0和N)是和原子种类及 价态有关的经验常数
2)键价和规则: 每个原子所连诸键的键价 X—Hσ键的电子云偏向高电负性的 X原子,导致出现屏蔽小的带正电 性的氢原子核,它强烈地被另一个 高电负性的Y原子所吸引。
氢键的一些特点:
第七章 次级键和超分子结构 化学
次级键是除共价键、离子 键和金属键以外,其他各种化 学键的总称。
次级键涉及分子间和分子内 基团间的相互作用、涉及超分子、 各种分子组合体和聚集体的结构 和性质、涉及生命物质内部的作 用等等,内涵极为丰富。
一、键价和键的强度
早期的键级和键长的关系:
d n ' = d 1 − 71 log n '
5)氢键X—H…Y和Y—R键间形 成的角度α,通常为100°~140°之间; 6)一般情况,氢键中H原子是二 配位,有时有三、四配位; 7)多数氢键,只有一个H原子是 直接指向Y上的孤对电子,但有例外。
非常规氢键 1) X—H…π(质子受体是π键和 大π键) 2) X—H…M(质子受体是富电子 的过渡金属) 3) X—H…H—Y (二氢键)
超分子知识点总结
超分子知识点总结超分子化学的基本概念:超分子化学的核心概念是“超分子”。
超分子可以理解为分子的超级集合体,是大于分子大小的非共价聚集体。
这些非共价荷电相互作用包括氢键,范德华力、静电相互作用等,这些是分子间相互作用主要形式。
超分子系统不仅包括简单的由两个分子组成的复合物,还包括由一系列分子组成的大规模结构。
超分子化学的研究内容:1. 分子识别和分子识别性质:超分子化学最基本的研究内容是分子识别和分子识别性质。
分子之间的特殊相互作用可以使得它们在一定的条件下能够识别、绑定特定的分子。
这对于生物体系的正常功能以及药物的研究和设计具有非常重要的意义。
2. 超分子组装:超分子组装是超分子化学的一个重要方面,它研究的是一系列分子间的特殊相互作用如何自组装形成有序结构和功能。
3. 超分子结构:超分子化学的研究还包括超分子结构,也就是超分子组装后形成的各种形态的结构。
4. 超分子材料:超分子化学研究也涉及超分子材料,这是利用超分子结构构建的具有特殊性能的材料,比如光电材料、传感材料、晶体材料等。
超分子化学的应用:超分子化学在材料科学、有机化学、生物化学、医学、纳米科学等领域都有着广泛的应用。
其中最典型的应用之一是在药物设计和生物医学领域。
超分子化合物的自组装特性被广泛地应用在药物的传递和释放、药物靶向以及生物成像等方面。
另外,超分子化合物的自组装也为纳米材料的制备提供了新的思路和方法。
总之,超分子化学是分子化学的延伸和发展,是非常具有前沿性和挑战性的研究领域。
随着纳米科学和材料科学的快速发展,超分子化学的理论和应用将会得到更深入的发展和应用。
超分子体系的自组装、分子识别和分子识别性质、超分子结构和超分子材料等方面的研究将会带来更多新的发现和应用。
超分子化学简介.ppt
24.62 34.57 30.35 25.33
12
冠醚对碱金属离子的识别
冠醚的空腔直径和碱金属离子的体积是否匹配有关
冠醚 12-c-4 15-c-5 18-c-6 21-c-7 24-c-8
内腔直径/pm 120~150 170~190 260~320 340~430 >400
阳离子 Li+
Na+ K+ Rb+ Cs+
28
通过氢键Dendrimer的自组装
29
通过静电作用Dendrimer的自组装
30
不规整、不完善分子的自组装
31
金属体系的自组装
1.金属离子和有机或无机物形成的超分子体系。 2.有机金属化合物自身形成的超分子体系。 3.有机金属化合物作为主体形成的超分子体系。 4.有机金属化合物作为客体形成的超分子体系。 5.含有金属的多组分自组装体系。
实际上超分子体系的研究已不限于化学的范畴, 而是与生物、物理、生命科学、材料、信息及 环境等学科交织在一起, 形成了“超分子科 学”。
8
分子识别(recognization)
识别:指给定受体与底物选择性结合并产生某些特定 功能的过程。(这种选择性是指分子间特殊、专一的 相互作用)
分子识别:发生在分子间的识别过程。 位点识别:发生在实体局部间的识别过程。
1
分子间作用力
组成超分子的分子间作用力:
氢键,范德华力,静电作用,配位键的作用,疏水亲脂 作用力,芳香堆积等. 正是通过以上分子间作用力的协同作用而形成了超分子
分子间作用力(非共价键力)属于弱相互作用,那怎么能 结合成这种稳定、有序的实体呢?
2
分子间作用力的协同作用
超分子化学
2.冠醚和穴醚配体的识别和自组装 以冠醚和穴醚配体为主客体的识别和自组装是 20世纪60~80年代创立的超分子化学的基础。 表 7.6.1 各种冠醚离子大小的识别
3.配位键识别和自组装
(a)Mo— O键组装成大环超分子[Mo176O496(OH)32(H2O)80] (b)Mo— C和Mo— N键组装成球碳超分子
超分子自组装 超分子自组装(supramolecular self-assembly) 是指一种或多种分子,依靠分子间相互作用,自 发地结合起来,形成分立的或伸展的超分子。由 分子组成的晶体,也可看作分子通过分子间作用 力组装成一种超分子。 超分子化学为化学科学提供新的观念、方法 和途径,设计和制造自组装构建元件,开拓分子 自组装途径,具有特定的结构和基团的分子自发 地按一定的方式组装成所需的超分子。
分子识别和超分子自组装的结构化学内涵, 体现在电子因素和几何因素两个方面,前者使分 子间的各种作用力得到充分发挥,后者适应于分 子的几何形状和大小能互相匹配,使在自组装时 不发生大的阻碍,分子识别和超分子自组装是超 分子化学的核心内容。
超分子合成子 合成子(synthon)一词是在有机合成中表示 “ 用已知的或想象的合成操作所能形成组装出来的 分子中的结构单位。” 将这个通用的、可变的定义 用于超分子,即得:“ 超分子合成子是用已知的或 想象的、包含分子间相互作用的合成操作所能形成 或组装出来的超分子中的结构单位。”
1. 几个概念 分子识别(molecular recognition) 是由于不同分子间的一种特殊的、专一的相 也满足分子间各种次级键力的匹配。
互作用,它即满足互相结合的分子间的空间要求,
在超分子中,一种接受体分子的特殊部位具 有某些基团,正适合与另一种底物分子的基团相 结合,体现出锁和钥匙原理,当接受体分子的底 物分子相遇时,相互选择对方,一起形成次级键; 或者接受体分子按底物分子的大小尺寸,通过次 级键构筑起适合底物分子居留的孔穴的结构,所 以分子识别的本质就是使接受体和底物分子间形 成次级键的最佳条件,互相选择对方结合在一起, 使体系趋于稳定。
超分子结构
使碱化物和电子盐得以合成。另外,穴醚还可以帮助Sn92−之类津
特耳离子(Zintl ion)的结晶。
在制作核医学需要的显像用药物氟代脱氧葡萄糖(简称 FDG)时,
会使用[2.2.2]穴醚来络合反应物K18F中的钾离子,提高放射性18F 离子的亲核性,以便将18F连接到脱氧葡萄糖中。
37
环糊精-cyclodextrins
1
1、超分子
通常是指由两种或两种以上的分子依靠分子间 相互作用结合在一起,组成复杂的、有组织的聚集
体,并保持一定的完整性使其具有明确的微观结构
和宏观特性。
2
2、超分子化学
1987年法国科学家诺贝尔化学奖获得者J. M. Lehn 首次提出了“超分子 化学”这一概念, 他指出: “基于共价键存在着分子化学领域, 基于 分子组装体和分子间键而存在着超分子化学” 。超分子化学是基于 分子间的非共价键相互作用而形成的分子聚集体的化学, 换句话说分
28
(1)环状配体组成的主客体体系;
冠醚-Crown ethers
又称大环醚。是含有多个氧原子的大环化合物。命名时,把环上所含原 子的总数标注在“冠”字之前,其中所含氧原子数标注在名称之后。如
18-冠(醚)-6、15-冠(醚)-5、二环己烷并-18-冠(醚)-6
环上所含原子的总数
如18-冠(醚)-6
金属有机骨架MOF结构-最新领域
MOFs是孔状微晶固体,由 金属离子通过有机桥连配体 所组成,用分子“构筑砌块” 从基底往上设计成具有特定 的功能。现在在加利福尼亚 大学洛杉矶分校的Omar Yaghi是20世纪的中后期设 计和合成MOFs的先驱。从 此以后,有2000多种各种各 样的MOFs被这一小组和世 界范围内的其它研究者所报 道。 由于它们的记录表面积和针 对特殊应用的精心构筑设计 (Yaghi称之为“网状合成”), MOFs适合于存储气体—— 氢气、甲烷和其它气体—— 和气体的提纯和分离,同时 也可用做催化剂。MOFs的 另外一个用途是高选择性的 传感器。它们的储能的潜力 激起了科技界的极大兴趣并 25 且远远不止这些。
次级键及超分子结构化学
精品文档
除了分子间氢键外,还有分子内氢键。例如: 硝酸的分子内氢键使其溶沸点降 低。
精品文档
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氢键
氢键是一种存在于分子之间也存在分子内部的 作用力,它比化学键弱,又比范德华尔力强。
1、氢键的形成:
在HF分子中,H和F原子以共价键结合,但因F 原子的电负性大,电子云强烈偏向F原子一方,结 果使H原子一端显正电性。由于H原子半径很小,又 只有一个电子,当电子强烈地偏向F原子后,H原子 几乎成为一个“裸露”的质子,因此正电荷密度很 高,可以和相邻的HF分子中的F原子产生静电吸引 作用,形成氢键。
有些液态物质如NH3、H2O,观察到反常 的高介电常数,可归结为氢键产生的连续聚 合作用。
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二.几种重要化合物的氢键 1.水
水是地球上数量最多的化合物之一,与人们的生 活、动植物生长、工农业生产密切相关。由于水的结 构在不同温度、压力下都有变化,几个世纪前人们就 开始研究水的结构,这种研究一直持续至今日。 气态单个水分子的结构已确定键长95.7pm,∠HOH为 在冰、水或水合物晶体中,H2O分子均可看作按四面 体方向分布的电荷体系。水分子的两个氢原子指向四 面体的两个顶点,显正电性。而氧原子上的两个孤对 电子指向四面体另外的两个顶点,显负电性。正电性 一端常和另一水分子的负电性一端或其它负离子结合, 形成,或型氢键;负电性的一端常和正离子或其它分 子的正电性一端结合,形成,等型式的氢键。
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氢的结构化学
• 氢原子是所有原子中最简单的原子,只有1 个价轨道和1个电子参加成键,但在不同的 化合物中可以形成多种型式的化学键:
• 共价单键 ; 离子键 ; 金属键 ;氢键 • 缺电子多中心氢桥键 • 过渡金属氢化物中的M-H键 • 氢分子配键 • C-H-M桥键
第七章 超分子化学简介
结合组织化的多分子有序体和相(层结构、膜、囊泡、液晶等) ,功能超分子可以导致分子和分子器件的发展。
近期的研究方向涉及到自发过程(自组装、自组织、复制)和程 序化高分子设计。
2021/10/10
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7.1 超分子的概念
超分子化学分成部分交叉的两大领域
⑴ 超分子 指几个组分(一个受体及一个或多个底物)在分子识别原理的 基础上按照内装的构造方案通过分子间缔合而形成的含义明确 的、分立的寡聚分子物种
作用力:金属离子配位键、静电引力、氢键、范德华相互作用、 给体-受体相互作用。 强度分布:氢键的弱到中等(如酶-底物),到金属离子配位键的 强或非常强(其强度可达到包含很多独立相互作用的抗原抗体作 用强度范围,或更强些)。
超分子物种的热力学稳定性不如分子,但动力学上更易变,具有 动态柔顺性。
2021/1超0/1分0 子化学涉及的是软化学键,代表一门“软化学”。
通常,分子间氢键使
分
物质的熔点和沸点升
子
高,分子内氢键则使
内
氢
熔点和沸点降低。非
键
常规氢键也有分子间
氢键和分子内氢键。
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7.2.1 能量因素
➢ 不对称氢键和对称氢键
按H距离电负性原子X和Y的远近可分为不对称氢键和 对称氢键。多数氢键是不对称的,X-H较H---Y短一些,如 F-H---F、O-H---O、O-H---F、N-H---F、N-H---O、N-H--N等。对称氢键有F-H-F,O-H-O等。
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7.2.2 氢键
DNA的碱基T(胸腺 嘧啶)与A(腺嘌呤) 之 间 有 一 个 N-H---O 和 一个N-H---N氢键
高中化学--范德华力相关介绍
专题4.范德华力Van der Waals' force一、次级键secondary bond1.concept次级键,除了典型的强化学键(共价键、离子键和金属键)等,依靠氢键以及弱的共价键和范德华 作用力相结合的各种分子内和分子间作用力的总称;2.次级键可根据原子间的距离、核磁共振谱和光谱等实验数据来确定;化学反应过程中形成的过渡态正是以次级键为特征的中间体或活化络合体; 次级键在物质的结构和性质的研究以及生物体系和超分子化学中起重大作用;3.反映在分子结构上,当原子间距离小于或接近相应的离子半径、共价半径或金属半径之和时, 可以认为原子间形成了化学键;当不同分子中的原子间距离范德华半径之和时,可以认为分子间存在着范德华力; 当原子间距离介于化学键与范德华力范围之间时,可以认为原子间生成次级键;4.次级键普遍客观存在,且化学键、次级键和范德华力三者之间的界限是很难明确划分;5.次级键中有相当一部分是有氢原子参与的;氢键(hydrogen bond )是次级键的一个典型,也是最早发现和研究的次级键;二、范德华半径V an der Waals radius1.concept:非金属元素有一种半径,叫范德华半径;原子的范德华半径是指当分子中两个相邻但不成键的原子靠近至一定距离时,可设想原子本身 的排斥力范围为一刚性球体,这一球体的半径称为范德华半径;2.如图表示出2个Cl 2,在同一个Cl 2里,2个Cl 核间距的一半是共价半径共r ; 在不同的2个Cl 2间,2个Cl 的核间距的一半是范氏半径范r ,显而易见共r <范r ;3.区别与联系①一般来说,对于金属元素,只有共价半径和金属半径; ②非金属元素(稀有气体除外)有共价半径和范德华半径; ③稀有气体元素只有范德华半径;④高中教材上原子半径全部用的是共价半径,所以稀有气体元素与同周期其它元素没有可比性;三、偶极dipole1.concept :偶极---表示分子的极性;2.偶极可以分为三类:①固有偶极:极性分子中由于组成元素不同,其吸引电子的能力各有差异(元素周期律),这就使 得分子中有电子偏移的现象,这样就产生了极性,并且偶极持续存在,称为固有偶极;-+δδCl H —②诱导偶极:是指非极性分子在电场中或者有其他极性分子在较近距离的情况下,由于电子带 负电,核带正电,它们会发生偏移,这种现象称为诱导偶极;③瞬时偶极:一切分子中,不管是极性分子还是非极性分子,原子核时刻在震动,电子时刻在 运动、跃迁,在它们运动的时候,偶尔离开平衡位置而产生极性,只不过这个过程持续时间 很短,故称瞬时偶极;四、偶极矩dipole moment1.concept正、负电荷中心间的距离和电荷中心所带电量的乘积,它是一个矢量,方向规定为从正电中心 指向负电中心,用符号μ表示,单位为库伦·米(C·m ); ①当一个电量(C e 19106022.1-⨯=)的正、负电荷相距m 1010-,则其偶极矩为: m C ⋅⨯=-29106022.1μ;②在静电制中,上述偶极矩为deb esu cm 8.4108.418=⋅⨯=-μ;③德拜是偶极矩的另一种单位,两者之间的换算为:m C deb ⋅⨯=-3010336.31; 2.偶极矩的数学表达式为μ=qd ;3.应用:①衡量键的极性强弱⎪⎩⎪⎨⎧≠=越大,键的极性越强,极性共价键,非极性共价键μμμ00【键的偶极矩简称键矩】A -B 键矩/deb A -B 键矩/debA -B 键矩/deb H -C 0.4 C -C 0 N -F 0.17 H -N 1.31 C -N 0.22 C =C 0 H -O 1.51 C -O 0.74 C =N 0.9 H -S 0.68 C -S 0.9 C =O 2.3 H -Cl 1.08 C -F 1.41 C =S 2.6 H -Br 0.78 C -Cl 1.46 N =O 2.0 H -I 0.38 C -Br 1.38 P =O 2.7 H -P 0.36 N -O 0.3 S =O 3.0②判断多原子分子极性强弱⎪⎩⎪⎨⎧≠=越大,分子的极性越强,分子是极性分子,分子是非极性分子μμμ00分子 μ/(m C ⋅-3010))10/(10m r - )10/(30m C er ⋅- er /μ CO 0.39 1.1283 18.08 0.02 HF 6.37 0.9168 14.69 0.43 HCl 3.50 1.2744 20.42 0.18 HBr 2.64 1.4145 22.66 0.12 HI1.271.6090 25.780.05五、范德华力V an der Waals' force1.concept范德华力(又称分子作用力)产生于分子或原子之间的静电相互作用;范德华力偶极子电荷位移近邻原子相互作用电偶极矩的感应作用−−−−−→−→→)(dipoles 2.范德华力又可以分为三种作用力:诱导力、色散力和取向力;①色散力dispersion force 【非极性分子间形成】※色散力(也称“伦敦力”,London force )是指非极性分子相互靠拢时,它们的瞬时偶极矩之间 产生的很弱的吸引力,所有分子或原子间都存在;※是分子的瞬时偶极间的作用力,即由于电子的运动,瞬间电子的位置对原子核是不对称的, 也就是说正电荷重心和负电荷重心发生瞬时的不重合,从而产生瞬时偶极;※色散力和相互作用分子的变形性有关,变形性越大(分子量愈大,变形性愈大)色散力越大; ※色散力和相互作用分子的电离势(即为电离能)有关,分子的电离势越低(分子内所含的电子数 愈多),色散力越大;※色散力的相互作用随着61r 而变化;其公式为:I 1和I 2 分别是两个相互作用分子的电离能,α1和α2 是它们的极化率;206212121d )4(123E πεααr I I I I +-= ※色散力是菲列兹·伦敦(Fritz London )于1930年根据近代量子力学方法证明的,由于从量子 力学导出的理论公式与光色散公式相似,因此把这种作用称为色散力,又叫做伦敦力; ②诱导力induction force 【极性与非极性分子间或极性分子间形成】※诱导力在极性分子和非极性分子之间或极性分子和极性分子之间都存在诱导力; ※由于极性分子偶极所产生的电场对非极性分子发生影响,使非极性分子电子云变形(即电子云 被吸向极性分子偶极的正电的一极),结果使非极性分子的电子云与原子核发生相对位移,本 来非极性分子中的正、负电荷重心是重合的,相对位移后就不再重合,使非极性分子产生了 偶极;※这种电荷重心的相对位移叫做“变形”,因变形而产生的偶极,叫做诱导偶极,以区别于极 性分子中原有的固有偶极;※诱导偶极和固有偶极就相互吸引,这种由于诱导偶极而产生的作用力,叫做诱导力;※在极性分子和极性分子之间,除了取向力外,由于极性分子的相互影响,每个分子也会发生 变形,产生诱导偶极;其结果使分子的偶极距增大,既具有取向力又具有诱导力; ※在阳离子和阴离子之间也会出现诱导力; ※诱导力与极性分子偶极矩的平方成正比;※诱导力与被诱导分子的变形性成正比,通常分子中各原子核的外层电子壳越大(含重原子越多)它在外来静电力作用下越容易变形;相互作用随着61r而变化,诱导力与温度无关;其公式:α为极化率;620212)4(rE πεμα-=诱 ③取向力dipole-dipole force 【极性分子间形成】 ※取向力发生在极性分子与极性分子之间;※由于极性分子的电性分布不均匀,一端带正电,一端带负电,形成偶极;因此,当两个极性 分子相互接近时,由于它们偶极的同极相斥,异极相吸,两个分子必将发生相对转动;这种 偶极子的互相转动,就使偶极子的相反的极相对,叫做“取向”;这时由于相反的极相距较 近,同极相距较远,结果引力大于斥力,两个分子靠近,当接近到一定距离之后,斥力与引 力达到相对平衡;这种由于极性分子的取向而产生的分子间的作用力,叫做取向力; ※取向力与分子的偶极矩平方(μ)成正比,即分子的极性越大,取向力越大; ※温度越高,极性分子运动越活跃,越不容易取向,取向力越弱;其公式为:0622214132E πεμμkTr -=取 μ1,μ2为两个分子的偶极矩;r 为分子质心间的距离,k 为Boltzmann 常数,T 为热力学温度, 负值表示能量降低; ④三种力的关系※极性分子与极性分子之间,取向力、诱导力、色散力都存在; ※极性分子与非极性分子之间,则存在诱导力和色散力; ※非极性分子与非极性分子之间,则只存在色散力;※这三种类型的力的比例大小,决定于相互作用分子的极性和变形性; ※极性越大,取向力的作用越重要;变形性越大,色散力就越重要;※诱导力则与这两种因素都有关;但对大多数分子来说,色散力是主要的; ※只有偶极矩很大的分子(如水),取向力才是主要的;而诱导力通常是很小的; ※极化率α反映分子中的电子云是否容易变形;※虽然范德华力只有0.4~4.0kJ/mol ,但是在大量大分子间的相互作用则会变得十分稳固;。
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(1)通过i, j两原子间的键长rij计算这两个原子间的键价Sij Sij = exp [(R0- rij)/B 或 Sij = [(rij /R0)-N (2)键价和规则:每个原子所连诸键的键价之和等于该原 子的原子价
7. 2 氢键
氢键 氢键以X-H•••Y表示,其中X 和Y都是电负性较高的原子, 如F、O、N 等, Cl和C 在某些条件下也参与形成氢键。
(4) (5)
(6) 在通常情况下,氢键中H原子是二配位,但在有些氢键中H原子是三配位 或四配位
O N-H O
C
O
C
C
N-H
O
C
O
C
三配位
四配位
(7) 在大多数氢键中,只有一个H原子是直接指向Y上的孤对电子,但是也有 许多例外。
7.2.2 氢键的强度
氢键的强弱及其性质
性质 X-H···Y相互作用 键长 H···Y/pm X···Y/pm 键角θ/(°) 键能/(kj·mol-1) IR相对振动位移/(%) 低场中1H化学位移/ppm 实例 强氢键 共价性占优势 X-H≈H-Y 120~150 220~250 175~180 >50 25 14~22 强酸气相二聚体 酸式盐、质子受 体、HF络合物 中强氢键 静电占优势 X-H<H-Y 150~220 250~320 130~180 15~50 10~25 <14 酸、醇、酚水合 物、生物分子 弱氢键 静电 X-H«H-Y 220~320 320~400 90~150 <15 <10 - 弱碱、碱式盐、 C-H···O/N O/N-H···π
E
诱
= −
(4 πε
a
2
μ
0
)
2 1 2
r
6
μ1为分子1的偶极矩,α2为分子2的极化率。
⑶ 色散力: 指非极性分子的诱导偶极矩-诱导偶极 矩的相互作用:
E色
3 I1 I 2 =− 2 I1 + I ⎟⎜ ⎜ 4πε ⎠⎝ 0
⎞ ⎟ ⎟ ⎠
2
I1 和 I2 为分子1和2的电离能。 分子间的推斥力是短程力,当分子靠近时, 推斥力明显。分子间相距较远时,吸引力明显。 分子间相互作用势能用Lennard-Jones(林纳德-琼 斯)的6-1-2关系式表达:
冰-Ih中中,O-H…O的氢键键能为25 kJ/mol, 包括下列相互作用: 1. 静电相互作用 2. 离域或共轭效应 3. 电子云的推斥作用 4. 范德华作用
7.2.3 非常规氢键 1. X -H ··· π氢键 (芳香氢键)
在一个X -H ··· π氢键中, π键或离域π键体系作为质子的受体。
7.3.2
金属原子与非金属原子间的次级键
在金属卤化物、氧化物以及配合物中,金属原子和非金属原子成键 结合在一起,通过大量晶体结构测定的数据和键价理论的计算,在 其中存在许多次级键,它们使金属原子的配位环境显现出完整性和 稳定性,也较好地符合键价和规则。
7.3.2
金属原子间的次级键
次键级为金属原子间的非键相互作用。目前关注的是亲金作用 (aurophilicity)和亲银作用(argentophilicity). 亲金作用(aurophilicity)
分子间作用力对分子的键长和键角等 构型的影响一般很小,但对围绕单键旋转 的扭角等构象的改变影响很大。分子的构 象决定于分子间的作用力或非共价键的作 用力。分子间作用力对分子的几何学和分 子的性质影响很大。 大分子或高分子内部基团间的相互作 用,也和分子间的作用相似。 在上述跟1/r 6成比例的三种作用力通称 为范德华力。
E
=
A r
12
B − 6 r
7.5 分子的形状和大小 7.5.1 构型和构象
分子的构型(configuration)是指分子中的原子或基团在空间按特定的方式排布 的结构形象。构型由分子中原子的排布次序、连接方式、键长和键角等决 定。相同的化学成分而构型不同的分子称为构型异构体。构型异构体有顺反 异构体和旋光异构体两类,后者是对手性分子而言。 二氯乙烯分子的顺反异构体及其所属点群如下:
范德华力又称为范德华键,它主要由三方面的作用力组成: (i) 静 电力,(ii)诱导力和(iii)色散力。 1. 静电力 来自永久多极矩间的相互作用,主要是偶极矩。极性分子有永 久偶极矩,偶极矩间产生静电吸引作用。 2. 诱导力 永久偶极矩将诱导邻近分子使发生电荷位移,出现诱导偶极 矩。永久偶极矩和诱导偶极矩之间存在吸引作用,此相互作用 的能量称为诱导能。 3. 色散力 非极性分子有瞬间的偶极矩将在邻近分子中诱导出偶极矩,瞬 间偶极矩与诱导偶极矩间的相互作用力叫色散力。这种相互作 用的能量叫色散能。
7.6 超分子结构化学
超分子是指由两种或两种以上分子依靠分子间相互
作用结合在一起,组成复杂的、有组织的聚集体, 保持一定的完整性,使它具有明确的微观结构和宏 观特性。
由分子到超分子和分子间相互作用的关系,正如由
原子到分子和共价键的关系。
分子间相互作用 ≠ 非共价键
1. 能量因素
能量因素:降低能量在于分子间键的形成。 (a)静电作用 - 盐键 正负离子 + R-COO-····H3N+-R 离子-偶极子作用
碘(I2)晶体
卤互分子X2从F2 Cl2 Br2 I2金属性增加。由I2分子组成的碘晶 体,具有金属光泽和较高的导电性。这是由于在碘晶体中,I2分子 间存在次级键,分子间I---I的最短距离为350pm,要比I原子的范德 华半径和430短得多。
I---N contact
Br---Br 和 Br--- π 作用
2. X -H ··· M氢键
X -H ··· M氢键是常规氢键的类似物,它在一个3c-4e 体系的相互作用下,包含一个 富电子的过渡金属原子作为质子受体。
3. X -H ··· H-Y氢键 一系列含N -H ··· H -B 体系的H .H 距离介于175~190 pm。在 二聚体[ H3NBH3]2 中, 含有2 个N -H ··· H -B 二氢键, H ··· H 距离为182 pm , (NH) ··· H B 键角为100°, 而(BH) ··· H -N的键角则大得多,这些信息促使人 们提出存在X -H ··· H-Y二氢键的观点 二氢键不仅存在于H3N-BH3 等化合物中,还存在于过渡金 属配位化合物中
第 7章
次级键及超分子结构化学
超分子结构化学
超分子是指由两种或两种以上分子依靠分子间相互
作用结合在一起,组成复杂的、有组织的聚集体, 保持一定的完整性,使它具有明确的微观结构和宏 观特性。
由分子到超分子和分子间相互作用的关系,正如由
原子到分子和共价键的关系。
分子间相互作用 ≠ 非共价键
亲银作用(argentophilicity)
五、金属-金属相互作用
1. 亲金作用(aurophilicity) 亲金作用指在一价金的簇合物分子中,非键的Au(I)原子间 的相互吸引作用。
通过Au···Au相互吸引作用聚合
一价金的电子组态为闭壳层结构Au(I): [Xe]4f145d106s0 按常理,非键的同类原子应相互推斥,原子间距离大于范德华 半径和: 2 × 166pm = 332pm 是什么原因导致亲金作用,使 Au···Au 距离缩短?是相对论效 应导致 6s 轨道收缩形成(6s5d)10不呈现闭壳层结构
7.2.4 冰和水中的氢键
气相水的结构
四面体形 电荷分布体系 H2O···H-F H2O···H-Cl H2O···H-CN H2O···H-OH
质子受体 质子给体
水的气态二聚体
冰的结构-Ih
水的性质和结构
c. 电导 H+接力位移
离子淌度:H3O+ OH- Na+
32.5 ×10-4 cm·s-1 17.8 ×10-4 cm·s-1 5.2 ×10-4 cm·s-1
氢键对物质的影响
(1)由于物质内部趋向于尽可能多地生成氢键以降低体系的能量,即在具备形 成氢键条件的固体、液体甚至气体中都尽可能地生成氢 (2)因为氢键键能小,它的形成和破坏所需要的活化能也小,加上形成氢键的 空间条件比较灵活,在物质内部分子间和分子内不断运动变化的条件下,氢键仍 然不断地断裂和形成,在物质内部保持一定数量的氢键结合,氢键的形成对物质 的各种物理化学性质都会发生深刻的影响,在人类和动植物的生理生化过程中也 起十分重要的作用
7.2.5 氢键和物质的性能
1. 物质的溶解性能 2. 物质溶沸点和气化焓
分子间生成氢键,熔点、沸点会上升;分子内生成氢键,一般熔、沸点要下降
3. 粘度和表面张力
分子间生成氢键,粘度会增大
7.2.6 氢键在生命中的作用
7.3 非氢键型次级键 7.3.1 非金属原子间的次级键
许多非金属原子间的次级键可在分子间或分子内部形成
这三种作用的能量可按下列公式进行计算:
⑴ 静电力: 指偶极子-偶极子相互作用:
2μ μ E诱 = − 3 kTr
2 1
2 2 6
(4πε 0 )
1
2
式中μ1和μ2分别是两个相互作用分子的偶极 矩,r是分子质心间的距离,k为Oltzmann常数,T为 绝对温度,负值代表能量降低。 ⑵ 诱导力: 指偶极子-诱导偶极子相互作用:
2. 亲银作用 (argentophilicity)
和亲金作用相似,在银簇合物和金银混合簇合物中呈现亲银作 用。
乙炔银复盐中包藏C22-的 银多面体结构 (a) Ag2C2·2AgClO4·2H2O Ag···Ag(实线) (b) Ag2C2·2AgNO3 292.5pm (c) Ag2C2·5.5AgNO3 291~336pm (d) Ag2C2·5AgNO3 271~336pm (e) Ag2C2·6AgNO3 295~305pm (f) Ag2C2·8AgF