实用生物信息技术第一次作业汇总

实用生物信息技术课程第1 次作业

网络书籍、文档和文献资源检索和应用

一、分子月报（Molecular of the Month）：

1) 按功能分类，网站的生物大分子分为哪几大类？

1、DNA, RNA, and Protein Synthesis - building the molecules of life

2、Enzymes - the cell's chemists

3、Molecular Infrastructure - supporting cells, tissues and organisms

4、Transport - delivering the cell's resources

5、Biological Energy - capturing and converting sources of power

6、Molecules and the Environment - proteins with global impact

…

7、Photosynthesis - capturing energy from the sun

8、Molecular Motors - directed motion at the molecular level

9、Cellular Signaling - sending and receiving molecular message

二、2000 年12 篇月报中描述的蛋白质分子，你熟悉的有哪些Pepsin胃蛋白酶)

Nucleosome 核小体

DNA Polymerase

Myoglobin 肌红蛋白

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三、有关DNA、rRNA、tRNA 的月报有哪几篇

1、DNA

2、Transfer Ribonucleic Acid (tRNA)

3、Transfer-Messenger RNA

四、该网站中和DNA 复制相关的蛋白质分子有哪些？

1、DNA Helicase 解旋酶

2、DNA Polymerase 聚合酶

3、Sliding Clamps

4、DNA ligase 连接酶

五、该网站中介绍的病毒有哪些？

HIV

Adenovirus腺病毒

Ebola Virus Proteins 埃博拉病毒

Bacteriophage phiX174 噬菌体病毒

Dengue Virus 登革病毒

HIV艾滋病毒

Poliovirus and Rhinovirus脊髓灰质炎病毒

Simian Virus 40

Tobacco Mosaic Virus烟草花叶病毒

六、该网站中你熟悉的酶分子有哪些？

DNA Polymerase

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RNA Polymerase

cAMP-dependent Protein Kinase (PKA)

Acetylcholinesterase乙酰胆碱酯酶

Pepsin胃蛋白酶

Topoisomerases拓扑异构酶

Aminoacyl-tRNA Synthetases氨酰tRNA合成酶

DNA Ligase连接酶

七、阅读该网站关于血红蛋白的短文，说明其结合和释放氧气时不同亚基之间如何协同作用。

血红蛋白是一个别构蛋白质，别构效应为第1个亚基与O2结合后其他亚基与O2的相继结合越来越容易，第4个亚基的氧结合常数可比第1个的大数百倍。这是因为第1个亚基结合O2后引起血红蛋白分子的构象变化，促使其他亚基与O2结合，释放氧的过程也是这样

八、阅读该网站关于流感病毒神经氨酸酶（Influenza Neuraminidase）的短文，说明其

九、结构特征和作用机制。

H1N1指代指覆盖病毒表面的两个分子：血凝素和神经氨酸酶。在一起，这两个分子控制病毒的感染性。血凝素在病毒接近细胞时起主要作用，与细胞表面上的多糖链结合，然后将病毒基因组注射入细胞中。另一方面，神经氨酸酶在病毒离开感染的细胞后起主要作用。它确保病毒不会卡在这些多糖链的末端阻止在细胞表面上。

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神经氨酸酶，由排列在正方形中的四个相同的亚基组成。它通常通过长的蛋白质茎（未示出）连接到病毒表面。活性位点在上表面上的深凹陷中。它们结合多糖链并在末端剪除糖。神经氨酸酶的表面由几个多糖链修饰（在这个结构中看向上和向下延伸），其类似于装饰我们自己的细胞表面蛋白的多糖链

九、列举该网站中与你研究方向相关的生物大分子

Antibodies

cAMP-dependent Protein Kinase

G Proteins

Glucose Oxidase

十、阅读你最感兴趣的生物大分子，阐述该分子的结构、功能特点。

Antibodies

抗体是我们的分子监督者，等待和观察病毒，细菌和其他不受欢迎的访客。抗体在血液中循环，仔细检查它们接触的每个物体。当他们发现一个陌生的外来物体时，它们紧紧地粘在其表面上。在病毒如鼻病毒或脊髓灰质炎病毒的情况下，结合的抗体的涂层可能足以阻断感染。然而，单独的抗体与细菌不匹配。当抗体结合细菌表面时，它

们作为标志物警告免疫系统中可用的其他强大的防御机制。

抗体和许多在免疫系统中使用的其他分子具有独特的形状。通常，它们由几个柔性臂组成，在每个臂的末端具有结合位点。这是完全有道理的：因为抗体不提前知道他们可能会战斗的攻击者，他们保持他们的选择开放。柔性臂允许结合位点一起工作，用两个臂抓在具有不同总体形状的目标上。这里显示的抗体，从PDB条目1igt?，有两个结合位点，两个臂的顶端向右和左顶部延伸。注意，将这些臂连接到底部中心区域的薄的柔性链。一些抗体具有将臂连接在一起的更长的柔性接头，使得当在表面上发现购买时它们甚至更加宽容。其他抗体具有四个或十个结合位点，因此每个接触可以更弱，并且仍然允许整个抗体牢固结合。

十一、蛋白质分子精选（Protein Spotlight）和分子月报（Molecule of the Month）相比，该网站在文章内容、写作风格、数据

库链接、文献引用等方面有什么特点

蛋白质分子精选中是通过一个个小故事和与该蛋白质相关的人物故事的介绍贯穿的，而分子月报是以百科形式，有PDB的链接和参考文献。

》

十二、阅读该网站关于胰岛素分子的短文，说明作者将其称作“20 世纪蛋白质分子的代表”的原因。

胰岛素是20世纪第一个实现化学合成，纯化结晶出来的蛋白通过生化的方式制造的蛋白，所以称为“20 世纪蛋白质分子的代表”

十三、阅读该网站关于绿色荧光蛋白（GFP）短文（The greenest of us all）以及相关文献，说明该蛋白质分子的结构功能特点。

纯净的GFP的解决方案在典型的室内灯光下看起来黄色，但是当在户外在阳光下拍摄时，它们以明亮的绿色发光。蛋白质吸收来自太阳光的紫外光，然后将其作为低能绿光发射。GFP是一种现成的荧光蛋白，具有内置的所有自己的光处理机器，仅使用氨基酸构建。它具有三个氨基酸的特殊序列：丝氨酸- 酪氨酸- 甘氨酸（有时，丝氨酸被相似的苏氨酸替代）。当蛋白质链折叠时，该短段被埋在蛋白质深处。然后，发生几种化学转化：甘氨酸与丝氨酸形成化学键，形成新的闭合环，其然后自发脱水。最后，在一小时左右的时间内，来自周围环境的氧攻击酪氨酸中的键，形成新的双键并产生荧光发色团。

该网站中与你研究方向相关的蛋白质分子有哪些简述它们的生物学功能。

抗体是我们的分子监督者，等待和观察病毒，细菌和其他不受欢迎的访客。抗体在血液中循环，仔细检查它们接触的每个物体。当他们发现一个陌生的外来物体时，它们紧紧地粘在其表面上。在病毒如鼻病毒或脊髓灰质炎病毒的情况下，结合的抗体的涂层可能足以阻断感染。然而，单独的抗体与细菌不匹配。当抗体结合细菌表面时，它们作为标志物警告免疫系统中可用的其他强大的防御机制。

NCBI 免费书籍（Bookshelf）

1) 浏览该免费书籍目录，与你研究方向最相关的书有哪几本

GeneReviews庐[Internet].

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