高斯的介绍和使用
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计算机信息
理论, 基组 题目(任意字符) 体系总电荷和多重度 分子坐标: 笛卡尔坐标,内坐标
2.开始计算
然后点击提交“submit”,可得 到对话框如下所示:
点击“Save”可得:
保存计算结果:关闭上面的窗口后,会 有提示如下:
从GaussView打开目标体系的.chk 文件,如下图
逐步点选Results; surface,出现如下图 对话框
(5) 能量计算的几个问题: • 基组的选取: 理论上而言,计算中所选取的基组约大,计算结果越准确,但由 于受到硬件上的限制,需根据实际情况选择基组。此外,对于环状 分子或存在作用的体系,通常需要考虑使用极化基组;对于带有 较多电荷的体系,或考察弱相互作用的体系,通常需考虑使用弥 散基组; 以O2为例(O-O为1.208A): 6-31G -150.26755a.u. 6-31G* -150.31998a.u. dE=0.05243a.u. 6-31+G -150.27678a.u. dE=0.00923a.u. 由于O2中存在作用,故极化函数的影响要比弥散函数来得大。 以O22-为例: 6-31G -149.78721a.u. 6-31G* -149.82396a.u. dE=0.03675a.u. 6-31+G -149.98117a.u. dE=0.19396a.u. 6-31+G* -150.02156a.u. dE=0.23435a.u. 此时,因带较多负电荷,故弥散函数的影响较极化函数来得大。
二、安装高斯对计算机的要求
现在的 PC 速度非常快,成本低廉,是使用 Gaussian 的一 个经济实惠的平台。 对稍懂计算机的人我会建议组装一台 Linux 工作站,基本的配备应包括 64 位 Dual-Core CPU, 如 Intel P4 8xxD, 9xxD, Core Duo, 或 AMD Athlon 64X2 等, 2 GB DDR2 667 以上内存, 2 台 200 GB 以上 SATA 硬盘以 弹 性 使 用 Raid 0/1 。 Linux 操 作 系 统 可 选 择 免 费 下 载 之 Fedora Core 4 或 5,Suse 10 等,记得要使用 64 位的版本。 旧的 32 位 PC 也可以用,只是效能上会差很多。接下来要依 照你的系统种类选择适当的 Gaussian 03 版本,请参阅本站 首页。目前 Window XP 的版本 (G03W) 还不能发挥 64 位的 运算效能, 使用上的便利性及功能性也都不如 Linux 的版本
利用画图软件 GaussView,构建反 应物CN的分子构型, 设置键长和键角的值
需设置正确, 否则运行将出错!
左侧至上而下依次为:默认的文本编辑器;g03可执行文件所在目录; 计算中间结果存放目录;缺省的计算结果存储目录;缺省的输入文件 所在目录;PDB分子构型浏览器; 右侧至上而下依次为:设置显示属性(如背景色等);设置文本编辑器 属性;计算过程控制属性(尤其是批作业过程);Default.Rou文件的编 辑(该文件内容为默认情况下,计算所花费的内存及硬盘大小)
距离矩阵
各原子的直角坐标
需核查!
注意:计算结果是以该坐标系为准
需核查!
MO初始猜测
迭代次数 收敛指标
自洽场迭代求解部分
迭代次数 收敛指标
自洽场迭代求解部分
偶极矩及多极矩
对主要wenku.baidu.com算结果进行总结
分子轨道系数的输出:关键词: pop=full说明: 有时为 了分析MO成分, 则需利用该关键词输出各MO的成 分, 以H2O为例:
轨道对称性 O表示占据轨道; V为空轨道 轨道能级 HOMO
AO轨 道
轨道系数 LUMO
注: • 输出的MO系数是未经归一化过的; • 1s, 2s等符号并非真正意义上的AO, 它与计算 所采用的基组 有关. 对于上例, 采用的是6-31G基组, 可知, 对于价层AO是 分裂为两组的, 故对于O原子, 输出的2s和3s 实际上均为价 轨道, 其它类推. • 当基函数较多时, 若只考察前线附近的轨道成 分, 可用关键 词: pop=regular, 此时只给出5个占据轨道和5 个空轨道组成.
三、高斯的使用
1.建模
• Chem office 2005企业版以下的需经过中间 软件转化输入文件,此以上的可以直接生 成输入文件.gjf • Gaussview 可以直接构建分子的模型,并 连接gauss进行计算,并将结果可视化。但 3.09版本在二面角的修改上存在不足 • 其他cartes-分子和晶体结构坐标编辑器等 等
•体系多重度的选取: 对于复杂体系,特别是含有过渡金属原子的体系,多重度的选取 评经验不易得到,此时,可通过比较不同多重度时体系的能量来 确定基态能量。 以O2为例(基组为6-31G*): S=1 -150.25734a.u. S=3 -150.31998a.u. S=5 -149.79200a.u. S=7 -148.80784a.u. 由上结果可见,O2的基态应为三重态。 •键能的计算: 以O2为例(O-O键长为1.208A,计算O—O键能: 步骤如下: 首先确定O2基态的能量: 假设基组为6-31G*,则总能量为: -150.31998a.u.(基态为:3g)
已占有电子的能级最高的轨道称为最高已占轨道
乙烷的LUMO未占有电子的能级最低的轨道称为最低未占轨道
频率计算可得到热力学数据
频率分析得到三聚氰胺的红外光谱图
G98输出结果: 下面以H2O能量计算的输出结果为例:
L1输出G98版权信息
%部分内容
关键词部分
计算所需调用的模块
Title内容
电荷, S以及分子构型
其中Cube Actions…一项,选择New Cub,跳 出下图对话框,kind一栏选择Total Density, 然后点击OK
此时返回上图,稍等待空白栏中出现计 算 结 果 。 Surface Actions… 一 项 选 择 New Mapped Surface ,跳出下图对话 框,点击OK
稍等,便出现下图漂亮彩色静电势图
可能你作出来的和我的不一样,这是因为透明度不 同,显示的效果不一样。编辑显示效果,依次请点 击File, Preferences,如下图示:点击Surface选项卡, Transparent就是用来调节透明度的。
MOS分子轨道可视化图
势能面扫描研究分子结构
乙烷的HOMO