第四章生物分子数据库.ppt
生物信息数据库ppt课件
UniRef90_O70405
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UniParc UniProt Archive (UniParc) 存储所有公共数据库中有效的蛋白质序列数据，包括序列的来源及来源数据
44
显示分子结构（RasMol ， ChemView ）
45
四. 基因组数据库
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基因组数据库 收集某些生物整个基因组序列的数据库 基因组计划
➢ Human Genome Project ➢ C. elegans Project 从GenBank中选择同一物种的核酸信息组成的二级库
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16
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INSDC 1998年，GenBank、EMBL和DDBJ共同成立了国际核酸序列数据库协会
（International Nucleotide Sequence Database Collaboration,INSDC） 三大核酸数据库之间每天将新测定或更新的数据进行交换共享，保证数据信
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氨基酸代码
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GenBank数据格式 (1)
GenInfo Identifier
子库类型
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GenBank数据格式 (2)
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GenBank数据格式 (3)
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GenBank子库类型
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EMBL标识字 ID DE AC SV KW OS OC DT RN RA RT RL RX RC RP CC DR FH FT SQ 空格 //
2
生物分子数据库几个明显的特征： （1）数据库的更新速度不断加快
数据量呈指数增长趋势 （2）数据库使用频率增长更快 （3）数据库的复杂程度不断增加 （4）数据库网络化 （5）面向应用 （6）先进的软硬件配置
生物数据库介绍
GenPept Sequence Records (which contain the amino acid translations from GenBank/EMBL/DDBJ records that have a coding region feature annotated on them)
各种登录号（索引号）的类型（续） Type of Record Protein Sequence Records from PRF RefSeq Nucleotide Sequence Records Sample Accession Format A series of digits (often six or seven) followed by a letter, e.g.:1901178A Two letters, an underscore bar, and six digits, e.g.: mRNA records (NM_*):NM_000492 genomic DNA contigs (NT_*):NT_000347 complete genome or chromosome (NC_*):NT_000907 genomic region (NG_*):NG000019 Two letters (NP), an underscore bar, and six digits, e.g.:NP_000483
生物信息学数据库的分类：
生物信息学数据库
一级数据库
二级数据库
一级数据库
直接来源于实验获得的原始数据（DNA序
列、蛋白质序列、蛋白质结构等），只经 过简单的归类、整理和注释。
一级核酸数据库（3）：GenBank数据库、EMBL数
据库、DDBJ数据库 一级蛋白质序列数据库（2）：SWISS-PROT库、PIR 蛋白信息数据库 一级蛋白质结构数据库（1）：PDB数据库
生物分子数据库
一、概述
生物信息学的定义 生物信息学是一门交叉科学，它包含了生物信息
的获取、处理、存储、分发、分析和解释等在内的所 有方面，综合运用数学、计算机科学和生物学的各种 工具，来阐明和理解大量数据所包含的生物学意义。 （美国人类基因组计划实施五年后的总结报告）
踏实肯干，努力奋斗。2020年10月19 日下午8 时48分 20.10.1 920.10. 19
追求至善凭技术开拓市场，凭管理增 创效益 ，凭服 务树立 形象。2 020年1 0月19 日星期 一下午8 时48分 50秒20 :48:502 0.10.19
严格把控质量关，让生产更加有保障 。2020 年10月 下午8时 48分20 .10.192 0:48October 19, 2020
Nucleic Acids Research 杂志
相关数据库及其主要分类
1. 核酸序列数据库 2. RNA 序列数据库 3. 蛋白质序列数据库 4. 结构数据库 5. 基因组数据库 6. 代谢酶相关产物 7. 人类和其他脊椎动物基因组 8. 人类基因和疾病 9. 其数据和其他基因表达数据库 10. 蛋白组资源 11. 其他分子生物学数据库 12. 细胞器官数据库 13. 植物数据库 14. 免疫学数据库
二、生物信息学数据库种类
《Nucleic Acids Research》杂志每年的第一 期中详细介绍最新版本的各种数据库。
在2000年1月1日出版的28卷第一期115种通 用和专用数据库。
至2008年，生物信息学数据库总数已达1078 个。比2007年增加110个。
Nucleic Acids Research 杂志
这两个数据库让科学家检索和观看结构,从 结构上查找特定蛋白质的相似蛋白质，并且辨 认功能位点。
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运输功能
如载体蛋白，血红蛋白等 ，在生物体内运输各种物 质。
免疫功能
如抗体蛋白，参与生物体 的免疫应答。
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蛋白质的功能与调控
调节功能
如激素，生长因子等，调节生物 体的生长发育和代谢过程。
2024/2/29
储存功能
如植物种子中的贮藏蛋白，动物体 内的肌红蛋白等，储存能量和营养 物质。
个性化医疗
根据患者的基因信息，制定个 性化的治疗方案。
药物基因组学
预测患者对药物的反应和副作 用，指导合理用药。
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基因治疗的原理与应用
基因治疗的原理
通过导入正常基因或修复缺陷基因， 从而治疗由基因突变引起的疾病。
遗传性疾病的治疗
如视网膜色素变性、腺苷脱氨酶缺乏 症等。
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癌症治疗
利用基因编辑技术，修复或敲除癌症 相关基因，抑制肿瘤生长。
基因表达调控的层次
基因表达调控可分为转录前调控、转录水平调控、转录后调控和翻 译水平调控等多个层次。
基因表达调控的意义
基因表达调控对于生物体的生长发育、代谢、免疫应答等生理过程具 有重要意义，同时也是疾病发生发展的重要因素。
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原核生物的基因表达调控
1 2 3
原核生物基因表达调控的特点
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DNA损伤的修复机制
直接修复
针对某些简单的DNA损伤，如碱 基错配，可通过特定的酶直接进行 修复。
碱基切除修复
通过识别并切除受损碱基，再合成 新的DNA片段进行修复。
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核苷酸切除修复
针对较严重的DNA损伤，如嘧啶 二聚体，通过切除一段包含受损部
第四章 生物信息学数据库(二)-生技用
相似性和同源性关系
序列的相似性和序列的同源性有一定的关系，一 般来说序列间的相似性越高的话，它们是同源序 列的可能性就更高，所以经常可以通过序列的相 似性来推测序列是否同源。 正因为存在这样的关系，很多时候对序列的 相似性和同源性就没有做很明显的区分，造成经 常等价混用两个名词。所以有出现A序列和B序 列的同源性为80％一说。
核酸序列 蛋白质序列 生物大分子结构 基因组数据 生物分类数据库 孟德尔人类遗传学数据（OMIM） Pubmed
Entrez集成系统结构如图4.8所示。
图4.8、Entrez数据库系统结构图
各个参数选项
帮助信息 填入搜索序列
FastA的最新版本是FastA3软件包，下表2列出FastA3 家族所有成员：
程 序
FastA FASTX FASTY TFastA TFASTX TFASTY FASTS TFASTS FASTF TFASTF
查询序列类型
DNA 蛋白质 DNA 蛋白质 蛋白质
序列相似性比较和序列同源性分析
序列相似性比较： 就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较， 用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似 的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列 比较算法。常用的程序包有BLAST、FASTA等； 序列同源性分析： 是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种 的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序 列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。 完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包 有CLUSTAL等；
PDB MMDB NDB
（Protein Data Bank）
(Molecular Modeling Database) 实际上是PDB的一个编辑版本
生物分子数据库
1995年，流感嗜血杆菌的基因组DNA信息被破解，它具有1738个ORF，其中包含1473个具有重要功能的基因。
人类终于揭开了这一导致继流感之后第二大传染病的细菌的神秘面纱；随后在1996年，酵母基因组DNA全部的6500个基因被测序出来，这是第一个完成测序的真核生物完整基因组；从1980年代中期开始的线虫基因组测序工作，于1998年完成，这是人类获得了第一个多细胞生物的基因组，了解到它含有19100个基因，并发现其中的1/3基因与哺乳动物的相似；2000年，果蝇的基因组信息被破解，它有13600个基因。
通过基因序列比对，发现289个与人类疾病有关的基因中的60%在果蝇中找到了相近的匹配序列。
这意味着果蝇将是一种很好的研究人类疾病的模式生物；2000年，拟南芥的基因组DNA被测序出来，它有1.16亿个碱基对，编码大约26000个基因。
2002年，由中国科学家主持并完成了水稻基因组测序任务，研究结果表明水稻基因组仅有约4.4亿碱基对，编码32000个基因。
启动于1990年的人类基因组计划，到2003年其99.9%的人类基因组序列都被精确地绘图。
在获得了如此多的核酸信息后，包括蛋白的种类、二级或者三级结构、翻译后加工、蛋白质间的相互作用等等蛋白质信息也可以随之获得。
面对如此大量的信息，如果用传统的方法来收集、存储、分析，将会是一个浩大的工程，并且，在这旷日持久的工程中，很可能漏掉了许多重要的、未知的信息。
随着信息的积累，生物学的发展，以及数学、物理、计算机科学的不断渗入，用计算机作为手段，参考数学、统计学、物理等学科的研究方式，将会大大降低人类的工作量，同时更系统，更全面，更快速，更准确的分析已有的数据。
在此背景下，生物信息学应运而生。
该学科应用数学的和计算机的科学方法来处理海量的生物学数据并进行计算和分析。
主要工作包括生物学信息的采集、储存、分析处理和可视化等方面。
第一章生物分子数据库如今，生物信息学已成为生命科学最为活跃的研究领域之一。
2024《分子生物学全套》ppt课件
ppt课件contents •分子生物学概述•基因与基因组结构•DNA复制与修复机制•转录与翻译过程调控•蛋白质组学与代谢组学研究方法•现代分子生物学技术应用•生物信息学在分子生物学中应用•分子生物学前沿领域及未来发展趋势目录分子生物学概述分子生物学定义与特点分子生物学定义分子生物学特点以分子为研究对象，阐明生命现象的本质；与多学科交叉融合，推动生命科学的发展；实验技术手段不断更新，提高研究效率和准确性。
分子生物学发展历程早期发展阶段现代分子生物学阶段分子生物学研究内容及方法研究内容研究方法基因与基因组结构基因概念及功能基因功能基因定义基因通过编码蛋白质或参与生物体的各种生理和生化过程，从而控制生物的性状和表现。
基因分类基因组组成与结构特点基因组定义基因组是指一个生物体内所有基因的总和。
基因组组成基因组包括编码区和非编码区，其中编码区包含结构基因和调控基因，非编码区则包含一些重要的调控元件和重复序列。
基因组结构特点不同生物的基因组具有不同的结构特点，如原核生物基因组较小且连续，真核生物基因组较大且存在大量的重复序列和间隔区。
转录后水平调控转录后水平调控主要涉及mRNA 的加工、剪接、运输和降解等过程，通过这些过程可以影响mRNA 的稳定性和翻译效率。
基因表达概念基因表达是指基因转录成mRNA ，再翻译成蛋白质的过程。
基因表达调控机制生物体通过多种机制对基因表达进行调控，包括转录水平调控、转录后水平调控、翻译水平调控和表观遗传调控等。
转录水平调控转录水平调控是最主要的基因表达调控机制，包括启动子、增强子、沉默子等顺式作用元件和反式作用因子的相互作用。
基因表达调控机制DNA复制与修复机制DNA复制过程及影响因素DNA复制过程影响因素DNA损伤类型及修复方式损伤类型包括碱基错配、单链断裂、双链断裂、碱基修饰等，这些损伤可能导致遗传信息的改变或丢失。
修复方式包括直接修复、切除修复、重组修复和跨损伤修复等，这些修复方式能够识别和修复DNA损伤，维护基因组的稳定性。
生物分子信息数据库
第4章生物分子数据库国际上已建立起许多公共生物分子数据库，包括基因组图谱数据库、核酸序列数据库、蛋白质序列数据库、生物大分子结构数据库等。
这些数据库由专门的机构建立和维护，他们负责收集、组织、管理和发布生物分子数据，并提供数据检索和分析工具，向生物学研究人员提供大量有用的信息，最大限度地满足他们研究和应用的需要，为他们的研究服务。
4.1 引言建立生物分子数据库的动因是由于生物分子数据的高速增长，而另一方面也是为了满足分子生物学及相关领域研究人员迅速获得最新实验数据的要求。
生物分子信息分析已经成为分子生物学研究必备的一种方法。
如果说理论分析和算法模拟是生物信息学实验方法的话，那么来自于具体实验的原始数据和来自于数据库的数据则是生物信息学的实验材料。
数据库及其相关的分析软件是生物信息学研究和应用的重要基础，也是分子生物学研究必备的工具。
从数据库使用的角度来看，公共生物分子数据库应满足以下5个方面的主要需求：（1）时间性对于新发表的数据，应该能够在很短的时间内（几个小时至几天）通过国际互连网访问。
（2）注释对于每一个基本数据（如序列），应附加一致的、深层次的辅助说明信息。
（3）支撑数据在有些情况下，数据库使用者需要得到原始的实验数据，因而要提供访问原始数据的方法。
数据库中应包含原始数据，或者能够通过交叉索引访问实验数据库中的原始数据。
（4）数据质量必须保证数据库中数据的质量，数据库管理机构应对数据来源进行检查，并且关注数据库用户和专家提出的意见。
（5）集成性三种基本生物分子数据库（核酸序列、蛋白质序列、蛋白质结构）的集成对于用户来说是非常重要的。
对于数据库中的每一个数据对象，必须与其它数据库中的相关数据联系起来，这样可以从某些分子数据出发得到一系列的相关信息。
例如，从某个核酸序列出发，通过交叉索引，可进一步得到对应的基因、蛋白质序列、蛋白质结构，甚至得到蛋白质功能的信息。
分子生物学研究领域虽各有重点，但是研究对象之间存在着密切的联系，比如DNA序列与蛋白质序列之间的联系，基因调控信息与基因表达数据之间的联系。
生物信息学(东南大学版)精选ppt
09.04.2020
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遗传连锁图：通
过计算连锁的遗
传标志之间的重
组频率，确定它
配子
们的相对距离，
一般用厘摩（cM，
即每次减数分裂
的重组
频率为1%）
表示。
末 期 II
晚 期 II
中 期 II
间期 前期 I
同源染色体 形成配对
中期 I
前 期 II
晚期 I 发生交换
09.04.2020
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物理图谱
5、《生物信息学手册》 郝柏林 中科院物理所 上海科学技术出版社
6、《简明生物信息学》 钟扬 复旦大学 高等教育出版社
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2
http://
编号
第一章 第二章 第三章 第四章 第五章 第六章 第七章 第八章
第九章
第十章
09.04.2020
网上资源
名称
书稿(word)
生物信息学引论 分子生物学基础
破译遗传语言、识别基因 预测蛋白质结构和功能 认识生物界信息存贮和传递的本质 研究药物作用机制和开发新药
09.04.2020
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第二节 生物信息学的发展历史
生物科学和 技术的 发展
人类基因组 计划的 推动
生物信息学 基本思想的产生
二十世纪 50年代
09.04.2020
生物信息学 的迅速发展
09.04.2020
生物体生长发育的本质就是遗 传信息的传递和表达
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DNA通过自我复制，在生物体的繁衍过 程中传递遗传信息
基因通过转录和翻译，使遗传信息在生物 个体中得以表达，并使后代表现出与亲代 相似的生物性状。
基因控制着蛋白质的合成
第四章、生物学数据库——内容、结构
第四章、生物学数据库——内容、结构国际上已建立许多生物分子公共数据库，包括核酸序列数据库、蛋白质序列数据库和生物大分子结构数据库等，他们负责收集、组织、管理和发布生物分子数据。
并提供数据检索和基本的分析工具，向生物学研究人员提供大量有用的信息。
一、数据库文件格式1．常用的序列、结构文件的格式1.1序列文件为使生物数据可以被计算机程序使用，生物数据必须表示为计算机读取的标准格式，常见的方法是存为文本文件。
很多生物信息数据库和软件处理序列数据时要求有标准的格式对序列数据进行输入和输出，这要求我们有统一的核酸和蛋白质序列格式。
常用的三种格式是NBRF/PIR、FASTA和GDE。
（考）每种格式不公能够表示序列本身，还可以插入唯一的代码来识别序列，并对序列进行说明，包括序列的名称，序列所属物种，序列的长度及功能等。
NBRF/PIR格式；第一行以>P1开头是蛋白质序列>N1开头是核酸序列。
分号后跟一个编号是序列的唯一标识号;_后是标识来源，之后是说明行，扩展名是”。
Pir”or”.seq”。
FASTA格式：第一行以>开头但没有指明是蛋白质还是核酸序列后跑代码，接着注释，通常注释以“|”分开，第一行没有长度限制。
FASTA格式允许以小写字母代表序列。
扩展名为“.fasta”GDE格式：与FAST格式基本相同，但是行首是%号，扩展名为“.gde”。
虽然三种格式的扩展名不同，可是其实质都是文本文件，所以我们可以用，windows下的写字板对文件进行阅读和编辑，不要使用word进行编辑会使文件出现多余的非法字符。
在序列中10个残基空一格，60个残基换一行，核酸残基有A、T、G、C、U五种碱基；蛋白质为二十种基本氨基酸符号：—代表不明长度的空位（gap）；不明核酸用N，不明蛋白质是X；R代表G或A的嘌呤；Y 代表T或C的嘧啶；K代表G或T（带酮基）；M代表A或C（带氨基）；S代表G或C氢键强；W代表A或T弱；(考)B代表G、T或C；D代表G、A或T；H代表A、C或T；V代表G、C或A；N代有A、G、C、T任意一种；*代表翻译结束。
生物学数据库及其检索精选ppt
二级数据库（ Secondary database ）：在 一级数据库的信息基础上进行计算机加工 处理并增加了许多的人为注释而构成的 （例如：NCBI的RefSeq数据库等）。
Primary vs. Secondary Databases
Curators
Sequencing Centers
Labs
2. PIR
美国国家生物医学研究基金会与国际蛋白质信息中心 （PIR-International）共同维护。 PIR是第一个蛋白质分类和功能注释数据库
➢ PIR的子数据库： 蛋白质序列数据库（PIR-PSD） 蛋白质分类数据库（iProClass） 非冗余的蛋白质参考资料数据库（PIR-NREF）
酵母蛋白质定位 YPL.db
一、核酸数据库
• （一）核酸序列数据库
目 前 ， 国 际 上 主 要 有 Genbank 、 EMBL 、 DDBJ三大核酸序列数据库，三大核酸数据库之 间每天相互交换数据，保持数据同步更新。
三大基因数据库之间的关系
GenBank
EMBL Data Library
DDBJ (DNA Data Bank of Japan)
• PIR网址：
3.TrEMBL
➢是一个经计算机注释的蛋白质数据库，采用 SWISS-PROT数据库格式。 ➢主要包含从EMBL/ Genbank/DDBJ三大核 酸数据库中根据编码序列翻译的、尚未集成到 SWISS-PROT数据库中的蛋白质序列。 ➢TrEMBL为SWISS-PROT数据库及时提供补 充。 ➢ TrEMBL网址：
Genbank 由 美国国立生物 技术信息中心 (NCBI)建立维 护，其主页如 图所示。
NCBI 简介
• NCBI全称National Center of Biotechnology Information（美国国家生物技术信息中心）
分子生物学课件(共51张PPT)(2024)
由两条或两条以上的多肽链组 成的一类结构，每一条多肽链
都有完整的三级结构。
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蛋白质的功能与分类
结构蛋白：作为细胞的结构，如膜蛋白，染色体蛋白等 。 酶：催化生物体内的化学反应。
抗体：参与免疫应答。
2024/1/29
功能蛋白
激素：调节生物体的生理活动。
蛋白质的分类还可以根据其溶解度、形状等进行划分。 例如，根据溶解度可分为清蛋白、球蛋白等；根据形状 可分为纤维状蛋白和球状蛋白等。
RNA的基本组成单位是核糖核苷酸， 由磷酸、核糖和碱基组成。
磷酸二酯键
核糖核苷酸之间通过磷酸二酯键连接 形成RNA链。
碱基
RNA中的碱基主要有腺嘌呤（A）、 鸟嘌呤（G）、胞嘧啶（C）和尿嘧啶 （U）。
2024/1/29
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RNA的种类与结构
mRNA
信使RNA，负责携带遗 传信息并指导蛋白质合
成。
翻译水平调控
通过控制翻译的起始、延伸和 终止来调控基因表达。
蛋白质水平调控
通过控制蛋白质的活性、稳定 性和相互作用来调控基因表达
。
表观遗传学调控
通过改变染色质结构和DNA 甲基化等方式来调控基因表达
。
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蛋白质的结构与功能
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蛋白质的分子组成
氨基酸
蛋白质的基本组成单元，共有20 种标准氨基酸。
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tRNA
转运RNA，负责携带氨 基酸并识别mRNA上的
遗传密码。
rRNA
其他RNA
核糖体RNA，是核糖体 的组成部分，参与蛋白
质合成。
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如miRNA、snRNA等， 在基因表达调控等方面
《生物分子数据库》幻灯片
果，是在一级数据库、实验数据和理论分 析的根底上针对特定的应用目标而建立的
❖常用的生物分子数据库
❖三大核酸序列数据库： G enba n k 、 E MBL 、 DDBJ
❖特殊类型的核酸序列数据库：非编码RNA数据 库〔ncRNA〕、表达序列标签数据库〔dbEST 〕、miRNA、tRNAdb
第三节 蛋白质数据库
• 随着分子生物学的发展，人们获得了越来越多关 于蛋白质序列、结构和功能的信息。世界各国的 生物学家和计算机科学家合作利用这些信息构建 了蛋白质序列数据库、蛋白质三维结构数据库、 蛋白质组数据库（二维凝胶电泳数据库）、信号 传导及蛋白质-蛋白质相互作用相关数据库、 DNA和蛋白质相互作用数据库等蛋白质相关数据 库。
• 欧洲生物信息学研究所（EBI），是欧洲分子生物学实验室 （EMBL）的一部分，EMBL-EBIEMBL-EBI的许多数据库是 生物学家们熟知的，包括：EMBL-Bank（DNA和RNA序 列）、Ensemble（基因组）、ArrayExpress（基于微阵列 的基因表达数据）、UniProt（蛋白质序列）、InterPro （蛋白家族、域和基序）、Reactome（传导通路）和 ChEBI（小分子），新的资源帮助研究者不仅了解构成生物 体的分子部件，还了解这些部件是如何组合构成系统的。
SRS集成检索系统
• SRS快速文本检索窗口
• SRS检索结果页面显示的检索结果
• SRS蛋白质记录详细内容页面
三、DDBJ数据库
• 日本DNA数据库DDBJ(DNA Data Bank of Japan)，于 1984年建立，与NCBI的GenBank，EBI的EMBL数据库共 同组成国际DNA数据库。他们开发了SQmateh工具，用来 搜索基因或蛋白质中短的碱基或氨基酸序列区域，并建立了 简便且易操作的SOAP(simple object aeeess protoco1) 服务器。DDBJ主要收集来自日本研究者获得的序列数据， 但也收集数据和发放编号给任何其他国家的研究者。
第四章 中国生物医学文献数据库(CBM)及其检索
(三)标引和分类 《医学主题词表( M.SH)》(美国国立医学 图书馆)、 《中医药学主题词表》(中国中医研究院图 书情报研究所)、 《中国图书馆分类法,医学专业分类表》进 行了分类标引。
(四)数据库检索系统 CBMdisc for DOS，简称为CBMdos CBMdisc for Windows，CBM的光盘版, 简称CBMwin CBMdisc for Internet，简称CBMweb(网络 版)。
检索策略存储
在“检索策略名称”框中输入名称。 点击“存储检索策略”按钮。 一个检索策略即制定完毕。
检索策略调用
登录定题检索后，先前已经保存的检索策略名称会显示在页面下 方，可以点击亮显的检索策略名称浏览其对应的检索式集合 。 可选择一个或多个检索策略文件进行重新检索、最新文献检索或 删除该检索策略 。
（十）链接检索
作者链接:
点作者，检索该作者发表的文献。
期刊链接：
点期刊名称，检索该期刊收录的所有文献。 点期刊卷期，检索该期刊该期收录的文献。
关键词链接：
点关键词，在缺省字段检索该词。
特征词链接：
点特征词，在特征词字段检索该词命中的文献。
主题词链接：
点主题词，对该主题词标引的所有文献进 行检索。
中国生物医学文献数据库检索系统 (CbmWeb / CbmWin) ）具有如下特点： 1）兼容性好： CbmWeb 与 PubMed 检索系统具有良好兼容性。 2）词表辅助检索功能：检索系统具有 多种词表辅助检索功能，建有主题词表、中 英文主题词轮排表、分类表、期刊表、索引 词表、作者表等多种词表，且有丰富的注释 信息。
数据记录的结构cbmdisk主界面期刊屏cbmdisk点击数据库出现如下光盘年限选择页面选好数据库后点击确认选择左侧数据库然后按添加数据库则在右侧显示出来cbmdisk检索界面介绍检索屏标题栏菜单栏按钮栏检索词输入区功能键检索史显示区主题词屏cbmdisk索引词屏cbmdisk分类屏cbmdisk期刊屏cbmdisk检索途径自由词检索主题词检索索引词检索分类检索期刊检索自由词检索检索步骤
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2020-11-9
感谢你的观看
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MBL中的数据分类情况（单位：Gigabases）
2020-1（1-9EST-Expressed sequenc感e谢ta你gs的;观S看TS-sequence tagged sites）
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（取自/Services/DBStats/）
http://www.ddbj.nig.ac.jp/
2020-11-9
感谢你的观看
6
核酸序列数据的增长趋势
（纵轴代表总的核酸序列长度，单位：百万bp）
2020-11-9
感谢你仅在 数据格式上有所差别，对于特定的查询， 三个数据库的响应结果一样。
• 这三个数据库是综合性的DNA和RNA序 列数据库，每条记录代表一个单独、连 续、附有注释的DNA或RNA片段。
DR
SWISS-PROT：P01860；GC3_HUMAN
（2）核酸同源性搜索
3W服务器支持用户使用FastA程序进行核酸同源搜索。 FastA根据给定的目标序列在数据库中搜索其同源序列。
2020-11-9
感谢你的观看
15
2、基因组数据库（GDB）
人类基因组计划所得到的图谱数据
目前GDB包含对下述三种对象的描述：
第四章 生物分子数据库
主讲人：孙 啸
制作人：刘志华
2020-11-9
东南大学 吴健雄实验室
感谢你的观看
1
第一节 引言
生物分子数据 高速增长
分子生物学 及相关领域研究人员 迅速获得最新实验数据
建立生物分子数据库
2020-11-9
感谢你的观看
2
❖生物分子数据库应满足5个方面的 主要需求
❖（1）时间性 ❖（2）注释 ❖（3）支撑数据 ❖（4）数据质量 ❖（5）集成性
2020-11-9
感谢你的观看
12
使用EMBL
（1）CD-ROM形式 （2）ftp服务器 （3）Gopher服务器 （4）WWW服务器
这是目前最常用的一种形式
2020-11-9
感谢你的观看
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EMBL提供一些与序列相关的检索操作（基于3W服务器）
（1）序列查询 最简单的查询就是通过序列的登录号（如X58929） 或序列名称（如SCARGC）直接查询。
2020-11-9
感谢你的观看
3
❖生物分子数据库
一级数据库
❖ 数据库中的数据直接来源于实验获得的原始 数据，只经过简单的归类整理和注释
二级数据库
❖ 对原始生物分子数据进行整理、分类的结果， 是在一级数据库、实验数据和理论分析的基 础上针对特定的应用目标而建立的 。
2020-11-9
感谢你的观看
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生物分子数据库几个明显的特征：
（2）Location，指明特征在序列中的特定位置； （3）Qualifiers，描述关于一个特征的辅助信息；
文件体由序列本身所组成，由“SQ”标志的行开始。
感谢你的观序看列结束的标记是“//”。
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提交数据
（1）编辑电子表格
（2）利用Authorin程序 （3）利用基于WWW网络环境的序列提交系统
如果找到所查询的序列，则服务器将查询结果以HTML文件返 回给用户 如果数据库中该序列有到MEDLINE的交叉索引，则系统同时返 回与包含参考文献摘要等信息的MEDLINE链接 如果该序列有到其它数据库的交叉索引，也返回相应的链接
2020-11-9
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例如: 登录号为J00231的核酸序列具有这样一个交叉索引行：
（1）数据库的更新速度不断加快
数据量呈指数增长趋势
（2）数据库使用频率增长更快
（3）数据库的复杂程度不断增加
（4）数据库网络化
（5）面向应用
（20206-1）1-9 先进的软硬件配感置谢你的观看
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第二节 核酸序列数据库
国际上权威的核酸序列数据库
（1）欧洲分子生物学实验室的EMBL
http://www.embl-heidelberg.de （2）美国生物技术信息中心的GenBank /Web/Genbank/ind ex.html （3）日本遗传研究所的DDBJ
文件头由一系列的信息描述行所组成，
文件头实际上对应于一个序列的注释（annotation）
“ID”为序列的标识符行，包括登录号、类型，分子的长度 “AC”为登录号行；
“XX”为分隔符号行； “DT” 为创建和更新日期行
“DE”为序列描述行； “KW”为关键字行； “OG”行描述细胞组织； “OS”行描述生物体种属； “OC”行描述生物体分类信息； “RN”描述参考文献的编号； “RP”描述参考文献的页码； “RA”描述参考文献的作者； “RT”描述参考文献的题目； “RL”描述参考文献的出处； “RC”描述参考文献的注解； “RX”、“DR”行描述交叉引用信息； “FH” 为特征开始符号； “FT”为特征表行 （1）Feature Key，它是描述域生物功能的关键字；
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3、人类基因组数据库Ensembl
21 Mar 2003 2020-11-937,943,364,438 b感a谢s你es的观in看 24,353,128 records. 10
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EMBL核酸数据库中的每一个序列数据被赋予一个登录号， 它是一个永久性的唯一标识
EMBL的序列数据用外在的ASCII文本文件来表示， 而每一个文件分为文件头和文件体两大部分
（1）人类基因组区域
包括基因、克隆、PCR标记物、断点、细胞遗传学标记、易碎位 点、 EST、综合区域、contigs、重复等；
（2）人类基因组图谱，
包含细胞遗传学图谱、连接图谱、辐射混合图谱、contig 图谱、集 成图谱，所有这些图谱都可以被直观地显示出来；
（3）人类基因组中的变化，
包括基因突变和基因多态性，加上等位基因频率数据。
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与 染 色 体 相 关 的 信 息
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其它模式生物基因组数据库
如：鼠基因组数据库 MGD
（/）
酵母基因组数据库 SGD （/Saccharomyces/）