启动子位点预测,顺势调控网络流程
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真核细胞基因表达受到转录因子的精确调控,转录因子的结合位点预测是生物信息学中的研究热点。
转录因子结合位点的预测方法主要有:基于一致性序列的方法,基于位置权重矩阵的方法,利用物种之间保守性的遗传印记方法以及利用基因芯片的方法,当然也可以是多种方法的综合应用。
现有方法的基础都是利用已知的转录因子结合位点来预测未知的,都受已知转录因子结合位点的数量和质量的限制。
由于目前对真核生物顺式调控模块积累的实验数据还太少,相应的数据库资源也不多。
因此大规模地从文献中搜集挖掘转录因子结合位点,构建顺式调控模块相关的数据库,对实验和计算都有重要的意义。