PDB数据库中查找蛋白质结构数据
rcsb pdb数据库使用方法与步骤
rcsb pdb数据库使用方法与步骤如何使用RCSB PDB数据库# 第一步：访问RCSB PDB网站首先，打开您的网络浏览器，并在地址栏中输入“PDB（Protein Data Bank）的官方网站。
# 第二步：浏览数据库一旦进入RCSB PDB官方网站，您将看到一个简洁且易于使用的界面。
该界面列出了各种与蛋白质结构相关的信息，其中包括蛋白质的序列、结构、功能以及相应的文献引用。
# 第三步：搜索蛋白质结构在RCSB PDB的主页上，您可以在顶部的搜索框中输入蛋白质的名称、PDB ID（四个字母的标识符）或其他相关信息。
按下回车键后，系统将为您提供满足您搜索条件的结果列表。
# 第四步：筛选搜索结果当您获得一系列搜索结果时，您可以使用不同的筛选器来缩小结果范围。
例如，您可以根据蛋白质的来源（如人类、大肠杆菌等）或发布日期进行筛选。
# 第五步：了解蛋白质结构选择一个感兴趣的蛋白质结构后，您将进入该蛋白质结构的详细页面。
这个页面将提供关于蛋白质的详细信息，包括它的PDB ID、生物学功能、相关文献以及其结构的三维可视化图像。
# 第六步：浏览蛋白质结构的细节在蛋白质的详细页面中，您可以浏览蛋白质结构的更多细节。
您可以选择查看蛋白质的原子坐标、氨基酸序列、二级结构信息以及其他与结构相关的数据。
# 第七步：下载蛋白质结构如果您对蛋白质结构感兴趣并希望将其保存到您的本地计算机上进行后续研究，您可以在详细页面上找到一个“Download Files”或类似的选项。
点击该选项后，您将有机会选择以PDB格式、FASTA格式或其他常见格式下载蛋白质结构数据。
# 第八步：使用高级搜索功能RCSB PDB还提供了强大的高级搜索功能，以帮助您更精确地查找特定的蛋白质结构。
您可以使用高级搜索功能来制定更复杂的搜索查询，例如根据蛋白质的拓扑结构、配体或与其相互作用的其他分子进行搜索。
# 第九步：利用工具和资源在RCSB PDB网站上，您还可以利用各种工具和资源来进一步研究蛋白质结构。
PDB数据库中查找蛋白质结构数据
PDB数据库中查找蛋白质结构数据正文：1.简介1.1 PDB数据库简介1.2 目的和用途2.访问PDB数据库2.1 网页界面2.2 编程接口3.数据搜索与筛选3.1 关键字搜索3.2 高级搜索3.3 过滤和排序4.数据浏览与可视化4.1 蛋白质结构展示4.2 结构对比和比对4.3 可视化工具介绍5.数据与导出5.1 单个结构5.2 批量数据5.3 数据格式转换6.数据分析与挖掘6.1 结构功能预测6.2 蛋白质家族分析6.3 结构互作网络构建7.注释与文献引用7.1 结构注释7.2 文献数据库8.数据质量与验证8.1 数据质量评估8.2 结构验证工具9.数据更新与版本控制9.1 数据库更新频率9.2 PDB版本控制10.数据共享与知识产权10.1 数据共享原则10.2 PDB数据使用条款法律名词及注释：●PDB（Protein Data Bank）：蛋白质数据银行，是全球共享蛋白质结构信息的数据库，由多个国家和组织合作维护。
●数据共享：指将数据向公众或特定用户共享，使其可以自由获取和使用的行为。
●知识产权：指人类创造的知识和智力成果的产权，包括专利权、著作权、商标权等。
●数据使用条款：规定了使用PDB数据库数据的条件和限制，包括使用目的、共享要求等。
法律名词及注释：●PDB（Protein Data Bank）：蛋白质数据银行，是全球共享蛋白质结构信息的数据库，由多个国家和组织合作维护。
●数据共享：指将数据向公众或特定用户共享，使其可以自由获取和使用的行为。
●知识产权：指人类创造的知识和智力成果的产权，包括专利权、著作权、商标权等。
●数据使用条款：规定了使用PDB数据库数据的条件和限制，包括使用目的、共享要求等。
pdb 用法
pdb 用法
PDB（Protein Data Bank）是一个存储生物大分子（如蛋白质、核酸等）结构信息的数据库。
PDB 文件包含有关分子的三维坐标、结构信息、生物学相关的元数据等。
以下是一些常见的 PDB 文件的用法：
查看 PDB 文件：
PDB 文件通常是文本文件，你可以使用文本编辑器查看其内容。
例如，使用命令行下的 cat（Linux/macOS）或 type（Windows）：cat your_file.pdb
分析 PDB 文件：
你可以使用专业的生物信息学工具来分析PDB 文件，例如BioPython、PyMOL、或者 Rosetta。
这些工具提供了丰富的功能，用于解析、可视化、分析生物大分子的结构。
PDB 文件格式：
如果你想编写脚本来处理PDB 文件，了解PDB 文件的格式是很重要的。
PDB 文件的格式描述了原子的坐标、结构信息等。
详细了解 PDB 文件格式可以帮助你更好地处理和解析数据。
获取 PDB 文件：
你可以从PDB 数据库或其他相关数据库中下载PDB 文件。
在网站上搜索感兴趣的分子或结构，并下载相应的 PDB 文件。
可视化 PDB 文件：
使用专业的分子可视化工具如 PyMOL、VMD 或者 Chimera，可以加载 PDB 文件并以三维方式展示生物大分子的结构。
请根据你的具体需求选择适当的工具和方法。
生物信息学领域有很多工具和资源，适用于不同的任务和分析。
蛋白质数据库使用说明
引言：蛋白质数据是生物信息学领域中非常重要的资源之一，它提供了大量关于蛋白质序列、结构、功能以及相互作用等方面的信息。
本文旨在介绍如何使用蛋白质数据库，帮助用户更好地利用这一资源进行研究。
概述：蛋白质数据库是一个集成了许多蛋白质信息的在线资源，用户可以通过搜索、浏览、等方式获取所需的信息。
其中，常用的蛋白质数据库包括NCBI、UniProt、PDB等。
这些数据库提供了丰富的蛋白质数据，并且不断更新以满足用户需求。
正文内容：1.数据库搜索功能1.1.关键词搜索1.1.1.输入蛋白质名称1.1.2.输入序列片段1.1.3.输入关键词1.2.高级搜索选项1.2.1.提供更精确的搜索结果1.2.2.支持过滤和排序功能1.2.3.可以根据相关字段进行搜索2.数据库浏览功能2.1.蛋白质分类2.1.1.按物种分类2.1.2.按功能分类2.1.3.按家族分类2.2.数据表格浏览2.2.1.查看蛋白质基本信息2.2.2.查看蛋白质序列2.2.3.查看蛋白质结构2.3.数据图谱浏览2.3.1.查看蛋白质相互作用网络2.3.2.查看蛋白质结构域分布2.3.3.查看蛋白质功能注释3.数据库功能3.1.蛋白质序列数据3.1.1.全部序列3.1.2.特定物种的序列3.2.蛋白质结构数据3.2.1.已解析的蛋白质结构3.2.2.蛋白质结构预测结果3.3.蛋白质相互作用数据3.3.1.已验证的相互作用数据3.3.2.预测的相互作用数据4.数据库工具与资源4.1.序列比对工具4.1.1.BLAST4.1.2.PSIBLAST4.2.结构预测工具4.2.1.SWISSMODEL4.2.2.Phyre24.3.功能注释资源4.3.1.GeneOntology4.3.2.InterPro4.4.数据库交互接口4.4.1.提供API接口4.4.2.支持数据提交与5.数据库更新与维护5.1.数据更新频率5.2.数据质量保证5.3.用户反馈与支持5.4.数据库版本与历史记录总结：蛋白质数据库为研究人员提供了丰富的蛋白质信息资源，通过搜索、浏览、等功能，用户可以轻松地获取需要的数据。
pdb蛋白质结构
pdb蛋白质结构PDB蛋白质结构是指通过核磁共振（NMR）或X射线晶体学等技术测定并记录在蛋白质数据库（Protein Data Bank，PDB）中的蛋白质结构。
PDB蛋白质结构的研究对于理解蛋白质的功能和生物学过程具有重要意义。
本文将介绍PDB蛋白质结构的重要性、研究方法和应用前景。
一、PDB蛋白质结构的重要性蛋白质是生物体内最基本的功能分子，具有极为复杂的空间结构。
蛋白质的结构决定了其功能和相互作用方式。
通过研究PDB蛋白质结构，可以揭示蛋白质的三维构象、动态变化以及与其他分子的相互作用，从而深入理解蛋白质的功能机制和生物学过程。
二、PDB蛋白质结构的研究方法1. X射线晶体学：通过蛋白质晶体的X射线衍射图案，确定蛋白质的原子坐标和结构。
2. 核磁共振（NMR）：利用蛋白质溶液中的核磁共振信号，确定蛋白质的原子坐标和结构。
3. 电子显微镜：通过电子束对蛋白质样品进行成像和分析，得到蛋白质的三维结构信息。
4. 模拟计算：利用计算机模拟方法，预测蛋白质的结构和动态变化。
三、PDB蛋白质结构的应用前景1. 药物研发：通过研究蛋白质的结构，可以设计和发现具有特定作用靶点的药物，提高药物的疗效和选择性。
2. 生物工程：利用蛋白质的结构信息，设计和改造具有新功能的蛋白质，用于生物工程和生物制造。
3. 分子诊断：通过研究蛋白质的结构，可以开发出基于蛋白质的诊断方法，用于疾病的早期诊断和治疗监测。
4. 生物能源：研究蛋白质结构有助于理解生物体内的能量转化机制，为开发新型的生物能源技术提供理论基础。
PDB蛋白质结构研究是现代生命科学和药物研发领域的重要支撑。
通过研究PDB蛋白质结构，可以深入了解蛋白质的功能和相互作用方式，为药物研发、生物工程和生物能源等领域的应用提供理论基础和技术支持。
随着科技的不断进步，研究PDB蛋白质结构的方法和应用前景将会更加广泛和深远。
PDB数据库中查找蛋白质结构数据
PDB数据库中查找蛋白质结构数据PDB数据库中查找蛋白质结构数据1.引言- 背景介绍- 目的说明2.数据来源- PDB数据库简介- 数据收集方式- 数据质量评估3.数据检索- 数据检索接口介绍- 检索条件说明- 高级检索技巧4.数据- 数据接口介绍- 文件格式- 批量技巧5.数据解析与分析- 常用解析工具介绍- 解析数据格式说明- 数据处理与分析方法6.数据可视化- 数据可视化工具介绍- 数据可视化方法与技巧 - 图表与解释7.应用案例- 蛋白质结构预测- 蛋白质功能预测- 药物设计与筛选8.结果展示与讨论- 数据统计与分析结果展示 - 结果解读与讨论- 结果的局限性与改进方向9.结束语- 总结本文的主要内容- 对未来的展望与建议附件：1.数据检索和操作手册2.数据解析和分析工具列表3.数据可视化工具使用指南4.应用案例数据集示例法律名词及注释：1.PDB数据库：蛋白质数据银行（Protein Data Bank）是一个存储蛋白质、核酸和其他生物大分子结构数据的公共数据库。
2.数据检索接口：指数据库提供的用于用户查询所需数据的接口，通过指定检索条件从数据库中获得相应数据。
3.数据接口：指数据库提供的用于用户获取数据文件的接口，用户可以根据需要选择格式和数据量。
4.数据解析工具：用于将数据文件转换成可读性更高、易于分析的格式的软件或脚本。
5.数据可视化工具：用于将数据转化为可视化图表或图像的软件或库，提供更直观的数据展示效果。
pdb数据库使用方法
pdb数据库使用方法PDB数据库（Protein Data Bank）是一个著名的生物科学数据库，收录了各种生物大分子三维结构的信息。
本文将介绍PDB数据库的使用方法，帮助读者更好地利用这个有用的资源。
一、了解PDB数据库及其结构PDB数据库是由许多研究机构、大学和政府机构建立和维护的，收录了全球范围内各种生物大分子的三维结构数据，如蛋白质、核酸和复合物等。
PDB数据库中每一项数据都对应一个唯一的PDB ID号码，并且提供了该生物大分子的结构信息、序列信息、实验条件及解析方法等详细的数据。
为方便使用，PDB数据库的数据以PDB格式存储。
二、使用PDB数据库的搜索功能PDB数据库提供了一系列搜索选项，让用户按需查询数据。
用户可以按照PDB ID、蛋白质名字、结晶学条件等多种方式进行搜索。
在PDB数据库的主页页面，用户可以看到搜索选项，点击“Search”按钮即可进入搜索页面进一步操作。
三、使用PDB格式数据文件PDB格式数据文件是PDB数据库中唯一的数据类型，存储了生物大分子的结构信息、序列信息等所有数据。
这些数据可以通过下载PDB文件的方式进行获取。
用户可以在PDB数据库中找到对应的数据，进入数据详情页面后，点击“Download Files”按钮即可下载PDB格式的文件。
四、使用PDB格式数据文件的软件PDB格式的数据文件可以在很多软件上进行解析和编辑，包括众所周知的PyMol、Chimera等生物大分子分析软件，也有很多其他免费的软件可以用来查看或编辑PDB文件，如UCSF ChimeraX、MSM格式转换器等。
用户可以根据自己的需要选择合适的软件进行使用。
五、常用生物大分子分析软件介绍1. PyMolPyMol是一款非常流行的分子可视化软件，用于可视化、分析和编辑生物大分子的三维结构。
该软件具有强大的分子动画和交互式残基操作功能，可以进行序列对齐、氨基酸置换等功能，适合于研究生物分子结构和功能。
rcsb pdb 蛋白选择 -回复
rcsb pdb 蛋白选择-回复如何在RCSB PDB（Protein Data Bank）中选择蛋白质。
RCSB PDB是一个公共数据库，提供了大量的蛋白质结构数据，对于研究人员和科学家来说是一个非常重要的资源。
本文将一步一步地回答如何在该数据库中选择蛋白质。
第一步是访问RCSB PDB的官方网站。
可以通过在搜索引擎中输入"RCSB PDB"来找到官方网站的链接。
点击链接后，会跳转到RCSB PDB的主页。
第二步是在搜索栏中输入蛋白质的相关信息。
在主页的右上角有一个搜索栏，可以在该栏中输入蛋白质的名称、序列或PDB ID（每个蛋白质在数据库中都有一个唯一的标识符）。
根据自己的需求，可以选择不同的搜索选项。
第三步是根据搜索结果进行筛选。
在搜索得到结果之后，页面会显示出与搜索词相关的蛋白质结构数据。
可以使用不同的筛选器来缩小结果的范围。
例如，可以根据物种、分辨率、结构类型等进行筛选。
通过这种方式，可以找到特定条件下的蛋白质结构。
第四步是查看每个蛋白质的详细信息。
在搜索结果中，可以点击任何一个蛋白质的名称或PDB ID来查看该蛋白质的详细信息。
这个页面将提供有关蛋白质的结构、功能和相关文献的信息。
第五步是下载蛋白质的结构数据。
在蛋白质的详细信息页面中，会有一个"Download"按钮。
点击按钮后，会跳转到一个页面，提供了多种格式的蛋白质结构数据下载选项。
可以根据自己的需求选择合适的格式进行下载。
第六步是使用蛋白质结构数据进行进一步的分析。
一旦下载了蛋白质的结构数据，就可以使用不同的计算工具和软件对其进行分析。
例如，可以使用分子模拟来研究蛋白质的动力学性质，或者使用蛋白质结构预测工具来预测蛋白质的功能和结构。
通过以上步骤，可以在RCSB PDB中选择适合自己研究目的的蛋白质。
这个过程需要根据自己的需求进行筛选和分析，并将蛋白质的结构数据用于进一步的研究。
PDB数据库中查找蛋白质结构数据
PDB数据库中查找蛋白质结构数据
一、PDB数据库中查找蛋白质结构数据
1.查找蛋白质结构，在检索框输入关键字或名称。
输入内容：比如2DC3
二. 在线观看三维数据结构
4. 选择3D view，可视化蛋白三维结构视图呈现。
由于是远程计算机服务器进行图型构建，且数据量较大，需要较长的时间才能在窗口显示。
自定义设定
脚本选项：
二、下载三维数据文件
1. 在查询结果窗口的右边找到以下图型。
如图：选择Download Files。
2．确定下载的文件类型，一般根据你要使用蛋白质结构数据而定。
选择PDB File(T ext).
3. 用写字板打开PDB文件，可以看到蛋白质数据库文件实质也是文本文件。
4. 下载Pymol，并安装。
点DOWNLOAD进入下载，选择windows版本，并安装（需要pay money）。
或到此网站下载：选择win32，1.7.1.1版本。
并安装，需要python编程软件的支持，可从360软件管件直接安装。
安装如图：
使用详情参见教程，注意打开程序需要找到python的安装目录：C:\Python27\PyMOL，找到文件，双击启动程序。
打开
或使用RasMol软件进行三维视图分析，步骤同上。
pdb数据库蛋白结合位点
PDB数据库蛋白结合位点简介蛋白结合位点是指蛋白质与其他分子相互作用的区域，它在生物学中起着重要的作用。
了解蛋白结合位点的信息可以帮助我们理解蛋白质的功能和相互作用网络，从而有助于药物设计、蛋白工程等领域的研究。
PDB（Protein Data Bank）数据库是一个收集并存储蛋白质结构信息的国际性数据库。
它包含了大量蛋白质的三维结构数据，其中包括蛋白质的结合位点信息。
通过访问PDB数据库，我们可以获取并分析蛋白结合位点的相关信息。
本文将介绍PDB数据库蛋白结合位点的相关内容，包括PDB数据库的概述、蛋白结合位点的定义和分类、蛋白结合位点的分析方法等。
PDB数据库概述PDB数据库是一个由多个国际组织共同维护的数据库，旨在存储和发布蛋白质、核酸和其他生物大分子的结构信息。
该数据库提供了蛋白质结构的三维坐标数据、结合位点的信息以及相关的文献引用等内容。
PDB数据库中的每个结构都有一个唯一的标识符，称为PDB ID。
该ID由四个字母组成，代表了蛋白质结构的来源和类型。
通过PDB ID，我们可以在数据库中检索和查找特定的蛋白质结构。
蛋白结合位点的定义和分类蛋白结合位点是指蛋白质与其他分子相互作用的区域。
蛋白结合位点通常由一系列的氨基酸残基组成，这些残基能够与其他分子发生相互作用。
根据蛋白结合位点的性质和功能，可以将其分为以下几类：1.基质结合位点：用于结合小分子基质，如药物、阳离子等。
这些位点通常位于蛋白质的凹陷区域，通过非共价键或离子键与基质相互作用。
2.蛋白结合位点：用于结合其他蛋白质。
这些位点通常位于蛋白质的表面区域，通过非共价键形成蛋白质间的相互作用。
3.DNA/RNA结合位点：用于结合DNA或RNA分子。
这些位点通常位于蛋白质的凹陷区域，通过氢键、离子键或范德华力与核酸相互作用。
4.金属结合位点：用于结合金属离子。
这些位点通常由蛋白质中的残基提供配位位点，通过配位键与金属离子相互作用。
蛋白结合位点的分析方法为了分析蛋白结合位点的特征和性质，可以使用多种方法和工具。
pdb文件蛋白质二级结构
pdb文件蛋白质二级结构蛋白质的二级结构是指蛋白质中氨基酸残基之间的局部空间排列方式。
常见的蛋白质二级结构包括α-螺旋、β-折叠、无规卷曲和β-转角等。
在PDB文件中，蛋白质的二级结构信息通常通过特定的标记和符号进行表示。
常见的表示方法包括：1. HELIX（α-螺旋），这个标记表示蛋白质中的α-螺旋结构。
PDB文件中的HELIX记录提供了螺旋的起始残基序号、终止残基序号以及螺旋的类型。
2. SHEET（β-折叠），这个标记表示蛋白质中的β-折叠结构。
PDB文件中的SHEET记录提供了折叠片的起始残基序号、终止残基序号以及折叠片与其他折叠片之间的连接信息。
3. TURN（β-转角），这个标记表示蛋白质中的β-转角结构。
PDB文件中的TURN记录提供了转角的起始残基序号、终止残基序号以及转角的类型。
通过解析PDB文件中的这些标记和符号，可以获得蛋白质的二级结构信息。
这些信息对于研究蛋白质的结构和功能具有重要意义。
除了PDB文件中的标记和符号，还可以使用一些计算方法来预测蛋白质的二级结构。
常见的预测方法包括基于序列的方法和基于结构的方法。
基于序列的方法利用蛋白质的氨基酸序列来预测其二级结构，常见的算法有Gor方法和PSIPRED方法。
基于结构的方法则利用蛋白质的三维结构信息来进行预测，常见的算法有DSSP方法和STRIDE方法。
综上所述，蛋白质的二级结构可以通过解析PDB文件中的标记和符号得到，也可以通过计算方法进行预测。
这些信息对于理解蛋白质的结构和功能具有重要意义。
蛋白结构数据库
1.简介
美国Brookhaven实验室1971年建立的大
分子结构数据库PDB 蛋白质晶体结构资
料数据库 (Protein Data Bank)。
PDB数据库的维护由结构生物信息学研 究合作组织（Research Collaboration for Structural Bioinformatics, RCSB）负责。
③通过命令行方式。
(9)蛋白质三维立体结构图像的输出
4.3.2 MMDB数据库
1.简介
分子模型数据库MMDB (Molecular Modeling Database)是一个关于三维生物分子结构的数据库， 是美国生物技术信息中心(NCBI)所开发的生物信息 数据库集成系统Entrez的一个部分。
MMDB是来源于PDB三维结构的一部分， MMDB重新组织和验证了这些信息，从而保证在化 学和大分子三维结构之间的交叉参考。
PDB数据库的详细字段说明如下：
HEADER
OBSLTE TITLE
分子类，公布日期，ID号
注明该ID号已改为新号 说明试验方法类型
CAVEAT
COMPND
可能的错误提示
化合物分子组成
SOURCE
KEYWDS EXPDTA
化合物来源
关键词 测定结构所用的试验方法
AUTHOR REVDAT SPRSDE JRNL REMARK 1 REMARK 2 REMARK 3 REMARK 4
Cn3D是MMDB一个配套的三维结构显 示程序，它具有可靠的显示三维数据库结构 的能力。图像以动画形式显示，用户可以旋 转或缩放结构，也可以用条带图、空间结构 图、热能分布图等方式来显示，掌握分子结 构的不同功能
(1)在刚才的查询结果页,单击左侧结构图下方的View options，展开选项。 (2)Tasks选择Save File，Program选择Cn3D，Drawing 选择Backbone。 (3)在结构图上单击，下载文件3 。
PDB数据库中查找蛋白质结构数据
PDB数据库中查找蛋白质结构数据
一、引言
本文档提供了使用PDB数据库查找蛋白质结构数据的详细步骤
和注意事项。
二、检索蛋白质结构数据的基本步骤
⒈打开PDB数据库网站（）。
⒉在主页上的搜索框中输入蛋白质的名称或相关关键词。
⒊“搜索”按钮进行查询。
三、搜索结果页面解读
⒈结果列表：显示与搜索关键词相关的蛋白质结构数据的列表。
⒉结果过滤器：可根据不同的标准对结果进行筛选，如生物大
分子类型、解析度等。
四、查看蛋白质结构信息
⒈在结果列表中选择感兴趣的蛋白质结构数据。
⒉以查看蛋白质结构的详细信息，如分子组成、结构分辨率等。
五、蛋白质结构数据
⒈在蛋白质结构详细信息页面中，“”按钮。
⒉选择所需的文件格式（如PDB格式）进行。
六、其他功能介绍
⒈Blast：通过比较已知蛋白质结构与数据库中其他蛋白质的相似性，进行序列比对和功能注释。
⒉Ligand Explorer：通过查找与蛋白质结合的小分子配体，探索蛋白质与配体的相互作用。
七、注意事项
⒈结构解析度：选择高分辨率的蛋白质结构数据，以获得更准确的信息。
⒉数据可信度：注意查看数据的实验验证水平，选择经过充分验证的数据。
⒊数据使用限制：了解任何与的蛋白质数据相关的使用限制或协议。
八、附件
本文档未包含附件，请参阅相关涉及的文档和网站。
九、法律名词及注释
⒈PDB数据库：蛋白质数据银行（Protein Data Bank），存储全球蛋白质结构数据的公共数据库。
蛋白质序列PIR和PDB使用方法
随着核酸数据库不断发展以及数据库的建立，蛋白质序列、结构、功能不断引起人们的重视，生命科学的研究中蛋白质的研究显得尤为重要，一系列的蛋白质序列数据随之产生，数据库也在研究蛋白质的过程中有着不可或缺的地位。
本文主要通过实验说明蛋白质序列数据库PIR及蛋白质结构数据库PDB的使用方法，返回结果的含义，以及如何下载数据和批量下载数据。
由于蛋白质序列测定技术先于DNA序列测定技术问世，蛋白质序列的搜集也早于DNA序列。
蛋白质序列数据库的雏形可以追溯到60年代。
60年代中期到80年代初，美国国家生物医学研究基金会(National Biomedical Research Foundation，简称NBRF)Dayhoff领导的研究组将搜集到的蛋白质序列和结构信息以“蛋白质序列和结构地图集”(Atlas of Protein Sequence and Structure)的形式发表，主要用来研究蛋白质的进化关系。
时至今日，国际上已建立了许多关于生物分子的数据库，主要包括基因组图谱数据库、核酸序列数据库、蛋白质序列数据库、蛋白质结构数据库、生物大分子结构数据库等。
这些数据库均为公共数据库，由特定的组织维护、以及发布相关序列信息，供生物研究学者使用，称为生物研究中的必要工具之一，随着科学技术的发展，这些数据库不断壮大，也为研究人员提供了大量有用的数据。
本文主要通过课程实验，展示蛋白质序列数据库PIR及蛋白质结构数据库PDB的相关使用方法。
本论蛋白质序列数据库PIR介绍1984年，“蛋白质信息资源”(Protein Information Resource，简称PIR)计划正式启动，蛋白质序列数据库PIR也因此而诞生。
与核酸序列数据库的国际合作相呼应，1988年，美国的NBRF、日本的国际蛋白质信息数据库(Japanese International Protein Information Database，简称JIPID)和德国的慕尼黑蛋白质序列信息中心(Munich Information Center for Protein Sequences，简称MIPS)合作成立了国际蛋白质信息中心(PIR-International)，共同收集和维护蛋白质序列数据库PIR。
5.2蛋白质的二级结构-02-PDB获取
《生物信息学》第五章：蛋白质结构预测与分析（第一部分）蛋白质的二级结构：PDB获取PDB数据库中，一个蛋白质结构记录中的二级结构信息在Sequence标签下（图1）。
从序列图形化部分可以看到二级结构对应在一级结构上的图形化表示。
点击左侧的“View Sequence & DSSP Image”可以获得直观的一级结构对二级结构的序列表示（图2）。
图2中的序列有两行，上面的一行是一级结构，下面的是二级结构。
这个页面看上去很不错，序列10个字母一间隔，50个字母一行，而且不同的二级结构还对应不同的字母颜色。
但是在接下来的分析研究工作中，我们往往需要的是像氨基酸序列那样的FASTA格式的二级结构序列。
想要从这个网页上单独保存下二级结构序列是很麻烦的事儿。
需要一行一行的拷贝黏贴，还需要删除行号。
有位困难的是去除其中的空格，因为很难区分是格式里的空格还是代表松散结构的空格。
所以，这种形式的二级结构信息便于浏览，但是不便于保存。
非常遗憾的是，PDB里没有现成的针对某一个蛋白质的FASTA格式二级结构序列下载链接。
“Download FASTA File”链接只能下载FASTA格式的一级结构序列，也就是氨基酸序列。
图1. PDB数据库图形化二级结构和DSSP文件下载链接图2. PDB中的一级结构序列和二级结构序列对应图 此外，PDB数据库中有一个叫做“ss.txt”的文件：/pdb/files/ss.txt.gz (压缩文件30.6M)。
这个文件里面有PDB所有蛋白质结构的一级和二级结构的FASTA格式序列。
但是这个文件非常大！仅仅打开文件就要耗费许久时间，使用起来相当的不方便。
那难道就没个方便快捷的好办法，可以一下子拿到某一个蛋白质的二级结构序列吗？当然有。
你可以用老师我自己编写的小程序http://1.51.215.28/~gongj/biotools/（图3）。
只需要输入PDB ID，程序就会自动下载相应的DSSP文件，并从中抽取出一级和二级结构的序列信息，最后以FASTA格式输出。
pdb数据库名词解释
pdb数据库名词解释
PDB(Protein Data Bank) 是一个蛋白质数据库，它包含了世界上大部分已知蛋白质的三维结构数据。
这些数据是由 X 光晶体衍射、NMR 等技术手段获得的，包括蛋白质分子的原子坐标、空间结构等信息。
PDB 数据库是一个关键性的资源，对于结构生物学、药物设计等领域具有重要的意义。
PDB 数据库所使用的文件格式称为“.pdb”,是一种二进制文件格式。
在 PDB 文件中，蛋白质分子的原子坐标、空间结构等信息被存储在文件的头部信息部分，而其它相关信息，如蛋白质序列、注释等则存储在文件的数据部分。
PDB 数据库的用法有多种，用户可以根据自身需求使用 PDB 数据库中的数据，例如通过查询蛋白质序列、结构信息等方式来研究蛋白质分子的结构与功能。
此外，PDB 数据库还支持用户自定义注释、模型等操作，用户可以通过这些操作来提高自己的研究水平。
需要注意的是，PDB 数据库中的数据一般是收费的，但也有一些免费的数据可以使用。
同时，由于 PDB 数据库中的数据量庞大，用户需要根据自己的需求来有选择地使用，以免浪费不必要的资源。
PDBsum数据库查询
PDB网址：/pdb(美国)
PDBsum网址：/thornton-srv/databases/pdbsum/
输入蛋白质 PDB代码
搜索关键词
输入序列查 询
查询胰岛素（Insulin）的蛋白质结构
/thornton-srv/databases/cgibin/pdbsum/GetPage.pl?doc=TRUE&pdbcode=n/a &template=doc_about.html
以文本格式存放数据包括原子坐标物种来源测定方法提交者信息一级结构二级结构等
PDBsum数据库查询
PDB与PDBsum
PDB（protein data bank） 1. 目前最主要的蛋白质分子结构数据库； 2. 1970年代建立，美国Brookhaven国家实验室维护管理; 3. 1988年，由美国RCSB(research collaboratory for structural biology)管理； 4. 以文本格式存放数据，包括原子坐标、物种来源、测定方法、 提交者信息、一级结构、二级结构等； PDBsum数据库 PDBsum数据库：PDB注释信息综合数据库，具有检索、分析、可视 化的功能。（已移至EBI） 英国伦敦大学开发的 /bsm/pdbsum/数据库是基于网络的PDB 注释信息综合数据库。用于对PDB数据库的检索。使用十分方便。它将 RasMol、CN3D等分子图形软件综合在一起，同时具有分析和图形显示功 能。
pdb数据库使用指南
pdb数据库使用指南Protein Data Bank（PDB）是一个生物化学数据库，它收集了全球范围内研究者发布的由蛋白质、核酸和糖结构组成的生物大分子的三维结构信息。
本文旨在介绍PDB 数据库的使用指南，以帮助研究者更好地使用PDB数据库。
首先，要了解PDB数据库的功能。
PDB数据库是一个全球性资源，它提供了来自各种生物体的蛋白质、核酸和糖结构的三维结构信息。
它还提供了一些其他类型的结构信息，如分子结构图、衍生结构、结合位点等。
此外，它还提供了一些额外的信息，如结构分析、结构准确性评估、蛋白质表征等。
其次，要学习PDB数据库的使用方法。
PDB数据库的使用方法相对简单，主要有以下几种：1. 通过网页浏览器搜索PDB数据库：可以通过网页浏览器访问PDB数据库，然后输入所需的结构信息进行搜索，可以快速找到想要的数据。
2. 通过FTP服务器访问PDB数据库：可以通过FTP服务器连接PDB数据库，然后通过命令行输入所需的结构信息进行搜索，可以快速找到想要的数据。
3. 通过程序访问PDB数据库：可以使用Python或Perl等脚本语言来编写程序，并通过API接口访问PDB数据库，可以快速获取想要的结构信息。
最后，要了解PDB数据库的数据格式。
PDB数据库存储的结构信息是以PDB格式存储的，它是一种文本文件格式，由若干行组成，每行以空格分隔，每行前6个字段是必须填写的，其中前4个字段是表明原子类型的，最后2个字段是原子的坐标。
此外，还可以使用PDB Viewer来查看PDB文件的内容。
总之，PDB数据库是一个重要的生物化学数据库，它提供了蛋白质、核酸和糖结构的三维结构信息，可以帮助研究者更好地理解生物大分子的结构和功能。
本文介绍了PDB数据库的使用指南，希望能帮助研究者更好地使用PDB 数据库。
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2．确定下载的文件类型，一般根据你要使用蛋白质结构数据而定。
选择PDB File(Text).
3. 用写字板打开PDB文件，可以看到蛋白质数据库文件实质也是文本文件。
4. 下载Pymol，并安装。点DOWNLOAD进入下载，选择windows版本，并安装（需要pay money）。
或到此网站下载：选择win32，1.7.1.1版本。并安装，需要python编程软件的支持，可从360软件管件直接安装。安装如图：
使用详情参见教程，注意打开程序需要找到 python的安装目录：C:\Python27\PyMOL，找到文件，双击启动程序。
打开
或使用RasMol软件进行三维视图分析，步骤同上。
1.查找蛋白质结构，在检索框输入关键字或名称。
w，可视化蛋白三维结构视图呈现。由于是远程计算机服务器进行图型构建，且数据量较大，需要较长的时间才能在窗口显示。
5.蛋白结构显示的参数设定：
脚本选项：
一、下载三维数据文件
1. 在查询结果窗口的右边找到以下图型。