生物信息学资源库介绍
生物信息学实验教学中的网络资源及其利用
生物信息学实验教学中的网络资源及其利用生物信息学是一门交叉学科，将计算机科学、生物学和统计学等知识应用于生物学研究中。
在生物信息学实验教学中，网络资源是非常重要的学习工具。
本文将介绍几种常见的生物信息学网络资源及其在实验教学中的利用。
1. 生物信息学数据库生物信息学数据库是生物学和计算机科学相结合的产物，存储了大量的生物学数据和相关信息。
常见的生物信息学数据库包括GenBank、UniProt、Ensembl等。
这些数据库涵盖了基因序列、蛋白质序列、基因组数据等多种类型的数据，可以帮助学生了解和分析生物学数据。
在实验教学中，可以引导学生使用这些数据库查找相关的生物学信息，比如搜索特定基因的序列、查询蛋白质的功能等。
2. 生物信息学工具生物信息学工具是用于分析和处理生物学数据的软件和算法。
学生可以通过网络资源获得免费的生物信息学工具，并在实验中应用这些工具进行数据分析。
常见的生物信息学工具包括BLAST、ClustalW、FASTA等。
这些工具可以帮助学生进行序列比对、同源性分析、蛋白质结构预测等任务，培养学生的数据处理和分析能力。
3. 在线教学平台在线教学平台是指通过网络提供教学内容和资源的平台。
在生物信息学实验教学中，可以利用在线教学平台发布实验指导书、实验数据和实验报告等教学资源。
学生可以通过在线教学平台获取实验资料、提交实验结果，并与教师和同学进行交流和讨论。
教师可以通过在线教学平台进行作业和考试，提供实时的反馈和评价。
4. 生物信息学论坛和社区生物信息学论坛和社区是生物信息学学术交流和合作的平台。
学生可以参与生物信息学论坛和社区的讨论，与其他研究者分享自己的研究成果和经验。
通过与专业人士的互动，学生可以深入了解生物信息学研究的最新进展和发展趋势，拓宽自己的视野和思路。
生物信息学论坛和社区也可以为学生提供求职和合作的机会，促进学生的职业发展。
网络资源在生物信息学实验教学中具有重要的作用。
通过利用生物信息学数据库、工具、在线教学平台和论坛社区等网络资源，可以帮助学生快速获取生物学数据和研究资料，提高数据处理和分析能力，培养科研思维和合作能力。
第四章生物信息学数据库(一)主要库及其文件格式
（2）人类基因组图谱，
包含细胞遗传学图谱、连接图谱、辐射混合图谱、contig 图谱、集 成图谱，所有这些图谱都可以被直观地显示出来；
（3）人类基因组中的变化，
包括基因突变和基因多态性，加上等位基因频率数据。
• 所有序列数据都经过整理，超过99%的序列已 按蛋白质家族分类，一半以上还按蛋白质超家 族进行了分类。
除了蛋白质序列数据之外，PIR还包含以下 信息：
(1)蛋白质名称、蛋白质的分类、蛋白质的来源； (2)关于原始数据的参考文献； (3)蛋白质功能和蛋白质的一般特征，包括基因 表达、翻译后处理、活化等；
生物分子数据高速增长分子生物学及相关领域研究人员迅速获得最新实验数据建立生物分子数据库生物分子数据库几个明显的特征生物分子数据库几个明显的特征1数据库的更新速度不断加快数据量呈指数增长趋势2数据库使用频率增长更快3数据库的复杂程度不断增加4数据库网络化5面向应用6先进的软硬件配置核酸序列数据的增长趋势核酸序列数据的增长趋势纵轴代表总的核酸序列长度单位百万纵轴代表总的核酸序列长度单位百万bpbp生物分子数据库一级数据库数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据只经过简单的归类整理和注释二级数据库对原始生物分子数据进行整理分类的结果是在一级数据库实验数据和理论分析的基础上针对特定的应用目标而建立的
TIGR的真菌基因组数据库：/tdb/fungal 线虫基因组数据库 WormBase（the C. elegans genome database）：
四膜虫基因组数据库 TGD (Tetrahymena Genome Database): 疟原虫基因组数据库 PlasmoDB(Plasmodium Genome Resource)：
ncbi使用指导
ncbi使用指导导言：NCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心，是全球最大的生物信息学数据库。
NCBI提供了丰富的生物学资源，包括基因序列、蛋白质序列、科学文献等。
本文将为您介绍如何使用NCBI来获取和利用生物学信息。
一、注册NCBI账号在使用NCBI之前，首先需要注册一个账号。
在NCBI官方网站（）的主页上，点击右上角的“Sign In”按钮，并选择“Register for an NCBI account”。
根据提示提供相关信息，完成注册流程。
二、搜索和获取基因序列1. 打开NCBI网站后，点击主页上的“Search”按钮，进入搜索页面。
2. 在搜索框中输入您感兴趣的基因名称或者序列标识符，如“BRCA1”。
3. 点击“Search”按钮进行搜索。
4. 在搜索结果中，选择您需要的基因序列，点击链接进入该基因的详细信息页面。
5. 在详细信息页面中，您可以获取该基因的序列信息，可以下载或拷贝该序列以供后续分析使用。
三、检索科学文献1. 在NCBI主页上方的搜索框中，选择“PubMed”为搜索目标。
2. 输入您感兴趣的科学文献关键词，如“cancer treatment”。
3. 点击搜索按钮进行检索。
4. 在搜索结果中，选择您需要的文献，点击链接进入该文献的详细页面。
5. 在详细页面中，您可以阅读文章摘要，并根据需要下载全文或进行其他操作。
四、利用NCBI工具进行序列分析1. 在NCBI主页上方的菜单栏中，选择“Tools”进行工具选择。
2. 根据您的需求选择相应的工具，如“BLAST”进行序列比对分析。
3. 进入选择的工具页面后，按照提示上传或输入您的序列数据。
4. 设定参数并运行分析。
5. 分析完成后，您可以查看比对结果、序列保守性等信息，并进行进一步的分析和解释。
五、订阅NCBI数据库更新信息1. 在NCBI主页上方菜单栏中选择“NCBI Account”。
kegg 解读
kegg 解读Kegg（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个广泛被应用于生物信息学领域的数据库。
它的主要目标是将基因组、化学物质和其他生物大分子有机地整合在一起，为生物学家、生物信息学家和医学研究人员提供有关代谢途径、生物网络和相关信息的详细数据。
本文将对Kegg数据库进行解读，介绍其功能和应用。
一、Kegg数据库简介Kegg数据库是由日本京都大学生物信息中心创建和维护的一个综合性数据库。
它通过整合基因组、代谢物和附加信息，提供了生物学大分子的全面知识库。
Kegg数据库的内容包括基因功能、生物化学途径、代谢物结构和化学反应等。
目前，Kegg数据库涵盖了大量的物种，包括人类、动物、植物、微生物等。
二、Kegg数据库的功能1. 基因功能注释Kegg数据库提供了基因功能注释的工具和资源，帮助研究人员从大量的基因序列中识别和注释功能。
可以通过Kegg的基因分类方式，将基因按照功能进行分类，并提供详细的注释信息和功能预测。
2. 代谢途径分析Kegg数据库中包含了大量的代谢途径信息，可以帮助研究人员理解生物体代谢的整体框架。
通过Kegg的图谱展示和路径分析工具，可以可视化地展示代谢途径，并分析其中的关键代谢步骤和相互作用。
3. 疾病相关信息Kegg数据库还提供了与疾病相关的信息，包括疾病的发病机制、相关基因和蛋白质等。
对于研究人员来说，这意味着可以通过Kegg数据库寻找潜在的药物靶点和疾病相关的代谢通路，以及潜在的治疗策略。
4. 生物网络分析Kegg数据库中的生物网络信息可用于研究基因、蛋白质和代谢物之间的相互作用。
通过分析这些生物网络，可以揭示基因调控网络、蛋白质相互作用和信号转导途径等重要生物学过程。
三、Kegg数据库的应用1. 基因组学研究Kegg数据库为基因组学研究提供了宝贵的资源和工具。
研究人员可以利用Kegg的代谢途径信息，推断基因在代谢网络中的功能和相互作用，帮助揭示生物的生理和代谢特征。
NCB介绍
FASTA
FASTA程序是第一个广泛使用的数据库相似性 搜索程序。 程序引用取代矩阵实行局部比对以获得最佳搜 索。但众所周知，使用这种策略会非常耗费工 作时，为了提高速度，在实施耗时的最佳搜索 之前，程序使用已知的字串检索出可能的匹配。 在速度和敏感度之间权衡选择依赖于ktup参数。 它决定了字串的大小。增大ktup参数就会减少 字串命中的数目，也就会减少所需要的最佳搜 索的数目和搜索的速度。 从2.0版本开始，FASTA对每一个检索的比对 都提供一个统计学显著性的评估。 Ftp：///pub/fasta/
完整的基因组
参见下面Genome和Maps部分，包括各 种物种资源，人，小鼠，大鼠，酵母， 线虫，疟原虫，细菌，病毒，viroids，质 粒。 人
OMIM：在线人类孟德尔遗传
经常更新的人类基因和遗传失调的目录， 有链接到其它相关的文献参考，序列记 录，和相关数据库。
蛋白序列
Entrez蛋白 —用accession number,作者姓 名，物种，基因/蛋白名字，以及很多其 它的文本术语来搜索蛋白序列记录（在 GenPept + Swiss-Prot + PIR + RPF + PDB 中）。更多的关于Entrez的信息见下。如 果 要 检 索 大 量 数 据 ， 也 可 使 用 Batch Entrez（批量Entrez）。
核酸序列 Entrez核酸 — 用accession number,作者姓 名，物种，基因/蛋白名字，以及很多其 它的文本术语来搜索核酸序列记录（在 GenBank + PDB中）。更多的关于Entrez 的信息见下。如果要检索大量数据，也 可使用Batch Entrez（批量Entrez）。
kegg数据库
KEGG数据库KEGG数据库作为生物信息学领域中的重要资源，扮演着至关重要的角色。
K—Kyoto，E—Encyclopedia，GG—of Genes and Genomes，即基因和基因组百科全书，是一个集成了基因组、化学物质以及其他生物学信息的数据库资源，为研究者提供了丰富的数据与工具。
本文将介绍KEGG数据库的内容、特点以及在生物信息学研究中的应用。
KEGG数据库的内容KEGG数据库包含了多个相关数据库，主要包括以下几个方面的内容：1.路径通路数据库（Pathway Database）: 提供了多种生物通路的信息，包括代谢通路、信号传导通路等。
通过KEGG Pathway，我们可以探索不同生物过程中的分子相互作用和信号传递机制。
2.基因数据库（Gene Database）: 提供了多种生物种类的基因信息，包括基因序列、功能注释等。
研究者可以通过KEGG Gene寻找感兴趣的基因，并了解其在生物学过程中的功能和调控机制。
3.化学物质数据库（Compound Database）: 包含了大量的化合物信息，如代谢产物、药物等。
通过KEGG Compound，研究者可以了解不同化合物在生物过程中的作用机制和相互关系。
KEGG数据库的特点KEGG数据库具有如下特点：•综合性: KEGG整合了多种生物学数据，涵盖了基因组学、蛋白质组学、代谢组学等多个领域的信息，为研究者提供了全方位的数据支持。
•易用性: KEGG的界面简洁清晰，用户可以通过直观的方式查找和浏览感兴趣的信息，无需专业的生物信息学背景也能够方便地获取数据。
•更新及时: KEGG团队会定期更新数据库内容，保证数据的准确性和完整性，为研究者提供最新的信息资源。
KEGG数据库在生物信息学研究中的应用KEGG数据库在生物信息学研究中有着广泛的应用，主要体现在以下几个方面：•生物途径研究: 研究者可以通过KEGG Pathway数据库探索生物代谢途径、信号传导途径等生物过程的详细机制，为理解疾病发生、药物作用等提供参考。
生物信息学NCBI的使用
生物信息学NCBI的使用生物信息学是一门交叉学科，将计算机科学与生物学相结合，旨在处理和分析大量的生物学数据。
美国国家生物技术信息中心（NCBI）是一个重要的生物信息学资源库，提供了广泛的生物学数据库和工具，供科学家和研究人员使用。
在本文中，我将介绍一些常用的NCBI资源和工具，以及它们在生物信息学研究中的应用。
首先，NCBI的核心数据库之一是GenBank，它是一个全球性的基因序列数据库，包含了各种物种的DNA序列、RNA序列和蛋白质序列。
科学家可以通过GenBank来查找特定基因或序列，并进行序列比对和进化分析。
此外，NCBI还提供了一些与GenBank相关的工具，如BLAST（Basic Local Alignment Search Tool），可以根据序列相似性来和比对已知的序列，帮助研究人员找到相关的序列或标注。
除了GenBank，NCBI还维护着其他重要的数据库，如PubMed、PubMed Central和ClinVar。
PubMed是一个生物医学文献数据库，收录了许多科学期刊的摘要和全文。
研究人员可以使用PubMed来查找与特定主题相关的研究论文。
与此同时，PubMed Central是一个免费的全文文章存储库，提供了许多开放获取的研究论文。
而ClinVar是一个与遗传变异相关的数据库，其中包含了与疾病关联的人类基因突变信息。
此外，NCBI还提供了一些数据库和工具，用于分析和预测蛋白质结构和功能。
这些资源包括Protein Data Bank（蛋白质数据银行）和Protein BLAST。
蛋白质数据银行是一个用于存储三维蛋白质结构的数据库，提供了许多蛋白质结构的立体坐标和结构信息。
Protein BLAST是一个用于比对和比较蛋白质序列的工具，可以帮助科学家预测蛋白质的功能和结构。
总的来说，NCBI是一个重要的生物信息学资源库，提供了丰富的生物学数据库和工具，可以帮助科学家和研究人员进行各种生物信息学研究。
生物信息学数据库
BLAST：碱基局部对准检索工具
Basic Locul Alignment Search Tool
可进行核苷酸序列、蛋白质序列方面的 同源性分析，能在8秒内在整个DNA数据库 中进行序列比较。
diabetes
顺序号中第1位数字表示所涉及 基因的遗传类型： 1：常染色体显性（1994.5.15前创建） 2：常染色体隐性（1994.5.15前创建） 3：X连锁基因座或表现型 4：Y连锁基因座或表现型 5：线粒体基因座或表现型 6：常染色体基因座或表现型 （1994.5.15后创建的条目）
比较结果页面
彩色积 分图
序 列 相 似 存贮号 描 述
描述
积分
检索 范围
E值 统计
链接
相似率为100%
序列对准 描述
三、基因组数据库
1、Genome：可获得800多种生物体的基 因组数据，部分已完成测序。
2、人类基因组资源： human genome resources
整合了多种相关的分子生物学数据库和 公共分析软件，为科研人员提供了自动化 的实验数据获得、加工和整理途径，为基 因区域的预测和基因功能预测提供了一系 列便捷的方法。
序列数据库 结构数据库 生物信息学数据库的种类 图谱数据库 突变数据库 文献数据库
专业杂志 生物信息学数据库的查找方法 专门数据库目录的网站
著名的生物信息学中心
参见教材p227--p242
NCBI数据库组织
一、NCBI中的生物信息数据库
1）、PubMed： 生物医学文献数据库 2）、Nucleotide：核酸序列数据库 3）、Protein sequence database：
生物信息学中的数据库资源及其应用
生物信息学中的数据库资源及其应用摘要：伴随着生物信息学的发展，生物信息数据库日趋完善。
现对生物信息学、数据库的建设及其应用情况进行了综述，并展望生物信息学的发展前景。
关键词：生物信息学；数据库的建设及其应用生物信息学(Bioinformatics)是80年代末随着人类基因组计划的启动而兴起的一门新的交叉学科，最初常被称为基因组信息学。
广义地说，生物信息学是一门采用计算机技术和信息论方法对蛋白质及其核酸序列等多种生物信息采集、加工、储存、传递、检索、分析和解读的科学，是现代生命科学与信息科学、计算机科学、数学、统计学、物理学和化学等学科相互渗透而形成的交叉学科。
美国人类基因组计划中[1]，对基因组信息学有这样的定义：它是一个学科领域，包含着基因组信息的获取、处理、存储、分配、分析和解释的所有方面。
这一定义包含着两方面的内容，一方面是发展有效的信息分析工具，构建适合于基因组研究的数据库，用于搜集，管理，使用人类基因组和模式生物基因组的巨量信息。
另一方面是配合实验研究，确定约30亿个碱基对的人类基因组完整核苷酸顺序，找出全部约10万个人类基因在染色体上的位置以及包括基因在内的各种DNA片段的功能，也就是“读懂”人类基因组[2]。
正如基因组信息学的定义所确定的，它的研究内容主要包含两个部分，一是基因组相关数据的收集与管理，另一个是基因组数据内涵的分析与解释，也就是遗传密码的破译。
生物信息学自产生以来大致经历了前基因组时代、基因组时代和后基因组时代三个发展阶段。
前基因组时代的标志性工作包括生物数据库的建立、检索工具的开发以及DNA和蛋白质序列分析等；基因组时代的标志性工作包括基因识别与发现、网络数据库系统的建立和交互界面工具的开发等；后基因组时代的标志则是大规模基因组分析、蛋白质组分析以及各种数据的比较与整合。
三个阶段虽无明显的界限，却真实地反映了整个研究重心的转移变化历程[3]。
1 生物信息学数据库简介近年来随着大量生物学实验数据的积累，众多的生物学数据库也相继出现，它们各自按照一定的标准收集和处理生物学实验数据，并提供相关的数据查询、处理等服务。
NCBI_功能详细介绍
NCBI_功能详细介绍NCBI（National Center for Biotechnology Information，国家生物技术信息中心）是一个提供生物医学和基因组学研究数据的资源库和数据库。
NCBI的主要目标是促进和推动生物医学研究的发展，并为科学家、医生和公众提供相关信息。
NCBI提供了各种各样的数据库和工具，用于存储、检索和分析生物医学和基因组学数据。
下面是一些NCBI提供的主要功能的详细介绍：2. GenBank：GenBank是一个基因序列数据库，存储了全球范围内的基因序列数据。
研究人员可以通过GenBank获得基因序列和相关信息，用于基因功能研究、进化分析和生物信息学研究。
3. BLAST：BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种常用的序列比对工具，用于比对给定的DNA、RNA或蛋白质序列与NCBI数据库中的序列。
BLAST可以帮助研究人员确定新序列的相关性，并找到与其相似的序列。
4. Entrez：Entrez是一个综合性的引擎，可以对NCBI的不同数据库进行全文。
研究人员可以通过Entrez进行文献检索、基因和蛋白质注释、序列比对等操作，方便地获取各类生物学数据。
5. PubChem：PubChem是一个化学物质数据库，存储了数百万种化合物的化学结构和相关信息。
研究人员可以通过PubChem化合物的属性、药理学和毒理学数据，以及相关的文献信息。
6. OMIM：OMIM（Online Mendelian Inheritance in Man）是一个遗传疾病数据库，提供了人类遗传疾病的基因和表型信息。
研究人员可以通过OMIM了解各种遗传疾病的发病机制、遗传模式以及相关基因的功能。
7. RefSeq：RefSeq是一个参考序列数据库，存储了各个物种的基因组和转录组序列。
RefSeq提供了基因的注释信息，包括基因的外显子、内含子、启动子、终止子等区域的序列。
NCBI_功能详细介绍
NCBI_功能详细介绍NCBI（National Center for Biotechnology Information，国家生物技术信息中心）是美国国立卫生研究院（NIH）的一个部门，旨在为科学家、研究者和医生提供生物信息学数据库和工具，以促进生物医学研究和医疗实践的发展。
NCBI提供了一系列的数据库和工具，涵盖了基因组学、遗传学、生物技术和生物信息学的多个领域，为用户提供了许多功能和资源。
以下是NCBI提供的一些主要功能：1. PubMed：PubMed是一个免费的生物医学文献数据库，收录了来自全球各地的医学和生物医学研究的学术文章和论文摘要。
它是全球最大的生物医学文献数据库之一，每年更新数量庞大的文献。
研究人员、医生和学生可以使用PubMed来查找相关的研究论文，以支持他们的研究和临床实践。
3. BLAST：BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一个用于比对和分析生物序列的工具。
它可以对输入的DNA或蛋白质序列与数据库中的序列进行比对，以寻找相似的序列片段或相应的功能注释。
BLAST被广泛用于基因组学、生物技术和分子生物学的研究中。
4. Entrez：Entrez是一个综合性引擎和浏览器，用于访问NCBI提供的不同数据库中的信息。
用户可以使用Entrez工具来查找特定的文章、序列、结构、基因、文献、蛋白质、基因组、生物样本等信息，并浏览相关的文献和数据。
6. dbSNP：dbSNP是一个单核苷酸多态性数据库，记录了人类和其他物种的基因组中的单核苷酸变异信息。
它是一个重要的资源，用于研究人员研究遗传变异与疾病风险和治疗反应之间的关系，以及个体间的遗传差异。
总之，NCBI提供了许多重要的生物信息学数据库和工具，为科学家、研究者和医生提供了进行生物医学研究和临床实践所需的关键资源。
它在基因组学、遗传学、生物技术和生物信息学的研究中起到了非常重要的作用，并对生物医学领域的发展做出了巨大贡献。
常用的生物数据库(二)
常用的生物数据库（二）引言概述：生物数据库是生物信息学领域的重要工具，可以帮助研究人员存储、管理和共享生物数据。
本文将介绍常用的生物数据库（二），以便研究人员更好地利用这些资源进行生物学研究。
正文内容：一、蛋白质相互作用数据库1. STRING数据库：提供蛋白质相互作用预测和注释功能。
2. IntAct数据库：收集整理蛋白质相互作用数据，提供数据检索和分析工具。
3. BioGRID数据库：整合多种物种的蛋白质相互作用数据，并提供丰富的功能注释。
二、基因组数据库1. GenBank数据库：包含大量的序列数据，包括基因组、转录本和蛋白质序列等。
2. ENSEMBL数据库：集成了各种生物信息学工具，提供全面的基因组注释信息。
3. UCSC数据库：基于人类基因组构建的浏览器，提供详细的基因组注释和可视化功能。
三、表达谱数据库1. GEO数据库：收集了大量的基因表达谱数据，可进行数据检索和分析。
2. ArrayExpress数据库：包含了来自各种高通量技术的表达谱数据，提供数据下载和分析工具。
3. TCGA数据库：整合了多种癌症的基因表达数据，可进行差异表达和生存分析等研究。
四、突变数据库1. dbSNP数据库：记录了常见的单核苷酸多态性（SNP）数据，是研究遗传变异的重要资源。
2. COSMIC数据库：专注于癌症相关的突变数据，包含了大量的突变谱系和功能注释信息。
3. ClinVar数据库：整合了与人类疾病相关的遗传变异数据，提供临床相关的注释信息。
五、药物数据库1. DrugBank数据库：收录了大量的药物信息，包括结构、作用机制和药理学数据等。
2. PubChem数据库：提供了大量的小分子化合物数据，可进行化学结构搜索和药物筛选等研究。
3. ChEMBL数据库：整合了化合物活性数据和药物靶点信息，可用于药物发现和优化。
总结：生物数据库为生物学研究提供了丰富的数据资源和分析工具。
蛋白质相互作用数据库、基因组数据库、表达谱数据库、突变数据库和药物数据库是常用的生物数据库之一。
生物数据库介绍——NCBI
⽣物数据库介绍——NCBINCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家⽣物技术信息中⼼）除了维护GenBank核酸序列数据库外，还提供数据分析和检索资源。
NCBI资源包括Entrez、Entrez编程组件、MyNCBI、PubMed、PudMed Central、PubReader、Gene、the NCBI Taxonomy Browser、BLAST、Pimer-Blast、COBALT、RefSeq、UniGene、HomoloGene、ProtEST、dbMHC、dbSNP、dbVar、Epigenomics、the Genetic Testing Registry、Genome和相关⼯具、⽐对查看器、跟踪存档、Sequence Read Archive、BioProject、BioSample、ClinVar、MedGen、HIV-1/⼈类蛋⽩质相互作⽤数据库、Gene Expression Omnibus、Probe、Online Mendelian Inheritance in Animals、the Molecular Modeling Database、the Conserved Domain Database、the Conserved Domain Architecture Retrieval Tool、Biosystem、Protein Clusters and thePubChem suite of small molecule databases，所有这些资源可以在NCBI主页找到。
Databases⼀个提供有关基因组组装结构，装配名称和其他元数据，统计报告以及基因组序列数据链接等信息的数据库。
⼀个有关培养物、动植物样本和其他⾃然样本的精选元数据集。
记录显⽰样本状态，有关馆藏的机构的信息，以及NCBI中相关数据链接。
生物信息学：第一讲数据库介绍
�
生物信息学实验
第一讲 数一级数据库(primary databases): ): Genbank数据库,EMBL核酸库和 数据库, 核酸库和DDBJ数据库; 数据库; 数据库 核酸库和 数据库 SWISS-PROT数据库,PIR数据库,PDB数据库 数据库, 数据库, 数据库 数据库 数据库 等等. 等等. 二级数据库( 二级数据库(secondary databases): ): 人类基因组图谱库GDB,真核生物基因表达调 , 人类基因组图谱库 控因子数据库TRANSFAC,蛋白质结构家族分 控因子数据库 , 类库SCOP 等等. 等等. 类库
(五)蛋白质结构与分类数据库
PDB(蛋白质结构数据库 : 蛋白质结构数据库): 蛋白质结构数据库 /pdb/ PROSITE(Motif数据库 : 数据库): 数据库 /prosite/ SCOP(蛋白质结构分类数据库 : 蛋白质结构分类数据库): 蛋白质结构分类数据库 /scop CATH(蛋白质结构与功能关系分类数据库 : 蛋白质结构与功能关系分类数据库): 蛋白质结构与功能关系分类数据库 /bsm/cath/
(三)基因组数据库
GDB(人类基因组数据库 : 人类基因组数据库): 人类基因组数据库
euGenes(真核生物基因综合知识库 : 真核生物基因综合知识库): 真核生物基因综合知识库 /
(四)蛋白质序列数据库
SWISS-PROT(无冗余蛋白序列数据库 : 无冗余蛋白序列数据库): 无冗余蛋白序列数据库 /sprot/ PIR(蛋白质信息资源库 : 蛋白质信息资源库): 蛋白质信息资源库 /pirwww OWL(复合蛋白序列数据库 : 复合蛋白序列数据库): 复合蛋白序列数据库 /dbbrowser/OWL/
生物信息学常用数据资源介绍
生物信息学常用数据资源介绍
生物信息学是一门跨学科的学科，它将计算机科学与生物学有机地结合起来，为生命科学研究提供了新的方法和手段。
在生物信息学中，数据资源是非常重要的，因为数据资源直接关系到生物信息学研究的深度和广度。
本文将介绍生物信息学中常用的数据资源，包括基因组数据库、蛋白质数据库、序列数据库、文献数据库等。
1. 基因组数据库
基因组数据库是基因组信息的集大成者。
基因组数据库收集了各种生物的基因组序列、基因注释、基因组结构等信息。
常用的基因组数据库有：GenBank、EMBL、DDBJ、NCBI、Ensembl、UCSC Genome Browser 等。
2. 蛋白质数据库
蛋白质数据库是收集了各种生物的蛋白质序列、蛋白质结构、蛋白质功能等信息的数据库。
常用的蛋白质数据库有：UniProt、PDB、Swiss-Prot、TrEMBL等。
3. 序列数据库
序列数据库主要收集了各种生物的核酸序列和蛋白质序列。
常用的序列数据库有：NCBI GenBank、EMBL、DDBJ、RefSeq、UniProtKB 等。
4. 文献数据库
文献数据库主要收集了各种与生物学相关的学术文献，包括期刊论文、会议论文、书籍等。
常用的文献数据库有：PubMed、Web of
Science、Google Scholar等。
总结
生物信息学中的数据资源非常丰富，为生物信息学研究提供了非常重要的数据支持。
除了以上介绍的常用数据资源，还有很多其他的数据资源，例如代谢组数据库、蛋白质互作数据库等等。
研究者可以根据自己的需要选择合适的数据资源，以便更好地开展生物信息学研究。
ncbi使用指导
ncbi使用指导摘要：一、NCBI 简介1.NCBI 的定义和作用2.NCBI 的主要数据库二、NCBI 数据库使用方法1.基因数据库查询2.蛋白质数据库查询3.核酸序列数据库查询4.文献数据库查询三、NCBI 工具使用方法1.BLAST 工具2.ClustalW 工具3.Primer-BLAST 工具四、NCBI 的高级功能1.基因变异数据库查询2.基因表达数据库查询3.基因组数据库查询正文：一、NCBI 简介CBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）是一个提供生物科学和生物医学研究的公共资源网站。
它包含了大量的生物学和医学信息，为科研工作者提供了便捷的生物信息学资源。
NCBI 的主要数据库包括基因数据库、蛋白质数据库、核酸序列数据库和文献数据库等。
二、NCBI 数据库使用方法1.基因数据库查询基因数据库（Gene Database）是NCBI 的核心数据库之一，包含了大量已知的基因信息。
用户可以通过基因名称、序列标签、转录因子结合位点等信息进行查询。
查询结果包括基因的详细信息、基因序列、表达数据等。
2.蛋白质数据库查询蛋白质数据库（Protein Database）包含了大量已知的蛋白质信息，包括蛋白质序列、功能域、结构域等。
用户可以通过蛋白质名称、序列、功能等信息进行查询。
查询结果包括蛋白质的详细信息、序列、结构等。
3.核酸序列数据库查询核酸序列数据库（Nucleotide Database）包含了大量已知的核酸序列信息，包括基因组序列、cDNA 序列等。
用户可以通过序列名称、物种等信息进行查询。
查询结果包括核酸序列的详细信息、序列等。
4.文献数据库查询文献数据库（PubMed Database）是生物医学领域的文献摘要数据库，收录了大量的生物学和医学文献。
用户可以通过关键词、作者、杂志等信息进行查询。
查询结果包括文献的详细信息、摘要等。
ncbi使用指导
ncbi使用指导摘要：一、NCBI简介二、NCBI主要数据库和工具三、NCBI的检索策略四、检索实例与解析五、NCBI的实用功能六、总结与建议正文：CBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）是一个提供全球生物学和医学研究信息的著名在线数据库。
它为科研工作者提供了丰富的生物信息学资源和强大的分析工具，使得研究者能够在全球范围内快速获取相关研究数据和研究成果。
本文将介绍NCBI的主要数据库、实用功能和检索策略，并通过实例分析帮助读者更好地利用NCBI进行生物信息学研究。
一、NCBI简介CBI成立于1988年，隶属于美国国立卫生研究院（NIH）。
其主要目标是建立、维护和更新生物学和医学领域的数据库和分析工具，为全球科研工作者提供生物信息学支持。
NCBI的主要数据库和工具包括：1.基因数据库：如基因序列数据库（GenBank）、蛋白质序列数据库（Protein Bank）等；2.基因组数据库：如人类基因组计划（Human Genome Project）、大肠杆菌基因组数据库（Escherichia coli Genome Database）等；3.基因表达数据库：如基因表达综合数据库（Gene Expression Omnibus，GEO）等；4.蛋白质结构数据库：如蛋白质结构数据库（Protein Data Bank，PDB）等；5.文献数据库：如PubMed、PubMed Central等；6.分析工具：如BLAST、CLUSTALW、MEGA等。
二、NCBI主要数据库和工具1.GenBank：GenBank是NCBI的核心数据库之一，收录了全球范围内生物学研究中的基因序列、基因组序列等。
GenBank数据可通过FASTA格式或其他格式下载。
2.BLAST：BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种序列比对工具，可快速找到两个序列之间的相似性。
医疗研究中的生物信息学数据库与资源分享
医疗研究中的生物信息学数据库与资源分享随着科技的发展，生物信息学数据库和资源在医疗研究中扮演着越来越重要的角色。
这些数据库和资源不仅为医疗研究人员提供了丰富的数据和信息，还促进了多个领域之间的合作与交流。
本文将介绍一些在医疗研究中常用的生物信息学数据库和资源，并分享其在研究中的应用。
一、基因组数据库基因组数据库是存储和管理各种生物基因组信息的资源。
其中，GenBank、Ensembl和UCSC Genome Browser是最常用的基因组数据库之一。
GenBank是由美国国家生物技术信息中心（NCBI）维护的一种开放式数据库，提供了大量的DNA序列、蛋白质序列和基因组注释信息。
Ensembl数据库则提供了多种物种的基因组、转录组、蛋白质等信息，并且允许用户进行基因功能预测和互动式分析。
UCSC Genome Browser则为用户提供了基因组序列、基因注释、染色体结构等信息的可视化展示和查询工具，方便研究者进行基因组研究。
二、蛋白质数据库蛋白质数据库存储和管理着蛋白质序列、结构、功能和相互作用等相关信息。
其中，UniProt是最常用的蛋白质数据库之一。
UniProt数据库为研究者提供了丰富的蛋白质序列和注释信息，并且还提供了可视化工具和数据分析工具，方便研究者进行蛋白质功能预测和结构预测等研究。
三、疾病数据库疾病数据库是存储和管理各种疾病相关信息的资源。
其中，OMIM （Online Mendelian Inheritance in Man）是一个重要的疾病数据库。
OMIM收录了遗传性疾病和突变基因的相关信息，并且提供了基因突变、遗传方式、临床表现等详细的数据。
此外，ClinVar数据库也是一个重要的疾病数据库，它收集了与临床相关的遗传变异信息，并提供了变异的疾病相关信息。
四、表达谱数据库表达谱数据库是存储和管理各种生物体在不同组织或条件下的基因表达信息的资源。
Among之中，GEO（Gene Expression Omnibus）是一个重要的表达谱数据库。