PDB数据库简介(教学课件)
结构生物学--第7章--生物大分子结构数据库--ZH--2019
/pdb/
wwPDB In 2003
✓RCSB PDB (USA) ✓PDBe (UK) ✓PDBj (Japan) ✓BMRB (USA) ：Biological Magnetic
作业1和2
• 1. 在pdb数据库中查找单克隆抗体的结构(PDB号:1igt )。找 出结晶条件、分辨率、Rfactor、Rfree、空间群。
• 2. 在PDB数据库中下载该结构，用PyMOL软件做一张该单 克隆抗体的图片。要求cartoon形式展示（show(S)-cartoon ），去除水分子(hide(H)-water)，分别用紫黄两色色表示抗 体的重链和轻链(做这个大家可以尝试，我会课堂演示)，在 图片上标记抗体各区域的名称。图片背景为白色（displaybackground-white），分辨率300 dpi。
• 实验（X射线晶体衍射、核磁共振NMR、电子显 微镜）测定的生物大分子的三维结构。
• 其中主要是蛋白质的三维结构，还包括核酸、糖 类、蛋白质与核酸复合物的三维结构 。
3. PDB数据格式
PDB的数据结构：对于每一个结构，包含名称、 参考文献、序列、一级结构、二级结构和原子坐 标等信息
分子类别— PDB文本文件， 用写字板打开 转运蛋白
结构生物学 第7章 生物大分子结构数据库
及结构比对 ZH 2019-05
蛋白质结构数据库
Protein Data Bank（PDB）
一、PDB(Protein Data Bank）
1.PDB概述 最重要的蛋白质分子结构数据库 1971年代建立于美国Brookhaven国家实验室 1988年由美国结构生物信息学研究合作组织
教你使用NCBI,PDB数据库64页PPT
25、学习是劳动，是充满思想的劳动。——乌申斯基
谢谢！
13、遵守纪律的风气的培养，只有领 导者本 身在这 方面以 身作则 才能收 到成效 。—— 马卡连 柯 14、劳动者的组织性、纪律性、坚毅 精神以 及同全 世界劳 动者的 团结一 致，是 取得最 后胜利 的保证 。—— 列宁 摘自名言网
15、机会是不守纪律的。——雨果
21、要知道对好事的称颂过于夸大，也会招来人们的反感轻蔑和嫉妒。——培根 22、业精于勤，荒于嬉；行成于思，毁于随。——韩愈
教你使用NCBI,PDB数据库
11、战争满足了，或曾经满足过人的 好斗的 本能， 但它同 时还满 足了人 对掠夺 ，破坏 以及残 酷的纪 律和专 制力的 欲望。 ——查·埃利奥 特 12、不应把纪律仅仅看成教育的手段 。纪律 是教育 过程的 结果， 首先是 学生集 体表现 在一切 生活领 域—— 生产、 日常生 活、学 校、文 化等领 域中努 力的
PDB数据库蛋白结构数据库简介
2.数据来源
通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振， 电子显微镜方法等）测定的生物大分子的三 维结构。
主要是蛋白质的三维结构，还包括核酸、 糖类、蛋白质与核酸复合物的三维结构。
PDB数据库蛋白结构数据库简介
3.数据统计
截止2008年4月，PDB数据库已含有 50277 个结构数据，其中约93%是蛋白质的 结构。
7d号obslte注明该id号已改为新号title说明试验方法类型caveat可能的错误提示compnd化合物分子组成source化合物来源keywds关键词expdta测定结构所用的试验方法pdb数据库蛋白结构数据库简介author结构测定者revdat修订日期及相关内容sprsde已撤销或更改的相关记录jrnl发表坐标集的文献remark1有关文献remark2最大分辨率remark3用到的程序和统计方法remark4其他注解dbref其他序列库的有关记录seqadvpdb与其它记录的出入pdb数据库蛋白结构数据库简介seqres残基序列mo
(3)在结构图上单击，下载文件3 。 (4)下载并安装Cn3D软件。 (5)开始→程序→NCBI→Cn3D→Cn3D4.1 注：MMDB采用ASN.1的记录格式，而非PDB格式。
PDB数据库蛋白结构数据库简介
PDB数据库蛋白结构数据库简介
PDB数据库蛋白结构数据库简介
PDB数据库蛋白结构数据库简介
PDB数据库蛋白结构数据库简介
AUTHOR REVDAT SPRSDE
JRNL REMARK 1 REMARK 2 REMARK 3 REMARK 4
DBREF SEQADV
结构测定者 修订日期及相关内容 已撤销或更改的相关记录 发表坐标集的文献 有关文献 最大分辨率 用到的程序和统计方法 其他注解 其他序列库的有关记录 PDB与其它记录的出入
PDB数据库简介
精品课件
生物数据库的种类
精品课件
生物数据库的种类
➢序列数据库
• 核酸序列数据库 (EMBL、GenBank、DDBJ) • 常用蛋白质序列数据库(Swissprot,PIR)
➢结构数据库
• 蛋白质结构数据库( PDB ) • 蛋白质分类数据库(SCOP、CATH )
➢其它数据库
精品课件
精品课件
PDB数据库的详细字段说明
精品课件
PDB数据库的详细字段说明
精品课件
详细信息
精品课件
三维结构
配体小分子
β-折叠
α-螺旋
精品课件
三、结构模型显示
生物大分子三维立体结构显示的软件：PyMol、 RasMol、Chimera、VMD、Swiss-PdbViewer等
通过这些软件可以对此三维结构进行查看、编辑 ，进一步应用于研究。
Protein Data Bank
蛋白质结构数据库
/pdb/home/home.d o
精品课件
一、基本概况
➢ 美国Brookhaven实验室1971年建立的大分子结构 数据库,PDB蛋白质晶体结构资料数据库 (Protein Date Bank)。
➢ PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合作组织 (Research Collaboration for Structural Bioinformatics,RCSB) 负责。
精化搜索结果
精品课件
相关介绍
下载氨基酸序列及 二级结构的信息
配体不同
分辨率不同
精品课件
PDB数据库文件
包括分子类别、发布日期，PDB-ID
关键字列表 测定结构所用的试验方法
pdb---百度百科
pdb百科名片PDB文件物理结构PDB文件物理结构在我们目前使用的掌上电脑中，Palm操作系统由于其功能强大、应用软件多等特点，占有很大的比例。
PDB文件是Palm OS操作系统上数据文件类型。
一般我们在使用Palm系统的电子书时都会遇到这种文件，一般用于电子书或手机电子书 pdb是Palm DataBase的缩写,Palm OS所用文件的扩展名为.pdb。
还表示碳氧同位素标准样品以及可编程延迟模块，是DSP中的一种模块，可以用来计数和延时。
目录PDB文件阅读器文件的结构1. PDB文件组成2. PDB文件文件头3. PDB文件记录入口4. AppInfo和SortInfo结构碳氧同位素标准样品在计算机数据手册中含义PDB文件阅读器文件的结构1. PDB文件组成2. PDB文件文件头3. PDB文件记录入口4. AppInfo和SortInfo结构碳氧同位素标准样品在计算机数据手册中含义.NET Framework PDB文件PDB—Protein Data Bank—蛋白质数据库?展开编辑本段PDB文件阅读器可以使用PalmReader打开。
如果想把PDB文件转换成TXT文件查看，可以使用WavePDB转。
一. 设计思路PC端的PDB文件查看软件不多，PDBingo1.504是英文界面，中文内容也显示不出，这样就很不方便。
并且一些电子图书也只能在模拟器上看，如果碰到不同内码的汉字更是麻烦，鉴于此，我利用工作之余写了这个免费程序，方便各位朋友查看PDB文件结果和查看电子图书，希望我的劳动能给各位带来方便。
二. 功能介绍1. 查看PDB文件头信息，可以修改名称，模拟器不支持中文PDB名称文件使用此功能修改比较方便；2. 查看所有记录，并显示各个记录的偏移地址、长度、属性、标识等信息；3. 记录可以分文本方式、十六进制单记录以及浏览全部方式查看，并可以快速定位；4. 可以浏览标准的电子书文件(包括压缩格式)；5. 可以转换BIG5的电子书为GB格式；6. 可以转换GB的电子书为BIG5格式；7. 可以设置、保存看书的前后景颜色和字体；8. 可以保存PDB文件内容到文本文件；三. 软件特点1. 完全免费；2. 完全支持中文；3. 软件支持文件拖拽，拖住PDB文件往里扔即可显示该文件信息；四. 程序下载：见扩展阅读编辑本段文件的结构下面着重分析该文件的结构，及其在PC机上生成的方法。
pdb数据库蛋白结合位点
PDB数据库蛋白结合位点简介蛋白结合位点是指蛋白质与其他分子相互作用的区域，它在生物学中起着重要的作用。
了解蛋白结合位点的信息可以帮助我们理解蛋白质的功能和相互作用网络，从而有助于药物设计、蛋白工程等领域的研究。
PDB（Protein Data Bank）数据库是一个收集并存储蛋白质结构信息的国际性数据库。
它包含了大量蛋白质的三维结构数据，其中包括蛋白质的结合位点信息。
通过访问PDB数据库，我们可以获取并分析蛋白结合位点的相关信息。
本文将介绍PDB数据库蛋白结合位点的相关内容，包括PDB数据库的概述、蛋白结合位点的定义和分类、蛋白结合位点的分析方法等。
PDB数据库概述PDB数据库是一个由多个国际组织共同维护的数据库，旨在存储和发布蛋白质、核酸和其他生物大分子的结构信息。
该数据库提供了蛋白质结构的三维坐标数据、结合位点的信息以及相关的文献引用等内容。
PDB数据库中的每个结构都有一个唯一的标识符，称为PDB ID。
该ID由四个字母组成，代表了蛋白质结构的来源和类型。
通过PDB ID，我们可以在数据库中检索和查找特定的蛋白质结构。
蛋白结合位点的定义和分类蛋白结合位点是指蛋白质与其他分子相互作用的区域。
蛋白结合位点通常由一系列的氨基酸残基组成，这些残基能够与其他分子发生相互作用。
根据蛋白结合位点的性质和功能，可以将其分为以下几类：1.基质结合位点：用于结合小分子基质，如药物、阳离子等。
这些位点通常位于蛋白质的凹陷区域，通过非共价键或离子键与基质相互作用。
2.蛋白结合位点：用于结合其他蛋白质。
这些位点通常位于蛋白质的表面区域，通过非共价键形成蛋白质间的相互作用。
3.DNA/RNA结合位点：用于结合DNA或RNA分子。
这些位点通常位于蛋白质的凹陷区域，通过氢键、离子键或范德华力与核酸相互作用。
4.金属结合位点：用于结合金属离子。
这些位点通常由蛋白质中的残基提供配位位点，通过配位键与金属离子相互作用。
蛋白结合位点的分析方法为了分析蛋白结合位点的特征和性质，可以使用多种方法和工具。
PDB数据库.ppt
胺基酸序列的來源─UNIPROT da胺ta基ba酸se序列 232個胺基酸的序列
Identification of helical substructures.
Identification of sheet substructures.
Identification of turns and other short loop turns which normally connect
First line of the entry, contains PDB ID code, classification, and date of deposition.
Description of macromolecular contents of the entry.
List of keywords describing the macromolecule. Experimental technique used for the structure
other secondary structure segments.
胺基酸 X軸的座標 Y軸的座標 Z軸的座標
出現的原子
胺基酸位置
Chain terminator.
Structure Details → Description、Polymer Type、Formula Weight、Ligands Protein Details → UniProt Information、EC number、Associated Pathways
Protein Data Bank
/pdb/home/home.do
取材自 葉雅玲
PDB (Protein Data Bank)
•蛋白質資料銀行，收集了全世界利用核磁共振、 X-ray繞射實驗、理論模擬所解出來的蛋白質和 DNA的三度空間立體結構
蛋白质pdb
蛋白质pdb
蛋白质结构数据库(ProteinDataBank,简称PDB)是美国纽约Brookhaven国家实验室于1971年创建的。
为适应结构基因组和生物信息学研究的需要，1998年10月由美国国家科学基金委员会、能源部和卫生研究院资助，成立了结构生物学合作研究协会(ResearchCollaboratoryforStructuralBioinformat，ics,简称RCSB)。
PDB数据库改由RCSB管理，目前主要成员为拉特格斯大学(RutgersUniversity)、圣地亚哥超级计算中心(SanDiegoSupercomputerCen，ter,简称SDSC)和国家标准化研究所(NationalInsti，tutesofStandardsandTechnology,简称NIST)。
和核酸序列数据库一样，可以通过网络直接向PDB数据库提交数据。
PDB是目前最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)2.5维（以二维的形式表示三维的数据）结构的数据库，是通过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三维结构数据库。
随着晶体衍射技术的不断改进，结构测定的速度和精度也逐步提高。
90年代以来，随着多维核磁共振溶液构象测定方法的成熟，使那些难以结晶的蛋白质分子的结构测定成为可能。
蛋白质分子结构数据库的数据量迅速上升。
据2000年5月统计，PDB数据库中已经存放了1万2千多套原子坐标，其中大部分为蛋白质，包括多肽和病毒。
此外，还有核
酸、蛋白和核酸复合物以及少量多糖分子。
核酸三维结构测定进展迅速。
PDB数据库中已经收集了800多套核酸结构数据。
药物综合数据库PDB
有效使用PDB
• 信息模块简要介绍
• 如何设定条件精准检索国内重要城市医院市场信息？ • 如何有效分析国内品种产量及企业主营业务收入，利润？ • 如何检索历年全球畅销药数据？ • 如何查阅全球药品研发基本面信息？ • 其他
市场信息更新提示窗口 登录窗口
药品基础信息：基础信息：基本介绍、合成工艺、制剂配方、临床开发、知识产权、 市场动态、药品标准、药品说明书、行保事项、药典涵盖情况、基本药物与医保、国 内新药批准情况等
切换视图的表现方式：如柱状图，饼图，面积图，气泡图等 标签显示：选择是否将数字标记在图表上 检索条件：输入需要检索的信息，完成所需的分析功能 导出图表
有效使用PDB
• 信息模块简要介绍 • 如何设定条件精准检索国内重要城市医院市场信息？
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• 如何检索历年全球畅销药数据？ • 如何查阅全球药品研发基本面信息？ • 其他
网址：
PDB 可以帮助您：
• 监控国内22城市重点医院药品销售，帮您及时洞悉市场用药格局及增长 • 监控国内5000家医药工业企业原料药、制剂产量产值 • 监控国内4000家企业基本财务情况（包括上市及非上市企业的主营业务
收入、利润） • 监控历年全球畅销药（销售额前500前）产品目录及销售额 • 监控国外上市的药物品种，进入I/II/III期临床试验的品种 • 更多……
选中“国内生产情况”模块。
在药品中文名中输入“阿莫西林” ，设置年份 2011，结果出现 140 条信息，显示了 各个企业 2011 年的原料药、制剂产量信息。多于 75 条的信息需要点击下一页翻看。
选中“企业”模块，可查询到国内外制药企业的财务信息和基本资料。 具体查询方法如下： 输入企业关键字，模糊查询，设查询方式“like”,例如需要查询江苏恒瑞医药股份时， 首先输入“恒瑞”。而后点击检索，查询结果页面如图。第三排为江苏恒瑞医药股 份有限公司。点击“详细信息”，进入企业基本资料和财务信息页面。
pdb数据库名词解释
pdb数据库名词解释
PDB(Protein Data Bank) 是一个蛋白质数据库，它包含了世界上大部分已知蛋白质的三维结构数据。
这些数据是由 X 光晶体衍射、NMR 等技术手段获得的，包括蛋白质分子的原子坐标、空间结构等信息。
PDB 数据库是一个关键性的资源，对于结构生物学、药物设计等领域具有重要的意义。
PDB 数据库所使用的文件格式称为“.pdb”,是一种二进制文件格式。
在 PDB 文件中，蛋白质分子的原子坐标、空间结构等信息被存储在文件的头部信息部分，而其它相关信息，如蛋白质序列、注释等则存储在文件的数据部分。
PDB 数据库的用法有多种，用户可以根据自身需求使用 PDB 数据库中的数据，例如通过查询蛋白质序列、结构信息等方式来研究蛋白质分子的结构与功能。
此外，PDB 数据库还支持用户自定义注释、模型等操作，用户可以通过这些操作来提高自己的研究水平。
需要注意的是，PDB 数据库中的数据一般是收费的，但也有一些免费的数据可以使用。
同时，由于 PDB 数据库中的数据量庞大，用户需要根据自己的需求来有选择地使用，以免浪费不必要的资源。
pdb数据库使用指南
pdb数据库使用指南Protein Data Bank（PDB）是一个生物化学数据库，它收集了全球范围内研究者发布的由蛋白质、核酸和糖结构组成的生物大分子的三维结构信息。
本文旨在介绍PDB 数据库的使用指南，以帮助研究者更好地使用PDB数据库。
首先，要了解PDB数据库的功能。
PDB数据库是一个全球性资源，它提供了来自各种生物体的蛋白质、核酸和糖结构的三维结构信息。
它还提供了一些其他类型的结构信息，如分子结构图、衍生结构、结合位点等。
此外，它还提供了一些额外的信息，如结构分析、结构准确性评估、蛋白质表征等。
其次，要学习PDB数据库的使用方法。
PDB数据库的使用方法相对简单，主要有以下几种：1. 通过网页浏览器搜索PDB数据库：可以通过网页浏览器访问PDB数据库，然后输入所需的结构信息进行搜索，可以快速找到想要的数据。
2. 通过FTP服务器访问PDB数据库：可以通过FTP服务器连接PDB数据库，然后通过命令行输入所需的结构信息进行搜索，可以快速找到想要的数据。
3. 通过程序访问PDB数据库：可以使用Python或Perl等脚本语言来编写程序，并通过API接口访问PDB数据库，可以快速获取想要的结构信息。
最后，要了解PDB数据库的数据格式。
PDB数据库存储的结构信息是以PDB格式存储的，它是一种文本文件格式，由若干行组成，每行以空格分隔，每行前6个字段是必须填写的，其中前4个字段是表明原子类型的，最后2个字段是原子的坐标。
此外，还可以使用PDB Viewer来查看PDB文件的内容。
总之，PDB数据库是一个重要的生物化学数据库，它提供了蛋白质、核酸和糖结构的三维结构信息，可以帮助研究者更好地理解生物大分子的结构和功能。
本文介绍了PDB数据库的使用指南，希望能帮助研究者更好地使用PDB 数据库。
cdb和pdb
cdb和pdbOracle 12C引⼊了CDB与PDB的新特性，在ORACLE 12C数据库引⼊的多租⽤户环境（Multitenant Environment）中，允许⼀个数据库容器（CDB）承载多个可插拔数据库（PDB）。
CDB全称为Container Database，中⽂翻译为数据库容器，PDB全称为Pluggable Database，即可插拔数据库。
在ORACLE 12C之前，实例与数据库是⼀对⼀或多对⼀关系（RAC）：即⼀个实例只能与⼀个数据库相关联，数据库可以被多个实例所加载。
⽽实例与数据库不可能是⼀对多的关系。
当进⼊ORACLE 12C后，实例与数据库可以是⼀对多的关系。
下⾯是官⽅⽂档关于CDB与PDB的关系图。
CDB组件（Components of a CDB） ⼀个CDB数据库容器包含了下⾯⼀些组件： ROOT组件 ROOT⼜叫CDB$ROOT, 存储着ORACLE提供的元数据和Common User,元数据的⼀个例⼦是ORACLE提供的PL/SQL包的源代码，Common User 是指在每个容器中都存在的⽤户。
SEED组件 Seed⼜叫PDB$SEED,这个是你创建PDBS数据库的模板，你不能在Seed中添加或修改⼀个对象。
⼀个CDB中有且只能有⼀个Seed. 这个感念，个⼈感觉⾮常类似SQL SERVER中的model数据库。
PDBS CDB中可以有⼀个或多个PDBS，PDBS向后兼容，可以像以前在数据库中那样操作PDBS，这⾥指⼤多数常规操作。
这些组件中的每⼀个都可以被称为⼀个容器。
因此，ROOT(根)是⼀个容器，Seed(种⼦)是⼀个容器，每个PDB是⼀个容器。
每个容器在CDB中都有⼀个独⼀⽆⼆的的ID和名称。
怎么查看数据库是否为CDB？ 执⾏下⾯这条语句： select CDB from v$database; 如果得到的结果为YES，那么就是CDB的数据库，否则，则不是。
教你使用NCBIPDB数据库优秀PPT课件
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生物信息学
第三讲：序列的采集、存储 和查询
Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow
本章内容提要
1. DNA测序 2. 序列数据的存储 3. 序列数据的文件格式 4. 序列数据的查询
Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow
Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow
NCBI Gene
1. /sites/entrez?db=gene
结论2
人的Survivin蛋白质包含142个氨基酸，序 列标识符为：NP_001159.2
Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow
获取FASTA序列
Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow
FASTA格式的序列
Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow
获取蛋白质的序列信息
Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow
Survivin：142aa
Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow
Bioinformatics, 2009-2010, Semester 1, Soochow
基因组测序：两种方案
1. DNA片段在染色体上的位置、方向已知。 首先染色体被打断成150kbp左右的片段， 然后克隆到BACs中，再进一步打碎，克隆， 测序，组装。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
6
2、数据结构
结构记录
名称、参考文献、 序列、一级结构、 二级结构和原子坐 标等信息。
显式序列 信息
隐式序列 信息
以关键字SEQRES 作为显式序列标 记，以该关键字 打头的每一行都 是关于序列的信 息。
即为立体化学 数据，包括每 个原子的名称 和原子的三维 坐标。
7
3、数据查询 是pdb文件在数据库中的编号, 从PDB数据库下载结构常会得 到一个以这个编号命名的 pdb文件，如1LDM.pdb
5
1、数据
来源 主要通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振，电
子显微镜方法等）测定的生物大分子的三维结构。
主要是蛋白质的三维结构，还包括核酸、糖类、蛋白质 与核酸复合物的三维结构。
信息
原子的空间坐标、引用文献、形成α-helix和β-
sheet的氨基酸序列、双硫键连结模式、与蛋白质结合的
ligand、参与生化功能的residue等。
REMARK 2 最大分辨率
REMARK 3 用到的程序和统计方法
REMARK 4 其他注解
DBREF 其他序列库的有关记录
SEQADV PDB与其它记录的出入
16
PDB数据库的详细字段说明
MODEL 多亚基时显示亚基号
ATOM
标准基团的原子坐标
SIGATM 标准差
ANISOU 温度因子
SIGUIJ 各种温度因素导致的标准差
TER
链末端
HETATM 非标准基团原子坐标
ENDMDL 亚基结束
CONECT 原子间的连通性有关记录
MASTER 版权拥有者
END
文件结束
17
详细信息
18
三维结构
配体小分子
β-折叠
α-螺旋
19
三、结构模型显示
生物大分子三维立体结构显示的软件：PyMol、 RasMol、Chimera、VMD、Swiss-PdbViewer等
10
相关介绍
下载氨基酸序列及 二级结构的信息
配体不同
分辨率不同
11
PDB数据库文件
包括分子类别、发布日期，PDB-ID
关键字列表 测定结构所用的试验方法
12
以关键字SEQRES打头 306个氨基酸的显式序列信息
13
X轴坐标 原子
Y轴坐标
Z轴坐标
氨基酸
14
PDB数据库的详细字段说明来自HEADER OBSLTE TITLE CAVEAT COMPND SOURCE KEYWDS EXPDTA
蛋白质结构数据库
/pdb/home/home.do
4
一、基本概况
➢ 美国Brookhaven实验室1971年建立的大分子结构 数据库,PDB蛋白质晶体结构资料数据库 (Protein Date Bank)。
➢ PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合作组织 (Research Collaboration for Structural Bioinformatics,RCSB) 负责。
•
17、一个人即使已登上顶峰，也仍要 自强不 息。下 午2时15分52秒 下午2时15分14:15:5220.10.6
谢谢大家
22
分子类，公布日期，ID号 注明该ID号已改为新号 说明试验方法类型 可能的错误提示 化合物分子组成 化合物来源 关键词 测定结构所用的实验方法
15
PDB数据库的详细字段说明
AUTHOR 结构测定者
REVDAT 修订日期及相关内容
SPRSDE 已撤销或更改的相关记录
JRNL
发表坐标集的文献
REMARK 1 有关文献
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14、抱最大的希望，作最大的努力。2020年10月6日 星期二 下午2时15分52秒14:15:5220.10.6
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15、一个人炫耀什么，说明他内心缺 少什么 。。2020年10月下午2时15分 20.10.614:15October 6, 2020
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16、业余生活要有意义，不要越轨。2020年10月6日 星期二 2时15分52秒14:15:526 October 2020
通过这些软件可以对此三维结构进行查看、编辑， 进一步应用于研究。
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9、 人的价值，在招收诱惑的一瞬间被决定 。20.10.620.10.6Tuesday, October 06, 2020
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10、低头要有勇气，抬头要有低气。14:15:5214:15:5214:1510/6/2020 2:15:52 PM
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11、人总是珍惜为得到。20.10.614:15:5214:15Oct-206-Oct- 20
•
12、人乱于心，不宽余请。14:15:5214:15:5214:15Tuesday, October 06, 2020
•
13、生气是拿别人做错的事来惩罚自 己。20.10.620.10.614:15:5214:15:52October 6, 2020
PDB数据库简介
1
生物数据库的种类
2
生物数据库的种类
➢序列数据库
• 核酸序列数据库 (EMBL、GenBank、DDBJ) • 常用蛋白质序列数据库(Swissprot,PIR)
➢结构数据库
• 蛋白质结构数据库( PDB ) • 蛋白质分类数据库(SCOP、CATH )
➢其它数据库
3
Protein Data Bank
PDB中的记录有唯一的PDB-ID，包括4个字符 串，可由大写字母A~Z和数字0~9组合而成，如 1LDM。
PDB和它的镜像站点提供每个PDB记录的查询， 可按一些专门的查询项目（如提交数据、作者姓 名、结构表达）进行检索。
8
二、简单使用
高级搜索
搜索栏
9
检索CDK2 搜索到408条结果
精化搜索结果