图位克隆原理

分子标记M4与突变位点的遗传距离： 分子标记M4与突变位点的遗传距离： M4与突变位点的遗传距离
6/100
4/100
(10/(100×2 )) ×100%=5cM ×
分子标记M3与突变位点的遗传距离： 分子标记M3与突变位点的遗传距离： M3与突变位点的遗传距离
4/100
(4/(100×2 )) ×100%=2cM ×
如何分辨来自于两个亲本的染色体？ 如何分辨来自于两个亲本的染色体？
M4 m4
目前最常用的分子标记 是利用两个亲本中同一 染色体区段的长度差异 来设计的， 来设计的 ， 如左图亲本 Indica的 Indica 的 M4 处染色体区 段长于亲本Japonic Japonic中 段长于亲本Japonic中m4 染色体区段， 染色体区段 ， 在该差异 位点两侧设计引物经PCR 位点两侧设计引物经PCR 扩增后得到的PCR PCR产物就 扩增后得到的PCR产物就 会有不同长度， 会有不同长度 ， 电泳后 泳动速度慢， M4 泳动速度慢 ， m4 泳动 速度快， 速度快 ， 因此通过电泳 就可以分辨来自于两个 亲本的染色体区段
F1 plant
自交
F2 plants
只有左侧三种植株会选入定位群体
分子标记M5与突变位点的遗传距离： 分子标记M5与突变位点的遗传距离： M5与突变位点的遗传距离
M5处发生交换的植 M5处发生交换的植 株包括三种情况
10/100
பைடு நூலகம்
6/100
4/100
(20/(100×2 )) ×100%=10cM ×
注意后两种情 况反映的是来 自于两个配子 的染色体区段 的情况
包含来自于 两个亲本的 染色体片段
包含来自于 Japonica 两 条 染色体区段
包含来自于 Indica 两 条 染 色体区段
上图中M是指含有隐性突变位点的亲本A某个分子标记的PCR 上图中M是指含有隐性突变位点的亲本A某个分子标记的PCR 扩增产物， 是指一个与M有遗传差异的野生型亲本B 扩增产物，m是指一个与M有遗传差异的野生型亲本B相对分 子标记的PCR扩增产物， 19是指 PCR扩增产物 是指M 杂交后的F 子标记的PCR扩增产物，1-19是指M与m杂交后的F1代的自交 后代( 这些植株都是有突变表型的， 后代 ( 即 F2) ， 这些植株都是有突变表型的 ， 说明突变位点 是纯合的。 19个定位群体植株中 个定位群体植株中， 10、11、13、 是纯合的。这19个定位群体植株中，1、4、8、10、11、13、 15、18、19仅包含来自于亲本 的染色体区段， 仅包含来自于亲本A 15、18、19仅包含来自于亲本A的染色体区段，没有发生交 12、16、17包含 个来自于亲本A 包含1 换； 2 、 3 、 7 、 9、 12、 16、 17 包含1 个来自于亲本A 的染色 体区段以及1条来自于亲本B的染色体区段， 体区段以及 1 条来自于亲本 B 的染色体区段 ， 即发生了一次 交换； 14仅包含来自于亲本 的染色体区段， 仅包含来自于亲本B 交换；5、6、14仅包含来自于亲本B的染色体区段，也就是 发生了两次交换，因此总交换数是7 13次 发生了两次交换，因此总交换数是7+3×2=13次，总配子数 19× 38个 为19×2=38个
• 突变位点与分子标记M的遗传距离： (13/(19×2)) ×100%≈34 cM
Indica
Japonica
wild type
mutant 图中的两个亲本不但在
杂交
A/a位点有差异， A/a位点有差异，在其他 位点有差异 位点也存在大量的遗传 差异， 差异 ， 可以利用这些差 异设计分子标记， 异设计分子标记 ， 对染 色体的具体区段进行标 在该例子中， 定 。 在该例子中 ， 该染 色体上总共确定了5 色体上总共确定了5个分 子标记，标定了5 子标记，标定了5个不同 区段。 区段。