ChembioOffice-软件的操作与使用

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化学软件chemoffice安装和基本教程

化学软件chemoffice安装和基本教程
➢改变元素:
双击需要改变元素符号的原子,弹出输入框,输入元素符号,按回车 键完成原子序号的更改。若原子的三维结构中显示孤对电子,执行关闭 “Tools”菜单中的“Show H’s ans Lp’s”命令,可不显示氢原子和孤对电子。
ChemDraw结构式与3D模型的转换
(1)ChemDraw结构式转换为3D模型 (2)3D模型转换为平面结构式
化学物质检索方法
“ChemFinder”对话框
图 4-40分子结构信息对话框
请按
化学反应的检索
查找免费网络资源
免费资源查找链接
分子模型及仿真软件Chem3D
主界面
3D模型绘制与编辑
(1)利用键工具建立模型 (2)利用文本工具建立模型
(3)利用子结构建立3D模型
子结构模型库
使用模板建立3D模型
利用模板建立富勒烯 3D模型
改变元素序号与替换元素 ➢ 改变元素序号:
首先选中模型。执行“Edit”菜单中的“Select All”命令或ctrl + A快捷键; 然后整理结构,执行“Tools”菜单中的“Clean Up Structure”菜单命令。 使用垂直工具栏中 的工具,双击需要改变序号的原子,弹出输入框, 输入原子序号,按回车键完成原子序号的更改。
结构式 名称
(2) 结构式名称
预测核磁共振化学位移(structure---predict 1H-NMR shifts)
Structure—predict 1H-NMR shifts
分析结构估计性质
(3)化学反应方程式绘制举例
OH
(CH3CO)2 70°C80°C 15min水浴
COOH
OOCCH3 COOH
➢环己烷的椅式构型直接点击为水平放置,按Shift键点 击可由水平变为垂直。

ChemBioOffice教程3

ChemBioOffice教程3

实验三 — 能量计算和模拟 步骤2: 分子间相互作用能量曲线 计算两个甲烷分子间的弱 相互作用
Gamess设置
实验三 — 能量计算和模拟 步骤2: 分子间相互作用能量曲线 两个甲烷分子间的弱 相互作用能数据 R/A ΔE / cm-1 图示
实验三 — 能量计算和模拟 步骤2: 分子间相互作用能量曲线 分子间的弱相互作用能一般用L-J(12-6)函数拟合
“过渡态”
实验三 — 能量计算和模拟
如果你已经阅读到这儿, 恭喜你 已经离一个计算化学研究者很近 了!
6 ⎡⎛ σ ⎞12 ⎛σ ⎞ ⎤ V ( R ) = ε ⎢⎜ ⎟ − 2 ⎜ ⎟ ⎥ ⎝R⎠ ⎥ ⎢⎝ R ⎠ ⎣ ⎦
势阱
平衡间距
实验三 — 能量计算和模拟 步骤2: 分子间相互作用能量曲线 两个甲烷分子间的弱相互作用能数据用L-J(12-6)函数拟合 结论: 两个CH4分子可以形 成弱复合物, 结合能 为73 cm-1, 质心平衡 间距约为4.3 A.
实验三 — 能量计算和模拟 步骤1: 分子的解离能量曲线 H2 → H(2S) + H(2S)
• 用Gamess程序 • 用HF, MP2, B3LYP三种方法 • 用6-31G(p)基组 • 计算单重态和三重态两条线 • 用Morse势拟合单重态能量曲线
实验三 — 能量计算和模拟 步骤1: 分子的解离能量曲线 画出H2分子 选中HH键 点右键, 选择 H2 → H(2S) + H(2S)
实验三 — 能量计算和模拟 步骤4: H—H — H共线势能面的创建
实验三 — 能量计算和模拟 步骤4: H—H — H共线势能面的创建 势能数据 R1 R2 E R1 R2 E
实验三 — 能量计算和模拟 步骤4: H—H — H共线势能面的创建 过渡态

Chemoffice_2008_使用教程

Chemoffice_2008_使用教程

C hemoffice2008使用教程ChembioOffice简介ChembioOffice是由CambridgeSoft开发的综合性科学应用软件包。

该软件包是为广大从事化学、生物研究领域的科研人员个人使用而设计开发的产品。

同时,这个产品又可以共享解决方案,给研究机构的所有科技工作者带来效益。

利用ChemBioOffice你可以方便的进行化学生物结构绘图、分子模型及仿真、可以将化合物名称直接转为结构图,省去绘图的麻烦;也可以对已知结构的化合物命名,给出正确的化合物名。

目前最新的版本为Chemoffice 2010。

Chemoffice2008包括以下几个部分:1.ChemDraw Ultra11.0:化学结构绘图。

2.Chem3D Ultra11.0:分子模型及仿真。

3.ChemFinder Ultra11.0:化学信息搜寻整合系统4.E-Notebook11.0:整理化学信息、文件和数据,并从中取得所要的结果。

Chemoffice安装方法:1.运行setup.exe2.输入证书时输入:Name:lZ0email:lz0@Serial:011-256104-71993.然后点击"Activate Later"4.复制crack.reg文件到C:\Program Files\CambridgeSoft\ChemOffice2008\Common\DLLs 双击确定即可ChemDraw的使用方法:1.绘制结构式以水杨酸(salicylic acid)为例步骤:1.打开ChemDraw2.单击垂直工具栏右下角的图标,鼠标变成苯环的样子,在绘图区单击鼠标出现一个苯环3.单击图标,将鼠标移至苯环的一个角上,出现深色的正方形连接点4.自连接点横向拉出一根实线单键,松开鼠标,自单键终点向右下方再次拉出一根单键,与前一根单键夹角约为109°,其余类推。

5.选中垂直工具栏中的文本工具,分别将鼠标移至应该出现羟基或氧原子的位置,待出现连接点后,点击键盘上的O键。

ChemBioOffice教程5

ChemBioOffice教程5

(d) 将粘贴板上的数据 粘贴到文件最后:
实验五 — 分子光谱研究 步骤2: 分子拉曼光谱 (手动设置) (e) 计算即可获得 IR和Raman光谱
甲烷分子 HF/6-31G(d)
实验五 — 分子光谱研究 步骤2: 分子拉曼光谱 (手动设置) 输出文件:
实验五 — 分子光谱研究 步骤3: 激发态计算 在Gamess模块里有CIS方法, 计算激发态性质 水分子 基态结构 能量 = -76.010746 Hartrees HF/6-31G(d) 只能做RHF波函数 不 能 计 算 激 发 强 度: 红外光谱的预测 Gamess和Mopac都只能计算谐振子近似下的频率! 计 算值不同程度地高于实验值, 一般都采用“标定因子” 将计算值标定. 理论水平 PM3 HF/6-31G(d) B3LYP/6-31G(d) MP2/6-31G(d) 标定因子 0.974 0.899 0.960 0.943
实验五 — 分子光谱研究
要求: 1. 掌握各种常见光谱图的计算方法 2. 掌握分析光谱图的方法 3. 了解理论光谱图的价值和意义
实验五 — 分子光谱研究
内容: 1. 分子振动光谱(红外) 2. 分子拉曼光谱 3. 分子激发态 4. 分子的NMR谱
实验五 — 分子光谱研究
步骤1: 红外光谱的预测 基本原则: 1. 必须采用优化了结构 2. 结构优化和光谱计算必须在相同的理论水平上 3. 一般都是绝对零度下的气相光谱数据 4. 和实验值相比, 频率一般偏高 5. 强度和实验值一般不具有可比性 6. 计算量大, 非常耗时间
亚 束 稳 缚 态 态
-113.698853 Hartrees
实验五 — 分子光谱研究 步骤3: 激发态计算 甲醛 (CH2O) n → π*

ChemBioOffice2010在化学教学中的应用

ChemBioOffice2010在化学教学中的应用
单 下 勾 选 S o e o i T beW idw)可 以 在 编 辑 化 学 式 、 hw P r dc al n o . i 原
1 Ch mB o f c 0 0 e iOf e2 1 软件 简 介 i
C e iO e 0 0软 件 是 C m r g o 公 司 推 出 的 h mBo 侬e 2 1 a bi eS f d t C e mc hmO e系列 软件 的最 新 款 , 是集 强 大应用 功 能 于一 身 的桌 面生物 化学 软件 。 它主要 包 含 以下 常用 软件 : h m iD a I C e B o rw U . t 2 ( r 1 . 化学 生物结 构绘 图 )C e i3 l a1 . ( a 0 、 h mBo D U t 2 分子 3 r 0 D
人框 ,用键 盘输 入 “ H” 最 后 得 到苯 酚 的结 构式 0 ,
OH


另外 也 可 直接 将 鼠标 移 到 甲基 端点 上 呈蓝 色 小方 块显 示 时在
大写 状 态下输 入 “ H”对于 像 O 。
O 样较 复 杂 的有机 结 这
的书写 、 有机 化学 分 子的 2 D结 构绘 制 和有 机 实验 装置 图的绘
中 “ ” 编 区 击 标 键 出 环选 结 工 的{ , 辑 单 鼠 左 画 苯 ;中 构 具 @ 在

箱 的 “ \ ”移 动 到 苯 环 需 连 接 的 顶 点 上 , 点 呈 蓝 色 小 方 块 , 该

显示时, 单击 左键 便 成功 地给 苯环 添 上一个 甲基 ; 击 “A ” 点 , 移 动到 甲基端 点 上呈 蓝 色小 方 块 显示 时单 击 形成 一个 文 本输
三 维 构 型 、 制 实 验 装 置 、 入 方 程 式 等 方 面 。 充 分 利 用 C e iOf e2 1 绘 输 h mBo f C 0 0的 优 势 . 促 进 信 息 技 术 与 中 学 化 学 教 i 能

Chemoffice 2010

Chemoffice 2010

Chemoffice 2010ChembioOffice 是由CambridgeSoft开发的综合性科学应用软件包。

该软件包是为广大从事化学、生物研究领域的科研人员个人使用而设计开发的产品。

同时,这个产品又可以共享解决方案,给研究机构的所有科技工作者带来效益。

利用ChemBioOffice 你可以方便的进行化学生物结构绘图、分子模型及仿真、可以将化合物名称直接转为结构图,省去绘图的麻烦;也可以对已知结构的化合物命名,给出正确的化合物名ChemOffice Ultra 2010版包含以下功能模块:ChemDraw模块- 是世界上最受欢迎的化学结构绘图软件,是各论文期刊指定的格式。

Chem3D模块- 提供工作站级的3D分子轮廓图及分子轨道特性分析,并和数种量子化学软件结合在一起。

由于Chem3D提供完整的界面及功能,已成为分子仿真分析最佳的前端开发环境.ChemFinder模块- 化学信息搜寻整合系统,可以建立化学数据库、储存及搜索,或与ChemDraw、Chem3D联合使用,也可以使用现成的化学数据库。

ChemFinder是一个智能型的快速化学搜寻引擎,所提供的ChemInfo信息系统是目前世界上最丰富的数据库之一,包含ChemACX、ChemINDEX、ChemRXN、ChemMSDX,并不断有新的数据库加入。

ChemFinder可以从本机或网上搜寻Word,Excel,Powerpoint,ChemDraw 和ISIS格式的分子结构文件。

还可以与微软的Excel结合,可连结的关连式数据库包括Oracle及Access,输入的格式包括ChemDraw、MDL ISIS SD及RD文件。

ChemOffice WebServer - 化学网站服务器数据库管理系统您可将您的ChemDraw、Chem3D作品发表在网站上,使用者就可用ChemDraw Pro Plugin网页浏览工具,用www方式观看ChemDraw的图形,或用Chem3D Std插件中的网页浏览工具观看。

ChemBioOffice 在化学教学中的应用

ChemBioOffice 在化学教学中的应用

ChemBioOffice 2010在化学教学中的应用王灵,胡乔生(赣南师范学院化学与生命科学学院,江西赣州341000)摘要:中学化学教师在编排试题、试卷资料以及制作课件等过程中,有机分子的绘制和方程式、电子式的书写等常用软件的使用费时费力,且达不到较好的效果。

此外,在中学化学课堂教学中对有机分子立体结构的描述和展示存在困难,学生不易理解。

ChemBioOffice 2010软件能广泛应用于中学化学教学中绘制有机分子、显示有机物分子三维构型、绘制实验装置、输入方程式等方面。

充分利用ChemBioOffice 2010 的优势,能促进信息技术与中学化学教学整合,提高中学化学教学质量。

关键词:ChemBioOffice 2010;图形绘制;课程整合;化学教学中图分类号:G434 文献标识码:A 文章编号:1672-7800(2010)08-0087-021 ChemBioOffice 2010软件简介ChemBioOffice201 0 软件是Cambridge Soft 公司推出的ChemOffice 系列软件的最新款,是集强大应用功能于一身的桌面生物化学软件。

它主要包含以下常用软件:ChemBioDraw Ul-tra 12.0 (化学生物结构绘图)、ChemBio3D Ultra 12.0 (分子3D模型及仿真)、ChemBioFinder 系列(化学信息搜寻整合系统)。

该组合软件广泛应用于科学研究、化学教学等领域,具有化学计算、化学分析和化学建模等实用功能。

ChemBioOffice 2010 套件可便捷地绘制有机分子的2D 和3D 结构、常用有机实验装置图和展示有机分子三维空间运动的视频动画,可以预测分子的核磁共振图谱和相关的物理化学性质。

用ChemBioOffice2010 制作的文件能方便地插入Word、PowerPoint 等文档进行复制、粘贴、缩放等操作,也可直接在这些文档中双击进行修改。

化学软件ChemOffice的使用说明

化学软件ChemOffice的使用说明

•文件命令对话框
图4 文件命令的对话框
(2)
主 工 具 图 标 板
图 5主工具图标板
主 工 具 图 表 板
图6 主工具图表板的子图标板
2、模板
图7 模板工具图标板示例
3、绘制与编辑典型化学物质结构式
(1)键工具: 主工具图标板上提供了九个键操作的命令,其中双
键命令板中的子菜单中还包 括12个键命令。利用键工 具进行结构绘制操作的基本操作:首先在命令面板中选 取键命令,绘制的基本操作是“点位”、 “拖动”和 “点击”。
(2)方程式的建立
•箭头的选择 •利用绘图工具选择合适的阴影框罩住方程式
(3)化学反应方程式绘制举例
乙酰水杨酸又称为阿司匹林,为常用的退热镇痛药物。制备乙酰水杨酸 最常用的方法是将水杨酸与乙酐作用,生成乙酰水杨酸。
OH
(CH3CO)2 70°C80°C 15min水浴
COOH
OOCCH3 COOH
一概述
ChemOffice软件是由剑桥化学软件公司开发的集 成化学软件桌面系统,集成了Chem3D、ChemDraw、 ChemFinder和ChemInfo,以及Chem TableEditor等软 件,具有强大的高端开发功能。
ChemDraw Ultra 8.0 化学结构绘图 Chem3D Ultra 8.0 分子模型及仿真 ChemFinder Pro8.0 化学信息搜寻整合系统
图18 复制修改得到的乙酰水杨酸结构式
图19 乙酰水杨酸合成反应方程式
图20 符号窗口
图21 字体选项
图22 “Color”菜单选项
图23 调色板
6、绘制实验装置
利用实验仪器模板工具1和实验仪器模板工具2进行实验装置的绘制,在模板 中选择所需的实验仪器,单击产生相应的玻璃仪器。玻璃仪器连接处为阴影。通 过旋转选择框改变角度和大小进行玻璃仪器的连接。示范图例见下图4-24。

必须掌握的ChemBio3D Ultra 14移动结构方法

必须掌握的ChemBio3D Ultra 14移动结构方法

必须掌握的ChemBio3D Ultra 14移动结构方法ChemBio3D Ultra 14是ChemOffice ®14中专门用于绘制立体结构的组件,除了绘制立体结构之外还可以演示动态效果、测量分子量等。

在绘制结构的过程中,常常需要调整结构整体或局部的位置,本节内容将介绍如何移动ChemBio3D Ultra 14绘制的结构。

使用ChemBio3D Ultra 14移动工具
如果使用移动工具移动整个结构需要事先使用选择工具选中结构,不然移动的就是局部结构。

如下图所示,菜单栏红框中的工具就是【移动】工具,黄色显示的就是局部移动的效果对比图。

【移动工具】局部移动对比图
使用ChemBio3D Ultra 14手型工具
相对而言,使用【手型】工具就比较简单,也不需要使用选择工具,直接拖拉需要移动的结构即可。

如下图所示,菜单栏红框中结构就是【手型】工具,右边的结构就是移动前后的效果图。

【手型工具】整体移动对比图
注意点:如果ChemBio3D窗口中的结构有多个,移动命令对全部结构都有效,不可以移动局部结构。

【移动】工具弥补了这一缺陷,只要选中需要移动的局部结构,点击移动工具后拖拉即可实现。

以上就是如何使用ChemBio3D Ultra 14移动结构的教程内容,【手型工具】和【移动工具】各有优缺,使用者可以根据实际情况灵活应用。

化学软件 ChemOffice 的使用

化学软件 ChemOffice 的使用

蓬罩 橡皮 文本 笔 箭头 轨道 绘图元素 基元 化学符号 弧形 原子反应 模板 环丁烷环 环己烷环 环辛烷环 环己烷椅式 苯环
ChemDraw——工具 键工具
模板工具
8
箭头工具
轨道工具
画图工具
基元工具符号工具Leabharlann 弧形工具原子反应工具
键及元素文本属性的设置
4. ChemDraw——主要操作
主要绘制一些结构式、反应方程式、搭建化学反应仪器等。
13CNMR预测
13CNMR预测结果
部分预测结果
四、绘制化学反应方程式:
化学反应方程式的绘制
四、搭建实验装置:
化学软件 ChemOffice 的使用
2013/09/24
主要内容
1
Chemoffice 的概述
2
ChemDraw 介绍及操作
ChemDraw 的界面
ChemDraw 的工具
ChemDraw 主要操作
1. ChemOffice 概述
ChemOffice 软件是由剑桥化学软件公司开发的集成化学软件桌面系 统,集成了Chem3D、ChemDraw、ChemFinder 和 ChemInfo,以及Chem TableEditor等软件,具有强大的高端开发功能。
➢ ChemDraw Ultra 11.0 化学结构绘图 ➢ Chem3D Ultra 11.0 分子模型及仿真 ➢ ChemFinder Pro11.0 化学信息搜寻整合系统 ➢ E2Notebook Ultra11.0 ➢ BioAssay Pro11.0 ➢ 量化软件MOPAC、Gaussian 和GAMESS 的界面 ➢ ChemSAR Server Exce ➢ ClogP,CombiChemPExcel

ChemOffice使用简介

ChemOffice使用简介

鄙人水平有限,不足之处,请大家批评指正。
仪器1(Clipware, part 1) 仪器
EXAMPLE
2.2 特殊工具
插入表格、括号、薄层色谱图 版 、 插入表格、括号、薄层色谱图(06版)、对象加标注按钮
薄层色谱
2.3 质谱碎片
2.4 显示分子性质
2.5 显示光谱性质
2.6 保存格式
常用格式: 常用格式:cdx
2.ChemDraw简介 2.ChemDraw简介
基本功能与 chemwind相同 相同 特殊功能: 特殊功能: (1)分子结构模板众 (1)分子结构模板众 多 (2)玻璃容器与玻璃 玻璃容器与玻璃 管模板: 管模板:可制作实 验装置
质谱碎片
弧线 电子云 图形 插入表格 结构与仪器模板 配位键及手性 标注 薄层色谱图
3.7 其他计算
从头算程序: 从头算程序:Gamess Gaussian 需另外安装这两个程序。 需另外安装这两个程序。 半经验或分子力学计算 Mechanics Mopac (Am1, Mindo/3, Mndo, PM3) 计算方式:计算性质,最小能,过渡态优化, 计算方式:计算性质,最小能,过渡态优化,光谱分析
ChemOffice使用简介 使用简介
药物化学: 丁锴
1. ChemOffice简介 ChemOffice简介
Chemoffice : 每年出新版本 版本: 版本:3.5 : 约20MB 2002: 约 80MB 2006:约 170MB : 基本功能 ChemDraw : 结构制作与简单仪器制作 Chem3D : 空间结构显示与量化计算 ChemFinder: 化学数据库制作
计算结果: Bond Lengths 计算结果:
C(1)-C(2) 1.397 C(1)-C(6) 1.400 C(1)-H(15)1.102 C(2)-C(3) 1.396 C(2)-H(14)1.102 C(3)-C(4) 1.396 C(3)-H(13)1.102 C(4)-C(5) 1.397 C(4)-H(12)1.102 C(5)-C(6) 1.400 C(5)-H(11)1.102 C(6)-C(7) 1.509 1.392 1.392 1.100 1.392 1.100 1.392 1.100 1.392 1.100 1.392 1.100 1.497

chembiodraw使用技巧

chembiodraw使用技巧
/
ChemBioOffice 2010
ChemDraw界面
菜单栏
通用工具栏 文本工具栏
绘图工具栏
选择工具
透视
化学键
DNA 长链
常用环系
碎片工具 橡皮擦 文本 钢笔 箭头 轨道 绘图 括号 化学符号 查询工具 高级工具 模板
绘图工具栏
基本绘图工具
• 快捷键 • 化学结构的缩写
选择原子, 同时按热键
“选择”指将 鼠标移动到 原子上,或 者左键单击 选择原子
原子热键
原子热键
大小写代表不同元素或官能团
元素符号 A F Ph Ac H Q* Br I R
n-Bu
热键 a f
P or 4 A or 5
h q b i r 1
元素符号 K S
s-Bu Me Si t-Bu N TMS C Na
常见问题
如何改变化学键叠放次序?
常见问题
如何输入化学式中间的分隔点
1)打开文本框 2)输入 Alt + 0183
(小键盘) 3)设置为粗体
(同样适用Word)
常见问题
得出化学结构的命名 从命名得出化学结构
(5R,6R)-5-ethyl-6-((2R,3S,4R,5S,E)-2hydroxy-4-methoxy-3,5-dimethylnon-7-en-
基本绘图工具
绘图 括号 化学符号 查询工具 高级工具 模板
基本绘图工具
常见问题
结构式太大,页面画不下!如何调整页面大小?
常见问题
更改页面 长度和宽 度的页数
常见问题
更改页面长 度和宽度
如何输入字符?
常见问题
如何输入字符?
常见问题

如何使用ChemBioOffice得到物质光谱图

如何使用ChemBioOffice得到物质光谱图

如何使用ChemBioOffice得到物质光谱图
众所周知,ChemBioOffice是化学生物专业重要的软件之一。

其用法简便易学,只要勤于探索,很快就能掌握其基本操作方法。

ChemBioOffice中常用最重要的两个软件是ChemBioDraw和ChemBio3D。

前者主要用于画结构式,书写反应方程式等,后者主要用于观测物质的空间构型。

除此之外,ChemBioOffice的强大计算功能让他们还可以画出物质的光谱图,如红外(IR),紫外(UV),核磁共振(NMR,1HNMR、13CNMR)。

以一下物质为例:
选中物质后单击Structure,然后选择predict 1HNMR,等待一会即可预算处1HNMR光谱。

光谱图如下,还配有详细解析过程。

如果想要得到UV和IR光谱,则需要进入ChemBio3D界面。

新打开一个ChemBio3D,将结构图画在空白处
进入后点击Calculation—MM2---Minimize Energy,计算最低能量的结构。

点击Run,后计算得到最小能量的结构。

(此步骤可以省略,即可以直接得到光谱图)
然后再点击Calculation---GAMESS Interface----Predict IR/Raman Specturm,预测红外光谱,同理可以预测紫外(UV)光谱,也可以预测核磁共振谱图。

红外光谱图
拉曼光谱图
紫外光谱图
(从ChemBioDraw中转化得到的ChemBio3D图可能不能正常计算出光谱图,所以建议直接把图形画在新建的ChemBio3D页面中)。

ChemBioOffice教程0

ChemBioOffice教程0

M2 Constant Value Quality Cubic stretch constant-2.000 4 Quartic stretch constant2.333 4 X-B,C,N,O-Y Stretch-Bend interaction force constant0.120 X-B,C,N,O-H Stretch-Bend interaction force constant0.090 Sextic bending constant (* 10**8)7.000 4 Cutoff distance for charge/charge interactions35.000 4 Cutoff distance for charge/dipole interactions25.000 4 Cutoff distance for dipole/dipole interactions18.000 4 Cutoff distance for van der Waals interactions10.000 4
Chem3D详解
计算模块 Mopac计算界面
作业类型 方法 波函数 优化方法 溶剂模型 限制性优化 收敛要求 坐标
Chem3D详解
计算模块 Mopac计算界面 电荷 偶极 静电势 生成焓 超精细耦合常数 电离能 极化率 电荷 溶剂介电常数
Chem3D详解
分子面模块
分子面 探测半径 显示模式 颜色模式 分辨率 选择分子轨道 等值面值 溶剂面 总电子密度面 总自旋密度面 静电势面 分子轨道 清除所有面
Chem3D详解
计算方法
计算模块
GAMESS 密 度 泛 函 理 论
基 态
从头算理论 激 发 态
Chem3D详解

第5章 化学相关软件的使用

第5章 化学相关软件的使用




8 ISIS Sketch(*.skc)——在Windows或Macintosh环境下,存储并传输到另外 的ISIS应用程序中 9 MDL MolFile (*.mol)——MDL(分子设计有限公司) MolFile文件格式用于其 它一些在Windows、Macintosh和Unix环境下的化学数据库和绘画应用软件 10 Galactic Spectra(*.spc)——银河图谱文件格式 11 Jcamp Spectra(*.jdx,*.dx)——图谱文件格式,可读入紫外、质谱、红外、 核磁等数据文件 12 MSI ChemNote(*.msm)——一种ASCII文本文件,可以用于像 ChemNote 一类的应用程序 13 SMD 4.2 (*.smd)——ASCII文本文件,一般用于检索化学文摘数据库 14 Windows Metafile(*.wmf)——图片文件格式,可以将ChemDraw图片传输 到其它应用程序中,如Word。WMF 文件格式含有中 ChemDraw的结构信息, 可被ChemDraw早期版本编辑
向上按动, 垂直压缩50%
五、透视图形
在原子上定位建立标记
五、透视图形
选择黑体楔键
单击下部两侧键的中央
五、透视图形
选择黑体键
单击底键的中央
六、Newman结构
六、Newman结构
选择键工具; 连续单击生成三键对称结构
按Ctrl键
拖动复制
六、Newman结构
选择键工具;按住Alt键,连接两个结构
定位
单击生成一单键
再定位
连续单击生成三单键
定位
双击后输入OH
一、反应方程式
用套索或蓬罩进行部分选择
一、反应方程式

ChemBioOffice 13.0 十大新功能

ChemBioOffice 13.0  十大新功能

ChemBioO ce 13十大新功能全新发布的 ChemBioOf ce ® 13,增加了更多人性化的功能,进一步提高了科学家的工作效率。

新版本通过结合可视化分析,能将生物活性与化学结构关联,协助科学家更深入地了解研究结果。

1. 升级的生物聚合物绘制工具栏,包括 D-型及 L-型氨基酸、β-氨基酸、DNA 及 RNA 模板全新的生物聚合物工具栏可以绘制肽链、DNA 及 RNA 的序列,包括 β-氨基酸及 D-氨基酸、二硫键、内酰胺以及连接基团和保护基团。

用单字母或三字母方式代表多肽及核苷酸序列(DNA 、RNA ),包括 L-氨基酸、D-氨基酸及 β-氨基酸。

用户能方便地在单字母及三字母表示方法之间互换,并可以将缩写字母展开为结构。

可以将连接基团及保护基团预先自定义为字母,简化绘制过程。

使用“键工具”绘制二硫键及内酰胺,以及环肽结构。

2. 在一个氨基酸序列中绘制混合序列结构、连接基团及保护基团为含有氨基或羟基的氨基酸(如 Arg ,Aad )添加保护基团,例如 Trt 及 Fm oc 。

这些保护基团的结构也可以展开或者恢复成缩写形式。

可通过键合序列的末端将多个序列合并为一个序列。

3. 从外部文档中粘贴化学序列支持 FASTA 格式粘贴序列。

将代表聚合物的单字母或者三字母字符串进行粘贴,系统可通过有效的分隔符(space 、tab 、dash 键)自动识别。

4. 升级的 clean -up 功能,可用于分子、反应及生物聚合物的结构修正使用升级的 clean-up 功能修正高质量且结构正确的分子式、反应式及生物聚合物。

序列绘制中新添加的残基会自动调整。

当序列从结构式转变到以字母形式表示,Clean-Up Biopolym er 命令可以调整并重新排布序列,使残基在一条直线上并自动换行。

Richard J. Smith 博士,副主编,Verlag Helvetica Chimica ActaJeremiah J. Gassensmith 博士,美国西北大学ChemBioO ce 长期用户“新的生物聚合物工具栏在绘制多肽及DNA 序列上帮了一个大忙。

化学软件ChemOffice的使用说明

化学软件ChemOffice的使用说明

具进行结构绘制操作的基本操作:首先在命令面板中选 取键命令,绘制的基本操作是“点位”、 “拖动”和 “点击”。
图4-8 绘制分子结构的基本操作
① 键的产生:
点位后,向某个方向拖动可以产生。 直接单击,产生所选择类型的化学键,连续点击两键相连默 认角度为120度。 点位位于一键的起点(显示小蓝块),沿键拖动会产生重键。 点位为于键中间,单击同样可以产生重键(三键点击后变单 键)。
H3C
CH3
CH3
CH3 H3C
图12 胡萝卜素结构
图13 连接点及单键的产生
图14 长链的生成
•结构的复制及旋转
• 两个结构的连接
连接前的胡萝卜素结构
4、化合物结构与命名
图17 命名示例图示表
5、 绘制化学反应方程式
(1)反应物结构式的绘制 • 普通分子结构的绘制 • 离子结构的绘制
• 中间体结构的绘制 • 立体结构的绘制
图18 复制修改得到的乙酰水杨酸结构式
图19 乙酰水杨酸合成反应方程式
图20 符号窗口
图21 字体选项
图22 “Color”菜单选项
图23 调色板
6、绘制实验装置
利用实验仪器模板工具1和实验仪器模板工具2进行实验装置的绘制,在模板 中选择所需的实验仪器,单击产生相应的玻璃仪器。玻璃仪器连接处为阴影。通 过旋转选择框改变角度和大小进行玻璃仪器的连接。示范图例见下图4-24。
选择键命令或环命令,直接在环的任何一个节点处点击 或拖动可以实现键的连接或环与环的点连接。 选择环的一个节点,按住鼠标左键,从一个节点拖至另 一个节点,可以实现环与环的双点连接。 元素符号的输入与目标参数的设置与键操作类似,同样 在“Structure”菜单中可以对选择的键的属性进行设定。
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执行【Structure】/【Predict 1H-NMR-Shift】菜单命令
分别执行【View】/【Show Analysis Window】和 【View】/【Show Chemical Properties Window】 菜单命令
执行【View】/【Show Period Table Window】 菜单命令,并可以得到 该元素的物理性质
2.2
2.2.1 概述
ChemDraw的使用
2.2.2 化学结构绘图 2.2.3 ChemNMR-核磁谱的计算 2.2.4 ChemProp-分子物理化学性质计算和标准 命名
2.2.5 原子轨道和分子轨道图的制作
2.2.1 概述
ChemDraw奉行的理念是: 化学家能懂的, ChemDraw也应该能懂
关键在于第五个碳原子的向下方 向的键,为了避免与其他键交叉 需要按住Alt键再绘制。接着选中 整个图形,按住Shift键进行缩放 (不对称缩放),把高度缩小至 50%,用文本输入工具输入相应 的基团,再用楔键工具修改即可
使用单键工具按 住Alt键绘制,适 当减少长度以免 与下面的键接触
绘制这个图形使用单键、文本、楔键
执行【Structure】/【Clean Up Structure】菜单命令,整理图形 到最佳状态。
OH
aspirin
图形存盘 ChemDraw文件的扩展名为“cdx”,执行 【File】/【Save As】菜单命令,即可保存。
图形的旋转与缩放 检查结构错误和整理结构式
执行【Structure】/Check Structure】功能自动执行 执行【Structure】/【Convert Name to Structure】菜单命令 如aspirin、EDTA、morphine、 2-acetoxybenzoic acid等
箭头、轨道、绘图元素、括弧、 化学符号、询问工具模板 氨基酸模板 芳香族、双环、生物艺术模板 玻璃仪器模板 构象异构体模板 环戊二烯、环烷模板 DNA、RNA模板
超分子模板
绘图实例
绘制阿司匹林结构式
O
利用模板按左图绘制出简式;
O
O
单击选取框按钮,选中画好的 阿司匹林结构式;
绘制实验装置图
执行【View】/【Other Toolbars】/ 【Clipware,Part1或Part2】菜单命令 可以用磨口玻璃仪器接插件迅速搭 建化学反应装置
2.2.4 ChemProp—— 分子物理化学性质计算和标准命名
7.2.5 原子轨道图与分子轨道图的制作
ChemDraw绘制轨道的方法是使用轨道绘制工具箱,这 个工具箱能够绘制s轨道、σ轨道、单瓣轨道、p轨道、 杂化轨道、d轨道和dz2轨道。每种轨道都包括有三种填 充类型:背景色、阴影和纯色,具体的颜色则可以自己 设置。下图是一个例子:
第二个图形是使用Object 菜单的ShowStereochemistry 命令建立的 第三个图形是第二个图 形水平反转的结构
第四个图形是第三 个图形垂直旋转180度 的结果
为了出现Rotate180 Vertical,这个菜单项 需要同时按住Alt键
2.2.3 ChemNMR-核磁谱的计算
以乙烯为例,首先使用文本输入工具输入分子式CH 2CH 2, 则会自动生成3D的乙烯分子,然后使用Analyze菜单的 Extended Huckel Surfaces功能,再使用View菜单的Molecular Orbitals(显示各种分子轨道),出现对话框后可以选择显示 HOMO还是LUMO,根据参数的不同产生的轨道形状不同, 还可以选择不同的表面显示效果。
第二章 化学编辑排版和分子模 拟计算
第二章 化学编辑排版和分子模 拟计算
化学办公软件
第二部分 ChembioOffice 软件 的使用
2. 1 简 介 2. 2 ChemDraw的使用 2. 3 Chem3D的使用 2. 4 ChemFinder的使用
分子式和结构式是化学家的语言
目录
主要内容
第一部分:化学结构绘制软件ChemWin 1. ChemWin简介 2.键、环、箭头箭头工具 3.编辑工具、原子标记、轨道、组合工具、菜单命令等 第二部分:集成化学软件桌面系统ChemOffice 1. Chem Draw 2.Chem 3D 3.ChemFinder 第三部分:数学公式及长篇文章排版 1.Mathtype 2.长篇文章排版
2.1 简介
美国剑桥(CambridgeSoft)公司() 其最新版本ChemOffice Ultra 2010是目前世界上最优秀、最 重要和最权威的桌面化学办公应用软件,集强大的应用功能 于一身,为化学工作者提供了优秀的化学辅助系统。 它既可以轻松的绘出分子结构图和化学反应方程式、实验
模型窗口 旋转柄 旋转柄
建立3D模型的方法 利用键工具建立
线状模型 棒状模型 球棍模型 圆柱键模型 比例模型
利用文本工具建立
使用子结构建立 使用模板建立
ChemDraw结构式与3D模型间的转换
ChemDraw结构式转换为3D模型 选中结构式,复制到3D窗口中,自动转变成3D模型。 直接打开ChemDraw文件 在3D窗口中执行【File】/【Open】菜单命令,在【文件类 型】窗口中选中“ChemDraw(*.cdx,*chm)”类型,单击 “打开”按钮打开文件。 3D模型转换为平面结构式 选中3D模型,执行【Edit】/【Copy As】/【chemDraw Structure】菜单命令,复制该模型粘贴到ChemDraw窗口中。
根据化合物名称得到结构式
根据结构得出化合物命名 预测核磁共振化学位移 分子结构估计性质 元素周期表
符号、字体和颜色
快捷菜单和快捷键 绘制化学反应式 绘制实验装置
2.2.2 结构绘制功能
1. 简单的无机反应式和有机分子式
ChemDraw中可以一次性输入反应式文本,在应用 “Formula” 进行优化,其Formula格式化的智能程度较其他软件有所增 强。
2. 3 Chem3D的使用
Chem3D是与ChemDraw配合使用的软件,主要是为了打开三维结构, 再使用各种量子化学软件计算和预测该结构的各种性质。 它能很好地同ChemDraw一起协同工作,ChemDraw上画出的二维结构 式可以正确地自动转换为三维结构,
旋转柄
垂直工具栏
Chem3D中α-D-葡萄 糖的显示效果图

菜单栏
结构工具栏
主工具栏
格式栏


模板工具栏
绘图区
状态 波浪键 表格 长链 环丙烷环 环戊烷环 环庚烷环 环己烷椅式 环戊二烯环
14
蓬罩 橡皮 文本 笔 箭头 轨道 绘图元素 基元 化学符号 弧形 原子反应 模板 环丁烷环 环己烷环 环辛烷环 环己烷椅式 苯环
整理结构与简单优化
执行【Edit】/【Select All】菜单 命令,将模型全部选中; 执行【Tools】/【Clean Up Structure】菜单命令,整理结构 执行【MM2】/【Minimize】菜 单命令,弹出【Minimize Energy】对话框。 单击RUN按钮开始对模型进行 优化,最终给出能量最低状态。
O H2N CH CH2 C OH
N NH
H OH H HO H H OH OH OH H O
HO H
H
O
H
OH H HO H OH OH
模 板
垂直工具栏上的【模板】按钮包含了常 用的和重要的模板如多种较复杂的分子 种类和玻璃仪器模板 官能团模板 己糖模板 苯环模板 多面体模板 立构中心模板
单键工具
文本 工具
这根直线其实是五个单键连起来的
2. Haworth(霍沃思)投影式
下图为α-D-葡萄糖的Haworth投影式
首先建立一个六元环(环己烷),选中六元环并旋转90度(用鼠标或 Object菜单的Rotate命令),用文本输入工具把六元环中的一个碳原子变 为氧原子,然后使用单键工具栏建立其他化学键。
显示3D模型信息
将鼠标移动至3D模型的原子上,会弹出一个窗口显示该 原子的相关信息; 将鼠标移动至3D模型的化学键上,会弹出一个窗口显示 该化学键的相关信息,包括键长、键级等。 按住【Shift】键不动,用鼠标顺序选中连续的3个原 子,然后将鼠标停留在任一个原子上,即可显示这3个 原子形成的键角; 要显示更详细的信息,可执行【Analyze】/【Show Measurements】/【Show Bond Lengths】菜单命令
下图是选择LUMO(N=7)的显示效果
2. 4 ChemFinder的使用
2.4.1 概述
ChemFinder是一个智能型的快速化学搜寻引擎,所提 供的ChemInfo是目前世界上最丰富的数据库之一,他可以 从本机或网上搜寻分子结构文件。 根据结构式检索 根据分子式检索
根据化学名称检索
ChemDraw提供了核磁位移的估计计算,可以在 选定分子后在Estimate菜单选择1H NMR Shift或1C NMR Shift,相应给出分子各个H或C的位移。列表 给出详细资料:
心血管药物心得安 (propranolol)
执行【Structure】/【Predict 13C-NMR-Shift】菜单命令
根据相对分子量检索 使用化学反应数据库 查找免费网络资源
2.4.2 根据结构式检索
ChemFinder自带多个数据库,其扩展名为 “sfw” 启动ChemFinder 打开对话框,其中包括3个选项卡,单击 【Existing】选项卡 单击选中“CS_DEMO”数据库,单击“打 开”按钮
等工具和对象的旋转、缩放等操作
3. Newman(纽曼)投影式
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