图位克隆原理
图位克隆的原理及应用
图位克隆的原理及应用引言图位克隆技术是一种基于图像处理和计算机视觉的方法，用于从给定的源图像中提取目标物体，并将其精确地复制到另一个图像中的指定位置。
该技术可以广泛应用于虚拟现实、计算机游戏、视频编辑等领域。
本文将介绍图位克隆的原理以及其应用。
一、图位克隆的原理图位克隆的原理基于像素级的操作，主要包括以下几个步骤：1. 源图像选择首先，需要选择一个源图像作为克隆的参考。
源图像应包含要复制的目标物体，并尽量与目标图像的背景相似。
2. 目标物体的提取接下来，需要使用图像分割算法从源图像中提取出目标物体。
图像分割算法可以基于阈值、边缘检测、颜色空间等进行，其目的是将目标物体与背景分离。
3. 特征点匹配在目标物体提取后，需要对源图像和目标图像进行特征点检测，并进行匹配。
特征点可以是角点、边缘点或其他具有唯一性的点，用于确定两个图像之间的对应关系。
4. 变换参数计算通过特征点匹配，可以得到源图像和目标图像之间的变换关系。
根据这些对应关系，可以计算得到变换矩阵，用于将源图像中的目标物体变换到目标图像中。
5. 图像融合最后，将变换后的目标物体与目标图像进行融合。
图像融合可以通过像素级别的操作，如颜色插值、像素加权平均等方法实现。
二、图位克隆的应用图位克隆技术具有广泛的应用前景，在以下领域得到了广泛的应用：1. 虚拟现实图位克隆可以用于虚拟现实中的互动体验。
通过将用户的身体动作与克隆的虚拟物体进行匹配，可以实现与虚拟物体的互动效果，提供更加逼真的虚拟现实体验。
2. 计算机游戏在计算机游戏中，图位克隆可以用于创建更加真实的游戏场景。
通过克隆和复制游戏中的物体，可以提高游戏的真实感和交互性，增强玩家的沉浸感。
3. 视频编辑图位克隆可以用于视频编辑中的特效制作。
通过将克隆的对象嵌入到不同的视频场景中，可以创造出令人惊艳的特效效果，提高视频的观赏性和吸引力。
4. 图像修复对于损坏或缺失的图像部分，可以使用图位克隆技术进行修复。
图位克隆原理
图位克隆原理图位克隆是一种常见的克隆方法，它是通过将一个基因的DNA片段插入到另一个DNA分子中，从而产生克隆DNA分子的过程。
图位克隆在分子生物学和基因工程领域有着广泛的应用，能够帮助科学家们研究和改造基因，为生物学研究和生物技术的发展提供了重要的工具。
图位克隆的原理可以分为以下几个步骤：首先，选择合适的DNA载体。
DNA载体是一种能够携带外源DNA片段并将其导入宿主细胞的DNA分子，常见的DNA载体包括质粒和噬菌体。
在图位克隆中，科学家们需要选择适合自己研究目的的DNA载体，并对其进行相应的改造和处理。
其次，将外源DNA片段插入到DNA载体中。
这一步通常通过限制性内切酶酶切和连接酶连接的方法来实现。
科学家们首先使用限制性内切酶在外源DNA片段和DNA载体上各自切割出特定的末端序列，然后利用连接酶将它们连接在一起，形成重组的DNA分子。
接着，将重组的DNA分子导入到宿主细胞中。
这一步通常通过转化或转染的方法来实现。
在转化中，重组的DNA分子被导入到细菌等单细胞生物的细胞内，而在转染中，重组的DNA分子被导入到真核细胞内。
最后，筛选和鉴定克隆DNA分子。
科学家们需要利用适当的筛选方法来筛选出携带了目标DNA片段的克隆DNA分子，然后通过测序等手段来鉴定克隆DNA分子的结构和序列。
图位克隆原理的实现需要科学家们熟练掌握分子生物学实验技术，并且需要在实验过程中严格控制各种条件，以确保克隆DNA分子的准确性和稳定性。
图位克隆技术的发展为基因工程和生物技术的研究提供了重要的支持，也为疾病治疗和农业生产等领域带来了许多新的可能性。
总的来说，图位克隆原理是一种重要的分子生物学技术，它通过将外源DNA片段插入到DNA载体中，然后导入到宿主细胞中，最终实现了DNA分子的克隆。
图位克隆技术的应用范围广泛，为生物学研究和生物技术的发展提供了重要的支持，也为人类社会的发展带来了许多新的机遇和挑战。
图位克隆-李金伟.
李金伟
2012215423
无论头上是怎样的天空，我准备承受任何风暴。
内容简要
1
图位克隆技术的基本原理 图位克隆的一般步骤（考研）
图位克隆在植物基因分离中的应用 图位克隆的现状和前景
2
3
4
图位克隆技术的基本原理
图位克隆(Map - based cloning) 又称定位克隆(positional cloning) , 1986 年 首先由剑桥大学的Alancoulson 提出，是近几年 来随着各种植物的分子标记图谱相继建立而发展 起来的一种行的基因克隆的一种方法
图位克隆的一般步骤
最为常用的分子 标记
SSLPs
SSLP是基于PCR的分 子标记，检测比较直接 ，只需要通过设计引物 便可检测鉴定的SSLP标 记
SNPs
SNPs标记的检测也比 较直接，它是不同生态 型之间基因组中的单个 核苷酸的差别，这些差 别的核苷酸通常位于不 编码区域，常见的检测 SNPs标记的方法主要是 剪切扩增多态性序பைடு நூலகம்（ CAPS），它是基于PCR的
侧翼分子 标记
混合样 品作图
指在准确鉴定目的基因表型（单基因控制的隐性突变 ）的基础上，把大群体中单株突变体分成若干组，以 组为单位提取DNA，形成一个混合的DNA池进行分析， 根据所有池中分子标记与目的基因发生的重组数来确 定与目的基因连锁最紧密的分子标记及目的基因附近 所有分子标记的顺序
图位克隆的一般步骤
图位克隆的一般步骤
2.4目的基因的筛选和鉴定 2.4.1目的基因的筛选
筛选和鉴定目的基因是图位克隆技术的最后一个关键环 节。当一旦找到与目的基因紧密连锁的分子标记并鉴定出分 子标记所在的大片段克隆后，就可以利用该克隆为探针进行 染色体步移，逐渐靠近目的基因。
植物基因的图位克隆
植物基因的图位克隆关键词：植物基因、图位克隆、基因功能、实验流程、挑战与解决方案引言随着生物技术的不断发展，对植物基因功能的研究已成为农业、生态学等领域的重要课题。
图位克隆技术作为一种前沿的基因克隆方法，已在许多植物基因的研究中发挥重要作用。
本文将详细介绍植物基因图位克隆的技术原理、应用及面临的挑战和解决方案。
主体部分一、植物基因图位克隆的技术原理和应用植物基因图位克隆是一种基于基因组图谱的基因克隆技术，其基本原理是在基因组图谱中找到与目标基因相关的DNA片段，然后通过分子生物学方法克隆出该基因。
该技术在植物基因功能研究中的应用主要体现在以下几个方面：1、揭示基因与表型特征之间的关系：通过图位克隆技术，科学家们可以克隆出与特定表型特征相关的基因，进而研究其功能和作用机制。
2、发掘抗逆基因资源：植物在逆境条件下常常表现出独特的适应性，图位克隆技术可以帮助我们克隆这些抗逆基因，为作物改良提供宝贵资源。
3、解析植物发育过程中的关键基因：通过图位克隆技术，可以克隆出植物发育过程中发挥关键作用的基因，深入研究其调控网络和作用机制。
二、植物基因图位克隆的实验流程和操作植物基因图位克隆的实验流程包括以下几个主要步骤：1、样本采集：根据研究目标和实验需求，采集不同类型和不同发育阶段的植物组织样本。
2、基因的筛选：利用生物信息学方法和基因组图谱，筛选出与目标表型特征或生理特性相关的候选基因。
3、定位分析：对候选基因进行定位，可以通过比较基因组序列、染色体构象信息等手段，确定目标基因在染色体上的位置。
4、基因克隆：根据定位结果，设计特异性引物，采用PCR等分子生物学方法，克隆出目标基因的完整序列。
5、功能验证：通过转录组分析、蛋白表达及互作等实验手段，验证目标基因的功能及其在植物生长发育和抗逆过程中的作用。
三、植物基因图位克隆的挑战和解决方案尽管植物基因图位克隆技术已取得许多突破性成果，但在实际应用中仍面临一些挑战，如基因表达水平低、基因组规模大等。
植物基因分离的图位克隆技术
有转 座子 示 踪 法 、 机 实 变体 筛 选 法 和 图位 克隆 法 。其 随
中 ． 座 子 示 踪 法 中 的 转 座 子 受 其 种 类 、 性 和 数 量 的 转 活
制约 ， 随机 突 变体 筛 选 法 随机 性 较大 且 不 能控 制 其失 活
基 因的种 类 和 数量 ， 限制 了其 应用 。 较 而言 ， 也 比 图位 克 隆 技 术 随 着 相 关 配 套 技 术 的 日 渐 成 熟 ， 成 为 分 离 基 因 已 的 常 规 方 法 ｔ 在 分 离 不 同 的 植 物 发 育 基 因 中 得 到 了 广 并 泛 的 应 用 。 本 文 对 图 位 克 隆 技 术 的 原 理 、 本 技 术 环 节 基 及 应用 作 一 介绍 ｌ 围位 克 隆技 术 的原 理 图 位 克 隆 技 术 叉 称 为 定 位 克 隆 技 术 ， 近 几 年 来 随 是 着 各 种植 物 的 分 子 标 记 图谱 相 继 建 立 而发 展 起 来 的 １ 种 新 的 基 因 克 隆 技 术 ； 是 根 据 目 的 基 因 在 染 色 体 上 的 它 位 置 进 行 基 因 克 隆 的 １种 方 法 ， 利 用 分 子 标 记 技 术 对 在 目 的 基 因 进 行 精 确 定 位 的基 础 上 ， 用 与 目 的 基 因 紧 密 使 连 锁 的 分 子 标 记 筛 选 ＤＮＡ 文 库 ， 而 构 建 目 的 基 因 区 从 域 的 物 理 图 谱 ， 利 用 此 物 理 图谱 通 过 染 色 体 步 行 逼 近 再 目 的基 因或 通 过 染 色 体 登 黯 的 方 法 最终 找 到包 含 该 目 的基 因 的克 隆 ， 后 通过 遗 传转 化 和 功 能 互 补验 证最 终 最 确 定 目的基 因 的碱 基 序列 。 ２ 围位 克 隆 的技 术 环节 ２ １ 筛选 与 目 的基 因紧 密 连锁 的分子 标 记 ． 筛选 与 目 的 基 因 连 锁 的 分 子 标 记 是 图 位 克 隆 技 术 的 关 键 ， 用 的 常 分 子 标 记 有 Ｒ Ｐ标 记 、 ＦＬ ＲＡＰ 标 记 、 卫 星 标 记 和 Ｄ 微 ＡＦ Ｐ 标 记 等 。 在 已 有 几 十 种 技 术 可 用 于 分 子 标 记 的 Ｌ 现 筛 选 ， 着 分 子 标 记 技 术 的 发 展 ， 些 植 物 的 遗 传 图 谱 随 一 构 建 和 比 较 基 因 组 的 研 究 也 为 分 子 标 记 的 筛 选 提 供 了 有 益 的 借 鉴 。 用 这 些 分 子 标 记 技 术 结 台 使 用 近 等 基 因 利
拟南芥基因的图位克隆技术
筛选突变体 Landsberg野生型 确定突变体是否是单基因突变及显隐性
突变体筛选
col0
诱变
繁种 淘汰致死突变和不能繁殖突变
处理
×
基因图位克隆
a
a
A
A
×
Col-0突变体
Landsberg野生型
F1
a
A
×
1 2 3 4 5
1 2 3 4 5
a
A
a
A
A
A
a
a
F2
粗定位
在大多数情况下，用于杂交的突变体植株是作为父本还是母本是没有关系的。
图位克隆也有其自身的局限性，在某些情况下，就很难或者不能通过图位克隆技术来定位基因
一个给定的性状是由不止一个的基因位点控制的
表观（上位）遗传突变:一个基因在表达和功能上的可遗传改变，而不涉及DNA序列的改变，这是图位克隆工程中又一个可能的复杂情况
染色体上位点的物理和遗传距离的比值变化是比较小的，对作图的分辨率也只有较小的影响,1%重组的遗传距离相当于100--400 Kb的物理距离，平均是250 Kb。然而着丝粒区域是一个显著的例外，在这里1%重组的遗传距离相当于1000--2500 Kb。
SSLP：简单序列长度多态是基于PCR的分子标记，在拟南芥基因组中有较多分布（在Col和Ler两个生态型中，每1000bp有4—11个不同的序列），而且是共显性的，它的检测非常直接，需要设计引物来检测假定的SSLP标记
SNP：单核苷酸多态性，它是拟南芥不同生态型之间基因组中的单个核苷酸的差别，这些差别的核苷酸通常位于不编码区域。 最常见的用于检测SNP标记的方法主要是剪切（酶解）扩增多态性序列（CAPS） ，它也是基于PCR的。
图位克隆的基本原理和方法
r/r
R/R
P1 纯合突变体
×
P2 ZS97
F1
R/r
F2
R/R
R/r
r/r
primary mapping method
Bulked Segregment Analysis：群组分离分析法。原理是将分 离群体(F2、BC1等)中的个体依据研究的目标性状(如抗病、 感病)分成两组，每一组取样8-15份，在每一组群体中将各个 体DNA等量（等浓度等体积）混合，形成两个DNA池(如抗 病池和感病池)。同时需要构建两个亲本（ZH11/ZS97）的 BSA池。由于分组时仅对目标性状进行选择，因此两个池间 理论上就应主要在目标基因区段存在差异。
精细定位
• 扩大群体，进行精细定位
Complementation test
找到候选基因后可对候选基因进行分析以排除非目标基因， 可以通过比较扩增，测序，表达量检测及目标性状相关的 生化和生理途径等方法来排除。当然最后要说明问题的话 就是构建互补载体做一个互补验证。
将构建的BSA池分别用本室的255对在亲本ZH11/ZS97间存在多态性的SSR标 记进行PCR扩增，经过跑PAGE胶找到与目标性状紧密连锁的标记。
HL15(M )
HL15(W ) ZS97
ZH11
HL15(M ) HL15(W ) ZS97
ZH11
HL15(M) HL15(W) HY5(M) HY5(W) HY3(M) HY3(W) HY2(M) HY2(W) HY1(M) HY1(W) ZS97 ZH11
图位克隆的基本原 理和方法
何宗顺 2011.12.7
图位克隆的基本原理
其基本的原理是： 功能基因在基因组中都有相对较稳定的基因座，通过找到 与目标性状紧密连锁的分子标记，在利用分子标记技术对 目的基因精细定位的基础上，由于水稻全基因组序列的发 布，我们可以得到已定位区段的候选基因，通过对候选基 因进行分析，确定目标基因，最后经遗传转化试验证实目 的基因功能。
图位克隆原理
图位克隆原理
图位克隆原理是一种基于图像处理技术的方法，用于复制一张图像的特定区域，并将其粘贴到同一图像的不同位置上，以达到无缝衔接的效果。
该方法主要包括以下步骤：
1. 选择源图像：首先在原始图像中选择一个作为源的区域。
这个区域可以是任何大小或形状，通常是具有特定特征或感兴趣区域。
2. 复制源区域：复制源区域的像素信息，并将其存储在一个缓冲区中，以备后续使用。
3. 选择目标区域：选择一个与源区域大小相同的目标区域，并将其作为复制源区域的粘贴目标。
目标区域通常是图像的其他位置，但也可以是同一图像中的另一张图像。
4. 匹配源区域和目标区域：使用图像处理算法（如相似度匹配或特征提取）来确定源区域和目标区域之间的最佳匹配。
这可以通过比较像素的灰度值、纹理等特征来实现。
5. 复制像素：将源区域的像素逐一复制到目标区域中，以实现克隆效果。
复制像素时，可以根据像素的位置和颜色信息进行微调，以确保与目标区域的周围像素无缝衔接。
6. 后处理：根据需要，可以进行一些后处理操作来进一步改进克隆效果，比如调整亮度、对比度、色彩饱和度等。
通过以上步骤，图位克隆可以实现在同一图像上复制和粘贴不同区域，从而实现图像的修复、合成和增强等应用。
在实际应用中，还可以通过使用更先进的图像处理算法和技术来改进克隆效果，并实现更高质量的图像操作。
3作物数量性状基因图位克隆研究进展
作物数量性状基因图位克隆研究进展作物许多重要农艺性状，如产量、品质、生育期等均属于数量性状，对控制数量性状的基因 (Quantitative trait loci,QTL) 开展研究已成为现代遗传学的热点之一。
QTL 的鉴定和克隆不仅有利于从分子水平上阐明这些性状的发育和形成机理，而且对于有效开展数量性状分子育种，进一步提高作物品种的产量、品质和抗性水平具有重要意义。
近年来，作物数量性状基因克隆取得了重要突破，一批控制复杂农艺性状的 QTL 已被成功分离。
随着植物基因组研究的日益广泛和深入，作物 QTL 的图位克隆技术将有新的发展。
1 数量性状基因克隆基本思路数量性状由多基因控制，并受环境条件影响，其表型变异是连续的，一般只能通过统计分析方法来确定其遗传座位。
从本质上看，QTL 的定位研究只是以一定概率标准说明在基因组的某些区段可能存在影响某个数量性状的 QTL，至于这些 QTL 包含多少个基因，包含什么基因，以及它们如何作用于目标性状，则需通过遗传学的方法进一步去鉴定。
在遗传上，QTL 与控制质量性状的基因是一样的，都能够通过遗传重组进行分离，差异只是在遗传效应大小方面，而且同一座位既是一个 QTL，也可能是一个主基因，这取决于所考察的等位基因。
因此，QTL 克隆的基本思路与控制质量性状的主基因是相似的，即首先将初步定位的 QTL 界定到一个很小的基因组区域，然后提名候选基因，进行序列分析，最后进行功能验证。
由于一个数量性状的分离通常由多个 QTL 共同决定，每一个的贡献较小，且这些 QTL 常常紧密连锁在一起，因此 QTL克隆的关键问题是如何将控制所研究性状的多个 QTL 分解为单个孟德尔因子。
近年来在水稻、玉米和番茄上进行的 QTL 分离和克隆的开创性工作，为解决这一问题提供了有效途径和具体方法。
2 作物数量性状基因图位克隆进展2.1 已被成功克隆的作物 QTL目前已报道被成功克隆的作物 QTL 有9个(表1)。
文档图位克隆原理及应用
位克隆技术的原理及其在分离玉米基因中的应用刘朝显2010.11.3 2 内容摘要图位克隆技术的基本原理1 图位克隆的技术环节 2 图位克隆在分离玉米基因中的应用 3 一. 图位克隆技术的基本原理 1. 图位克隆（Map-based cloning）: 定位克隆（position cloning）,1986 年首先由剑桥大学的Alan coulson 提出。
正常遗传学 2. 基本原理：根据功能基因在基因组中都有相对较稳定的基因座，在利用分子标记技术对目的基因精细定位的基础上，用与目的基因紧密连锁的分子标记筛选DNA文库，通过染色体步移(chromosome walking)逼近目的基因或通过染色体登陆(chromosome landing)方法最后找到包含有该目的基因的克隆，最后经遗传转化试验证实目的基因功能。
3 3. 图位克隆技术的优越性与局限性优点：不需要事先了解目的基因的表达产物，这为克隆许多有重要经济价值的农作物基因提供了有效的手段，因为这些基因的产物大多都是未知的。
缺点：基因组中的重复序列导致染色体步移困难，甚至将步移引入歧途。
4 一. 图位克隆技术的基本原理 4. 图位克隆示意图 5 一. 图位克隆技术的基本原理M1 M2 Gene 连锁标记的筛选M1 M2 Gene 初定位M3 M2 Gene 精细定位M3 M4 M5 M6 M7 M8 合成探针筛选基因组文库转基因功能验证BSA，NIL 300左右5000左右二. 图位克隆的技术环节 6 1.定位群体的构建⑴亲本选择原则:选择高度纯合，遗传差异大，DNA多态性丰富的亲本（实现基因精细定位的重要前提）可选用多个亲本进行多态性筛选⑵定位群体的组配：基因的定位是基于分离后代中交换单株出现的频率大小而实现的，因此组配一个遗传信息多群体大小适中的分离群体尤其重要。
BC1,F2 非永久性群体群体类型RIL,DH，NIL 永久性群体 2. 初定位(玉米：100-350株) 近等基因系（near-isogenic line,NIL ）法: 近等基因系是指几乎仅在目标性状上存在差异的两种基因型个体, 这可通过连续回交的途径获得。
图位克隆的基本原理和方法-PPT课件
将构建的BSA池分别用本室的255对在亲本ZH11/ZS97间存在多态性的SSR标 记进行PCR扩增，经过跑PAGE胶找到与目标性状紧密连锁的标记。
8
HL15(M )
HL15(W ) ZS97
ZH11
HL15(M ) HL15(W ) ZS97
ZH11
HL15(M) HL15(W) HY5(M) HY5(W) HY3(M) HY3(W) HY2(M) HY2(W) HY1(M) HY1(W) ZS97 ZH11
找到紧密连锁的分子标记之后我们就要进行一个“阳性”检测： 即检测这个找到的分子标记是不是真正的与目标性状连锁。 我们对F2代群体中随机选取一个200左右的小群体，将找到的分 子标记分别扩增这些样，看表型与基因型是否对应。 同时我们可以用这个小群体进行一个初步的基因定位。
9
一. 表型观察
Fine mapping
4
作图群体
将纯合突变体与ZS97进行杂交，对杂交的种子进行基 因型鉴定，找到杂合型种子（即种子能够发生分离）， 将杂合F1代种子种下去后就能得到F2代群体。
5
r/r
R/R
P1 纯合突变体
×
P2 ZS97
F1
R/r
F2
R/R
R/r
r/r
6
primary mapping method
Bulked Segregment Analysis：群组分离分析法。原理是将分 离群体(F2、BC1等)中的个体依据研究的目标性状(如抗病、 感病)分成两组，每一组取样8-15份，在每一组群体中将各个 体DNA等量（等浓度等体积）混合，形成两个DNA池(如抗 病池和感病池)。同时需要构建两个亲本（ZH11/ZS97）的 BSA池。由于分组时仅对目标性状进行选择，因此两个池间 理论上就应主要在目标基因区段存在差异。
图位克隆的基本原理和方法1
交换有两种带型：H和B
单株 1 M1 M2 M3 M4 M5
2
3
4
5
6
7
8
9
10
H H
A A A
A A
A H H
A A
A A H
B BA A AH AA A AA A
A B B
A A
A H B
A A
A H H
A A
A A B
B A
A A A
基因和表型相对应！
开发新的标记：
新的SSR标记： /modules/redbtools/ssrscan.php， 运行SSRScan就会得到该段序列的简单重复序列。
中输入定位区间的物理位置，即可显示出候选基因。
精细定位
• 扩大群体，进行精细定位
Complementation test
找到候选基因后可对候选基因进行分析以排除非目标基因， 可以通过比较扩增，测序，表达量检测及目标性状相关的
生化和生理途径等方法来排除。当然最后要说明问题的话
就是构建互补载体做一个互补验证。
Trait
Qualitative traits Quantitative traits
method
bulked segregment analysis whole-genome QTL screen
Mapping population
F2、BC1 RIL、 DH 、NIL
作图群体
将纯合突变体与ZS97进行杂交，对杂交的种子进行基 因型鉴定，找到杂合型种子（即种子能够发生分离）， 将杂合F1代种子种下去后就能得到F2代群体。
InDel/Caps标记：将要开发标记的日本晴区段序列与93-11做一个 blast，选取插入或者缺失比较大的位点设计引物。
图位克隆原理
图位克隆原理图位克隆（Positional Cloning）是一种重要的分子生物学技术，它是通过对特定基因的物理位置进行定位，从而实现对该基因的克隆和研究。
图位克隆技术的原理是基于遗传连锁和物理定位相结合的方法，可以帮助科学家们找到与特定性状或疾病相关的基因。
在图位克隆的过程中，首先需要通过遗传连锁分析确定目标基因的大致位置，然后利用物理定位技术进一步缩小目标基因的范围，最终实现对目标基因的克隆。
下面将详细介绍图位克隆的原理和步骤。
1. 遗传连锁分析。
遗传连锁分析是通过观察不同基因之间的遗传连锁关系，确定目标基因在染色体上的大致位置。
这一步骤通常利用家系分析和连锁图谱构建等方法，确定目标基因与已知标记基因之间的遗传距离和连锁关系。
通过这一步骤，可以初步确定目标基因所在的染色体和染色体区域。
2. 物理定位技术。
物理定位技术是利用分子标记和染色体显微操作等方法，对目标基因进行更精确的定位。
这一步骤通常利用分子标记的特异性杂交和染色体行为的特征等，进一步缩小目标基因的范围，最终确定目标基因的具体位置。
物理定位技术的发展使得科学家们能够更加精确地定位和克隆目标基因。
3. 克隆目标基因。
通过遗传连锁分析和物理定位技术，科学家们可以确定目标基因的大致位置和具体范围，从而利用克隆技术对目标基因进行克隆。
克隆技术通常包括构建基因文库、筛选目标基因、进行测序和功能分析等步骤，最终实现对目标基因的克隆和研究。
总结。
图位克隆技术是一种重要的分子生物学技术，它通过遗传连锁分析和物理定位技术，实现对目标基因的精确定位和克隆。
图位克隆技术的发展为科学家们研究特定性状和疾病相关基因提供了重要的工具和方法。
随着分子生物学和基因工程技术的不断发展，图位克隆技术将在基因定位和克隆研究中发挥越来越重要的作用。
图位克隆的基本原理和方法完整PPT
等方法来排除。
BSA池。由于分组时仅对目标性状进行选择，因此两个池间 Functional analysis
primary mapping method and Mapping population
H AABA
AA
AA
A
将H 最后精A细体定A位D区N段BA在 等://Hri量ce. （A 等A浓度A 等体A 积B）混合，形成两个DNA池(如抗
SNPS标记:可以通过测序找到在ZH11/ZS97间存在单碱基差异的位点，或者找谢老师咨询。
病池和感病池)。同时需要构建两个亲本（ZH11/ZS97）的 同时需要构建两个亲本（ZH11/ZS97）的BSA池。
Qualitative traits
理论上就应主要在目标基因区段存在差异。
将构建的BSA池分别用本室的255对在亲本ZH11/ZS97间存在多态性的SSR标 记进行PCR扩增，经过跑PAGE胶找到与目标性状紧密连锁的标记。
HL15(M)
HL15(W)
ZS97
ZH11
HL15(M)
HL15(W)
ZS97
图位克隆的步骤：
Primary mapping Fine mapping Candidate gene
Complementation test Functional analysis
Primary mapping
primary mapping method and Mapping population
同时我们可以用这个小群体进行一个初步的基因定位。
一. 表型观察
Fine mapping
(整理)BACe克隆.
图位克隆图位基因克隆原理原自参考文献2图位克隆(Map - based cloning) 又称定位克隆(positional cloning) , 1986 年首先由剑桥大学的Alan coulson 提出[5 ] ,用该方法分离基因是根据目的基因在染色体上的位置进行的,无需预先知道基因的DNA 顺序,也无需预先知道其表达产物的有关信息,但应有以下两方面的基本情况:一是有一个根据目的基因的有无建立起来的遗传分离群体,如F、DH、BC、RI 等。
二是开展以下几项工作:1) 首先找到与目标基因紧密连锁的分子标记;2) 用遗传作图和物理作图将目标基因定位在染色体的特定位置;3) 构建含有大插入片段的基因组文库(BAC 库或YAC) ;4) 以与目标基因连锁的分子标记为探针筛选基因组文库;5) 用获得阳性克隆构建目的基因区域的跨叠群;6) 通过染色体步行、登陆或跳跃获得含有目标基因的大片段克隆;7) 通过亚克隆获得含有目的基因的小片段克隆;8) 通过遗传转化和功能互补验证最终确定目标基因的碱基序列。
（正文来自参考文献1）细菌人工染色体细菌人工染色体（Bacterial artificial chromosome，BAC）是指一种以F质粒（F-plasmid）为基础建构而成的细菌染色体克隆载体，长用来克隆150kb左右大小的DNA片段，最多可保存300kb个碱基对。
该质粒主要包括oriS，repE(控制F质粒复制）和parA、parB（控制拷贝数）等成分。
以BAC为基础克隆的载体成嵌合体的频率较低，转化效率高，而且以环状结构存在于细菌体内，易于分辨和分离纯化，已被科学界广泛接受。
人工染色体英文：artificial chromosome人工构建的含有天然染色体基本功能单位的载体系统，包括YAC、BAC、PAC、MAC和HAEC。
染色体基本功能单位包括复制起始点(replication origin)、着丝粒(centromere)和端粒(telomere)。
基因的图位克隆
要点
1. 克隆基因的意义
2. 基因克隆的常用策略及比较 3. 图位克隆的基本程序和以 xa13为例介绍图位克隆 的详细过程 5. 总结及展望
1.为什么要克隆基因？
克隆基因有助于我们解释基因的生物学
功能、调控模式、进化关系等。
在植物中，大部分基因的功能未知。
Tabata, S. et al. 2000, Nature 408, 796 - 815
功能进行干扰，从而证明特定序列所控制的表型。
正向遗传学：从已有的相对表型的差异开始，去分离引起表型变化的对应核苷酸序列改变。
Janny L. P. at el.2003.TRENDS in Plant Science l.8:484-491
• 基因克隆的主要方法：
• T-DNA标签法：当T-DAN导入植物基因组中，并插入基因的编码区或重要的调控区，
• 基因的抑制表达：通过降低目的基因在细胞的表达水平，
使基因的功能下降甚至消失，来研究基因的功能。
• 基因的超量表达：通过人为的重组DNA手段，在生物体细
胞中大量地、持续的表达目的基因，使目标基因的功能得到超 常发挥。 优点：目的明确，对由基因家族控制的相关形状，抑制表达能同 时降低此基因家族成员的功能；抑制表达和超表达是研究时空表 达的有力工具。
• 原理：在减数分裂︱时期，同源染色体之间配对，非姊妹染色单体发生交换，与目
标基因距离越远，发生交换的频率就越大，距离越近，发生交换的频率就越小（遗传 学第三定律）。（王亚馥，戴灼华. 遗传学.1999，第三章：60-76）与基因发生最小交 换频率的两侧分子标记，就是与基因最紧密连锁的分子标记，这两个分子标记之间的 区段就是包含这个基因的目标区段。
拟南芥图位克隆
拟南芥（Arabidopsis thaliana）是一种模式植物，具有基因组小（125 Mbp）、生长周期短等特点，而且基因组测序已经完成（The Arabidopsis Genomic Initiative，2000）。
同时，拟南芥属十字花科（Cruciferae），具有高等植物的一般特点，拟南芥研究中所获得结果很容易用于其它高级植物包括农作物的研究，产生重大的经济效益，特殊是十字花科中还有许多主要的经济作物，与人类的出产生涯亲密相关，因此目前拟南芥的研究越来越多地受到国际植物学及各国政府的器重。
从遗传学的观点来看，基因克隆的途径可概括为正向遗传学和反向遗传学两种。
正向遗传学道路指的是通过被克隆基因的产物或表示型突变去进行；反向遗传学门路则指的是根据被克隆基因在染色体上的位置来实现。
固然一些模式生物（如拟南芥）的基因组测序已经完成，但还有40%的基因（在拟南芥中）的功能仍是未知的。
一、图位克隆概述图位克隆（map-based cloning）又称定位克隆（positional cloning），1986年首先由剑桥大学的Alan Coulson提出（Coulson等，1986），用该方法分离基因是依据目的基因在染色体上的地位进行的，无需预先知道基因的DNA序列，也无需预先晓得其抒发产物的有关信息。
它是通过火析突变位点与已知分子标记的连锁关系来确定突变表型的遗传基本。
近几年来跟着拟南芥基因组测序工作的实现，各种分子标记的日趋丰盛和各种数据库的完美，在拟南芥中克隆一个基因所需要的尽力已经大大减少了。
目前完成整个拟南芥的图位克隆过程大约需要一年时间。
在这个过程中，我们从筛选突变体开端，逐步找到和表型相关的基因。
这和反向遗传学的方法正好相反。
图位克隆能实现，关键在于全基因组测序打算的完成和各种分子标记的发现。
这些数据被贮存在专门的数据库中（表1）（Lukowitz等，2000）。
在拟南芥中的图位克隆，在很大程度上得益于对Col-0生态型测序的完成，因为它是在研究拟南芥时最常用的生态型。
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注意后两种情 况反映的是来 自于两个配子 的染色体区段 的情况
包含来自于 两个亲本的 染色体片段
包含来自于 Japonica 两 条 染色体区段
包含来自于 Indica 两 条 染 色体区段
上图中M是指含有隐性突变位点的亲本A某个分子标记的PCR 上图中M是指含有隐性突变位点的亲本A某个分子标记的PCR 扩增产物， 是指一个与M有遗传差异的野生型亲本B 扩增产物，m是指一个与M有遗传差异的野生型亲本B相对分 子标记的PCR扩增产物， 19是指 PCR扩增产物 是指M 杂交后的F 子标记的PCR扩增产物，1-19是指M与m杂交后的F1代的自交 后代( 这些植株都是有突变表型的， 后代 ( 即 F2) ， 这些植株都是有突变表型的 ， 说明突变位点 是纯合的。 19个定位群体植株中 个定位群体植株中， 10、11、13、 是纯合的。这19个定位群体植株中，1、4、8、10、11、13、 15、18、19仅包含来自于亲本 的染色体区段， 仅包含来自于亲本A 15、18、19仅包含来自于亲本A的染色体区段，没有发生交 12、16、17包含 个来自于亲本A 包含1 换； 2 、 3 、 7 、 9、 12、 16、 17 包含1 个来自于亲本A 的染色 体区段以及1条来自于亲本B的染色体区段， 体区段以及 1 条来自于亲本 B 的染色体区段 ， 即发生了一次 交换； 14仅包含来自于亲本 的染色体区段， 仅包含来自于亲本B 交换；5、6、14仅包含来自于亲本B的染色体区段，也就是 发生了两次交换，因此总交换数是7 13次 发生了两次交换，因此总交换数是7+3×2=13次，总配子数 19× 38个 为19×2=38个
F1 plant
自交
F2 plants
只有左侧三种植株会选入定位群体
分子标记M5与突变位点的遗传距离： 分子标记M5与突变位点的遗传距离： M5与突变位点的遗传距离
M5处发生交换的植 M5处发生交换的植 株包括三种情况
10/100Βιβλιοθήκη 6/1004/100
(20/(100×2 )) ×100%=10cM ×
如何分辨来自于两个亲本的染色体？ 如何分辨来自于两个亲本的染色体？
M4 m4
目前最常用的分子标记 是利用两个亲本中同一 染色体区段的长度差异 来设计的， 来设计的 ， 如左图亲本 Indica的 Indica 的 M4 处染色体区 段长于亲本Japonic Japonic中 段长于亲本Japonic中m4 染色体区段， 染色体区段 ， 在该差异 位点两侧设计引物经PCR 位点两侧设计引物经PCR 扩增后得到的PCR PCR产物就 扩增后得到的PCR产物就 会有不同长度， 会有不同长度 ， 电泳后 泳动速度慢， M4 泳动速度慢 ， m4 泳动 速度快， 速度快 ， 因此通过电泳 就可以分辨来自于两个 亲本的染色体区段
• 突变位点与分子标记M的遗传距离： (13/(19×2)) ×100%≈34 cM
Indica
Japonica
wild type
mutant 图中的两个亲本不但在
杂交
A/a位点有差异， A/a位点有差异，在其他 位点有差异 位点也存在大量的遗传 差异， 差异 ， 可以利用这些差 异设计分子标记， 异设计分子标记 ， 对染 色体的具体区段进行标 在该例子中， 定 。 在该例子中 ， 该染 色体上总共确定了5 色体上总共确定了5个分 子标记，标定了5 子标记，标定了5个不同 区段。 区段。
分子标记M4与突变位点的遗传距离： 分子标记M4与突变位点的遗传距离： M4与突变位点的遗传距离
6/100
4/100
(10/(100×2 )) ×100%=5cM ×
分子标记M3与突变位点的遗传距离： 分子标记M3与突变位点的遗传距离： M3与突变位点的遗传距离
4/100
(4/(100×2 )) ×100%=2cM ×