拷贝数计算公式
DNA拷贝数的计算方法
MW代表 克/摩尔,单位dolton:1dolton即表示1g/mol
1摩尔= x 10(23)次摩尔分子(拷贝数)
均匀分子量(MW):
dsDNA=(碱基数) x ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ660道尔顿/碱基)
ssDNA=(碱基数) x (330道尔顿/碱基)
ssRNA=(碱基数) x (340道尔顿/碱基)
获得拷贝数计算公式:
x 10(23)次拷贝数/摩尔) x (浓度) / (MW g/mol) = copies/ml.
即:
x 10(23)) x (g/ml) / (DNA length x 660) = copies/ml.
或
x 10(23)) x (ng/ul x 10(-9) ) / (DNA length x 660) = copies/ul.
dna拷贝数的计算方法1a260吸光度值dsdna50ugmlssdna33ugmlssrna40ugml核酸浓度od260dilutionfactor334050ngul平均分子量mw代表克摩尔单位道尔顿dolton即1dolton1gmol1摩尔6021023平均分子量mw
v1.0可编写可改正
1A260吸光度值=ds DNA 50 ug/ml=ss DNA 33 ug/ml=ss RNA 40 ug/ml
2
例:
3000碱基质粒,浓度100 ng/ul,MW= 3000 bp x 660 dalton/bp = x
1
v1.0可编写可改正
10(6) daltons,即1 mol = x 10(6) g。
[100ngx10(-9)]g/x10(6)=摩尔
DNA拷贝数的计算方法
DNA拷贝数的计算方法1 A260 吸光度值= ds DNA 50 ug/ml= ss DNA 33 ug/ml= ss RNA 40 ug/ml核酸浓度=(OD260)×(dilution factor)×(33/40/50)= ng/ul平均分子量(MW)代表克/摩尔,单位道尔顿(dolton),即1dolton=1g/mol1摩尔=6.02×1023平均分子量(MW):dsDNA=(碱基数) x (660 道尔顿/碱基)ssDNA=(碱基数) x (330 道尔顿/碱基)ssRNA=(碱基数) x (340 道尔顿/碱基)拷贝数计算公式:(6.02 x 1023次拷贝数/摩尔) x (浓度g/ml) / (MW g/mol) = copies/ml.(6.02 x 1023次拷贝数/摩尔) x (浓度g/ml) / (DNA长度×660) = copies/ml.(6.02 x 1023次拷贝数/摩尔) x (ng/ul×10-9) / (DNA长度×660) = copies/ul.例:3000 碱基质粒,浓度100 ng/ml ,MW = 3000 bp x 660 dalton/bp = 1.98 x 106 daltons,1 mol = 1.98 x 106g.(6.02 x 10的23次拷贝数/摩尔) x (1x10的-7次克/微升) / (1.98 x 10的6次克/摩尔) = 3 x 1010次copies/ml.梯度配制方法:低浓度使用胎盘DNA 20ng/ul;高浓度使用灭菌水配制,20ng 基因组DNA所包含的拷贝数:6.02×3 x 1023 x20ng/2.91 x109 x660=6289个拷贝数。
DNA拷贝数的计算方法
3000碱基质粒,浓度100 ng/ul,MW= 3000 bp x 660 dalton/bp =1.98 x 10(6) daltons,即1 mol =1.98 x 10(6) g。
[ 100ng x 10(-9) ]g/1.98 x 10(6)=摩尔数copy数=摩尔数x 6.02 x 10(23)=3x 10(10) copies/ul.
(6.02 x 10(23)次拷贝数/摩尔) x (浓度) / (MW g/mol) = copies/ml.
即:
(6.02 x 10(23)) x (g/ml) / (DNA length x 660) = copies/ml.
或
(6.02 x 10(23)) x (ng/ul x 10(-9) ) / (DNAபைடு நூலகம்length x 660) = copies/ul.
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DNA拷贝数的计算方法
1A260吸光度值=ds DNA 50 ug/ml=ss DNA 33 ug/ml=ss RNA 40 ug/ml
核酸浓度=(OD260) x (dilution factor) x [33或40或50]=ng/ul
MW代表克/摩尔,单位dolton:1dolton即表示1g/mol
计算copy数
做 qRT-PCR 的时候经常需要计算 DNA 拷贝数(Copy Number),比较烦,用下面的方法这就方便多了。
其实计算方法是相通的,只不过一个是带有分步推理过程,一个是直接计算而已!一、分步推理如何计算核酸拷贝数1A260吸光度值=dsDNA 50ug/ml=ssDNA 33ug/ml=ssRNA 40ug/ml核酸浓度=(OD260)×稀释倍数×(33 或 40 或 50)=ng/ulMW 代表克/摩尔,单位 dolton :1dolton 即表示 1g/mol 1 摩尔=6.02×1023摩尔分子(拷贝数)平均分子量(MW):dsDNA=碱基数×660 道尔顿/碱基ssDNA=碱基数×330 道尔顿/碱基ssRNA=碱基数×340 道尔顿/碱基得到拷贝数计算公式:mLmol g MW mL g mol mol copies /copies //)/copies 1002.6)/(1002.62323=⨯⨯=⨯⨯)()浓度((摩尔数 即(6.02×1023)×(g/ml)/(DNA length×660)=copies/ml.或(6.02×1023)×(ng/ul×10-9)/(DNA length×660)=copies/ul.例:3000 碱基质粒,浓度 100 ng/ulMW=3000bp×660dalton/bp=1.98×106daltonS=1.98×106g/mol ,即1mol=(100ng×10-9)g/1.98×106=摩尔数copy 数=摩尔数×6.02×1023=3×1010copies/ul.。
DNA拷贝数的计算方法
DNA拷贝数的计算方法
1A260吸光度值=ds DNA 50 ug/ml=ss DNA 33 ug/ml=ss RNA 40 ug/ml
核酸浓度=(OD260) x (dilution factor) x [33或40或50]=ng/ul
(6.02 x 10(23)次拷贝数/摩尔) x (浓度) / (MW g/mol) = copies/ml.
即:
(6.02 x 10(23)) x (g/ml) / (DNA length x 660) = copies/ml.
或
(6.02 x 10(23)) x (ng/ul x 10(-9) ) / (DNA length x 660) = copies/ul.
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例:
3000碱基质粒,浓度100 ng/ul,MW98 x 10(6) daltons,即1 mol =1.98 x 10(6) g。
[ 100ng x 10(-9) ]g/1.98 x 10(6)=摩尔数copy数=摩尔数x 6.02 x 10(23)=3x 10(10) copies/ul.
MW代表克/摩尔,单位dolton:1dolton即表示1g/mol
1摩尔= 6.02 x 10(23)次摩尔分子(拷贝数)
DNA拷贝数的计算方法
(6.02 x 10(23)) x (g/ml) / (DNA length x 660) = copies/ml.
或
(6.02 x 10(23)) x (ng/ul x 10(-9) ) / (DNA length x 660) = copies/ul.
例:
3000碱基质粒,浓度100 ng/ul,MW= 3000 bp x 660 dalton/bp =1.98 x 10(6) daltons,即1 mol =1.98 x 10(6) g。
[ 1010(6)=摩尔数copy数=摩尔数x 6.02 x 10(23)=3x 10(10) copies/ul.
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1摩尔= 6.02 x 10(23)次摩尔分子(拷贝数)
平均分子量(MW):
dsDNA=(碱基数) x (660道尔顿/碱基)
ssDNA=(碱基数) x (330道尔顿/碱基)
ssRNA=(碱基数) x (340道尔顿/碱基)
得到拷贝数计算公式:
(6.02 x 10(23)次拷贝数/摩尔) x (浓度) / (MW g/mol) = copies/ml.
mw代表克摩尔单位dolton1dolt即表示1gmol50ngul1a260吸光度值dsdna50ugml二ssdna33ugml二ssrna40ugml核酸浓度od260dilutionfactor1023次摩尔分子拷贝数平均分子量mwdsdna碱基数x660道尔顿碱基ssdna碱基数x330道尔顿碱基ssrna碱基数x340道尔顿碱基得到拷贝数计算公式
pfu和拷贝数的换算关系 -回复
pfu和拷贝数的换算关系-回复“pfu和拷贝数的换算关系”在分子生物学领域,我们经常会听到两个概念,即pfu和拷贝数。
它们在基因克隆、酶切、转染等实验中起着重要的作用。
那么,pfu和拷贝数之间是否存在着换算关系呢?本文将一步一步回答这个问题。
首先,我们来介绍pfu的概念。
pfu是指聚合酶链式反应(PCR)中一个能产生1 pfu的酶的量。
pfu是"热稳定聚合酶"(Taq聚合酶)的一种活性单位。
通常情况下,pfu的含量与实验中需要扩增的DNA长度和目标扩增产物的浓度有关。
pfu的含量越高,PCR反应的效率越高。
接下来,我们来讨论拷贝数的概念。
拷贝数是指一份DNA分子中所含有的同一基因序列的重复次数。
在分子生物学实验中,我们常常需要插入一定数量的目标基因或DNA片段到目的载体中。
拷贝数的确定对于控制重组DNA片段的数量非常重要,因为它直接影响到实验结果的准确性和重复性。
那么,pfu和拷贝数之间是否存在着换算关系呢?答案是存在的。
我们可以通过一些计算方法来将pfu转换为拷贝数,或者将拷贝数转换为pfu。
下面我们具体介绍一些常用的换算方法。
首先是将pfu转换为拷贝数。
在进行PCR等实验前,研究人员常常需要知道他们需要扩增的DNA片段在反应体系中的初始拷贝数,从而调整反应条件和实验设计。
我们可以通过以下公式将pfu转换为拷贝数:拷贝数= pfu / (体积* 反应体积)其中,体积表示反应液中所含总体积,反应体积是PCR反应体系中扩增反应的体积。
接下来是将拷贝数转换为pfu。
在实验设计中,有时我们需要将一定数量的DNA片段插入到目标载体中,从而得到特定拷贝数的重组DNA。
我们可以通过以下公式将拷贝数转换为pfu:pfu = (拷贝数* 分子量)/ (DNA长度* 660)其中,分子量表示目标基因或DNA片段的分子量,DNA长度是目标基因或DNA片段的长度。
660是一个经验值,代表了DNA的平均摩尔吸光系数。
拷贝数换算
小鼠基因组大小约为6×109Bp,则相对分子质量(MW)=6×109 Bp×660 Dalton1拷贝小鼠基因组的质量=MW/阿伏伽德罗常数≈6.6×10-12 g取400 ng野生型基因组DNA,按照以下公式计算对应的1细胞1拷贝质粒DNA的量,将两者混合作为PCR模板:W=[400×10-9/(6.6×10-12 g)]×[L×660/阿伏伽德罗常数]W:质量,g; L:质粒大小,bpC0500 的大小为5.9 Kb,取400 ng野生型基因组DNA做模板,对应的1细胞0.2拷贝的C0500质粒模板量为0.078 pg对应的1细胞1拷贝的C0500质粒模板量为0.392 pg对应的1细胞5拷贝的C0500质粒模板量为1.96 pg对应的1细胞25拷贝的C0500质粒模板量为9.80 pgC0560的大小为6 Kb,取400 ng野生型基因组DNA做模板,对应的1细胞0.2拷贝的C0560质粒模板量为0.08 pg对应的1细胞1拷贝的C0560质粒模板量为0.399 pg对应的1细胞5拷贝的C0560质粒模板量为1.995 pg对应的1细胞25拷贝的C0560质粒模板量为9.975 pgC0618的大小为9.3 Kb,取400 ng野生型基因组DNA做模板,对应的1细胞0.2拷贝的C0618质粒模板量为0.124 pg对应的1细胞1拷贝的C0618质粒模板量为0.618 pg对应的1细胞5拷贝的C0618质粒模板量为3.09pg对应的1细胞25拷贝的C0618质粒模板量为15.45 pgC0637的大小为7Kb,取400 ng野生型基因组DNA做模板,对应的1细胞0.2拷贝的C0637质粒模板量为0.093pg对应的1细胞1拷贝的C0637质粒模板量为0.465pg对应的1细胞5拷贝的C0637质粒模板量为2.325pg对应的1细胞25拷贝的C0637质粒模板量为11.625pgC0710的大小为3.8 Kb, 取400 ng野生型基因组DNA做模板,对应的1细胞0.2拷贝的C0710质粒模板量为0.05pg对应的1细胞1拷贝的C0710质粒模板量为0.252pg对应的1细胞5拷贝的C0710质粒模板量为1.26pg对应的1细胞25拷贝的C0710质粒模板量为6.3pgC0500 的大小为5.9 Kb,取100 ng野生型基因组DNA做模板,对应的1细胞0.2拷贝的C0500质粒模板量为0.0195pg对应的1细胞1拷贝的C0500质粒模板量为0.0975 pg对应的1细胞5拷贝的C0500质粒模板量为0.4875pg对应的1细胞25拷贝的C0500质粒模板量为2.4375 pgC0560的大小为6 Kb,取100 ng野生型基因组DNA做模板,对应的1细胞0.2拷贝的C0560质粒模板量为0.02 pg对应的1细胞1拷贝的C0560质粒模板量为0.1 pg对应的1细胞5拷贝的C0560质粒模板量为0.5 pg对应的1细胞25拷贝的C0560质粒模板量为2.5 pgC0618的大小为9.3 Kb,取100 ng野生型基因组DNA做模板,对应的1细胞0.2拷贝的C0618质粒模板量为0.031pg对应的1细胞1拷贝的C0618质粒模板量为0.155 pg对应的1细胞5拷贝的C0618质粒模板量为0.775pg对应的1细胞25拷贝的C0618质粒模板量为3.875pgC0637的大小为7Kb,取100 ng野生型基因组DNA做模板,对应的1细胞0.2拷贝的C0637质粒模板量为0.023pg对应的1细胞1拷贝的C0637质粒模板量为0.116pg对应的1细胞5拷贝的C0637质粒模板量为0.581pg对应的1细胞25拷贝的C0637质粒模板量为2.91pgC0710的大小为3.8 Kb, 取100 ng野生型基因组DNA做模板,对应的1细胞0.2拷贝的C0710质粒模板量为0.0125pg对应的1细胞1拷贝的C0710质粒模板量为0.0625pg对应的1细胞5拷贝的C0710质粒模板量为0.3125pg对应的1细胞25拷贝的C0710质粒模板量为1.5625pgC0720的大小为4.8Kb,取400 ng野生型基因组DNA做模板,对应的1细胞0.2拷贝的C0720质粒模板量为0.0638pg对应的1细胞1拷贝的C0720质粒模板量为0.319pg对应的1细胞5拷贝的C0720质粒模板量为1.595pg对应的1细胞25拷贝的C0720质粒模板量为7.97pg。
单链寡核苷酸拷贝数计算
单链寡核苷酸拷贝数计算序列特征是生物学研究中常见的内容之一、而核酸序列的拷贝数计算是序列特征分析的重要环节之一、单链寡核苷酸(oligonucleotide)是由2-20个碱基组成的短链核苷酸序列,其在分子生物学研究中有着重要的应用。
本文将介绍几种计算单链寡核苷酸拷贝数的方法。
1.合成寡核苷酸的浓度测定首先,需要测定合成寡核苷酸的浓度。
常用的方法是通过紫外吸收光谱法测定合成寡核苷酸的浓度。
在260nm处测量核酸吸光值,然后使用摩尔吸光系数将吸光值转化为核酸的摩尔浓度。
核酸的摩尔吸光系数为A260 e = 1OD = 33μM。
2.通过摩尔浓度计算拷贝数在得到核酸的摩尔浓度后,可以通过下述公式计算拷贝数:拷贝数 = (核酸的摩尔浓度× Avogadro常数) / 寡核苷酸分子量Avogadro常数为6.022 × 10^23 mol^-1,寡核苷酸分子量为核苷酸个数× 单个核苷酸分子量。
单个核苷酸的分子量可通过各个碱基分子量的和得到。
3.应用实例以序列5'-AGTTCGATGCTA-3'为例,计算该寡核苷酸的拷贝数。
首先,计算核苷酸个数,该序列中一共有12个核苷酸。
其次,计算单个核苷酸的分子量。
根据各个碱基的分子量可得,A的分子量为329.2 g/mol,G的分子量为345.2 g/mol,T的分子量为304.2g/mol,C的分子量为289.2 g/mol。
因此,单个核苷酸的平均分子量为(329.2+345.2+304.2+289.2)/4 = 316.95 g/mol。
然后,根据核酸的摩尔浓度计算拷贝数。
假设该核酸的摩尔浓度为0.1 μM,则拷贝数= (0.1 × 10^-6 mol/L × 6.022 × 10^23 mol^-1) / (12 × 316.95 g/mol) = 1.19 × 10^17 拷贝。
rna拷贝数计算公式
rna拷贝数计算公式
RNA拷贝数计算公式是用来计算RNA分子在一个细胞中的拷贝数的公式。
RNA是一种重要的生物分子,它在细胞中起着传递遗传信息和参与蛋白质合成的重要作用。
了解RNA的拷贝数对于研究细胞的功能和调控机制非常重要。
RNA拷贝数计算公式的基本原理是根据RNA的浓度和细胞体积来计算。
细胞中的RNA浓度可以通过实验测量得到,而细胞体积可以通过显微镜观察或其他方法来估算。
根据这两个参数,可以使用以下公式来计算RNA的拷贝数:
RNA拷贝数 = RNA浓度 ×细胞体积
其中,RNA浓度是指单位体积内RNA的含量,通常以mol/L或
ng/μL为单位。
细胞体积是指细胞的体积,通常以立方微米(μm³)为单位。
需要注意的是,RNA拷贝数的计算公式是一个近似值,因为细胞中的RNA浓度和体积在不同的细胞类型和生理状态下可能有所不同。
此外,RNA的拷贝数还受到RNA的降解和合成速率的影响,因此在实际应用中需要考虑这些因素。
RNA拷贝数的计算对于许多生物学研究具有重要意义。
例如,在研究基因表达调控时,了解RNA的拷贝数可以帮助研究人员确定哪些基因在细胞中表达水平较高,从而更好地理解基因调控网络。
此外,
RNA拷贝数的计算还可以用于研究RNA的功能和相互作用,以及研究RNA在疾病发生和发展中的作用。
总之,RNA拷贝数计算公式是一种用来计算RNA分子在细胞中拷贝数的公式。
通过测量RNA浓度和细胞体积,可以使用这个公式来估算RNA的拷贝数。
这个公式在生物学研究中具有重要意义,可以帮助研究人员更好地理解细胞的功能和调控机制。
pcr计算公式笔记
pcr计算公式笔记PCR(聚合酶链式反应)是一种在分子生物学中广泛应用的技术,用于扩增特定的 DNA 片段。
而要准确理解和运用 PCR 技术,掌握相关的计算公式是很重要的。
咱们先来说说 PCR 反应中的一个关键概念——扩增效率(E)。
扩增效率通常在 0.8 - 1.2 之间。
比如说,咱假设扩增效率是 1,那每经过一个循环,DNA 量就会翻倍。
可实际情况往往没这么理想,扩增效率会受到各种因素影响。
这就引出了一个重要的公式:N = N₀ × (1 + E)ⁿ 。
这里的 N 表示最终的 DNA 拷贝数,N₀是初始的 DNA 拷贝数,E 是扩增效率,n 是循环次数。
给您举个例子啊,有一次我在实验室里做 PCR 实验,想要扩增一段特定的基因。
我一开始加入的样本里,目标基因的初始拷贝数 N₀大概是 100 个。
设定的循环次数 n 是 30 次,通过前期的实验条件优化,估计扩增效率 E 约为 0.9 。
那按照公式算下来,最终得到的 DNA 拷贝数 N 就应该是 100 × (1 + 0.9)³⁰,这一算可不得了,得到的数量那是相当可观。
再说PCR 反应中的另一个常用公式——Ct 值与起始模板量的关系。
Ct 值就是荧光信号达到设定阈值时所经历的循环数。
一般来说,起始模板量越少,Ct 值就越大。
它们之间的关系可以用公式:起始模板量= K × (1 + E)⁻ᴄᵗ来表示,其中 K 是一个常数。
我还记得有一回,和同事一起做一个比较复杂的 PCR 实验,我们同时处理了多个样本,有的样本起始模板量高,有的低。
在分析数据的时候,就是靠着这些公式,才搞清楚了各个样本之间的差异,顺利完成了实验。
在实际操作中,准确掌握这些公式能帮助我们更好地设计实验、预估结果,还能对实验中出现的问题进行分析和解决。
比如说,如果预期的扩增结果没有出现,那我们就可以通过检查初始模板量、扩增效率以及循环次数等参数,看看是不是哪个环节出了问题,然后根据公式进行调整和优化。
rip-qpcr计算公式
rip-qpcr计算公式
RIP-qPCR的计算公式是△△Ct法,首先需要设定一个对照组(比如正常组)和实验组(比如处理组),对照组和处理组分别进行RIP实验和qPCR检测。
然后通过比较两组的Ct值,可以得出△Ct值,再通过比较处理组和对照组的△Ct值,可以得出△△Ct值。
最后通过比较不同样本的△△Ct值,可以得出它们之间的相对表达量。
具体来说,假设处理组和对照组的初始拷贝数分别为N1和N2,经过RIP实验后,处理组的RNA拷贝数变为N1×(1+E1),对照组的RNA拷贝数变为N2×(1+E2),再经过qPCR检测后,处理组的Ct值为Ct1,对照组的Ct值为Ct2。
那么可以得出以下公式:
△Ct = Ct2 - Ct1
△△Ct = △Ct -△Ct(对照) = (Ct2 - Ct1) - (Ctc - Ctc(对照))
相对表达量= 2^-△△Ct
其中,E1和E2分别代表RIP实验中处理组和对照组的效率,Ctc和Ctc(对照)分别代表对照组和处理组的内参基因的Ct值。