生物化学蛋白质二优秀课件

（半胱氨酸）
Asparagine(N) R= CH2CONH2 （天冬酰氨）
Glutamine(Q) R= CH2CH2CONH2 （谷氨酰氨）
Glycine(G)
R= H
（甘氨酸）
蛋白质的高级结构 Secondary, tertiary and quaternary structure
The function of a protein is determined by its 3dimensional shape or its conformation. (蛋白质的功能决定于其三维结构和构象)
（脯氨酸）
e. Phenylalanine(F) R= C6H5CH2
（苯丙氨酸）
f.
Methionine(M)
R= CH2CH2SCH3 （蛋氨酸）
g. Isoleucine(I)
R= CHCH3CH2CH3 （异亮氨酸）
h. Leucine(L)
R= CH2CH(CH3)2 （亮氨酸）
i.
Tryptophan(W) R= CH2C8H6N
The alpha-helix α-螺旋
Loops
Alpha-helices presented as coiled ribbon drawings α-螺旋的一种表示方式
Alpha-helix has a net dipole moment (α-螺旋具有偶极矩)
维持蛋白质三维结构和构象的主要作用力
Hydrogen bonds（氢键） it is the main force to maintain the secondary structures of a protein.
Hydrophobic interactions（疏水作用） formed by nonpolar side chains of amino acid residues, preferably clustering in the hydrophobic core of a protein.
The non-covalent forces maintaining protein structure include hydrog源自文库n bonds, hydrophobic interactions, electrostatic bonds and Van de Waals forces. (几种非共价作用力维持蛋白质的正确构象：氢键； 疏水作用；静电作用和范氏引力)
It is the H bonds that link one peptide group to another, to constitute secondary structure for proteins: α- helices （ α-螺 旋）andβ-pleated sheets （ β-折叠）
生物化学蛋白质二
（氨基酸分类）
Basic structure: H2NCHCOOH（基本结构）
R
a. Hydrophobic amino acids（疏水性氨基酸）
b. Alanine(A)
R= CH3
（丙氨酸）
c. Valine(V)
R= CH(CH3)2
（缬氨酸）
d. Proline(P)
R= C4H7N
By using database of protein structures, people are able to predict the 3d structure of a polypeptide according to its primary sequence (利用已有的序列-结构数据库，可以根据氨基酸序 列预测多肽的三维结构).
Van der Waals interactions（范氏作用力） are ubiquitous in proteins
Electrostatic interactions （静电作用）
backbone
Side chains
Amino acid sequence of a protein is highly informative, which contains all the information for folding the polypeptide chain into its native structure. （蛋白质如何折叠成正确的三维结构由基因编码的 氨基酸序列所决定）
Lysine(K)
R= CH2CH2CH2CH2NH2 （赖氨酸）
Arginine(R)
R= CH2CH2CH2NHC=NH(NH2) （精氨酸）
c. Polar amino acids（极性氨基酸）
Serine(S)
R= CH2OH
（丝氨酸）
Threonine(T) R= CHOHCH3 （苏氨酸）
Secondary structure in protein 蛋白质的二级结构
Amide planes: the basic structural blocks of protein （酰胺平面是蛋白质高级结构的 基本模块）
Rotations: angles θ,Φ,Ψ （酰胺平面的旋转）
A hydrogen bond between the amide proton and carboxyl oxygen of adjacent peptide groups. （维持蛋白质二级结构的主要作用力来自于氢键）
Tyrosine(Y)R= CH2C6H4OH （酪氨酸）
Histidine(H)
R= CH2C3H4N2 （组氨酸）
Classification of amino acids (continued)
c. Polar amino acids (continued) :
Cysteine(C) R= CH2SH
（色氨酸）
Classification of amino acids (continued)
b. Charged amino acids（带电荷的氨基酸）
Aspartic acid(D) R= CH2COOH （天冬氨酸）
Glutamic acid(G) R= CH2CH2COOH （谷氨酸）