常用生物医学数据库与分析软件介绍-Genedenovo

《Denovo技术介绍》PPT课件

DNA测序
Nanopore是对DNA链直接测序可以直接测序同时直接检测碱基修饰。获得DNA链上的甲基化修饰结果，较 PacBio更为准确有效
目录
Hi-C 技术
Hi－C技术，一种高通量染色体构象捕获技术（High-throughput chromosome conformation capture），可以实现单个样本辅助基因组组装，使基因组达到染色体水平
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什么是Denovo？
也叫从头测序。是指对基因组序列未知或没有近源物种基因组信息的某接、组装和注释，从而获得该物种完整的基因组序列图谱。
Pacific Bio 测序缺点
错误率高达12.5%，每读8个碱基，就有一个是读错的，错误类型多为“插入”，即会多读一个碱基。测序错误是随机的，可以通过测序深度的提高来校正。
目录
BioNano光学图谱技术
技术原理
BioNano光学物理图谱技术，简而言之是利用单链酶切技术在DNA上做荧光标记，再通过纳米孔道对长达几百kb的长链DNA单分子线性化，经过高分辨率光学系统进行拍照，在较短时间获得更完整的基因图谱，在辅助基因组组装和结构变异（structural variants，SV）检测等方面有广泛的应用。
主要产品
人类基因组测序
动植物基因组测序细菌基因组测序真菌基因组测序宏基因组测序
测序工具
一代测序-sanger 二代测序-illumina 三代测序PB/Bionano/nanopore
原理
优势
劣势

生物实验中的实验数据处理软件

生物实验中的实验数据处理软件实验数据在生物实验中扮演着重要的角色，它们记录了实验过程和结果，为科研工作提供了依据和指导。

然而，随着实验数据量的不断增加，如何高效地处理这些数据成为了一个关键问题。

为此，科研人员们研发出了各种实验数据处理软件，以帮助他们更好地分析和解读数据。

本文将介绍几种常见的生物实验数据处理软件，并探讨其特点和应用。

一、SPSS统计软件SPSS统计软件是一款功能强大的数据处理和分析工具。

它提供了丰富的统计分析方法和图形展示功能，能够处理各类生物实验数据，如基因表达、蛋白质组学、细胞信号转导等。

SPSS的使用相对简单，具备用户友好的界面和操作流程，使得科研人员能够快速进行数据处理和分析。

二、Matlab软件Matlab是一种数值计算和可视化编程语言，广泛应用于生物实验数据的处理和建模分析。

它提供了丰富的数学函数和工具箱，可以进行高级的数据分析和模型构建，包括信号处理、图像处理、机器学习等。

Matlab的灵活性和强大的计算能力使其成为生物信息学领域的热门工具之一。

三、R语言和RStudio软件R语言是一种免费的统计计算和图形化编程语言，拥有庞大的用户社区和丰富的包资源。

RStudio是R语言的集成开发环境，提供了直观简洁的界面和便捷的编程环境，使得科研人员能够高效地进行数据处理和可视化分析。

R语言和RStudio在生物实验数据处理中得到广泛应用，尤其适合进行数据挖掘和统计建模等复杂分析。

四、GeneSpring软件GeneSpring是一款专门为生物学研究设计的数据分析软件。

它具有强大的基因表达分析和通路富集分析功能，能够从大规模基因表达数据中挖掘关键基因和通路。

GeneSpring提供了可视化的结果展示和交互式数据分析工具，帮助研究人员深入理解生物实验数据的意义和潜在规律。

五、ImageJ软件ImageJ是一款开源的图像处理软件，广泛应用于生物医学图像分析和实验数据处理。

它支持多种图像格式和算法，可以进行图像滤波、分割、测量等操作。

生物学软件_大全(二)

引言概述：生物学软件在现代科学研究中扮演着重要的角色，它们为生物学家们提供了数据分析、模拟实验等功能，帮助他们更好地理解生命的复杂性。

本文将为大家介绍一系列生物学软件，帮助生物学家们在研究中更高效地工作。

正文内容：1.生物信息学软件1.1基本基因序列分析软件1.1.1BLAST：用于序列比对和相似性搜索，帮助确定生物序列的功能和结构。

1.1.2ClustalOmega：用于多序列比对的工具，帮助研究人员查找序列间的共同特征。

1.1.3EMBOSS：一套开源的生物信息学软件，包含各种工具用于序列分析、蛋白质结构分析等。

1.2基因组数据分析软件1.2.1GATK：广泛用于基因组重测序数据的分析和变异检测。

1.2.2BEDTools：用于处理基因组坐标的工具，帮助研究人员在基因组中定位感兴趣的特定区域。

1.2.3HMMER：用于比对蛋白质序列和荧光探针序列的隐马尔可夫模型工具。

2.结构生物学软件2.1Rosetta：一套用于结构预测和蛋白质构象优化的软件，帮助研究人员研究蛋白质的结构和功能。

2.2PyMOL：一种用于可视化分子结构的工具，它可以高质量的分子图像，并为研究人员提供结构分析的功能。

2.3Coot：用于蛋白质结构分析和模型建立的软件，可帮助研究人员在解析蛋白质结构时进行手动操作和调整。

2.4CCP4：一个用于蛋白质晶体学的软件套件，用于解析晶体结构和进行结构决策。

2.5SwissPdbViewer：一种用于蛋白质结构可视化和分析的软件，具有多种功能和工具。

3.蛋白质互作软件3.1STRING：综合性的蛋白质互作数据库和分析工具，帮助研究人员理解蛋白质之间的相互作用关系。

3.2Cytoscape：一个用于细胞网络分析和可视化的软件，可用于研究蛋白质之间的相互作用网络。

3.3ClusPro：一种用于蛋白质蛋白质和蛋白质配体互作的软件，可用于预测互作模型和分析互作强度。

3.4InterProSurf：一种用于预测和分析蛋白质间相互作用界面的工具，可以帮助研究人员理解蛋白质互作的机制。

生物信息学软件 (2)

生物信息学软件
生物信息学软件是一类专门用于处理、分析和解释生物学
数据的软件工具。

这些软件通常用于基因组学、蛋白质组学、转录组学和代谢组学研究中。

以下是一些常用的生物
信息学软件：
1. BLAST：用于快速在数据库中搜索相似序列的工具，对
于序列比对和亲缘关系分析非常有用。

2. ClustalW：用于多序列比对的软件，可以比较多个序列
之间的相似性和差异。

3. GROMACS：用于分子动力学模拟和分子力学计算的软件，可以模拟蛋白质、核酸等生物分子的结构和动态行为。

4. PHYLIP：用于构建进化树和系统发育分析的软件，可以根据序列的差异性推断出生物物种之间的进化关系。

5. R：一种统计软件，提供了广泛的生物信息学功能和数据处理方法。

6. Cytoscape：用于网络分析和可视化的软件，可以分析和可视化基因调控网络、蛋白质相互作用网络等。

7. NCBI工具包：由美国国家生物技术信息中心（NCBI）开发的一组工具，包括BLAST、Entrez等，用于生物序列和文献检索。

8. Galaxy：一个基于云计算的生物信息学分析平台，提供了大量的工具和工作流，方便生物学家进行数据分析和可视化。

9. MetaboAnalyst：用于代谢组学数据分析的软件，可以进行代谢物注释、统计分析、通路分析等。

10. Geneious：用于序列分析和比对、系统发育分析、基因预测等多种生物信息学任务的集成软件。

以上只是一小部分常用的生物信息学软件，随着科学研究的进展，新的软件工具不断涌现。

全基因组从头测序(de novo测序)

[2] Li RQ, Fan W, Tian G, Zhu HM, He L, Cai J, et al. The sequence and de novo assembly of the giant panda genome. Nature. 2009 463, 311-317.
[3] Junjie Qin, Yujun Cui, et al. Open-Source Genomic Analysis of Shiga-Toxin–Producing E. coli O104:H4. N Engl J Med. 2011 Aug 25; 365(8): 718-24.
从头测序（de novo 测序）
从头测序即 de novo 测序，不需要任何参考序列资料即可对某个物种进行测序，用生物信息学分析方法进行拼接、组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。利用全基因组从头测序技术，可以获得动物、植物、细菌、真菌的全基因组序列，从而推进该物种的研究。一个物种基因组序列图谱的完成，意味着这个物种学科和产业的新开端！这也将带动这个物种下游一系列研究的开展。全基因组序列图谱完成后，可以构建该物种的基因组数据库，为该物种的后基因组学研究搭建一个高效的平台；为后续的基因挖掘、功能验证提供 DNA 序列信息。华大科技利用新一代高通量测序技术，可以高效、低成本地完成所有物种的基因组序列图谱。
Medicine，NEJM）上在线发表。德国致病性大肠杆菌研究项目首次展示了快速的基因组测序
技术和及时的数据共享给全球各科研领域所带来的巨大贡献，证实了信息数据的快速共享在
公共卫生事件中可发挥至关重要的作用，同时也为应对全球重大突发性紧急公共卫生事件提
供了一个全新的解决思路。

德国肠出血性大肠杆菌项目进展时间轴

微生物基因组denovo测序分析流程

#流程大放送#微生物基因组Denovo测序分析知因无限一介绍微生物基因组De novo测序分析也叫微生物基因组从头测序分析，指不依赖于任何参考序列信息就可对某个微生物进行分析的测序分析技术，用生物信息学的方法进行序列拼接获得该物种的基因组序列图谱，然后进行注释等后续一系列的分析。

微生物Denovo基因组测序及分析技术可以应用于医药卫生等领域。

二技术应用领域1、基因组图谱的系统性构建例子：过去几个月，肠病毒D68令数百名美国儿童患病。

华盛顿大学的研究人员测序和分析了肠病毒D68（EV-D68）的基因组，这一成果将发表在新一期的Emerging Infectious Diseases杂志上。

（Genome Sequence of Enterovirus D68 from St. Louis, Missouri, USA）肠病毒D68（EV-D68）能在儿童中引起严重的呼吸道疾病。

其基因组序列可以“帮助人们开发更好的诊断测试，”共同作者Gregory Storch说。

“有助于解释病毒感染为什么会造成严重的疾病，以及EV-D68为什么比过去传播得更广。

”（来自于生物通的报道）2、微生物致病性和耐药性位点检测及相关基因功能研究例子：根据分泌蛋白、毒力因子、致病岛、必需基因等结果去探讨所测物种致病性和耐药性。

3、微生物的比较基因组分析，确定各个近缘微生物中的系统发育关系二基本分析流程图三可能的结果展示图示例图1 微生物基因组的功能注释示例图2 微生物基因组的系统进化关系注：以上图片和文字来自参考文献21。

六参考文献[1] Hong-Bin Shen, and Kuo-Chen Chou, "Virus-mPLoc: a fusion classifier for viral protein subcellular location prediction by incorporating multiple sites", Journal of Biomolecular Structure & Dynamics, 2010, 28: 175-86.[2]Hong-Bin Shen and Kuo-Chen Chou, "Virus-PLoc: A fusion classifier for predicting the subcellular localization of viral proteins within host and virus-infected cells.", Biopolymers. 2007, 85, 233-240.[3] Ren Zhang and Yan Lin, (2009) DEG 5.0, a database of essential genes in both prokaryotes and eukaryotes. Nucleic Acids Research 37, D455-D458.[4] The CRISPRdb database and tools to display CRISPRs and to generate dictionaries of spacers and repeats. BMC Bioinformatics. 2007 May 23;8(1):172.[5] The Pfam protein families database: M. Punta, P.C. Coggill, R.Y. Eberhardt, J. Mistry, J. Tate,C. Boursnell, N. Pang, K. Forslund, G. Ceric, J. Clements, A. Heger, L. Holm, E.L.L. Sonnhammer, S.R. Eddy, A. Bateman, R.D. Finn Nucleic Acids Research (2014) Database Issue 42:D222-D230.[6] Clustal W and Clustal X version 2.0.(2007 Nov 01) Bioinformatics (Oxford, England) 23 (21) :2947-8.PMID: 17846036.[7] Felsenstein, J. 2004. PHYLIP (Phylogeny Inference Package) version 3.6. Distributed by the author. Department of Genome Sciences, University of Washington, Seattle.[8] Li et al (2010). De novo assembly of human genomes with massively parallel short readsequencing. Genome Res vol. 20 (2).[9] Li et al (2008). SOAP: short oligonucleotide alignment program. Bioinformatics Vol. 24 no.5 2008.[10] A.L. Delcher, D. Harmon, S. Kasif, O. White, and S.L. Salzberg (1999) Improved microbial gene identification with GLIMMER, Nucleic Acids Research 27:23 4636-4641.[11] S. Salzberg, A. Delcher, S. Kasif, and O. White (1998) Microbial gene identification using interpolated Markov models, Nucleic Acids Research 26:2, 544-548.[12] Delcher AL, Bratke KA Powe,rs EC，et al(2007). Identifying bacterial genes and endosymbiont DNA with Glimmer. Bioinformatics,23(6):673-679.[13]G. Benson(1999). Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences. Nucleic Acids Research, Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.[14] Kanehisa M, Goto S, Kawashima S, Okuno Y, Hattori M (2004). The KEGG resource for deciphering the genome. Nucleic Acids Res 32 (Database issue): D277–80.[15] Kanehisa M, Goto S, Hattori M, Aoki-Kinoshita KF, Itoh M, Kawashima S, et al. (2006). From genomics to chemical genomics: new developments in KEGG. Nucleic Acids Res 34(Database issue): D354–7.[16] Tatusov RL, Koonin EV, Lipman DJ(1997). A genomic perspective on protein families. Science. Oct 24;278(5338):631-7.[17] Tatusov RL, Fedorova ND et al.(2003). The COG database: an updated version includes eukaryotes. BMC Bioinformatics. Sep 11;4:41.[18] Magrane, M. and UniProt Consortium (2011) UniProt Knowledgebase: a hub of integrated protein data. Database (Oxford) , bar009.[19] Bard J, Winter R (2000). Gene Ontology：tool for the unification of biology. Nat Genet. 25:25-29.[20] ZODOBNOV．E．M，APWEILER．R．InterProScan—an intergration plaftorm forthe signature recognition methods in InterPro[J]．Bioinform atics，2001，17(9)：847-848．[21] Van den Bogert B1, Boekhorst J2, Herrmann R1, Smid EJ3, Zoetendal EG1, Kleerebezem M4. Comparative genomics analysis of Streptococcus isolates from the human small intestine reveals their adaptation to a highly dynamic ecosystem. PLoS One. 2013 Dec 30;8(12):e83418.。

常用生物数据分析软件

常用生物数据分析软件生物数据分析软件是用于处理、分析和解释生物学实验中产生的大规模数据的工具。

这些软件通常具有统计分析、数据可视化和生物信息学工具等功能，它们在生物学研究、医学诊断和药物开发等领域都有广泛的应用。

本文将介绍一些常用的生物数据分析软件。

1.R：R是一种免费且开源的编程语言，它提供了丰富的生物数据分析和可视化工具，如统计分析、机器学习、生物信息学和图形绘制等。

R 语言拥有庞大的用户社区和丰富的包资源，适用于各种生物学数据分析任务。

2. Python：Python是另一种常用的编程语言，它也具备强大的生物数据分析能力。

Python拥有多个生物学数据处理和分析库，如NumPy、Pandas和BioPython等。

Python的易学性、可扩展性和广泛的应用领域使其成为生物学数据分析的首选工具之一3.MATLAB：MATLAB是一种专业的科学计算和数据可视化软件，在生物学数据分析领域有广泛的应用。

它提供了丰富的统计分析和机器学习工具包，可用于生物数据的处理、分析和建模等任务。

4.SPSS：SPSS是一种常用的统计分析软件，它具有直观的用户界面和广泛的统计分析功能。

SPSS可以对生物学数据进行描述性统计、方差分析、回归分析和聚类分析等，并生成相应的报告和图表。

5.SAS：SAS是一种专业的统计分析软件，也被广泛用于生物学数据分析。

SAS拥有强大的数据管理和数据分析功能，可用于处理和分析大规模的生物学数据集。

6. Partek Genomics Suite：Partek Genomics Suite是一种专门用于基因组学和转录组学数据分析的软件。

它提供了丰富的生物学数据分析工具和流程，可用于差异表达分析、通路分析和功能注释等任务。

7. Ingenuity Pathway Analysis (IPA)：IPA是一个用于通路分析和功能注释的软件。

它能够对基因表达数据进行通路分析和功能注释，并提供生物学上下游调控网络的图形可视化。

常用生物数据分析软件

常用生物数据分析软件在生物科学领域中，数据分析是一项重要的任务。

随着技术的进步，生物学研究的数据规模不断扩大，例如基因组测序数据、蛋白质互作数据、表达谱数据等。

为了处理和分析这些大规模的生物学数据，许多生物数据分析软件被开发出来。

本文将介绍一些常用的生物数据分析软件。

1.R：R是一个流行的统计分析和图形化软件，也是生物学家常用的数据分析工具之一、R具有强大的数据分析功能和广泛的统计工具包，适用于各种生物学数据分析任务，例如基因表达分析、蛋白质结构预测、基因组测序等。

2. Python：Python是一种通用的编程语言，也被广泛用于生物数据分析。

Python拥有丰富的生物信息学工具包，例如Biopython，可用于处理和分析蛋白质序列和结构、基因组测序数据等。

Python还具有强大的数据处理和可视化能力，适用于各种生物学数据分析任务。

3. NCBI工具：NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供一系列在线工具用于生物数据分析。

NCBI提供的工具包括BLAST用于序列比对、Entrez用于文献检索、GenBank用于基因组测序数据等。

这些工具对于进行一些常见的生物数据分析任务非常有用。

4. Bioconductor：Bioconductor是一个用于生物数据分析的开源软件包集合。

Bioconductor提供了许多R语言工具包，包括用于基因表达分析、蛋白质互作网络分析等。

这些工具包提供了丰富的生物学统计学和机器学习算法，可以帮助研究人员进行高质量的生物数据分析。

5. Cytoscape：Cytoscape是一个用于生物网络分析和可视化的软件。

它可以用来分析和可视化蛋白质互作网络、基因调控网络等。

Cytoscape提供了许多插件和工具，使得生物网络分析更加方便和高效。

6. Galaxy：Galaxy是一个用于生物数据分析的在线平台。

它提供了许多常用的生物数据分析工具，并提供了一个用户友好的界面，使得生物学家可以无需编程就能进行复杂的生物数据分析任务。

生物大数据分析的常用工具和软件介绍

生物大数据分析的常用工具和软件介绍生物大数据的快速发展和应用需求推动了生物信息学工具和软件的不断发展。

这些工具和软件提供了一系列功能，如序列分析、基因表达分析、蛋白质结构预测、功能注释等，帮助研究人员从大量的生物数据中提取有意义的信息。

下面将介绍一些常用的生物大数据分析工具和软件。

1. BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）BLAST是最常用的序列比对工具之一，用于比对一条查询序列与已知序列数据库中的序列。

通过比对确定序列之间的相似性，从而推断其功能和结构。

BLAST具有快速、准确、用户友好的特点，适用于DNA、RNA和蛋白质序列的比对。

2. GalaxyGalaxy是一个基于Web的开源平台，提供了许多生物信息学工具和软件的集成。

它提供了一个易于使用的界面，使得用户可以通过拖放操作完成复杂的数据分析流程。

Galaxy支持不同类型的数据分析，包括序列比对、组装、注释、表达分析等。

3. R包R是一个功能强大的统计语言和环境，用于数据分析和可视化。

R包提供了许多用于生物数据分析的扩展功能。

例如，"Bioconductor"是一个R软件包，提供了丰富的生物数据分析方法和工具，包括基因表达分析、序列分析、蛋白质分析等。

4. GATK（Genome Analysis Toolkit）GATK是一个用于基因组数据分析的软件包，主要用于研究DNA变异。

它包含了各种工具和算法，用于SNP检测、基因型调用、变异注释等。

GATK还在处理复杂变异（如复杂多态位点）和群体遗传学分析方面具有独特的优势。

5. CytoscapeCytoscape是一个用于生物网络分析和可视化的开源平台。

它可以用于可视化和分析蛋白质-蛋白质相互作用网络、基因共表达网络、代谢网络等。

Cytoscape提供了丰富的插件，使得用户可以根据自己的需要进行网络分析和可视化。

6. DAVID（Database for Annotation, Visualization, and Integrated Discovery）DAVID是一个用于功能注释和富集分析的在线工具。

微生物基因组denovo测序分析流程

#流程大放送#微生物基因组Denovo测序分析知因无限一介绍微生物基因组De novo测序分析也叫微生物基因组从头测序分析，指不依赖于任何参考序列信息就可对某个微生物进行分析的测序分析技术，用生物信息学的方法进行序列拼接获得该物种的基因组序列图谱，然后进行注释等后续一系列的分析。

微生物Denovo基因组测序及分析技术可以应用于医药卫生等领域。

二技术应用领域1、基因组图谱的系统性构建例子：过去几个月，肠病毒D68令数百名美国儿童患病。

华盛顿大学的研究人员测序和分析了肠病毒D68（EV-D68）的基因组，这一成果将发表在新一期的Emerging Infectious Diseases杂志上。

（Genome Sequence of Enterovirus D68 from St. Louis, Missouri, USA）肠病毒D68（EV-D68）能在儿童中引起严重的呼吸道疾病。

其基因组序列可以“帮助人们开发更好的诊断测试，”共同作者Gregory Storch说。

“有助于解释病毒感染为什么会造成严重的疾病，以及EV-D68为什么比过去传播得更广。

”（来自于生物通的报道）2、微生物致病性和耐药性位点检测及相关基因功能研究例子：根据分泌蛋白、毒力因子、致病岛、必需基因等结果去探讨所测物种致病性和耐药性。

3、微生物的比较基因组分析，确定各个近缘微生物中的系统发育关系二基本分析流程图三可能的结果展示图示例图1 微生物基因组的功能注释示例图2 微生物基因组的系统进化关系注：以上图片和文字来自参考文献21。

六参考文献[1] Hong-Bin Shen, and Kuo-Chen Chou, "Virus-mPLoc: a fusion classifier for viral protein subcellular location prediction by incorporating multiple sites", Journal of Biomolecular Structure & Dynamics, 2010, 28: 175-86.[2]Hong-Bin Shen and Kuo-Chen Chou, "Virus-PLoc: A fusion classifier for predicting the subcellular localization of viral proteins within host and virus-infected cells.", Biopolymers. 2007, 85, 233-240.[3] Ren Zhang and Yan Lin, (2009) DEG 5.0, a database of essential genes in both prokaryotes and eukaryotes. Nucleic Acids Research 37, D455-D458.[4] The CRISPRdb database and tools to display CRISPRs and to generate dictionaries of spacers and repeats. BMC Bioinformatics. 2007 May 23;8(1):172.[5] The Pfam protein families database: M. Punta, P.C. Coggill, R.Y. Eberhardt, J. Mistry, J. Tate,C. Boursnell, N. Pang, K. Forslund, G. Ceric, J. Clements, A. Heger, L. Holm, E.L.L. Sonnhammer, S.R. Eddy, A. Bateman, R.D. Finn Nucleic Acids Research (2014) Database Issue 42:D222-D230.[6] Clustal W and Clustal X version 2.0.(2007 Nov 01) Bioinformatics (Oxford, England) 23 (21) :2947-8.PMID: 17846036.[7] Felsenstein, J. 2004. PHYLIP (Phylogeny Inference Package) version 3.6. Distributed by the author. Department of Genome Sciences, University of Washington, Seattle.[8] Li et al (2010). De novo assembly of human genomes with massively parallel short readsequencing. Genome Res vol. 20 (2).[9] Li et al (2008). SOAP: short oligonucleotide alignment program. Bioinformatics Vol. 24 no.5 2008.[10] A.L. Delcher, D. Harmon, S. Kasif, O. White, and S.L. Salzberg (1999) Improved microbial gene identification with GLIMMER, Nucleic Acids Research 27:23 4636-4641.[11] S. Salzberg, A. Delcher, S. Kasif, and O. White (1998) Microbial gene identification using interpolated Markov models, Nucleic Acids Research 26:2, 544-548.[12] Delcher AL, Bratke KA Powe,rs EC，et al(2007). Identifying bacterial genes and endosymbiont DNA with Glimmer. Bioinformatics,23(6):673-679.[13]G. Benson(1999). Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences. Nucleic Acids Research, Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.[14] Kanehisa M, Goto S, Kawashima S, Okuno Y, Hattori M (2004). The KEGG resource for deciphering the genome. Nucleic Acids Res 32 (Database issue): D277–80.[15] Kanehisa M, Goto S, Hattori M, Aoki-Kinoshita KF, Itoh M, Kawashima S, et al. (2006). From genomics to chemical genomics: new developments in KEGG. Nucleic Acids Res 34(Database issue): D354–7.[16] Tatusov RL, Koonin EV, Lipman DJ(1997). A genomic perspective on protein families. Science. Oct 24;278(5338):631-7.[17] Tatusov RL, Fedorova ND et al.(2003). The COG database: an updated version includes eukaryotes. BMC Bioinformatics. Sep 11;4:41.[18] Magrane, M. and UniProt Consortium (2011) UniProt Knowledgebase: a hub of integrated protein data. Database (Oxford) , bar009.[19] Bard J, Winter R (2000). Gene Ontology：tool for the unification of biology. Nat Genet. 25:25-29.[20] ZODOBNOV．E．M，APWEILER．R．InterProScan—an intergration plaftorm forthe signature recognition methods in InterPro[J]．Bioinform atics，2001，17(9)：847-848．[21] Van den Bogert B1, Boekhorst J2, Herrmann R1, Smid EJ3, Zoetendal EG1, Kleerebezem M4. Comparative genomics analysis of Streptococcus isolates from the human small intestine reveals their adaptation to a highly dynamic ecosystem. PLoS One. 2013 Dec 30;8(12):e83418.。

动植物Denovo测序知识大讲解

动植物Denovo测序知识⼤讲解⾼通量测序的技术开起我们探索动植物基因组奥秘的步伐，提到动植物基因组测序，这就不得不提⼀个概念——de novo测序。

那么什么是de nove测序呢，它与重测序有什么区别呢？De nove测序中Read、Contig和Scaffold等⼜代表什么呢？De nove测序中为什么要建不同⼤⼩⽚段的梯度⽂库？基因注释⼜是注释哪些内容？各位客官别急，且听⼩编给您细细讲来。

1De novo测序概念De novo是⼀个拉丁⽂，代表从头开始的意思，⽽de nove测序则是指在不需要任何参考序列的情况下对某⼀物种进⾏基因组测序，然后将测得的序列进⾏拼接、组装，从⽽绘制该物种的全基因组序列图谱。

由于⾼通量测序长度的限制，⽬前测序策略是先将基因组打断⼩的⽚段，然后再对测出序列⽚段进⾏拼接，最终得到物种的序列图谱如图1所⽰。

图1 ⾼通量测序模式图2De novo测序与重测序区别重测序概念：重测序是全基因组重新测序的简称，是指是对已知基因组序列的物种进⾏不同个体的基因组测序，并在此基础上对个体或群体进⾏差异性分析。

从概念上来看两者的区别在于de nove测序是对没有参考基因组的物种进⾏测序，⽽重测序是对已有基因组的物种进⾏测序，这只是它们区别很⼩的⼀部分。

从原理上来看de nove测序和重测序最根本的区别在于de nove测序需要对测序得到的Reads进⾏拼接组装，⽽重测序得到的数据则是没有组装的短的Reads序列。

值得注意的是，随着测序成本的降低以及组装算法的改进,de nove测序成本越来越低，⽬前来说de nove测序不只对于没有参考基因组物种进⾏测序，还可以对⼀些特有的亚种、品种以及变种等进⾏测序。

3Reads Conting Scaffold概念Reads：即我们通常说的读长的意思，它是指⾼通量测序平台直接产⽣的DNA序列。

Contig：是指Reads基于Overlap关系，拼接获得的长的序列；Scaffold：是指将获得的Contig根据⼤⽚段⽂库的Pair-end关系，将Contig进⼀步组装成更长的序列；关于三者之间的关系如图2所⽰，注意的是Contig是⽆Gap的连续的DNA序列，⽽Scaffold是存在Gap的DNA序列。

常用生物软件大汇总

常用生物软件大汇总生物软件在现代生命科学研究和应用领域具有重要的作用。

它们可以用来处理和分析基因组数据、蛋白质结构数据、生物图像数据等，以帮助研究人员理解生物学问题。

以下是一些常用的生物软件的大致分类和简要说明。

1.序列分析软件序列分析软件主要用于处理和分析DNA、RNA和蛋白质序列数据。

常见的软件包括BLAST、Clustal Omega、MAFFT、MUSCLE等。

这些软件可以用于序列比对、物种演化分析、构建系统发育树等。

2.基因组分析软件基因组分析软件用于处理和分析整个基因组的数据。

例如，基因组装软件如SOAPdenovo、Velvet等，可以将高通量测序数据拼接成完整的基因组序列。

此外，基因注释软件如GATK、Ensembl Genome Browser等可以帮助鉴定基因的功能和变异。

3.蛋白质结构预测软件蛋白质结构预测软件可以通过蛋白质序列预测其三维结构。

常见的软件包括I-TASSER、SWISS-MODEL、ROSETTA等。

这些软件可以通过模拟和比对已知的蛋白质结构来预测目标蛋白质的结构，有助于理解蛋白质功能和相互作用。

4.生物图像分析软件生物图像分析软件用于处理和分析生物图像数据，如细胞、组织或生物标记物的图像。

常见的软件包括ImageJ、CellProfiler、FIJI等。

这些软件可以用于定量分析细胞形态、计算数量和测量各种生物学参数。

5.生物网络分析软件生物网络分析软件用于分析和可视化基因、蛋白质或代谢产物的相互作用网络。

常见的软件包括Cytoscape、STRING、GeneMANIA等。

这些软件可以帮助研究人员识别关键基因或蛋白质，理解生物网络的结构和功能。

6.转录组分析软件转录组分析软件用于处理和分析高通量转录组数据，如RNA-Seq数据。

常见的软件包括DESeq2、edgeR、Cufflinks等。

这些软件可以帮助鉴定差异表达基因、富集通路和功能，以及理解基因调控网络。

常用生物信息学软件介绍

常用生物学软件简介1. Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件，除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外，还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能： a) 已知一个PCR引物的序列，搜寻和设计另一个引物的序列。

b) 按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物。

c) 对环型DNA片段，设计反向PCR引物。

d) 设计多重PCR引物。

e) 为LCR反应设计探针，以检测某个突变是否出现。

f) 分析和评价用其他途径设计的引物是否合理。

g) 同源序列查找，并根据同源区设计引物。

h) 增强了的引物/探针搜寻手段。

设计引物过程中，可以“Lock”每个参数，如Tm 值范围和引物3’端的稳定性等。

i) 以多种形式存储结果；支持多用户，每个用户可保存自己的特殊设置。

网址：/2． Vector NTI Suite是一套功能最全，而且界面最美观，最友好的分子生物学应用软件包。

主要包括四个大型软件，它们分别可以对DNA、RNA、蛋白质分子进行各种分析和操作。

Vector⑴ NTI：作为Vector NTI Suite的核心组成部分，它可以在生物研究的全过程中提供数据组织和序列编辑的软件支持。

Vector NTI 是以一种窗口形式，且支持项目组织的数据库来完成这一功能的；通过这个数据库，可以保存和组织大部分的实验数据，比如：基因结构、载体、序列片断、引物、蛋白质、多肽、电泳Markers和限制性内切酶等。

实际上，该数据库还支持对Vector NTI Suite 中各种小型的绘图和结果展示工具的管理。

Vector NTI 可以按照用户要求设计克隆策略。

用户只需提供克隆载体，外源片断序列，明确载体克隆的大致位置或酶切位点，其它工作由软件完成。

设计结果以图文形式输出到屏幕；最后根据客户定制的条件进行模拟电泳。

Vector NTI 还具有强大的设计和评估PCR引物、测序引物和杂交探针功能。

BioPlot⑵：BioPlot是一个对蛋白质和核酸序列进行各种理化特性分析的综合性工具，它是一种方便的桌面程序。

常用分子生物学软件(二)

常用分子生物学软件（二）引言概述：随着分子生物学研究的不断深入，分析和处理分子生物学数据的需求日益增长。

为了满足这一需求，许多常用的分子生物学软件被广泛应用于实验室和研究机构中。

本文将介绍一些常用的分子生物学软件，以帮助研究人员更好地理解和应用这些工具进行数据分析和实验设计。

正文：1. 序列分析软件1.1 BLAST：用于快速比对蛋白质或核酸序列，帮助确认其他物种中是否存在与查询序列相似的序列。

1.2 ClustalW：用于多序列比对分析，可以对多个序列进行比较，并生成比对结果。

2. 基因表达和调控软件2.1 DESeq2：用于差异表达分析，可以识别和分析基因在不同样本或条件下的表达差异。

2.2 MEME：用于寻找和分析DNA、RNA或蛋白质序列中的共同模otif，帮助识别某些转录因子的结合位点。

3. 蛋白质结构预测软件3.1 SWISS-MODEL：基于比对分析和模板结构预测，可以预测目标蛋白质的三维结构。

3.2 Phyre2：利用比对、结构推理和模板模拟方法，用于蛋白质序列到结构的预测。

4. 分子模拟软件4.1 GROMACS：用于分子动力学模拟的软件套件，可以模拟蛋白质、核酸和膜蛋白等生物分子的运动和相互作用情况。

4.2 AMBER：常用的分子模拟软件，用于模拟和分析生物大分子的结构、动力学和能量。

5. 生物网络分析软件5.1 Cytoscape：用于构建和分析复杂网络的开源软件平台，尤其适用于生物学领域中的生物网络分析。

5.2 STRING：用于生物网络分析和预测蛋白质相互作用的在线工具，可以帮助解析基因或蛋白质之间的关系网络。

总结：本文介绍了常用的分子生物学软件，包括序列分析、基因表达和调控、蛋白质结构预测、分子模拟和生物网络分析等方面的工具。

这些软件的使用可以帮助研究人员更好地理解、分析和解释分子生物学数据，促进科学研究的进展和创新。

常用生物软件(软件及引物设计总结)

质粒作图
Gene Construction Kit WinPlas 2.7 Plasmid Premier2.02 Plasmid Toolkit
5、结构域(motif)查找
推荐软件：Primer Premier 5.0 Primer Premier 5.0的结构域查找功能与它的引物设计一样强，结果能以图形、表格、序列三种方式输出。同时还提供了一些未知的结构域的列表；当然软件本身也提供了大量的已知结构域的序列。
引物二级结构
引物3’端
3’端的连续3个G 或C ，如GGG或CCC，会导致引物在G+C富集序列区错误引发
单击此处添加小标题
引物3’端的碱基一般不用A（3’端碱基序列最好是G、C、CG、GC）。另外引物间3’端的互补、二聚体或发夹结构也可能导致PCR反应失败。
单击此处添加小标题
引物的延伸从3’端开始，因此3’端的几个碱基与模板DNA均需严格配对，不能进行任何修饰，否则不能进行有效的延伸，甚至导致PCR扩增完全失败。
03
DNASIS
04
DNATools
05
DNAclub
06
Jellyfish
07
Omiga
08
Vector NTI Suite
09
（Bioxm）
10
三、应用实例 -----------PCR引物设计及相关软件使用
→
←
Sense primer
Antisense primer
选择模板序列保守区域
1、引物设计原则
9、电泳图谱分析
推荐软件：band leader 3.0
提供处理DNA或蛋白分子凝胶电泳图象和从凝胶电泳图象获得相关数据的工具。它可以对电泳图谱进行半定量分析，识别扫描得到的WINDOWS图象格式 .BMP，是一个难得的好软件。

常用生物软件大汇总(精)

常用生物软件大汇总(精)生物软件是生物信息学领域的重要支撑，在研究生物学的相关问题时，我们可以借助生物软件来辅助我们完成分析、解析数据。

在生物信息学研究中，许多问题都需要使用相应的生物软件来解决。

为此，我们汇总了一些常用的生物软件，从基础的序列分析、序列比对、结构分析到系统进化学等多个方面，供广大生物学者参考。

基础序列分析1. BLASTBLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是由美国国立卫生研究院（National Institutes of Health，NIH）开发的一种基于比对的序列搜索程序，可用于比对、搜索和分析生物序列数据库。

可以通过输入一个序列，自动在数据库中快速搜索与之相似的序列。

BLAST广泛应用于基因注释、功能预测、系统进化等领域。

2. Clustal OmegaClustal Omega是一款用于多序列比对的开源软件，它采用了无穷大距离算法和HMM（Hidden Markov Models）对齐技术，能够同时比对多个序列。

该软件具有高效性、准确性、易用性等特点。

序列比对1. MAFFTMAFFT（Multiple Alignment using Fast Fourier Transform）是一款用于序列比对的软件，它为几个序列比对提供一致性方法，具有很高的速度和准确性。

2. MUSCLEMUSCLE（Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation）是一种用于多序列比对的软件，具有高效、快速和准确的特点。

它通常比其他常用比对软件比对效果更好。

序列分析1. BiopythonBiopython是一款广泛使用的开源软件，它提供了一系列功能模块，用于生物学序列分析、序列搜索、序列比对等任务，支持多种文件格式，包括FASTA、GenBank、SwissProt等。

同时，Biopython还支持常用的生物信息学操作，比如生物序列翻译、基因组注释、进化分析等。

常用生物软件大汇总

常用生物软件大汇总生物软件是指由计算机技术应用于生物学研究的软件工具。

随着生物学研究的深入，生物软件层出不穷，涵盖了生物信息学、分子建模、基因组学、蛋白质研究、系统生物学等多个领域。

下面是一份常用生物软件的大汇总。

1.生物信息学软件：-BLAST：用于比对核酸或蛋白质序列的工具，常用于序列相似性分析和序列注释。

- ClustalW：用于多序列比对的软件，可以研究序列间的保守性和变异性。

-MEGA：用于分子进化分析的软件，可以构建进化树和进行序列比对。

-EMBOSS：一个开源的生物信息学软件套件，提供了一系列分析工具，如序列比对、序列注释、基因预测等。

-GROMACS：广泛应用于分子动力学模拟的软件，用于研究蛋白质和其他生物大分子的结构和动力学性质。

2.基因组学软件：- UCSC Genome Browser：用于浏览和分析基因组数据的工具，提供了丰富的基因组注释信息和功能预测。

- Ensembl：一个集成了多个物种基因组数据和功能注释的数据库，针对多物种基因组比对和注释提供了丰富的工具。

- TopHat和Cufflinks：用于RNA-Seq数据分析的工具，可以进行基因表达量估计和剪接变异分析。

- NCBI GenBank和EMBL：两个常用的基因序列数据库，包含了大量基因组和蛋白质序列数据。

3.蛋白质研究软件：-PyMOL：一个用于可视化蛋白质结构的工具，可以进行蛋白质结构的可视化、分析和交互式操作。

- Rosetta：用于蛋白质结构预测和蛋白质折叠研究的软件，可以通过模拟和优化预测蛋白质的三维结构。

- Swiss-model：一个用于模拟蛋白质结构的工具，可以根据已知的蛋白质结构进行模拟和预测。

-PDB：以蛋白质结构为基础的数据库，提供了大量已知的蛋白质结构数据。

4.系统生物学软件：- Cytoscape：用于生物网络分析的工具，可以可视化和分析蛋白质-蛋白质相互作用网络、基因调控网络等。

-MATLAB和R：两个常用的统计和计算工具，可以用于生物网络建模、模拟和数据分析。

医学术语解释denovo

医学术语解释denovo
嘿，你知道“denovo”吗？这可真是个有意思的医学术语呢！咱就说啊，它就像是一把解开医学谜题的小钥匙。

比如说，当医生们在探讨
一个新出现的病症，或者是在研究一种全新的治疗方法的时候，“denovo”这个词就可能会冒出来啦！
你想想看，就好像你在一片未知的森林里探险，突然发现了一条以
前从未见过的小路，那多新奇呀！“denovo”就是这样，代表着全新的、从头开始的意思。

好比一个新生的婴儿，一切都是崭新的，充满了未
知和希望。

我记得有一次，我和医生朋友聊天，他就提到了“denovo”。

他说在
研究一种罕见病的时候，发现了一个全新的基因突变，那就是“denovo”的呀！这就好像是在茫茫人海中突然发现了一个独特的存在，多让人
兴奋啊！“哎呀，这可真是太神奇了，不是吗？”他当时那激动的样子，我现在都还记得呢。

还有啊，在药物研发领域，“denovo”也有着重要的地位呢。

研究人
员们努力寻找新的化合物，试图创造出全新的药物，这也是“denovo”的体现呀！这就如同是在搭建一座全新的大厦，一砖一瓦都是全新的，
多有成就感啊！
在医学的世界里，“denovo”就像是一颗闪耀的星星，指引着人们不断探索新的领域，发现新的可能。

它让我们知道，医学的道路是没有尽头的，总是有新的东西等待我们去挖掘。

所以啊，“denovo”真的是超级重要的医学术语呢！它让我们对医学的奥秘充满了好奇和探索的欲望，不是吗？。