小鼠SNP分型结果
SNP实验标准操作规程
一、原理SNP (Single Nucleotide Polymorphism)即单核苷酸多态性，是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphism)。
据估计，在人类基因组中，大约每千个碱基中有一个SNP，无论是比较于限制性片段长度多态性(RFLP)分析还是微卫星标记(STR)，都要广泛得多。
SNP是我们考察遗传变异的最小单位,据估计，人类的所有群体中大约存在一千万个SNP位点。
一般认为，相邻的SNPs倾向于一起遗传给后代。
于是，我们把位于染色体上某一区域的一组相关联的SNP等位位点称作单体型（haplotype）。
大多数染色体区域只有少数几个常见的单体型（每个具有至少5%的频率），它们代表了一个群体中人与人之间的大部分多态性。
一个染色体区域可以有很多SNP位点，但是我们一旦掌握了这个区域的单体型，就可以只使用少数几个标签SNPs(tagSNP)来进行基因分型，获取大部分的遗传多态模式。
二、样品准备1. DNA抽提① 1、取新鲜肌肉组织约100mg，PBS漂洗干净，置于离心管中，加入液氮，迅速磨碎。
②加200μl 缓冲液GA，震荡至彻底悬浮。
加入20μl 蛋白酶K（20mg/ml）溶液，混匀③加220μl 缓冲液GB，充分混匀，37℃消化过夜，溶液变清亮。
加220μl 无水乙醇，充分混匀，此时可能会出现絮状沉淀。
④将上述一步所得溶液和絮状沉淀都加入一个吸附柱CB 中，（吸附柱放入废液收集管中）12000rpm 离心30 秒，弃掉废液。
⑤加入500μl 去蛋白液GD（使用前请先检查是否已加入无水乙醇），12000rpm 离心30 秒，弃掉废液。
⑥加入700μl 漂洗液GW（使用前请先检查是否已加入无水乙醇），12000rpm离心30 秒，弃掉废液。
加入500μl 漂洗液GW, 12000rpm 离心30 秒，弃掉废液。
将吸附柱CB 放回废液收集管中，12000rpm 离心2 分钟，尽量除去漂洗液。
SNP分型技术简介
原理
质谱法是一种基于质谱技术的SNP分型方法。通过对PCR扩增产物进行
质谱分析，可以准确地确定SNP位点的碱基类型。
02
优点
质谱法具有高分辨率、高准确性和无需荧光标记的优点。该方法可以检
测多种类型的SNP，包括单核苷酸变异、插入/缺失等。
03
缺点
质谱法需要使用昂贵的质谱仪器，且对样本的纯度和质量要求较高。此
优点
TaqMan探针法具有高灵敏度、高特异性和可定量分析的 优点。同时，该方法可以实现高通量SNP分型，适用于大 规模样本的筛查和研究。
缺点
TaqMan探针法需要使用特定的荧光标记探针，成本较高。 此外，对于某些复杂的SNP位点或多态性区域，可能需要 设计多个探针以覆盖所有可能的变异类型。
质谱法
01
实验对照
设置合适的实验对照，以验证实验结果的可 靠性和准确性。
重复实验
进行必要的重复实验，以确保结果的稳定性 和可重复性。
质量控制
在实验过程中实施严格的质量控制措施，包 括试剂、仪器和实验操作等方面。
数据分析流程和方法选择
数据预处理
对原始数据进行清洗、整理和标准化 处理，以便于后续分析。
统计分析
采用适当的统计方法对数据进行分析， 如描述性统计、假设检验和方差分析 等。
亲子关系鉴定
通过分析被鉴定人的SNP信息，可以确定亲子关系，为家庭纠纷、 遗产继承等问题提供解决方案。
法医物证分析
SNP分型技术可以用于法医物证的分析和鉴定，如血迹、毛发等生 物样本的基因分型，为刑事案件的侦破提供证据。
05
实验设计与数据分
析方法论述
实验设计原则及注意事项
样本选择
确保样本具有代表性，避免选择偏差，同时 考虑样本量和多样性。
SNP数据结果说明文档
一、数据结果说明数据结果均在Data results文件夹中Raw data为原始数据1.结尾为samplesheet.xls文件为样本说明文件2.结尾为样本编号_FinalReport.txt的文件为每个样本的分型结果数据每列的含义:SNP_ID: SNP名称其余列为每个样本的分型数据3.结尾为Samples Table.txt的文件为每个样本的call Rate值情况数据每列的含义:Index: 数据编号Sample ID: 样本编号Call Rate: 样本的call Rate值Gender: 样本的性别p05 Grn: 百分之五分位数时A等位基因的强度p50Grn: 百分之五十分位数时A等位基因的强度p95 Grn: 百分之九十五分位数时A等位基因的强度p05 Red: 百分之五分位数时B等位基因的强度p50Red: 百分之五十分位数时B等位基因的强度p95 Red: 百分之九十五分位数时B等位基因的强度p10 GC: 此样本所有SNP 百分之十分位数的Gen Call scoreP50 GC: 此样本所有SNP百分之五十分位数的Gen Call scoreRep Error Rate,PC Error Rate,PPC Error Rate,Subset结果并不给出所以略过.Aux: 用户自己设置的SNP辅助值Genotype for exm-IND11-102094357: exm-IND11-102094357的基因型Array Info.Sentrix ID: 芯片条形码IDArray Info.Sentrix Position: 样本在芯片上的位置4.DNAReport.csv 包含AA,AB 等位基因频率等5.Plink文件夹中是转化为plink格式的数据。
V 分析说明：此分析为收费项目用penncnv软件做CNV分析包括V，CNVR的区域、CN值、所含SNP位点数、基因注释等。
SNP相关知识总结
在SNP数据分析过程中，涉及到个体的基因信息，因此必 须采取严格的隐私保护措施，确保数据的安全性和保密性 。这包括对数据进行加密、限制数据访问权限等措施。
技术发展与标准化
技术进步推动研究
随着基因组学、生物信息学和相关技术的不断发展， SNP研究得以不断深入。新技术和方法的应用为SNP研 究提供了更多可能性，例如高通量测序技术、人工智能 和机器学习等。
Part
02
SNp的遗传学效应
基因型与表型
基因型
指生物体的遗传组成，由基因组合决定。
表型
指生物体的表现型，由基因型和环境因素共同决定。
遗传模式
01
02
03
单一等位基因遗传
一个基因位点上存在两个 等位基因，其中一个为显 性，一个为隐性。
共显性遗传
两个等位基因同时表达， 不存在显性与隐性的关系。
多态性遗传
其他检测技术
TaqMan探针法
基于荧光共振能量转移原理，通过特异性探针与待测基因组DNA进行杂交，通过 荧光信号变化进行SNP分型。
限制性片段长度多态性分析
利用限制性内切酶对基因组DNA进行切割，通过电泳分离后比较不同长度片段的 数量和分布，确定SLeabharlann P位点。Part04
SNp在医学研究中的应用
疾病预测与诊断
基因分型芯片技术
通过设计特定探针阵列，对基因组DNA进行捕获和杂交，再通过信号检测系统进行数 据分析，实现SNPs的快速分型。
基于测序的检测技术
第二代测序技术
也称为高通量测序技术，通过大规模平行测序平台，对基因组DNA进行全覆盖 测序，能够发现基因组中的所有SNPs。
第三代测序技术
采用单分子实时测序技术，具有更高的测序速度和准确性，适用于大规模SNP 筛查和高通量SNP分型。
α-突触核蛋白原纤维诱导的帕金森病小鼠模型的行为表型及病理特征
α-突触核蛋白原纤维诱导的帕金森病小鼠模型的行为表型及病理特征田静;侯志东;任湘鹏【摘要】目的:研究A53T突变型α-突触核蛋白(A53TαS)原纤维诱导的帕金森病(PD)小鼠模型的行为表型及病理学特征。
方法:小鼠脑内黑质致密区(SNpc)定位注射5μgA53TαS建立PD小鼠模型,造模3个月后,通过旷场试验、悬挂试验和Y迷宫检测模型小鼠的运动和认知行为学表型。
分别使用抗磷酸化α-突触核蛋白(pSyn)、抗酪氨酸羟化酶(TH)及小胶质细胞特异性蛋白抗体IBA-1作为评价模型小鼠脑内的路易小体包涵体、多巴胺能神经元变性死亡及神经炎症的分子标记,通过免疫组织化学染色法研究模型小鼠脑内典型的病理特征。
结果:旷场试验中,模型组小鼠的总运动距离较对照组差异无统计学意义(P>0.05);悬挂试验显示模型组小鼠四爪抓杆持续时间较对照组小鼠显著缩短(P<0.05);Y迷宫检测表明模型组小鼠的自发转换正确率较对照组差异无统计学意义(P>0.05)。
与对照组比,模型组小鼠中脑SNpc区的pSyn阳性包涵体数量显著增多(P<0.01),同时TH阳性神经元数量显著减少(P<0.05),IBA-1阳性胶质细胞数量异常增加(P<0.01)。
结论:脑内注射A53TαS原纤维可稳定诱导出PD小鼠模型,该模型小鼠表现出一定程度的肌力和平衡力下降;且可同时模拟出PD的路易小体包涵体、多巴胺能神经元缺失及过度激活的神经炎症等病理特征。
【期刊名称】《温州医科大学学报》【年(卷),期】2019(049)003【总页数】5页(P157-161)【关键词】帕金森病模型;α-突触核蛋白原纤维;行为学;路易小体;多巴胺能神经元;小鼠【作者】田静;侯志东;任湘鹏【作者单位】[1]温州医科大学附属眼视光医院实验室中心,浙江温州325027;[1]温州医科大学附属眼视光医院实验室中心,浙江温州325027;[1]温州医科大学附属眼视光医院实验室中心,浙江温州325027;【正文语种】中文【中图分类】Q953帕金森病（Parkinson’s disease，PD）是第二大常见的进行性神经退行性疾病，其主要临床表现为静止性震颤、肌强直、运动迟缓和姿势不稳等运动症状；典型的病理特征为中脑黑质致密区（substantia nigra pars compacta，SNpc）多巴胺（dopamine，DA）能神经元进行性变性缺失，残存的DA能神经元胞质内出现路易小体（Lewy bodies，LBs），即α-突触核蛋白（α-synuclein，αS）包涵体。
单核苷酸多态性(SNP)分析
3
4/27/2013 | Life Technologies™ Proprietary and confidential
பைடு நூலகம்
克隆后测序
将PCR产物克隆后测序，每一个克隆中只含有一种类型的扩增产物，通 过挑取单一克隆可将两种差异的PCR产物分开，展示其中一种类型的扩 增产物单一峰型。可以检测缺失插入型突变，以及突变连锁。
4
4/27/2013 | Life Technologies™ Proprietary and confidential
1
4/27/2013 | Life Technologies™ Proprietary and confidential
通过峰图鉴别突变的要点
单一位点双峰 双峰位置由于两种碱基均分 荧光信号，导致峰型较矮 如果有干扰峰存在，建议正 反向覆盖这一区域两次，确 认是信号峰还是干扰峰
2
4/27/2013 | Life Technologies™ Proprietary and confidential
不适合PCR产物测序鉴定SNP的情况
1. 样品是多倍体（例如8倍体小黑麦）或者检测组织中部分含 有突变的细胞，这种情况有可能扩增出的突变产物在总产物 中含量很少，突变碱基贡献的荧光值很低，被当作背景峰型 压低，在结果中无法体现或无法判别。 2. 样品中的SNP为缺失插入型，由于出现后双峰无法辨别序列 信息。 3. 样品中SNP位点较多，需要确认连锁关系。 上述三种情况均可以采用克隆后测序解决。
PCR产物测序
PCR是对目标基因的特异性扩增，如果模板是基因组，等位基因含有SNP位点， 那么在单引物扩增的过程中会因模板的差异，产生不同的单链产物，单链末尾 的荧光信号会出现差异，反映在测序结果上的既是双峰。 纯合型突变：单一峰型，与参考序列比对有差异 杂合型突变： 碱基改变：单一位点双峰 插入或缺失突变：后双峰
STR和SNP对3个小鼠1号染色体替换系筛选结果的比较
主要 的包括： 超大规模重组近 交系（ｏａｏａｖ ｏｓ Ｃ ｌｂ ｒｉｅ ｒｓ， ｌ ｔ ｃ
Ｃ ）Ｎ ， Ｃ ￣ ｄ 鼠染色 体替换 系【 （ｈｏ ｓｍｅ ｕ ｓ ｔｔ ｎ １ Ｃ ｒｍｏ ｏ ｂｔｕｉ ｓ ｉ ｏ ｓ ａｎ Ｃ Ｓ 。染 色 体替 换系 是 除 目标 染 色体 外 ， ｔ ｉ ｓ， Ｓ ） ｒ
分型 方法 ，三组 多重 Ｓ Ｐ方案作 为 Ｆ ＢＮ和 ＡＫ Ｎ Ｖ ／ Ｒ替换 系的基 因分型 方法 。
［ 关键词】 号染色体替换系； Ｔ ； Ｎ ； １ Ｓ Ｒ Ｓ Ｐ 分型； 比较
［ 图分类号 】 ５３ ［ 标识码 ］ ［ 中 Ｑ９—３ 文献 Ａ 文章编号 】 ６ ４５ １（０ ２０ —３６０ １７—８ ７２ １）５０ ９ —５
［ 收稿 日期】 ０ ２０ — １ ２ １— １ ３ ［ 金项 目］ 基 上海市科学技术委员会科研计划项 目
（８４ ９ ０ ０ ， ０ ４ ９ ０ ０ ） ０ １０ ０ ９ １ １ １ ０ ０ １ １
不及 ＲＦ Ｐ 限制 性 片段 长度 多态 性） Ｓ Ｒ标 记变 Ｌ（ 和 Ｔ
异程 度 高 ，但 由于 数 量 巨大 ，分 布 频密 ， 因此 就 整体 而 言 ， 其 多态 性 要 高得 多 。另 外 ，Ｓ ＮＰ 已用 于野 生遗 传 资 源 管 理 方 面 ， 已经 被 用 于 法 医 ，鉴 定 非法动 物 的转运 ［ １ ７ ，动物 的非法 贸易 『 ０ ． ８ ９１ ． 以及逃 逸 动物 的溯 源 …】 。 本 研究 的 目的是 比较 Ｓ Ｐ与 Ｓ Ｒ在小 鼠 １ Ｎ Ｔ 号染 色体 替换 中的分 型筛选 情况 。小 鼠染 色体 替换 新品
有 高度 多态 性 、高 杂 合 度 、高 信 息 含 量 、 检测 简 便 、 快捷 等 优 点 ， 目前 已应 用 于 遗 传 连 锁 图 的构 建 、 疾病 相 关基 因 的定 位 、人 类 学 及 法 医 学 等研 究 领 域 ，成 为 目前 应 用 最 广 泛 、研 究 较 深 入 的遗 传标 记 之一 。 单核 苷 酸 多态 性 （ ＮＰ ， 即单 个碱 基 的变 异 ， Ｓ ） 是 新一代 多态 性标 记系统 『。通过 Ｃ ７ Ｌ６完 整基 ４ １ ５Ｂ ／ 因组 序列ｆ ５ 】 和其他 近交系 小 鼠序列 【 比发现 了大量 ６ ］ 对 的Ｓ ＮＰ信 息 。Ｓ ＮＰ作 为遗 传标 记 用 于小 鼠的基 因 分型和 ＱＴ （ ｕ ｎｉ ｔ ｅ ｒｉｌｃ ｓ分析 。虽然 Ｓ Ｐ Ｌ Ｑ ａ ｔａ ｖ ａ ｕ ） ｔ ｉ ｔ ｔｏ Ｎ
07 单核苷酸多态性(SNP)实验
单核苷酸多态性（SNP）实验SNP (Single Nucleotide Polymorphism)即单核苷酸多态性，是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphism)。
据估计，在人类基因组中，大约每千个碱基中有一个SNP，无论是比较于度多态性(RFLP)分析还是微卫星标记(STR)，都要广泛得多。
实验方法原理：SNP (Single Nucleotide Polymorphism)即单核苷酸多态性，是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphism)。
据估计，在人类基因组中，大约每千个碱基中有一个SNP，无论是比较于限制性片段长度多态性(RFLP)分析还是微卫星标记(STR)，都要广泛得多。
SNP是我们考察遗传变异的最小单位,据估计，人类的所有群体中大约存在一千万个SNP位点。
一般认为，相邻的SNPs倾向于一起遗传给后代。
于是，我们把位于染色体上某一区域的一组相关联的SNP等位位点称作单体型（haplotype）。
大多数染色体区域只有少数几个常见的单体型（每个具有至少5%的频率），它们代表了一个群体中人与人之间的大部分多态性。
一个染色体区域可以有很多SNP位点，但是我们一旦掌握了这个区域的单体型，就可以只使用少数几个标签SNPs(tagSNP)来进行基因分型，获取大部分的遗传多态模式。
实验材料：组织样品试剂、试剂盒：液氮、PBS、GA缓冲液、GB缓冲液、蛋白酶K、无水乙醇、蛋白液、漂洗液等仪器、耗材：离心管、离心机、废液收集管、吸附柱、水浴锅、分光光度计、低温冰箱等实验步骤：一、DNA抽提1. 取新鲜肌肉组织约100 mg，PBS漂洗干净，置于1.5 ml离心管中，加入液氮，迅速磨碎。
2. 加200 μl 缓冲液GA，震荡至彻底悬浮。
加入20 μl 蛋白酶K（20 mg/ml）溶液，混匀。
3. 加220 μl 缓冲液GB，充分混匀，37℃消化过夜，溶液变清亮。
SNP标记在动物遗传育种及人类疾病动物模型研究中的应用
SNP标记在动物遗传育种及人类疾病动物模型研究中的应用王晨阳;王璐;张锐虎;余婧婧;宋国华;陈朝阳【摘要】单苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记是一种发生在基因组特定位点的单个核苷酸突变的遗传标记,其丰富度高、密度大、易于进行基因分型,广泛应用于动植物育种、抗病性基因标记、优势品种筛选和疾病相关基因的鉴定中.本文首先对SNP遗传标记在动物群体遗传结构、遗传图谱构建、标记辅助选择、亲缘关系鉴定以及杂种优势等方面的应用进行介绍,其次简述了在人类疾病动物模型中SNP位点与某些疾病的关联性,以期为SNP分子标记技术在动物遗传育种及人类疾病动物模型的建立、遗传学分析等方面的应用提供参考.【期刊名称】《中国比较医学杂志》【年(卷),期】2019(029)004【总页数】6页(P120-125)【关键词】单核苷酸多态性(SNP);遗传标记;动物遗传育种;疾病动物模型【作者】王晨阳;王璐;张锐虎;余婧婧;宋国华;陈朝阳【作者单位】山西医科大学实验动物中心,太原 030001;山西省实验动物与人类疾病动物模型重点实验室,太原 030001;山西医科大学实验动物中心,太原 030001;山西省实验动物与人类疾病动物模型重点实验室,太原 030001;山西医科大学实验动物中心,太原 030001;山西省实验动物与人类疾病动物模型重点实验室,太原030001;山西医科大学实验动物中心,太原 030001;山西省实验动物与人类疾病动物模型重点实验室,太原 030001;山西医科大学实验动物中心,太原 030001;山西省实验动物与人类疾病动物模型重点实验室,太原 030001;山西医科大学实验动物中心,太原 030001;山西省实验动物与人类疾病动物模型重点实验室,太原 030001【正文语种】中文【中图分类】R-33单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)是指由单个核苷酸在基因组水平发生变异造成DNA序列多态性，这种变异包括单个碱基的转换、颠换、缺失、插入共四种情况，但主要以转换和颠换为主，二者出现的比例为2∶1[1]。
全基因组范围内SNP关联分析(GWAS)技术
（1）PCR （2）SNP芯片 （3）新一代测序技术
1
AGATACGGCTAAACTTGGGGGTTTTTAAACCCCTT AGATAAGGCTAAACTTGGGGGTTTTTAAGCCCCTT
chr6
2
AGATAAGGCTAAACTTGGGGGTTTTTAAGCCCCTT AGATAAGGCTAAACTTGGGGGTTTTTAAACCCCTT
chr6
3
chr6
4
AGATAAGGCTAAACTTGGGGGTTTTTAAACCCCTT AGATAAGGCTAAACTTGGGGGTTTTTAAACCCCTT
chr6
突变率低，一次突变，遗传+自然选择使得等位扩增，snp多为二态Biblioteka 一、单核苷酸多态及数据格式
注：
（1）理论上讲，SNP既可能是二等位多态性，也可能是3个或4个等位多 态性，但实际上，后两者非常少见，几乎可以忽略。
chr6
dbSNP &array:
AGATA[A/C]GGCTAAAC
GTTTTTAA[A/G]CCCCTT
PCR data
or
PCR和芯 芯片技术
or
PCR
A/C SNP1
A/G SNP2
1
AGATACGGCTAAACTTGGGGGTTTTTAAACCCCTT AGATAAGGCTAAACTTGGGGGTTTTTAAGCCCCTT
当我们检测该SNP位点与疾病的关系时，我们不知道等位以何种 方式起作用（等位、基因型、显性、隐性）。
关联检验
关联检验的模型
1、Genotypic Model Hypothesis: all 3 different genotypes have different effects
snp分型解析
冯 静 2012.06.19
主要内容
• SNP相关知识 • SNP检测方法
什么是SNP？
• SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) ，单核苷酸多态性。
• 是基因组核苷酸水平上由单个核苷酸 变异引起的DNA序列的多态性。 • 包括单碱基的转换、颠换、插入、缺 失，其中最少一种形式在群体中的频 率不小于1％。
测序、质谱、TaqMan、SNaPshot、 HRM、Illumina芯片、……
1 直接测序法
primerL
• 客户指定检测SNP位点 • 每个位点均需经过PCR扩增然后测序 • 能发现已知和未知SNP位点 • 操作简单，但工作量大，成本较高 • 适用于少数几个位点及样本的检测
A
G
primerR
2 Taqman 探针法
5 质谱检测（Sequenom）
• 质谱仪通过对物质分子量（质荷比）进行检测，达到区分、 鉴别物质的目的。 • SNP位点两个等位基因之间存在分子量差异，通过实验将 差异放大，然后以质谱仪进行检测即可。
Allele 1
Unlabeled Primer (23-mer)
Allele 2
Unlabeled Primer (23-mer)
同一位点不同等位基因的区分根据峰的颜色可知掺入的碱基种类不同位点之间的区分根据峰移动的胶位置确定该延伸产物对应的snp位abi3730测序仪检测单重位点检测gggaaaaa不同位点的引物带不同长度的尾巴颜色代表不同基因型大小代表不同位点不同大小扩增产物技术特点多位点同时检测每个反应可检测812个位点适宜检测的位点数为850个适用于多位点同时检测样本数不受限制可以是几十到几千在一定温度范围内将pcr扩增产物进行变性并实时检测荧光信号荧光值随温度变化即熔解曲线
SNP及检测技术
1定义：单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP），主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。
它是人类可遗传的变异中最常见的一种。
占所有已知多态性的90%以上。
SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。
SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变异可由单个碱基的转换（transition）或颠换（transversion）所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。
但通常所说的SNP并不包括后两种情况。
单核苷酸多态性（SNP）是指在基因组上单个核苷酸的变异，包括置换、颠换、缺失和插入。
所谓转换是指同型碱基之间的转换,如嘌呤与嘌呤( G2A) 、嘧啶与嘧啶( T2C) 间的替换;所谓颠换是指发生在嘌呤与嘧啶(A2T、A2C、C2G、G2T) 之间的替换。
从理论上来看每一个SNP 位点都可以有4 种不同的变异形式，但实际上发生的只有两种，即转换和颠换，二者之比为2：1。
SNP 在CG序列上出现最为频繁，而且多是C转换为T ，原因是CG中的C 常为甲基化的，自发地脱氨后即成为胸腺嘧啶。
一般而言，SNP 是指变异频率大于1 %的单核苷酸变异。
在人类基因组中大概每1000 个碱基就有一个SNP ，人类基因组上的SNP 总量大概是3 ×106个。
依据排列组合原理,SNP 一共可以有6种替换情况,即A/ G、A/ T、A/ C、C/ G、C/ T 和G/ T ,但事实上,转换的发生频率占多数,而且是C2T 转换为主,其原因是Cp G的C 是甲基化的,容易自发脱氨基形成胸腺嘧啶T , Cp G 也因此变为突变热点。
理论上讲，SNP既可能是二等位多态性，也可能是3个或4个等位多态性，但实际上，后两者非常少见，几乎可以忽略。
因此，通常所说的SNP都是二等位多态性的。
这种变异可能是转换（C T，在其互补链上则为G A），也可能是颠换（C A，G T，C G，A T）。
关于SNP检测服务报告的解读
关于SNP检测服务报告的解读SNP全称Single Nucleotide Polymorphisms，是指在基因组上单个核苷酸的变异，包括转换、颠换、缺失和插入，形成的遗传标记，其数量很多，多态性丰富。
我公司提供的SNP检测报告一般包括以下部分：在“峰图”文件夹中即为测序峰图文件。
Word文件“SNP分型实验报告-snapshot”提供实验操作的步骤、以及PCR参数等。
其中snapshot为检测SNP的方法。
此外我们还有LDR法等。
Excel表格“引物序列”提供实验用引物的序列。
Excel表格“SNP检测结果”为最终结果展示。
以下表为例（部分）：“序号”“客户编号”“姓名”等项由客户提供。
每个SNP都有唯一的编号，一般都是以rs为字头。
[C/T]表示在这个位点上的碱基种类。
以表中rs429358为例，此例中即代表在这个位点上的碱基可能是C，也可能是T，只能是其中之一。
因为人的染色体都是成对出现，所以在成对的染色体上对应的位置会同时存在两个相同基因（称之为等位基因）。
我们的检测会同时测到两个等位基因，这两个的结果可能相同也可能不同，所以上表中的结果有“C C”“T T”以及“C T”。
“C C”或“T T”即为纯合型，“C T”即为杂合型。
本结果只提供SNP的检测结果，不包含对SNP信息的后续处理，如与临床数据的关联性分析等。
附：SNP与突变表面上来看，SNP与突变确实有着共同之处。
比如二者都是在某特定位置上的碱基变为了另一个。
但这两个概念还是有本质区别的。
1、多态性是一个群体概念，多态性指这个差异占群体的1%以上。
否则就叫突变（小于1%）。
2、SNP是多态性中的一种，只是进一步限定了差异只是单碱基。
3、SNP一般来说，是全部体细胞一样的基因型（除开嵌合体）。
4、突变一般不是一个个体全部细胞的变化。
5、如果突变发生在生殖细胞，则可以遗传，但是只要这个突变群没有达到总群体的1%，它就只是一个突变株/系。
小鼠基因型鉴定结果
小鼠基因型鉴定结果引言基因型鉴定是通过对生物体的基因进行分析，确定其基因组的具体构成。
小鼠是一种常见的实验动物，在科学研究中广泛应用。
基因型鉴定结果可以为科学家提供关于小鼠遗传特性的重要信息，有助于深入研究小鼠的生物学特性以及与人类疾病之间的关联。
小鼠基因型鉴定方法小鼠基因型鉴定的方法有很多种，其中常用的方法包括PCR（聚合酶链式反应）、限制性片段长度多态性分析（RFLP）、单核苷酸多态性分析（SNP）等。
这些方法可以通过特定的试剂和实验步骤，对小鼠的基因进行扩增、分离、测序等操作，最终得到基因型鉴定结果。
PCRPCR是一种常用的基因型鉴定方法，通过扩增目标基因片段，从而得到足够的DNA样本进行后续分析。
PCR的原理是利用DNA聚合酶酶解DNA双链，然后引物与目标序列特异性结合，DNA聚合酶在引物的作用下合成新的DNA链。
通过多轮循环反应，可以在短时间内扩增出大量目标基因片段。
RFLPRFLP是一种通过酶切DNA片段的方法进行基因型鉴定。
在RFLP分析中，首先将DNA样本进行限制性内切酶消化，然后通过凝胶电泳将酶切后的DNA片段进行分离。
由于不同基因型的DNA片段长度存在差异，因此可以通过凝胶电泳的结果判断小鼠的基因型。
SNPSNP是单核苷酸多态性分析的缩写，是一种通过检测DNA序列中单个碱基的变异来进行基因型鉴定的方法。
SNP分析可以通过PCR扩增目标区域的DNA片段，然后利用测序技术对扩增产物进行测序，最终确定小鼠的基因型。
小鼠基因型鉴定结果的意义小鼠基因型鉴定结果对于科学研究具有重要意义。
首先，基因型鉴定可以帮助科学家确定小鼠的遗传特性，包括其携带的基因突变和变异，这些特性对于深入研究小鼠的生物学功能至关重要。
其次，基因型鉴定结果可以为研究人员提供关于小鼠模型的有效性和可靠性的信息，有助于确定小鼠是否适合作为特定疾病模型的研究对象。
最后，基因型鉴定结果还可以为研究人员提供有关小鼠与人类疾病之间的关联的线索，有助于揭示疾病的发病机制和寻找新的治疗方法。
一种用于鉴别近交系小鼠的snp分型方法
一种用于鉴别近交系小鼠的snp分型方法
一种用于鉴别近交系小鼠的SNP分型方法包括以下步骤：
1. 遗传标记的选择：选择平均覆盖21染色体的共45个SNP位点，并针对这些位点设计引物和探针。
2. 四组多重PCR：每组包含10\~12对PCR引物，进行PCR扩增。
3. 四组多重LDR：每组包含10\~12个位点特异性探针，进行LDR反应。
4. 产物快速分离鉴定：对PCR和LDR产物进行快速分离和鉴定，以确定小鼠的SNP分型。
此方法仅需要45个SNP遗传位标就可用于近交系小鼠的分型和鉴定，不仅能减少反应次数和时间，而且操作简便迅速，能大大节约成本，对其分型和研究具有重要意义，为近交系小鼠的鉴定和分型提供了一种新的方法。
利用微卫星与SNP对几种实验小鼠与大鼠品系进行遗传监测的研究
利用微卫星与SNP对几种实验小鼠与大鼠品系进行遗传监测的研究在以实验动物为主要研究对象的科学研究中,实验动物的遗传质量是影响实验结果真实性的重要因素。
在动物繁育和饲养过程中,遗传漂变和遗传污染等多种因素会造成实验动物遗传质量的改变,这会直接影响实验动物的生物学特性,进而影响实验结果的可重复性和准确性。
因此,必须采用遗传监测来监控实验动物的遗传质量,确保实验动物品系的纯度和同质性,同时对不符合标准的群体及时淘汰,对新出现的亚系分支或突变品系及时进行正确处理。
这对确保动物实验研究结果的可靠性等具有十分重要的理论及实践意义。
目前利用微卫星与SNP进行遗传检测的报道均各有侧重,对常见大鼠和小鼠品系的检测不够完善系统。
所以有必要重新优选这些标记,建立针对常用大鼠和小鼠品系进行遗传监测的新优化体系,进而利用该体系对相关品系进行系统的检测来确定其变异程度以及是否有亚系形成。
另外,目前国际上对基因修饰动物的遗传监测鲜有报道,尤其是对当今具最高免疫缺陷的X小鼠,其基因修饰是否会造成遗传监测标记的变异,这些变异的遗传监测标记与基因修饰间存在怎样的分子生物学关系,以及怎样利用这些标记对基因修饰动物进行遗传监测尚未见有报道。
本课题首先用微卫星作为遗传监测手段,经对PCR检测条件的优化改良,希望建立一套可以对5种小鼠和3种大鼠品系进行遗传监测的稳定可靠的监测体系。
进而希望用所建立的微卫星监测体系对几个品系小鼠和近交系大鼠监测分析其遗传质量。
然后,我们利用SNP作为遗传监测手段,筛选了分布于不同染色体的32个SNP位点对8个品系的小鼠(包括5个近交系、2个具免疫缺陷的突变系及相应的背景品系)进行了相应群体的遗传监测分析,希望得到近交系的变异程度以及在突变系中与遗传修饰相关的多态性位点。
通过以上实验我们得到以下结果:1、通过筛选数据库,并优化PCR反应及琼脂糖凝胶电泳条件,最后经改良建立了一种稳定可靠的微卫星检测分析方法,并建立了基于该方法的适合于5种近交系小鼠和3种近交系大鼠进行遗传监测鉴定的微卫星集合,进一步给出针对不同近交系遗传监测鉴定的最优微卫星使用组合。
SNP标记对角膜混浊小鼠突变相关基因的精细定位
1.2.2
样本 DNA 的准备 剪取 F2 代角膜混浊小鼠尾尖, 参照《分子克隆实
验指南》[4]的方法提取尾尖 DNA 并检测 DNA 纯度。 所用试剂购自上海生工生物工程技术服务有限公司。 1.2.3 定位标记的选择 查询小鼠基因组数据库 (rmatics. /, MGI), 在小鼠 13 号染色体距着丝粒 64.6 cM 附近寻找合适的 SNP 标记 , 要求该 SNP 在 B6 和 D2 这两个品系的小鼠间有差异 , 并且由于 SNP 的不同能够被酶切位点所识别。 1.2.4 SNP 侧翼序列的扩增 在筛选到的 SNP 侧翼序列设计并合成引物 , 进 行 PCR 扩增 , 引物信息见表 1 。 PCR 扩增体系为 25 μL: 灭菌去离子水 19.35 μL, 10×PCR buffer 2.5 μL, 25 mmol/L Mg2+1.5 μL, dNTP (各 10 mmol/L) 0.5 μL, 上、下游引物 (50 μmol/L) 各 0.2 μL, 基因组 DNA 0.5 μL, Taq DNA 聚合酶 (5 U/μL) 0.25 μL。PCR 扩增 条件 : 94℃预变性 5 min, 94℃变性 45 s, 复性温度 (表 1)30 s, 72℃延伸 45 s, 36 个循环 ; 最后 72℃延伸 5 min。 PCR 扩增试剂盒、 Taq DNA 聚合酶、 DNA Marker 及引物合成均由上海生工生物工程技术服务 有限公司提供。 1.2.5 PCR 扩增产物检测及酶切 取 5 μL PCR 扩增产物 , 用 1%琼脂糖凝胶电泳 (100 V, 40 min), EB 染色 , 凝胶成像系统观察结果并 记录。 对 PCR 产 物 进 行 限 制 性 内 切 酶 (EcoT22Ⅰ 、 HaeⅡ 、RsaⅠ 、AccⅡ )处理 , 反应体系参照说明书。 酶切后产物取 10 μL, 经 2%琼脂糖凝胶电泳 (100 V, 40 min), EB 染色 , 凝胶成像系统观察结果并记录。 1.2.6 连锁分析 F2 代具有角膜混浊表型小鼠同时具有 B6 和 D2 两个品系 SNP 分子标记的 , 说明该 SNP 与突变基因 连锁 , 只有 D2 品系 SNP 分子标记的为重组。我们 所选择的限制性内切酶识别的都是 D2 品系小鼠的 SNP, 所以酶切产物电泳后出现 3 条带为连锁 , 两条 带为重组。连锁分析原理见图 1。
科研小鼠的参考基因组
科研小鼠的参考基因组该计划于2013年完成，数据结果全部开放下载：and indel calls for Version3 can be found here:///REL-1303-SNPs_Indels-and indel calls for18mouse genomes are provided as a singleVCF file (bgzip), along with an index file generated by(*.tbi).测序数据量小鼠品系简称小鼠品系详情平均测序深度129P2 (129P2/OlaHsd) 42129S5 (129S5SvEvBrd) 18AKR (AKR/J) 40C3HHeJ (C3H/HeJ) 49CASTEiJ (CAST/EiJ) 39DBA2J (DBA/2J) 42LPJ (LP/J) 41NZO (NZO/HILtJ) 58Spretus (SPRET/EiJ) 53参考基因组SNP and indel calls are relative to the reference mouse genome6J(GRCm38). A version of the reference genome can be///ref/ dbSNP数据库注释and indels are annotated with rs IDs from dbSNP Build137.Thefrom:///snp/organisms/mouse_1009the 'vcf-annotate'Perl utility from the VCFtools packageDanecek et al, 2011) was used to add the rsIDs to calls inSee below for VCFtools information.)SNPs, the position, reference allele and alternative alleles were all compared:indels, only positions were matched:找变异的流程was performed using the Illumina HiSeq platform. Allare 100bp paired-end reads, except for strains 129P2andAll mice were female and therefore SNPs and indels were1-19and X only. The BAM files used to calland indels are located in this directory:///REL-1302-BAM-GRCm38/were aligned to the reference genome (GRCm38) using BWA0.5.9-r16 (Li and Durbin, 2009). SNPs and indel discoveryperformed with the SAMtools mpileup function and callingwith the BCFtools view function (Li H, 2011). Thefunction in VCFtools package (Danecek etal, 2011)and indel calls.Variant Effect Predictor software from Ensembl (McLaren et al.,) was used to predict the functional consequencesand queried against Ensembl release 70 mouse gene models.of consequence types can be found here:///info/docs/variation/predicte d_data.html#consequencescalling was performed on each strain independently. Thefrom all 18 strains were then merged into a singlefor each strainThen, a single list of all high confidenceacross the genome was produced from all 18 strains. Thisthen used to call SNPs again, this time across all 18using the 'samtools mpileup -l'process generates both reference-only genotype calls as wellcalls with non-reference bases across the 18 strains. regarding thefiltering of SNP and indel calls inin the VCF file headers in the '##FILTER' and lines. 得到的标准vcf 变异记录文件因为参考小鼠基因组选择的是就是C57BL/6NJ ，所以对该品系小鼠来说，变异位点应该是很少的。
常用品系大鼠的基因组及SNP遗传标记分析
常用品系大鼠的基因组及SNP遗传标记分析Wistar、Goto-Kakizaki(GK)、Brown-Norway(BN)及Sprague-Dawley(SD)为四种常用品系的大鼠,一般作为动物模型广泛应用于多种药物和疾病机制等研究中。
遗传检测技术是实验动物遗传质量控制的重要手段之一,随着基因组学研究的不断进步,单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记逐渐被应用于各种实验动物的遗传检测中,而且相比于传统的遗传检测方法,利用SNP标记具有多种显著优势,因此,在大鼠的遗传控制检测中SNP可成为理想的遗传标记。
本研究基于高通量测序技术、生物信息学分析技术、一代测序技术及DNA混合池法开发出了两组不同用途的SNP遗传标记,具体内容包括:(1)首先对Wistar大鼠和GK大鼠进行全基因组重测序,利用生物信息学技术将重测序结果比对到BN大鼠参考基因组,筛查到Wistar大鼠和GK大鼠基因组范围内的特异性SNP。
Wistar和GK大鼠分别得到94800和106019个纯合特异性SNP,其中有56216个SNP为Wistar和GK大鼠所共有,且发现BN大鼠参考基因组、Wistar大鼠和GK大鼠三者基因型互不相同的位点仅有38个,从中挑选了15个作为第一组候选SNP位点(Panel1)用以鉴别大鼠品系。
另外,对于检测出的杂合SNP,在每条常染色体随机挑选1~2个组成了28个SNP作为第二组候选位点(Panel2),用以评估大鼠群体的遗传多样性。
(2)利用一代测序技术对第一组候选SNP位点及其上下游进一步筛查,最终得到的13个可用于快速鉴别Wistar、GK、BN和SD四种品系大鼠的SNP标记,分别命名为SNP4、SNP5、SNP6、SNP9、SNP12、SNP13和SNP14、SNP16、SNP17、SNP18、SNP19、SNP20、SNP21,其中,SNP13可以直接鉴别出Wistar、GK、BN和SD四种大鼠,SNP16和SNP17可直接鉴别出SD大鼠,SNP18和SNP19可直接鉴别出GK大鼠,SNP20和SNP21可直接鉴别出BN大鼠,而SNP4、SNP5、SNP6、SNP9、SNP12和SNP14可以鉴别出GK和BN大鼠。
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L3 N N N R2 L1 L4 N N R1 R2 L1 R3 N L1 N L1 L2 R1 N N L1 R1 R2 R3 R4 N N L1 L2 R1 N L1 N R1 L2 R2 R3 R4 R5
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黑 黑 黑 大新家系2 2♀Chr8杂 1 ♂Chr8纯 黑 黑 黑 黑 大新家系1 5.25分 1 ♂B61♀Chr8纯1♀B6 黑 黑 黑 黑 黑 黑 a组大兴家系2 6♂ 杂8♀杂子代 黑 黑 大兴家系1 C组子代的子代 待分型 黑 黑 黑 黑 大新家系1 E组子代的子代 待分型 黑 黑 黑 黑 黑 黑 黑 大新家系2 1 ♂杂+2♀Chr8子代的子代 待分型 黑 黑 黑 黑 黑 黑 黑 黑 黑 H的子代1 8.6分
第287板P♀R-LDR-2组初筛数据 NO. 地区 世代 毛色 ♀♂ 标记 1 B6 2 大新家系1 B组子代 1♀杂2♀杂3♂杂 黑 ♂ N 3 黑 ♀ N 4 黑 ♀ R1 5 黑 ♀ R2 6 黑 ♂ L1 7 黑 ♂ L2 8 黑 ♀ R3 9 黑 ♀ R4 10 黑 ♀ R5 11 黑 ♀ R1R2 12 大新家系1 C组5♀杂+36 ♂纯子代 黑 ♀ N 13 黑 ♀ R1 14 黑 ♀ R2 15 黑 ♀ R3 16 黑 ♂ N 17 大新家系1 E组子代 37♂ 杂 39♂ 杂+12♀杂 黑 ♀ N 18 黑 ♂ N 19 黑 ♂ L1 20 黑 ♂ L2 21 黑 ♀ R1 22 大新家系1 F组 第一代27 ♂杂25♀杂子代 黑 ♀ N 23 黑 ♀ R1 24 黑 ♀ R2 25 第二代 黑 ♂ N 26 黑 ♂ L1 27 黑 ♂ L2 28 黑 ♂ L3 29 黑 ♂ L4 30 黑 ♀ R3 31 大新家系1 H组29-34杂合子子代 黑 ♂ N 32 黑 ♀ N 33 黑 ♂ L1 34 黑 ♂ L2 35 黑 ♂ L3 36 黑 ♂ L4 37 黑 ♂ L5 38 大新家系1 J组35 ♂纯+F291B6♀子代 黑 ♂ N 39 黑 ♀ N 40 黑 ♀ R1 41 黑 ♂ L1 42 黑 ♀ R2 43 黑 ♀ R3R2 44 黑 ♂ L2
10 0 0 10 10 10 10 0 0 0 0 0 0 1 1 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 10 0 10 1 10 0 10 0 10 0 0 0 0 0
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