4植物基因克隆的策略与方法

4植物基因克隆的策略与方法

基因的克隆确实是利用体外重组技术,将特定的基因和其它DNA顺序插入到载体分子中。基因克隆的要紧目标是识不、分离特异基因并获得基因的完整的全序列,确定染色体定位,阐明基因的生化功能,明确其对特定性状的遗传操纵关系。通过几十年的努力由于植物发育,生理生化,分子遗传等学科的迅速进展,使人们把握了大量有关植物优良性状基因的生物学和遗传学知识,再运用先进的酶学和生物学技术差不多克隆出了与植物抗病、抗虫、抗除草剂、抗逆,育性、高蛋白质及与植物发育有关的许多基因。我们实验室对天麻抗真菌蛋白基因作了功能克隆的研究(舒群芳等,1995;舒群芳等,19 97),为了克隆植物基因也探讨了其它克隆方法,本文论述基因克隆的策略、方法及取得的一些进展。

1功能克隆(functional Cloning)

功能克隆确实是按照性状的差不多生化特性这一功能信息,在鉴定和已知基因的功能后克隆(Collis,1995)。其具体作法是:在纯化相应的编码蛋白后构建cDNA文库或基因组文库,DNA文库中基因的选择按照情形要紧可用二种方法进行,(1)将纯化的蛋白质进行氨基酸测序,据此合成寡核苷酸探针

从cDNA库或基因组文库中选择编码基因,(2)将相应的编码蛋白制成相应抗体探针,从cDNA入载体表达库中选择相应克隆。功能克隆是一种经典的基因克隆策略,专门多基因的分离利用这种策略。

Hain等从葡萄中克隆了两个编码白藜芦醇合成的二苯乙烯合成酶基因(Vst1和Vst2),葡萄中抗菌化合物白藜芦醇的存在,能够提升对灰质葡萄孢(B otrytis cinerce)的抗性,在烟草和其它一些植物中无二苯乙烯合成酶,因此克隆该基因通过转基因后,对有些植物产生对灰质葡萄孢的抗性专门有意义(H ain等,1985)。Kondo等1989年对编码水稻巯基蛋白酶抑制剂的基因组DN A做了克隆和序列分析(Kondo等,1989)。周兆斓等构建了水稻cDNA文库,分离了编码水稻巯基蛋白酶抑制剂的cDNA(周兆斓等,1996)。植物蛋白酶抑制剂是一类天然的抗虫物质,它可抑制摄食害虫对蛋白质的消化,使害虫因

缺乏所需氨基酸而导致非正常发育或死亡。胡天华等人从烟草中分离出流行于我国的黄瓜花叶病毒(Cucumber Mosaic virus)(CMV),并克隆了编码该

病毒外壳蛋白的cDNA基因(胡天华等,1989)。王春香等从感病的烟草叶片中分离纯化了马铃薯x病毒(potato virus X, pvx),克隆了完整的马铃薯x病毒外壳蛋白基因,并将外壳蛋白基因转入马铃薯中,以期获得抗pvx病毒的栽培种马铃薯(王春香等,1991)。病毒外壳蛋白(Coat protein cp)基因的成功克隆,可使转基因植物中产生病毒外壳蛋白基因介导的抗性(Coat Protein Med iated Resistance CPMR)或病毒CP-RNA介导的抗性。Van kan 报道从真菌中成功的克隆出无毒基因Avr9,可直截了当利用此基因介导广谱高效的基因工程植物(Van Kan等,1991)。我们1995年构建了天麻cDNA文库,制备抗体探针成功地分离了编码天麻抗真菌蛋白基因的cDNA克隆,为抗真菌基因在农业、医药等方面的应用打下了基础(舒群芳等,1995;舒群芳等,1997)。功能克隆的特点是用基因表达的产物蛋白质来克隆基因、尽管某一性状的编码基因是未知的。如果对其生理生化及代谢途径研究的比较清晰,就能够分离和纯化操纵该性状的蛋白质。因此功能克隆的关键是分离出一个纯度专门高的蛋白质。只要有一个纯的蛋白质,得到十分特异的探针,这一策略是行之有效的。采纳功能克隆方法尽管差不多克隆了专门多基因,但由于绝大多数基因的产物目前还不明白。因此大多数基因难以用这一经典的方法来克隆。随着分子生物学技术的进展,一条新的基因克隆策略逐步形成,这确实是定

位克隆。

2定位克隆(Positional cloning)

按照遗传连锁分析,染色体步移将基因定位到染色体的一个具体位置上后持续缩小选择区域进而克隆该基因,研究该基因的功能或抗性的生化机制,如此一种策略叫定位克隆(Monaco,1994)。连锁分析即通过基因与DNA 标记之间的重组系数来估量这两者之间的距离,若某种性状的基因与DNA

标记在子代不分离,即有连锁在一起的趋势。按照这一原理可将与已知的某一DNA标记连锁的基因在染色体上定位。由于连锁分析需要依靠特定的基因作为连锁标记,即标记基因与待研基因之间存在连锁关系,而满足与待研

基因相连锁的基因实在太少,因此连锁分析对克隆大多数基因存在着一定的困难。RFLP的显现使多态性基因标记存在于整个基因组内,解决了连锁分析中难以克服的困难。

1980年Wyman等科学家首次建立了限制酶切片段长度多态性RFLP (r estriction fragment length polymorphism),使对任何一种表型有关的基因的定位成为可能。限制酶切片段长度多态性是用限制性内切酶切割后产生的D NA片段长度的多态性呈孟德尔式遗传,是存在于全基因组的专门的多态标记,RFLP使基因定位变得易行(Wyman等,1980)。目前定位克隆一样是用RF LP等分子标记制作遗传图谱,查找与待测基因连锁的RFLP标记,获得基因在染色体上的定位然后克隆基因。因此RFLP和后来进展起来的RAPD技术的建立,可将待测基因相对准确地定位,利用已知的基因可分离与之连锁的未知基因。其差不多程序是构建一个基因组文库、用已知的A基因为探针,从基因组文库中选择出与其有同源序列的a克隆,再用a克隆为探针从基因组文库中选择出与a克隆有同源序列的b克隆,然后以此类推最后选择出未知基因并把它分离出来。目前已在番茄、烟草、大麦、水稻、大豆、玉米等植物中发觉了与抗病基因紧密连锁的RFLP标记并构建了遗传图谱(Fi gdore等,1988;Heun等,1991;Smith,1991;Diers等,1992)。用这种方法已分不克隆到拟南芥菜、番茄、水稻等植物中的有关抗病基因(Martin等,1993;Ben t等,1994;Mindrinos等,1994;Wenyuan等,1995) 。Martin等1993年最早用定位克隆技术克隆出番茄pto基因,pto基因负责对带有无毒基因Avrpto的细菌,丁香假单胞菌(pseudomonas syringae pv)菌株的抗性,Pto基因导入感病番茄后转基因植株增强了对病原菌的抗性(Martin等,1993)。Wenyuan等199 5年用这一技术克隆了水稻Xa21基因,Xa21基因对真菌Xanthomonas oryza e pv oryzae (Xoo)具有抗性(Wenyuan等,1995)。

3转座子标记法(transposon tagging)

转座子是可从一个基因位置转移到另一位置的DNA片段。在转座过程中原先位置的DNA片段(转座子)并未消逝,发生转移的只是转座子的拷贝、基因发生转座可引起插入突变使插入位置的基因失活并诱导产生突变型或在插入位置上显现新的编码基因。通过转座子上的标记基因(如抗药性等)就可检测出突变基因的位置和克隆出突变基因来。转座子标记法是把转座