酶促反应动力学
第五节 酶促反应动力学
第五节酶促反应动力学酶促反应动力学是研究酶促反应速度的规律以及影响酶促反应速度的各种因素。
这些因素主要包括酶浓度、底物浓度、pH、温度、抑制剂和激活剂等。
由于酶作为生物催化剂的特征就是加快化学反应的速度,因此,研究酶促反应的速度规律, 是酶学研究的重要内容之一;同时,在酶的结构与功能的关系以及酶作用机理的研究中,常需要动力学提供实验证据;在实际工作中为了使酶能最大限度地发挥其催化效率,亦需寻找酶作用的最佳条件;以及为了解酶在代谢中的作用或某些药物的作用机理时,需要研究酶促反应的速度规律。
因此对酶促反应动力学的研究,具有重要的理论和实际价值。
一、底物浓度对反应速度的影响(一)底物浓度对反应速度的关系在其他因素,如酶浓度、pH、温度等不变的情况下,底物浓度的变化与酶促反应速度之间呈矩形双曲线关系(图3-1)。
图3-1底物浓度对反应初速度的影响从图中可以看出:1.在底物浓度很低时,反应速度随底物浓度的增加而急骤上升,两者呈正比关系,表现为一级反应;2.随着底物浓度的升高,反应速度不再呈正比例加快,反应速度增加的幅度变缓,表现为混合级反应;3.如果继续增加底物浓度,反应速度不再增加,表现为零级反应。
此时,无论底物浓度增加多大,反应速度也不再增加。
这说明酶已被底物所饱和。
所有的酶都有饱和现象,只是达到饱和时所需的底物浓度各不相同而已。
(二)米氏方程Michaelis 和Menten 在前人工作的基础上,经过大量的实验,1913年前后提出了反应速度和底物浓度关系的数学方程式,即著名的米曼氏方程(Michaelis-Menten equation),简称米氏方程.max [S][S]=+m V v K式中V max 为最大反应速度(maximum velocity ),[S]为底物浓度,K m 为米氏常数(Michaelis constant ),ν是在不同[S]时的反应速度。
当底物浓度很低([S]<<K m )时,max[S]mV v K =,反应速度与底物浓度成正比。
酶促反应动力学名词解释
酶促反应动力学名词解释
酶促反应动力学是研究酶催化反应速率、酶与底物之间的相互作用以及反应机制的科学领域。
酶是一种生物催化剂,能够加速化学反应的速率,而酶促反应动力学则是用来描述和解释酶催化反应速率的规律。
酶促反应动力学的主要研究内容包括反应速率、反应机理和酶动力学参数等。
反应速率是指单位时间内反应物转化为产物的量,可以通过测量底物浓度的变化来确定。
酶催化反应速率通常比非酶催化的速率高几个数量级,这是因为酶能够提供更适合反应进行的环境,如形成特定的活性位点、降低反应的活化能等。
反应机理是指酶催化反应中涉及的化学步骤和中间产物的生成过程。
酶催化的反应通常包括底物与酶结合形成底物-酶复合物、底物在酶的活性位点上发生化学反应、产物与酶解离的过程。
通过研究反应机理,可以更好地理解酶催化反应的特点和机制。
酶动力学参数是描述酶催化反应速率和酶与底物之间相互作用的定量指标。
常见的酶动力学参数包括最大反应速率(Vmax)、米氏常数(Km)和催化效率(kcat/Km)等。
Vmax表示在酶的浓度饱和状态下的最大反应速率,Km表示酶与底物结合的亲和力,kcat/Km则是酶催化反应的效率常数。
总的来说,酶促反应动力学的研究对于理解酶催化的反应机制、设计高效的酶催化反应以及开发新型药物和工业催化剂等方面具有重要的意义。
通过深入研究酶
促反应动力学,可以为生物工程、医药化学和工业生产等领域的应用提供理论和实践基础。
酶促反应动力学
第一节 酶促反应的动力学方程
一、化学动力学基础
1、反应分子数和反应级数 1)反应分子数
指在反应中真正相互作用的分子数。
A
P
A+B
P+Q
2)反应级数
指实验测得的反应速率与反应物浓度之间的关系,符合 哪种速率方程,则这个反应就是几级反应。
蔗糖 + H2O 蔗糖酶 葡萄糖 + 果糖
1
3)零级反应的特征
反应速率与反应物浓度无关。初始浓度增加,反应速度不变, 要使反应物减少一半所需完成的反应量增加,因此最后表现为半 衰期与初始浓度成正比。
二、底物浓度对酶促反应的影响
1、酶促反应初速度与底物浓度之间的关系 1903年Henri以蔗糖酶水解蔗糖为例,研究底物浓度与酶促反
应速度之间关系时,发现两者的关系符合双曲线关系。
k2
Km= (k2+k3)/k1
Km是[ES]的分解常数与生成常数的比值。 Km的真正含义是, Km越大意为着[ES]越不稳定,越容易分解。但不能说明[ES]是容 易分解成底物还是产物。
kcat/Km可表示为 [k3/(k2 + k3)]k1, k3/(k2 + k3)代表[ES] 分解成产 物的分解常数占[ES] 总分解常数的比值。 k3/(k2 + k3)越大,说明 [ES]越容易分解成产物。 k1是[ES] 生成常数。因此, kcat/Km数 值大不仅表示[ES]容易生成,还表示[ES]易分解成产物。真正代 表酶对某一特定底物的催化效率。所以,也称为专一性常数。 极限值是k1 ,意为[ES]不会再分解为底物。
酶的化学本质是蛋白质,因此,酶 对温度具有高度的敏感性,随着温度 的升高,分子的构象会逐渐地被破 坏,失去催化活性。
酶促反应动力学(有方程推导过程)
酶促反应动力学(kinetics of enzyme- catalyzed reactions)是研究酶促反应速度及其影响因素的科学。酶促反应的影响因素主要包括酶的浓度、底物的浓度、pH、温度、抑制剂和激活剂等。
01
酶促反应动力学
02
3.4 酶促反应动力学
酶浓度的影响
在一定温度和pH下,酶促反应在底物浓度大于100 Km时,速度与酶的浓度呈正比。 酶浓度对速度的影响机理:酶浓度增加,[ES]也增加,而V=k3[ES],故反应速度增加。
,所以
(2)
将(2)代入(1)得:
(3)
当[Et]=[ES]时,
(4)
所以
将(4)代入(3),则:
01
Vmax指该酶促反应的最大速度,[S]为底
02
物浓度,Km是米氏常数,V是在某一底物浓
03
度时相应的反应速度。从米氏方程可知:
04
当底物浓度很低时
05
<< Km,则 V≌Vmax[S]/Km ,反应速度
〔E〕〔S〕
〔ES〕
〔E〕〔I〕
〔EI〕
ki
解方程①②③得: 〔ES〕=
〔E〕t
(1 + )+1
Km
〔S〕
〔I〕
Ki
又因vi=k3〔ES〕,代入上式得: Vi=
(1 + )+〔S〕
Km
〔I〕
Ki
Vmax〔S〕
〔I〕
Ki
很多药物都是酶的竞争性抑制剂。例如磺胺药与对氨基苯甲酸具有类似的结构,而对氨基苯甲酸、二氢喋呤及谷氨酸是某些细菌合成二氢叶酸的原料,后者能转变为四氢叶酸,它是细菌合成核酸不可缺少的辅酶。由于磺胺药是二氢叶酸合成酶的竞争性抑制剂,进而减少细菌体内四氢叶酸的合成,使核酸合成障碍,导致细菌死亡。抗菌增效剂-甲氧苄氨嘧啶(TMP)能特异地抑制细菌的二氢叶酸还原为四氢叶酸,故能增强磺胺药的作用。
酶促动力学
H C
S CHCl E S As
H C
CHCl + 2HCl
巯基酶
S E S
路易士气
H2C SH
失活的酶
酸
H As C CHCl + HC SH H2C OH
H SH H2C S As C CHCl + HC S E SH H2C OH
失活的酶
BAL
巯基酶 BAL与砷剂结合物
三、酶的抑制作用
(五)一些重要的抑制剂
*竟争性抑制举例
1.丙二酸对琥珀酸脱氢酶的抑制
琥珀酸
琥珀酸脱氢酶 FAD FADH2
延胡索酸
COOH CH2 C H2 COOH 琥珀酸
COOH CH2 COOH 丙二酸
•
磺胺类药物的抑菌机制
与对氨基苯甲酸竞争二氢叶酸合成酶
二氢蝶呤啶 + 对氨基苯甲酸 + 谷氨酸
二氢叶酸 合成酶 二氢叶酸
H2N
加入非竞争性抑制 剂后,Km 不变,而 Vmax减小。
非竞争性抑制作用的Lineweaver–Burk图 :
加入非竞争性抑制剂 后,Km 不变,而 Vmax减小。
非竞争性抑制剂与酶活 性中心以外的基团结合。 这类抑制作用不会因提高 底物浓度而减弱
三、酶的抑制作用
(二) 抑制作用的类型
(3)反竞争性抑制
影响因素包括有
底物浓度、pH、温度、 抑制剂、激活剂、酶浓度等。
※ 研究一种因素的影响时,其余各因素均恒定。
影响酶促反应速率的因素:
底物浓度[S] 酶浓度[E] 反应温度 pH 值 抑制剂I 激活剂A
二、底物浓度对酶反应速度的影响
355
当底物浓度达到一定值 反应速度达到最大值 (Vmax),此时再增加底物浓度,反应速度不再增加
酶促反应动力学.
乒乓反应 (双置换反应)动力学方程
• 双置换反应的特点是:酶同A的反应产物(P)是酶同第二 个底物结合之前释放出来,相应的酶转变E。
乒乓反应动力学方程
乒乓反应动力学曲线图
三、酶的抑制作用
能够和酶的必需基团结合,改变必需基团的结构和性质,酶未发生变性, 从而引起酶活性的下降,甚至使酶的活性完全丧失的现象称酶的抑制作 用。能引起抑制作用的物质称为抑制剂。
V Vmax
[S] 当底物浓度较低时
反应速度与底物浓度成正比;反 应为一级反应。
V Vmax
[S] 随着底物浓度的增高
反应速度不再成正比例加速;反应 为混合级反应。
V Vmax
[S] 当底物浓度高达一定程度
反应速度不再增加,达最大速度; 反应为零级反应
米氏方程
Vmax [S] V= Km + [S]
在低底物浓度时, 反应速 度与底物浓度成正比,表 现为一级反应特征。 当底物浓度达到一定值, 几乎所有的酶都与底物结 合后,反应速度达到最大
值(Vmax),此时再增加
底物浓度,反应速度不再 增加,表现为零级反应。
Rate of Reaction(v)
100
80
60
40
20
0 ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 Concentration of Substrate(umol/L)
•
和底物的亲和力。
• ⑤催化可逆反应的酶正逆方向反应的Km是不相同的,测定 细胞内Km和正逆方向反应的底物浓度,可大致推测正逆反
应的效率,判断酶在细胞内的催化的主要方向。
(2)Vmax和K3(Kcat)的意义
(3) Kcat / Km的意义
酶促反应动力学
ES + I Ki ESI
E+P
非竞争性抑制的双倒数方程:
3. 反竞争性抑制作用
• 抑制剂仅与酶和底物形成的中间产物(ES) 结合,使ES的量下降。这样,既减少从 ES转化为产物的量,也同时减少从ES解 离出游离酶和底物的量。
• 特点:Vmax和Km均降低。
E+S
ES + I Ki ESI
(三)Km值和Vmax值的测定
双倒数方程式: Km 1 1 1 + v = V Vmax max [S]
.
双倒数做图法: • 用于测Km值和Vmax值 • 用于判断可逆性抑制反应的性质
二、酶浓度对反应速度的影响
• 当[S]>>[E]时, [E]与v呈正比 关系。
三、温度对反应速度的影响
双重影响 • 最适温度:酶促反应速度最快时的环境 温度。 • 体内大多数酶的最适温度在35~40℃之 间。 • 最适温度不是酶的特征性常数。 • 低温不使酶破坏。
第三节
酶促反应动力学
研究的是酶促反应速度及其影响因素的 关系。 酶促反应速度:用单位时间内底物的 消耗量或产物的生成量表示 研究酶促反应动力学要采用初速度 初速度:反应速度与时间呈正比的阶 段。 反应10min. 或底物消耗在5%
影响因素: • 底物浓度([S]) • 酶浓度([E]) • 温度 • pH
1. 竞争性抑制作用
• 概念:抑制剂与酶的底物结构相似,可 与底物竞争酶的活性中心,从而阻碍酶 与底物结合形成中间产物,而抑制酶的 活性。
E+S +
ES
E+P
I
Ki
v= EI
Vmax [S] Km (1+
【生物化学】第六章 酶促反应动力学
本章纲要
一、化学动力学基础 二、底物浓度对酶反应速度的影响 三、抑制剂对酶反应速度的影响 四、激活剂对酶反应速度的影响 五、温度对酶反应速度的影响 六、pH对酶反应速度的影响
一、化学动力学基础
了解反应速率及其测定 反应分子数和反应级数
一、化学动力学基础
㈠ 反应速率及其测定
单位时间内反应物的减少量或生成物的增加量用瞬时速率表示, 单位: 浓度/时间,研究酶反应速度以酶促反应的初速度为准。
第六章 酶促反应动力学
Enzyme kinetics
概述
研究酶促反应的速率以及影响此速率的各 种因素的科学,是酶工程中的重要内容
研究酶结构和功能的关系以及酶的作用机 制,需要动力学提供实验数据
发挥酶促反应的高效率,寻找最为有利的 反应条件
酶在代谢中的作用和某些药物的作用机制 具有理论研究的意义和实践价值
C是反应物的浓度变化, K为速率常数,是时间的倒数 基元反应:反应物分子在碰撞中一步直接转化为生成物分子的反应。
一、化学动力学基础
2. 反应级数:实验测得的表示反应速率与反应浓度之间关系的概念。 对于基元反应
1.一级反应单分子反应符合V=KC的反应
蔗糖+水
葡萄糖+果糖 V=KC蔗糖C水
由于水的浓度变化影响可忽略(非限制性因素)则V=KC蔗糖
二、底物浓度对酶反应速度的影响
㈠ 中间络合物学说
L.米歇利斯和L.M.门腾(1913)基于酶被底 物饱和的现象,提出“中间产物”学说:
酶与底物反应时,通过特异识别作用,先 形成酶底物复合物,然后再形成产物和酶分 子,酶分子重新结合底物。
该学说已得到大量实验证实
012345678
80
60
5.3酶促反应动力学
5.3酶促反应动力学酶促反应动力学酶促反应动力学是研究酶促反应的速度以及影响酶促反应速度的各种因素,包括低物浓度、酶浓度、pH 、温度、激活剂与抑制剂、等。
一、酶的量度酶的含量不能直接用重量和摩尔数表示(不纯、失活、分子量不知),而采用酶的活力单位表示1、酶活力与酶促反应速度酶活力:用在一定条件下,酶催化某一反应的反应速度表示。
反应速度快,活力就越高。
酶量—酶活力一反应速度酶促反应速度的表示方法:单位时间、单位体积中底物的减少量或产物的增加量。
单位:浓度/单位时间研究酶促反应速度,以酶促反应的初速度为准。
因为底物浓度降低、酶部分失活产物抑制和逆反应等因素,会使反应速度随反应时间的延长而下降。
2、酶的活力单位(U )国际酶学会标准单位:在特定条件下,1分钟内能转化1umol 底物的酶量,称一个国际单位(IU )。
特定条件:25℃ pH 及底物浓度采用最适条件(有时底物分子量不确定时,可用转化底物中1umol 的有关基团的酶量表示)。
2、酶的比活力 Specific activity每毫克酶蛋白所具有的酶活力。
酶的比活力是分析酶的纯度是重要指标。
单位:U/mg 蛋白质。
有时用每克酶制剂或每毫升酶制剂含有多少个活力单位表示。
酶的提纯过程中,总蛋白减少,总活力减少,比活力增高。
酶的纯化倍数:酶的回收率: ×100% 4、酶的转换数和催化周期分子活性定义:每mol 的 enzyme 在1秒内转化substrate 的 mol 数。
亚基或催化中心活性定义:每mol 的active subunit 或 active center 在一秒内转化的substrate 的mol 数,称为转换数Kcat转换数的倒数即为催化周期:一个酶分子每催化一个底物分子所需的时间。
二、底物浓度对酶促反应速度的影响单底物酶促反应,包括异构酶、水解酶及大部分裂合催化的反应。
1913 Michaelis 和Menten 提出米—曼方程。
酶促反应动力学
金属离子
金属离子以3种途径参加催化过程
通过结合底物为反应定向 通过可逆地改变金属离子的氧化态调节氧化还原反
应 通过静电稳定或屏蔽负电荷
酶促反应动力学
影响酶促反应的因素 温度: pH: 酶的浓度: 底物浓度: 抑制剂与激活剂:
亲核催化:分别带有多电子的原子如O、S和N,可以提供电 子去攻击底物上相对带正电子的原子(如羰基碳),即所谓 的亲核攻击。
亲电催化:是由亲电试剂(具有接受电子对的原子)引起的催 化反应,是亲核催化的反过程.
酶活性中心广义酸碱基团
广义酸基团 (质子供体)
COOH NH3+ NH NH2+
NH2 SH
OH
HN NH+
广义碱基团 (质子受体)
..COO .. NH2
NH NH
NH2 SH
O
HN N
pKa
3.96(Asp),4.32(Glu )
10.80
12.48
8.33 10.11
6.00
Glu35
(CH2)2
COO H
CH2OH
R2
O
R1
O OH O
O
R2 CO-2 CH2OH
CH2
Asp52
底物
肽链
活性中心外 必需基团
结合基团
活 性
中
心
必
催化基团
需 基
团
活性中心
诱导-契合模型
(1)当底物和活 力中心结合时,酶 蛋白的构象发生了 一定的变化;
(2)催化基团正 确地定向,才能使 底物发生转变;
酶促反应动力学
木瓜蛋白酶
胆碱脂酶
PH影响酶活力的原因可能有以下几个方面 :
1、过酸过碱会影响酶蛋白的构象,甚至使酶 变性失活。 2、PH影响底物分子和酶分子的解离状态。最 适PH与酶活性中心结合底物的基团及参与催化的 基团PK值有关,往往只有一种解离状态最有利于 与底物结合,在此PH下酶活力最高;也可能影响 到中间产物ES的解离状态。总之,都影响到ES 的形成,从而降低酶活性。 3、PH可影响酶分子中另一些基团的解离,这 些基团的离子化状态与酶的专一性及酶分子中活 力中心的构象有关。
[ES]分解的速度为:v2+v3=[ES](k2+k3)
根据恒态理论,ES形成的速度应等于分解的速度,所以: k1([E]—[ES])([S]) = [ES](k2+k3) 即:
(k2+k3)/k1=
([E]—[ES])([S]) /[ES]
令Km= (k2+k3)/k1 ,则有 Km= ([E]—[ES])([S]) /[ES] 也就是 [ES]=[E][S]/(Km+[S]) 因为反应速度的大小与[ES]成正比,即v=k3[ES],将 其带入上式则变换为: v=k3[E][S]/(Km+[S]) 而当底物浓度很高时,酶全部被底物所饱和,此时 [E]=[ES],而反应速度达到最大反应速度,即: Vmax=k3[ES]=k3[E],所以将其带入上式即可得到以下 表达式: v=Vmax[S]/(Km+[S]) 即米氏方程式。
三)酶浓度的影响 在酶促反应中,如果底物 浓度足够大,足以使酶饱和, 则反应速度与酶浓度成正比。 如右图。 这种正比关系可由下式表 示: V=K∙[E] 该式也可以由米氏方程推 导出来。式中的K表示K3[S]/ (Km+[S])。 注意:使用的酶必须是纯酶制 剂或不含抑制物的粗酶制剂。
酶促反应动力学
几种抑制剂
不可逆抑制剂 非专一性~:有机磷化合物(抑制蛋白酶和酯酶
活力)、有机汞、有机砷(与Cys的-SH)、重金属 盐、烷化试剂、氰化物、硫化物、CO(与酶中金 属结合)、青霉素(与糖肽转肽酶的Ser的-OH结合)
专一性~
Ks型~:亲和标记试剂 Kcat型~:自杀性底物
几种抑制剂
可逆抑制剂:(竞争性~)5‘-氟尿嘧啶、磺胺 药、过渡态底物类似物
活化能
酶反应与活化能
活化能是指一般分子成 为能参加化学反应的活 化分子所需要的能量;
要使反应进行迅速,途 径(1)外加能量;(2)降 低活化能;
中间络合物学说
1. 在酶催化反应S P时, 酶E先与底物S结合成中间 产物ES,ES转变为E和P, 表示为 E+S ES E+P
2. 实际的酶反应要复杂得多: 参加的底物不只一种;酶和 底物结合以及转化为底物和 酶的步骤有几步。
(5)Km=(k2+k3)/k1,若k3<<k2, 则Km近似于Ks; (6)Km可帮助推断某一代谢反应的方向和途径;
Vmax和k3
Vmax :当反应物浓度增加时,酶催化反应的速 度趋于一个极限值;
k3 (kcat) :当酶被底物饱和时每秒钟每个酶 分子转换底物的分子数,“转换数TN”
Vmax=[E]k3
锁-钥匙模型和诱导-契合模型
活性部位
只占相当小的部分(1~2%) 活性部位是一个三维实体 底物与酶相互作用的“诱导契合” 位于酶分子表面的一个裂缝内 底物通过次级键较弱的力结合到酶上 活性部位具有柔性或可运动性
酶分子中的其它部位为活性部位的形成提 供了结构的基础。
酶活性中心示意图
S-S
亲核催化:分别带有多电子的原子如O、S和N,可以提供电 子去攻击底物上相对带正电子的原子(如羰基碳),即所谓 的亲核攻击。
第四章 酶促反应动力学
– 使酶被底物饱和,以充分反应待测酶的活力
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测定酶活力的基本原理
酶蛋白的含量很低,很难直接测定其蛋白质的含 量,且常与其他各种蛋白质混合存在,将其提 纯耗时费力。故不能直接用重量或体积等指标 来衡量。
• (1)乒乓机制的动力学方程
v=
Vmax[A][B]
KmA[B]+KmB[A]+[A][B]
• 式中:[A]和[B]分别为底物A和底物B的浓度;
• KmA、KmB分别为底物A和B的米氏常数; • Vmax是指[A]和[B]都达饱和浓度时的最大反
应速度。
(2)序列机制的动力学方程式
v=
Vmax[A][B]
3)Vmax和k3(kcat)的意义
• 在酶浓度一定时,该酶对特定底物的Vmax也是一 个常数。
• 当[S]很大时,就有Vmax=k3[ES]=k3[E] • 由此可以说明Vmax和[E]成线性关系,斜率就是k3,
为一级反应的速度常数。
• K3的意义是当酶被底物饱和时每秒钟每个酶分子 所 转 换 底 物 分 子 数 , 又 叫 转 换 数 ( 简 称 TN ) ,
kcat可以用来衡量酶的催化效率,越大效率越高。
k1 E+S
ES k3 E+P
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k2
k4
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4.3.3多底物酶促反应动力学
• 在多底物反应中,最常见的是双底物反应:
A+B
P+Q
• 1)多底物反应按动力学机制分类: • (1)序列反应(单一置换反应)
E+A+B
第一章酶促反应动力学
time (h)
反应时间
A
35
动力学参数rmax和Km
VPmaxk2[E0]
全部酶呈复合物状态时的反应速率,即最大初
始反应速率。
催化活性中心速率常数kcat:酶的活性中心在单位时
间内能转化底物分子为产物的最大数量,即酶的最大转换
速率。
单底物酶催化: kcat=k+2
A
36
米氏常数Km的意义
反应速率与酶浓度成正比(底物过量) 底物浓度对反应速率的影响:
非线性。底物浓度较低,反应速率随底物浓度 提高而增加;底物浓度较高,反应速率随底物浓度 的提高而趋于稳定。
A
33
底物浓度与反应速率的关系
0.24
反应速率 v (mmol/L/h)
S
0.18
0.12
12vVS,mm 0.06
0.00
0.0
3. 忽略产物的抑制作用,不考虑P+E→ES这个可逆反应的 存在。
4. [ES]在反应开始后与E及S迅速达到动态平衡, ES分解
生成产物的速度不足以破A 坏这个平衡。
23
E +S
k+1
k-1
ES k+2 E + P
➢ 对于单底物的酶促反应:
dP
dS
dtt0 dtt0
由假设4可得到: k1[E]S []k1[E]S (1)
A
40
M-M方程动力学参数的确定
作图法(通过方程变换,将方程线性化)
✓L-B法 ✓H-W法 ✓E-H法 ✓积分法
非线性最小二乘法回归处理
✓信赖域法(Matlab的优化工具箱) ✓遗传算法(不依赖于初值,可并行计算)
A
41
第7章 酶促反应动力学
符合一级反应动力学,酶未被全部饱和,因此在[S]低时不能 正确测得酶活力; (2)当[S]>>Km时,v=Vmax,此条件下可正解测得酶活力 (3)当[S]=Km时,v=Vmax/2
Km的意义
1、Km是酶的特征物理常数 Km的大小只与酶的性质有关,而与酶浓度无关,但与底物、 温度、pH及离子强度有关。 2、Km可判断酶的专一性和天然底物 Km最小的底物称为该酶的最适底物或天然底物。1/km近似 表示酶与底物的亲和力。 3、当k3<<k2时,Km=k2/k1,Km=Ks(解离常数),严格 地说是1/Ks表示酶与底物的亲和力,当k3极小时,1/Km才 表示酶与底物的亲和力。
二、酶的抑制作用
➢ 酶的失活与抑制的区别 ➢ 酶抑制程度的表示方法 ➢ 酶抑制作用的类型 ➢ 可逆与不可逆抑制作用的鉴别 ➢ 可逆抑制作用动力学 ➢ 一些重要的抑制剂
(一)酶的失活与抑制的区别
凡是使酶蛋白质变性而引起酶活力丧失的作用称为失 活作用;由于酶必需基团化学性质的改变,但酶未变 性,而引起酶活力的降低或丧失而称为抑制作用。 变性剂对酶的变性作用无选择性 抑制剂对酶的抑制作用有选择性
特点:
A.抑制剂结构与底物的分子结构不相似。 B.抑制剂与酶活性中心外的必需基团结合。 C.抑制作用的强弱取决于[I],不能通过增加[S]减弱或解 除抑制。 D.Vmax降低,Km不变。
酶的可逆抑制作用——反竞争性抑制
酶只有与底物结合后才能与抑制剂结 合。L-Phe,L-Arg等对碱性磷酸酶的 作用是反竞争性抑制,肼类化合物抑 制胃蛋白酶、氰化物抑制芳香硫酸酯 酶的作用也属此类。
抑制剂只与酶—底物复合物结合生成抑制 剂—酶—底物死端复合物(ESI),从而抑 制酶的活性。
第9章酶促反应动力学
反应速 率与反 应物浓 度的关 系分类
反应分子数
单分子反应 A →P
例如:放射性元素的蜕变、分子重排、 同分异构体互变等。v=-dc/dt=kc
反应中真正 相互作用的 分子数目
双分子反应 A+B →P+Q
例如:2H2+O2 →2H2O; v=-dc/dt=kc1c2
反应级数
整个化学反 应的速率服 从哪种分子 反应速率
一级反应 v=-dc/dt=kc
总反应速率与浓度的关系能以单分子反应的速率 方程式表示。注意:水解反应(双分子、一级反应)
二级反应 v=-dc/dt=kc1c2
以双分子反应的速率方程式表示;反应 速率与反应物质浓度二次方成正比
零级反应 v=-dc/dt=k
例如酶促反应的最大速度
3. 各级反应的特征:
100
v
80
60
40
20
0 0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20
HeCnonrcei的ntrat蔗ion o糖f Su水bstr解ate(u实mol验/L) [S] ——保持酶浓度不变
2.1 底物浓度对酶反应速度的影响
2.1.1 中间络合物学说
酶与底物先络合成一个过渡态络合物,然后络合物进一步分解为产物和
Vmax [S] V= Km + [S]
Km — 米氏常数 Vmax — 最大反应速度
米氏方程——
•Michaelis和Menten根据中 间复合物学说提出:
E+S
ES E+P
Briggs 和 Haldance对其 进行修正,提出了稳态理 论:
E+S
ES
E+P
酶工程 第二章酶动力学 第一节酶促反应动力学
1913年前后,米彻利斯(Michaelis)和曼吞(Menten) 在前人工作的基础上,通过大量的定量研究,提出了酶促动力 学基本原理,并推导出了著名的米-曼氏方程,推导过程如下:
根据上述反应式,中间产物ES的生成速度(底物S的消失速度)
v1=k1[S][E]-k2[ES]
(2-1)
而ES的消失速度(产物P的生成速度) v2=k3 [ES],当反应达到 平衡时,即v1=v2时
第一节 酶促反应动力学
对许多酶的性质的观察和研究得知,在低的底物浓度[S]下, 反应速度(v)直接与底物浓度[S]成正比;在高底物浓度[S]下, 速度趋向于最大值(Vmax),此时反应速度与底物浓度[S]无关 (如图2-1)。
图2-1 单底物酶促反应的反应速度与底物浓度的关系
第一节 酶促反应动力学
图2-5 乒乓反应机理 实际上,多底物酶促反应动力学是非常复杂的,以上只是作以简要介绍, 有关详细内容,可查阅相关专著。
将米氏方程改写成以下形式
以 对作图,绘出曲线,横轴截距即为-值,纵轴截距则是 (图2-2)。
第一节 酶促反应动力学
图2-2 双倒数作图
第一节 酶促反应动力学
二、多底物动力学 通常情况下,酶催化反应涉及两个(少数情况下三个)底物。 现在我们考虑一个涉及两种底物和两种产物的酶促反应物反应。现在已知的生化反应 中有六成以上属于这一种反应。双底物反应的机理有下面三种 可能:
第一节 酶促反应动力学
1.有序反应机理(ordered reaction) 这种情况下,A和B分别可被说成是先导底物和后随底物,Q 是A的产物,最后被释放。A和Q竞争同游离酶E结合,但A和B则 不会(或者Q和B也不会)发生竞争(如图2-3)。依赖烟酰胺腺 嘌呤二核苷酸(NAD+或NADP+)的脱氢酶的反应就属于这种类型。
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不形成三元复合物的动力学方程 Vmax[A][B] [A][B] + [B]KmA + [A]KmB
B
v=
KmA,KmB分别为底物A和B的米 氏常数; KsA为底物A与酶结合的 解离常数
A
第二节 抑制剂对酶促反应动力学的影响
一、基本概念和抑制类型
1、抑制作用与抑制剂 由于某些化学物质的作用,酶未变性,但活性出现降低或 丧失的现象,称为酶的抑制作用。凡是可以减弱、抑制甚至 破坏酶活性的物质就称为酶的抑制剂。 酶的抑制分为不可逆抑制和可逆抑制。 2、不可逆抑制 抑制不能被解除,酶活性不能被恢复的抑制。能够导致不 可逆抑制的物质就叫不可逆抑制剂。一般情况是抑制剂与酶 分子中的必需基团以共价键结合,引起酶活性降低或丧失。 不可逆抑制剂又可分为专一性不可逆抑制剂和非专一性不 可逆抑制剂。
尿嘧啶核苷磷酸化 5-氟尿嘧啶(5-FU) 酶(胸腺嘧啶核苷 磷酸化酶) 别嘌呤醇 黄嘌呤氧化酶
黄嘌呤,次黄嘌呤
6-氨基已酸
纤溶酶
-赖氨酸-氨基酰
苯丙胺(麻黄素)
单胺氧化酶
肾上腺素(去甲肾 上腺素)
中枢兴奋,抗哮喘
2、非竞争性抑制 Vmax
Vmax
10
3、反竞争性抑制 Vmax Vmax
4、混合性抑制
5、多底物的酶促反应动力学 在酶催化的化学反应中,大部分都是有两种以上的底物参加 反应。 1)双底物反应机理
AE AEB EB B A AE AEB P+Q P+Q
反应过程中形 成三元复合物
P A AE P
B B Q
不形成三 元复合物
6
2)双底物反应的动力学方程
B
形成三元复合物的动力学方程 v= Vmax[A][B] [A][B] + [B]KmA + [A]KmB + KsAKmB
二、pH对酶促反应的影响
1、pH对反应速度的影响 如果在不同的pH下测定酶促 反应的初速度,我们可以得到 如图所示的曲线。一般的酶都 会表现出一个最适pH,即在该 pH下,酶表现出最大反应速度。 酶催化反应的最适pH也是受 多种因素影响的。不同酶的最 适pH范围也不一样,有些酶的 最适pH范围很窄,而有些酶却 很宽,如木瓜蛋白酶的最适pH 范围就比较宽。
2) 米氏常数的意义 ① Km 值是酶的一个重要特征常数。只与酶的性质有 关,与酶浓度无关。但其数值与测定条件有关,不同条件 下测得的Km值不同。 ② Km值可以判断酶的专一性和天然底物。 ③ Km 值可近似地表示酶与底物之间的亲和力。 Km值大 表示亲和力弱,底物难与酶结合; Km值小表示亲和力强。 因此可以判断酶的最适底物。 ④ Km 值可帮助判断反应的方向。对于催化可逆反应的 酶,可以通过测定酶对底物(或产物)的Km值和细胞中底 物(或产物)的浓度,来判断细胞中酶所催化的反应是正 反应还是逆反应。
木瓜蛋白酶
13
2、pH影响酶促反应的原因 pH 影响酶促反应的原因要比温度复杂得多, pH 不仅影响酶的解离状态,还影响底物甚至是中间过 渡态复合物的解离状态。归纳起来主要有下列几方 面: ① 直接影响酶活性中心有关基团的解离。 ② 影响底物的解离。 ③ 影响中间过渡态复合物的解离。 ④ 影响酶分子非活性部位的基团的解离,进而可 能影响酶分子的构象。 ⑤ 极端pH可能直接引起酶蛋白的变性。
v
=K
Vmax [S]
m (1+ Ki
[I]
) + [S](1+
[I] ) Ki′
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不同类型可逆抑制动力学的比较
混 合 性 抑 制
v
=K
Vmax [S]
m (1+ K i
[I]
) + [S](1+
[I] ) Ki′
第三节
影响酶促反应的其它因素
一、温度对酶促反应的影响
1、温度对反应速度的影响 温度对酶促反应的影响有两方 面:一方面是,随着温度的升 高,活化分子数增加,反应速度 加快;另一方面,随着温度的升 高,酶分子因热变性,催化活性 降低。因此,温度对酶促反应初 速度的影响表现为钟罩形曲线。 达到最大反应速度的温度,称 为最适温度。 动 物 酶 的 最 适 温 度 : 35~40℃;植物酶:40~50℃;微 生物:差异较大。
8
4、可逆抑制 可通过加入其它物质或用物理方 法(如透析、超滤等)解除的抑 制,就称为可逆抑制。可逆抑制 通常又可分为三类。 (1)竞争性抑制:抑制剂与底物 竞争性地同酶的活性部位结合。 如底物类似物。 (2)非竞争性抑制:抑制剂和底 物可单独或同时与酶结合,而且 互不干扰。如重金属离子与酶分 子中的-SH络合。 (3)反竞争性抑制:抑制剂只能 在底物与酶结合之后,才能与酶 结合。如L-Phe和L-同型Arg对 碱性磷酸酶的抑制作用;肼类化 合物对胃蛋白酶的抑制。
3、重要的不可逆抑制剂 ① 有 机 磷 农 药 : 如二异 丙基 磷酰 氟 ( DFP )和敌百虫等均属此类。有 机磷农药能与 Ser - OH 牢固结合, 强烈地抑制乙酰胆碱酯酶,使乙酰 胆碱累积引起神经中毒。 ② 有机汞、有机砷化合物:与巯基作 用,抑制含-SH基的酶。如对氯汞 苯甲酸。 ③ 重金属离子:与巯基、羧基发生作 用。高浓度变性,低浓度产生抑制。 ④ 氰化物 : 与含铁卟啉的酶中的铁结 合。如和细胞色素氧化酶中的铁结 合,而抑制呼吸链。 ⑤ 烷化剂:如碘乙酸可使酶中的巯基 烷化而使酶失活。
二、可逆抑制动力学
1、竞争性抑制 Vmax
Vmax
9
竞争性抑制作用举例
某些药物或体内代谢物对酶的竞争性抑制作用
药物(抑制剂) 磺胺药 氨基蝶呤 被抑制的酶 二氢叶酸合成酶 (细菌) 二氢叶酸还原酶 竞争底物 苯甲酸 二氢叶酸 尿嘧啶(胸腺嘧啶) 临床应用及机理 抗菌作用(抑制四 氢叶酸) 抗白血病 抗癌作用(抑制核 苷酸合成) 抗痛风(抑制尿酸 生成) 止血,抗纤溶(抑 制纤溶酶)
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2、温度对酶稳定性的影响 酶的化学本质是蛋白质,因此,酶 对温度具有高度的敏感性,随着温度 的升高,分子的构象会逐渐地被破 坏,失去催化活性。 一般情况下,温度越低,酶越稳定。 所以,为了更粉酶制剂可以保存在- 20℃或- 80℃温度下。 酶的稳定温度是受多种因素影响 的,如底物种类、酶浓度、pH、保存 介质及作用时间等。因此,在研究和 测定酶的稳定温度时,一定要指明相 应的测定条件,结果才有意义和可比 性。
v=
k3[Et][S] Km + [S]
k3[Et] = Vmax
k1([Et]-[ES])[S] = k2[ES] + k3[ES]
v=
Vmax [S] Km + [S]
3
米氏方程的解释
v=
Vmax[S] Km + [S]
Km 称为米氏常数,Vmax为最大反应速。该方程完全符合 反映底物浓度与反应速度之间关系的实测双曲线。 当底物浓度远小于Km时,反应速度与底物浓度成正比。 当底物浓度远大于 Km 时,酶被底物所饱和,反应速度与 底物浓度无关。 当反应速度等于最大反应速度的一半(即 v = 1/2 Vmax) 时,Km = [S] 。这说明米氏常数是反应速度达到最大反应速 度的一半时所需要的底物浓度。因此,米氏常数的单位是浓 度单位为mol/L。
7
专一性不可逆抑制剂仅与酶分子活性部位的某些特定基团反应。 非专一性不可逆抑制剂也能与酶分子活性部位以外的基团反应。 专一性不可逆抑制剂又分为 ks 型不可逆抑制剂和 kcat 型不可逆 抑制剂(自杀性底物)。 ks型不可逆抑制剂是根据底物的结构而设计的,具有和底物相 似的结构,可以和相应的酶结合,并与酶的必需基团起反应而 抑制酶的活性。 kcat型不可逆抑制剂,只有在被酶催化反应之后,才能形成不 可逆抑制剂。 kcat型不可逆抑制剂不仅要能够与酶专一性结合, 还要能被酶催化化学反应之后才能产生抑制作用,所以,其专 一性更高。
4
3)kcat和kcat/Km的意义 当 [S] >> Km 时,酶全部被饱和,[ES] = [Et],反应速度达到最 大,Vmax = k3 [Et],表示反应速度与酶浓度成正比,为一级反应。 k3 为一级反应的速度常数,即为酶的催化常数,也用 kcat表示。 其大小代表酶催化效率。
S+E
k1 k2
3、pH对酶稳定性的影响 pH对酶稳定性 的影响也与温度 对酶稳定性的影 响不同。因为不 管是过高还是过 低的 pH 都会引起 酶变性,所以, 酶只有在一定的 pH 范围才稳定。 过高或过低的 pH 都不利于酶的稳 定。
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三、激活剂对酶促反应的影响
1、激活剂的概念 凡是能使酶表现催化活性或加强其催化效率的物质就称 为酶的激活剂。激活剂对酶的激活作用是有选择性的。一 种物质对某种酶有激活作用,对其它的酶不一定有激活作 用,有时甚至有抑制作用。 2、激活剂的类型 (1)无机离子:包括阳离子(如K+、Na+、Ca2+、Mg2+、 Fe3+等)和阴离子(如Cl-、I-、CN-等)。 (2 )中小有机分子:如某些还原剂(半胱氨酸、巯基乙 醇、谷胱甘肽、抗坏血酸等)和金属鳌合物(EDTA)。 ( 3 )蛋白质大分子:如蛋白酶对某些酶原的激活和某些 蛋白激酶对酶分子的修饰。
ES
k3
E+P
Km= (k2+k3)/k1
Km是[ES]的分解常数与生成常数的比值。 Km的真正含义是, Km越大意为着[ES]越不稳定,越容易分解。但不能说明[ES]是容 易分解成底物还是产物。 kcat/Km可表示为 [k3/(k2 + k3)]k1, k3/(k2 + k3)代表[ES] 分解成产 物的分解常数占[ES] 总分解常数的比值。 k3/(k2 + k3)越大,说明 [ES]越容易分解成产物。 k1是[ES] 生成常数。因此, kcat/Km数 值大不仅表示[ES]容易生成,还表示[ES]易分解成产物。真正代 表酶对某一特定底物的催化效率。所以,也称为专一性常数。 极限值是k1 ,意为[ES]不会再分解为底物。