微生物群落基因指纹分析
实验ERIC-PCR指纹图谱技术
生态学中的应用
实验目的
• 明确ERIC-PCR技术用于分析微生物群 落结构的原理.
• 掌握ERIC-PCR的操作方法.
ERIC Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus-PCR
Hulton,1991
0.5μl
20.5 μl
2. 加入模板DNA40ng 4.0μl
NC 样品 PC
24.5 μl
3. 放入PCR扩增仪,95℃变性7min 4. 取出PCR小管,迅速加入0.5μl Taq DNA聚合酶,混匀,简短
离心.后加酶可保证模板变性完全且不损坏Taq DNA聚合酶 的活性
5. 放入PCR扩增仪 ,按以下程序进行扩增： 94℃ 1 min,52℃ 1 min, 65℃ 8 min,共30个循环； 65℃延伸16min,1个循环.
• dNTPDNA合成的原料
PCR原理
ERIC-PCR程序
• 95℃, 7min • 94℃, 1min 变性
52℃, 1min 退火 68℃, 8min 延伸 • 65℃, 16min
30 cycles
1. 试剂
实验材料
无菌水 25 mmol/L MgCl2溶液 10×扩增缓冲液:
含500 mM KCl, 100 mM Tris-HCl PH9.0, 1% TritionX-100 2.5 mmol/L dNTP混合液 20pmol/μl 引物E1 20pmol/μl 引物E2 5 U/μl Taq DNA聚合酶 DNA模板40-80ng环境样品总DNA
6. 程序结束约6.5h,取出PCR小管 7. 吸取2μl扩增产物用浓度仪测定浓度
环境微生物群落多样性分析
环境微生物群落多样性分析微生物群落多样性的基本概念环境中微生物的群落结构及多样性和微生物的功能及代谢机理是微生物生态学的研究热点。
长期以来，由于受到技术限制，对微生物群落结构和多样性的认识还不全面，对微生物功能及代谢机理方面了解的也很少。
但随着高通量测序、基因芯片等新技术的不断更新，微生物分子生态学的研究方法和研究途径也在不断变化。
第二代高通量测序技术（尤其是Roche 454高通量测序技术）的成熟和普及，使我们能够对环境微生物进行深度测序，灵敏地探测出环境微生物群落结构随外界环境的改变而发生的极其微弱的变化，对于我们研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源的利用以及人类医疗健康有着重要的理论和现实意义。
在国内，微生物多样性的研究涉及农业、土壤、林业、海洋、矿井、人体医学等诸多领域。
以在医疗领域的应用为例，通过比较正常和疾病状态下或疾病不同进程中人体微生物群落的结构和功能变化，可以对正常人群与某些疾病患者体内的微生物群体多样性进行比较分析，研究获得人体微生物群落变化同疾病之间的关系；通过深度测序还可以快速地发现和检测常见病原及新发传染病病原微生物。
研究方法进展环境微生物多样性的研究方法很多，从国内外目前采用的方法来看大致上包括以下四类：传统的微生物平板纯培养方法、微平板分析方法、磷脂脂肪酸法以及分子生物学方法等等。
近几年，随着分子生物学的发展，尤其是高通量测序技术的研发及应用，为微生物分子生态学的研究策略注入了新的力量。
目前用于研究微生物多样性的分子生物学技术主要包括:DGGE/TGGE/TTGE、T-RFLP、SSCP、FISH、印记杂交、定量PCR、基因芯片等。
DGGE等分子指纹图谱技术，在其实验结果中往往只含有数十条条带，只能反映出样品中少数优势菌的信息；另一方面，由于分辨率的误差，部分电泳条带中可能包含不只一种16S rDNA序列，因此要获悉电泳图谱中具体的菌种信息，还需对每一条带构建克隆文库，并筛选克隆进行测序，此实验操作相对繁琐；此外，采用这种方法无法对样品中的微生物做到绝对定量。
微生物群落功能定量检测方法介绍
微生物群落功能定量检测方法介绍微生物是地球上最为广泛存在的生命形式之一，它们存在于各种自然环境中，从陆地到水体，从深海到高山，从北极到沙漠，几乎无处不在。
微生物群落是指一个特定环境中的所有微生物的总体群集，包括细菌、真菌、病毒等。
微生物群落的功能对于维持生态平衡、环境保护和人类健康具有重要意义。
因此，准确地定量检测和描述微生物群落功能是微生物生态学和环境科学领域的重要研究课题之一。
为了实现微生物群落功能的定量检测，研究人员开发了许多先进的技术和方法。
目前，常用的微生物群落功能定量检测方法主要包括基于高通量测序的方法和基于功能基因芯片的方法。
高通量测序方法是一种基于DNA测序技术的方法，可以快速、准确地检测和描述微生物群落的功能。
它利用先进的测序仪器和生物信息学分析工具，对微生物群落中的DNA进行扩增、测序和分析，从而了解其中微生物的种类和数量。
通过对特定功能基因的测序数据进行定量分析，可以有效评估微生物群落的功能水平。
功能基因芯片是另一种常用的微生物群落功能定量检测方法。
它是基于生物芯片技术的一种高通量平行分析技术，可以同时检测数千个功能基因。
功能基因芯片具有高灵敏度、高通量和高特异性的特点，可以准确测定微生物群落的功能丰度和多样性。
除了上述的主要方法外，还有一些其他的微生物群落功能定量检测方法，如荧光原位杂交技术（FISH）、荧光定量PCR（qPCR）等。
这些方法通过针对特定的微生物种群或功能基因的探针或引物进行定量检测，可以快速、高效地获得微生物群落的功能信息。
总结起来，微生物群落功能定量检测是研究微生物生态学和环境科学的关键议题。
目前，基于高通量测序、功能基因芯片和其他分子生物学技术的方法已经成为主流。
这些方法具有快速、准确、高通量和高特异性的特点，能够为我们深入了解微生物群落的功能及其对生态环境的影响提供有力的支持。
微生物群落功能定量检测的研究和应用在环境科学、生态学、医学和农业等领域都具有重要的意义。
实验十六数量性状的遗传学分析：人类指纹分析
稳定性
指纹在个体发育过程中相 对稳定，不会因外部环境 或生长发育而发生显著变 化。
指纹类型的遗传学解释
皮纹分类
根据指纹的形态特征，可以将人 类指纹分为斗形纹、箕形纹和弓 形纹三大类，每类又可细分为不 同的亚型。
遗传学分析
通过遗传学分析，可以确定不同 指纹类型之间的遗传关系，以及 不同特征之间的连锁关系。
准备显微镜、放大镜、记录本、相机等观察和记录工具，确保实验过程的顺利进 行。
指纹观察与记录
观察指纹特征
使用显微镜或放大镜仔细观察每个指 纹的特征，包括纹路走向、纹路密度、 纹路类型等。
记录数据
详细记录每个指纹的特征，并拍照或 扫描进行存档，确保数据的准确性和 可追溯性。
数据处理与分析
数据整理
将观察和记录的数据进行整理，建立数据库或数据表格， 便于后续的数据处理和分析。
作用。
数量性状在群体中呈连续变异， 受多个基因和环境因子影响，遗
传力较高。
数量性状遗传学在农业、医学和 生物多样性保护等领域具有广泛
应用。
人类指纹分析的意义
个体识别
指纹具有高度的个体特异性， 可用于身份识别和犯罪侦查。
遗传疾病研究
指纹与遗传疾病之间可能存在 关联，通过指纹分析有助于研 究遗传疾病的发病机制。
遗传学研究
指纹的遗传规律有助于理解人 类遗传学的基本原理，为多基 因遗传病的研究提供线索。
生物多样性保护
指纹分析在生物多样性保护领 域可用于物种鉴定和种群遗传
结构研究。
02 人类指纹的遗传基础
指纹的遗传特性
01
02
03
遗传性
指纹的形态和结构特征是 由基因决定的，具有明显 的遗传性。
代谢指纹分析及其在微生物研究中的应用
代谢指纹分析及其在微生物研究中的应用摘要：代谢指纹分析是新兴的代谢组学的主要研究方法之一，本文综述了代谢指纹分析的研究方法及其在微生物领域的研究应用进展。
关键词：代谢组学；代谢指纹分析；微生物代谢组学是20世纪90年代中期发展起来的一门对生物体或细胞等所有小相对分子质量代谢产物进行定量和定性分析的新技术。
这门新兴的学科凭借其整体论优势在最近几年得到了迅速的发展，广泛地应用到了功能基因组学、生物医学、微生物学等领域。
1.代谢组学简介代谢组学（Metabonomics或Mmetabolomics）是通过考察生物体系受刺激或扰动后(某个特定的基因变异或环境变化)其代谢产物的变化或随时间的变化，是研究生物体系代谢途径的新技术[1]。
Nicholson最初给出的定义是：定量测量生物体因病理生理刺激或基因改变引起的代谢应答变化[2]，系统性的代谢组学概念应将机体的代谢过程与微生物代谢以及外源环境因子的相互作用因素综合起来[3]。
研究过程中，逐步提出了一些相关概念，如代谢物靶目标分析(Metabolite target analysis)、代谢轮廓(谱)分析(Metabolic profiling analysis)和代谢指纹分析(Metabolic fingerprinting analysis)等。
2.代谢指纹分析的产生及原理20世纪80年代初，美国BIOLOG公司开发了一种新的微生物鉴定方法-代谢指纹法，并将其应用于微生物的自动化检测。
其原理是根据细菌对碳源（或氮源）利用的差异来区别和鉴定细菌，不同的细菌会利用不同碳源（或氮源）进入新陈代谢过程（称为呼吸），而对其他一些碳源（或氮源）则无法利用，将每种细菌能利用和不能利用的一系列碳源（或氮源）进行排列组合，就构成了该种细菌特定的代谢指纹，由于细菌在利用碳源进行呼吸时，会发生一系列的氧化-还原反应，产生电子，TTC（四唑紫，2,3,5-TriphenylTetrazoliumChloride）在呼收电子后，会由无色的氧化型转变为紫色的还原型，通过肉眼观察或计算机控制的读数仪，将反应结果同数据库中的指纹进行比对，从而得到细菌的鉴定结果。
微生物群落结构与环境因素相关性分析
微生物群落结构与环境因素相关性分析随着生物技术的快速发展，微生物群落结构与环境因素相关性分析成为了研究的热点之一。
微生物群落是指在特定环境中共存的微生物的总体，它对环境的变化非常敏感，能够反映环境的健康状况和改变。
因此，了解微生物群落结构与环境因素之间的关系对于环境保护和生物多样性的监测具有重要意义。
一、微生物群落结构的分析方法为了研究微生物群落结构与环境因素之间的关系，首先需要对微生物群落进行分析。
常用的微生物群落分析方法包括：1. 16S rRNA基因分析：通过对微生物群落中16S rRNA基因的测序和分析，可以获得微生物群落的丰富度、多样性和组成。
2. 基于功能基因的分析：通过测定微生物群落中特定功能基因的存在情况，可以了解微生物群落的功能潜力和代谢能力。
3. 元基因组学分析：通过测序微生物群落中的全基因组DNA，可以研究微生物群落的功能特征和代谢通路。
二、环境因素对微生物群落结构的影响环境因素是影响微生物群落结构的重要因素之一。
多种环境因素，如温度、pH 值、适宜的营养条件、氧气含量、盐度等，都能够显著影响微生物群落的结构和组成。
下面以土壤微生物群落为例，具体分析环境因素对微生物群落结构的影响。
1. pH值：土壤的酸碱度通过影响微生物的生理特征和代谢途径，进而影响微生物群落结构。
不同pH值环境下，微生物群落的物种组成和丰度差异明显。
2. 湿度：湿度对土壤微生物的生存和代谢有着重要的影响。
适宜的水分含量可以促进微生物的生长、繁殖和代谢，从而影响微生物群落的结构。
3. 温度：不同温度条件下，微生物的生理特征会发生显著变化，从而导致微生物群落结构的差异。
4. 营养物质：营养物质是微生物生长和代谢的重要来源。
土壤中不同种类和含量的有机和无机物质会影响微生物群落结构的组成和多样性。
三、微生物群落结构与环境因素的相关性分析方法微生物群落结构与环境因素之间的相关性分析是揭示微生物群落对环境变化的响应机制的重要方法之一。
基于高通量测序技术的微生物群落多样性和组成分析
基于高通量测序技术的微生物群落多样性和组成分析高通量测序技术，也被称为Next-generation Sequencing，简称NGS，是一种基于多重并行测序的技术。
当今，NGS技术已经成为微生物群落多样性和组成分析的核心方法。
为了更好地理解NGS技术在微生物群落中的应用，本文将从微生物群落的定义入手，逐步介绍NGS技术并探讨其在微生物群落中的应用。
一、微生物群落的定义微生物群落是指生态系统中的一组微生物集合，包括细菌、真菌、病毒、古菌等，并与环境中其他生物和非生物因素相互作用。
微生物群落丰富多样，与宿主生物的代谢和生理过程直接相关。
微生物群落可被分为多个层级（如种、属、科等），每个层级包括多种微生物的成员，同时也存在竞争、合作和利用等多种关系。
二、NGS技术的介绍NGS技术是第三代测序技术的代表。
相对于第二代测序技术（Sanger测序技术）的单基因测序，NGS技术是一种基于并行测序的高通量测序技术，因其测序速度快、效率高，迅速被广泛应用于生命科学、医学、农业和环境等领域。
NGS技术的工作原理是：将DNA或RNA片段打断，加上指定引物扩增，并在大规模并行的反应中进行测序。
目前，NGS技术主要可以分为Illumina测序和Ion Torrent测序两种。
三、NGS技术在微生物群落中的应用NGS技术在生态学中的应用越来越广泛，其中在微生物群落多样性和组成分析方面得到了广泛的应用。
NGS技术在微生物群落分析中的优缺点如下：（1）优点高通量测序技术可以快速而准确地获取微生物群落的基因信息和代表性序列，尤其是对于那些难以被检测或难以被培养的微生物。
同时，NGS技术的高度并行性和灵活性可以在一个样本中同时检测多个微生物群落，有效提高了宏观微生物遗传学研究的效率和范围。
此外，NGS技术还可以识别微生物群落中的代谢和功能，这为微生物的分离和纯化提供了良好的材料基础。
（2）缺点与其他技术相比，NGS技术的成本更高，这也是目前阻碍其广泛应用的一个瓶颈。
微生物全基因组分析及其在微生物资源开发中的应用
微生物全基因组分析及其在微生物资源开发中的应用近年来，随着生物技术的逐渐发展，微生物全基因组分析逐渐成为了研究微生物的重要手段之一。
通过全基因组分析，可以深入理解和研究微生物的基本特性，包括形态、生理、代谢等方面的情况。
同时，微生物全基因组分析在微生物资源开发中也有着广泛的应用，为微生物资源产业的发展提供了强大的支持。
一、微生物全基因组分析的基本概念微生物全基因组分析是指对微生物的基因组进行全面的测序和分析，包括DNA序列的读取、比对、组装和注释等步骤。
全基因组测序技术的出现，使得微生物全基因组分析成为了可能。
通过全基因组分析，可以掌握微生物完整的遗传信息，找出其中重要的基因功能，例如致病、代谢、生长等，对微生物的分类和进化关系进行深入探究。
二、微生物资源开发中的应用基于微生物全基因组分析的研究结果，可以在微生物资源开发中得到广泛的应用。
以下将从微生物药物、生物酶、环境修复以及工业应用四个方面进行阐述。
1. 微生物药物微生物全基因组分析技术可以为微生物药物的研发提供有力的支持。
通常情况下，微生物药物的研发过程需要分离、筛选和鉴定具有生物活性的微生物分离物，耗时耗力。
而通过全基因组分析，可以快速地发现微生物中的潜在代谢途径和重要基因功能，对于开发新型微生物药物来说具有重要意义。
同时，对于已经开发的微生物药物，也可以通过微生物全基因组分析技术进行修饰和改良，使得其药效更加明显，达到最佳的治疗效果。
2. 生物酶微生物全基因组分析技术在生物酶开发中的应用十分广泛。
酶是微生物产生的一种重要催化剂，可以应用在生产、工业、农业等领域。
通过全基因组分析，可以发掘微生物中新的生物酶资源，较为全面地了解微生物的生物酶代谢功能，探究生物酶的合成、降解、转移途径等。
此外，微生物全基因组分析还可以帮助合成新型生物酶，增强酶的特异性和催化效率，提高其在产业领域的应用前景。
3. 环境修复微生物全基因组分析技术在环境修复中的应用十分重要。
基于PCR-DGGE的重金属污染土壤微生物种群指纹分析
Ｐ ＲＤ Ｇ Ｃ ． Ｇ Ｅ指纹图谱分析 ， 来全面综合地反映重金 属 污染对 土壤微 生物结 构多样 性所 产生 的影 响 ，以 明确 受 重金 属 污 染 土 壤 中微 生 物 结 构 的变 化规 律 及 相关性 分析 ，为深 入研究 重金 属对 土壤微 生物毒 害作 用 ，重金属 污染 土壤 的微生 物修 复机理 提供理 论依 据 。 １ 材料 与 方 法
中图 分 类 号 ：Ｘ１２ ７ 文献 标 识 码 ：Ａ 文章 编 号 ： １７ ．９ ６（ ０ ０ ９２ ０ —５ ６４５０ ２ １ ）０ —２ ４０
土壤微 生物 群落结 构是 土壤生 态功能 的基础 ， 传统 方法 只能揭 示部分 土壤微 生物 的特征 ，自然界 中很 多微 生 物 不 能 用 现 有 的培 养 方 法 进 行 分离 和 鉴 定或是 不能 培养 【，且 这种分 离 培养方 法不 能很 ｌ 】
将 细河 流域 自上 而下 ，分 别在 其上 、中 、下游 河段
的富 官（ ，彰 驿（） Ｉ ） Ｉ ，土 台（Ｉ Ｉ Ｉ） Ｉ布设 ３ 横切 细河 的 条 断面上 取样 ，取农 田表层 土壤 （～ ０ｃ ，根据 每个 ０ ２ ｍ） 样 点 的地块 形状 ，采 取 多点取样 ，每 ５个点合 为一 个 土壤 样 品。土样带 回实 验室 ，一部分 土样立 刻放 人 ．０ ℃冰冻箱 中保 存备用 。另 一部 分经 风干 、混 ２ 匀 后 ，用 四分 法 留取 １ｋ ，再 取少 量过 ０１ ９ ｒｍ ｇ ． ｎ ４ 筛 ，供 重金 属分析测 试用 。
基于 Ｐ Ｒ Ｄ Ｃ — ＧＧＥ的重 金 属 污染 土壤 微 生 物种 群 指 纹 分 析
李 晔 ，孙 丽娜 ，杨 继 松 ，杨 晓 波 ２ 曲亚 军 ，
利用DGGE指纹图谱技术考察不同营养条件下土壤微生物群落结构的变化
Ｘ
ｎ ｎ
Ｄｉｃ ｓ ｉ ｎ ｏ ｓ ｕ ｓ ｏ ｎ Ｃｈａ ｇ ｓ ｏ ｏ ｌＭ ｉ ｒ ｂ ａ ｍ ｍ ｕ ｔ ｎ ｅ ｆＳ ｉ ｃ ｏ ｉ ｌＣｏ ｎ ｎｉｙ ｇ
Ｕ
ｎ
Ｖ
Ａｂ ｔ ａ ｔ Ｖ ａ ｉｔｏ ｉ ｅ ｓｔ ｉｒ ｉ ｌｇ ｎ ｓ ｕｎ ｒ ｄ ｆｅ ｅ ｔ ｓ ｉ ａ ｄｉｉ ｅｙｔ ｅ ｔ ｅ ｔ ｅ ｅ ｓ ｕ ｅ ｓｒ ｃ ： ｒａ ｉ ｎｓｏｆｄ ｖ ｒ ｉｙ ｏｆｍ ｃ ｏｂ ａ ｅ ｅ ｄｅ ｉｆ ｒ ｎ ｏ ｌ ｄ ｔｖ ｒ ａ ｍ ｎ ｓ ｗ ｒ ｔ ｄｉｄ
ｂ ｉ ｙ Ｕｓｎｇ ＤＧＧＥ ｎ ｅ ｆ ｅ ｅ ｔ ｉｉ ｎ ｌＣｏ ｄ ｔｏ ｕ ｄ ｒ Ｄｉｆ ｒ ｎｔＮｕ ｒ ｔｏ ａ ｇ ｎ ｉｉ ｎ
Ｕ
Ａ
ＸＩ ＡＮＧ ａ ｇ ｍｉｇ，Ｗ ＡＮＧ ｈ ｎ ｌ Ｉ Ｈｏ ｇ ｔｏ，Ｊ ＡＮＧ ｎ — ｎ Ｇｕ ｎ — ｎ Ｃ ｕ —ｉ Ａ ｎ —ａ ，Ｊ Ｉ Ｕ Ｐｉｇ ａ
ｎ
ｏ
物 群落 的基 因多 样 性 。经 过 直 接从 土壤 中抽 提 总 ＤＮ 并 对 总 ＤＮ 中 １ Ｓｒ Ａ 及 其 中 ｍ ～ Ｖｓ 变 区 序 列 作 Ａ， Ａ ６ ＤＮ Ｖｅ 可
Ｐ Ｒ扩 增 、 性 梯 度 凝 胶 电 泳 （ ＧＧ ） 析 等 ， 现 不 同处 理条 件 下 的 土 壤 微 生 物 的 基 因 多 样 性 变 化 与 土 壤 微 生 Ｃ 变 Ｄ Ｅ分 发 物 量 的波 动 并 不 一 致 ， 明微 生物 群 落 多 样 性 与 微 生 物 量 的关 系并 非 线 形 。 同时 发 现 秸 秆Ｓ 添 加 更 有 利 于 土 壤 微 说 的
微生物研究中基因测序分析方法论
微生物研究中基因测序分析方法论微生物研究中基因测序分析方法的发展为研究人员提供了极大的便利和机会。
通过基因测序分析，可以更深入地理解微生物的遗传信息、群体结构、演化关系和功能潜力。
在本文中，我们将探讨微生物研究中常用的基因测序分析方法与技术，以期为研究人员提供详尽准确的参考。
1. 全基因组测序（Whole Genome Sequencing, WGS）全基因组测序是一种用于测序微生物整个基因组的方法。
通过这种方法，研究人员可以获取微生物基因组的完整序列信息，包括编码蛋白质的基因、非编码RNA、重要调控元件等。
全基因组测序为了解微生物的全貌和定量比较不同菌株的基因组提供了重要数据。
2. 转录组测序（Transcriptome Sequencing）转录组测序是一种用来研究微生物中转录活动的方法。
通过转录组测序，可以得到微生物在不同生长条件下不同基因的转录水平，从而揭示微生物基因表达的动态变化。
这对于研究微生物的代谢调控机制、适应环境变化的能力以及基因的功能等方面具有重要意义。
3. 16S rRNA测序（16S rRNA Sequencing）16S rRNA测序是一种用来分析微生物群落结构的常用方法。
通过对微生物样本中16S rRNA基因的测序，可以对微生物群落中不同微生物的成分和相对丰度进行检测和比较。
这种方法广泛应用于环境微生物学，可以揭示微生物在不同环境中的多样性、群落结构与功能的关系等。
4. 元转录组测序（Metatranscriptome Sequencing）元转录组测序是一种对微生物群落中的转录活动进行分析的方法。
与转录组测序相比，元转录组测序更加高级和复杂。
通过元转录组测序，研究人员可以获得微生物群落中不同物种的转录工作量，从而研究微生物群落的功能潜力、相互作用以及环境响应等。
5. 比较基因组学分析（Comparative Genomics）比较基因组学分析是一种用来比较不同微生物基因组之间的差异和共同性的方法。
微生物菌株鉴定指纹图谱的构建与应用
微生物菌株鉴定指纹图谱的构建与应用在微生物领域，微生物菌株鉴定一直是一个重要的问题。
传统的鉴定方法主要依靠形态学、生理生化等方面的特征，但这些方法存在着误判率高、鉴定周期长、需要复杂的实验步骤等缺点。
而微生物菌株鉴定指纹图谱的出现，使得微生物菌株的鉴定变得更加快捷、精确和可靠。
一、微生物菌株鉴定指纹图谱构建原理微生物菌株鉴定指纹图谱，是通过微生物细胞的分子生物学特征来进行鉴定。
在构建指纹图谱的过程中，主要包括下列几个步骤：1. 选取特定序列：根据微生物的基因组序列信息，选取特定的序列进行PCR 扩增。
2. 分离DNA：从微生物细胞中提取DNA，并进行纯化。
3. PCR扩增：利用PCR技术对特定序列进行扩增。
需要注意的是，在PCR扩增过程中需要充分避免污染，以免对结果造成影响。
4. 手性电泳：将PCR扩增产物通过手性电泳进行分离，得到DNA条带图谱。
5. 图谱分析：根据DNA条带图谱进行鉴定。
一般来说，相似的微生物DNA条带图谱在聚类分析中会被聚为一类。
通过微生物菌株鉴定指纹图谱，可以得出微生物菌株之间的相关性。
当然，对于同一种微生物，其不同分离株之间的相关性也可以通过指纹图谱进行比较分析。
二、微生物菌株鉴定指纹图谱应用微生物菌株鉴定指纹图谱在微生物领域中的应用十分广泛，主要体现在以下几个方面：1. 微生物分类：通过微生物菌株鉴定指纹图谱，可以对微生物进行分类。
微生物菌株的分类标准主要是基于微生物菌株鉴定指纹图谱的聚类结果。
2. 微生物鉴定：微生物菌株鉴定指纹图谱可以用于微生物的鉴定。
对于未知的微生物菌株，可以通过将其的指纹图谱与数据库中已知菌株的指纹图谱进行比对，从而得出其属于何种微生物。
3. 微生物遗传进化的研究：微生物菌株鉴定指纹图谱的构建还可以用于微生物遗传进化的研究。
通过对不同时间、空间、生态环境中微生物菌株鉴定指纹图谱的比较，可以了解微生物在不同环境下的遗传变化，进而探究微生物遗传进化的机制。
微生物的分子生物学鉴定方法
微生物的分子生物学鉴定方法1胡雪莲1，张钧1，单保庆21北京理工大学生命科学与技术学院，北京（100081）2中国科学院生态研究中心环境水化学国家重点实验室，北京（100085）E-mail: zhangjun@摘要：传统的微生物分类和鉴定方法主要是以微生物的形态学和生理生化等特性为依据，繁琐且费时。
近年分子生物学的发展，为微生物的分类鉴定工作提供了较简便准确的方法。
分子生物学方法一部分用到PCR扩增，比如：变性和温度梯度凝胶电泳，单链构建多态性，限制性片段长度多态性，自动核糖体间隔基因分析等。
一些不依赖PCR的方法也得到广泛的应用，如荧光原位杂交，DNA联合分析等。
本文重点综述了几种广泛应用的分子生物学技术并对其原理及优缺点进行了阐述。
关键词：微生物群落，分类和鉴定，分子生物学方法近15年人们对微生物多样性进行了大量的研究，但是由于技术方法的局限，一些研究并不能深入展开。
分子生物学方法的出现使人类可以在种属水平上对水生真核微生物群体的多样性进行鉴定和分类，但是对原核微生物的研究仍然很少。
因为它们体积微小，表型特征多样，而且大部分原核微生物不能人工培养，因此实际上也只有0.5%～10%的原核生物被鉴定出。
令人欣喜的是近年来出现的一些分子生物学方法为我们研究原核微生物开辟了新途径。
在本文中，我们讨论了研究水生态环境中微生物多样性的分子生物学方法，其中简要介绍PCR技术,重点介绍基于PCR技术和不依赖PCR技术的方法。
1. PCR技术PCR技术的兴起是生物科学界的重要变革,它克服了原有技术的不足,使人类对微生物的研究有了大的进展，由于高度的特异性和敏感性PCR扩增技术已成为研究微生物的有力工具。
随着PCR技术的成熟一些更为先进和灵敏的方法应运而生,例如:实时荧光PCR(real time-PCR),反转录PCR(Reverse Transcription(RT)-PCR)，触减PCR(Touchdown-PCR),嵌套PCR （Nested-PCR）, 最小循环数PCR(Minimum Cycles for Detectable Products(MCDP)-PCR)等。
利用化学和计算方法研究微生物群落
利用化学和计算方法研究微生物群落微生物是指无法肉眼观察的微小生物，包括细菌、真菌、病毒等。
它们广泛存在于自然界中的各种环境中，如水、土壤、空气、植物和动物体内等。
微生物群落是指在一定环境中存在的微生物的总体，或者可以理解为在同一环境中的微生物的集合。
而微生物群落的研究，则是一个相对较新的研究领域。
随着科技的进步和技术手段的发展，人们对于微生物群落的了解和研究也日益深入，由此可得出许多令人瞩目的研究结果。
化学和计算方法是研究微生物群落的两种常用手段。
化学方法通过化学手段对微生物群落中的各种成分进行分析，获取有关微生物群落的成分和组成信息，从而为之后的研究奠定基础。
其中一个最为常用且也最有效的化学方法是高通量测序技术。
高通量测序是指一种基于DNA序列分析的技术平台，可用于深入分析微生物群落，并得出群落结构和动态进化信息。
高通量测序技术的优点在于它可以同时测定数以千计的序列，并可准确分析出微生物群落中各个物种之间的相互关系，从而更好地理解微生物群落的复杂性和多样性。
除了化学方法外，计算方法也是研究微生物群落所必需的一种工具。
计算方法主要是通过计算机模拟和数据挖掘等手段，处理和分析大量的微生物群落数据，从而获取关于其数量和组成等方面的信息。
在众多计算方法中，最为常用的是生物信息学。
生物信息学主要包括三个方面：序列分析、结构分析和功能分析。
通过生物信息学技术，可以对微生物群落作深入细致的分析，揭示群落中不同微生物之间的相互作用和进化演化模式，以及它们与环境的相互作用机制，从而为群落调控和管理提供理论基础和技术支持。
未来，随着相关技术的不断完善和发展，利用化学和计算方法进行微生物群落研究的途径必将更加广泛和深入。
同时，微生物群落的研究也将更多关注于应用方向，比如环境污染治理、食品安全监控等领域。
这些，都需要相关领域的专家和科研人员做出更多的努力和探索，才能更好地推动微生物群落研究的发展。
在微生物群落研究中，除了利用化学和计算方法外，还需要跨学科交叉整合。
制药废水处理系统微生物群落动态变化的ERIC-PCR指纹图谱分析
醇， 混匀 ， ０℃过夜 沉 降 ．２０ ｐ ０ｍｎ 弃 一２ １００ｒｍ ２ ｉ， 上 清． 沉淀 用 ８ ％ 乙醇 洗 一 次 ， 冻 干 燥 ． １０ ０ 冷 加 ０
收 稿 日期 ：０ ８０ －７ ２０ －１ ０
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第 ２期
马溪平 ， ： 药废 水处理系统微生物 群落 动态变化 的 Ｅ Ｉ 等 制 ＲＣ～Ｐ Ｒ指纹 图谱分析 Ｃ
１９ ５
研究对 象进 行 Ｅ Ｉ ＲＣ—Ｐ Ｒ指 纹 图谱扩增 ， 合 活 Ｃ 结 性污泥 性质 测定 和 理化 指标 监 测结 果 ， 合 评 价 综
首 先在肠 道 细菌基 因中发现 的长 为 １６ ｐ的非 编 ２ｂ
码保 守重 复 序列 ．９ １年 ， ｅｓｌ ｉ １９ Ｖ ｒ ｏ ｃ等人 发 明针 ａｖ
对ＥＩ Ｒ Ｃ序列设 计 引物 并进 行 Ｐ Ｒ扩 增 的技术 ， Ｃ 以用 于对 细菌 的基 因组 Ｄ Ａ进行 指纹 图分析 Ｊ Ｎ ．
摘
要： Ｅ Ｉ 用 ＲＣ—Ｐ Ｒ指纹图谱监测制药综合废水 活性污 泥生态 系统 ， Ｃ 结合活性 污泥性 质测定 和理化指
标 监测结果 ， 综合评价处理系统运行状态． ４个时 间点的监测 中 ， 受高盐影 响污泥沉 降 比和污泥指 数略微 偏 高 ， １ 测时 间最 高分别 为 ６ ％ 和 ２２ ９ ／ ， ４监 测 时间最 低分 别为 ３ ％ 和 １７ ６ Ｌ ｇ 第 监 ８ ８ ．３ｍＬ ｇ 第 ９ ８ ．４ ｍ ／ ； Ｃ Ｄｃ Ｏ 去除率在 ７ ．３ ～８ ．３ ３２％ ６ ７ ％之 间； ＲＣ—Ｐ Ｒ指纹 图谱 的多样性指 数稳定在 ２ ２ Ｅ Ｉ Ｃ ．４～２ ３ ． ８之 间， 相 似性指数差异较大 ， 最高为 ９ ％ ， ５ 最低为 １ ％． 明第 １ ９ 表 监测时 间高负荷 冲击 会导致系统 Ｃ Ｄ Ｏ 去 除率 下 降 ， ２监测时 间短时期缺氧不会影 响系统正常运行 ， ３ ４监测 时间水质水量稳定活性 污泥处理 系统微 第 第 、
微生物基因组的测序和分析
微生物基因组的测序和分析随着科技的不断发展，人们对微生物的认识也逐渐加深。
微生物是指那些看不见肉眼的生物体，包括细菌、病毒、真菌等。
在人类的身体中，有大量的微生物存在，这些微生物对人类的健康和疾病都有着重要的影响。
在过去，我们对微生物的认识很少，甚至只停留在用肉眼观察、培养等简单的方法上。
但是现在，随着基因测序技术的不断发展，我们可以更加深入地研究微生物的基因组，从而深入了解微生物的形态、结构、功能等方面。
基因组测序是一项重要的工作，它可以帮助我们了解微生物的遗传信息，为微生物的分类、鉴定、应用等方面的研究提供基础。
一、微生物基因组测序技术微生物基因组测序技术主要包括两种：基于Sanger测序方法的传统测序技术和基于高通量测序技术的新型测序技术。
目前，基于高通量测序技术的微生物基因组测序已经成为研究微生物基因组的主流方式。
高通量测序技术包括Illumina测序技术、Roche/454测序技术、Ion Torrent测序技术等。
这些测序技术的主要区别在于其测序平台、测序原理、数据读取方式等方面。
以Illumina测序技术为例，它的测序原理是通过在DNA链中加入化学试剂，使得DNA链在复制时发生随机的断裂，形成短小的DNA片段。
然后，这些DNA片段被捕获、连成DNA文库，并通过测序仪读取出来。
最后，将这些片段通过计算机软件进行拼接和组装，形成完整的基因组序列。
二、微生物基因组分析得到微生物基因组序列后，需要进行基因组分析才能充分利用其有限的信息。
微生物基因组分析主要包括以下几个方面。
1. 基因注释基因注释是基因组分析的首要任务。
基因注释的主要目的是将序列中的每个基因与其预测的功能进行配对。
基因注释可以根据不同的策略和算法进行，一般包括基因识别、基因定位、基因结构预测、基因物种归属等步骤。
2. 基因本体注释基因本体注释是对基因的功能进行系统性描述和分类的过程。
基因本体指的是一套对基因和其功能进行描述和分析的术语集合。
16S rRNA靶向变性梯度凝胶电泳指纹图谱分析微生物菌群
最近看到一本书《环境基因组学实验指南》其中第十七章题目为“16S rRNA靶向变性梯度凝胶电泳指纹图谱分析微生物菌群”，它作为一个实验技术写进实验书里，比看期刊，论文更有所帮助。
我将这一章编写的内容全部敲下来给你，希望对你的实验有所启示和帮助。
第十七章16S rRNA靶向变性梯度凝胶电泳指纹图谱分析微生物菌群概论过去几十年中，利用所谓的生物标记物来检测环境样本中的微生物菌群的分子微生物生态学（molecular microbial ecology）得到了快速的发展。
许多分子可以作为生物标记物，包括细胞壁成分、蛋白质、脂类、DNA或RNA，尤其是核糖体RNA（rRNA）小亚基和相应基因的应用在微生物生态学的发展中发挥了重要的作用。
目前已经建立了几种应用于环境样本中的微生物群落的指纹特征分析方法，其中最常用的方法是PCR扩增片段的变性梯度凝胶电泳（denaturing gradient gel electrophoresis，DGGE），DGGE可以根据序列将相同长度的DNA片段混合物分开，分离的原理使基于DNA片段在含有梯度变性化合物（通常是尿素和甲酰胺的混合物）配置的聚丙烯酰胺凝胶中的序列特异性融点不同实现的。
DGGE能对微生物群落进行快速的分析和比较，利用DGGE可使组成的多样性一目了然，其中每一条带原则上代表一种细菌系群，染色后，在凝胶中DNA分子停止迁移的位置会看到条带，理论生，DGGE指纹图谱可以区分一个碱基对的差别。
关键词：食本芽孢杆菌（Bacillus benzoevorans）；DGGE；指纹图谱；16S rRNA基因；土壤微生物1.引言微生物菌群对于地球上甚至地球外的几乎所有环境的发展和功能是至关重要的，而针对一系列细胞生物标记物的分子微生物生态学方法的长足发展，使得对微生物群落组成和功能的检测可以不依赖于微生物的培养（1，2）。
靶向生物标记物可以是在不同的分类水平表明特定微生物种存在的任何生物成分，包括细胞成分如细胞壁成分、蛋白质、脂类、DAN或RNA。
指纹遗传分析实验报告(3篇)
第1篇一、实验背景指纹，作为人类生物识别的重要标志，自1890年由英国生物学家弗朗西斯·高尔顿提出以来，一直被广泛应用于身份识别、法医学鉴定等领域。
指纹的遗传性使其成为研究人类遗传变异的重要工具。
本实验旨在通过指纹遗传分析，探究指纹形成的基本原理及其遗传规律。
二、实验目的1. 了解指纹的基本结构及其遗传特征；2. 掌握指纹遗传分析的基本方法；3. 分析指纹遗传规律，为法医学鉴定、亲子鉴定等领域提供理论依据。
三、实验原理指纹的形成与遗传密切相关。
指纹是由皮肤嵴和沟组成的，其遗传模式遵循孟德尔遗传规律。
指纹遗传分析主要基于以下几个方面：1. 指纹的基本结构：指纹由嵴和沟组成，嵴和沟的排列组合形成不同的指纹类型。
2. 指纹的遗传方式：指纹的遗传方式遵循孟德尔遗传规律，表现为常染色体显性遗传。
3. 指纹的变异：指纹存在多种变异类型，如弓形纹、箕形纹和旋形纹等。
四、实验材料与仪器1. 实验材料：指纹样本、DNA提取试剂盒、PCR试剂盒、凝胶成像系统等。
2. 实验仪器：DNA提取仪、PCR仪、电泳仪、凝胶成像系统等。
五、实验步骤1. 指纹采集：使用铅笔在复印纸上画出10个格子，用于贴印取的指纹。
将采集到的指纹样本贴在格子上，并标注姓名和样本编号。
2. DNA提取：按照DNA提取试剂盒说明书，提取指纹样本中的DNA。
3. PCR扩增：设计特异性引物，针对指纹相关基因进行PCR扩增。
4. 电泳分析：将PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳，观察指纹条带。
5. 结果分析：根据指纹条带，分析指纹类型及其遗传规律。
六、实验结果与分析1. 指纹类型：根据指纹条带，本实验共检测出三种指纹类型：弓形纹、箕形纹和旋形纹。
2. 指纹遗传规律：通过分析指纹类型，发现指纹遗传符合孟德尔遗传规律，表现为常染色体显性遗传。
3. 指纹变异：本实验中，指纹变异类型包括指纹脊数、指纹类型等。
七、实验结论1. 指纹遗传分析是一种有效的研究人类遗传变异的方法。
沼气池微生物生态群落PCR-DGGE分析方法研究
多针对 特 定 领 域 的 Ｐ Ｒ —Ｄ Ｇ Ｃ Ｇ Ｅ方 法 研 究 。江 云 飞 等 对
Ｄ Ｇ Ｇ Ｅ技术的各个 环节如 Ｄ Ａ提 取、 Ｃ Ｎ Ｐ Ｒ扩 增 、 Ｇ Ｅ条件 ＤＧ 以及 图谱染色等条件的优化进行探 讨 ， 提出可能 出现的影响 因素 ， 并对 该技 术 自身存 在 的局 限性和应 用 前景进 行 了评 价 。魏利 等对 Ｐ Ｒ—Ｄ Ｇ Ｃ Ｇ Ｅ试 验各个 环节进行 优化 ， 建立 了针对厌氧活性污泥的 Ｐ Ｒ—Ｄ Ｇ Ｃ Ｇ Ｅ方法” 。丁陈利等优化 Ｐ Ｒ扩增 １ ＳＤ Ａ的试验条件 ， Ｃ ６ ｒＮ 并优化 Ｄ Ｇ Ｇ Ｅ的变性剂浓度 梯 度范 围和 电泳时间长度 ， 而且筛选 出适合湿地植 物根 际土 壤Ｄ Ｇ Ｇ Ｅ分析 的最 佳试 验条件 。但 该技 术在 沼气发 酵微 生物方 面的应用非常少 ， 本研究针对厌 氧发酵池 内沼渣样品 ，
沼气发酵是一个复杂 的生化过程 ， 主要 由多种微生物 群 落协 同完成 ， 因此 ， 微生物群落结构决定着其生态功能 。各 种 提高厌氧发酵产气改进工艺的最终 目的就是优化微生物群落
间 Ｊ 。李鹏等研究 了 ６种 Ｄ Ａ提取方法对 活性 污泥多样 性 Ｎ Ｐ Ｒ—Ｄ Ｇ Ｃ Ｇ Ｅ检测 的影响 ， 研究表 明， Ｎ Ｄ Ａ提取方法是影 响活 性污泥微生物多样性 Ｐ Ｒ—Ｄ Ｇ Ｃ Ｇ Ｅ检测结果 的关键 因素 。 逐渐 明确 了各种因素对 Ｄ Ｇ Ｇ Ｅ图谱 的影响 ， 又陆续建立 了许
Ｅ Ｔ １０ ｍ ｌＬ Ｎ Ｃ ，％ Ｐ Ｐ ； Ｂ ｕ ｅ（ ａ １ Ｄ Ａ，０ ｍｏ ａ１ ｌ ／ Ｖ Ｐ） Ｐ Ｓｂｆ ｒ ８ ｇＮ Ｃ ，
对 Ｐ Ｒ—Ｄ Ｇ Ｃ Ｇ Ｅ关键环节和 系统进行优 化 ， 以提高 Ｄ Ｇ Ｇ Ｅ的
微生物群落多样性测序与功能分析
微生物群落多样性测序与功能分析微生物群落测序是指对微生物群体进行高通量测序，通过分析测序序列的构成分析特定环境中微生物群体的构成情况或基因的组成以及功能。
借助不同环境下微生物群落的构成差异分析我们可以分析微生物与环境因素或宿主之间的关系，寻找标志性菌群或特定功能的基因。
对微生物群落进行测序包括两类，一类是通过16s rDNA，18s rDNA，ITS区域进行扩增测序分析微生物的群体构成和多样性；还有一类是宏基因组测序，是不经过分离培养微生物，而对所有微生物DNA进行测序，从而分析微生物群落构成，基因构成，挖掘有应用价值的基因资源。
以16s rDNA扩增进行测序分析主要用于微生物群落多样性和构成的分析，目前的生物信息学分析也可以基于16s rDNA的测序对微生物群落的基因构成和代谢途径进行预测分析，大大拓展了我们对于环境微生物的微生态认知。
目前我们根据16s的测序数据可以将微生物群落分类到种（species）（一般只能对部分菌进行种的鉴定），甚至对亚种级别进行分析，几个概念：16S rDNA（或16S rRNA）：16S rRNA基因是编码原核生物核糖体小亚基的基因，长度约为1542bp，其分子大小适中，突变率小，是细菌系统分类学研究中最常用和最有用的标志。
16S rRNA基因序列包括9个可变区和10个保守区，保守区序列反映了物种间的亲缘关系，而可变区序列则能体现物种间的差异。
16S rRNA基因测序以细菌16S rRNA基因测序为主,核心是研究样品中的物种分类、物种丰度以及系统进化。
OTU：operational taxonomic units (OTUs)在微生物的免培养分析中经常用到，通过提取样品的总基因组DNA，利用16S rRNA或ITS的通用引物进行PCR 扩增，通过测序以后就可以分析样品中的微生物多样性，那怎么区分这些不同的序列呢，这个时候就需要引入operational taxonomic units，一般情况下，如果序列之间，比如不同的 16S rRNA序列的相似性高于97%就可以把它定义为一个OTU，每个OTU对应于一个不同的16S rRNA序列，也就是每个OTU对应于一个不同的细菌（微生物）种。
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RAPD/DAF 不需设计特殊引物
Bb-PEG
简单；不需要昂的设 备
低分辨率；Bb-PEG 染料比较难获 得 很多条带与群落成员无关
RFLP/ARD 直接；不需要昂的设 RA 备 TRFLP 高分辨率;泳道内标 记;直接定量分析片 段
无法获得种系发生信息，设备昂贵
讨论
基因指纹技术用于研究不同微生物群体的遗传
RFLP 和 ARDRA
限制性片段长度多态性和扩增rRNA片段限制
性分析都能用于微生物群落的特征分析。将 16S rDNA 片短用通用引物进行PCR扩增，再 用限制性酶消化，然后通过琼脂糖或聚丙烯酰 胺胶电泳，最后进行显色，即可进行分析。
Martinez-Murcia 等用RFLP分析16S rDNA 片
分离基于单链DNA的不同的折叠构象，因此
影响电泳迁移率。
Lee 和 coworkers用此技术来研究天然细菌群
落的结构和多样性。 Schwieger 和 Tebbe 用 PCR-SSCP来分析不同植物根际的微生物群落。
RAPD和DAF
随机扩增多态性DNA（RAPD）被用于跟踪不同土壤
微生物群落对2，4—D的反应。Breen et等用一个相似 的方法，名字叫做DNA扩增指纹法（DAF） ，来比 较不同生物反应器中的微生物群落，以及一个生物反 应器中的群落变化。这两种方法都用来5-10碱基的随 机引物，这些随机引物在基因组DNA的不同部位复性， 使PCR产物分生出不同的长度。产物在琼脂糖胶或聚 丙烯酰胺凝胶中进行分离，然后用EB染色或银染显示 出条带。
Bb-PEG 电泳
双苯酰亚胺--聚乙烯二醇电泳是一种简单和 快速的电泳方法，用以检测不同的细胞培养和 不同环境中样品基因的PCR产物的序列变化。 电泳在含有双苯酰亚胺配基的琼脂糖凝胶中进 行，长链和PEG交联。双苯酰亚胺约束AT富集 的序列。高A+T含量的DNA分子比低A+T含量 的DNA分子在胶中所受阻力更大，因此能够分 离各种片段。
DGGE 和 TGGE
变性（温度）梯度凝胶电泳法，将收集
到的混合微生物基因组DNA和通过特异 引物获得PCR产物的混合物，在含有线 性梯度的DNA变性剂（或梯度温度条件 下）的聚丙烯酰胺凝胶中电泳.不同DNA 分子中不同的序列排列影响双链的熔解， 因此不同序列的分子分离。
该技术常被用于构建混合群落的基因图谱，研
究细胞群落的群体动态和不同基因在混合群落 的表达，所以可以以此来监视增殖培养，比较 DNA分离方法，屏蔽克隆库的重复，测定 rRNA 操纵子的微观不均一性。该技术最重要 的一点是条带可以保存在胶中，随后的排序可 以显示群落成员种系发生的信息.
SSCP
单链构象多态性技术通过特异引物扩增DNA
片段，将PCR产物变性后直接在非变性胶中电 泳。
技术
优点Leabharlann 缺点LMW RNA
直接，不需要体外扩 增
RNA降解迅速;LMW RNA 长度变化大， 种系发生信息有限
只能分析短片段（550 bp) ;有时 会形成双链或异源分子，影响结果
DGGE/TGG 能够鉴定群落成员 E
SSCP
能够鉴定群落成员
只能分析短片段(150-400 nt);重 复性差
无法获得种系发生信息; 重复性差
低分子量RNA指纹技术
该基因指纹技术的用于描绘低分子量RNA(5S
核糖体RNA；转运RNA)已有10年多了，这项 技术通过直接从环境样品中提取总RNA，通 过聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分离。显影后可将 图谱扫描然后储存在数据库中方便比对。
到目前为止，克隆16S rDNA的PCR扩增产物
是检测微生物多样性和鉴定混合的微生物群落 种类构成最成功的方法。
The end
2、DNA指纹鉴定技术的应用：
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谢谢
差异、环境变化之后对细菌群落的变化的监视 既简便又快速。这些技术都能用于描述性技术 分析，而且只有几种方法，如LMW RNA指纹、 DGGE、SSCP，能通过杂交分析或分离条带的 序列分析对群落成员进行进一步的鉴定。基因 指纹技术的发展将使的越来越多多工作在微生 物生态方面的科学家产生浓厚的兴趣。
1、你还能说出DNA指纹鉴定技术在其他方面的应 用吗？ 答案
段的PCR扩增产物来评估多盐池塘的原核生物 的多态性。
T-RFLP
这种技术跟RFLP很相似，利用荧光标记PCR
产物。这种产物在进行PCR扩增的时候用一种 带荧光的引物使尾端带有标记。在接下来的测 定中，扩增的基因将被限制性酶消化，让后在 DNA自动测序仪中进行检测。只有带有荧光 标记的限制性片段即末端限制性片段才能被检 测出来。Avaniss-Aghajani 和 co-workers最先 运用这种方法来鉴定复杂混合物中的不用细菌。
基因指纹分析技术的意义
微生物通常很小，外部特征也不显著，无法通过形态学去
分类。 自然界中99%的微生物是无法被分离 。 为了对微生物多样性执行生态系统机能所发挥的作用更好 地理解 ，一种能弥补传统微生物测定法的不足的技术是很 必须的。 基因指纹分析技术基于各种独特的核苷酸物理分离片段， 能描绘出微生物群落的结构轮廓。 最重要的是，这种方法能够同时分析多个样品，因此能够 比较不同环境中微生物群落的遗传多态性，还能随时间变 化研究单个群落的习性。
Methods of Microbial Community Analysis
微生物群落基因指纹分析—研究现状与 未来展望
林仲旸
10808045
摘要
微生物生态学常利用核糖体RNA作为一种分子技术来
鉴定微生物种群，其中一种策略就是克隆从周围环境 获得的PCR产物来检查微生物群落的多样性，而不需 进行培养。虽然这种方法很成功，但却不适合用来研 究微生物群落复杂的动力学，例如微生物群落对电解 质的耐受，季节波动的影响，环境变化的影响。因此， 基因指纹分析技术是一种更好的方法，在此我将展示 当前基因指纹技术在微生物生态学的应用并展望未来 的前景。